RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group131 > 4Y4O_1D_1A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1D
4Y4O_1A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1D:4 [LYS] 1A:753 [A] 4.62 1A:772 [G] 57.34
1D:4 [LYS] 1A:1611 [C] 4.34 1A:1475 [G] 57.34
1D:4 [LYS] 1A:1612 [C] 3.31 1A:1615 [G] 57.34
1D:7 [LYS] 1A:752 [A] 3.55 1A:773 [G] 78.26
1D:7 [LYS] 1A:753 [A] 3.05 1A:772 [G] 78.26
1D:7 [LYS] 1A:1742 [G] 4.44 1A:1739 [U] 78.26
1D:8 [PRO] 1A:1740 [U] 4.77 1A:1860 [A] 67.69
1D:8 [PRO] 1A:1741 [C] 3.54 67.69
1D:8 [PRO] 1A:1742 [G] 3.2 1A:1739 [U] sugar:BB 67.69
1D:9 [TYR] 1A:752 [A] 3.65 1A:773 [G] base/AA stacks 62.07
1D:9 [TYR] 1A:774 [A] 2.76 1A:751 [G] sugar:SC 62.07
1D:9 [TYR] 1A:775 [G] 3.28 1A:750 [U] base:BB 62.07
1D:9 [TYR] 1A:777 [C] 4.89 1A:749 [G] 62.07
1D:9 [TYR] 1A:1742 [G] 3.71 1A:1739 [U] 62.07
1D:10 [THR] 1A:775 [G] 3.51 1A:750 [U] 82.52
1D:10 [THR] 1A:776 [G] 2.44 1A:1805 [C] 82.52
1D:10 [THR] 1A:777 [C] 3.5 1A:749 [G] 82.52
1D:11 [PRO] 1A:776 [G] 4.21 1A:1805 [C] 62.75
1D:11 [PRO] 1A:1804 [A] 3.84 1A:1999 [A] 62.75
1D:11 [PRO] 1A:1805 [C] 3.34 1A:776 [G] 62.75
1D:12 [SER] 1A:776 [G] 3.17 1A:1805 [C] 63.68
1D:12 [SER] 1A:1805 [C] 4.42 1A:776 [G] 63.68
1D:13 [ARG] 1A:774 [A] 4.75 1A:751 [G] 21.42
1D:13 [ARG] 1A:775 [G] 3.56 1A:750 [U] 21.42
1D:13 [ARG] 1A:776 [G] 2.86 1A:1805 [C] 21.42
1D:14 [ARG] 1A:1740 [U] 2.43 1A:1860 [A] base:SC, sugar:SC 88.93
1D:14 [ARG] 1A:1741 [C] 4.03 88.93
1D:14 [ARG] 1A:1742 [G] 3.14 1A:1739 [U] base:SC 88.93
1D:14 [ARG] 1A:1860 [A] 4.58 1A:1740 [U] 88.93
1D:14 [ARG] 1A:1999 [A] 4.19 1A:1804 [A] 88.93
1D:15 [PHE] 1A:1804 [A] 4.13 1A:1999 [A] 60.34
1D:15 [PHE] 1A:1822 [A] 4.8 1A:1859 [G] 60.34
1D:15 [PHE] 1A:1860 [A] 3.12 1A:1740 [U] 60.34
1D:15 [PHE] 1A:1861 [C] 3.72 1A:1997 [G] 60.34
1D:16 [MET] 1A:776 [G] 3.66 1A:1805 [C] 8.49
1D:18 [VAL] 1A:1612 [C] 4.06 1A:1615 [G] 5.84
1D:18 [VAL] 1A:1613 [A] 4.54 5.84
1D:19 [ALA] 1A:1612 [C] 4.72 1A:1615 [G] 1.53
1D:21 [PHE] 1A:1612 [C] 3.64 1A:1615 [G] 3.06
1D:21 [PHE] 1A:1613 [A] 4.12 3.06
1D:21 [PHE] 1A:1614 [A] 3.34 3.06
1D:24 [ILE] 1A:1614 [A] 4.74 44.93
1D:27 [THR] 1A:1614 [A] 4.45 8.27
1D:27 [THR] 1A:1615 [G] 4.89 1A:1612 [C] 8.27
1D:29 [PRO] 1A:1615 [G] 4.21 1A:1612 [C] 54.26
1D:31 [LYS] 1A:1471 [G] 3.57 1A:1620 [G] 81.44
1D:31 [LYS] 1A:1472 [G] 2.88 1A:1619 [A] base:SC, base:SC 81.44
1D:31 [LYS] 1A:1473 [A] 3.49 1A:1618 [A] 81.44
1D:32 [SER] 1A:1470 [G] 4.41 1A:1621 [C] 40.75
1D:34 [VAL] 1A:1617 [A] 4.74 1A:1474 [C] 46.84
1D:35 [LYS] 1A:1617 [A] 4.83 1A:1474 [C] 10.67
1D:35 [LYS] 1A:1847 [G] 2.42 base:SC 10.67
1D:36 [PRO] 1A:1616 [A] 3.26 13.15
1D:36 [PRO] 1A:1617 [A] 3.77 1A:1474 [C] 13.15
1D:37 [LEU] 1A:1847 [G] 3.5 8.54
1D:38 [LYS] 1A:1400 [A] 4.18 1A:1423 [G] 51.45
1D:38 [LYS] 1A:1401 [G] 3.46 1A:1422 [C] 51.45
1D:38 [LYS] 1A:1847 [G] 4.69 51.45
1D:39 [LYS] 1A:739 [C] 2.79 1A:817 [G] 51.54
1D:39 [LYS] 1A:740 [C] 3.37 1A:816 [G] 51.54
1D:40 [THR] 1A:738 [C] 3.85 1A:818 [G] 43.16
1D:40 [THR] 1A:739 [C] 4.48 1A:817 [G] 43.16
1D:40 [THR] 1A:1844 [G] 3.3 1A:1835 [C] 43.16
1D:40 [THR] 1A:1845 [G] 2.72 1A:1834 [A] 43.16
1D:41 [GLY] 1A:738 [C] 3.4 1A:818 [G] 59.97
1D:41 [GLY] 1A:739 [C] 4.14 1A:817 [G] 59.97
1D:42 [GLY] 1A:1844 [G] 2.92 1A:1835 [C] 98.37
1D:42 [GLY] 1A:1845 [G] 4.89 1A:1834 [A] 98.37
1D:43 [ARG] 1A:737 [G] 2.73 1A:819 [C] base:SC, sugar:SC 93.16
1D:43 [ARG] 1A:738 [C] 3.05 1A:818 [G] base/AA stacks 93.16
1D:43 [ARG] 1A:826 [U] 4.1 1A:832 [G] 93.16
1D:43 [ARG] 1A:827 [G] 4.44 1A:830 [A] 93.16
1D:43 [ARG] 1A:1844 [G] 3.43 1A:1835 [C] 93.16
1D:44 [ASN] 1A:1837 [C] 2.93 1A:1842 [G] base:SC 92.56
1D:44 [ASN] 1A:1842 [G] 3.67 1A:1837 [C] 92.56
1D:44 [ASN] 1A:1843 [A] 3.3 1A:1836 [U] base:SC 92.56
1D:44 [ASN] 1A:1844 [G] 3.38 1A:1835 [C] 92.56
1D:45 [ASN] 1A:1416 [C] 3.31 1A:1407 [G] 72.3
1D:45 [ASN] 1A:1417 [G] 3.29 1A:1406 [A] 72.3
1D:45 [ASN] 1A:1842 [G] 3.1 1A:1837 [C] base:SC, sugar:SC 72.3
1D:45 [ASN] 1A:1843 [A] 2.6 1A:1836 [U] sugar:BB 72.3
1D:45 [ASN] 1A:1844 [G] 4.92 1A:1835 [C] 72.3
1D:46 [GLN] 1A:819 [C] 4.72 1A:737 [G] 52.8
1D:46 [GLN] 1A:820 [U] 3.07 1A:736 [A] 52.8
1D:46 [GLN] 1A:1837 [C] 2.66 1A:1842 [G] sugar:SC 52.8
1D:46 [GLN] 1A:1838 [G] 2.95 1A:1841 [A] sugar:SC 52.8
1D:46 [GLN] 1A:1841 [A] 4.21 1A:1838 [G] 52.8
1D:46 [GLN] 1A:1842 [G] 3.8 1A:1837 [C] 52.8
1D:47 [GLY] 1A:737 [G] 4.99 1A:819 [C] 98.29
1D:47 [GLY] 1A:819 [C] 3.52 1A:737 [G] 98.29
1D:47 [GLY] 1A:820 [U] 3.33 1A:736 [A] 98.29
1D:47 [GLY] 1A:826 [U] 3.99 1A:832 [G] 98.29
1D:48 [ARG] 1A:820 [U] 3.36 1A:736 [A] 75.18
1D:48 [ARG] 1A:821 [A] 2.73 75.18
1D:48 [ARG] 1A:822 [G] 3.55 1A:838 [C] 75.18
1D:48 [ARG] 1A:824 [A] 3.38 1A:834 [U] 75.18
1D:48 [ARG] 1A:825 [G] 3.66 1A:833 [C] 75.18
1D:48 [ARG] 1A:826 [U] 3.71 1A:832 [G] 75.18
1D:48 [ARG] 1A:1837 [C] 4.02 1A:1842 [G] 75.18
1D:49 [ILE] 1A:737 [G] 4.81 1A:819 [C] 94.47
1D:49 [ILE] 1A:825 [G] 4.96 1A:833 [C] 94.47
1D:49 [ILE] 1A:826 [U] 2.83 1A:832 [G] 94.47
1D:49 [ILE] 1A:827 [G] 3.25 1A:830 [A] 94.47
1D:49 [ILE] 1A:1836 [U] 4.09 1A:1843 [A] 94.47
1D:49 [ILE] 1A:1837 [C] 4.82 1A:1842 [G] 94.47
1D:50 [THR] 1A:1835 [C] 4.71 1A:1844 [G] 85.51
1D:50 [THR] 1A:1836 [U] 3.09 1A:1843 [A] 85.51
1D:50 [THR] 1A:1837 [C] 3.96 1A:1842 [G] 85.51
1D:50 [THR] 1A:1843 [A] 4.42 1A:1836 [U] 85.51
1D:50 [THR] 1A:1844 [G] 2.86 1A:1835 [C] base:BB, base:SC, sugar:SC 85.51
1D:51 [VAL] 1A:1844 [G] 3.66 1A:1835 [C] 73.74
1D:51 [VAL] 1A:1845 [G] 3.47 1A:1834 [A] 73.74
1D:51 [VAL] 1A:1854 [G] 4.13 1A:1827 [U] 73.74
1D:52 [ARG] 1A:1855 [G] 2.87 1A:1826 [C] 73.41
1D:52 [ARG] 1A:1856 [A] 3.78 1A:1825 [U] 73.41
1D:53 [PHE] 1A:828 [A] 4.98 81.05
1D:53 [PHE] 1A:829 [A] 4.8 81.05
1D:53 [PHE] 1A:1855 [G] 4.72 1A:1826 [C] 81.05
1D:54 [ARG] 1A:738 [C] 4.0 1A:818 [G] 76.63
1D:54 [ARG] 1A:1845 [G] 3.2 1A:1834 [A] 76.63
1D:54 [ARG] 1A:1846 [A] 2.15 1A:1833 [A] 76.63
1D:54 [ARG] 1A:1853 [G] 3.0 1A:1828 [C] 76.63
1D:54 [ARG] 1A:1854 [G] 2.57 1A:1827 [U] 76.63
1D:55 [GLY] 1A:738 [C] 3.7 1A:818 [G] 87.27
1D:55 [GLY] 1A:739 [C] 3.53 1A:817 [G] 87.27
1D:56 [GLY] 1A:738 [C] 3.82 1A:818 [G] 78.86
1D:56 [GLY] 1A:739 [C] 2.63 1A:817 [G] 78.86
1D:57 [GLY] 1A:739 [C] 4.54 1A:817 [G] 84.26
1D:58 [HIS] 1A:1475 [G] 4.61 1A:1611 [C] 62.2
1D:58 [HIS] 1A:1613 [A] 3.8 62.2
1D:58 [HIS] 1A:1614 [A] 3.29 62.2
1D:58 [HIS] 1A:1615 [G] 3.04 1A:1612 [C] base:SC 62.2
1D:59 [LYS] 1A:741 [U] 2.87 1A:815 [G] 83.49
1D:59 [LYS] 1A:1614 [A] 3.85 83.49
1D:59 [LYS] 1A:1615 [G] 3.2 1A:1612 [C] 83.49
1D:59 [LYS] 1A:1616 [A] 2.92 sugar:SC 83.49
1D:60 [ARG] 1A:1614 [A] 2.92 72.11
1D:60 [ARG] 1A:1615 [G] 3.58 1A:1612 [C] 72.11
1D:61 [LEU] 1A:1615 [G] 2.9 1A:1612 [C] 28.87
1D:61 [LEU] 1A:1616 [A] 3.35 28.87
1D:62 [TYR] 1A:1847 [G] 3.29 46.61
1D:62 [TYR] 1A:1848 [G] 2.67 1A:1831 [C] 46.61
1D:63 [ARG] 1A:1614 [A] 3.12 91.44
1D:63 [ARG] 1A:1615 [G] 2.76 1A:1612 [C] 91.44
1D:65 [ILE] 1A:1848 [G] 4.85 1A:1831 [C] 84.6
1D:67 [PHE] 1A:1848 [G] 4.22 1A:1831 [C] 62.07
1D:67 [PHE] 1A:1849 [U] 4.68 1A:1830 [G] 62.07
1D:68 [LYS] 1A:2226 [C] 3.48 1A:2231 [G] 23.88
1D:68 [LYS] 1A:2227 [G] 3.83 23.88
1D:70 [TRP] 1A:2226 [C] 4.77 1A:2231 [G] 15.23
1D:72 [LYS] 1A:1537 [G] 4.3 1A:1545 [C] 30.26
1D:78 [LYS] 1A:1548 [C] 4.4 1A:1533 [G] 54.77
1D:84 [TYR] 1A:1612 [C] 4.15 1A:1615 [G] 79.37
1D:84 [TYR] 1A:1613 [A] 3.99 79.37
1D:84 [TYR] 1A:1614 [A] 2.56 base/AA stacks 79.37
1D:86 [PRO] 1A:1614 [A] 3.54 79.15
1D:86 [PRO] 1A:1615 [G] 3.63 1A:1612 [C] 79.15
1D:87 [ASN] 1A:1848 [G] 3.53 1A:1831 [C] 70.04
1D:88 [ARG] 1A:1847 [G] 4.49 86.2
1D:88 [ARG] 1A:1848 [G] 2.38 1A:1831 [C] 86.2
1D:88 [ARG] 1A:1849 [U] 4.21 1A:1830 [G] 86.2
1D:89 [SER] 1A:1849 [U] 4.21 1A:1830 [G] 76.51
1D:89 [SER] 1A:1851 [U] 3.88 76.51
1D:89 [SER] 1A:1852 [A] 4.33 1A:1829 [U] 76.51
1D:96 [HIS] 1A:1547 [C] 4.19 1A:1534 [G] 25.51
1D:97 [TYR] 1A:1547 [C] 3.91 1A:1534 [G] sugar:BB 57.6
1D:98 [VAL] 1A:1547 [C] 3.82 1A:1534 [G] 13.26
1D:99 [ASP] 1A:1536 [A] 2.61 sugar:SC 67.43
1D:99 [ASP] 1A:1537 [G] 3.13 1A:1545 [C] 67.43
1D:99 [ASP] 1A:1546 [G] 2.93 1A:1535 [U] base:BB 67.43
1D:99 [ASP] 1A:1547 [C] 4.97 1A:1534 [G] 67.43
1D:100 [GLY] 1A:1537 [G] 4.53 1A:1545 [C] 64.45
1D:100 [GLY] 1A:1546 [G] 2.45 1A:1535 [U] sugar:BB 64.45
1D:100 [GLY] 1A:1547 [C] 3.2 1A:1534 [G] 64.45
1D:101 [GLU] 1A:1537 [G] 3.13 1A:1545 [C] 8.65
1D:101 [GLU] 1A:1546 [G] 4.65 1A:1535 [U] 8.65
1D:102 [LYS] 1A:1546 [G] 3.14 1A:1535 [U] 3.08
1D:102 [LYS] 1A:1547 [C] 2.97 1A:1534 [G] 3.08
1D:147 [LEU] 1A:1830 [G] 4.91 1A:1849 [U] 30.02
1D:147 [LEU] 1A:1831 [C] 3.49 1A:1848 [G] 30.02
1D:147 [LEU] 1A:1832 [G] 4.42 30.02
1D:148 [GLU] 1A:1832 [G] 3.07 base:SC 5.87
1D:148 [GLU] 1A:2224 [C] 4.91 1A:2233 [G] 5.87
1D:148 [GLU] 1A:2234 [G] 2.79 1A:2223 [C] sugar:SC 5.87
1D:148 [GLU] 1A:2235 [G] 4.0 1A:2222 [C] 5.87
1D:149 [PRO] 1A:2225 [U] 4.96 1A:2232 [G] 76.29
1D:149 [PRO] 1A:2233 [G] 3.65 1A:2224 [C] 76.29
1D:149 [PRO] 1A:2234 [G] 3.86 1A:2223 [C] 76.29
1D:150 [LYS] 1A:2225 [U] 3.83 1A:2232 [G] 44.75
1D:150 [LYS] 1A:2226 [C] 3.84 1A:2231 [G] 44.75
1D:151 [LYS] 1A:1832 [G] 4.02 52.9
1D:151 [LYS] 1A:2224 [C] 2.63 1A:2233 [G] base:SC, sugar:SC 52.9
1D:151 [LYS] 1A:2225 [U] 3.48 1A:2232 [G] 52.9
1D:151 [LYS] 1A:2233 [G] 3.22 1A:2224 [C] 52.9
1D:151 [LYS] 1A:2234 [G] 4.41 1A:2223 [C] 52.9
1D:154 [LYS] 1A:1830 [G] 3.76 1A:1849 [U] 64.14
1D:154 [LYS] 1A:1831 [C] 4.22 1A:1848 [G] 64.14
1D:154 [LYS] 1A:1832 [G] 3.35 64.14
1D:154 [LYS] 1A:1849 [U] 2.49 1A:1830 [G] sugar:BB 64.14
1D:154 [LYS] 1A:1850 [A] 4.91 64.14
1D:155 [LEU] 1A:1830 [G] 3.91 1A:1849 [U] 44.12
1D:155 [LEU] 1A:1849 [U] 3.55 1A:1830 [G] 44.12
1D:155 [LEU] 1A:1850 [A] 4.1 44.12
1D:156 [ALA] 1A:1830 [G] 4.2 1A:1849 [U] 58.68
1D:156 [ALA] 1A:1849 [U] 3.37 1A:1830 [G] 58.68
1D:156 [ALA] 1A:1850 [A] 3.0 58.68
1D:157 [ARG] 1A:1848 [G] 3.02 1A:1831 [C] 93.49
1D:157 [ARG] 1A:1849 [U] 2.54 1A:1830 [G] 93.49
1D:157 [ARG] 1A:1850 [A] 2.84 93.49
1D:158 [ALA] 1A:1849 [U] 3.71 1A:1830 [G] 84.51
1D:158 [ALA] 1A:1850 [A] 2.95 84.51
1D:158 [ALA] 1A:1851 [U] 3.28 84.51
1D:158 [ALA] 1A:1852 [A] 4.2 1A:1829 [U] 84.51
1D:159 [ALA] 1A:1851 [U] 2.67 sugar:BB 89.29
1D:160 [GLY] 1A:1851 [U] 3.48 98.54
1D:161 [THR] 1A:1850 [A] 3.46 76.03
1D:161 [THR] 1A:1851 [U] 3.87 76.03
1D:172 [TYR] 1A:2234 [G] 3.24 1A:2223 [C] 10.59
1D:172 [TYR] 1A:2235 [G] 2.45 1A:2222 [C] 10.59
1D:177 [LEU] 1A:1830 [G] 3.39 1A:1849 [U] 74.21
1D:178 [PRO] 1A:1830 [G] 3.41 1A:1849 [U] 71.5
1D:178 [PRO] 1A:1850 [A] 3.46 71.5
1D:178 [PRO] 1A:1851 [U] 4.48 71.5
1D:179 [SER] 1A:1830 [G] 2.65 1A:1849 [U] base:SC, base:BB, base:SC 99.0
1D:179 [SER] 1A:1850 [A] 3.13 99.0
1D:181 [GLU] 1A:1830 [G] 2.29 1A:1849 [U] sugar:SC 69.65
1D:183 [ARG] 1A:1830 [G] 2.79 1A:1849 [U] sugar:SC 61.93
1D:183 [ARG] 1A:1831 [C] 2.43 1A:1848 [G] 61.93
1D:186 [HIS] 1A:2234 [G] 3.88 1A:2223 [C] 52.03
1D:186 [HIS] 1A:2235 [G] 4.33 1A:2222 [C] 52.03
1D:198 [ASN] 1A:1851 [U] 4.24 83.84
1D:199 [ALA] 1A:1851 [U] 2.7 base:BB 21.75
1D:200 [ASP] 1A:1851 [U] 4.36 50.99
1D:201 [HIS] 1A:1851 [U] 3.23 49.73
1D:201 [HIS] 1A:1852 [A] 2.85 1A:1829 [U] 49.73
1D:202 [LYS] 1A:1851 [U] 2.67 base:BB 22.76
1D:204 [ILE] 1A:1823 [G] 3.77 1A:1858 [C] 25.27
1D:205 [VAL] 1A:1822 [A] 4.14 1A:1859 [G] 39.54
1D:205 [VAL] 1A:1823 [G] 3.44 1A:1858 [C] 39.54
1D:206 [LEU] 1A:1822 [A] 3.47 1A:1859 [G] 33.94
1D:206 [LEU] 1A:1823 [G] 2.8 1A:1858 [C] 33.94
1D:207 [GLY] 1A:1822 [A] 2.81 1A:1859 [G] sugar:BB 63.57
1D:207 [GLY] 1A:1823 [G] 4.53 1A:1858 [C] 63.57
1D:208 [LYS] 1A:776 [G] 3.03 1A:1805 [C] sugar:SC 89.97
1D:208 [LYS] 1A:810 [G] 4.34 1A:745 [C] 89.97
1D:208 [LYS] 1A:811 [A] 2.91 1A:1806 [U] 89.97
1D:208 [LYS] 1A:1821 [C] 4.02 89.97
1D:208 [LYS] 1A:1822 [A] 3.58 1A:1859 [G] 89.97
1D:209 [ALA] 1A:776 [G] 2.88 1A:1805 [C] base:BB 99.0
1D:209 [ALA] 1A:811 [A] 3.4 1A:1806 [U] 99.0
1D:209 [ALA] 1A:1806 [U] 4.61 1A:811 [A] 99.0
1D:209 [ALA] 1A:1821 [C] 3.19 99.0
1D:209 [ALA] 1A:1822 [A] 3.95 1A:1859 [G] 99.0
1D:210 [GLY] 1A:776 [G] 2.86 1A:1805 [C] base:BB 98.26
1D:210 [GLY] 1A:811 [A] 3.32 1A:1806 [U] 98.26
1D:211 [ARG] 1A:811 [A] 4.73 1A:1806 [U] 54.38
1D:211 [ARG] 1A:1612 [C] 4.86 1A:1615 [G] 54.38
1D:211 [ARG] 1A:1613 [A] 2.91 54.38
1D:212 [SER] 1A:1821 [C] 4.79 62.06
1D:212 [SER] 1A:1822 [A] 2.97 1A:1859 [G] 62.06
1D:213 [ARG] 1A:738 [C] 4.02 1A:818 [G] 83.56
1D:213 [ARG] 1A:811 [A] 3.15 1A:1806 [U] base:SC 83.56
1D:213 [ARG] 1A:828 [A] 3.89 83.56
1D:214 [TRP] 1A:811 [A] 3.04 1A:1806 [U] 13.07
1D:214 [TRP] 1A:1612 [C] 4.88 1A:1615 [G] 13.07
1D:214 [TRP] 1A:1613 [A] 3.27 base/AA stacks 13.07
1D:215 [LEU] 1A:1613 [A] 3.99 33.21
1D:217 [ARG] 1A:1853 [G] 3.77 1A:1828 [C] 3.82
1D:218 [ARG] 1A:737 [G] 3.43 1A:819 [C] 86.12
1D:218 [ARG] 1A:738 [C] 2.97 1A:818 [G] 86.12
1D:218 [ARG] 1A:827 [G] 3.0 1A:830 [A] 86.12
1D:218 [ARG] 1A:828 [A] 2.94 86.12
1D:219 [PRO] 1A:811 [A] 4.13 1A:1806 [U] 94.36
1D:219 [PRO] 1A:828 [A] 3.31 94.36
1D:219 [PRO] 1A:1820 [A] 3.22 94.36
1D:219 [PRO] 1A:1821 [C] 3.75 94.36
1D:220 [HIS] 1A:1820 [A] 3.47 55.52
1D:220 [HIS] 1A:1821 [C] 2.91 55.52
1D:220 [HIS] 1A:1855 [G] 3.07 1A:1826 [C] 55.52
1D:220 [HIS] 1A:1856 [A] 2.69 1A:1825 [U] 55.52
1D:221 [VAL] 1A:828 [A] 3.7 93.68
1D:221 [VAL] 1A:829 [A] 3.67 93.68
1D:221 [VAL] 1A:1819 [C] 4.49 1A:1807 [G] 93.68
1D:221 [VAL] 1A:1820 [A] 3.38 93.68
1D:221 [VAL] 1A:1856 [A] 4.93 1A:1825 [U] 93.68
1D:222 [ARG] 1A:1818 [A] 4.91 1A:1808 [U] 97.23
1D:222 [ARG] 1A:1819 [C] 2.67 1A:1807 [G] 97.23
1D:222 [ARG] 1A:1820 [A] 2.75 97.23
1D:222 [ARG] 1A:1857 [G] 3.4 1A:1824 [C] 97.23
1D:222 [ARG] 1A:1858 [C] 2.88 1A:1823 [G] 97.23
1D:222 [ARG] 1A:1859 [G] 3.27 1A:1822 [A] base:SC 97.23
1D:223 [GLY] 1A:1856 [A] 4.45 1A:1825 [U] 95.1
1D:223 [GLY] 1A:1857 [G] 3.13 1A:1824 [C] 95.1
1D:224 [ALA] 1A:1857 [G] 2.59 1A:1824 [C] 79.27
1D:224 [ALA] 1A:1858 [C] 4.61 1A:1823 [G] 79.27
1D:225 [ALA] 1A:829 [A] 2.81 93.24
1D:225 [ALA] 1A:830 [A] 3.85 1A:827 [G] 93.24
1D:225 [ALA] 1A:1819 [C] 3.7 1A:1807 [G] 93.24
1D:225 [ALA] 1A:1820 [A] 4.25 93.24
1D:226 [MET] 1A:829 [A] 3.4 91.55
1D:227 [ASN] 1A:830 [A] 4.09 1A:827 [G] 98.24
1D:227 [ASN] 1A:831 [A] 2.88 98.24
1D:228 [PRO] 1A:2095 [C] 3.22 1A:2448 [G] 84.31
1D:228 [PRO] 1A:2096 [U] 3.5 1A:2447 [A] 84.31
1D:228 [PRO] 1A:2610 [A] 3.44 1A:2607 [G] 84.31
1D:228 [PRO] 1A:2611 [G] 3.96 1A:2606 [C] 84.31
1D:229 [VAL] 1A:831 [A] 3.09 77.91
1D:229 [VAL] 1A:840 [A] 3.55 77.91
1D:229 [VAL] 1A:2094 [G] 4.68 1A:2449 [U] 77.91
1D:229 [VAL] 1A:2095 [C] 3.73 1A:2448 [G] 77.91
1D:229 [VAL] 1A:2096 [U] 4.98 1A:2447 [A] 77.91
1D:230 [ASP] 1A:827 [G] 2.86 1A:830 [A] base:SC, base:SC 92.48
1D:230 [ASP] 1A:829 [A] 3.62 92.48
1D:231 [HIS] 1A:1855 [G] 4.89 1A:1826 [C] 99.0
1D:231 [HIS] 1A:1856 [A] 2.93 1A:1825 [U] 99.0
1D:231 [HIS] 1A:1857 [G] 4.58 1A:1824 [C] 99.0
1D:232 [PRO] 1A:2251 [G] 4.17 1A:2103 [C] 94.69
1D:233 [HIS] 1A:1856 [A] 2.94 1A:1825 [U] 92.97
1D:233 [HIS] 1A:1857 [G] 2.87 1A:1824 [C] 92.97
1D:234 [GLY] 1A:2610 [A] 3.93 1A:2607 [G] 96.79
1D:235 [GLY] 1A:2610 [A] 3.72 1A:2607 [G] 94.61
1D:235 [GLY] 1A:2611 [G] 3.76 1A:2606 [C] 94.61
1D:236 [GLY] 1A:2610 [A] 3.57 1A:2607 [G] 84.77
1D:236 [GLY] 1A:2611 [G] 2.8 1A:2606 [C] 84.77
1D:237 [GLU] 1A:2452 [C] 4.29 77.12
1D:237 [GLU] 1A:2602 [A] 4.77 1A:2616 [U] 77.12
1D:237 [GLU] 1A:2611 [G] 2.99 1A:2606 [C] base:BB 77.12
1D:237 [GLU] 1A:2612 [A] 3.4 1A:2605 [U] 77.12
1D:238 [GLY] 1A:2602 [A] 3.06 1A:2616 [U] 83.35
1D:238 [GLY] 1A:2603 [C] 3.71 1A:2615 [G] 83.35
1D:239 [ARG] 1A:1818 [A] 3.2 1A:1808 [U] 76.65
1D:239 [ARG] 1A:1993 [A] 3.25 76.65
1D:239 [ARG] 1A:1994 [A] 3.61 1A:1864 [U] 76.65
1D:239 [ARG] 1A:2602 [A] 3.26 1A:2616 [U] 76.65
1D:239 [ARG] 1A:2603 [C] 2.79 1A:2615 [G] 76.65
1D:240 [ALA] 1A:1993 [A] 3.6 71.23
1D:240 [ALA] 1A:2610 [A] 4.54 1A:2607 [G] 71.23
1D:241 [PRO] 1A:1925 [G] 3.29 1A:1868 [C] 75.06
1D:241 [PRO] 1A:1993 [A] 3.46 75.06
1D:241 [PRO] 1A:2609 [G] 4.55 75.06
1D:242 [ARG] 1A:1856 [A] 4.85 1A:1825 [U] 75.64
1D:242 [ARG] 1A:1857 [G] 3.21 1A:1824 [C] 75.64
1D:242 [ARG] 1A:1858 [C] 4.53 1A:1823 [G] 75.64
1D:242 [ARG] 1A:1923 [A] 4.96 1A:1872 [U] 75.64
1D:242 [ARG] 1A:1924 [C] 3.13 1A:1871 [G] 75.64
1D:242 [ARG] 1A:1925 [G] 3.7 1A:1868 [C] 75.64
1D:242 [ARG] 1A:1992 [A] 4.43 1A:1865 [U] 75.64
1D:242 [ARG] 1A:1993 [A] 2.25 75.64
1D:243 [GLY] 1A:1924 [C] 3.45 1A:1871 [G] 85.82
1D:243 [GLY] 1A:1925 [G] 2.61 1A:1868 [C] 85.82
1D:243 [GLY] 1A:2608 [U] 3.05 85.82
1D:243 [GLY] 1A:2609 [G] 3.57 85.82
1D:244 [ARG] 1A:1924 [C] 3.51 1A:1871 [G] 74.68
1D:244 [ARG] 1A:1925 [G] 4.54 1A:1868 [C] 74.68
1D:244 [ARG] 1A:2097 [U] 2.97 74.68
1D:244 [ARG] 1A:2250 [G] 4.64 74.68
1D:244 [ARG] 1A:2251 [G] 2.96 1A:2103 [C] 74.68
1D:244 [ARG] 1A:2608 [U] 4.66 74.68
1D:245 [PRO] 1A:1873 [G] 3.87 1A:1920 [U] 46.23
1D:245 [PRO] 1A:1924 [C] 4.62 1A:1871 [G] 46.23
1D:246 [PRO] 1A:1856 [A] 3.76 1A:1825 [U] 72.48
1D:246 [PRO] 1A:1923 [A] 3.18 1A:1872 [U] 72.48
1D:246 [PRO] 1A:1924 [C] 3.79 1A:1871 [G] 72.48
1D:247 [ALA] 1A:1855 [G] 4.15 1A:1826 [C] 72.02
1D:247 [ALA] 1A:1856 [A] 3.16 1A:1825 [U] 72.02
1D:248 [SER] 1A:1855 [G] 3.28 1A:1826 [C] 81.86
1D:248 [SER] 1A:1856 [A] 4.26 1A:1825 [U] 81.86
1D:249 [PRO] 1A:1855 [G] 3.08 1A:1826 [C] 77.64
1D:249 [PRO] 1A:1856 [A] 3.2 1A:1825 [U] 77.64
1D:250 [TRP] 1A:1835 [C] 3.67 1A:1844 [G] 60.28
1D:250 [TRP] 1A:1836 [U] 3.44 1A:1843 [A] 60.28
1D:250 [TRP] 1A:1837 [C] 4.05 1A:1842 [G] 60.28
1D:250 [TRP] 1A:1854 [G] 5.0 1A:1827 [U] 60.28
1D:250 [TRP] 1A:1855 [G] 3.74 1A:1826 [C] 60.28
1D:250 [TRP] 1A:2251 [G] 3.15 1A:2103 [C] 60.28
1D:251 [GLY] 1A:2251 [G] 3.89 1A:2103 [C] 91.58
1D:252 [TRP] 1A:1835 [C] 3.2 1A:1844 [G] 54.44
1D:252 [TRP] 1A:1836 [U] 3.0 1A:1843 [A] 54.44
1D:252 [TRP] 1A:1854 [G] 4.39 1A:1827 [U] 54.44
1D:252 [TRP] 1A:1855 [G] 3.59 1A:1826 [C] 54.44
1D:253 [GLN] 1A:1873 [G] 2.56 1A:1920 [U] sugar:SC 34.67
1D:253 [GLN] 1A:1874 [C] 3.24 1A:1919 [G] sugar:SC 34.67
1D:254 [THR] 1A:1826 [C] 4.84 1A:1855 [G] 69.61
1D:254 [THR] 1A:1827 [U] 3.74 1A:1854 [G] 69.61
1D:254 [THR] 1A:1854 [G] 4.0 1A:1827 [U] 69.61
1D:254 [THR] 1A:1855 [G] 2.69 1A:1826 [C] base:BB, base:SC, sugar:SC 69.61
1D:254 [THR] 1A:1856 [A] 3.12 1A:1825 [U] 69.61
1D:255 [LYS] 1A:1826 [C] 2.94 1A:1855 [G] base:SC 58.45
1D:255 [LYS] 1A:1827 [U] 3.88 1A:1854 [G] 58.45
1D:255 [LYS] 1A:1855 [G] 3.92 1A:1826 [C] 58.45
1D:255 [LYS] 1A:1856 [A] 3.02 1A:1825 [U] base:SC 58.45
1D:255 [LYS] 1A:1874 [C] 3.76 1A:1919 [G] sugar:BB 58.45
1D:255 [LYS] 1A:1922 [A] 4.65 58.45
1D:255 [LYS] 1A:1923 [A] 2.79 1A:1872 [U] 58.45
1D:256 [GLY] 1A:1827 [U] 2.82 1A:1854 [G] sugar:BB 78.64
1D:256 [GLY] 1A:1828 [C] 3.63 1A:1853 [G] 78.64
1D:256 [GLY] 1A:1874 [C] 3.2 1A:1919 [G] 78.64
1D:256 [GLY] 1A:1875 [C] 3.42 1A:1918 [G] 78.64
1D:257 [LEU] 1A:1827 [U] 4.4 1A:1854 [G] 0.19
1D:257 [LEU] 1A:1828 [C] 3.33 1A:1853 [G] 0.19
1D:257 [LEU] 1A:1874 [C] 3.44 1A:1919 [G] 0.19
1D:257 [LEU] 1A:1875 [C] 3.26 1A:1918 [G] 0.19
1D:258 [LYS] 1A:1828 [C] 3.65 1A:1853 [G] 63.89
1D:258 [LYS] 1A:1829 [U] 3.84 1A:1852 [A] 63.89
1D:258 [LYS] 1A:1874 [C] 4.33 1A:1919 [G] 63.89
1D:258 [LYS] 1A:1875 [C] 2.97 1A:1918 [G] 63.89
1D:258 [LYS] 1A:1876 [G] 3.01 1A:1917 [C] 63.89
1D:259 [THR] 1A:1828 [C] 2.84 1A:1853 [G] 88.47
1D:259 [THR] 1A:1829 [U] 3.1 1A:1852 [A] 88.47
1D:259 [THR] 1A:1834 [A] 2.79 1A:1845 [G] 88.47
1D:259 [THR] 1A:1835 [C] 2.71 1A:1844 [G] 88.47
1D:260 [ARG] 1A:1828 [C] 4.29 1A:1853 [G] 62.29
1D:260 [ARG] 1A:1829 [U] 2.87 1A:1852 [A] 62.29
1D:260 [ARG] 1A:1830 [G] 2.72 1A:1849 [U] 62.29
1D:260 [ARG] 1A:1831 [C] 2.76 1A:1848 [G] 62.29
1D:260 [ARG] 1A:1834 [A] 4.7 1A:1845 [G] 62.29
1D:261 [LYS] 1A:2107 [C] 3.82 1A:2246 [G] 45.5
1D:261 [LYS] 1A:2239 [A] 3.5 1A:2114 [U] 45.5
1D:261 [LYS] 1A:2240 [G] 2.33 1A:2113 [U] 45.5
1D:262 [ARG] 1A:2107 [C] 4.77 1A:2246 [G] 49.63
1D:262 [ARG] 1A:2108 [U] 4.3 1A:2245 [U] 49.63
1D:263 [ARG] 1A:2108 [U] 2.95 1A:2245 [U] 54.85
1D:263 [ARG] 1A:2238 [C] 4.96 54.85
1D:263 [ARG] 1A:2239 [A] 2.9 1A:2114 [U] 54.85
1D:263 [ARG] 1A:2240 [G] 2.87 1A:2113 [U] 54.85
1D:264 [LYS] 1A:1830 [G] 4.55 1A:1849 [U] 67.55
1D:264 [LYS] 1A:1831 [C] 2.79 1A:1848 [G] 67.55
1D:264 [LYS] 1A:1833 [A] 4.18 1A:1846 [A] 67.55
1D:265 [PRO] 1A:2235 [G] 4.11 1A:2222 [C] 4.86
1D:265 [PRO] 1A:2236 [G] 4.99 1A:2221 [A] 4.86
1D:265 [PRO] 1A:2238 [C] 4.13 4.86
1D:265 [PRO] 1A:2239 [A] 3.61 1A:2114 [U] 4.86
1D:266 [SER] 1A:1830 [G] 4.49 1A:1849 [U] 56.15
1D:266 [SER] 1A:1831 [C] 2.78 1A:1848 [G] 56.15
1D:268 [ARG] 1A:2236 [G] 3.5 1A:2221 [A] 11.84
1D:269 [PHE] 1A:2235 [G] 3.41 1A:2222 [C] 6.47
1D:269 [PHE] 1A:2236 [G] 3.67 1A:2221 [A] 6.47
1D:270 [ILE] 1A:1830 [G] 3.63 1A:1849 [U] 64.87
1D:270 [ILE] 1A:1831 [C] 4.45 1A:1848 [G] 64.87
1D:273 [ARG] 1A:1828 [C] 3.14 1A:1853 [G] 55.75
1D:273 [ARG] 1A:1829 [U] 2.77 1A:1852 [A] 55.75
1D:274 [ARG] 1A:1828 [C] 3.39 1A:1853 [G] 45.95
1D:274 [ARG] 1A:1829 [U] 2.33 1A:1852 [A] 45.95
1D:274 [ARG] 1A:1830 [G] 4.17 1A:1849 [U] 45.95
1D:274 [ARG] 1A:1850 [A] 3.93 45.95
1D:276 [LYS] 1A:1827 [U] 4.3 1A:1854 [G] 41.48

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group131 4Y4O_1D_1A 1D: 50s ribosomal protein l2, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1A: 23s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) P60405 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 11

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1VQ8_A_0 4Y4O_1D_1A 0.57 0.93 3.73 0.29 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
1JJ2_A_0 4Y4O_1D_1A 0.55 0.93 3.52 0.28 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
4Y4O_1D_1A 7OF0_D_A 0.69 0.95 2.68 0.42 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1D_1A 6YSI_A_1 0.86 0.97 1.15 0.57 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1D_1A 6AZ3_A_1,2 0.59 0.77 3.76 0.22 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
4Y4O_1D_1A 6S0Z_C_A 0.86 0.97 1.58 0.66 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1D_1A 6AZ3_A_3 0.47 0.68 3.83 0.1 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
4Y4O_1D_1A 7K00_c_a 0.85 0.97 0.98 0.63 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1D_1A 7O7Y_BA_B5 0.60 0.88 3.82 0.22 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
4Y4O_1D_1A 7RYG_C_A 0.84 0.96 2.18 0.61 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1YHQ_A_0 4Y4O_1D_1A 0.57 0.93 3.66 0.29 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare