Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
5F8H_A
|
5F8H_B,C
|
7AAP_A
|
7AAP_T
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:177 [GLU] | B:600 [G] | A:558 [ALA] | T:10 [C] | ✔ |
A:210 [VAL] | B:602 [C] | A:589 [ILE] | T:12 [U] | ✔ |
A:210 [VAL] | B:603 [U] | A:589 [ILE] | T:13 [A] | ✔ |
A:293 [GLY] | B:601 [U] | A:686 [THR] | T:11 [A] | ✔ |
A:214 [PRO] | B:604 [C] | A:593 [LYS] | T:14 [A] | ✔ |
A:292 [SER] | B:601 [U] | A:685 [ALA] | T:11 [A] | ✔ |
A:292 [SER] | B:602 [C] | A:685 [ALA] | T:12 [U] | ✔ |
A:413 [ASP] | B:607 [U] | A:857 [GLU] | T:17 [U] | ✔ |
A:178 [ALA] | B:600 [G] | A:559 [GLY] | T:10 [C] | ✔ |
A:215 [ASP] | B:605 [U] | A:594 [PHE] | T:15 [C] | ✔ |
A:115 [SER] | B:599 [G] | A:501 [SER] | T:9 [U] | ✔ |
A:115 [SER] | B:600 [G] | A:501 [SER] | T:10 [C] | ✔ |
A:115 [SER] | B:601 [U] | A:501 [SER] | T:11 [A] | ✔ |
A:289 [SER] | B:600 [G] | A:682 [SER] | T:10 [C] | ✔ |
A:289 [SER] | B:601 [U] | A:682 [SER] | T:11 [A] | ✔ |
A:157 [TYR] | B:599 [G] | A:543 [ASN] | T:9 [U] | ✔ |
A:211 [GLY] | B:603 [U] | A:590 [GLY] | T:13 [A] | ✔ |
A:211 [GLY] | B:604 [C] | A:590 [GLY] | T:14 [A] | ✔ |
A:199 [HIS] | B:603 [U] | A:580 [ALA] | T:13 [A] | ✔ |
A:158 [VAL] | B:599 [G] | A:544 [LEU] | T:9 [U] | ✔ |
A:290 [GLY] | B:600 [G] | A:683 [GLY] | T:10 [C] | ✔ |
A:290 [GLY] | B:601 [U] | A:683 [GLY] | T:11 [A] | ✔ |
A:295 [SER] | B:602 [C] | A:688 [ALA] | T:12 [U] | ✔ |
A:110 [ILE] | B:602 [C] | A:496 [ASN] | T:12 [U] | ✔ |
A:212 [CYS] | B:603 [U] | A:591 [THR] | T:13 [A] | ✔ |
A:212 [CYS] | B:604 [C] | A:591 [THR] | T:14 [A] | ✔ |
A:188 [ARG] | B:601 [U] | A:569 [ARG] | T:11 [A] | ✔ |
A:188 [ARG] | B:602 [C] | A:569 [ARG] | T:12 [U] | ✔ |
A:176 [ILE] | B:599 [G] | A:557 [VAL] | T:9 [U] | ✔ |
A:176 [ILE] | B:600 [G] | A:557 [VAL] | T:10 [C] | ✔ |
A:111 [ASP] | B:601 [U] | A:497 [ASN] | T:11 [A] | ✔ |
A:420 [LEU] | B:605 [U] | A:864 [ILE] | T:15 [C] | ✔ |
A:420 [LEU] | B:606 [C] | A:864 [ILE] | T:16 [U] | ✔ |
A:213 [ASN] | B:604 [C] | A:592 [SER] | T:14 [A] | ✔ |
A:213 [ASN] | B:605 [U] | A:592 [SER] | T:15 [C] | ✔ |
A:114 [THR] | B:600 [G] | A:500 [LYS] | T:10 [C] | ✔ |
A:114 [THR] | B:601 [U] | A:500 [LYS] | T:11 [A] | ✔ |
A:416 [ARG] | B:606 [C] | A:860 [VAL] | T:16 [U] | ✔ |
A:294 [THR] | B:601 [U] | A:687 [THR] | T:11 [A] | ✔ |
A:121 [SER] | B:599 [G] | A:507 [ASN] | T:9 [U] | ✔ |
A:291 [CYS] | B:601 [U] | A:684 [ASP] | T:11 [A] | ✔ |
A:179 [SER] | B:600 [G] | A:560 [VAL] | T:10 [C] | ✔ |
A:159 [LYS] | B:600 [G] | A:545 [LYS] | T:10 [C] | ✔ |
A:293 [GLY] | B:602 [C] | A:686 [THR] | T:12 [U] | ❌ 7AAP_A_T |
A:413 [ASP] | B:606 [C] | A:857 [GLU] | T:16 [U] | ❌ 7AAP_A_T |
A:20 [PRO] | B:599 [G] | A:408 [GLN] | T:9 [U] | ❌ 7AAP_A_T |
A:199 [HIS] | B:602 [C] | A:580 [ALA] | T:12 [U] | ❌ 7AAP_A_T |
A:295 [SER] | B:601 [U] | A:688 [ALA] | T:11 [A] | ❌ 7AAP_A_T |
A:110 [ILE] | B:601 [U] | A:496 [ASN] | T:11 [A] | ❌ 7AAP_A_T |
A:111 [ASP] | B:602 [C] | A:497 [ASN] | T:12 [U] | ❌ 7AAP_A_T |
A:416 [ARG] | B:607 [U] | A:860 [VAL] | T:17 [U] | ❌ 7AAP_A_T |
A:294 [THR] | B:600 [G] | A:687 [THR] | T:10 [C] | ❌ 7AAP_A_T |
A:291 [CYS] | B:600 [G] | A:684 [ASP] | T:10 [C] | ❌ 7AAP_A_T |
A:179 [SER] | B:601 [U] | A:560 [VAL] | T:11 [A] | ❌ 7AAP_A_T |
A:110 [ILE] | B:603 [U] | A:496 [ASN] | T:13 [A] | ❌ 5F8H_A_B,C |
A:199 [HIS] | B:604 [C] | A:580 [ALA] | T:14 [A] | ❌ 5F8H_A_B,C |
A:215 [ASP] | B:604 [C] | A:594 [PHE] | T:14 [A] | ❌ 5F8H_A_B,C |
A:417 [SER] | B:606 [C] | A:861 [SER] | T:16 [U] | ❌ 5F8H_A_B,C |
A:448 [ILE] | B:608 [C] | A:915 [TYR] | T:18 [A] | ❌ 5F8H_A:448, 5F8H_B:608 no longer at interface |
A:24 [LYS] | B:599 [G] | A:412 [PRO] | T:9 [U] | ❌ 7AAP_A:412 no longer at interface |
A:327 [TYR] | B:602 [C] | A:758 [LEU] | T:12 [U] | ❌ 7AAP_A:758 no longer at interface |
A:327 [TYR] | B:603 [U] | A:758 [LEU] | T:13 [A] | ❌ 7AAP_A:758 no longer at interface |
A:22 [ARG] | B:599 [G] | A:410 [VAL] | T:9 [U] | ❌ 7AAP_A:410 no longer at interface |
A:209 [ALA] | B:603 [U] | A:588 [VAL] | T:13 [A] | ❌ 7AAP_A:588 no longer at interface |
A:160 [ASP] | B:599 [G] | A:546 [TYR] | T:9 [U] | ❌ 7AAP_A:546 no longer at interface |
A:195 [TYR] | B:602 [C] | A:576 [LEU] | T:12 [U] | ❌ 7AAP_A:576 no longer at interface |
A:184 [SER] | B:601 [U] | A:565 [THR] | T:11 [A] | ❌ 7AAP_A:565 no longer at interface |
A:23 [THR] | B:599 [G] | A:411 [LYS] | T:9 [U] | ❌ 7AAP_A:411 no longer at interface |
A:113 [HIS] | B:600 [G] | A:499 [ASP] | T:10 [C] | ❌ 7AAP_A:499 no longer at interface |
A:127 [LYS] | B:600 [G] | A:512 [ALA] | T:10 [C] | ❌ 7AAP_A:512 no longer at interface |
A:127 [LYS] | B:601 [U] | A:512 [ALA] | T:11 [A] | ❌ 7AAP_A:512 no longer at interface |
A:43 [LEU] | B:599 [G] | A:444 [GLN] | T:9 [U] | ❌ 7AAP_A:444 no longer at interface |
A:126 [LYS] | B:599 [G] | A:511 [LYS] | T:9 [U] | ❌ 5F8H_A:126 no longer at interface |
A:155 [SER] | B:599 [G] | A:541 [GLN] | T:9 [U] | ❌ 5F8H_A:155 no longer at interface |
A:196 [GLU] | B:602 [C] | A:577 [LYS] | T:12 [U] | ❌ 5F8H_A:196 no longer at interface |
A:196 [GLU] | B:603 [U] | A:577 [LYS] | T:13 [A] | ❌ 5F8H_A:196 no longer at interface |
A:202 [PRO] | B:604 [C] | A:583 [ARG] | T:14 [A] | ❌ 5F8H_A:202 no longer at interface |
A:296 [ILE] | B:602 [C] | A:689 [TYR] | T:12 [U] | ❌ 5F8H_A:296 no longer at interface |
A:296 [ILE] | B:603 [U] | A:689 [TYR] | T:13 [A] | ❌ 5F8H_A:296 no longer at interface |
A:448 [ILE] | B:607 [U] | A:915 [TYR] | T:17 [U] | ❌ 5F8H_A:448 no longer at interface |
A:453 [ASN] | B:607 [U] | A:920 [PHE] | T:17 [U] | ❌ 5F8H_A:453 no longer at interface |
A:453 [ASN] | B:606 [C] | A:920 [PHE] | T:16 [U] | ❌ 5F8H_A:453 no longer at interface |
A:457 [ASN] | B:606 [C] | A:924 [MET] | T:16 [U] | ❌ 5F8H_A:457 no longer at interface |
A:457 [ASN] | B:605 [U] | A:924 [MET] | T:15 [C] | ❌ 5F8H_A:457 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Adenylyl and guanylyl cyclase catalytic domain-like | 0.8 | 1.58 | 0.09 | 0.81 | 0.53 | 0.76 | 0.82 | 0.70 | 0.61 | 0.32 | 0.63 |
Other pairs involving 5F8H_A_B,C or 7AAP_A_T
Total number of entries: 18