RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group127 > 7K00_k_a

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7K00_k
7K00_a
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
k:3 [LEU] a:1202 [G] 2.95 a:1243 [C] base:BB 73.22
k:3 [LEU] a:1203 [U] 3.79 a:1242 [U] 73.22
k:3 [LEU] a:1243 [C] 4.02 a:1202 [G] 73.22
k:4 [ASN] a:1202 [G] 3.76 a:1243 [C] 70.81
k:4 [ASN] a:1203 [U] 3.21 a:1242 [U] 70.81
k:4 [ASN] a:1241 [A] 4.11 a:1204 [A] 70.81
k:4 [ASN] a:1242 [U] 2.89 a:1203 [U] base:SC 70.81
k:4 [ASN] a:1243 [C] 3.12 a:1202 [G] 70.81
k:5 [THR] a:1243 [C] 4.19 a:1202 [G] 60.67
k:6 [LEU] a:1243 [C] 3.12 a:1202 [G] 77.09
k:6 [LEU] a:1244 [A] 3.51 a:1201 [U] 77.09
k:7 [SER] a:1243 [C] 4.3 a:1202 [G] 38.76
k:7 [SER] a:1244 [A] 3.15 a:1201 [U] 38.76
k:8 [PRO] a:1244 [A] 3.9 a:1201 [U] 38.86
k:8 [PRO] a:1245 [G] 3.67 a:1200 [C] 38.86
k:9 [ALA] a:598 [U] 3.56 a:659 [G] 41.08
k:9 [ALA] a:599 [A] 4.08 a:658 [U] 41.08
k:10 [GLU] a:597 [G] 4.88 a:660 [C] 22.93
k:10 [GLU] a:598 [U] 3.44 a:659 [G] 22.93
k:11 [GLY] a:597 [G] 2.51 a:660 [C] sugar:BB 60.42
k:11 [GLY] a:598 [U] 3.78 a:659 [G] 60.42
k:12 [SER] a:597 [G] 2.99 a:660 [C] base:BB 63.72
k:12 [SER] a:598 [U] 3.4 a:659 [G] 63.72
k:12 [SER] a:660 [C] 4.42 a:597 [G] 63.72
k:12 [SER] a:661 [A] 3.3 a:596 [U] 63.72
k:13 [LYS] a:660 [C] 4.21 a:597 [G] 52.56
k:13 [LYS] a:661 [A] 3.36 a:596 [U] 52.56
k:13 [LYS] a:1245 [G] 3.22 a:1200 [C] 52.56
k:13 [LYS] a:1246 [A] 3.45 a:1199 [U] 52.56
k:14 [LYS] a:661 [A] 2.84 a:596 [U] sugar:BB 60.69
k:14 [LYS] a:662 [G] 3.14 a:595 [C] 60.69
k:14 [LYS] a:1193 [G] 3.01 a:814 [C] 60.69
k:14 [LYS] a:1194 [A] 4.35 a:813 [U] 60.69
k:15 [ALA] a:661 [A] 4.96 a:596 [U] 48.29
k:15 [ALA] a:662 [G] 4.1 a:595 [C] 48.29
k:16 [GLY] a:662 [G] 3.28 a:595 [C] 49.94
k:16 [GLY] a:663 [G] 3.64 a:594 [U] 49.94
k:17 [LYS] a:588 [U] 4.11 a:670 [A] 81.23
k:17 [LYS] a:662 [G] 3.92 a:595 [C] 81.23
k:17 [LYS] a:663 [G] 2.86 a:594 [U] 81.23
k:17 [LYS] a:664 [G] 3.97 a:593 [U] 81.23
k:17 [LYS] a:940 [G] 4.38 a:838 [C] 81.23
k:17 [LYS] a:1191 [G] 3.55 a:816 [C] 81.23
k:17 [LYS] a:1192 [G] 3.58 a:815 [C] 81.23
k:18 [ARG] a:812 [C] 4.74 a:1195 [G] 92.09
k:18 [ARG] a:1249 [U] 3.35 a:1197 [G] base/AA stacks 92.09
k:18 [ARG] a:1250 [G] 2.95 a:1196 [C] base:SC 92.09
k:19 [LEU] a:587 [C] 3.25 a:810 [U] 76.96
k:20 [GLY] a:810 [U] 2.97 a:587 [C] sugar:BB 94.54
k:20 [GLY] a:811 [U] 2.96 94.54
k:21 [ARG] a:586 [A] 4.84 a:1251 [C] 99.0
k:21 [ARG] a:587 [C] 2.71 a:810 [U] 99.0
k:21 [ARG] a:810 [U] 4.42 a:587 [C] 99.0
k:21 [ARG] a:811 [U] 3.19 base/AA stacks 99.0
k:21 [ARG] a:812 [C] 3.45 a:1195 [G] 99.0
k:21 [ARG] a:813 [U] 4.56 a:1194 [A] 99.0
k:21 [ARG] a:1249 [U] 4.75 a:1197 [G] 99.0
k:21 [ARG] a:1250 [G] 2.81 a:1196 [C] 99.0
k:22 [GLY] a:810 [U] 4.91 a:587 [C] 98.95
k:22 [GLY] a:811 [U] 2.95 98.95
k:22 [GLY] a:812 [C] 3.84 a:1195 [G] 98.95
k:22 [GLY] a:813 [U] 3.8 a:1194 [A] 98.95
k:23 [ILE] a:813 [U] 3.46 a:1194 [A] 49.8
k:24 [GLY] a:813 [U] 2.83 a:1194 [A] 80.0
k:24 [GLY] a:814 [C] 2.87 a:1193 [G] base:BB 80.0
k:25 [SER] a:812 [C] 4.62 a:1195 [G] 94.94
k:25 [SER] a:813 [U] 3.49 a:1194 [A] 94.94
k:25 [SER] a:814 [C] 4.18 a:1193 [G] 94.94
k:25 [SER] a:1193 [G] 4.7 a:814 [C] 94.94
k:26 [GLY] a:1191 [G] 4.67 a:816 [C] 92.19
k:27 [LEU] a:1191 [G] 3.45 a:816 [C] 55.61
k:28 [GLY] a:811 [U] 3.16 98.57
k:29 [LYS] a:566 [U] 2.94 a:575 [A] 77.8
k:29 [LYS] a:567 [U] 2.83 77.8
k:29 [LYS] a:587 [C] 4.47 a:810 [U] 77.8
k:29 [LYS] a:810 [U] 2.88 a:587 [C] 77.8
k:29 [LYS] a:811 [U] 2.77 77.8
k:30 [THR] a:587 [C] 3.82 a:810 [U] 86.56
k:30 [THR] a:810 [U] 3.86 a:587 [C] 86.56
k:30 [THR] a:1189 [A] 3.86 a:818 [G] 86.56
k:30 [THR] a:1190 [G] 2.67 a:817 [C] 86.56
k:31 [GLY] a:587 [C] 4.68 a:810 [U] 83.05
k:31 [GLY] a:1190 [G] 4.29 a:817 [C] 83.05
k:32 [GLY] a:941 [A] 4.26 89.9
k:32 [GLY] a:942 [G] 3.61 a:837 [C] 89.9
k:32 [GLY] a:1189 [A] 5.0 a:818 [G] 89.9
k:32 [GLY] a:1190 [G] 2.98 a:817 [C] 89.9
k:32 [GLY] a:1191 [G] 4.45 a:816 [C] 89.9
k:33 [ARG] a:587 [C] 3.04 a:810 [U] base:SC, base:SC 93.47
k:33 [ARG] a:670 [A] 4.99 a:588 [U] 93.47
k:33 [ARG] a:671 [C] 2.93 a:809 [G] base/AA stacks 93.47
k:33 [ARG] a:942 [G] 4.02 a:837 [C] 93.47
k:33 [ARG] a:943 [A] 4.41 93.47
k:33 [ARG] a:1189 [A] 4.93 a:818 [G] 93.47
k:33 [ARG] a:1190 [G] 3.18 a:817 [C] 93.47
k:34 [GLY] a:942 [G] 3.49 a:837 [C] 99.0
k:34 [GLY] a:943 [A] 3.67 99.0
k:34 [GLY] a:1189 [A] 3.35 a:818 [G] 99.0
k:34 [GLY] a:1190 [G] 2.91 a:817 [C] 99.0
k:35 [HIS] a:567 [U] 3.46 62.28
k:35 [HIS] a:568 [U] 4.82 a:2030 [6MZ] 62.28
k:35 [HIS] a:942 [G] 4.27 a:837 [C] 62.28
k:35 [HIS] a:943 [A] 2.83 62.28
k:35 [HIS] a:1189 [A] 4.38 a:818 [G] 62.28
k:36 [LYS] a:567 [U] 3.12 94.6
k:36 [LYS] a:568 [U] 2.77 a:2030 [6MZ] 94.6
k:36 [LYS] a:806 [C] 4.68 a:674 [G] 94.6
k:36 [LYS] a:807 [U] 3.02 a:673 [C] 94.6
k:36 [LYS] a:808 [G] 3.52 a:672 [C] 94.6
k:36 [LYS] a:945 [A] 4.88 94.6
k:36 [LYS] a:2448 [A] 3.93 94.6
k:37 [GLY] a:805 [G] 4.73 98.52
k:37 [GLY] a:806 [C] 3.12 a:674 [G] 98.52
k:37 [GLY] a:807 [U] 4.89 a:673 [C] 98.52
k:37 [GLY] a:831 [G] 3.7 a:826 [U] 98.52
k:37 [GLY] a:832 [U] 3.73 a:825 [A] 98.52
k:38 [GLN] a:196 [A] 2.89 base:SC, base:SC 95.9
k:38 [GLN] a:805 [G] 3.37 95.9
k:38 [GLN] a:806 [C] 3.49 a:674 [G] 95.9
k:38 [GLN] a:831 [G] 2.58 a:826 [U] sugar:SC 95.9
k:38 [GLN] a:832 [U] 3.06 a:825 [A] 95.9
k:39 [LYS] a:831 [G] 4.6 a:826 [U] 77.05
k:39 [LYS] a:832 [U] 2.92 a:825 [A] 77.05
k:39 [LYS] a:833 [A] 3.23 a:824 [U] 77.05
k:39 [LYS] a:942 [G] 4.02 a:837 [C] 77.05
k:40 [SER] a:671 [C] 2.89 a:809 [G] base:BB 87.2
k:41 [ARG] a:671 [C] 3.98 a:809 [G] 99.0
k:41 [ARG] a:805 [G] 3.11 99.0
k:41 [ARG] a:806 [C] 2.92 a:674 [G] base/AA stacks 99.0
k:41 [ARG] a:807 [U] 2.67 a:673 [C] 99.0
k:41 [ARG] a:808 [G] 4.76 a:672 [C] 99.0
k:42 [SER] a:670 [A] 3.26 a:588 [U] 85.2
k:42 [SER] a:671 [C] 3.52 a:809 [G] 85.2
k:42 [SER] a:672 [C] 2.47 a:808 [G] 85.2
k:43 [GLY] a:670 [A] 3.42 a:588 [U] 92.91
k:43 [GLY] a:671 [C] 2.66 a:809 [G] 92.91
k:44 [GLY] a:671 [C] 4.48 a:809 [G] 45.14
k:46 [VAL] a:196 [A] 4.11 44.83
k:46 [VAL] a:666 [A] 4.02 a:591 [U] 44.83
k:46 [VAL] a:832 [U] 3.8 a:825 [A] 44.83
k:46 [VAL] a:833 [A] 4.19 a:824 [U] 44.83
k:47 [ARG] a:195 [A] 3.09 46.09
k:47 [ARG] a:196 [A] 2.78 46.09
k:47 [ARG] a:250 [G] 4.47 a:200 [U] 46.09
k:47 [ARG] a:251 [A] 3.59 a:247 [G] 46.09
k:47 [ARG] a:252 [G] 4.66 a:246 [C] 46.09
k:48 [ARG] a:665 [U] 5.0 a:592 [A] 41.93
k:48 [ARG] a:666 [A] 3.8 a:591 [U] 41.93
k:50 [PHE] a:196 [A] 3.56 base/AA stacks 78.73
k:50 [PHE] a:831 [G] 4.74 a:826 [U] 78.73
k:50 [PHE] a:832 [U] 3.59 a:825 [A] 78.73
k:50 [PHE] a:833 [A] 3.46 a:824 [U] 78.73
k:51 [GLU] a:825 [A] 4.22 a:832 [U] 88.03
k:51 [GLU] a:832 [U] 4.09 a:825 [A] 88.03
k:51 [GLU] a:833 [A] 3.36 a:824 [U] 88.03
k:52 [GLY] a:196 [A] 4.47 90.51
k:52 [GLY] a:825 [A] 4.77 a:832 [U] 90.51
k:52 [GLY] a:826 [U] 3.03 a:831 [G] sugar:BB 90.51
k:52 [GLY] a:828 [U] 4.28 90.51
k:52 [GLY] a:831 [G] 2.94 a:826 [U] base:BB 90.51
k:52 [GLY] a:832 [U] 3.18 a:825 [A] 90.51
k:52 [GLY] a:833 [A] 3.93 a:824 [U] 90.51
k:53 [GLY] a:826 [U] 3.14 a:831 [G] 89.84
k:53 [GLY] a:831 [G] 4.93 a:826 [U] 89.84
k:53 [GLY] a:2428 [G] 4.49 a:2359 [C] 89.84
k:54 [GLN] a:825 [A] 2.9 a:832 [U] sugar:SC 85.81
k:54 [GLN] a:826 [U] 3.79 a:831 [G] 85.81
k:54 [GLN] a:2358 [A] 2.87 base:SC, base:SC 85.81
k:54 [GLN] a:2359 [C] 3.99 a:2428 [G] 85.81
k:54 [GLN] a:2428 [G] 3.33 a:2359 [C] base/AA stacks 85.81
k:55 [MET] a:2392 [A] 3.65 a:2424 [C] 67.44
k:55 [MET] a:2428 [G] 3.19 a:2359 [C] sugar:BB 67.44
k:55 [MET] a:2429 [G] 3.77 a:2391 [G] 67.44
k:57 [LEU] a:2359 [C] 4.14 a:2428 [G] 59.99
k:57 [LEU] a:2360 [G] 4.04 a:2357 [G] 59.99
k:58 [TYR] a:250 [G] 3.69 a:200 [U] 45.07
k:58 [TYR] a:251 [A] 2.35 a:247 [G] 45.07
k:59 [ARG] a:250 [G] 3.64 a:200 [U] 77.21
k:59 [ARG] a:2392 [A] 4.76 a:2424 [C] 77.21
k:59 [ARG] a:2393 [U] 2.6 a:2422 [C] sugar:BB 77.21
k:59 [ARG] a:2431 [U] 4.4 77.21
k:60 [ARG] a:2358 [A] 4.96 80.66
k:60 [ARG] a:2359 [C] 2.91 a:2428 [G] base:SC, sugar:SC 80.66
k:60 [ARG] a:2360 [G] 3.2 a:2357 [G] sugar:SC 80.66
k:60 [ARG] a:2392 [A] 2.4 a:2424 [C] sugar:BB 80.66
k:60 [ARG] a:2393 [U] 3.31 a:2422 [C] 80.66
k:60 [ARG] a:2428 [G] 3.5 a:2359 [C] 80.66
k:60 [ARG] a:2429 [G] 4.99 a:2391 [G] 80.66
k:61 [LEU] a:2360 [G] 3.56 a:2357 [G] 65.02
k:61 [LEU] a:2361 [G] 4.05 a:2356 [U] 65.02
k:61 [LEU] a:2392 [A] 4.61 a:2424 [C] 65.02
k:61 [LEU] a:2393 [U] 3.73 a:2422 [C] 65.02
k:61 [LEU] a:2394 [C] 4.91 5:76 [A] 65.02
k:62 [PRO] a:2393 [U] 3.29 a:2422 [C] 90.08
k:62 [PRO] a:2394 [C] 3.52 5:76 [A] 90.08
k:63 [LYS] a:249 [C] 2.93 sugar:SC 85.99
k:63 [LYS] a:2393 [U] 4.03 a:2422 [C] 85.99
k:63 [LYS] a:2394 [C] 2.84 5:76 [A] 85.99
k:63 [LYS] a:2395 [C] 2.7 a:2421 [G] 85.99
k:63 [LYS] a:2416 [C] 4.67 a:2400 [G] 85.99
k:64 [PHE] a:631 [A] 3.93 60.94
k:64 [PHE] a:2415 [G] 4.3 a:2401 [U] 60.94
k:64 [PHE] a:2416 [C] 3.38 a:2400 [G] 60.94
k:65 [GLY] a:631 [A] 3.22 83.82
k:65 [GLY] a:2415 [G] 3.14 a:2401 [U] 83.82
k:65 [GLY] a:2416 [C] 2.92 a:2400 [G] 83.82
k:66 [PHE] a:631 [A] 2.76 sugar:BB, sugar:BB 73.27
k:66 [PHE] a:632 [A] 3.38 73.27
k:66 [PHE] a:2403 [C] 4.24 a:2414 [G] 73.27
k:66 [PHE] a:2404 [U] 3.75 a:2413 [G] 73.27
k:66 [PHE] a:2414 [G] 3.51 a:2403 [C] 73.27
k:66 [PHE] a:2415 [G] 3.42 a:2401 [U] 73.27
k:67 [THR] a:244 [A] 3.81 a:254 [G] 60.66
k:67 [THR] a:245 [G] 4.11 a:253 [C] 60.66
k:68 [SER] a:632 [A] 3.09 74.13
k:68 [SER] a:633 [A] 2.56 a:630 [G] 74.13
k:69 [ARG] a:2406 [A] 3.04 base/AA stacks 32.62
k:70 [LYS] a:633 [A] 4.01 a:630 [G] 15.32
k:70 [LYS] a:634 [C] 3.48 a:629 [G] 15.32
k:70 [LYS] a:2405 [G] 4.86 a:2412 [A] 15.32
k:71 [ALA] a:633 [A] 3.58 a:630 [G] 36.06
k:74 [THR] a:634 [C] 4.84 a:629 [G] 8.41
k:75 [ALA] a:636 [G] 4.74 13.0
k:76 [GLU] a:627 [A] 2.83 sugar:SC, sugar:SC 49.73
k:76 [GLU] a:628 [G] 4.2 a:635 [C] 49.73
k:76 [GLU] a:636 [G] 2.9 base:SC, base:SC 49.73
k:78 [ARG] a:626 [A] 3.38 base/AA stacks 71.66
k:78 [ARG] a:627 [A] 3.82 71.66
k:81 [ASP] a:626 [A] 3.8 6.7
k:84 [LYS] a:604 [G] 3.96 a:624 [C] 37.68
k:84 [LYS] a:626 [A] 4.84 37.68
k:99 [ASN] a:620 [G] 3.77 64.89
k:99 [ASN] a:621 [A] 3.0 a:607 [U] 64.89
k:99 [ASN] a:622 [G] 4.19 a:606 [U] 64.89
k:103 [ILE] a:258 [G] 3.74 a:239 [C] 53.89
k:103 [ILE] a:259 [G] 4.76 a:238 [C] 53.89
k:103 [ILE] a:622 [G] 3.75 a:606 [U] 53.89
k:104 [GLN] a:227 [A] 3.97 0.35
k:104 [GLN] a:257 [C] 2.92 a:240 [C] base:SC 0.35
k:104 [GLN] a:258 [G] 3.25 a:239 [C] 0.35
k:106 [GLU] a:227 [A] 4.99 0.56
k:109 [LYS] a:634 [C] 4.81 a:629 [G] 92.35
k:109 [LYS] a:635 [C] 2.86 a:628 [G] 92.35
k:109 [LYS] a:636 [G] 2.96 base:SC 92.35
k:111 [ILE] a:627 [A] 3.33 75.75
k:111 [ILE] a:636 [G] 3.38 75.75
k:111 [ILE] a:637 [A] 3.73 a:651 [G] 75.75
k:112 [LEU] a:627 [A] 2.86 base:BB 58.18
k:112 [LEU] a:637 [A] 2.83 a:651 [G] 58.18
k:113 [ALA] a:627 [A] 3.56 40.69
k:126 [ARG] a:634 [C] 3.29 a:629 [G] 0.0
k:126 [ARG] a:635 [C] 4.18 a:628 [G] 0.0
k:127 [VAL] a:636 [G] 4.16 45.21
k:128 [THR] a:636 [G] 3.4 93.34
k:128 [THR] a:637 [A] 2.69 a:651 [G] 93.34
k:129 [LYS] a:635 [C] 4.46 a:628 [G] 51.04
k:129 [LYS] a:636 [G] 3.26 51.04
k:129 [LYS] a:637 [A] 4.81 a:651 [G] 51.04
k:130 [GLY] a:637 [A] 3.32 a:651 [G] 66.09
k:131 [ALA] a:637 [A] 4.17 a:651 [G] 88.35

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group127 7K00_k_a k: 50s ribosomal protein l15, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) P02413 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 2

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_J_A 7K00_k_a 0.81 0.97 1.67 0.52 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1P_1A 7K00_k_a 0.76 0.96 2.47 0.5 Ribosomal proteins L15p and L18e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare