Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4K4S_A
|
4K4S_B,C
|
4K4Z_E
|
4K4Z_F,G
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:210 [VAL] | B:602 [C] | E:210 [VAL] | F:602 [C] | ✔ |
A:210 [VAL] | B:603 [U] | E:210 [VAL] | F:603 [U] | ✔ |
A:214 [PRO] | B:604 [C] | E:214 [PRO] | F:604 [C] | ✔ |
A:102 [TYR] | C:1305 [G] | E:102 [TYR] | G:1306 [A] | ✔ |
A:392 [MET] | C:1310 [A] | E:393 [MET] | G:1311 [A] | ✔ |
A:392 [MET] | C:1311 [G] | E:393 [MET] | G:1312 [G] | ✔ |
A:289 [GLY] | B:600 [G] | E:290 [GLY] | F:600 [G] | ✔ |
A:289 [GLY] | B:601 [U] | E:290 [GLY] | F:601 [U] | ✔ |
A:177 [GLU] | B:600 [G] | E:177 [GLU] | F:600 [G] | ✔ |
A:128 [ARG] | C:1306 [C] | E:128 [ARG] | G:1307 [C] | ✔ |
A:128 [ARG] | C:1307 [G] | E:128 [ARG] | G:1308 [G] | ✔ |
A:24 [LYS] | B:598 [A] | E:24 [LYS] | F:598 [A] | ✔ |
A:24 [LYS] | B:599 [G] | E:24 [LYS] | F:599 [G] | ✔ |
A:374 [LEU] | C:1311 [G] | E:375 [LEU] | G:1312 [G] | ✔ |
A:374 [LEU] | C:1312 [A] | E:375 [LEU] | G:1313 [A] | ✔ |
A:108 [GLU] | B:603 [U] | E:108 [GLU] | F:603 [U] | ✔ |
A:108 [GLU] | B:604 [C] | E:108 [GLU] | F:604 [C] | ✔ |
A:20 [PRO] | B:598 [A] | E:20 [PRO] | F:598 [A] | ✔ |
A:20 [PRO] | B:599 [G] | E:20 [PRO] | F:599 [G] | ✔ |
A:107 [LEU] | B:602 [C] | E:107 [LEU] | F:602 [C] | ✔ |
A:107 [LEU] | B:603 [U] | E:107 [LEU] | F:603 [U] | ✔ |
A:178 [ALA] | B:600 [G] | E:178 [ALA] | F:600 [G] | ✔ |
A:329 [ASP] | C:1312 [A] | E:330 [ASP] | G:1313 [A] | ✔ |
A:115 [SER] | B:599 [G] | E:115 [SER] | F:599 [G] | ✔ |
A:115 [SER] | B:600 [G] | E:115 [SER] | F:600 [G] | ✔ |
A:115 [SER] | B:601 [U] | E:115 [SER] | F:601 [U] | ✔ |
A:209 [ALA] | B:603 [U] | E:209 [ALA] | F:603 [U] | ✔ |
A:134 [GLN] | C:1305 [G] | E:134 [LYS] | G:1306 [A] | ✔ |
A:126 [LYS] | B:597 [C] | E:126 [LYS] | F:597 [C] | ✔ |
A:157 [TYR] | B:599 [G] | E:157 [TYR] | F:599 [G] | ✔ |
A:160 [ASP] | B:599 [G] | E:160 [ASP] | F:599 [G] | ✔ |
A:211 [GLY] | B:603 [U] | E:211 [GLY] | F:603 [U] | ✔ |
A:211 [GLY] | B:604 [C] | E:211 [GLY] | F:604 [C] | ✔ |
A:328 [ASP] | C:1312 [A] | E:329 [ASP] | G:1313 [A] | ✔ |
A:121 [VAL] | B:599 [G] | E:121 [VAL] | F:599 [G] | ✔ |
A:22 [LYS] | B:599 [G] | E:22 [LYS] | F:599 [G] | ✔ |
A:405 [LYS] | C:1309 [G] | E:406 [LYS] | G:1310 [G] | ✔ |
A:199 [HIS] | B:602 [C] | E:199 [HIS] | F:602 [C] | ✔ |
A:199 [HIS] | B:603 [U] | E:199 [HIS] | F:603 [U] | ✔ |
A:417 [LEU] | C:1309 [G] | E:418 [LEU] | G:1310 [G] | ✔ |
A:417 [LEU] | C:1310 [A] | E:418 [LEU] | G:1311 [A] | ✔ |
A:412 [ASP] | B:607 [G] | E:413 [ASP] | F:607 [G] | ✔ |
A:412 [ASP] | C:1307 [G] | E:413 [ASP] | G:1308 [G] | ✔ |
A:412 [ASP] | C:1308 [A] | E:413 [ASP] | G:1309 [A] | ✔ |
A:413 [HIS] | C:1308 [A] | E:414 [HIS] | G:1309 [A] | ✔ |
A:413 [HIS] | C:1309 [G] | E:414 [HIS] | G:1310 [G] | ✔ |
A:413 [HIS] | C:1310 [A] | E:414 [HIS] | G:1311 [A] | ✔ |
A:213 [ASP] | B:604 [C] | E:213 [ASP] | F:604 [C] | ✔ |
A:213 [ASP] | B:605 [U] | E:213 [ASP] | F:605 [U] | ✔ |
A:195 [TYR] | B:602 [C] | E:195 [TYR] | F:602 [C] | ✔ |
A:184 [SER] | B:601 [U] | E:184 [SER] | F:601 [U] | ✔ |
A:184 [SER] | B:602 [C] | E:184 [SER] | F:602 [C] | ✔ |
A:456 [ARG] | B:607 [G] | E:457 [LYS] | F:607 [G] | ✔ |
A:112 [LEU] | C:1306 [C] | E:112 [LEU] | G:1307 [C] | ✔ |
A:23 [THR] | B:599 [G] | E:23 [THR] | F:599 [G] | ✔ |
A:327 [GLY] | C:1312 [A] | E:328 [GLY] | G:1313 [A] | ✔ |
A:419 [LEU] | B:605 [U] | E:420 [LEU] | F:605 [U] | ✔ |
A:419 [LEU] | B:606 [C] | E:420 [LEU] | F:606 [C] | ✔ |
A:212 [CYS] | B:603 [U] | E:212 [CYS] | F:603 [U] | ✔ |
A:212 [CYS] | B:604 [C] | E:212 [CYS] | F:604 [C] | ✔ |
A:188 [ARG] | B:602 [C] | E:188 [ARG] | F:602 [C] | ✔ |
A:416 [SER] | B:605 [U] | E:417 [SER] | F:605 [U] | ✔ |
A:416 [SER] | B:606 [C] | E:417 [SER] | F:606 [C] | ✔ |
A:416 [SER] | C:1308 [A] | E:417 [SER] | G:1309 [A] | ✔ |
A:416 [SER] | C:1309 [G] | E:417 [SER] | G:1310 [G] | ✔ |
A:400 [SER] | C:1309 [G] | E:401 [SER] | G:1310 [G] | ✔ |
A:400 [SER] | C:1310 [A] | E:401 [SER] | G:1311 [A] | ✔ |
A:288 [SER] | B:600 [G] | E:289 [SER] | F:600 [G] | ✔ |
A:294 [SER] | B:602 [C] | E:295 [SER] | F:602 [C] | ✔ |
A:294 [SER] | C:1312 [A] | E:295 [SER] | G:1313 [A] | ✔ |
A:291 [SER] | B:601 [U] | E:292 [SER] | F:601 [U] | ✔ |
A:291 [SER] | B:602 [C] | E:292 [SER] | F:602 [C] | ✔ |
A:106 [GLY] | B:603 [U] | E:106 [GLY] | F:603 [U] | ✔ |
A:176 [ILE] | B:599 [G] | E:176 [ILE] | F:599 [G] | ✔ |
A:176 [ILE] | B:600 [G] | E:176 [ILE] | F:600 [G] | ✔ |
A:111 [ASP] | B:601 [U] | E:111 [ASP] | F:601 [U] | ✔ |
A:420 [LEU] | C:1309 [G] | E:421 [LEU] | G:1310 [G] | ✔ |
A:420 [LEU] | C:1310 [A] | E:421 [LEU] | G:1311 [A] | ✔ |
A:114 [THR] | B:600 [G] | E:114 [THR] | F:600 [G] | ✔ |
A:114 [THR] | B:601 [U] | E:114 [THR] | F:601 [U] | ✔ |
A:415 [ARG] | B:606 [C] | E:416 [ARG] | F:606 [C] | ✔ |
A:415 [ARG] | B:607 [G] | E:416 [ARG] | F:607 [G] | ✔ |
A:127 [LYS] | B:600 [G] | E:127 [LYS] | F:600 [G] | ✔ |
A:127 [LYS] | B:601 [U] | E:127 [LYS] | F:601 [U] | ✔ |
A:293 [THR] | B:600 [G] | E:294 [THR] | F:600 [G] | ✔ |
A:293 [THR] | B:601 [U] | E:294 [THR] | F:601 [U] | ✔ |
A:290 [CYS] | B:600 [G] | E:291 [CYS] | F:600 [G] | ✔ |
A:290 [CYS] | B:601 [U] | E:291 [CYS] | F:601 [U] | ✔ |
A:18 [ASN] | B:598 [A] | E:18 [ASN] | F:598 [A] | ✔ |
A:292 [GLY] | B:601 [U] | E:293 [GLY] | F:601 [U] | ✔ |
A:326 [TYR] | B:602 [C] | E:327 [TYR] | F:602 [C] | ✔ |
A:326 [TYR] | B:603 [U] | E:327 [TYR] | F:603 [U] | ✔ |
A:326 [TYR] | C:1311 [G] | E:327 [TYR] | G:1312 [G] | ✔ |
A:326 [TYR] | C:1312 [A] | E:327 [TYR] | G:1313 [A] | ✔ |
A:113 [SER] | B:600 [G] | E:113 [THR] | F:600 [G] | ✔ |
A:113 [SER] | C:1307 [G] | E:113 [THR] | G:1308 [G] | ✔ |
A:110 [LEU] | B:602 [C] | E:110 [LEU] | F:602 [C] | ✔ |
A:133 [LYS] | C:1305 [G] | E:133 [LYS] | G:1306 [A] | ✔ |
A:133 [LYS] | C:1306 [C] | E:133 [LYS] | G:1307 [C] | ✔ |
A:396 [GLU] | C:1311 [G] | E:397 [ASP] | G:1312 [G] | ✔ |
A:409 [ASN] | C:1307 [G] | E:410 [ASN] | G:1308 [G] | ✔ |
A:409 [ASN] | C:1308 [A] | E:410 [ASN] | G:1309 [A] | ✔ |
A:409 [ASN] | C:1309 [G] | E:410 [ASN] | G:1310 [G] | ✔ |
A:375 [LYS] | C:1311 [G] | E:376 [LYS] | G:1312 [G] | ✔ |
A:375 [LYS] | C:1312 [A] | E:376 [LYS] | G:1313 [A] | ✔ |
A:179 [SER] | B:600 [G] | E:179 [SER] | F:600 [G] | ✔ |
A:179 [SER] | B:601 [U] | E:179 [SER] | F:601 [U] | ✔ |
A:43 [LEU] | B:599 [G] | E:43 [LEU] | F:599 [G] | ✔ |
A:159 [LYS] | B:600 [G] | E:159 [LYS] | F:600 [G] | ✔ |
A:159 [LYS] | C:1312 [A] | E:159 [LYS] | G:1313 [A] | ✔ |
A:376 [ARG] | C:1310 [A] | E:377 [ARG] | G:1311 [A] | ✔ |
A:376 [ARG] | C:1311 [G] | E:377 [ARG] | G:1312 [G] | ✔ |
A:126 [LYS] | B:598 [A] | E:126 [LYS] | F:598 [A] | ❌ 4K4Z_E_F,G |
A:126 [LYS] | B:599 [G] | E:126 [LYS] | F:599 [G] | ❌ 4K4Z_E_F,G |
A:22 [LYS] | B:598 [A] | E:22 [LYS] | F:598 [A] | ❌ 4K4Z_E_F,G |
A:456 [ARG] | B:606 [C] | E:457 [LYS] | F:606 [C] | ❌ 4K4Z_E_F,G |
A:288 [SER] | B:601 [U] | E:289 [SER] | F:601 [U] | ❌ 4K4Z_E_F,G |
A:114 [THR] | B:599 [G] | E:114 [THR] | F:599 [G] | ❌ 4K4Z_E_F,G |
A:121 [VAL] | B:598 [A] | E:121 [VAL] | F:598 [A] | ❌ 4K4S_A_B,C |
A:128 [ARG] | C:1305 [G] | E:128 [ARG] | G:1306 [A] | ❌ 4K4S_A_B,C |
A:157 [TYR] | B:598 [A] | E:157 [TYR] | F:598 [A] | ❌ 4K4S_A_B,C |
A:188 [ARG] | B:601 [U] | E:188 [ARG] | F:601 [U] | ❌ 4K4S_A_B,C |
A:292 [GLY] | B:602 [C] | E:293 [GLY] | F:602 [C] | ❌ 4K4S_A_B,C |
A:294 [SER] | B:601 [U] | E:295 [SER] | F:601 [U] | ❌ 4K4S_A_B,C |
A:412 [ASP] | C:1309 [G] | E:413 [ASP] | G:1310 [G] | ❌ 4K4S_A_B,C |
A:134 [GLN] | C:1304 [C] | E:134 [LYS] | G:1305 [G] | ❌ 4K4Z_G:693 no longer at interface |
A:133 [LYS] | C:1304 [C] | E:133 [LYS] | G:1305 [G] | ❌ 4K4Z_G:693 no longer at interface |
A:109 [ALA] | B:602 [C] | E:109 [ALA] | F:602 [C] | ❌ 4K4Z_E:109 no longer at interface |
A:19 [ALA] | B:598 [A] | E:19 [THR] | F:598 [A] | ❌ 4K4Z_E:19 no longer at interface |
A:158 [VAL] | B:599 [G] | E:158 [VAL] | F:599 [G] | ❌ 4K4S_A:158 no longer at interface |
A:17 [ILE] | B:598 [A] | E:17 [ILE] | F:598 [A] | ❌ 4K4S_A:17 no longer at interface |
A:408 [ARG] | C:1307 [G] | E:409 [LYS] | G:1308 [G] | ❌ 4K4S_A:408 no longer at interface |
A:408 [ARG] | C:1308 [A] | E:409 [LYS] | G:1309 [A] | ❌ 4K4S_A:408 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Adenylyl and guanylyl cyclase catalytic domain-like & helical bundle domain in reverse transcriptase-like polymerases | 0.99 | 0.41 | 0.91 | 0.99 | 0.61 | 0.97 | 1.0 | 0.95 | 0.93 | 0.56 | 0.38 |
Other pairs involving 4K4S_A_B,C or 4K4Z_E_F,G
Total number of entries: 18