Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7OF0_F
|
7OF0_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| F:92 [ARG] | A:1878 [U] | 2.53 | A:1896 [U] | 76.58 | ||
| F:92 [ARG] | A:1879 [G] | 2.73 | A:1895 [C] | 76.58 | ||
| F:94 [ASP] | A:1878 [U] | 4.14 | A:1896 [U] | 60.69 | ||
| F:95 [ILE] | A:1878 [U] | 3.48 | A:1896 [U] | 69.61 | ||
| F:95 [ILE] | A:1879 [G] | 3.79 | A:1895 [C] | 69.61 | ||
| F:97 [HIS] | A:2288 [A] | 2.91 | A:2277 [U] | sugar:SC | 74.53 | |
| F:97 [HIS] | A:2289 [G] | 3.85 | A:2276 [C] | 74.53 | ||
| F:98 [GLN] | A:1878 [U] | 3.11 | A:1896 [U] | base:SC, sugar:SC | 66.0 | |
| F:101 [MET] | A:2288 [A] | 3.79 | A:2277 [U] | 42.24 | ||
| F:101 [MET] | A:2289 [G] | 3.48 | A:2276 [C] | 42.24 | ||
| F:104 [LYS] | A:1769 [C] | 3.22 | base:BB | 53.37 | ||
| F:104 [LYS] | A:2277 [U] | 2.73 | A:2288 [A] | base:SC | 53.37 | |
| F:104 [LYS] | A:2278 [A] | 3.33 | A:2287 [U] | 53.37 | ||
| F:104 [LYS] | A:2288 [A] | 4.69 | A:2277 [U] | 53.37 | ||
| F:104 [LYS] | A:2289 [G] | 4.04 | A:2276 [C] | 53.37 | ||
| F:105 [ASN] | A:1769 [C] | 3.28 | base:SC | 78.72 | ||
| F:105 [ASN] | A:2289 [G] | 2.91 | A:2276 [C] | sugar:SC | 78.72 | |
| F:105 [ASN] | A:2290 [A] | 4.23 | A:2275 [U] | 78.72 | ||
| F:108 [ARG] | A:1769 [C] | 3.36 | base/AA stacks | 92.87 | ||
| F:108 [ARG] | A:1770 [G] | 4.18 | A:1682 [C] | 92.87 | ||
| F:108 [ARG] | A:2290 [A] | 2.93 | A:2275 [U] | sugar:SC | 92.87 | |
| F:108 [ARG] | A:2291 [A] | 4.5 | A:2274 [A] | 92.87 | ||
| F:109 [ILE] | A:1769 [C] | 4.49 | 67.25 | |||
| F:110 [SER] | A:1769 [C] | 4.85 | 76.78 | |||
| F:110 [SER] | A:1770 [G] | 3.66 | A:1682 [C] | 76.78 | ||
| F:111 [TYR] | A:1683 [C] | 4.63 | A:1768 [G] | 83.16 | ||
| F:111 [TYR] | A:1684 [C] | 3.37 | A:1767 [G] | sugar:BB | 83.16 | |
| F:111 [TYR] | A:1685 [C] | 3.39 | A:1766 [U] | sugar:SC | 83.16 | |
| F:111 [TYR] | A:1767 [G] | 3.46 | A:1684 [C] | 83.16 | ||
| F:111 [TYR] | A:1768 [G] | 3.65 | A:1683 [C] | 83.16 | ||
| F:111 [TYR] | A:1770 [G] | 4.4 | A:1682 [C] | 83.16 | ||
| F:112 [ALA] | A:1768 [G] | 4.85 | A:1683 [C] | 81.34 | ||
| F:112 [ALA] | A:1770 [G] | 3.47 | A:1682 [C] | 81.34 | ||
| F:112 [ALA] | A:2292 [G] | 4.61 | 81.34 | |||
| F:113 [LYS] | A:1683 [C] | 3.57 | A:1768 [G] | 71.5 | ||
| F:113 [LYS] | A:1684 [C] | 3.64 | A:1767 [G] | 71.5 | ||
| F:113 [LYS] | A:1770 [G] | 4.97 | A:1682 [C] | 71.5 | ||
| F:113 [LYS] | A:1776 [G] | 4.78 | 71.5 | |||
| F:113 [LYS] | A:1777 [A] | 4.28 | 71.5 | |||
| F:114 [THR] | A:1776 [G] | 3.93 | 88.51 | |||
| F:114 [THR] | A:1777 [A] | 4.91 | 88.51 | |||
