RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group126 > 7RYG_E_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7RYG_E
7RYG_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
E:20 [ARG] A:598 [G] 4.43 A:655 [U] 21.42
E:20 [ARG] A:599 [C] 4.25 A:654 [G] 21.42
E:23 [ASN] A:597 [A] 3.72 A:656 [U] 75.72
E:23 [ASN] A:598 [G] 2.94 A:655 [U] 75.72
E:25 [ALA] A:597 [A] 4.27 A:656 [U] 39.76
E:26 [LEU] A:597 [A] 4.01 A:656 [U] 62.82
E:26 [LEU] A:598 [G] 4.38 A:655 [U] 62.82
E:28 [HIS] A:1239 [A] 3.05 A:1196 [U] sugar:SC 74.95
E:28 [HIS] A:1240 [G] 3.83 A:1195 [C] 74.95
E:29 [GLN] A:597 [A] 4.74 A:656 [U] 73.03
E:29 [GLN] A:657 [G] 3.37 A:596 [U] base:SC, base:SC 73.03
E:29 [GLN] A:658 [C] 3.63 A:595 [G] 73.03
E:32 [THR] A:1239 [A] 4.22 A:1196 [U] 45.06
E:32 [THR] A:1240 [G] 4.1 A:1195 [C] 45.06
E:33 [ALA] A:613 [U] 3.89 61.29
E:34 [TYR] A:613 [U] 2.91 base:BB base/AA stacks 52.67
E:35 [LEU] A:442 [A] 3.42 53.74
E:36 [ALA] A:442 [A] 3.94 76.35
E:37 [GLY] A:613 [U] 3.68 85.12
E:38 [GLY] A:442 [A] 4.93 54.77
E:38 [GLY] A:613 [U] 3.41 54.77
E:39 [ARG] A:442 [A] 3.27 base/AA stacks 93.54
E:39 [ARG] A:443 [C] 3.0 A:43 [G] 93.54
E:39 [ARG] A:1241 [A] 3.63 A:1194 [U] sugar:SC 93.54
E:40 [GLN] A:45 [A] 4.2 A:440 [U] 70.94
E:40 [GLN] A:46 [G] 4.79 A:439 [C] 70.94
E:40 [GLN] A:440 [U] 2.61 A:45 [A] base:SC, sugar:SC 70.94
E:40 [GLN] A:441 [G] 3.28 A:44 [C] 70.94
E:40 [GLN] A:442 [A] 3.02 70.94
E:41 [GLY] A:442 [A] 4.06 82.34
E:41 [GLY] A:443 [C] 4.6 A:43 [G] 82.34
E:42 [THR] A:45 [A] 3.48 A:440 [U] 86.92
E:42 [THR] A:46 [G] 3.87 A:439 [C] 86.92
E:42 [THR] A:441 [G] 3.39 A:44 [C] base:BB 86.92
E:42 [THR] A:443 [C] 3.85 A:43 [G] 86.92
E:43 [ARG] A:44 [C] 4.62 A:441 [G] 79.42
E:43 [ARG] A:45 [A] 3.79 A:440 [U] 79.42
E:43 [ARG] A:441 [G] 4.54 A:44 [C] 79.42
E:43 [ARG] A:443 [C] 3.72 A:43 [G] 79.42
E:43 [ARG] A:1242 [A] 4.73 A:1193 [U] 79.42
E:43 [ARG] A:1243 [G] 2.88 79.42
E:44 [ALA] A:44 [C] 3.76 A:441 [G] 70.57
E:44 [ALA] A:45 [A] 3.5 A:440 [U] 70.57
E:44 [ALA] A:450 [U] 4.87 70.57
E:45 [HIS] A:443 [C] 4.32 A:43 [G] 88.65
E:45 [HIS] A:449 [G] 4.68 88.65
E:45 [HIS] A:450 [U] 5.0 88.65
E:45 [HIS] A:1243 [G] 3.24 base/AA stacks 88.65
E:46 [LYS] A:44 [C] 4.82 A:441 [G] 89.75
E:46 [LYS] A:45 [A] 4.98 A:440 [U] 89.75
E:46 [LYS] A:450 [U] 3.53 89.75
E:46 [LYS] A:451 [G] 3.89 89.75
E:47 [SER] A:667 [G] 4.98 78.28
E:47 [SER] A:799 [G] 4.27 78.28
E:48 [ARG] A:671 [C] 2.68 A:805 [U] 94.82
E:48 [ARG] A:672 [G] 3.48 A:804 [C] 94.82
E:48 [ARG] A:799 [G] 3.36 base/AA stacks 94.82
E:49 [ALA] A:799 [G] 3.49 76.01
E:50 [ASP] A:451 [G] 4.55 70.87
E:51 [VAL] A:451 [G] 3.43 96.75
E:52 [SER] A:451 [G] 3.4 77.08
E:52 [SER] A:457 [G] 3.23 base:SC 77.08
E:52 [SER] A:468 [G] 4.64 A:459 [A] 77.08
E:53 [GLY] A:467 [G] 4.97 A:460 [C] 87.2
E:53 [GLY] A:468 [G] 3.42 A:459 [A] 87.2
E:54 [GLY] A:468 [G] 3.39 A:459 [A] 75.76
E:55 [GLY] A:796 [G] 3.37 A:677 [C] 81.63
E:56 [LYS] A:467 [G] 4.96 A:460 [C] 71.59
E:56 [LYS] A:794 [C] 3.0 A:679 [G] 71.59
E:56 [LYS] A:795 [U] 3.68 A:678 [A] 71.59
E:56 [LYS] A:796 [G] 4.95 A:677 [C] 71.59
E:57 [LYS] A:672 [G] 3.71 A:804 [C] 98.77
E:57 [LYS] A:673 [A] 2.79 A:801 [U] 98.77
E:57 [LYS] A:674 [A] 3.93 A:800 [A] 98.77
E:61 [GLN] A:672 [G] 3.06 A:804 [C] sugar:SC, sugar:SC 99.0
E:61 [GLN] A:673 [A] 3.37 A:801 [U] 99.0
E:61 [GLN] A:1250 [U] 4.85 99.0
E:61 [GLN] A:2439 [U] 4.02 A:2063 [G] 99.0
E:61 [GLN] A:2440 [G] 2.65 A:2062 [C] 99.0
E:62 [LYS] A:2056 [A] 3.42 sugar:SC 98.98
E:62 [LYS] A:2057 [G] 3.69 A:2447 [A] 98.98
E:62 [LYS] A:2439 [U] 3.43 A:2063 [G] 98.98
E:62 [LYS] A:2440 [G] 2.68 A:2062 [C] 98.98
E:63 [GLY] A:2055 [A] 3.85 94.52
E:63 [GLY] A:2056 [A] 3.47 94.52
E:64 [THR] A:2055 [A] 4.75 97.76
E:64 [THR] A:2056 [A] 4.52 97.76
E:65 [GLY] A:1250 [U] 3.14 98.91
E:65 [GLY] A:1251 [G] 4.94 A:582 [C] 98.91
E:65 [GLY] A:2055 [A] 4.43 98.91
E:65 [GLY] A:2056 [A] 3.62 98.91
E:66 [ARG] A:1250 [U] 2.98 87.77
E:66 [ARG] A:1251 [G] 4.72 A:582 [C] 87.77
E:66 [ARG] A:1252 [C] 3.65 A:581 [G] 87.77
E:66 [ARG] A:1253 [U] 4.79 A:580 [A] 87.77
E:67 [ALA] A:1250 [U] 3.87 98.98
E:67 [ALA] A:1251 [G] 3.73 A:582 [C] 98.98
E:67 [ALA] A:1252 [C] 4.48 A:581 [G] 98.98
E:68 [ARG] A:671 [C] 4.2 A:805 [U] 99.0
E:68 [ARG] A:672 [G] 3.55 A:804 [C] base/AA stacks 99.0
E:68 [ARG] A:805 [U] 2.99 A:671 [C] base:SC 99.0
E:68 [ARG] A:1250 [U] 4.61 99.0
E:68 [ARG] A:2056 [A] 3.99 99.0
E:68 [ARG] A:2440 [G] 4.29 A:2062 [C] 99.0
E:68 [ARG] A:2441 [2MG] 2.97 A:2061 [C] 99.0
E:69 [ALA] A:672 [G] 4.03 A:804 [C] 74.98
E:69 [ALA] A:673 [A] 3.8 A:801 [U] 74.98
E:70 [GLY] A:672 [G] 3.36 A:804 [C] 98.75
E:70 [GLY] A:673 [A] 3.45 A:801 [U] 98.75
E:71 [SER] A:672 [G] 3.95 A:804 [C] 89.7
E:72 [ILE] A:468 [G] 3.99 A:459 [A] 50.13
E:73 [ARG] A:451 [G] 4.35 84.0
E:73 [ARG] A:468 [G] 4.38 A:459 [A] 84.0
E:73 [ARG] A:469 [A] 3.14 A:458 [U] 84.0
E:74 [SER] A:671 [C] 4.18 A:805 [U] 91.47
E:74 [SER] A:672 [G] 4.86 A:804 [C] 91.47
E:75 [PRO] A:583 [G] 4.38 A:1249 [A] 93.03
E:75 [PRO] A:670 [C] 4.22 A:806 [G] 93.03
E:75 [PRO] A:671 [C] 3.83 A:805 [U] 93.03
E:76 [ILE] A:582 [C] 4.28 A:1251 [G] 63.65
E:76 [ILE] A:583 [G] 4.32 A:1249 [A] 63.65
E:76 [ILE] A:670 [C] 4.44 A:806 [G] 63.65
E:76 [ILE] A:671 [C] 3.51 A:805 [U] 63.65
E:76 [ILE] A:1249 [A] 3.7 A:583 [G] 63.65
E:76 [ILE] A:1251 [G] 3.23 A:582 [C] base:BB 63.65
E:76 [ILE] A:1252 [C] 3.89 A:581 [G] 63.65
E:77 [TRP] A:1252 [C] 3.56 A:581 [G] 62.8
E:78 [VAL] A:447 [U] 3.56 75.7
E:78 [VAL] A:448 [A] 4.47 A:453 [A] 75.7
E:78 [VAL] A:581 [G] 3.63 A:1252 [C] 75.7
E:78 [VAL] A:1252 [C] 2.99 A:581 [G] sugar:BB 75.7
E:78 [VAL] A:1253 [U] 3.72 A:580 [A] 75.7
E:79 [GLY] A:447 [U] 4.48 87.8
E:79 [GLY] A:448 [A] 3.29 A:453 [A] 87.8
E:80 [GLY] A:448 [A] 4.68 A:453 [A] 98.91
E:80 [GLY] A:449 [G] 4.77 98.91
E:82 [LYS] A:449 [G] 4.77 74.53
E:82 [LYS] A:1243 [G] 2.8 sugar:SC 74.53
E:83 [THR] A:583 [G] 4.45 A:1249 [A] 74.73
E:83 [THR] A:584 [A] 3.44 A:1246 [C] 74.73
E:83 [THR] A:670 [C] 3.9 A:806 [G] 74.73
E:83 [THR] A:799 [G] 4.68 74.73
E:84 [PHE] A:584 [A] 4.23 A:1246 [C] 85.8
E:84 [PHE] A:585 [C] 3.92 A:808 [U] 85.8
E:84 [PHE] A:586 [U] 3.58 A:668 [A] base/AA stacks 85.8
E:84 [PHE] A:667 [G] 4.88 85.8
E:84 [PHE] A:669 [C] 3.85 A:807 [G] 85.8
E:84 [PHE] A:670 [C] 3.98 A:806 [G] 85.8
E:88 [PRO] A:45 [A] 3.86 A:440 [U] 72.28
E:88 [PRO] A:46 [G] 4.75 A:439 [C] 72.28
E:89 [GLN] A:587 [U] 3.6 A:666 [A] 85.14
E:89 [GLN] A:588 [A] 3.45 A:665 [U] 85.14
E:91 [TRP] A:1241 [A] 3.52 A:1194 [U] 58.06
E:91 [TRP] A:1242 [A] 3.76 A:1193 [U] 58.06
E:93 [GLN] A:658 [C] 3.65 A:595 [G] 15.82
E:93 [GLN] A:659 [U] 4.99 A:594 [A] 15.82
E:94 [LYS] A:604 [U] 3.33 A:620 [G] sugar:SC 54.3
E:94 [LYS] A:605 [U] 3.63 A:619 [A] 54.3
E:94 [LYS] A:656 [U] 3.12 A:597 [A] sugar:SC 54.3
E:94 [LYS] A:657 [G] 2.86 A:596 [U] sugar:BB 54.3
E:94 [LYS] A:658 [C] 4.0 A:595 [G] 54.3
E:95 [VAL] A:605 [U] 4.49 A:619 [A] 69.1
E:95 [VAL] A:657 [G] 4.66 A:596 [U] 69.1
E:96 [ASN] A:604 [U] 3.43 A:620 [G] 81.09
E:96 [ASN] A:605 [U] 3.58 A:619 [A] 81.09
E:96 [ASN] A:656 [U] 3.13 A:597 [A] sugar:SC 81.09
E:96 [ASN] A:657 [G] 3.91 A:596 [U] 81.09
E:97 [ARG] A:605 [U] 3.68 A:619 [A] 73.39
E:97 [ARG] A:615 [G] 4.32 A:609 [C] 73.39
E:97 [ARG] A:616 [G] 4.12 A:608 [C] 73.39
E:97 [ARG] A:617 [G] 3.46 A:607 [A] base:SC 73.39
E:97 [ARG] A:618 [G] 3.76 base:SC 73.39
E:98 [LYS] A:598 [G] 4.11 A:655 [U] 87.5
E:98 [LYS] A:599 [C] 3.59 A:654 [G] sugar:SC 87.5
E:98 [LYS] A:603 [G] 3.5 A:621 [C] 87.5
E:98 [LYS] A:604 [U] 2.93 A:620 [G] 87.5
E:99 [MET] A:597 [A] 3.74 A:656 [U] 68.98
E:99 [MET] A:598 [G] 3.67 A:655 [U] 68.98
E:99 [MET] A:657 [G] 4.58 A:596 [U] 68.98
E:100 [TYR] A:613 [U] 4.6 66.55
E:100 [TYR] A:614 [A] 3.66 A:610 [G] 66.55
E:100 [TYR] A:615 [G] 4.41 A:609 [C] 66.55
E:101 [ARG] A:615 [G] 3.19 A:609 [C] 71.39
E:101 [ARG] A:616 [G] 3.24 A:608 [C] 71.39
E:128 [PRO] A:323 [U] 3.29 50.42
E:129 [LYS] A:322 [G] 2.75 86.85
E:129 [LYS] A:323 [U] 2.79 86.85
E:130 [THR] A:322 [G] 3.77 96.7
E:130 [THR] A:323 [U] 3.1 96.7
E:130 [THR] A:324 [A] 4.43 A:341 [U] 96.7
E:131 [LYS] A:321 [C] 3.34 A:325 [G] 80.84
E:131 [LYS] A:322 [G] 2.81 base:SC 80.84
E:134 [LEU] A:322 [G] 3.43 34.97
E:158 [LEU] A:323 [U] 3.43 65.49
E:158 [LEU] A:324 [A] 4.27 A:341 [U] 65.49
E:159 [ALA] A:323 [U] 4.79 88.09
E:161 [ARG] A:323 [U] 3.73 86.4
E:161 [ARG] A:324 [A] 3.08 A:341 [U] 86.4
E:161 [ARG] A:326 [A] 4.99 A:340 [G] 86.4
E:161 [ARG] A:342 [A] 2.87 A:300 [G] sugar:SC 86.4
E:162 [ASN] A:322 [G] 3.12 base:SC 98.98
E:162 [ASN] A:324 [A] 3.06 A:341 [U] 98.98
E:162 [ASN] A:325 [G] 3.24 A:321 [C] base:SC, sugar:BB 98.98
E:162 [ASN] A:326 [A] 3.52 A:340 [G] 98.98
E:163 [LEU] A:322 [G] 4.33 78.12
E:164 [PRO] A:322 [G] 4.15 42.0
E:164 [PRO] A:325 [G] 4.61 A:321 [C] 42.0
E:164 [PRO] A:1200 [A] 3.46 42.0
E:165 [HIS] A:1200 [A] 3.95 sugar:SC 57.29
E:172 [THR] A:614 [A] 4.32 A:610 [G] 34.3
E:198 [GLU] A:615 [G] 3.76 A:609 [C] 45.65

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group126 7RYG_E_A E: 50s ribosomal protein l4, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) B7IA38 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 8

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6AZ3_C_1,7 7RYG_E_A 0.58 0.61 2.27 0.21 compare
1YHQ_C_0 7RYG_E_A 0.62 0.92 2.45 0.22 Ribosomal protein L4 compare
1VQ8_C_0 7RYG_E_A 0.62 0.92 2.51 0.23 Ribosomal protein L4 compare
3CC2_C_0 7RYG_E_A 0.63 0.92 2.47 0.22 Ribosomal protein L4 compare
4Y4O_1F_1A 7RYG_E_A 0.74 0.96 1.8 0.47 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7OF0_F_A 7RYG_E_A 0.79 0.91 1.5 0.39 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_E_A 7RYG_E_A 0.85 0.98 1.0 0.53 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_e_a 7RYG_E_A 0.93 0.99 1.56 0.77 Ribosomal protein L4 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare