RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group126 > 6S0Z_E_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0Z_E
6S0Z_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
E:29 [ASN] A:642 [U] 4.24 A:703 [A] 79.17
E:29 [ASN] A:643 [G] 3.28 A:702 [U] 79.17
E:31 [SER] A:642 [U] 4.41 A:703 [A] 45.5
E:32 [VAL] A:642 [U] 3.49 A:703 [A] 71.01
E:32 [VAL] A:643 [G] 4.25 A:702 [U] 71.01
E:34 [PHE] A:1282 [A] 3.29 A:1240 [U] 71.12
E:34 [PHE] A:1283 [G] 3.84 A:1239 [C] 71.12
E:35 [GLU] A:704 [U] 3.98 A:641 [A] 73.4
E:35 [GLU] A:705 [U] 4.55 A:640 [G] 73.4
E:38 [ASN] A:1283 [G] 3.44 A:1239 [C] 51.2
E:38 [ASN] A:1284 [A] 4.27 A:1238 [U] 51.2
E:39 [LEU] A:660 [A] 3.57 A:656 [G] 52.38
E:39 [LEU] A:661 [U] 3.84 A:655 [A] 52.38
E:40 [GLN] A:659 [A] 4.36 44.61
E:40 [GLN] A:660 [A] 3.21 A:656 [G] 44.61
E:41 [ARG] A:489 [A] 3.07 base/AA stacks 44.95
E:41 [ARG] A:1240 [U] 2.81 A:1282 [A] base:SC, sugar:SC 44.95
E:41 [ARG] A:1241 [A] 2.98 A:1281 [U] 44.95
E:41 [ARG] A:1282 [A] 4.43 A:1240 [U] 44.95
E:41 [ARG] A:1283 [G] 4.59 A:1239 [C] 44.95
E:42 [ALA] A:489 [A] 4.18 75.02
E:43 [SER] A:659 [A] 2.77 sugar:SC 81.72
E:43 [SER] A:660 [A] 3.24 A:656 [G] 81.72
E:44 [LEU] A:489 [A] 4.52 52.99
E:44 [LEU] A:659 [A] 3.67 52.99
E:45 [ARG] A:489 [A] 3.3 base/AA stacks 89.66
E:45 [ARG] A:490 [C] 3.55 A:36 [G] 89.66
E:45 [ARG] A:1284 [A] 2.99 A:1238 [U] sugar:SC 89.66
E:46 [GLN] A:38 [A] 4.38 A:487 [U] 67.98
E:46 [GLN] A:487 [U] 2.87 A:38 [A] base:SC, sugar:SC 67.98
E:46 [GLN] A:488 [G] 3.19 A:37 [C] 67.98
E:46 [GLN] A:489 [A] 3.1 67.98
E:46 [GLN] A:490 [C] 4.71 A:36 [G] 67.98
E:46 [GLN] A:658 [A] 3.32 base/AA stacks 67.98
E:47 [GLY] A:489 [A] 4.94 72.3
E:48 [THR] A:37 [C] 4.76 A:488 [G] 81.64
E:48 [THR] A:38 [A] 2.41 A:487 [U] base:SC, sugar:SC 81.64
E:48 [THR] A:39 [C] 3.93 A:486 [G] 81.64
E:48 [THR] A:488 [G] 2.86 A:37 [C] base:BB 81.64
E:48 [THR] A:490 [C] 3.79 A:36 [G] 81.64
E:49 [HIS] A:38 [A] 4.27 A:487 [U] 79.51
E:49 [HIS] A:488 [G] 4.93 A:37 [C] 79.51
E:49 [HIS] A:490 [C] 3.2 A:36 [G] 79.51
E:50 [ALA] A:37 [C] 3.96 A:488 [G] 64.38
E:50 [ALA] A:38 [A] 3.88 A:487 [U] 64.38
E:50 [ALA] A:490 [C] 4.92 A:36 [G] 64.38
E:50 [ALA] A:497 [U] 4.81 64.38
E:50 [ALA] A:1286 [G] 4.7 64.38
E:51 [VAL] A:496 [G] 4.61 86.29
E:51 [VAL] A:497 [U] 4.78 86.29
E:51 [VAL] A:1286 [G] 3.62 86.29
E:52 [LYS] A:37 [C] 4.07 A:488 [G] 93.81
E:52 [LYS] A:38 [A] 4.44 A:487 [U] 93.81
E:52 [LYS] A:497 [U] 3.33 93.81
E:52 [LYS] A:498 [G] 3.79 93.81
E:53 [ASN] A:714 [G] 3.17 base:SC 69.2
E:53 [ASN] A:846 [G] 3.35 base:SC 69.2
E:54 [ARG] A:718 [C] 2.71 A:852 [U] 90.44
E:54 [ARG] A:719 [G] 2.98 A:851 [C] 90.44
E:54 [ARG] A:846 [G] 3.21 base/AA stacks 90.44
E:55 [SER] A:846 [G] 3.39 75.11
E:56 [ALA] A:498 [G] 4.65 80.19
E:57 [VAL] A:498 [G] 3.62 93.05
E:58 [SER] A:498 [G] 3.12 sugar:SC 68.13
E:58 [SER] A:504 [G] 3.97 base:SC 68.13
E:58 [SER] A:515 [G] 4.9 A:506 [A] 68.13
E:58 [SER] A:516 [A] 4.95 A:505 [U] 68.13
E:59 [GLY] A:515 [G] 3.62 A:506 [A] 86.31
E:60 [GLY] A:515 [G] 3.38 A:506 [A] 81.86
E:61 [GLY] A:843 [G] 3.38 A:724 [C] 74.07
E:62 [ARG] A:513 [G] 4.69 A:508 [C] 71.68
E:62 [ARG] A:514 [G] 3.26 A:507 [C] 71.68
E:62 [ARG] A:841 [C] 3.37 A:726 [G] 71.68
E:62 [ARG] A:842 [U] 2.67 A:725 [A] 71.68
E:62 [ARG] A:843 [G] 4.98 A:724 [C] 71.68
E:63 [LYS] A:719 [G] 3.4 A:851 [C] 98.95
E:63 [LYS] A:720 [A] 2.9 A:848 [U] 98.95
E:63 [LYS] A:721 [A] 4.07 A:847 [A] 98.95
E:65 [TRP] A:1295 [C] 4.3 A:626 [G] 47.7
E:67 [GLN] A:719 [G] 2.7 A:851 [C] sugar:SC 99.0
E:67 [GLN] A:720 [A] 3.59 A:848 [U] 99.0
E:67 [GLN] A:1293 [U] 4.88 99.0
E:67 [GLN] A:2470 [C] 4.18 A:2094 [G] 99.0
E:67 [GLN] A:2471 [G] 3.77 A:2093 [C] 99.0
E:68 [LYS] A:1293 [U] 4.27 98.98
E:68 [LYS] A:2087 [A] 3.72 98.98
E:68 [LYS] A:2088 [G] 2.87 A:2478 [A] 98.98
E:68 [LYS] A:2470 [C] 3.65 A:2094 [G] 98.98
E:68 [LYS] A:2471 [G] 2.9 A:2093 [C] 98.98
E:70 [THR] A:2086 [A] 2.57 95.61
E:70 [THR] A:2087 [A] 3.11 95.61
E:71 [GLY] A:1293 [U] 3.4 98.88
E:71 [GLY] A:2086 [A] 3.89 98.88
E:71 [GLY] A:2087 [A] 3.54 98.88
E:72 [ARG] A:1293 [U] 2.98 81.61
E:72 [ARG] A:2087 [A] 4.37 81.61
E:73 [ALA] A:1293 [U] 3.88 98.12
E:73 [ALA] A:1294 [G] 3.62 A:627 [C] 98.12
E:73 [ALA] A:1295 [C] 4.25 A:626 [G] 98.12
E:74 [ARG] A:718 [C] 4.33 A:852 [U] 98.98
E:74 [ARG] A:719 [G] 3.29 A:851 [C] base/AA stacks 98.98
E:74 [ARG] A:852 [U] 2.83 A:718 [C] base:SC 98.98
E:74 [ARG] A:1293 [U] 4.43 98.98
E:74 [ARG] A:2087 [A] 3.64 base/AA stacks 98.98
E:74 [ARG] A:2471 [G] 4.03 A:2093 [C] 98.98
E:74 [ARG] A:2472 [G] 2.87 A:2092 [C] 98.98
E:75 [GLN] A:718 [C] 3.94 A:852 [U] 70.48
E:75 [GLN] A:719 [G] 4.0 A:851 [C] 70.48
E:75 [GLN] A:720 [A] 3.46 A:848 [U] 70.48
E:75 [GLN] A:1294 [G] 2.99 A:627 [C] sugar:SC 70.48
E:75 [GLN] A:1295 [C] 3.81 A:626 [G] 70.48
E:76 [GLY] A:719 [G] 3.56 A:851 [C] 97.09
E:76 [GLY] A:720 [A] 2.89 A:848 [U] 97.09
E:77 [THR] A:719 [G] 3.91 A:851 [C] 87.3
E:78 [ILE] A:515 [G] 3.58 A:506 [A] 43.57
E:79 [ARG] A:498 [G] 3.77 85.3
E:79 [ARG] A:515 [G] 4.34 A:506 [A] 85.3
E:79 [ARG] A:516 [A] 3.25 A:505 [U] 85.3
E:80 [ALA] A:718 [C] 4.3 A:852 [U] 89.26
E:80 [ALA] A:719 [G] 4.71 A:851 [C] 89.26
E:81 [PRO] A:627 [C] 4.95 A:1294 [G] 89.96
E:81 [PRO] A:628 [G] 3.97 A:1292 [A] 89.96
E:81 [PRO] A:717 [C] 4.11 A:853 [G] 89.96
E:81 [PRO] A:718 [C] 3.82 A:852 [U] 89.96
E:82 [GLN] A:627 [C] 4.25 A:1294 [G] 71.3
E:82 [GLN] A:628 [G] 4.19 A:1292 [A] 71.3
E:82 [GLN] A:717 [C] 4.69 A:853 [G] 71.3
E:82 [GLN] A:718 [C] 3.03 A:852 [U] sugar:SC 71.3
E:82 [GLN] A:1292 [A] 3.92 A:628 [G] 71.3
E:82 [GLN] A:1294 [G] 2.83 A:627 [C] base:BB 71.3
E:82 [GLN] A:1295 [C] 3.32 A:626 [G] 71.3
E:83 [TRP] A:1294 [G] 4.98 A:627 [C] 56.41
E:83 [TRP] A:1295 [C] 3.75 A:626 [G] 56.41
E:83 [TRP] A:1296 [C] 4.77 A:625 [G] 56.41
E:84 [ARG] A:494 [U] 2.92 sugar:SC 73.48
E:84 [ARG] A:495 [A] 2.69 A:500 [A] 73.48
E:84 [ARG] A:516 [A] 4.58 A:505 [U] 73.48
E:84 [ARG] A:517 [A] 3.03 A:503 [A] 73.48
E:84 [ARG] A:518 [A] 3.34 73.48
E:84 [ARG] A:1295 [C] 3.53 A:626 [G] sugar:BB 73.48
E:84 [ARG] A:1296 [C] 3.37 A:625 [G] 73.48
E:85 [GLY] A:495 [A] 4.05 A:500 [A] 86.1
E:86 [GLY] A:495 [A] 4.51 A:500 [A] 98.95
E:88 [ILE] A:495 [A] 4.64 A:500 [A] 76.52
E:88 [ILE] A:496 [G] 3.2 76.52
E:88 [ILE] A:1286 [G] 3.47 76.52
E:89 [VAL] A:629 [A] 3.86 A:1289 [A] 77.97
E:89 [VAL] A:716 [C] 4.98 A:854 [G] 77.97
E:89 [VAL] A:717 [C] 3.8 A:853 [G] 77.97
E:89 [VAL] A:846 [G] 4.61 77.97
E:90 [PHE] A:629 [A] 4.22 A:1289 [A] 88.13
E:90 [PHE] A:630 [G] 4.21 A:855 [U] 88.13
E:90 [PHE] A:631 [U] 3.2 A:715 [A] base/AA stacks 88.13
E:90 [PHE] A:714 [G] 4.4 88.13
E:90 [PHE] A:715 [A] 4.33 A:631 [U] 88.13
E:90 [PHE] A:716 [C] 3.43 A:854 [G] 88.13
E:90 [PHE] A:717 [C] 3.95 A:853 [G] 88.13
E:90 [PHE] A:1286 [G] 4.01 88.13
E:91 [GLY] A:631 [U] 4.49 A:715 [A] 93.02
E:91 [GLY] A:1286 [G] 4.02 93.02
E:92 [PRO] A:1286 [G] 3.68 92.75
E:93 [THR] A:632 [U] 3.44 A:713 [A] sugar:SC 58.38
E:94 [PRO] A:38 [A] 3.91 A:487 [U] 69.11
E:94 [PRO] A:39 [C] 4.61 A:486 [G] 69.11
E:95 [ARG] A:632 [U] 3.48 A:713 [A] 80.36
E:95 [ARG] A:633 [A] 3.36 A:712 [U] 80.36
E:95 [ARG] A:1284 [A] 4.71 A:1238 [U] 80.36
E:95 [ARG] A:1285 [A] 3.38 A:1237 [U] 80.36
E:96 [SER] A:633 [A] 4.94 A:712 [U] 67.87
E:97 [TYR] A:1284 [A] 3.99 A:1238 [U] 39.66
E:97 [TYR] A:1285 [A] 4.07 A:1237 [U] 39.66
E:98 [ALA] A:660 [A] 3.89 A:656 [G] 64.39
E:99 [TYR] A:704 [U] 4.2 A:641 [A] 35.41
E:99 [TYR] A:705 [U] 3.81 A:640 [G] 35.41
E:100 [LYS] A:650 [U] 4.96 A:666 [A] 64.69
E:100 [LYS] A:651 [A] 3.16 64.69
E:100 [LYS] A:704 [U] 2.7 A:641 [A] sugar:BB 64.69
E:100 [LYS] A:705 [U] 4.99 A:640 [G] 64.69
E:101 [MET] A:650 [U] 4.21 A:666 [A] 71.0
E:101 [MET] A:704 [U] 4.05 A:641 [A] 71.0
E:102 [PRO] A:649 [U] 4.23 A:667 [G] 78.97
E:102 [PRO] A:650 [U] 3.41 A:666 [A] 78.97
E:102 [PRO] A:703 [A] 3.94 A:642 [U] 78.97
E:102 [PRO] A:704 [U] 4.32 A:641 [A] 78.97
E:103 [LYS] A:650 [U] 3.52 A:666 [A] 80.32
E:103 [LYS] A:662 [G] 4.32 A:654 [C] 80.32
E:103 [LYS] A:663 [U] 4.18 A:653 [G] 80.32
E:103 [LYS] A:664 [G] 3.23 A:652 [A] base:SC 80.32
E:103 [LYS] A:665 [G] 4.68 80.32
E:104 [LYS] A:643 [G] 4.18 A:702 [U] 89.15
E:104 [LYS] A:644 [C] 4.0 A:701 [G] 89.15
E:104 [LYS] A:648 [G] 4.49 A:668 [C] 89.15
E:104 [LYS] A:649 [U] 3.3 A:667 [G] 89.15
E:105 [MET] A:642 [U] 3.28 A:703 [A] 71.8
E:105 [MET] A:643 [G] 4.04 A:702 [U] 71.8
E:105 [MET] A:703 [A] 4.03 A:642 [U] 71.8
E:105 [MET] A:704 [U] 4.86 A:641 [A] 71.8
E:106 [ARG] A:650 [U] 3.79 A:666 [A] 74.35
E:106 [ARG] A:661 [U] 3.54 A:655 [A] 74.35
E:106 [ARG] A:662 [G] 2.86 A:654 [C] 74.35
E:107 [ARG] A:662 [G] 3.87 A:654 [C] 66.07
E:108 [LEU] A:643 [G] 4.3 A:702 [U] 43.01
E:134 [PRO] A:364 [A] 3.7 51.04
E:135 [LYS] A:363 [A] 3.82 87.72
E:135 [LYS] A:364 [A] 3.81 87.72
E:136 [THR] A:363 [A] 3.5 95.91
E:136 [THR] A:364 [A] 3.53 95.91
E:136 [THR] A:365 [A] 3.9 A:382 [U] 95.91
E:137 [LYS] A:361 [U] 4.79 A:376 [A] 83.31
E:137 [LYS] A:362 [C] 2.44 A:366 [G] 83.31
E:137 [LYS] A:363 [A] 4.49 83.31
E:140 [LYS] A:363 [A] 4.29 35.21
E:150 [LYS] A:1243 [G] 4.56 A:1279 [C] 45.81
E:151 [LYS] A:1242 [A] 3.57 A:1280 [U] 61.64
E:151 [LYS] A:1243 [G] 2.88 A:1279 [C] 61.64
E:165 [LEU] A:364 [A] 3.38 59.65
E:165 [LEU] A:365 [A] 4.04 A:382 [U] 59.65
E:166 [SER] A:364 [A] 4.82 87.79
E:168 [ARG] A:364 [A] 2.98 83.02
E:168 [ARG] A:365 [A] 2.88 A:382 [U] 83.02
E:168 [ARG] A:367 [A] 4.69 A:381 [G] 83.02
E:168 [ARG] A:383 [A] 2.7 A:341 [G] sugar:SC 83.02
E:169 [ASN] A:363 [A] 2.84 base:SC 98.79
E:169 [ASN] A:365 [A] 3.25 A:382 [U] 98.79
E:169 [ASN] A:366 [G] 2.84 A:362 [C] sugar:BB 98.79
E:169 [ASN] A:367 [A] 4.49 A:381 [G] 98.79
E:170 [ILE] A:363 [A] 4.14 77.35
E:170 [ILE] A:366 [G] 4.48 A:362 [C] 77.35
E:171 [PRO] A:366 [G] 4.06 A:362 [C] 43.42
E:179 [GLN] A:660 [A] 4.9 A:656 [G] 40.75
E:179 [GLN] A:661 [U] 4.17 A:655 [A] 40.75
E:179 [GLN] A:662 [G] 4.57 A:654 [C] 40.75
E:180 [GLY] A:660 [A] 4.28 A:656 [G] 52.8
E:181 [LEU] A:660 [A] 3.9 A:656 [G] 68.67
E:182 [ASN] A:660 [A] 3.68 A:656 [G] 87.12
E:188 [ASN] A:1242 [A] 3.56 A:1280 [U] 35.05
E:188 [ASN] A:1243 [G] 4.47 A:1279 [C] 35.05

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group126 6S0Z_E_A E: 50s ribosomal protein l4, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) W8TRC7 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_E_A 7RYG_E_A 0.85 0.98 1.0 0.53 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_E_A 7K00_e_a 0.81 0.98 1.41 0.49 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1F_1A 6S0Z_E_A 0.78 0.97 1.43 0.53 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_E_A 7OF0_F_A 0.86 0.94 1.45 0.44 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1YHQ_C_0 6S0Z_E_A 0.68 0.92 2.18 0.2 Ribosomal protein L4 compare
3CC2_C_0 6S0Z_E_A 0.69 0.92 2.18 0.2 Ribosomal protein L4 compare
1VQ8_C_0 6S0Z_E_A 0.68 0.92 2.2 0.2 Ribosomal protein L4 compare
6S0Z_E_A 7O7Y_BC_B5,B8 0.67 0.9 2.36 0.24 Ribosomal protein L4 compare
6AZ3_C_1,7 6S0Z_E_A 0.60 0.63 2.39 0.22 compare