| F:114 [THR] | A:2292 [G] | 3.37 | 88.51 | |||
| F:115 [LYS] | A:1683 [C] | 4.12 | A:1768 [G] | 94.57 | ||
| F:115 [LYS] | A:1684 [C] | 4.22 | A:1767 [G] | 94.57 | ||
| F:115 [LYS] | A:1776 [G] | 4.94 | 94.57 | |||
| F:115 [LYS] | A:1777 [A] | 3.35 | 94.57 | |||
| F:115 [LYS] | A:1778 [U] | 3.83 | 94.57 | |||
| F:116 [THR] | A:2011 [G] | 3.75 | 80.34 | |||
| F:117 [ARG] | A:1904 [C] | 4.96 | A:2018 [G] | 93.27 | ||
| F:117 [ARG] | A:1905 [C] | 2.81 | A:2017 [U] | 93.27 | ||
| F:117 [ARG] | A:1906 [G] | 2.78 | A:2016 [C] | 93.27 | ||
| F:117 [ARG] | A:2011 [G] | 3.26 | base/AA stacks | 93.27 | ||
| F:118 [ALA] | A:2011 [G] | 3.2 | 73.56 | |||
| F:119 [GLU] | A:1778 [U] | 4.41 | 82.38 | |||
| F:120 [VAL] | A:1778 [U] | 3.26 | 93.23 | |||
| F:121 [ARG] | A:1778 [U] | 2.84 | base/AA stacks | 79.19 | ||
| F:121 [ARG] | A:1782 [G] | 2.9 | base:SC, base:SC | 79.19 | ||
| F:121 [ARG] | A:1793 [G] | 4.51 | A:1784 [A] | 79.19 | ||
| F:122 [GLY] | A:1793 [G] | 3.36 | A:1784 [A] | 92.67 | ||
| F:122 [GLY] | A:2008 [G] | 4.45 | A:1911 [C] | 92.67 | ||
| F:123 [GLY] | A:1792 [G] | 4.84 | A:1785 [C] | 84.03 | ||
| F:123 [GLY] | A:1793 [G] | 3.0 | A:1784 [A] | 84.03 | ||
| F:124 [GLY] | A:2007 [U] | 4.89 | A:1912 [A] | 83.73 | ||
| F:124 [GLY] | A:2008 [G] | 3.43 | A:1911 [C] | 83.73 | ||
| F:125 [ARG] | A:1791 [G] | 4.2 | A:1786 [C] | 75.4 | ||
| F:125 [ARG] | A:1792 [G] | 3.18 | A:1785 [C] | sugar:SC | 75.4 | |
| F:125 [ARG] | A:2006 [C] | 3.46 | A:1913 [G] | 75.4 | ||
| F:125 [ARG] | A:2007 [U] | 3.16 | A:1912 [A] | 75.4 | ||
| F:125 [ARG] | A:2008 [G] | 4.85 | A:1911 [C] | 75.4 | ||
| F:126 [LYS] | A:1906 [G] | 3.29 | A:2016 [C] | 98.93 | ||
| F:126 [LYS] | A:1907 [A] | 2.77 | A:2013 [U] | 98.93 | ||
| F:126 [LYS] | A:1908 [A] | 3.6 | A:2012 [A] | 98.93 | ||
| F:128 [TRP] | A:2301 [U] | 4.1 | A:1864 [A] | 65.27 | ||
| F:130 [GLN] | A:1906 [G] | 2.42 | A:2016 [C] | sugar:SC, sugar:SC | 99.0 | |
| F:130 [GLN] | A:1907 [A] | 3.42 | A:2013 [U] | 99.0 | ||
| F:130 [GLN] | A:1908 [A] | 4.72 | A:2012 [A] | 99.0 | ||
| F:130 [GLN] | A:2299 [U] | 3.97 | 99.0 | |||
| F:130 [GLN] | A:2930 [U] | 4.27 | A:2730 [A] | 99.0 | ||
| F:130 [GLN] | A:2931 [A] | 3.1 | A:2729 [U] | 99.0 | ||
| F:131 [LYS] | A:2930 [U] | 4.02 | A:2730 [A] | 99.0 | ||
| F:131 [LYS] | A:2931 [A] | 3.21 | A:2729 [U] | 99.0 | ||
| F:132 [GLY] | A:2722 [A] | 4.76 | 92.08 | |||
| F:134 [GLY] | A:2299 [U] | 3.38 | 98.95 | |||
| F:134 [GLY] | A:2300 [G] | 4.99 | A:1865 [C] | 98.95 | ||
| F:135 [ARG] | A:2299 [U] | 3.21 | 89.54 | |||
| F:135 [ARG] | A:2300 [G] | 4.79 | A:1865 [C] | 89.54 | ||
| F:135 [ARG] | A:2301 [U] | 2.92 | A:1864 [A] | 89.54 | ||
| F:135 [ARG] | A:2302 [U] | 3.64 | A:1863 [A] | 89.54 | ||
| F:136 [ALA] | A:2299 [U] | 3.6 | 98.74 | |||
| F:136 [ALA] | A:2300 [G] | 3.45 | A:1865 [C] | 98.74 | ||
| F:136 [ALA] | A:2301 [U] | 4.11 | A:1864 [A] | 98.74 | ||
| F:137 [ARG] | A:1905 [C] | 4.05 | A:2017 [U] | 98.98 | ||
| F:137 [ARG] | A:1906 [G] | 3.34 | A:2016 [C] | 98.98 | ||
| F:137 [ARG] | A:2017 [U] | 3.1 | A:1905 [C] | base:SC | 98.98 | |
| F:137 [ARG] | A:2299 [U] | 4.19 | 98.98 | |||
| F:137 [ARG] | A:2931 [A] | 3.71 | A:2729 [U] | 98.98 | ||
| F:137 [ARG] | A:2932 [G] | 2.28 | A:2728 [C] | 98.98 | ||
| F:138 [HIS] | A:1905 [C] | 4.26 | A:2017 [U] | 80.19 | ||
| F:138 [HIS] | A:1906 [G] | 3.7 | A:2016 [C] | 80.19 | ||
| F:138 [HIS] | A:1907 [A] | 3.8 | A:2013 [U] | 80.19 | ||
| F:138 [HIS] | A:2300 [G] | 2.76 | A:1865 [C] | sugar:SC | 80.19 | |
| F:138 [HIS] | A:2301 [U] | 3.32 | A:1864 [A] | 80.19 | ||
| F:139 [GLY] | A:1905 [C] | 4.92 | A:2017 [U] | 98.62 | ||
| F:139 [GLY] | A:1906 [G] | 3.39 | A:2016 [C] | 98.62 | ||
| F:139 [GLY] | A:1907 [A] | 3.36 | A:2013 [U] | 98.62 | ||
| F:140 [SER] | A:1906 [G] | 3.99 | A:2016 [C] | 90.09 | ||
| F:141 [ILE] | A:1793 [G] | 3.39 | A:1784 [A] | 53.86 | ||
| F:141 [ILE] | A:1794 [A] | 4.68 | A:1783 [U] | 53.86 | ||
| F:142 [ARG] | A:1778 [U] | 3.7 | 91.67 | |||
| F:142 [ARG] | A:1793 [G] | 4.41 | A:1784 [A] | 91.67 | ||
| F:142 [ARG] | A:1794 [A] | 2.25 | A:1783 [U] | 91.67 | ||
| F:143 [SER] | A:1905 [C] | 4.02 | A:2017 [U] | 92.58 | ||
| F:143 [SER] | A:1906 [G] | 4.33 | A:2016 [C] | 92.58 | ||
| F:144 [PRO] | A:1865 [C] | 4.91 | A:2300 [G] | 91.67 | ||
| F:144 [PRO] | A:1866 [U] | 4.0 | A:2298 [A] | 91.67 | ||
| F:144 [PRO] | A:1904 [C] | 4.09 | A:2018 [G] | 91.67 | ||
| F:144 [PRO] | A:1905 [C] | 3.61 | A:2017 [U] | 91.67 | ||
| F:145 [LEU] | A:1865 [C] | 4.23 | A:2300 [G] | 70.2 | ||
| F:145 [LEU] | A:1866 [U] | 3.35 | A:2298 [A] | 70.2 | ||
| F:145 [LEU] | A:1904 [C] | 3.8 | A:2018 [G] | 70.2 | ||
| F:145 [LEU] | A:1905 [C] | 3.86 | A:2017 [U] | 70.2 | ||
| F:145 [LEU] | A:2298 [A] | 3.14 | A:1866 [U] | 70.2 | ||
| F:145 [LEU] | A:2300 [G] | 2.81 | A:1865 [C] | base:BB | 70.2 | |
| F:145 [LEU] | A:2301 [U] | 3.36 | A:1864 [A] | 70.2 | ||
| F:146 [TRP] | A:1775 [A] | 4.78 | A:1680 [A] | 67.08 | ||
| F:146 [TRP] | A:2301 [U] | 3.62 | A:1864 [A] | 67.08 | ||
| F:146 [TRP] | A:2302 [U] | 4.19 | A:1863 [A] | 67.08 | ||
| F:147 [ARG] | A:1774 [U] | 2.77 | sugar:SC | 74.75 | ||
| F:147 [ARG] | A:1775 [A] | 3.98 | A:1680 [A] | 74.75 | ||
| F:147 [ARG] | A:1794 [A] | 4.24 | A:1783 [U] | 74.75 | ||
| F:147 [ARG] | A:1795 [A] | 2.66 | A:1781 [A] | 74.75 | ||
| F:147 [ARG] | A:1796 [A] | 3.39 | 74.75 | |||
| F:147 [ARG] | A:2301 [U] | 3.0 | A:1864 [A] | sugar:BB | 74.75 | |
| F:147 [ARG] | A:2302 [U] | 3.5 | A:1863 [A] | 74.75 | ||
| F:148 [GLY] | A:1774 [U] | 3.97 | 89.15 | |||
| F:148 [GLY] | A:1775 [A] | 2.83 | A:1680 [A] | 89.15 | ||
| F:148 [GLY] | A:1778 [U] | 4.99 | 89.15 | |||
| F:149 [GLY] | A:1775 [A] | 4.32 | A:1680 [A] | 98.95 | ||
| F:149 [GLY] | A:1776 [G] | 4.69 | 98.95 | |||
| F:151 [VAL] | A:1776 [G] | 3.39 | 72.0 | |||
| F:151 [VAL] | A:2292 [G] | 3.74 | 72.0 | |||
| F:152 [ALA] | A:1866 [U] | 4.87 | A:2298 [A] | 75.64 | ||
| F:152 [ALA] | A:1867 [A] | 3.61 | A:2295 [C] | 75.64 | ||
| F:152 [ALA] | A:1904 [C] | 4.25 | A:2018 [G] | 75.64 | ||
| F:152 [ALA] | A:2011 [G] | 4.54 | 75.64 | |||
| F:153 [HIS] | A:1867 [A] | 3.65 | A:2295 [C] | 82.42 | ||
| F:153 [HIS] | A:1868 [G] | 3.77 | A:2020 [U] | 82.42 | ||
| F:153 [HIS] | A:1869 [A] | 3.13 | 82.42 | |||
| F:153 [HIS] | A:1903 [C] | 2.86 | A:2019 [G] | sugar:SC | 82.42 | |
| F:153 [HIS] | A:1904 [C] | 3.45 | A:2018 [G] | 82.42 | ||
| F:153 [HIS] | A:2292 [G] | 3.43 | 82.42 | |||
| F:153 [HIS] | A:2293 [A] | 4.8 | A:2273 [A] | 82.42 | ||
| F:154 [GLY] | A:2292 [G] | 3.22 | 91.74 | |||
| F:155 [PRO] | A:2292 [G] | 3.22 | 93.37 | |||
| F:157 [GLY] | A:1684 [C] | 4.71 | A:1767 [G] | 67.78 | ||
| F:158 [PRO] | A:1684 [C] | 3.48 | A:1767 [G] | 77.52 | ||
| F:158 [PRO] | A:1685 [C] | 3.84 | A:1766 [U] | 77.52 | ||
| F:161 [TYR] | A:2290 [A] | 3.72 | A:2275 [U] | 60.31 | ||
| F:161 [TYR] | A:2291 [A] | 3.11 | A:2274 [A] | 60.31 | ||
| F:163 [TYR] | A:1897 [A] | 3.99 | A:1877 [U] | 6.45 | ||
| F:163 [TYR] | A:1898 [A] | 3.4 | A:1876 [U] | 6.45 | ||
| F:164 [MET] | A:1886 [G] | 4.41 | 54.77 | |||
| F:164 [MET] | A:1897 [A] | 3.32 | A:1877 [U] | 54.77 | ||
| F:165 [LEU] | A:1886 [G] | 4.26 | 68.15 | |||
| F:165 [LEU] | A:1897 [A] | 3.38 | A:1877 [U] | 68.15 | ||
| F:166 [PRO] | A:1885 [A] | 4.09 | 82.33 | |||
| F:166 [PRO] | A:1886 [G] | 3.5 | 82.33 | |||
| F:166 [PRO] | A:1896 [U] | 3.54 | A:1878 [U] | 82.33 | ||
| F:166 [PRO] | A:1897 [A] | 3.71 | A:1877 [U] | 82.33 | ||
| F:167 [MET] | A:1885 [A] | 4.88 | 71.3 | |||
| F:167 [MET] | A:1886 [G] | 2.73 | 71.3 | |||
| F:168 [LYS] | A:1879 [G] | 3.74 | A:1895 [C] | 86.78 | ||
| F:168 [LYS] | A:1880 [C] | 2.98 | A:1894 [G] | sugar:SC | 86.78 | |
| F:168 [LYS] | A:1884 [G] | 3.19 | A:1889 [C] | 86.78 | ||
| F:168 [LYS] | A:1885 [A] | 2.78 | 86.78 | |||
| F:168 [LYS] | A:1886 [G] | 4.85 | 86.78 | |||
| F:169 [VAL] | A:1878 [U] | 4.28 | A:1896 [U] | 78.4 | ||
| F:169 [VAL] | A:1879 [G] | 3.52 | A:1895 [C] | 78.4 | ||
| F:170 [ARG] | A:1886 [G] | 2.78 | base:SC, base:SC | 82.65 | ||
| F:172 [LEU] | A:1879 [G] | 3.87 | A:1895 [C] | 30.43 | ||
| F:172 [LEU] | A:1880 [C] | 4.38 | A:1894 [G] | 30.43 | ||
| F:251 [HIS] | A:2278 [A] | 3.4 | A:2287 [U] | sugar:SC | 39.6 | |
| F:251 [HIS] | A:2279 [U] | 4.78 | A:2286 [A] | 39.6 | ||
| F:255 [LYS] | A:2279 [U] | 2.78 | A:2286 [A] | 43.75 | ||
| F:255 [LYS] | A:2280 [C] | 4.52 | A:2285 [U] | 43.75 | ||
| F:279 [ARG] | A:1885 [A] | 4.04 | 78.02 | |||
| F:279 [ARG] | A:1886 [G] | 3.51 | 78.02 | |||
| F:280 [TYR] | A:1884 [G] | 4.59 | A:1889 [C] | 33.47 | ||
| F:281 [ARG] | A:1883 [G] | 3.49 | A:1890 [C] | base/AA stacks | 29.97 | |
| F:281 [ARG] | A:1884 [G] | 2.73 | A:1889 [C] | base:SC, base:SC | 29.97 | |
| F:281 [ARG] | A:1885 [A] | 3.07 | 29.97 | |||
| F:281 [ARG] | A:1889 [C] | 4.2 | A:1884 [G] | 29.97 | ||
| F:281 [ARG] | A:1890 [C] | 4.7 | A:1883 [G] | 29.97 | ||
| F:282 [PRO] | A:1885 [A] | 2.83 | base:BB | 24.53 | ||
| F:282 [PRO] | A:1886 [G] | 3.99 | 24.53 | |||
| F:283 [LEU] | A:1887 [A] | 4.37 | 71.77 | |||
| F:283 [LEU] | A:1888 [G] | 4.34 | 71.77 | |||
| F:284 [TYR] | A:1887 [A] | 3.52 | 71.77 | |||
| F:285 [PRO] | A:1886 [G] | 4.35 | 71.77 | |||
| F:285 [PRO] | A:1887 [A] | 3.28 | 71.77 | |||
| F:286 [PHE] | A:1886 [G] | 4.84 | 71.77 | |||
| F:288 [LEU] | A:1887 [A] | 3.67 | 71.77 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group126 | 7OF0_F_A | F: 39s ribosomal protein l4, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s ribosomal RNA, Homo sapiens (natural) | Q9BYD3 | Ribosomal protein L4 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6S0Z_E_A | 7OF0_F_A | 0.86 | 0.94 | 1.45 | 0.44 | Ribosomal protein L4 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1F_1A | 7OF0_F_A | 0.80 | 0.94 | 1.15 | 0.47 | Ribosomal protein L4 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1VQ8_C_0 | 7OF0_F_A | 0.57 | 0.93 | 2.53 | 0.21 | Ribosomal protein L4 | compare | |
| 1YHQ_C_0 | 7OF0_F_A | 0.58 | 0.93 | 2.5 | 0.21 | Ribosomal protein L4 | compare | |
| 3CC2_C_0 | 7OF0_F_A | 0.58 | 0.93 | 2.51 | 0.21 | Ribosomal protein L4 | compare | |
| 7K00_e_a | 7OF0_F_A | 0.76 | 0.91 | 1.05 | 0.41 | Ribosomal protein L4 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7OF0_F_A | 7RYG_E_A | 0.79 | 0.91 | 1.5 | 0.39 | Ribosomal protein L4 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |