RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group125 > 5FQ5_B_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

5FQ5_B
5FQ5_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
B:31 [LYS] A:82 [A] 4.83 65.06
B:33 [LYS] A:81 [G] 2.93 A:68 [A] base:BB 75.05
B:33 [LYS] A:82 [A] 4.59 75.05
B:34 [VAL] A:81 [G] 4.32 A:68 [A] 27.6
B:35 [LEU] A:69 [A] 4.45 A:80 [U] 62.31
B:35 [LEU] A:80 [U] 4.99 A:69 [A] 62.31
B:35 [LEU] A:81 [G] 3.61 A:68 [A] 62.31
B:55 [SER] A:65 [A] 4.25 61.08
B:56 [GLY] A:64 [U] 4.95 88.76
B:56 [GLY] A:65 [A] 3.36 88.76
B:57 [GLU] A:64 [U] 2.73 sugar:BB 50.23
B:57 [GLU] A:65 [A] 2.79 50.23
B:58 [THR] A:12 [U] 3.75 E:17 [DA] 90.88
B:58 [THR] A:13 [G] 3.49 E:16 [DC] 90.88
B:58 [THR] A:64 [U] 3.46 90.88
B:59 [ALA] A:13 [G] 2.66 E:16 [DC] 98.75
B:59 [ALA] A:14 [U] 3.96 E:15 [DA] 98.75
B:59 [ALA] A:64 [U] 3.58 98.75
B:60 [GLU] A:13 [G] 4.32 E:16 [DC] 73.82
B:60 [GLU] A:14 [U] 4.83 E:15 [DA] 73.82
B:61 [ALA] A:63 [U] 4.44 54.59
B:62 [THR] A:63 [U] 2.75 sugar:SC 89.36
B:62 [THR] A:64 [U] 3.06 sugar:SC 89.36
B:63 [ARG] A:13 [G] 4.54 E:16 [DC] 98.97
B:63 [ARG] A:14 [U] 2.83 E:15 [DA] 98.97
B:63 [ARG] A:15 [A] 3.32 E:14 [DT] 98.97
B:65 [LYS] A:51 [A] 4.96 51.88
B:65 [LYS] A:63 [U] 3.71 51.88
B:66 [ARG] A:14 [U] 3.21 E:15 [DA] 98.97
B:66 [ARG] A:15 [A] 2.86 E:14 [DT] 98.97
B:66 [ARG] A:62 [G] 3.38 A:52 [A] 98.97
B:67 [THR] A:15 [A] 3.69 E:14 [DT] 79.07
B:67 [THR] A:16 [A] 3.91 E:13 [DT] 79.07
B:68 [ALA] A:51 [A] 4.78 74.51
B:69 [ARG] A:51 [A] 3.52 98.97
B:69 [ARG] A:62 [G] 2.98 A:52 [A] base/AA stacks 98.97
B:69 [ARG] A:63 [U] 3.07 98.97
B:70 [ARG] A:14 [U] 4.68 E:15 [DA] 98.97
B:70 [ARG] A:15 [A] 2.6 E:14 [DT] 98.97
B:70 [ARG] A:16 [A] 2.9 E:13 [DT] 98.97
B:70 [ARG] A:60 [C] 4.99 A:54 [G] 98.97
B:70 [ARG] A:61 [C] 2.98 A:53 [G] 98.97
B:71 [ARG] A:17 [A] 3.25 E:12 [DT] base/AA stacks 95.92
B:71 [ARG] A:18 [A] 3.03 base:SC 95.92
B:72 [TYR] A:20 [A] 4.14 47.53
B:72 [TYR] A:21 [G] 4.9 A:50 [U] 47.53
B:72 [TYR] A:50 [U] 3.52 A:21 [G] base/AA stacks 47.53
B:72 [TYR] A:51 [A] 3.36 47.53
B:73 [THR] A:59 [U] 4.01 55.44
B:73 [THR] A:60 [C] 4.16 A:54 [G] 55.44
B:73 [THR] A:61 [C] 4.82 A:53 [G] 55.44
B:74 [ARG] A:16 [A] 2.7 E:13 [DT] 98.77
B:74 [ARG] A:17 [A] 3.05 E:12 [DT] 98.77
B:74 [ARG] A:59 [U] 3.45 98.77
B:74 [ARG] A:60 [C] 2.82 A:54 [G] 98.77
B:75 [ARG] A:49 [A] 4.92 A:22 [U] 89.41
B:75 [ARG] A:50 [U] 3.05 A:21 [G] base:SC 89.41
B:76 [LYS] A:48 [A] 3.93 A:23 [U] 75.1
B:76 [LYS] A:49 [A] 2.88 A:22 [U] 75.1
B:77 [ASN] A:59 [U] 2.73 base:SC 57.86
B:78 [ARG] A:18 [A] 3.57 98.92
B:79 [ILE] A:48 [A] 3.91 A:23 [U] 78.75
B:81 [TYR] A:59 [U] 3.46 base:SC 60.58
B:83 [GLN] A:48 [A] 4.26 A:23 [U] 71.81
B:100 [ARG] A:47 [A] 4.86 A:24 [U] 95.64
B:101 [LEU] A:47 [A] 2.61 A:24 [U] sugar:BB 83.71
B:101 [LEU] A:48 [A] 3.9 A:23 [U] 83.71
B:102 [GLU] A:47 [A] 4.58 A:24 [U] 56.7
B:102 [GLU] A:48 [A] 4.07 A:23 [U] 56.7
B:102 [GLU] A:49 [A] 4.26 A:22 [U] 56.7
B:104 [SER] A:24 [U] 4.28 A:47 [A] 96.25
B:104 [SER] A:25 [U] 3.17 A:46 [A] sugar:BB 96.25
B:104 [SER] A:47 [A] 2.83 A:24 [U] base:SC, sugar:SC 96.25
B:104 [SER] A:48 [A] 3.55 A:23 [U] sugar:SC 96.25
B:105 [PHE] A:23 [U] 3.54 A:48 [A] 55.43
B:105 [PHE] A:24 [U] 2.69 A:47 [A] sugar:BB base/AA stacks 55.43
B:105 [PHE] A:25 [U] 3.69 A:46 [A] 55.43
B:105 [PHE] A:47 [A] 4.47 A:24 [U] 55.43
B:105 [PHE] A:48 [A] 3.67 A:23 [U] 55.43
B:106 [LEU] A:24 [U] 4.22 A:47 [A] 61.15
B:106 [LEU] A:25 [U] 3.6 A:46 [A] 61.15
B:107 [VAL] A:24 [U] 3.82 A:47 [A] 35.09
B:107 [VAL] A:25 [U] 4.0 A:46 [A] 35.09
B:108 [GLU] A:25 [U] 4.86 A:46 [A] 34.89
B:108 [GLU] A:26 [A] 4.53 A:45 [U] 34.89
B:111 [LYS] A:25 [U] 3.26 A:46 [A] sugar:SC 82.11
B:115 [ARG] A:25 [U] 4.28 A:46 [A] 43.76
B:115 [ARG] A:26 [A] 2.65 A:45 [U] 43.76
B:115 [ARG] A:27 [G] 3.8 43.76
B:116 [HIS] A:26 [A] 3.15 A:45 [U] 47.66
B:116 [HIS] A:27 [G] 2.77 47.66
B:117 [PRO] A:26 [A] 3.53 A:45 [U] 49.14
B:122 [ILE] A:27 [G] 4.14 44.08
B:122 [ILE] A:28 [A] 4.08 44.08
B:123 [VAL] A:28 [A] 4.55 65.03
B:125 [GLU] A:26 [A] 3.67 A:45 [U] sugar:SC 82.1
B:126 [VAL] A:27 [G] 4.93 61.8
B:126 [VAL] A:28 [A] 3.1 61.8
B:129 [HIS] A:26 [A] 4.39 A:45 [U] 67.72
B:129 [HIS] A:27 [G] 2.99 67.72
B:129 [HIS] A:45 [U] 4.29 A:26 [A] 67.72
B:130 [GLU] A:28 [A] 4.88 57.66
B:133 [PRO] A:27 [G] 4.89 96.3
B:133 [PRO] A:45 [U] 3.66 A:26 [A] 96.3
B:134 [THR] A:44 [U] 3.6 98.97
B:134 [THR] A:45 [U] 3.51 A:26 [A] 98.97
B:135 [ILE] A:45 [U] 3.02 A:26 [A] sugar:BB 95.32
B:135 [ILE] A:46 [A] 3.62 A:25 [U] 95.32
B:136 [TYR] A:45 [U] 4.76 A:26 [A] 81.66
B:136 [TYR] A:46 [A] 4.52 A:25 [U] 81.66
B:155 [TYR] A:48 [A] 4.6 A:23 [U] 94.43
B:156 [LEU] A:47 [A] 4.65 A:24 [U] 96.43
B:159 [ALA] A:47 [A] 4.75 A:24 [U] 91.99
B:160 [HIS] A:45 [U] 4.83 A:26 [A] 88.18
B:160 [HIS] A:46 [A] 2.86 A:25 [U] 88.18
B:160 [HIS] A:47 [A] 3.99 A:24 [U] 88.18
B:163 [LYS] A:19 [A] 4.69 98.07
B:163 [LYS] A:47 [A] 4.37 A:24 [U] 98.07
B:163 [LYS] A:48 [A] 2.77 A:23 [U] 98.07
B:163 [LYS] A:49 [A] 4.79 A:22 [U] 98.07
B:164 [PHE] A:19 [A] 3.18 70.75
B:164 [PHE] A:20 [A] 4.82 70.75
B:164 [PHE] A:47 [A] 3.77 A:24 [U] 70.75
B:165 [ARG] A:17 [A] 3.31 E:12 [DT] 98.97
B:165 [ARG] A:18 [A] 3.04 98.97
B:165 [ARG] A:19 [A] 3.32 98.97
B:166 [GLY] A:17 [A] 4.68 E:12 [DT] 98.85
B:166 [GLY] A:18 [A] 3.02 98.85
B:166 [GLY] A:19 [A] 3.1 98.85
B:167 [HIS] A:17 [A] 4.43 E:12 [DT] 90.02
B:167 [HIS] A:18 [A] 3.62 90.02
B:168 [PHE] A:17 [A] 3.51 E:12 [DT] 98.85
B:168 [PHE] A:18 [A] 4.77 98.85
B:324 [ARG] A:44 [U] 4.33 41.5
B:325 [TYR] A:43 [G] 4.86 91.86
B:325 [TYR] A:44 [U] 3.29 base:BB base/AA stacks 91.86
B:328 [HIS] A:43 [G] 4.85 94.96
B:328 [HIS] A:44 [U] 3.1 base/AA stacks 94.96
B:329 [HIS] A:43 [G] 4.02 62.17
B:329 [HIS] A:44 [U] 3.08 62.17
B:332 [LEU] A:43 [G] 3.78 94.28
B:336 [LYS] A:42 [A] 3.68 95.57
B:336 [LYS] A:43 [G] 2.84 base:SC, base:SC 95.57
B:340 [ARG] A:40 [C] 3.38 A:29 [G] 63.83
B:340 [ARG] A:41 [A] 2.47 63.83
B:347 [TYR] A:41 [A] 3.79 72.64
B:347 [TYR] A:43 [G] 4.59 72.64
B:351 [PHE] A:42 [A] 3.49 92.52
B:351 [PHE] A:43 [G] 2.84 base:BB, base:BB 92.52
B:352 [PHE] A:40 [C] 4.34 A:29 [G] 58.41
B:352 [PHE] A:41 [A] 3.57 58.41
B:352 [PHE] A:42 [A] 3.45 58.41
B:359 [TYR] A:43 [G] 2.82 sugar:SC 89.29
B:359 [TYR] A:44 [U] 4.34 89.29
B:360 [ALA] A:43 [G] 3.67 48.83
B:363 [ILE] A:43 [G] 3.33 68.2
B:363 [ILE] A:44 [U] 4.05 68.2
B:364 [ASP] A:43 [G] 3.08 base:SC 60.95
B:365 [GLY] A:22 [U] 4.08 A:49 [A] 41.96
B:366 [GLY] A:22 [U] 4.69 A:49 [A] 37.22
B:400 [ARG] A:44 [U] 3.74 72.95
B:401 [LYS] A:21 [G] 4.91 A:50 [U] 85.97
B:401 [LYS] A:44 [U] 3.85 85.97
B:401 [LYS] A:45 [U] 3.64 A:26 [A] 85.97
B:402 [GLN] A:20 [A] 4.55 83.12
B:402 [GLN] A:44 [U] 2.1 base:SC, sugar:SC 83.12
B:402 [GLN] A:45 [U] 3.02 A:26 [A] 83.12
B:403 [ARG] A:20 [A] 2.94 84.66
B:403 [ARG] A:21 [G] 4.18 A:50 [U] 84.66
B:403 [ARG] A:45 [U] 2.87 A:26 [A] 84.66
B:403 [ARG] A:46 [A] 2.57 A:25 [U] 84.66
B:403 [ARG] A:47 [A] 4.43 A:24 [U] 84.66
B:404 [THR] A:19 [A] 3.04 sugar:BB 76.74
B:404 [THR] A:20 [A] 2.9 76.74
B:405 [PHE] A:19 [A] 2.97 57.48
B:405 [PHE] A:20 [A] 4.06 57.48
B:406 [ASP] A:19 [A] 4.13 50.53
B:407 [ASN] A:18 [A] 4.81 98.97
B:407 [ASN] A:19 [A] 3.29 98.97
B:407 [ASN] A:20 [A] 2.87 98.97
B:408 [GLY] A:18 [A] 3.63 sugar:BB 71.93
B:408 [GLY] A:19 [A] 3.45 71.93
B:410 [ILE] A:18 [A] 4.7 95.9
B:415 [HIS] A:19 [A] 4.87 88.15
B:446 [PHE] A:17 [A] 4.84 E:12 [DT] 97.08
B:446 [PHE] A:59 [U] 3.39 97.08
B:447 [ARG] A:16 [A] 3.36 E:13 [DT] base:SC 90.78
B:447 [ARG] A:17 [A] 3.19 E:12 [DT] sugar:SC 90.78
B:448 [ILE] A:16 [A] 2.72 E:13 [DT] sugar:BB 91.25
B:448 [ILE] A:17 [A] 3.05 E:12 [DT] 91.25
B:448 [ILE] A:60 [C] 4.6 A:54 [G] 91.25
B:449 [PRO] A:15 [A] 4.22 E:14 [DT] 98.67
B:449 [PRO] A:16 [A] 3.83 E:13 [DT] 98.67
B:450 [TYR] A:15 [A] 2.6 E:14 [DT] sugar:BB 97.81
B:450 [TYR] A:16 [A] 3.21 E:13 [DT] 97.81
B:451 [TYR] A:15 [A] 4.62 E:14 [DT] 95.11
B:452 [VAL] A:15 [A] 4.85 E:14 [DT] 94.61
B:453 [GLY] A:15 [A] 3.41 E:14 [DT] 98.85
B:453 [GLY] A:16 [A] 3.87 E:13 [DT] 98.85
B:454 [PRO] A:15 [A] 3.4 E:14 [DT] 97.49
B:454 [PRO] A:16 [A] 3.53 E:13 [DT] 97.49
B:454 [PRO] A:60 [C] 3.84 A:54 [G] 97.49
B:454 [PRO] A:61 [C] 3.94 A:53 [G] 97.49
B:455 [LEU] A:58 [G] 2.59 A:55 [C] sugar:BB 89.21
B:455 [LEU] A:59 [U] 3.68 89.21
B:455 [LEU] A:60 [C] 2.94 A:54 [G] 89.21
B:456 [ALA] A:58 [G] 3.32 A:55 [C] 81.18
B:456 [ALA] A:60 [C] 3.7 A:54 [G] 81.18
B:457 [ARG] A:57 [A] 2.69 41.08
B:457 [ARG] A:58 [G] 3.3 A:55 [C] 41.08
B:459 [ASN] A:56 [U] 3.26 base/AA stacks 46.67
B:459 [ASN] A:58 [G] 4.85 A:55 [C] 46.67
B:459 [ASN] A:60 [C] 3.4 A:54 [G] 46.67
B:459 [ASN] A:61 [C] 3.96 A:53 [G] 46.67
B:460 [SER] A:60 [C] 3.44 A:54 [G] 72.31
B:460 [SER] A:61 [C] 2.69 A:53 [G] 72.31
B:461 [ARG] A:62 [G] 4.03 A:52 [A] 46.06
B:461 [ARG] A:64 [U] 4.61 46.06
B:462 [PHE] A:14 [U] 3.63 E:15 [DA] 67.9
B:462 [PHE] A:15 [A] 3.39 E:14 [DT] 67.9
B:462 [PHE] A:61 [C] 3.73 A:53 [G] 67.9
B:462 [PHE] A:62 [G] 3.53 A:52 [A] 67.9
B:464 [TRP] A:14 [U] 3.88 E:15 [DA] 96.93
B:464 [TRP] A:15 [A] 3.65 E:14 [DT] 96.93
B:467 [ARG] A:58 [G] 3.7 A:55 [C] 85.85
B:467 [ARG] A:59 [U] 2.52 85.85
B:471 [GLU] A:59 [U] 4.15 63.54
B:472 [THR] A:58 [G] 5.0 A:55 [C] 51.15
B:472 [THR] A:59 [U] 2.92 51.15
B:473 [ILE] A:59 [U] 2.92 90.32
B:474 [THR] A:59 [U] 4.27 73.02
B:475 [PRO] A:59 [U] 3.3 98.62
B:491 [PHE] A:14 [U] 4.67 E:15 [DA] 98.55
B:494 [ARG] A:14 [U] 4.15 E:15 [DA] 89.03
B:495 [MET] A:13 [G] 3.21 E:16 [DC] 88.68
B:495 [MET] A:14 [U] 4.04 E:15 [DA] 88.68
B:510 [LYS] A:5 [C] 4.15 E:24 [DG] 85.15
B:510 [LYS] A:6 [U] 2.89 E:23 [DA] 85.15
B:515 [TYR] A:4 [A] 3.34 E:25 [DT] 97.66
B:515 [TYR] A:5 [C] 2.29 E:24 [DG] 97.66
B:518 [PHE] A:4 [A] 3.52 E:25 [DT] 72.35
B:519 [THR] A:5 [C] 3.19 E:24 [DG] sugar:SC 59.22
B:522 [ASN] A:4 [A] 4.54 E:25 [DT] 94.84
B:588 [ASN] A:5 [C] 4.43 E:24 [DG] 82.58
B:588 [ASN] A:6 [U] 3.3 E:23 [DA] 82.58
B:589 [ALA] A:5 [C] 4.21 E:24 [DG] 82.78
B:589 [ALA] A:6 [U] 4.69 E:23 [DA] 82.78
B:660 [GLY] A:5 [C] 4.22 E:24 [DG] 92.42
B:661 [ARG] A:3 [A] 4.83 E:26 [DT] 82.27
B:661 [ARG] A:4 [A] 2.53 E:25 [DT] 82.27
B:661 [ARG] A:5 [C] 3.44 E:24 [DG] 82.27
B:662 [LEU] A:4 [A] 4.07 E:25 [DT] 85.78
B:693 [PHE] A:3 [A] 3.87 E:26 [DT] 82.25
B:693 [PHE] A:4 [A] 4.13 E:25 [DT] 82.25
B:694 [MET] A:3 [A] 3.52 E:26 [DT] 93.83
B:721 [HIS] A:65 [A] 2.95 sugar:SC 47.18
B:721 [HIS] A:66 [U] 3.19 47.18
B:725 [ALA] A:65 [A] 4.81 55.04
B:729 [GLY] A:11 [U] 4.66 E:18 [DA] 75.96
B:729 [GLY] A:12 [U] 4.07 E:17 [DA] 75.96
B:730 [SER] A:11 [U] 4.79 E:18 [DA] 95.9
B:730 [SER] A:12 [U] 4.64 E:17 [DA] 95.9
B:731 [PRO] A:12 [U] 3.98 E:17 [DA] 92.69
B:731 [PRO] A:13 [G] 4.23 E:16 [DC] 92.69
B:734 [LYS] A:66 [U] 4.65 94.31
B:735 [LYS] A:66 [U] 3.56 91.38
B:738 [LEU] A:66 [U] 3.84 65.68
B:738 [LEU] A:67 [C] 4.24 65.68
B:739 [GLN] A:66 [U] 4.53 90.04
B:739 [GLN] A:67 [C] 3.02 90.04
B:742 [LYS] A:66 [U] 3.74 57.9
B:742 [LYS] A:67 [C] 2.83 57.9
B:749 [LYS] A:80 [U] 4.38 A:69 [A] 59.45
B:749 [LYS] A:81 [G] 3.95 A:68 [A] 59.45
B:753 [ARG] A:80 [U] 3.39 A:69 [A] 72.94
B:890 [LYS] A:8 [A] 4.48 E:21 [DT] 57.94
B:890 [LYS] A:9 [A] 2.43 E:20 [DT] 57.94
B:893 [THR] A:8 [A] 3.82 E:21 [DT] 89.84
B:893 [THR] A:9 [A] 3.39 E:20 [DT] 89.84
B:894 [GLN] A:7 [C] 4.34 E:22 [DG] 47.06
B:894 [GLN] A:8 [A] 3.66 E:21 [DT] sugar:BB 47.06
B:895 [ARG] A:8 [A] 4.69 E:21 [DT] 73.32
B:924 [THR] A:1 [A] 3.8 E:28 [DT] 98.37
B:926 [GLN] A:2 [U] 3.75 E:27 [DA] 98.97
B:929 [LYS] A:1 [A] 3.22 E:28 [DT] 95.04
B:929 [LYS] A:2 [U] 4.09 E:27 [DA] 95.04
B:1012 [ASP] A:1 [A] 4.69 E:28 [DT] 0.0
B:1097 [LYS] A:67 [C] 2.95 0.0
B:1097 [LYS] A:68 [A] 4.25 A:81 [G] 0.0
B:1098 [THR] A:67 [C] 4.63 0.0
B:1098 [THR] A:68 [A] 4.33 A:81 [G] 0.0
B:1099 [GLU] A:67 [C] 3.53 base/AA stacks 0.0
B:1100 [VAL] A:67 [C] 2.96 base:BB, base:BB 0.0
B:1102 [THR] A:63 [U] 4.86 0.0
B:1102 [THR] A:64 [U] 2.93 0.0
B:1102 [THR] A:65 [A] 4.46 0.0
B:1102 [THR] A:66 [U] 4.04 0.0
B:1103 [GLY] A:51 [A] 3.21 base:BB 0.0
B:1103 [GLY] A:63 [U] 3.32 0.0
B:1103 [GLY] A:64 [U] 3.55 0.0
B:1104 [GLY] A:51 [A] 3.57 0.0
B:1104 [GLY] A:63 [U] 3.17 0.0
B:1105 [PHE] A:51 [A] 3.04 base:BB base/AA stacks 0.0
B:1105 [PHE] A:52 [A] 3.43 A:62 [G] 0.0
B:1110 [ILE] A:21 [G] 4.09 A:50 [U] 0.0
B:1110 [ILE] A:22 [U] 2.59 A:49 [A] sugar:BB 0.0
B:1110 [ILE] A:23 [U] 3.24 A:48 [A] 0.0
B:1110 [ILE] A:49 [A] 4.52 A:22 [U] 0.0
B:1110 [ILE] A:50 [U] 4.64 A:21 [G] 0.0
B:1111 [LEU] A:22 [U] 4.78 A:49 [A] 0.0
B:1111 [LEU] A:23 [U] 3.77 A:48 [A] 0.0
B:1112 [PRO] A:23 [U] 3.77 A:48 [A] 0.0
B:1112 [PRO] A:24 [U] 3.35 A:47 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:23 [U] 4.33 A:48 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:24 [U] 3.0 A:47 [A] 0.0
B:1113 [LYS] A:25 [U] 4.33 A:46 [A] 0.0
B:1121 [ALA] A:52 [A] 4.41 A:62 [G] 0.0
B:1122 [ARG] A:23 [U] 2.96 A:48 [A] base:SC 0.0
B:1122 [ARG] A:49 [A] 2.99 A:22 [U] base:SC 0.0
B:1122 [ARG] A:50 [U] 4.53 A:21 [G] 0.0
B:1122 [ARG] A:52 [A] 3.15 A:62 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:49 [A] 3.35 A:22 [U] 0.0
B:1123 [LYS] A:50 [U] 3.13 A:21 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:52 [A] 2.8 A:62 [G] 0.0
B:1123 [LYS] A:53 [G] 3.43 A:61 [C] 0.0
B:1124 [LYS] A:52 [A] 3.7 A:62 [G] 0.0
B:1124 [LYS] A:53 [G] 2.8 A:61 [C] 0.0
B:1126 [TRP] A:48 [A] 4.46 A:23 [U] 0.0
B:1126 [TRP] A:49 [A] 3.33 A:22 [U] 0.0
B:1130 [LYS] A:24 [U] 3.45 A:47 [A] 0.0
B:1131 [TYR] A:23 [U] 2.64 A:48 [A] sugar:BB 0.0
B:1131 [TYR] A:24 [U] 3.65 A:47 [A] 0.0
B:1132 [GLY] A:23 [U] 4.63 A:48 [A] 0.0
B:1132 [GLY] A:24 [U] 4.76 A:47 [A] 0.0
B:1134 [PHE] A:51 [A] 3.79 0.0
B:1168 [ILE] A:51 [A] 4.88 0.0
B:1169 [MET] A:52 [A] 3.53 A:62 [G] 0.0
B:1349 [HIS] A:68 [A] 2.85 A:81 [G] sugar:SC 0.0
B:1349 [HIS] A:69 [A] 3.5 A:80 [U] 0.0
B:1350 [GLN] A:68 [A] 3.01 A:81 [G] 0.0
B:1351 [SER] A:68 [A] 3.85 A:81 [G] 0.0
B:1356 [TYR] A:68 [A] 3.92 A:81 [G] 0.0
B:1356 [TYR] A:81 [G] 3.31 A:68 [A] base/AA stacks 0.0
B:1357 [GLU] A:68 [A] 4.61 A:81 [G] 0.0
B:1357 [GLU] A:81 [G] 2.96 A:68 [A] base:BB 0.0
B:1358 [THR] A:68 [A] 3.5 A:81 [G] 0.0
B:1358 [THR] A:69 [A] 3.88 A:80 [U] 0.0
B:1358 [THR] A:81 [G] 4.91 A:68 [A] 0.0

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group125 5FQ5_B_A B: Crispr-associated endonuclease cas9/csn1, Streptococcus pyogenes (genetically engineered) A: sgRNA, Synthetic construct (synthetic) Q99ZW2 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 ✘

Interologs

Total number of interologs for this interface: 8

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4OO8_A_B 5FQ5_B_A 0.95 0.92 1.5 0.72 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2R_B_A 5FQ5_B_A 0.98 0.99 0.33 0.75 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2S_B_A 5FQ5_B_A 0.98 0.99 0.39 0.74 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5B2T_B_A 5FQ5_B_A 0.98 0.98 0.29 0.74 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5FQ5_B_A 7EL1_A_B 0.63 0.73 1.97 0.23 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5FQ5_B_A 7OX9_B_A 0.98 0.99 0.31 0.74 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5FQ5_B_A 5FW1_B_A 0.98 1.0 0.27 0.98 Ribonuclease H-like & His-Me finger endonucleases & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare
5FQ5_B_A 5X2H_A_B 0.55 0.75 3.12 0.15 Ribonuclease H-like & CRISPR-associated endonuclease Cas9 alpha-helical lobe & CRISPR-associated endonuclease Cas9 C-terminal domain & SSHS domain in CRISPR-associated endonuclease Cas9 compare