RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group126 > 7K00_e_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_e
7K00_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
e:21 [ARG] a:601 [C] 4.84 a:656 [G] 33.2
e:24 [ASN] a:599 [A] 3.6 a:658 [U] 77.5
e:24 [ASN] a:600 [G] 2.67 a:657 [U] 77.5
e:26 [ALA] a:599 [A] 3.87 a:658 [U] 35.18
e:27 [LEU] a:599 [A] 3.71 a:658 [U] 66.37
e:27 [LEU] a:600 [G] 4.13 a:657 [U] 66.37
e:29 [HIS] a:1244 [A] 2.93 a:1201 [U] sugar:SC 72.5
e:29 [HIS] a:1245 [G] 3.53 a:1200 [C] 72.5
e:30 [GLN] a:599 [A] 4.75 a:658 [U] 75.14
e:30 [GLN] a:659 [G] 2.8 a:598 [U] base:SC, sugar:SC 75.14
e:30 [GLN] a:660 [C] 3.36 a:597 [G] 75.14
e:33 [VAL] a:1244 [A] 4.06 a:1201 [U] 55.21
e:33 [VAL] a:1245 [G] 3.65 a:1200 [C] 55.21
e:34 [ALA] a:615 [U] 3.94 55.7
e:35 [TYR] a:615 [U] 2.85 base:BB base/AA stacks 53.78
e:36 [ALA] a:443 [A] 3.2 48.42
e:36 [ALA] a:615 [U] 4.95 48.42
e:37 [ALA] a:443 [A] 3.77 77.03
e:38 [GLY] a:615 [U] 3.69 82.4
e:39 [ALA] a:443 [A] 4.71 55.55
e:39 [ALA] a:615 [U] 3.38 55.55
e:40 [ARG] a:443 [A] 3.14 base/AA stacks 93.57
e:40 [ARG] a:444 [C] 2.92 a:36 [G] 93.57
e:40 [ARG] a:1246 [A] 3.15 a:1199 [U] sugar:SC 93.57
e:41 [GLN] a:38 [A] 4.08 a:441 [U] 70.62
e:41 [GLN] a:39 [G] 4.88 a:440 [C] 70.62
e:41 [GLN] a:441 [U] 2.49 a:38 [A] base:SC, sugar:SC 70.62
e:41 [GLN] a:442 [G] 3.01 a:37 [C] 70.62
e:41 [GLN] a:443 [A] 2.79 70.62
e:42 [GLY] a:442 [G] 4.87 a:37 [C] 78.56
e:42 [GLY] a:443 [A] 3.68 78.56
e:42 [GLY] a:444 [C] 4.54 a:36 [G] 78.56
e:43 [THR] a:38 [A] 3.41 a:441 [U] 85.23
e:43 [THR] a:39 [G] 3.65 a:440 [C] 85.23
e:43 [THR] a:441 [U] 4.95 a:38 [A] 85.23
e:43 [THR] a:442 [G] 2.84 a:37 [C] base:BB 85.23
e:43 [THR] a:444 [C] 3.85 a:36 [G] 85.23
e:44 [ARG] a:37 [C] 4.68 a:442 [G] 84.5
e:44 [ARG] a:38 [A] 3.37 a:441 [U] 84.5
e:44 [ARG] a:442 [G] 4.2 a:37 [C] 84.5
e:44 [ARG] a:444 [C] 3.33 a:36 [G] 84.5
e:44 [ARG] a:1247 [A] 4.75 a:1198 [U] 84.5
e:44 [ARG] a:1248 [G] 2.6 84.5
e:45 [ALA] a:37 [C] 3.14 a:442 [G] 71.76
e:45 [ALA] a:38 [A] 3.58 a:441 [U] 71.76
e:45 [ALA] a:450 [G] 4.84 71.76
e:45 [ALA] a:451 [U] 4.38 71.76
e:46 [GLN] a:37 [C] 4.93 a:442 [G] 87.01
e:46 [GLN] a:444 [C] 4.18 a:36 [G] 87.01
e:46 [GLN] a:450 [G] 3.89 87.01
e:46 [GLN] a:451 [U] 4.43 87.01
e:46 [GLN] a:1248 [G] 3.45 base/AA stacks 87.01
e:47 [LYS] a:37 [C] 4.18 a:442 [G] 88.88
e:47 [LYS] a:451 [U] 2.88 88.88
e:47 [LYS] a:452 [G] 3.77 88.88
e:48 [THR] a:669 [G] 4.44 80.66
e:48 [THR] a:801 [G] 3.55 80.66
e:49 [ARG] a:672 [C] 4.76 a:808 [G] 93.37
e:49 [ARG] a:673 [C] 2.53 a:807 [U] 93.37
e:49 [ARG] a:674 [G] 2.92 a:806 [C] 93.37
e:49 [ARG] a:801 [G] 3.23 base/AA stacks 93.37
e:50 [ALA] a:801 [G] 3.25 79.63
e:51 [GLU] a:452 [G] 4.31 76.72
e:52 [VAL] a:452 [G] 3.44 95.85
e:53 [THR] a:451 [U] 4.25 71.63
e:53 [THR] a:452 [G] 2.68 71.63
e:53 [THR] a:458 [G] 3.45 71.63
e:53 [THR] a:469 [G] 4.94 a:460 [A] 71.63
e:54 [GLY] a:469 [G] 3.31 a:460 [A] 85.87
e:54 [GLY] a:798 [G] 3.93 a:679 [C] 85.87
e:55 [SER] a:468 [G] 3.82 a:461 [C] 83.07
e:55 [SER] a:469 [G] 3.23 a:460 [A] 83.07
e:55 [SER] a:797 [G] 2.76 a:680 [C] 83.07
e:55 [SER] a:798 [G] 3.9 a:679 [C] 83.07
e:56 [GLY] a:798 [G] 3.04 a:679 [C] 86.35
e:57 [LYS] a:795 [C] 4.91 a:682 [G] 67.33
e:57 [LYS] a:796 [C] 3.22 a:681 [G] 67.33
e:57 [LYS] a:797 [G] 3.59 a:680 [C] 67.33
e:57 [LYS] a:798 [G] 4.9 a:679 [C] 67.33
e:58 [LYS] a:674 [G] 3.52 a:806 [C] 98.84
e:58 [LYS] a:675 [A] 2.86 a:803 [U] 98.84
e:58 [LYS] a:676 [A] 3.58 a:802 [A] 98.84
e:60 [TRP] a:1257 [C] 4.05 a:583 [G] 64.33
e:62 [GLN] a:674 [G] 2.86 a:806 [C] sugar:SC, sugar:SC 99.0
e:62 [GLN] a:675 [A] 3.36 a:803 [U] 99.0
e:62 [GLN] a:676 [A] 4.66 a:802 [A] 99.0
e:62 [GLN] a:1255 [U] 4.38 99.0
e:62 [GLN] a:2060 [A] 4.73 99.0
e:62 [GLN] a:2443 [C] 3.9 a:2067 [G] 99.0
e:62 [GLN] a:2444 [G] 3.18 a:2066 [C] 99.0
e:63 [LYS] a:2059 [A] 4.81 99.0
e:63 [LYS] a:2060 [A] 3.11 sugar:SC 99.0
e:63 [LYS] a:2061 [G] 2.76 a:2451 [A] 99.0
e:63 [LYS] a:2062 [A] 4.71 99.0
e:63 [LYS] a:2443 [C] 3.17 a:2067 [G] 99.0
e:63 [LYS] a:2444 [G] 3.06 a:2066 [C] 99.0
e:64 [GLY] a:2059 [A] 3.24 96.08
e:64 [GLY] a:2060 [A] 2.88 96.08
e:65 [THR] a:2059 [A] 4.3 96.1
e:65 [THR] a:2060 [A] 4.26 96.1
e:66 [GLY] a:1255 [U] 3.37 98.93
e:66 [GLY] a:1256 [G] 4.92 a:584 [C] 98.93
e:66 [GLY] a:2059 [A] 3.91 98.93
e:66 [GLY] a:2060 [A] 3.18 98.93
e:67 [ARG] a:1255 [U] 3.04 88.15
e:67 [ARG] a:1256 [G] 4.7 a:584 [C] 88.15
e:67 [ARG] a:1257 [C] 3.05 a:583 [G] 88.15
e:67 [ARG] a:1258 [U] 3.43 a:582 [A] 88.15
e:67 [ARG] a:2060 [A] 4.64 88.15
e:68 [ALA] a:1255 [U] 3.5 98.75
e:68 [ALA] a:1256 [G] 3.52 a:584 [C] 98.75
e:68 [ALA] a:1257 [C] 4.21 a:583 [G] 98.75
e:69 [ARG] a:673 [C] 4.39 a:807 [U] 99.0
e:69 [ARG] a:674 [G] 3.28 a:806 [C] 99.0
e:69 [ARG] a:807 [U] 2.82 a:673 [C] base:SC 99.0
e:69 [ARG] a:1255 [U] 4.19 99.0
e:69 [ARG] a:2060 [A] 3.68 base/AA stacks 99.0
e:69 [ARG] a:2444 [G] 4.13 a:2066 [C] 99.0
e:69 [ARG] a:2445 [2MG] 2.7 a:2065 [C] 99.0
e:70 [SER] a:674 [G] 3.83 a:806 [C] 73.18
e:70 [SER] a:675 [A] 3.7 a:803 [U] 73.18
e:71 [GLY] a:673 [C] 4.93 a:807 [U] 98.43
e:71 [GLY] a:674 [G] 3.28 a:806 [C] 98.43
e:71 [GLY] a:675 [A] 3.2 a:803 [U] 98.43
e:72 [SER] a:674 [G] 3.29 a:806 [C] 88.31
e:73 [ILE] a:469 [G] 4.27 a:460 [A] 50.3
e:74 [LYS] a:801 [G] 4.58 80.6
e:75 [SER] a:673 [C] 3.51 a:807 [U] 88.42
e:75 [SER] a:674 [G] 4.37 a:806 [C] 88.42
e:76 [PRO] a:585 [G] 3.67 a:1254 [A] 92.07
e:76 [PRO] a:672 [C] 3.94 a:808 [G] 92.07
e:76 [PRO] a:673 [C] 3.55 a:807 [U] 92.07
e:77 [ILE] a:584 [C] 4.28 a:1256 [G] 66.3
e:77 [ILE] a:585 [G] 3.72 a:1254 [A] 66.3
e:77 [ILE] a:672 [C] 4.09 a:808 [G] 66.3
e:77 [ILE] a:673 [C] 3.4 a:807 [U] 66.3
e:77 [ILE] a:1254 [A] 3.4 a:585 [G] 66.3
e:77 [ILE] a:1256 [G] 2.89 a:584 [C] base:BB 66.3
e:77 [ILE] a:1257 [C] 3.66 a:583 [G] 66.3
e:78 [TRP] a:1256 [G] 4.76 a:584 [C] 52.04
e:78 [TRP] a:1257 [C] 3.37 a:583 [G] 52.04
e:79 [ARG] a:448 [U] 2.88 sugar:SC 76.91
e:79 [ARG] a:449 [A] 4.06 a:454 [A] 76.91
e:79 [ARG] a:470 [A] 4.43 a:459 [U] 76.91
e:79 [ARG] a:471 [A] 2.76 a:457 [A] 76.91
e:79 [ARG] a:472 [A] 3.68 76.91
e:79 [ARG] a:1257 [C] 2.91 a:583 [G] sugar:BB 76.91
e:79 [ARG] a:1258 [U] 3.4 a:582 [A] 76.91
e:80 [SER] a:448 [U] 4.36 86.37
e:80 [SER] a:449 [A] 2.92 a:454 [A] 86.37
e:80 [SER] a:471 [A] 4.39 a:457 [A] 86.37
e:81 [GLY] a:449 [A] 4.54 a:454 [A] 98.93
e:81 [GLY] a:450 [G] 4.8 98.93
e:83 [VAL] a:449 [A] 4.95 a:454 [A] 75.54
e:83 [VAL] a:450 [G] 3.17 75.54
e:83 [VAL] a:1248 [G] 3.55 75.54
e:84 [THR] a:585 [G] 3.93 a:1254 [A] 74.63
e:84 [THR] a:586 [A] 2.87 a:1251 [C] 74.63
e:84 [THR] a:669 [G] 4.84 74.63
e:84 [THR] a:672 [C] 3.45 a:808 [G] 74.63
e:84 [THR] a:801 [G] 4.32 74.63
e:85 [PHE] a:586 [A] 3.85 a:1251 [C] 86.05
e:85 [PHE] a:587 [C] 3.48 a:810 [U] 86.05
e:85 [PHE] a:588 [U] 3.34 a:670 [A] base/AA stacks 86.05
e:85 [PHE] a:669 [G] 4.32 86.05
e:85 [PHE] a:671 [C] 3.4 a:809 [G] 86.05
e:85 [PHE] a:672 [C] 3.77 a:808 [G] 86.05
e:89 [PRO] a:38 [A] 3.4 a:441 [U] 75.91
e:89 [PRO] a:39 [G] 4.05 a:440 [C] 75.91
e:90 [GLN] a:589 [U] 3.82 a:668 [A] 83.93
e:90 [GLN] a:590 [A] 3.54 a:667 [U] 83.93
e:92 [HIS] a:444 [C] 4.4 a:36 [G] 58.16
e:94 [GLN] a:660 [C] 3.47 a:597 [G] 42.11
e:94 [GLN] a:661 [A] 4.36 a:596 [U] 42.11
e:95 [LYS] a:606 [U] 2.94 a:622 [G] sugar:SC 61.05
e:95 [LYS] a:607 [U] 3.56 a:621 [A] 61.05
e:95 [LYS] a:658 [U] 2.95 a:599 [A] sugar:SC 61.05
e:95 [LYS] a:659 [G] 2.73 a:598 [U] sugar:BB 61.05
e:95 [LYS] a:660 [C] 3.1 a:597 [G] 61.05
e:96 [VAL] a:607 [U] 4.16 a:621 [A] 63.88
e:96 [VAL] a:659 [G] 4.33 a:598 [U] 63.88
e:97 [ASN] a:600 [G] 3.9 a:657 [U] 75.27
e:97 [ASN] a:606 [U] 3.96 a:622 [G] 75.27
e:97 [ASN] a:607 [U] 3.38 a:621 [A] 75.27
e:97 [ASN] a:658 [U] 2.81 a:599 [A] base:SC, sugar:SC 75.27
e:97 [ASN] a:659 [G] 3.58 a:598 [U] 75.27
e:98 [LYS] a:607 [U] 3.15 a:621 [A] 71.9
e:98 [LYS] a:617 [G] 4.71 a:611 [C] 71.9
e:98 [LYS] a:618 [G] 4.22 a:610 [C] 71.9
e:98 [LYS] a:619 [G] 2.56 a:609 [A] base:SC 71.9
e:98 [LYS] a:620 [G] 3.49 71.9
e:99 [LYS] a:600 [G] 3.89 a:657 [U] 88.85
e:99 [LYS] a:601 [C] 2.85 a:656 [G] sugar:SC 88.85
e:99 [LYS] a:605 [G] 3.08 a:623 [C] 88.85
e:99 [LYS] a:606 [U] 2.98 a:622 [G] 88.85
e:100 [MET] a:599 [A] 3.32 a:658 [U] 71.42
e:100 [MET] a:600 [G] 3.61 a:657 [U] 71.42
e:100 [MET] a:658 [U] 4.92 a:599 [A] 71.42
e:100 [MET] a:659 [G] 4.43 a:598 [U] 71.42
e:101 [TYR] a:615 [U] 4.18 71.16
e:101 [TYR] a:616 [A] 3.58 a:612 [G] 71.16
e:101 [TYR] a:617 [G] 4.24 a:611 [C] 71.16
e:102 [ARG] a:617 [G] 2.94 a:611 [C] 63.51
e:102 [ARG] a:618 [G] 4.79 a:610 [C] 63.51
e:129 [PRO] a:321 [U] 3.22 47.5
e:130 [LYS] a:320 [A] 2.65 82.02
e:130 [LYS] a:321 [U] 2.95 82.02
e:131 [THR] a:320 [A] 3.47 96.67
e:131 [THR] a:321 [U] 2.92 96.67
e:131 [THR] a:322 [A] 3.82 a:339 [U] 96.67
e:132 [LYS] a:319 [G] 3.62 a:323 [C] 78.69
e:132 [LYS] a:320 [A] 4.37 78.69
e:132 [LYS] a:321 [U] 4.56 78.69
e:135 [ALA] a:320 [A] 4.31 3.67
e:159 [LEU] a:321 [U] 3.41 53.12
e:159 [LEU] a:322 [A] 4.52 a:339 [U] 53.12
e:160 [ALA] a:321 [U] 4.75 85.91
e:162 [ARG] a:321 [U] 3.21 84.97
e:162 [ARG] a:322 [A] 2.73 a:339 [U] 84.97
e:162 [ARG] a:324 [A] 4.34 a:338 [G] 84.97
e:162 [ARG] a:340 [A] 2.69 a:298 [G] sugar:SC 84.97
e:163 [ASN] a:319 [G] 3.59 a:323 [C] 99.0
e:163 [ASN] a:320 [A] 2.74 base:SC 99.0
e:163 [ASN] a:322 [A] 3.42 a:339 [U] 99.0
e:163 [ASN] a:323 [C] 2.69 a:319 [G] 99.0
e:164 [LEU] a:320 [A] 3.62 75.98
e:164 [LEU] a:323 [C] 4.93 a:319 [G] 75.98
e:165 [HIS] a:323 [C] 4.19 a:319 [G] 50.78
e:165 [HIS] a:1205 [A] 3.03 sugar:SC base/AA stacks 50.78
e:166 [LYS] a:1205 [A] 4.44 45.69
e:171 [ASP] a:613 [A] 4.54 31.44
e:173 [THR] a:613 [A] 4.47 11.56
e:173 [THR] a:614 [A] 3.61 11.56
e:173 [THR] a:616 [A] 4.24 a:612 [G] 11.56
e:199 [MET] a:616 [A] 3.57 a:612 [G] 59.3
e:199 [MET] a:617 [G] 4.68 a:611 [C] 59.3

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group126 7K00_e_a e: 50s ribosomal protein l4, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) P60723 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6AZ3_C_1,7 7K00_e_a 0.61 0.62 2.19 0.2 compare
7K00_e_a 7O7Y_BC_B5,B8 0.58 0.9 2.31 0.22 Ribosomal protein L4 compare
1VQ8_C_0 7K00_e_a 0.64 0.91 2.39 0.2 Ribosomal protein L4 compare
1YHQ_C_0 7K00_e_a 0.65 0.91 2.39 0.2 Ribosomal protein L4 compare
3CC2_C_0 7K00_e_a 0.65 0.91 2.38 0.2 Ribosomal protein L4 compare
7K00_e_a 7OF0_F_A 0.76 0.91 1.05 0.41 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1F_1A 7K00_e_a 0.77 0.96 1.16 0.47 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_E_A 7K00_e_a 0.81 0.98 1.41 0.49 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_e_a 7RYG_E_A 0.93 0.99 1.56 0.77 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare