Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_d
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| d:8 [LYS] | a:2680 [U] | 3.19 | a:2727 [A] | 98.92 | ||
| d:8 [LYS] | a:2681 [C] | 3.43 | 98.92 | |||
| d:11 [MET] | a:2680 [U] | 3.37 | a:2727 [A] | 98.8 | ||
| d:11 [MET] | a:2681 [C] | 3.81 | 98.8 | |||
| d:11 [MET] | a:2682 [A] | 3.36 | 98.8 | |||
| d:12 [THR] | a:2682 [A] | 3.47 | 85.69 | |||
| d:13 [ARG] | a:2682 [A] | 4.02 | 69.72 | |||
| d:13 [ARG] | a:2683 [C] | 3.71 | 69.72 | |||
| d:21 [SER] | a:2729 [G] | 4.35 | a:2678 [C] | 44.29 | ||
| d:23 [PRO] | a:2682 [A] | 3.49 | 76.82 | |||
| d:23 [PRO] | a:2728 [U] | 3.99 | a:2679 [A] | 76.82 | ||
| d:23 [PRO] | a:2729 [G] | 3.21 | a:2678 [C] | 76.82 | ||
| d:36 [GLN] | a:2784 [U] | 3.06 | a:2634 [A] | sugar:SC | 49.86 | |
| d:36 [GLN] | a:2785 [C] | 3.3 | a:2633 [G] | sugar:SC | 49.86 | |
| d:38 [LYS] | a:2635 [A] | 3.87 | a:2783 [U] | base:SC | 74.29 | |
| d:38 [LYS] | a:2636 [C] | 4.05 | a:2782 [G] | 74.29 | ||
| d:38 [LYS] | a:2784 [U] | 4.24 | a:2634 [A] | 74.29 | ||
| d:42 [ASN] | a:2783 [U] | 4.5 | a:2635 [A] | 69.2 | ||
| d:42 [ASN] | a:2784 [U] | 3.24 | a:2634 [A] | 69.2 | ||
| d:42 [ASN] | a:2785 [C] | 3.8 | a:2633 [G] | 69.2 | ||
| d:43 [ASP] | a:2783 [U] | 4.33 | a:2635 [A] | 74.78 | ||
| d:43 [ASP] | a:2784 [U] | 3.21 | a:2634 [A] | sugar:SC | 74.78 | |
| d:45 [TYR] | a:2636 [C] | 2.36 | a:2782 [G] | 69.98 | ||
| d:45 [TYR] | a:2637 [U] | 3.75 | a:2776 [A] | 69.98 | ||
| d:49 [GLN] | a:2635 [A] | 3.05 | a:2783 [U] | sugar:SC | 61.52 | |
| d:56 [LYS] | a:2830 [C] | 3.28 | a:2816 [G] | 58.27 | ||
| d:56 [LYS] | a:2831 [G] | 2.93 | a:2815 [C] | 58.27 | ||
| d:56 [LYS] | a:2834 [G] | 2.98 | a:2883 [A] | 58.27 | ||
| d:56 [LYS] | a:2835 [A] | 3.36 | 58.27 | |||
| d:58 [ASN] | a:2831 [G] | 4.32 | a:2815 [C] | 50.31 | ||
| d:58 [ASN] | a:2833 [U] | 4.04 | 50.31 | |||
| d:59 [ARG] | a:2830 [C] | 3.15 | a:2816 [G] | base/AA stacks | 45.08 | |
| d:59 [ARG] | a:2831 [G] | 2.8 | a:2815 [C] | base:SC | 45.08 | |
| d:61 [THR] | a:2633 [G] | 3.49 | a:2785 [C] | sugar:SC | 70.53 | |
| d:61 [THR] | a:2811 [G] | 3.44 | a:2889 [C] | 70.53 | ||
| d:61 [THR] | a:2812 [G] | 4.54 | a:2888 [C] | 70.53 | ||
| d:62 [LYS] | a:2786 [U] | 3.79 | a:2632 [A] | sugar:BB | 77.33 | |
| d:62 [LYS] | a:2787 [C] | 3.5 | a:2631 [G] | 77.33 | ||
| d:62 [LYS] | a:2788 [C] | 3.36 | a:2630 [G] | 77.33 | ||
| d:62 [LYS] | a:2810 [A] | 3.66 | a:2890 [G] | 77.33 | ||
| d:62 [LYS] | a:2811 [G] | 2.71 | a:2889 [C] | 77.33 | ||
| d:63 [PRO] | a:2632 [A] | 4.29 | a:2786 [U] | 50.31 | ||
| d:63 [PRO] | a:2633 [G] | 3.67 | a:2785 [C] | 50.31 | ||
| d:63 [PRO] | a:2786 [U] | 2.71 | a:2632 [A] | sugar:BB | 50.31 | |
| d:63 [PRO] | a:2787 [C] | 3.3 | a:2631 [G] | 50.31 | ||
| d:63 [PRO] | a:2810 [A] | 3.94 | a:2890 [G] | 50.31 | ||
| d:63 [PRO] | a:2811 [G] | 3.9 | a:2889 [C] | 50.31 | ||
| d:64 [GLU] | a:2633 [G] | 3.87 | a:2785 [C] | 38.9 | ||
| d:64 [GLU] | a:2786 [U] | 4.75 | a:2632 [A] | 38.9 | ||
| d:66 [GLY] | a:2786 [U] | 3.32 | a:2632 [A] | 68.79 | ||
| d:66 [GLY] | a:2787 [C] | 4.07 | a:2631 [G] | 68.79 | ||
| d:67 [HIS] | a:2633 [G] | 4.92 | a:2785 [C] | 43.92 | ||
| d:67 [HIS] | a:2785 [C] | 2.69 | a:2633 [G] | sugar:SC | 43.92 | |
| d:67 [HIS] | a:2786 [U] | 3.35 | a:2632 [A] | 43.92 | ||
| d:70 [LYS] | a:2785 [C] | 3.38 | a:2633 [G] | 74.79 | ||
| d:70 [LYS] | a:2786 [U] | 3.28 | a:2632 [A] | 74.79 | ||
| d:79 [LEU] | a:2634 [A] | 3.49 | a:2784 [U] | 44.58 | ||
| d:79 [LEU] | a:2635 [A] | 3.57 | a:2783 [U] | 44.58 | ||
| d:79 [LEU] | a:2636 [C] | 4.47 | a:2782 [G] | 44.58 | ||
| d:80 [TRP] | a:2635 [A] | 4.22 | a:2783 [U] | 47.44 | ||
| d:80 [TRP] | a:2636 [C] | 3.82 | a:2782 [G] | 47.44 | ||
| d:81 [GLU] | a:2635 [A] | 2.69 | a:2783 [U] | sugar:SC | 82.88 | |
| d:81 [GLU] | a:2636 [C] | 2.98 | a:2782 [G] | 82.88 | ||
| d:81 [GLU] | a:2637 [U] | 4.85 | a:2776 [A] | 82.88 | ||
| d:83 [ARG] | a:2637 [U] | 3.2 | a:2776 [A] | 49.9 | ||
| d:83 [ARG] | a:2638 [G] | 3.04 | a:2778 [A] | 49.9 | ||
| d:110 [THR] | a:2773 [C] | 4.09 | a:2641 [G] | 56.26 | ||
| d:112 [THR] | a:2680 [U] | 4.77 | a:2727 [A] | 43.84 | ||
| d:113 [SER] | a:2679 [A] | 3.79 | a:2728 [U] | 88.4 | ||
| d:113 [SER] | a:2680 [U] | 3.28 | a:2727 [A] | 88.4 | ||
| d:113 [SER] | a:2821 [A] | 4.58 | a:2826 [A] | 88.4 | ||
| d:114 [LYS] | a:2679 [A] | 4.82 | a:2728 [U] | 85.54 | ||
| d:114 [LYS] | a:2680 [U] | 2.85 | a:2727 [A] | 85.54 | ||
| d:114 [LYS] | a:2681 [C] | 3.04 | 85.54 | |||
| d:114 [LYS] | a:2722 [G] | 4.36 | a:2687 [U] | 85.54 | ||
| d:114 [LYS] | a:2723 [C] | 2.83 | a:2686 [G] | 85.54 | ||
| d:114 [LYS] | a:2820 [A] | 3.45 | 85.54 | |||
| d:114 [LYS] | a:2821 [A] | 3.4 | a:2826 [A] | 85.54 | ||
| d:115 [GLY] | a:2820 [A] | 4.59 | 95.94 | |||
| d:115 [GLY] | a:2821 [A] | 2.78 | a:2826 [A] | 95.94 | ||
| d:115 [GLY] | a:2822 [G] | 2.9 | 95.94 | |||
| d:116 [LYS] | a:1654 [A] | 4.5 | 84.51 | |||
| d:116 [LYS] | a:2680 [U] | 4.35 | a:2727 [A] | 84.51 | ||
| d:116 [LYS] | a:2723 [C] | 4.69 | a:2686 [G] | 84.51 | ||
| d:116 [LYS] | a:2724 [U] | 2.84 | a:2685 [G] | 84.51 | ||
| d:116 [LYS] | a:2821 [A] | 4.61 | a:2826 [A] | 84.51 | ||
| d:116 [LYS] | a:2822 [G] | 3.47 | 84.51 | |||
| d:117 [GLY] | a:1654 [A] | 4.41 | 98.92 | |||
| d:117 [GLY] | a:2822 [G] | 2.89 | 98.92 | |||
| d:117 [GLY] | a:2823 [A] | 3.31 | 98.92 | |||
| d:118 [PHE] | a:1654 [A] | 2.53 | sugar:BB | 91.39 | ||
| d:118 [PHE] | a:1655 [A] | 3.22 | 91.39 | |||
| d:118 [PHE] | a:2048 [G] | 3.6 | a:2620 [C] | 91.39 | ||
| d:118 [PHE] | a:2049 [G] | 3.72 | a:2619 [C] | 91.39 | ||
| d:118 [PHE] | a:2621 [G] | 4.92 | a:2047 [C] | 91.39 | ||
| d:118 [PHE] | a:2822 [G] | 4.53 | 91.39 | |||
| d:118 [PHE] | a:2823 [A] | 2.91 | 91.39 | |||
| d:119 [ALA] | a:1654 [A] | 4.69 | 79.23 | |||
| d:119 [ALA] | a:1655 [A] | 3.95 | 79.23 | |||
| d:120 [GLY] | a:1655 [A] | 3.13 | 95.48 | |||
| d:120 [GLY] | a:1656 [C] | 4.1 | a:2004 [G] | 95.48 | ||
| d:121 [THR] | a:1655 [A] | 4.84 | 77.31 | |||
| d:121 [THR] | a:1656 [C] | 4.95 | a:2004 [G] | 77.31 | ||
| d:122 [VAL] | a:1656 [C] | 4.68 | a:2004 [G] | 79.05 | ||
| d:122 [VAL] | a:1997 [C] | 4.01 | a:1663 [G] | 79.05 | ||
| d:122 [VAL] | a:1998 [A] | 4.0 | a:1662 [U] | 79.05 | ||
| d:123 [LYS] | a:1998 [A] | 4.79 | a:1662 [U] | 95.13 | ||
| d:123 [LYS] | a:1999 [C] | 4.39 | a:1661 [G] | 95.13 | ||
| d:123 [LYS] | a:2723 [C] | 4.31 | a:2686 [G] | 95.13 | ||
| d:123 [LYS] | a:2724 [U] | 2.61 | a:2685 [G] | 95.13 | ||
| d:124 [ARG] | a:2620 [C] | 2.92 | a:2048 [G] | sugar:SC | 96.82 | |
| d:124 [ARG] | a:2621 [G] | 2.77 | a:2047 [C] | 96.82 | ||
| d:124 [ARG] | a:2678 [C] | 4.25 | a:2729 [G] | 96.82 | ||
| d:125 [TRP] | a:2621 [G] | 4.76 | a:2047 [C] | 67.62 | ||
| d:126 [ASN] | a:2512 [C] | 4.57 | a:2574 [G] | 74.23 | ||
| d:126 [ASN] | a:2677 [G] | 3.18 | a:2730 [C] | 74.23 | ||
| d:126 [ASN] | a:2678 [C] | 3.37 | a:2729 [G] | 74.23 | ||
| d:127 [PHE] | a:1997 [C] | 4.55 | a:1663 [G] | 78.2 | ||
| d:127 [PHE] | a:2511 [U] | 4.93 | a:2575 [C] | 78.2 | ||
| d:127 [PHE] | a:2512 [C] | 3.38 | a:2574 [G] | 78.2 | ||
| d:127 [PHE] | a:2513 [A] | 4.01 | a:2571 [U] | 78.2 | ||
| d:128 [ARG] | a:1997 [C] | 3.64 | a:1663 [G] | 44.36 | ||
| d:128 [ARG] | a:2511 [U] | 3.53 | a:2575 [C] | 44.36 | ||
| d:128 [ARG] | a:2512 [C] | 2.83 | a:2574 [G] | 44.36 | ||
| d:129 [THR] | a:1996 [C] | 4.77 | a:1664 [A] | 78.26 | ||
| d:129 [THR] | a:1997 [C] | 2.48 | a:1663 [G] | 78.26 | ||
| d:129 [THR] | a:2511 [U] | 4.17 | a:2575 [C] | 78.26 | ||
| d:130 [GLN] | a:1994 [C] | 4.14 | a:1666 [G] | 69.16 | ||
| d:130 [GLN] | a:2510 [C] | 4.27 | a:2578 [G] | 69.16 | ||
| d:130 [GLN] | a:2511 [U] | 3.8 | a:2575 [C] | 69.16 | ||
| d:130 [GLN] | a:2578 [G] | 2.96 | a:2510 [C] | base:SC | 69.16 | |
| d:130 [GLN] | a:2579 [C] | 3.66 | a:2509 [G] | 69.16 | ||
| d:131 [ASP] | a:1670 [C] | 4.87 | 64.79 | |||
| d:131 [ASP] | a:1994 [C] | 3.8 | a:1666 [G] | 64.79 | ||
| d:131 [ASP] | a:2510 [C] | 4.42 | a:2578 [G] | 64.79 | ||
| d:132 [ALA] | a:1993 [U] | 4.02 | a:1669 [A] | 62.31 | ||
| d:132 [ALA] | a:1994 [C] | 3.01 | a:1666 [G] | 62.31 | ||
| d:133 [THR] | a:1675 [C] | 2.98 | base:SC, base:SC | 83.45 | ||
| d:133 [THR] | a:1676 [A] | 3.82 | 83.45 | |||
| d:133 [THR] | a:1993 [U] | 3.22 | a:1669 [A] | 83.45 | ||
| d:133 [THR] | a:1994 [C] | 4.92 | a:1666 [G] | 83.45 | ||
| d:134 [HIS] | a:1670 [C] | 2.76 | base:SC | 94.53 | ||
| d:134 [HIS] | a:1671 [U] | 3.74 | 94.53 | |||
| d:134 [HIS] | a:1673 [G] | 3.02 | base:SC | 94.53 | ||
| d:134 [HIS] | a:1675 [C] | 2.8 | base:BB | base/AA stacks | 94.53 | |
| d:134 [HIS] | a:1993 [U] | 3.76 | a:1669 [A] | 94.53 | ||
| d:134 [HIS] | a:2580 [PSU] | 3.67 | a:2508 [G] | 94.53 | ||
| d:134 [HIS] | a:2581 [G] | 4.32 | 94.53 | |||
| d:135 [GLY] | a:742 [A] | 5.0 | a:755 [U] | 92.57 | ||
| d:135 [GLY] | a:743 [A] | 3.21 | a:754 [U] | 92.57 | ||
| d:135 [GLY] | a:1675 [C] | 4.79 | 92.57 | |||
| d:135 [GLY] | a:2579 [C] | 4.43 | a:2509 [G] | 92.57 | ||
| d:135 [GLY] | a:2580 [PSU] | 2.97 | a:2508 [G] | 92.57 | ||
| d:135 [GLY] | a:2581 [G] | 3.71 | 92.57 | |||
| d:136 [ASN] | a:743 [A] | 4.54 | a:754 [U] | 45.7 | ||
| d:136 [ASN] | a:744 [U] | 4.21 | a:753 [A] | 45.7 | ||
| d:136 [ASN] | a:2579 [C] | 3.36 | a:2509 [G] | 45.7 | ||
| d:136 [ASN] | a:2580 [PSU] | 3.97 | a:2508 [G] | 45.7 | ||
| d:137 [SER] | a:744 [U] | 3.7 | a:753 [A] | 83.61 | ||
| d:137 [SER] | a:2579 [C] | 3.39 | a:2509 [G] | 83.61 | ||
| d:137 [SER] | a:2580 [PSU] | 2.39 | a:2508 [G] | 83.61 | ||
| d:138 [LEU] | a:744 [U] | 3.42 | a:753 [A] | 47.69 | ||
| d:138 [LEU] | a:745 [1MG] | 3.69 | a:750 [A] | 47.69 | ||
| d:138 [LEU] | a:1657 [U] | 3.31 | a:2003 [A] | 47.69 | ||
| d:138 [LEU] | a:1658 [C] | 3.56 | a:2002 [G] | 47.69 | ||
| d:139 [SER] | a:1657 [U] | 4.02 | a:2003 [A] | 57.36 | ||
| d:139 [SER] | a:2578 [G] | 3.54 | a:2510 [C] | sugar:SC | 57.36 | |
| d:139 [SER] | a:2579 [C] | 3.23 | a:2509 [G] | 57.36 | ||
| d:140 [HIS] | a:1657 [U] | 2.98 | a:2003 [A] | 79.87 | ||
| d:140 [HIS] | a:1658 [C] | 2.91 | a:2002 [G] | 79.87 | ||
| d:141 [ARG] | a:1656 [C] | 2.87 | a:2004 [G] | 96.54 | ||
| d:141 [ARG] | a:1657 [U] | 2.65 | a:2003 [A] | 96.54 | ||
| d:141 [ARG] | a:1997 [C] | 4.83 | a:1663 [G] | 96.54 | ||
| d:141 [ARG] | a:1998 [A] | 2.79 | a:1662 [U] | 96.54 | ||
| d:142 [VAL] | a:1656 [C] | 3.76 | a:2004 [G] | 43.7 | ||
| d:142 [VAL] | a:1657 [U] | 4.0 | a:2003 [A] | 43.7 | ||
| d:142 [VAL] | a:2051 [A] | 3.8 | 43.7 | |||
| d:142 [VAL] | a:2511 [U] | 4.45 | a:2575 [C] | 43.7 | ||
| d:142 [VAL] | a:2578 [G] | 4.33 | a:2510 [C] | 43.7 | ||
| d:143 [PRO] | a:2050 [C] | 3.59 | a:2618 [G] | 55.12 | ||
| d:143 [PRO] | a:2051 [A] | 3.73 | 55.12 | |||
| d:143 [PRO] | a:2511 [U] | 2.69 | a:2575 [C] | sugar:BB | 55.12 | |
| d:143 [PRO] | a:2512 [C] | 3.4 | a:2574 [G] | 55.12 | ||
| d:144 [GLY] | a:2051 [A] | 4.09 | 97.14 | |||
| d:144 [GLY] | a:2052 [A] | 4.27 | a:2617 [U] | 97.14 | ||
| d:144 [GLY] | a:2511 [U] | 3.52 | a:2575 [C] | 97.14 | ||
| d:144 [GLY] | a:2512 [C] | 4.74 | a:2574 [G] | 97.14 | ||
| d:144 [GLY] | a:2578 [G] | 3.76 | a:2510 [C] | 97.14 | ||
| d:145 [SER] | a:2052 [A] | 3.37 | a:2617 [U] | 93.75 | ||
| d:145 [SER] | a:2511 [U] | 2.92 | a:2575 [C] | base:BB | 93.75 | |
| d:145 [SER] | a:2512 [C] | 3.1 | a:2574 [G] | sugar:BB | 93.75 | |
| d:145 [SER] | a:2574 [G] | 3.81 | a:2512 [C] | 93.75 | ||
| d:145 [SER] | a:2575 [C] | 2.71 | a:2511 [U] | sugar:SC | 93.75 | |
| d:145 [SER] | a:2578 [G] | 3.77 | a:2510 [C] | 93.75 | ||
| d:146 [ILE] | a:2050 [C] | 3.42 | a:2618 [G] | 77.52 | ||
| d:146 [ILE] | a:2051 [A] | 3.38 | 77.52 | |||
| d:146 [ILE] | a:2052 [A] | 2.92 | a:2617 [U] | 77.52 | ||
| d:146 [ILE] | a:2512 [C] | 4.49 | a:2574 [G] | 77.52 | ||
| d:146 [ILE] | a:2618 [G] | 3.63 | a:2050 [C] | 77.52 | ||
| d:147 [GLY] | a:2052 [A] | 3.27 | a:2617 [U] | 91.34 | ||
| d:147 [GLY] | a:2512 [C] | 4.8 | a:2574 [G] | 91.34 | ||
| d:147 [GLY] | a:2574 [G] | 3.0 | a:2512 [C] | base:BB | 91.34 | |
| d:147 [GLY] | a:2575 [C] | 3.61 | a:2511 [U] | 91.34 | ||
| d:148 [GLN] | a:2052 [A] | 2.94 | a:2617 [U] | 61.5 | ||
| d:148 [GLN] | a:2053 [G] | 4.51 | a:2616 [C] | 61.5 | ||
| d:148 [GLN] | a:2513 [A] | 3.1 | a:2571 [U] | base:SC | 61.5 | |
| d:148 [GLN] | a:2514 [U] | 4.21 | a:2570 [G] | 61.5 | ||
| d:148 [GLN] | a:2571 [U] | 3.42 | a:2513 [A] | 61.5 | ||
| d:148 [GLN] | a:2572 [A] | 3.84 | 61.5 | |||
| d:148 [GLN] | a:2574 [G] | 3.1 | a:2512 [C] | 61.5 | ||
| d:148 [GLN] | a:2575 [C] | 3.56 | a:2511 [U] | 61.5 | ||
| d:149 [ASN] | a:2052 [A] | 2.87 | a:2617 [U] | sugar:BB | 46.87 | |
| d:149 [ASN] | a:2053 [G] | 3.27 | a:2616 [C] | 46.87 | ||
| d:149 [ASN] | a:2572 [A] | 2.97 | base/AA stacks | 46.87 | ||
| d:149 [ASN] | a:2574 [G] | 2.82 | a:2512 [C] | 46.87 | ||
| d:149 [ASN] | a:2575 [C] | 2.84 | a:2511 [U] | 46.87 | ||
| d:150 [MEQ] | a:574 [A] | 3.27 | 64.6 | |||
| d:150 [MEQ] | a:2032 [G] | 2.46 | sugar:SC | 64.6 | ||
| d:150 [MEQ] | a:2033 [A] | 4.94 | a:562 [U] | 64.6 | ||
| d:150 [MEQ] | a:2052 [A] | 4.77 | a:2617 [U] | 64.6 | ||
| d:150 [MEQ] | a:2053 [G] | 3.74 | a:2616 [C] | 64.6 | ||
| d:150 [MEQ] | a:2055 [C] | 3.58 | 64.6 | |||
| d:150 [MEQ] | a:2572 [A] | 3.19 | 64.6 | |||
| d:151 [THR] | a:1130 [U] | 3.7 | 37.9 | |||
| d:151 [THR] | a:2032 [G] | 2.92 | base:SC | 37.9 | ||
| d:151 [THR] | a:2571 [U] | 2.55 | a:2513 [A] | sugar:BB | 37.9 | |
| d:151 [THR] | a:2572 [A] | 3.0 | 37.9 | |||
| d:151 [THR] | a:2574 [G] | 4.88 | a:2512 [C] | 37.9 | ||
| d:152 [PRO] | a:1130 [U] | 3.26 | 83.22 | |||
| d:152 [PRO] | a:2025 [C] | 3.68 | a:2038 [G] | 83.22 | ||
| d:152 [PRO] | a:2052 [A] | 4.95 | a:2617 [U] | 83.22 | ||
| d:152 [PRO] | a:2571 [U] | 4.32 | a:2513 [A] | 83.22 | ||
| d:153 [GLY] | a:2052 [A] | 3.49 | a:2617 [U] | 65.12 | ||
| d:153 [GLY] | a:2053 [G] | 3.19 | a:2616 [C] | 65.12 | ||
| d:153 [GLY] | a:2617 [U] | 4.92 | a:2052 [A] | 65.12 | ||
| d:154 [LYS] | a:1130 [U] | 3.47 | 85.84 | |||
| d:154 [LYS] | a:1131 [G] | 4.55 | 85.84 | |||
| d:154 [LYS] | a:2024 [G] | 2.97 | a:2039 [U] | sugar:SC | 85.84 | |
| d:154 [LYS] | a:2025 [C] | 3.64 | a:2038 [G] | 85.84 | ||
| d:154 [LYS] | a:2052 [A] | 3.49 | a:2617 [U] | 85.84 | ||
| d:154 [LYS] | a:2053 [G] | 4.55 | a:2616 [C] | 85.84 | ||
| d:154 [LYS] | a:2618 [G] | 3.53 | a:2050 [C] | 85.84 | ||
| d:155 [VAL] | a:2052 [A] | 3.59 | a:2617 [U] | 86.72 | ||
| d:155 [VAL] | a:2618 [G] | 2.7 | a:2050 [C] | sugar:BB, sugar:BB | 86.72 | |
| d:155 [VAL] | a:2619 [C] | 3.17 | a:2049 [G] | 86.72 | ||
| d:156 [PHE] | a:1130 [U] | 4.11 | 5.93 | |||
| d:156 [PHE] | a:2514 [U] | 3.77 | a:2570 [G] | 5.93 | ||
| d:156 [PHE] | a:2618 [G] | 4.73 | a:2050 [C] | 5.93 | ||
| d:156 [PHE] | a:2619 [C] | 3.31 | a:2049 [G] | 5.93 | ||
| d:157 [LYS] | a:2618 [G] | 4.89 | a:2050 [C] | 80.83 | ||
| d:157 [LYS] | a:2619 [C] | 2.56 | a:2049 [G] | 80.83 | ||
| d:157 [LYS] | a:2620 [C] | 3.85 | a:2048 [G] | 80.83 | ||
| d:158 [GLY] | a:2619 [C] | 3.52 | a:2049 [G] | 85.07 | ||
| d:158 [GLY] | a:2620 [C] | 2.83 | a:2048 [G] | 85.07 | ||
| d:159 [LYS] | a:2512 [C] | 3.11 | a:2574 [G] | sugar:SC | 73.66 | |
| d:159 [LYS] | a:2513 [A] | 4.85 | a:2571 [U] | 73.66 | ||
| d:159 [LYS] | a:2619 [C] | 3.39 | a:2049 [G] | 73.66 | ||
| d:159 [LYS] | a:2620 [C] | 3.11 | a:2048 [G] | 73.66 | ||
| d:160 [LYS] | a:2513 [A] | 4.02 | a:2571 [U] | 74.86 | ||
| d:161 [MET] | a:2049 [G] | 3.45 | a:2619 [C] | 92.22 | ||
| d:161 [MET] | a:2050 [C] | 3.58 | a:2618 [G] | 92.22 | ||
| d:161 [MET] | a:2618 [G] | 4.37 | a:2050 [C] | 92.22 | ||
| d:161 [MET] | a:2619 [C] | 3.1 | a:2049 [G] | 92.22 | ||
| d:161 [MET] | a:2620 [C] | 3.15 | a:2048 [G] | 92.22 | ||
| d:162 [ALA] | a:1655 [A] | 3.61 | 73.6 | |||
| d:162 [ALA] | a:2048 [G] | 4.62 | a:2620 [C] | 73.6 | ||
| d:162 [ALA] | a:2049 [G] | 4.21 | a:2619 [C] | 73.6 | ||
| d:162 [ALA] | a:2620 [C] | 2.62 | a:2048 [G] | sugar:BB | 73.6 | |
| d:162 [ALA] | a:2621 [G] | 4.55 | a:2047 [C] | 73.6 | ||
| d:163 [GLY] | a:2620 [C] | 4.22 | a:2048 [G] | 95.33 | ||
| d:163 [GLY] | a:2621 [G] | 3.95 | a:2047 [C] | 95.33 | ||
| d:164 [GLN] | a:2621 [G] | 3.07 | a:2047 [C] | sugar:BB | 76.93 | |
| d:164 [GLN] | a:2622 [U] | 3.85 | a:2046 [G] | 76.93 | ||
| d:164 [GLN] | a:2821 [A] | 4.7 | a:2826 [A] | 76.93 | ||
| d:164 [GLN] | a:2822 [G] | 2.89 | 76.93 | |||
| d:164 [GLN] | a:2823 [A] | 4.87 | 76.93 | |||
| d:165 [MET] | a:2679 [A] | 4.89 | a:2728 [U] | 76.99 | ||
| d:165 [MET] | a:2822 [G] | 4.04 | 76.99 | |||
| d:166 [GLY] | a:2822 [G] | 4.94 | 93.55 | |||
| d:167 [ASN] | a:2821 [A] | 3.54 | a:2826 [A] | 42.76 | ||
| d:167 [ASN] | a:2822 [G] | 3.92 | 42.76 | |||
| d:168 [GLU] | a:2679 [A] | 4.64 | a:2728 [U] | 38.38 | ||
| d:168 [GLU] | a:2773 [C] | 4.6 | a:2641 [G] | 38.38 | ||
| d:169 [ARG] | a:2773 [C] | 2.82 | a:2641 [G] | 47.09 | ||
| d:169 [ARG] | a:2774 [C] | 3.54 | a:2640 [G] | 47.09 | ||
| d:170 [VAL] | a:2678 [C] | 3.67 | a:2729 [G] | 58.2 | ||
| d:170 [VAL] | a:2679 [A] | 3.97 | a:2728 [U] | 58.2 | ||
| d:170 [VAL] | a:2773 [C] | 4.74 | a:2641 [G] | 58.2 | ||
| d:171 [THR] | a:2772 [C] | 3.32 | a:2642 [G] | 88.98 | ||
| d:171 [THR] | a:2773 [C] | 2.73 | a:2641 [G] | 88.98 | ||
| d:172 [VAL] | a:2679 [A] | 4.03 | a:2728 [U] | 67.4 | ||
| d:172 [VAL] | a:2729 [G] | 4.3 | a:2678 [C] | 67.4 | ||
| d:172 [VAL] | a:2730 [C] | 4.16 | a:2677 [G] | 67.4 | ||
| d:173 [GLN] | a:2730 [C] | 2.58 | a:2677 [G] | sugar:BB | 62.52 | |
| d:173 [GLN] | a:2731 [G] | 4.08 | a:2676 [C] | 62.52 | ||
| d:173 [GLN] | a:2771 [C] | 2.72 | a:2643 [G] | sugar:SC | 62.52 | |
| d:173 [GLN] | a:2772 [C] | 3.36 | a:2642 [G] | 62.52 | ||
| d:174 [SER] | a:2730 [C] | 3.72 | a:2677 [G] | 81.56 | ||
| d:174 [SER] | a:2731 [G] | 3.76 | a:2676 [C] | 81.56 | ||
| d:175 [LEU] | a:2729 [G] | 3.4 | a:2678 [C] | 62.51 | ||
| d:175 [LEU] | a:2730 [C] | 3.61 | a:2677 [G] | 62.51 | ||
| d:176 [ASP] | a:2730 [C] | 4.37 | a:2677 [G] | 46.69 | ||
| d:190 [LYS] | a:2729 [G] | 3.33 | a:2678 [C] | sugar:BB | 52.61 | |
| d:190 [LYS] | a:2730 [C] | 4.17 | a:2677 [G] | 52.61 | ||
| d:191 [GLY] | a:2729 [G] | 3.34 | a:2678 [C] | 95.61 | ||
| d:192 [ALA] | a:2679 [A] | 4.34 | a:2728 [U] | 70.87 | ||
| d:192 [ALA] | a:2680 [U] | 3.3 | a:2727 [A] | 70.87 | ||
| d:192 [ALA] | a:2729 [G] | 4.28 | a:2678 [C] | 70.87 | ||
| d:193 [VAL] | a:2679 [A] | 3.53 | a:2728 [U] | 81.72 | ||
| d:193 [VAL] | a:2680 [U] | 3.06 | a:2727 [A] | 81.72 | ||
| d:194 [PRO] | a:2679 [A] | 3.34 | a:2728 [U] | 94.63 | ||
| d:194 [PRO] | a:2680 [U] | 3.64 | a:2727 [A] | 94.63 | ||
| d:195 [GLY] | a:2679 [A] | 4.22 | a:2728 [U] | 96.87 | ||
| d:195 [GLY] | a:2680 [U] | 2.89 | a:2727 [A] | 96.87 | ||
| d:195 [GLY] | a:2681 [C] | 3.99 | 96.87 | |||
| d:196 [ALA] | a:2681 [C] | 4.66 | 10.39 | |||
| d:196 [ALA] | a:2820 [A] | 3.22 | 10.39 | |||
| d:197 [THR] | a:2681 [C] | 4.65 | 35.76 | |||
| d:197 [THR] | a:2820 [A] | 3.38 | 35.76 | |||
| d:207 [VAL] | a:2771 [C] | 3.67 | a:2643 [G] | 0.28 | ||
| d:207 [VAL] | a:2772 [C] | 4.23 | a:2642 [G] | 0.28 | ||
| d:208 [LYS] | a:2731 [G] | 3.02 | a:2676 [C] | 64.63 | ||
| d:208 [LYS] | a:2732 [G] | 2.81 | a:2675 [A] | 64.63 | ||
| d:208 [LYS] | a:2733 [A] | 3.55 | 64.63 | |||
| d:208 [LYS] | a:2771 [C] | 3.46 | a:2643 [G] | 64.63 | ||
| d:209 [ALA] | a:2733 [A] | 4.25 | 47.12 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group129 | 7K00_d_a | d: 50s ribosomal protein l3, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P60438 | Alanine racemase-C | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 9
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7K00_d_a | 7RYG_D_A | 0.95 | 0.99 | 1.46 | 0.76 | Alanine racemase-C | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1E_1A | 7K00_d_a | 0.92 | 0.97 | 0.69 | 0.64 | Alanine racemase-C | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_D_A | 7K00_d_a | 0.88 | 0.97 | 1.25 | 0.51 | Alanine racemase-C | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_d_a | 7OF0_E_A | 0.78 | 0.89 | 1.59 | 0.36 | Alanine racemase-C | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1YHQ_B_0 | 7K00_d_a | 0.63 | 0.91 | 2.07 | 0.29 | Alanine racemase-C | compare | |
| 1VQ8_B_0 | 7K00_d_a | 0.63 | 0.91 | 2.21 | 0.29 | Alanine racemase-C | compare | |
| 7K00_d_a | 7O7Y_BB_B5 | 0.58 | 0.9 | 2.87 | 0.27 | Alanine racemase-C | compare | |
| 6AZ3_B_1 | 7K00_d_a | 0.61 | 0.66 | 1.8 | 0.14 | Alanine racemase-C | compare | |
| 6AZ3_B_4 | 7K00_d_a | 0.48 | 0.59 | 3.5 | 0.14 | Alanine racemase-C | compare |