RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group127 > 6S0Z_J_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0Z_J
6S0Z_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
J:3 [LEU] A:1241 [A] 4.31 A:1281 [U] 72.99
J:3 [LEU] A:1242 [A] 3.82 A:1280 [U] 72.99
J:3 [LEU] A:1281 [U] 3.92 A:1241 [A] 72.99
J:4 [HIS] A:1242 [A] 3.2 A:1280 [U] sugar:SC 74.74
J:4 [HIS] A:1243 [G] 3.46 A:1279 [C] 74.74
J:4 [HIS] A:1280 [U] 4.54 A:1242 [A] 74.74
J:4 [HIS] A:1281 [U] 3.85 A:1241 [A] 74.74
J:5 [GLU] A:1281 [U] 4.09 A:1241 [A] 61.61
J:6 [LEU] A:1281 [U] 2.41 A:1241 [A] sugar:BB 75.96
J:6 [LEU] A:1282 [A] 3.38 A:1240 [U] 75.96
J:7 [LYS] A:1281 [U] 3.33 A:1241 [A] 34.03
J:7 [LYS] A:1282 [A] 3.49 A:1240 [U] 34.03
J:8 [PRO] A:1282 [A] 3.99 A:1240 [U] 37.49
J:8 [PRO] A:1283 [G] 4.1 A:1239 [C] 37.49
J:9 [ALA] A:641 [A] 3.72 A:704 [U] 23.55
J:9 [ALA] A:642 [U] 4.85 A:703 [A] 23.55
J:10 [GLU] A:641 [A] 3.73 A:704 [U] 1.77
J:11 [GLY] A:640 [G] 2.77 A:705 [U] sugar:BB 60.76
J:11 [GLY] A:641 [A] 3.65 A:704 [U] 60.76
J:12 [SER] A:640 [G] 3.38 A:705 [U] base:BB 66.15
J:12 [SER] A:641 [A] 2.86 A:704 [U] sugar:SC 66.15
J:12 [SER] A:706 [U] 3.56 A:639 [U] 66.15
J:13 [ARG] A:705 [U] 4.13 A:640 [G] 44.45
J:13 [ARG] A:706 [U] 3.71 A:639 [U] 44.45
J:13 [ARG] A:1283 [G] 3.97 A:1239 [C] 44.45
J:13 [ARG] A:1284 [A] 3.42 A:1238 [U] 44.45
J:14 [LYS] A:706 [U] 3.24 A:639 [U] sugar:BB 64.96
J:14 [LYS] A:707 [G] 3.84 A:638 [U] 64.96
J:14 [LYS] A:1232 [G] 3.67 A:859 [C] 64.96
J:14 [LYS] A:1233 [A] 4.5 A:858 [U] 64.96
J:15 [GLU] A:707 [G] 4.39 A:638 [U] 32.03
J:15 [GLU] A:1233 [A] 4.53 A:858 [U] 32.03
J:15 [GLU] A:1234 [G] 3.45 A:857 [C] 32.03
J:16 [ARG] A:631 [U] 3.29 A:715 [A] 60.88
J:16 [ARG] A:632 [U] 3.0 A:713 [A] 60.88
J:16 [ARG] A:707 [G] 3.73 A:638 [U] 60.88
J:16 [ARG] A:708 [G] 3.74 A:637 [U] 60.88
J:16 [ARG] A:1287 [U] 4.83 60.88
J:17 [ASN] A:631 [U] 4.53 A:715 [A] 83.12
J:17 [ASN] A:707 [G] 4.11 A:638 [U] 83.12
J:17 [ASN] A:708 [G] 2.86 A:637 [U] 83.12
J:18 [ARG] A:857 [C] 3.82 A:1234 [G] 95.46
J:18 [ARG] A:1235 [C] 4.44 A:1288 [G] 95.46
J:18 [ARG] A:1236 [G] 4.75 95.46
J:18 [ARG] A:1287 [U] 3.44 base/AA stacks 95.46
J:18 [ARG] A:1288 [G] 2.77 A:1235 [C] base:SC, base:SC 95.46
J:19 [VAL] A:630 [G] 3.46 A:855 [U] 74.36
J:20 [GLY] A:630 [G] 4.32 A:855 [U] 97.44
J:20 [GLY] A:855 [U] 3.54 A:630 [G] sugar:BB 97.44
J:20 [GLY] A:856 [U] 2.94 97.44
J:21 [ARG] A:630 [G] 3.06 A:855 [U] 98.92
J:21 [ARG] A:855 [U] 4.79 A:630 [G] 98.92
J:21 [ARG] A:856 [U] 3.3 base/AA stacks 98.92
J:21 [ARG] A:857 [C] 3.45 A:1234 [G] 98.92
J:21 [ARG] A:858 [U] 4.96 A:1233 [A] 98.92
J:21 [ARG] A:1287 [U] 4.67 98.92
J:21 [ARG] A:1288 [G] 2.62 A:1235 [C] 98.92
J:22 [GLY] A:856 [U] 3.35 98.87
J:22 [GLY] A:857 [C] 4.02 A:1234 [G] 98.87
J:22 [GLY] A:858 [U] 4.09 A:1233 [A] 98.87
J:23 [VAL] A:857 [C] 4.94 A:1234 [G] 57.81
J:23 [VAL] A:858 [U] 3.47 A:1233 [A] 57.81
J:24 [ALA] A:858 [U] 3.24 A:1233 [A] 83.43
J:24 [ALA] A:859 [C] 2.74 A:1232 [G] base:BB 83.43
J:24 [ALA] A:860 [U] 4.79 A:1231 [A] 83.43
J:24 [ALA] A:1232 [G] 4.97 A:859 [C] 83.43
J:25 [THR] A:857 [C] 4.06 A:1234 [G] 93.87
J:25 [THR] A:858 [U] 3.91 A:1233 [A] 93.87
J:25 [THR] A:859 [C] 4.45 A:1232 [G] 93.87
J:25 [THR] A:1231 [A] 4.76 A:860 [U] 93.87
J:25 [THR] A:1232 [G] 4.71 A:859 [C] 93.87
J:26 [GLY] A:1229 [G] 4.4 A:862 [C] 92.26
J:26 [GLY] A:1230 [G] 4.04 A:861 [C] 92.26
J:27 [ASN] A:1230 [G] 3.24 A:861 [C] 62.32
J:28 [GLY] A:855 [U] 4.23 A:630 [G] 98.66
J:28 [GLY] A:856 [U] 2.61 98.66
J:29 [LYS] A:609 [U] 3.01 A:618 [A] 80.22
J:29 [LYS] A:610 [U] 3.64 80.22
J:29 [LYS] A:855 [U] 2.72 A:630 [G] base:BB 80.22
J:29 [LYS] A:856 [U] 3.82 80.22
J:30 [THR] A:630 [G] 3.88 A:855 [U] 90.88
J:30 [THR] A:855 [U] 3.86 A:630 [G] 90.88
J:30 [THR] A:1228 [A] 3.49 A:863 [G] 90.88
J:30 [THR] A:1229 [G] 2.64 A:862 [C] 90.88
J:31 [SER] A:630 [G] 3.2 A:855 [U] 83.88
J:31 [SER] A:855 [U] 3.85 A:630 [G] 83.88
J:31 [SER] A:1229 [G] 4.27 A:862 [C] 83.88
J:32 [GLY] A:985 [A] 4.24 85.01
J:32 [GLY] A:986 [G] 3.46 A:882 [C] 85.01
J:32 [GLY] A:1229 [G] 3.02 A:862 [C] 85.01
J:32 [GLY] A:1230 [G] 4.5 A:861 [C] 85.01
J:33 [ARG] A:630 [G] 2.69 A:855 [U] base:SC, base:SC, base:SC 93.17
J:33 [ARG] A:716 [C] 3.39 A:854 [G] base/AA stacks 93.17
J:33 [ARG] A:986 [G] 3.65 A:882 [C] 93.17
J:33 [ARG] A:987 [U] 4.08 A:881 [G] 93.17
J:33 [ARG] A:1229 [G] 3.41 A:862 [C] 93.17
J:34 [GLY] A:986 [G] 3.38 A:882 [C] 98.97
J:34 [GLY] A:987 [U] 3.68 A:881 [G] 98.97
J:34 [GLY] A:1228 [A] 3.33 A:863 [G] 98.97
J:34 [GLY] A:1229 [G] 3.47 A:862 [C] 98.97
J:35 [HIS] A:610 [U] 4.3 68.02
J:35 [HIS] A:611 [U] 4.85 A:2057 [A] 68.02
J:35 [HIS] A:986 [G] 4.55 A:882 [C] 68.02
J:35 [HIS] A:987 [U] 3.31 A:881 [G] 68.02
J:35 [HIS] A:1228 [A] 4.47 A:863 [G] 68.02
J:36 [LYS] A:610 [U] 3.15 95.75
J:36 [LYS] A:611 [U] 3.45 A:2057 [A] 95.75
J:36 [LYS] A:852 [U] 3.29 A:718 [C] 95.75
J:36 [LYS] A:853 [G] 3.33 A:717 [C] 95.75
J:36 [LYS] A:877 [G] 4.95 A:870 [C] 95.75
J:36 [LYS] A:987 [U] 4.52 A:881 [G] 95.75
J:36 [LYS] A:2475 [A] 4.4 95.75
J:37 [GLY] A:850 [G] 4.76 98.97
J:37 [GLY] A:851 [C] 3.0 A:719 [G] 98.97
J:37 [GLY] A:876 [G] 3.75 A:871 [U] 98.97
J:37 [GLY] A:877 [G] 3.98 A:870 [C] 98.97
J:38 [GLN] A:199 [A] 3.1 base:SC, base:SC 91.27
J:38 [GLN] A:850 [G] 3.41 base/AA stacks 91.27
J:38 [GLN] A:851 [C] 3.92 A:719 [G] 91.27
J:38 [GLN] A:876 [G] 2.78 A:871 [U] sugar:SC 91.27
J:38 [GLN] A:877 [G] 3.2 A:870 [C] 91.27
J:39 [LYS] A:877 [G] 3.64 A:870 [C] 72.81
J:39 [LYS] A:878 [C] 3.39 A:869 [G] 72.81
J:39 [LYS] A:986 [G] 3.81 A:882 [C] 72.81
J:40 [ALA] A:716 [C] 2.98 A:854 [G] base:BB 86.77
J:40 [ALA] A:854 [G] 5.0 A:716 [C] 86.77
J:41 [ARG] A:716 [C] 4.42 A:854 [G] 99.0
J:41 [ARG] A:850 [G] 2.99 99.0
J:41 [ARG] A:851 [C] 2.96 A:719 [G] base/AA stacks 99.0
J:41 [ARG] A:852 [U] 2.4 A:718 [C] 99.0
J:41 [ARG] A:853 [G] 4.84 A:717 [C] 99.0
J:42 [SER] A:715 [A] 3.92 A:631 [U] 85.6
J:42 [SER] A:716 [C] 3.57 A:854 [G] 85.6
J:42 [SER] A:717 [C] 3.51 A:853 [G] 85.6
J:43 [GLY] A:715 [A] 3.5 A:631 [U] 86.06
J:43 [GLY] A:716 [C] 2.59 A:854 [G] 86.06
J:44 [GLY] A:716 [C] 4.38 A:854 [G] 28.98
J:46 [VAL] A:199 [A] 4.21 43.57
J:46 [VAL] A:711 [G] 4.45 A:634 [C] 43.57
J:46 [VAL] A:877 [G] 3.96 A:870 [C] 43.57
J:46 [VAL] A:878 [C] 4.21 A:869 [G] 43.57
J:47 [ARG] A:198 [A] 3.88 53.7
J:47 [ARG] A:199 [A] 3.2 53.7
J:47 [ARG] A:254 [A] 3.9 A:250 [G] 53.7
J:47 [ARG] A:255 [G] 4.46 A:249 [C] 53.7
J:48 [PRO] A:711 [G] 3.85 A:634 [C] 46.91
J:50 [PHE] A:199 [A] 3.59 70.94
J:50 [PHE] A:877 [G] 4.28 A:870 [C] 70.94
J:50 [PHE] A:878 [C] 3.67 A:869 [G] 70.94
J:51 [GLU] A:870 [C] 4.69 A:877 [G] 81.75
J:51 [GLU] A:877 [G] 2.93 A:870 [C] base:BB 81.75
J:51 [GLU] A:878 [C] 3.85 A:869 [G] 81.75
J:52 [GLY] A:199 [A] 4.44 88.15
J:52 [GLY] A:871 [U] 2.89 A:876 [G] sugar:BB 88.15
J:52 [GLY] A:873 [U] 4.55 88.15
J:52 [GLY] A:876 [G] 3.47 A:871 [U] base:BB 88.15
J:52 [GLY] A:877 [G] 3.6 A:870 [C] 88.15
J:52 [GLY] A:878 [C] 4.39 A:869 [G] 88.15
J:53 [GLY] A:871 [U] 3.22 A:876 [G] 86.46
J:53 [GLY] A:2455 [G] 4.93 86.46
J:54 [GLN] A:870 [C] 2.41 A:877 [G] sugar:SC 82.24
J:54 [GLN] A:871 [U] 3.82 A:876 [G] 82.24
J:54 [GLN] A:2385 [A] 3.22 base:SC, base:SC 82.24
J:54 [GLN] A:2386 [C] 4.02 82.24
J:54 [GLN] A:2455 [G] 3.34 base/AA stacks 82.24
J:55 [LEU] A:2419 [A] 3.54 A:2451 [C] 72.82
J:55 [LEU] A:2455 [G] 3.7 sugar:BB 72.82
J:55 [LEU] A:2456 [G] 3.49 A:2418 [G] 72.82
J:57 [LEU] A:2386 [C] 4.51 47.98
J:57 [LEU] A:2387 [A] 4.36 47.98
J:58 [PHE] A:253 [G] 4.66 A:203 [U] 35.16
J:59 [ARG] A:252 [C] 4.45 74.47
J:59 [ARG] A:253 [G] 3.46 A:203 [U] 74.47
J:59 [ARG] A:2419 [A] 4.68 A:2451 [C] 74.47
J:59 [ARG] A:2420 [U] 2.8 base:SC, sugar:BB, sugar:BB 74.47
J:59 [ARG] A:2421 [C] 3.67 A:2459 [A] sugar:SC 74.47
J:59 [ARG] A:2458 [U] 4.51 74.47
J:60 [ARG] A:2386 [C] 3.25 sugar:SC 81.52
J:60 [ARG] A:2387 [A] 3.28 sugar:SC 81.52
J:60 [ARG] A:2419 [A] 3.08 A:2451 [C] sugar:BB 81.52
J:60 [ARG] A:2420 [U] 3.38 81.52
J:60 [ARG] A:2455 [G] 3.54 81.52
J:60 [ARG] A:2456 [G] 4.63 A:2418 [G] 81.52
J:61 [LEU] A:2387 [A] 4.64 57.61
J:61 [LEU] A:2420 [U] 3.79 57.61
J:61 [LEU] A:2421 [C] 4.98 A:2459 [A] 57.61
J:62 [PRO] A:2420 [U] 3.75 90.39
J:62 [PRO] A:2421 [C] 3.67 A:2459 [A] 90.39
J:63 [LYS] A:252 [C] 2.92 sugar:SC 84.59
J:63 [LYS] A:2420 [U] 4.57 84.59
J:63 [LYS] A:2421 [C] 3.3 A:2459 [A] 84.59
J:63 [LYS] A:2422 [C] 3.97 A:2448 [G] 84.59
J:63 [LYS] A:2443 [C] 4.39 A:2427 [G] 84.59
J:64 [ARG] A:676 [A] 2.53 70.37
J:64 [ARG] A:2442 [G] 4.51 A:2428 [U] 70.37
J:64 [ARG] A:2443 [C] 3.08 A:2427 [G] 70.37
J:64 [ARG] A:2444 [C] 2.77 A:2426 [G] 70.37
J:65 [GLY] A:676 [A] 3.68 88.96
J:65 [GLY] A:2442 [G] 3.42 A:2428 [U] 88.96
J:65 [GLY] A:2443 [C] 3.45 A:2427 [G] 88.96
J:66 [PHE] A:676 [A] 2.97 sugar:BB, sugar:BB 81.93
J:66 [PHE] A:677 [A] 3.57 81.93
J:66 [PHE] A:2430 [C] 4.41 A:2441 [G] 81.93
J:66 [PHE] A:2431 [C] 3.8 A:2440 [G] 81.93
J:66 [PHE] A:2441 [G] 3.84 A:2430 [C] 81.93
J:66 [PHE] A:2442 [G] 3.31 A:2428 [U] 81.93
J:67 [THR] A:247 [A] 3.6 A:257 [G] 61.4
J:67 [THR] A:248 [G] 3.47 A:256 [C] 61.4
J:68 [ASN] A:677 [A] 3.99 66.18
J:68 [ASN] A:678 [A] 3.53 A:675 [G] 66.18
J:68 [ASN] A:2431 [C] 3.15 A:2440 [G] 66.18
J:68 [ASN] A:2432 [G] 3.75 A:2439 [A] 66.18
J:69 [ILE] A:247 [A] 4.23 A:257 [G] 57.19
J:70 [ASN] A:2431 [C] 4.61 A:2440 [G] 0.0
J:70 [ASN] A:2432 [G] 3.16 A:2439 [A] 0.0
J:70 [ASN] A:2433 [C] 2.76 0.0
J:71 [ARG] A:673 [G] 4.93 A:680 [C] 31.27
J:71 [ARG] A:674 [C] 4.17 A:679 [G] 31.27
J:71 [ARG] A:675 [G] 3.36 A:678 [A] 31.27
J:71 [ARG] A:677 [A] 4.57 31.27
J:71 [ARG] A:678 [A] 3.12 A:675 [G] 31.27
J:71 [ARG] A:679 [G] 2.62 A:674 [C] base:SC 31.27
J:71 [ARG] A:680 [C] 4.7 A:673 [G] 31.27
J:72 [LYS] A:678 [A] 4.83 A:675 [G] 31.56
J:72 [LYS] A:679 [G] 4.61 A:674 [C] 31.56
J:74 [TYR] A:681 [G] 4.87 3.33
J:76 [ILE] A:672 [A] 4.27 49.15
J:76 [ILE] A:681 [G] 3.42 49.15
J:78 [ASN] A:672 [A] 3.23 base:SC, base:SC 74.61
J:81 [GLN] A:671 [U] 3.76 4.79
J:84 [LYS] A:647 [G] 4.6 A:669 [C] 17.2
J:99 [SER] A:647 [G] 4.69 A:669 [C] 62.74
J:100 [GLY] A:647 [G] 4.3 A:669 [C] 62.69
J:101 [VAL] A:671 [U] 4.7 59.1
J:103 [LYS] A:647 [G] 3.09 A:669 [C] 36.37
J:103 [LYS] A:648 [G] 3.32 A:668 [C] 36.37
J:103 [LYS] A:649 [U] 3.57 A:667 [G] 36.37
J:103 [LYS] A:668 [C] 4.36 A:648 [G] 36.37
J:103 [LYS] A:669 [C] 4.56 A:647 [G] 36.37
J:103 [LYS] A:670 [G] 4.13 36.37
J:104 [ASN] A:668 [C] 4.84 A:648 [G] 49.92
J:110 [LYS] A:680 [C] 4.15 A:673 [G] 92.99
J:110 [LYS] A:681 [G] 3.01 base:SC 92.99
J:111 [ILE] A:682 [A] 4.9 A:696 [G] 82.18
J:112 [LEU] A:672 [A] 3.36 81.87
J:112 [LEU] A:681 [G] 3.7 81.87
J:112 [LEU] A:682 [A] 3.23 A:696 [G] 81.87
J:113 [GLY] A:672 [A] 4.79 58.84
J:113 [GLY] A:682 [A] 2.92 A:696 [G] 58.84
J:114 [ASN] A:672 [A] 4.24 48.09
J:114 [ASN] A:682 [A] 3.92 A:696 [G] 48.09
J:127 [LYS] A:680 [C] 3.09 A:673 [G] 5.26
J:128 [PHE] A:681 [G] 3.98 52.65
J:129 [SER] A:681 [G] 4.09 95.05
J:129 [SER] A:682 [A] 3.18 A:696 [G] 95.05
J:130 [ALA] A:681 [G] 3.66 56.24
J:131 [SER] A:682 [A] 3.42 A:696 [G] 62.49

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group127 6S0Z_J_A J: 50s ribosomal protein l15, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) A0A077UGA7 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6AZ3_L_1 6S0Z_J_A 0.36 0.72 4.24 0.11 Ribosomal proteins L15p and L18e compare
1YHQ_L_0 6S0Z_J_A 0.41 0.93 4.03 0.15 Ribosomal proteins L15p and L18e compare
1VQ8_L_0 6S0Z_J_A 0.41 0.93 4.07 0.15 Ribosomal proteins L15p and L18e compare
4Y4O_1P_1A 6S0Z_J_A 0.72 0.96 2.46 0.46 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_J_A 7RYG_K_A 0.78 0.97 1.41 0.47 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_J_A 7O7Y_Ba_B5 0.38 0.88 4.38 0.11 Ribosomal proteins L15p and L18e compare
6S0Z_J_A 7OF0_M_A 0.78 0.88 2.04 0.38 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_J_A 7K00_k_a 0.81 0.97 1.67 0.52 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_L_2 6S0Z_J_A 0.29 0.81 5.35 0.13 Ribosomal proteins L15p and L18e compare