RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group126 > 7OF0_F_A vs 7RYG_E_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

7OF0_F
7OF0_A
7RYG_E
7RYG_A
Conserved?
F:145 [LEU] A:1865 [C] E:76 [ILE] A:582 [C] ✔
F:145 [LEU] A:1866 [U] E:76 [ILE] A:583 [G] ✔
F:145 [LEU] A:1904 [C] E:76 [ILE] A:670 [C] ✔
F:145 [LEU] A:1905 [C] E:76 [ILE] A:671 [C] ✔
F:145 [LEU] A:2298 [A] E:76 [ILE] A:1249 [A] ✔
F:145 [LEU] A:2300 [G] E:76 [ILE] A:1251 [G] ✔
F:145 [LEU] A:2301 [U] E:76 [ILE] A:1252 [C] ✔
F:134 [GLY] A:2299 [U] E:65 [GLY] A:1250 [U] ✔
F:134 [GLY] A:2300 [G] E:65 [GLY] A:1251 [G] ✔
F:115 [LYS] A:1683 [C] E:46 [LYS] A:44 [C] ✔
F:115 [LYS] A:1684 [C] E:46 [LYS] A:45 [A] ✔
F:115 [LYS] A:1777 [A] E:46 [LYS] A:450 [U] ✔
F:115 [LYS] A:1778 [U] E:46 [LYS] A:451 [G] ✔
F:108 [ARG] A:1769 [C] E:39 [ARG] A:442 [A] ✔
F:108 [ARG] A:1770 [G] E:39 [ARG] A:443 [C] ✔
F:108 [ARG] A:2290 [A] E:39 [ARG] A:1241 [A] ✔
F:112 [ALA] A:1768 [G] E:43 [ARG] A:441 [G] ✔
F:112 [ALA] A:1770 [G] E:43 [ARG] A:443 [C] ✔
F:112 [ALA] A:2292 [G] E:43 [ARG] A:1243 [G] ✔
F:113 [LYS] A:1683 [C] E:44 [ALA] A:44 [C] ✔
F:113 [LYS] A:1684 [C] E:44 [ALA] A:45 [A] ✔
F:113 [LYS] A:1777 [A] E:44 [ALA] A:450 [U] ✔
F:104 [LYS] A:1769 [C] E:35 [LEU] A:442 [A] ✔
F:121 [ARG] A:1778 [U] E:52 [SER] A:451 [G] ✔
F:121 [ARG] A:1782 [G] E:52 [SER] A:457 [G] ✔
F:121 [ARG] A:1793 [G] E:52 [SER] A:468 [G] ✔
F:151 [VAL] A:1776 [G] E:82 [LYS] A:449 [G] ✔
F:151 [VAL] A:2292 [G] E:82 [LYS] A:1243 [G] ✔
F:138 [HIS] A:1906 [G] E:69 [ALA] A:672 [G] ✔
F:138 [HIS] A:1907 [A] E:69 [ALA] A:673 [A] ✔
F:126 [LYS] A:1906 [G] E:57 [LYS] A:672 [G] ✔
F:126 [LYS] A:1907 [A] E:57 [LYS] A:673 [A] ✔
F:126 [LYS] A:1908 [A] E:57 [LYS] A:674 [A] ✔
F:136 [ALA] A:2299 [U] E:67 [ALA] A:1250 [U] ✔
F:136 [ALA] A:2300 [G] E:67 [ALA] A:1251 [G] ✔
F:136 [ALA] A:2301 [U] E:67 [ALA] A:1252 [C] ✔
F:109 [ILE] A:1769 [C] E:40 [GLN] A:442 [A] ✔
F:116 [THR] A:2011 [G] E:47 [SER] A:799 [G] ✔
F:161 [TYR] A:2290 [A] E:91 [TRP] A:1241 [A] ✔
F:161 [TYR] A:2291 [A] E:91 [TRP] A:1242 [A] ✔
F:130 [GLN] A:1906 [G] E:61 [GLN] A:672 [G] ✔
F:130 [GLN] A:1907 [A] E:61 [GLN] A:673 [A] ✔
F:130 [GLN] A:2299 [U] E:61 [GLN] A:1250 [U] ✔
F:130 [GLN] A:2930 [U] E:61 [GLN] A:2439 [U] ✔
F:130 [GLN] A:2931 [A] E:61 [GLN] A:2440 [G] ✔
F:146 [TRP] A:2301 [U] E:77 [TRP] A:1252 [C] ✔
F:144 [PRO] A:1866 [U] E:75 [PRO] A:583 [G] ✔
F:144 [PRO] A:1904 [C] E:75 [PRO] A:670 [C] ✔
F:144 [PRO] A:1905 [C] E:75 [PRO] A:671 [C] ✔
F:137 [ARG] A:1905 [C] E:68 [ARG] A:671 [C] ✔
F:137 [ARG] A:1906 [G] E:68 [ARG] A:672 [G] ✔
F:137 [ARG] A:2017 [U] E:68 [ARG] A:805 [U] ✔
F:137 [ARG] A:2299 [U] E:68 [ARG] A:1250 [U] ✔
F:137 [ARG] A:2931 [A] E:68 [ARG] A:2440 [G] ✔
F:137 [ARG] A:2932 [G] E:68 [ARG] A:2441 [2MG] ✔
F:124 [GLY] A:2008 [G] E:55 [GLY] A:796 [G] ✔
F:94 [ASP] A:1878 [U] E:25 [ALA] A:597 [A] ✔
F:101 [MET] A:2288 [A] E:32 [THR] A:1239 [A] ✔
F:101 [MET] A:2289 [G] E:32 [THR] A:1240 [G] ✔
F:168 [LYS] A:1879 [G] E:98 [LYS] A:598 [G] ✔
F:168 [LYS] A:1880 [C] E:98 [LYS] A:599 [C] ✔
F:168 [LYS] A:1884 [G] E:98 [LYS] A:603 [G] ✔
F:168 [LYS] A:1885 [A] E:98 [LYS] A:604 [U] ✔
F:117 [ARG] A:1905 [C] E:48 [ARG] A:671 [C] ✔
F:117 [ARG] A:1906 [G] E:48 [ARG] A:672 [G] ✔
F:117 [ARG] A:2011 [G] E:48 [ARG] A:799 [G] ✔
F:140 [SER] A:1906 [G] E:71 [SER] A:672 [G] ✔
F:139 [GLY] A:1906 [G] E:70 [GLY] A:672 [G] ✔
F:139 [GLY] A:1907 [A] E:70 [GLY] A:673 [A] ✔
F:95 [ILE] A:1878 [U] E:26 [LEU] A:597 [A] ✔
F:95 [ILE] A:1879 [G] E:26 [LEU] A:598 [G] ✔
F:118 [ALA] A:2011 [G] E:49 [ALA] A:799 [G] ✔
F:105 [ASN] A:1769 [C] E:36 [ALA] A:442 [A] ✔
F:152 [ALA] A:1866 [U] E:83 [THR] A:583 [G] ✔
F:152 [ALA] A:1867 [A] E:83 [THR] A:584 [A] ✔
F:152 [ALA] A:1904 [C] E:83 [THR] A:670 [C] ✔
F:152 [ALA] A:2011 [G] E:83 [THR] A:799 [G] ✔
F:111 [TYR] A:1684 [C] E:42 [THR] A:45 [A] ✔
F:111 [TYR] A:1685 [C] E:42 [THR] A:46 [G] ✔
F:111 [TYR] A:1768 [G] E:42 [THR] A:441 [G] ✔
F:111 [TYR] A:1770 [G] E:42 [THR] A:443 [C] ✔
F:142 [ARG] A:1778 [U] E:73 [ARG] A:451 [G] ✔
F:142 [ARG] A:1793 [G] E:73 [ARG] A:468 [G] ✔
F:142 [ARG] A:1794 [A] E:73 [ARG] A:469 [A] ✔
F:143 [SER] A:1905 [C] E:74 [SER] A:671 [C] ✔
F:143 [SER] A:1906 [G] E:74 [SER] A:672 [G] ✔
F:164 [MET] A:1886 [G] E:94 [LYS] A:605 [U] ✔
F:164 [MET] A:1897 [A] E:94 [LYS] A:657 [G] ✔
F:165 [LEU] A:1886 [G] E:95 [VAL] A:605 [U] ✔
F:165 [LEU] A:1897 [A] E:95 [VAL] A:657 [G] ✔
F:147 [ARG] A:1774 [U] E:78 [VAL] A:447 [U] ✔
F:147 [ARG] A:1775 [A] E:78 [VAL] A:448 [A] ✔
F:147 [ARG] A:2301 [U] E:78 [VAL] A:1252 [C] ✔
F:147 [ARG] A:2302 [U] E:78 [VAL] A:1253 [U] ✔
F:148 [GLY] A:1774 [U] E:79 [GLY] A:447 [U] ✔
F:148 [GLY] A:1775 [A] E:79 [GLY] A:448 [A] ✔
F:97 [HIS] A:2288 [A] E:28 [HIS] A:1239 [A] ✔
F:97 [HIS] A:2289 [G] E:28 [HIS] A:1240 [G] ✔
F:158 [PRO] A:1684 [C] E:88 [PRO] A:45 [A] ✔
F:158 [PRO] A:1685 [C] E:88 [PRO] A:46 [G] ✔
F:110 [SER] A:1769 [C] E:41 [GLY] A:442 [A] ✔
F:110 [SER] A:1770 [G] E:41 [GLY] A:443 [C] ✔
F:131 [LYS] A:2930 [U] E:62 [LYS] A:2439 [U] ✔
F:131 [LYS] A:2931 [A] E:62 [LYS] A:2440 [G] ✔
F:114 [THR] A:1776 [G] E:45 [HIS] A:449 [G] ✔
F:114 [THR] A:1777 [A] E:45 [HIS] A:450 [U] ✔
F:114 [THR] A:2292 [G] E:45 [HIS] A:1243 [G] ✔
F:135 [ARG] A:2299 [U] E:66 [ARG] A:1250 [U] ✔
F:135 [ARG] A:2300 [G] E:66 [ARG] A:1251 [G] ✔
F:135 [ARG] A:2301 [U] E:66 [ARG] A:1252 [C] ✔
F:135 [ARG] A:2302 [U] E:66 [ARG] A:1253 [U] ✔
F:153 [HIS] A:1867 [A] E:84 [PHE] A:584 [A] ✔
F:153 [HIS] A:1868 [G] E:84 [PHE] A:585 [C] ✔
F:153 [HIS] A:1869 [A] E:84 [PHE] A:586 [U] ✔
F:153 [HIS] A:1903 [C] E:84 [PHE] A:669 [C] ✔
F:153 [HIS] A:1904 [C] E:84 [PHE] A:670 [C] ✔
F:123 [GLY] A:1793 [G] E:54 [GLY] A:468 [G] ✔
F:122 [GLY] A:1793 [G] E:53 [GLY] A:468 [G] ✔
F:163 [TYR] A:1898 [A] E:93 [GLN] A:658 [C] ✔
F:119 [GLU] A:1778 [U] E:50 [ASP] A:451 [G] ✔
F:141 [ILE] A:1793 [G] E:72 [ILE] A:468 [G] ✔
F:169 [VAL] A:1878 [U] E:99 [MET] A:597 [A] ✔
F:169 [VAL] A:1879 [G] E:99 [MET] A:598 [G] ✔
F:132 [GLY] A:2722 [A] E:63 [GLY] A:2055 [A] ✔
F:166 [PRO] A:1885 [A] E:96 [ASN] A:604 [U] ✔
F:166 [PRO] A:1886 [G] E:96 [ASN] A:605 [U] ✔
F:166 [PRO] A:1896 [U] E:96 [ASN] A:656 [U] ✔
F:166 [PRO] A:1897 [A] E:96 [ASN] A:657 [G] ✔
F:149 [GLY] A:1775 [A] E:80 [GLY] A:448 [A] ✔
F:149 [GLY] A:1776 [G] E:80 [GLY] A:449 [G] ✔
F:92 [ARG] A:1878 [U] E:23 [ASN] A:597 [A] ✔
F:92 [ARG] A:1879 [G] E:23 [ASN] A:598 [G] ✔
F:120 [VAL] A:1778 [U] E:51 [VAL] A:451 [G] ✔
F:125 [ARG] A:1792 [G] E:56 [LYS] A:467 [G] ✔
F:125 [ARG] A:2006 [C] E:56 [LYS] A:794 [C] ✔
F:125 [ARG] A:2007 [U] E:56 [LYS] A:795 [U] ✔
F:125 [ARG] A:2008 [G] E:56 [LYS] A:796 [G] ✔
F:98 [GLN] A:1878 [U] E:29 [GLN] A:597 [A] ✔
F:167 [MET] A:1886 [G] E:97 [ARG] A:605 [U] ✔
F:115 [LYS] A:1776 [G] E:46 [LYS] A:449 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:170 [ARG] A:1886 [G] E:100 [TYR] A:605 [U] ❌ 7RYG_E_A
F:108 [ARG] A:2291 [A] E:39 [ARG] A:1242 [A] ❌ 7RYG_E_A
F:113 [LYS] A:1770 [G] E:44 [ALA] A:443 [C] ❌ 7RYG_E_A
F:113 [LYS] A:1776 [G] E:44 [ALA] A:449 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:104 [LYS] A:2288 [A] E:35 [LEU] A:1239 [A] ❌ 7RYG_E_A
F:104 [LYS] A:2289 [G] E:35 [LEU] A:1240 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:138 [HIS] A:1905 [C] E:69 [ALA] A:671 [C] ❌ 7RYG_E_A
F:138 [HIS] A:2300 [G] E:69 [ALA] A:1251 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:138 [HIS] A:2301 [U] E:69 [ALA] A:1252 [C] ❌ 7RYG_E_A
F:130 [GLN] A:1908 [A] E:61 [GLN] A:674 [A] ❌ 7RYG_E_A
F:146 [TRP] A:1775 [A] E:77 [TRP] A:448 [A] ❌ 7RYG_E_A
F:146 [TRP] A:2302 [U] E:77 [TRP] A:1253 [U] ❌ 7RYG_E_A
F:144 [PRO] A:1865 [C] E:75 [PRO] A:582 [C] ❌ 7RYG_E_A
F:124 [GLY] A:2007 [U] E:55 [GLY] A:795 [U] ❌ 7RYG_E_A
F:168 [LYS] A:1886 [G] E:98 [LYS] A:605 [U] ❌ 7RYG_E_A
F:117 [ARG] A:1904 [C] E:48 [ARG] A:670 [C] ❌ 7RYG_E_A
F:139 [GLY] A:1905 [C] E:70 [GLY] A:671 [C] ❌ 7RYG_E_A
F:105 [ASN] A:2289 [G] E:36 [ALA] A:1240 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:105 [ASN] A:2290 [A] E:36 [ALA] A:1241 [A] ❌ 7RYG_E_A
F:111 [TYR] A:1683 [C] E:42 [THR] A:44 [C] ❌ 7RYG_E_A
F:111 [TYR] A:1767 [G] E:42 [THR] A:440 [U] ❌ 7RYG_E_A
F:147 [ARG] A:1794 [A] E:78 [VAL] A:469 [A] ❌ 7RYG_E_A
F:148 [GLY] A:1778 [U] E:79 [GLY] A:451 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:153 [HIS] A:2292 [G] E:84 [PHE] A:1243 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:123 [GLY] A:1792 [G] E:54 [GLY] A:467 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:122 [GLY] A:2008 [G] E:53 [GLY] A:796 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:163 [TYR] A:1897 [A] E:93 [GLN] A:657 [G] ❌ 7RYG_E_A
F:141 [ILE] A:1794 [A] E:72 [ILE] A:469 [A] ❌ 7RYG_E_A
F:167 [MET] A:1885 [A] E:97 [ARG] A:604 [U] ❌ 7RYG_E_A
F:98 [GLN] A:1897 [A] E:29 [GLN] A:657 [G] ❌ 7OF0_F_A
F:98 [GLN] A:1898 [A] E:29 [GLN] A:658 [C] ❌ 7OF0_F_A
F:109 [ILE] A:1685 [C] E:40 [GLN] A:46 [G] ❌ 7OF0_F_A
F:109 [ILE] A:1768 [G] E:40 [GLN] A:441 [G] ❌ 7OF0_F_A
F:109 [ILE] A:1684 [C] E:40 [GLN] A:45 [A] ❌ 7OF0_F_A
F:109 [ILE] A:1767 [G] E:40 [GLN] A:440 [U] ❌ 7OF0_F_A
F:112 [ALA] A:1684 [C] E:43 [ARG] A:45 [A] ❌ 7OF0_F_A
F:112 [ALA] A:1683 [C] E:43 [ARG] A:44 [C] ❌ 7OF0_F_A
F:112 [ALA] A:2291 [A] E:43 [ARG] A:1242 [A] ❌ 7OF0_F_A
F:114 [THR] A:1770 [G] E:45 [HIS] A:443 [C] ❌ 7OF0_F_A
F:122 [GLY] A:1792 [G] E:53 [GLY] A:467 [G] ❌ 7OF0_F_A
F:134 [GLY] A:2722 [A] E:65 [GLY] A:2055 [A] ❌ 7OF0_F_A
F:164 [MET] A:1885 [A] E:94 [LYS] A:604 [U] ❌ 7OF0_F_A
F:164 [MET] A:1896 [U] E:94 [LYS] A:656 [U] ❌ 7OF0_F_A
F:164 [MET] A:1898 [A] E:94 [LYS] A:658 [C] ❌ 7OF0_F_A
F:169 [VAL] A:1897 [A] E:99 [MET] A:657 [G] ❌ 7OF0_F_A
F:255 [LYS] A:2279 [U] E:181 [ALA] A:1198 [U] ❌ 7RYG_E:181, 7RYG_A:1198 no longer at interface
F:255 [LYS] A:2280 [C] E:181 [ALA] A:1199 [A] ❌ 7RYG_E:181, 7RYG_A:1199 no longer at interface
F:104 [LYS] A:2277 [U] E:35 [LEU] A:1196 [U] ❌ 7RYG_A:1196 no longer at interface
F:104 [LYS] A:2278 [A] E:35 [LEU] A:1197 [G] ❌ 7RYG_A:1197 no longer at interface
F:147 [ARG] A:1795 [A] E:78 [VAL] A:470 [A] ❌ 7RYG_A:470 no longer at interface
F:147 [ARG] A:1796 [A] E:78 [VAL] A:471 [A] ❌ 7RYG_A:471 no longer at interface
F:153 [HIS] A:2293 [A] E:84 [PHE] A:1244 [U] ❌ 7RYG_A:1244 no longer at interface
F:125 [ARG] A:1791 [G] E:56 [LYS] A:466 [G] ❌ 7RYG_A:466 no longer at interface
F:251 [HIS] A:2278 [A] E:177 [VAL] A:1197 [G] ❌ 7RYG_E:177, 7RYG_A:1197 no longer at interface
F:251 [HIS] A:2279 [U] E:177 [VAL] A:1198 [U] ❌ 7RYG_E:177, 7RYG_A:1198 no longer at interface
F:131 [LYS] A:2724 [G] E:62 [LYS] A:2057 [G] ❌ 7OF0_A:2724 no longer at interface
F:147 [ARG] A:1864 [A] E:78 [VAL] A:581 [G] ❌ 7OF0_A:1864 no longer at interface
F:159 [THR] A:1870 [A] E:89 [GLN] A:587 [U] ❌ 7OF0_F:159, 7OF0_A:1870 no longer at interface
F:163 [TYR] A:1899 [G] E:93 [GLN] A:659 [U] ❌ 7OF0_A:1899 no longer at interface
F:154 [GLY] A:2292 [G] E:85 [ALA] A:1243 [G] ❌ 7RYG_E:85 no longer at interface
F:172 [LEU] A:1879 [G] E:102 [GLY] A:598 [G] ❌ 7RYG_E:102 no longer at interface
F:172 [LEU] A:1880 [C] E:102 [GLY] A:599 [C] ❌ 7RYG_E:102 no longer at interface
F:128 [TRP] A:2301 [U] E:59 [PHE] A:1252 [C] ❌ 7RYG_E:59 no longer at interface
F:157 [GLY] A:1684 [C] E:87 [ARG] A:45 [A] ❌ 7RYG_E:87 no longer at interface
F:89 [THR] A:1880 [C] E:20 [ARG] A:599 [C] ❌ 7OF0_F:89 no longer at interface
F:89 [THR] A:1879 [G] E:20 [ARG] A:598 [G] ❌ 7OF0_F:89 no longer at interface
F:107 [LYS] A:1769 [C] E:38 [GLY] A:442 [A] ❌ 7OF0_F:107 no longer at interface
F:133 [THR] A:2722 [A] E:64 [THR] A:2055 [A] ❌ 7OF0_F:133 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.91 1.5 0.39 0.9 0.93 0.79 0.81 0.79 0.72 0.36 0.33


Other pairs involving 7OF0_F_A or 7RYG_E_A

Total number of entries: 14

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1VQ8_C_0 7OF0_F_A 0.57 0.93 2.53 0.21 Ribosomal protein L4 compare
1VQ8_C_0 7RYG_E_A 0.62 0.92 2.51 0.23 Ribosomal protein L4 compare
1YHQ_C_0 7RYG_E_A 0.62 0.92 2.45 0.22 Ribosomal protein L4 compare
1YHQ_C_0 7OF0_F_A 0.58 0.93 2.5 0.21 Ribosomal protein L4 compare
3CC2_C_0 7RYG_E_A 0.63 0.92 2.47 0.22 Ribosomal protein L4 compare
3CC2_C_0 7OF0_F_A 0.58 0.93 2.51 0.21 Ribosomal protein L4 compare
4Y4O_1F_1A 7RYG_E_A 0.74 0.96 1.8 0.47 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1F_1A 7OF0_F_A 0.80 0.94 1.15 0.47 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_C_1,7 7RYG_E_A 0.58 0.61 2.27 0.21 compare
6S0Z_E_A 7RYG_E_A 0.85 0.98 1.0 0.53 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_E_A 7OF0_F_A 0.86 0.94 1.45 0.44 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_e_a 7RYG_E_A 0.93 0.99 1.56 0.77 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_e_a 7OF0_F_A 0.76 0.91 1.05 0.41 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7OF0_F_A 7RYG_E_A 0.79 0.91 1.5 0.39 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare