RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group131 > 6YSI_A_1

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6YSI_A
6YSI_1
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
A:4 [GLN] 1:697 [A] 2.82 1:716 [G] sugar:SC 56.48
A:7 [LYS] 1:696 [A] 3.22 1:717 [G] 77.92
A:7 [LYS] 1:697 [A] 3.27 1:716 [G] 77.92
A:7 [LYS] 1:1686 [G] 3.84 1:1683 [U] 77.92
A:8 [PRO] 1:1684 [U] 4.89 1:1818 [A] 58.25
A:8 [PRO] 1:1685 [C] 3.81 58.25
A:8 [PRO] 1:1686 [G] 3.31 1:1683 [U] sugar:BB 58.25
A:9 [THR] 1:696 [A] 3.52 1:717 [G] 59.93
A:9 [THR] 1:718 [A] 3.68 1:695 [G] 59.93
A:9 [THR] 1:719 [G] 4.21 1:694 [U] 59.93
A:9 [THR] 1:1686 [G] 3.85 1:1683 [U] 59.93
A:10 [SER] 1:719 [G] 3.56 1:694 [U] 78.96
A:10 [SER] 1:720 [G] 3.07 1:1763 [C] 78.96
A:10 [SER] 1:721 [A] 3.79 1:693 [U] 78.96
A:11 [PRO] 1:720 [G] 4.32 1:1763 [C] 62.68
A:11 [PRO] 1:1762 [A] 3.44 1:1966 [A] base:BB 62.68
A:11 [PRO] 1:1763 [C] 3.45 1:720 [G] 62.68
A:12 [GLY] 1:720 [G] 3.14 1:1763 [C] 69.18
A:12 [GLY] 1:1763 [C] 4.43 1:720 [G] 69.18
A:13 [ARG] 1:718 [A] 4.07 1:695 [G] 17.84
A:13 [ARG] 1:719 [G] 3.91 1:694 [U] 17.84
A:13 [ARG] 1:720 [G] 3.27 1:1763 [C] 17.84
A:14 [ARG] 1:1684 [U] 2.78 1:1818 [A] sugar:SC 91.11
A:14 [ARG] 1:1685 [C] 4.71 91.11
A:14 [ARG] 1:1686 [G] 3.31 1:1683 [U] base:SC 91.11
A:14 [ARG] 1:1762 [A] 4.79 1:1966 [A] 91.11
A:14 [ARG] 1:1818 [A] 4.5 1:1684 [U] 91.11
A:14 [ARG] 1:1966 [A] 3.94 1:1762 [A] 91.11
A:15 [PHE] 1:1684 [U] 4.9 1:1818 [A] 55.44
A:15 [PHE] 1:1762 [A] 3.95 1:1966 [A] 55.44
A:15 [PHE] 1:1780 [A] 4.92 1:1817 [G] 55.44
A:15 [PHE] 1:1818 [A] 3.22 1:1684 [U] 55.44
A:15 [PHE] 1:1819 [U] 3.72 1:1964 [A] 55.44
A:18 [LYS] 1:1555 [C] 4.09 1:1417 [G] 6.53
A:18 [LYS] 1:1556 [C] 3.54 1:1559 [G] 6.53
A:25 [HIS] 1:1558 [G] 3.7 base:BB 28.11
A:26 [LYS] 1:1555 [C] 3.93 1:1417 [G] 50.34
A:26 [LYS] 1:1558 [G] 4.39 50.34
A:27 [GLY] 1:1558 [G] 3.81 base:BB 40.33
A:29 [PRO] 1:1559 [G] 4.14 1:1556 [C] 63.72
A:32 [PRO] 1:1412 [A] 3.46 1:1565 [U] 47.3
A:35 [GLU] 1:1561 [A] 4.86 1:1416 [C] 1.17
A:35 [GLU] 1:1805 [C] 2.85 base:SC, base:SC 1.17
A:35 [GLU] 1:2202 [U] 4.91 1.17
A:36 [ALA] 1:1560 [A] 3.58 20.35
A:36 [ALA] 1:1561 [A] 4.25 1:1416 [C] 20.35
A:37 [LYS] 1:1805 [C] 3.59 2.49
A:38 [LYS] 1:683 [C] 2.69 1:761 [G] sugar:SC 43.29
A:38 [LYS] 1:684 [A] 3.8 1:760 [U] 43.29
A:38 [LYS] 1:1342 [A] 2.87 1:1365 [G] 43.29
A:38 [LYS] 1:1343 [G] 3.55 1:1364 [C] 43.29
A:39 [ARG] 1:683 [C] 3.45 1:761 [G] 46.36
A:39 [ARG] 1:684 [A] 3.13 1:760 [U] 46.36
A:40 [THR] 1:682 [C] 3.94 1:762 [G] 46.19
A:40 [THR] 1:683 [C] 4.26 1:761 [G] 46.19
A:40 [THR] 1:1802 [G] 3.51 1:1793 [C] 46.19
A:40 [THR] 1:1803 [G] 2.6 1:1792 [A] 46.19
A:40 [THR] 1:1805 [C] 4.66 46.19
A:41 [GLY] 1:682 [C] 3.88 1:762 [G] 57.62
A:41 [GLY] 1:683 [C] 4.2 1:761 [G] 57.62
A:42 [GLY] 1:1802 [G] 3.45 1:1793 [C] 97.22
A:42 [GLY] 1:1803 [G] 4.75 1:1792 [A] 97.22
A:43 [ARG] 1:681 [U] 3.19 1:763 [A] base:SC 96.0
A:43 [ARG] 1:682 [C] 3.57 1:762 [G] 96.0
A:43 [ARG] 1:770 [U] 4.01 1:776 [G] 96.0
A:43 [ARG] 1:771 [G] 4.57 1:774 [A] 96.0
A:43 [ARG] 1:1802 [G] 3.69 1:1793 [C] 96.0
A:44 [ASN] 1:1794 [A] 4.77 1:1801 [U] 92.58
A:44 [ASN] 1:1795 [C] 2.92 1:1800 [G] base:SC 92.58
A:44 [ASN] 1:1800 [G] 3.86 1:1795 [C] 92.58
A:44 [ASN] 1:1801 [U] 3.23 1:1794 [A] base:SC 92.58
A:44 [ASN] 1:1802 [G] 3.69 1:1793 [C] 92.58
A:45 [ASN] 1:1358 [C] 3.07 1:1349 [G] 69.92
A:45 [ASN] 1:1359 [G] 2.78 69.92
A:45 [ASN] 1:1800 [G] 3.62 1:1795 [C] sugar:SC 69.92
A:45 [ASN] 1:1801 [U] 2.72 1:1794 [A] sugar:BB 69.92
A:46 [ASN] 1:764 [U] 3.18 1:680 [A] 36.3
A:46 [ASN] 1:765 [A] 4.93 36.3
A:46 [ASN] 1:1795 [C] 2.83 1:1800 [G] sugar:SC 36.3
A:46 [ASN] 1:1796 [G] 3.38 1:1799 [A] sugar:SC 36.3
A:46 [ASN] 1:1800 [G] 4.47 1:1795 [C] 36.3
A:47 [GLY] 1:763 [A] 3.83 1:681 [U] 97.91
A:47 [GLY] 1:764 [U] 3.33 1:680 [A] 97.91
A:47 [GLY] 1:770 [U] 4.06 1:776 [G] 97.91
A:48 [HIS] 1:764 [U] 3.04 1:680 [A] sugar:SC 70.34
A:48 [HIS] 1:765 [A] 3.29 70.34
A:48 [HIS] 1:769 [G] 4.45 1:777 [C] 70.34
A:48 [HIS] 1:770 [U] 3.84 1:776 [G] 70.34
A:48 [HIS] 1:1795 [C] 2.96 1:1800 [G] 70.34
A:48 [HIS] 1:1796 [G] 4.11 1:1799 [A] 70.34
A:49 [ILE] 1:681 [U] 5.0 1:763 [A] 94.96
A:49 [ILE] 1:770 [U] 3.06 1:776 [G] 94.96
A:49 [ILE] 1:771 [G] 3.27 1:774 [A] 94.96
A:49 [ILE] 1:1794 [A] 3.65 1:1801 [U] sugar:BB 94.96
A:49 [ILE] 1:1795 [C] 4.77 1:1800 [G] 94.96
A:50 [THR] 1:1793 [C] 4.78 1:1802 [G] 86.54
A:50 [THR] 1:1794 [A] 3.34 1:1801 [U] sugar:BB 86.54
A:50 [THR] 1:1795 [C] 3.71 1:1800 [G] 86.54
A:50 [THR] 1:1801 [U] 4.98 1:1794 [A] 86.54
A:50 [THR] 1:1802 [G] 2.7 1:1793 [C] base:SC, sugar:SC 86.54
A:51 [THR] 1:1802 [G] 3.51 1:1793 [C] base:SC 76.07
A:51 [THR] 1:1803 [G] 3.27 1:1792 [A] sugar:SC 76.07
A:51 [THR] 1:1812 [G] 3.84 1:1785 [U] 76.07
A:52 [ARG] 1:1812 [G] 4.23 1:1785 [U] 81.96
A:52 [ARG] 1:1813 [G] 2.87 1:1784 [C] 81.96
A:52 [ARG] 1:1814 [U] 3.01 1:1783 [A] 81.96
A:53 [HIS] 1:1813 [G] 3.26 1:1784 [C] 80.0
A:53 [HIS] 1:1814 [U] 4.93 1:1783 [A] 80.0
A:54 [VAL] 1:1812 [G] 4.51 1:1785 [U] 70.88
A:55 [GLY] 1:682 [C] 4.34 1:762 [G] 87.77
A:55 [GLY] 1:683 [C] 3.85 1:761 [G] 87.77
A:56 [GLY] 1:682 [C] 4.31 1:762 [G] 81.94
A:56 [GLY] 1:683 [C] 2.9 1:761 [G] 81.94
A:58 [HIS] 1:1417 [G] 4.6 1:1555 [C] 58.93
A:58 [HIS] 1:1557 [A] 3.61 58.93
A:58 [HIS] 1:1558 [G] 3.51 58.93
A:58 [HIS] 1:1559 [G] 3.3 1:1556 [C] 58.93
A:59 [LYS] 1:685 [U] 3.05 1:759 [G] 82.72
A:59 [LYS] 1:1558 [G] 3.58 82.72
A:59 [LYS] 1:1559 [G] 3.36 1:1556 [C] 82.72
A:59 [LYS] 1:1560 [A] 3.1 sugar:SC 82.72
A:60 [GLN] 1:1557 [A] 4.87 69.22
A:60 [GLN] 1:1558 [G] 2.59 69.22
A:60 [GLN] 1:1559 [G] 3.53 1:1556 [C] 69.22
A:61 [HIS] 1:1559 [G] 2.76 1:1556 [C] 23.17
A:61 [HIS] 1:1560 [A] 2.98 23.17
A:61 [HIS] 1:1561 [A] 4.54 1:1416 [C] 23.17
A:62 [TYR] 1:1805 [C] 3.38 base/AA stacks 62.88
A:62 [TYR] 1:1806 [G] 2.84 1:1789 [C] 62.88
A:63 [ARG] 1:1558 [G] 3.16 sugar:SC 91.82
A:63 [ARG] 1:1559 [G] 3.07 1:1556 [C] 91.82
A:64 [ILE] 1:1805 [C] 4.85 31.99
A:67 [PHE] 1:1806 [G] 3.94 1:1789 [C] 62.47
A:67 [PHE] 1:1807 [U] 4.98 1:1788 [G] 62.47
A:68 [LYS] 1:2194 [U] 3.24 1:2208 [A] 32.91
A:71 [LYS] 1:1478 [A] 3.71 60.64
A:71 [LYS] 1:1479 [G] 4.52 1:1487 [C] 60.64
A:73 [GLY] 1:1478 [A] 3.82 28.14
A:74 [VAL] 1:1478 [A] 3.78 41.08
A:75 [PRO] 1:1478 [A] 3.29 0.0
A:83 [TYR] 1:1556 [C] 4.41 1:1559 [G] 81.95
A:83 [TYR] 1:1557 [A] 3.82 81.95
A:83 [TYR] 1:1558 [G] 2.29 base/AA stacks 81.95
A:85 [PRO] 1:1558 [G] 3.4 82.38
A:85 [PRO] 1:1559 [G] 3.89 1:1556 [C] 82.38
A:86 [SER] 1:1805 [C] 4.98 77.87
A:86 [SER] 1:1806 [G] 3.63 1:1789 [C] 77.87
A:87 [ARG] 1:1806 [G] 2.66 1:1789 [C] 87.96
A:87 [ARG] 1:1807 [U] 3.13 1:1788 [G] 87.96
A:88 [THR] 1:1807 [U] 4.24 1:1788 [G] 72.59
A:88 [THR] 1:1809 [U] 3.99 72.59
A:88 [THR] 1:1810 [A] 3.98 1:1787 [U] 72.59
A:95 [LYS] 1:1489 [G] 3.96 1:1476 [U] 4.12
A:95 [LYS] 1:1490 [G] 2.69 1:1475 [C] 4.12
A:96 [TYR] 1:1489 [G] 4.58 1:1476 [U] 55.07
A:97 [ALA] 1:1478 [A] 3.84 13.03
A:97 [ALA] 1:1489 [G] 3.39 1:1476 [U] 13.03
A:98 [ASP] 1:1478 [A] 2.39 sugar:SC 69.25
A:98 [ASP] 1:1479 [G] 2.94 1:1487 [C] 69.25
A:98 [ASP] 1:1488 [G] 2.85 1:1477 [U] base:BB 69.25
A:98 [ASP] 1:1489 [G] 4.32 1:1476 [U] 69.25
A:99 [GLY] 1:1488 [G] 3.02 1:1477 [U] sugar:BB 62.9
A:99 [GLY] 1:1489 [G] 3.53 1:1476 [U] 62.9
A:100 [GLU] 1:1479 [G] 3.44 1:1487 [C] 38.82
A:100 [GLU] 1:1488 [G] 4.96 1:1477 [U] 38.82
A:101 [ARG] 1:1488 [G] 2.79 1:1477 [U] sugar:SC 22.65
A:101 [ARG] 1:1489 [G] 2.81 1:1476 [U] 22.65
A:146 [LEU] 1:1789 [C] 3.98 1:1806 [G] 31.03
A:146 [LEU] 1:1790 [A] 4.69 31.03
A:147 [LYS] 1:1790 [A] 3.06 base:SC 0.38
A:147 [LYS] 1:2191 [C] 3.37 1:2210 [G] sugar:SC 0.38
A:147 [LYS] 1:2192 [U] 4.73 0.38
A:147 [LYS] 1:2193 [G] 2.29 1:2209 [C] 0.38
A:148 [ILE] 1:2193 [G] 2.63 1:2209 [C] sugar:BB 76.34
A:148 [ILE] 1:2194 [U] 4.63 1:2208 [A] 76.34
A:148 [ILE] 1:2210 [G] 3.49 1:2191 [C] 76.34
A:148 [ILE] 1:2211 [A] 3.89 1:2190 [U] 76.34
A:149 [GLY] 1:2193 [G] 3.61 1:2209 [C] 42.76
A:149 [GLY] 1:2194 [U] 3.41 1:2208 [A] 42.76
A:150 [LYS] 1:1789 [C] 4.93 1:1806 [G] 38.2
A:150 [LYS] 1:1790 [A] 2.44 38.2
A:150 [LYS] 1:2192 [U] 3.89 38.2
A:150 [LYS] 1:2193 [G] 3.45 1:2209 [C] 38.2
A:150 [LYS] 1:2194 [U] 4.87 1:2208 [A] 38.2
A:153 [GLN] 1:1788 [G] 4.39 1:1807 [U] 65.98
A:153 [GLN] 1:1789 [C] 3.23 1:1806 [G] 65.98
A:153 [GLN] 1:1790 [A] 2.65 65.98
A:153 [GLN] 1:1807 [U] 2.59 1:1788 [G] base:SC, sugar:BB 65.98
A:154 [LEU] 1:1788 [G] 3.26 1:1807 [U] 43.22
A:154 [LEU] 1:1807 [U] 3.35 1:1788 [G] 43.22
A:154 [LEU] 1:1808 [A] 4.11 43.22
A:155 [ALA] 1:1788 [G] 4.37 1:1807 [U] 58.22
A:155 [ALA] 1:1807 [U] 3.26 1:1788 [G] 58.22
A:155 [ALA] 1:1808 [A] 2.98 58.22
A:156 [ARG] 1:1806 [G] 3.06 1:1789 [C] 91.84
A:156 [ARG] 1:1807 [U] 3.23 1:1788 [G] base/AA stacks 91.84
A:156 [ARG] 1:1808 [A] 2.92 91.84
A:157 [SER] 1:1807 [U] 3.56 1:1788 [G] 87.77
A:157 [SER] 1:1808 [A] 2.97 87.77
A:157 [SER] 1:1809 [U] 3.35 sugar:SC 87.77
A:157 [SER] 1:1810 [A] 4.4 1:1787 [U] 87.77
A:158 [ALA] 1:1809 [U] 3.4 88.29
A:159 [GLY] 1:1809 [U] 3.63 96.27
A:160 [ALA] 1:1808 [A] 3.42 74.46
A:171 [TYR] 1:2211 [A] 3.81 1:2190 [U] 30.79
A:171 [TYR] 1:2212 [G] 2.35 1:2189 [C] 30.79
A:176 [LEU] 1:1788 [G] 3.35 1:1807 [U] 81.46
A:177 [ARG] 1:1788 [G] 3.84 1:1807 [U] 77.71
A:177 [ARG] 1:1808 [A] 3.43 77.71
A:177 [ARG] 1:1809 [U] 2.95 77.71
A:178 [SER] 1:1788 [G] 2.58 1:1807 [U] base:SC, base:BB, base:SC 99.0
A:178 [SER] 1:1808 [A] 3.04 99.0
A:180 [GLU] 1:1788 [G] 3.14 1:1807 [U] sugar:SC 81.64
A:182 [ARG] 1:1788 [G] 3.52 1:1807 [U] sugar:SC 75.11
A:182 [ARG] 1:1789 [C] 2.37 1:1806 [G] 75.11
A:185 [HIS] 1:2211 [A] 3.65 1:2190 [U] 55.45
A:185 [HIS] 1:2212 [G] 4.47 1:2189 [C] 55.45
A:194 [GLU] 1:1809 [U] 4.16 40.55
A:198 [GLN] 1:1809 [U] 3.46 base:BB 7.4
A:199 [GLU] 1:1809 [U] 4.33 51.99
A:200 [ASN] 1:1809 [U] 3.39 base:BB 51.09
A:200 [ASN] 1:1810 [A] 3.67 1:1787 [U] 51.09
A:201 [ASN] 1:1809 [U] 3.12 base:BB base/AA stacks 23.44
A:203 [ARG] 1:1557 [A] 4.43 27.02
A:203 [ARG] 1:1781 [G] 4.32 1:1816 [U] 27.02
A:204 [SER] 1:1780 [A] 4.26 1:1817 [G] 39.29
A:204 [SER] 1:1781 [G] 3.4 1:1816 [U] 39.29
A:205 [LEU] 1:1780 [A] 3.53 1:1817 [G] 42.38
A:205 [LEU] 1:1781 [G] 3.27 1:1816 [U] 42.38
A:206 [GLY] 1:1780 [A] 3.06 1:1817 [G] sugar:BB 70.08
A:206 [GLY] 1:1781 [G] 4.89 1:1816 [U] 70.08
A:207 [LYS] 1:720 [G] 2.81 1:1763 [C] sugar:SC 87.75
A:207 [LYS] 1:754 [G] 4.58 1:689 [C] 87.75
A:207 [LYS] 1:755 [A] 2.84 1:1764 [U] 87.75
A:207 [LYS] 1:1779 [U] 4.42 87.75
A:207 [LYS] 1:1780 [A] 3.57 1:1817 [G] 87.75
A:208 [ALA] 1:720 [G] 2.99 1:1763 [C] base:BB 99.0
A:208 [ALA] 1:755 [A] 3.51 1:1764 [U] 99.0
A:208 [ALA] 1:1779 [U] 3.57 99.0
A:208 [ALA] 1:1780 [A] 3.96 1:1817 [G] 99.0
A:209 [GLY] 1:720 [G] 3.0 1:1763 [C] base:BB 98.59
A:209 [GLY] 1:755 [A] 3.51 1:1764 [U] 98.59
A:210 [ALA] 1:755 [A] 4.92 1:1764 [U] 64.58
A:211 [ALA] 1:1780 [A] 3.59 1:1817 [G] 56.2
A:212 [ARG] 1:682 [C] 4.18 1:762 [G] 89.19
A:212 [ARG] 1:755 [A] 2.97 1:1764 [U] base:SC 89.19
A:212 [ARG] 1:772 [A] 3.75 89.19
A:213 [TRP] 1:755 [A] 3.13 1:1764 [U] 39.34
A:213 [TRP] 1:1557 [A] 3.49 base/AA stacks 39.34
A:214 [ARG] 1:1557 [A] 3.36 38.87
A:217 [ARG] 1:681 [U] 3.2 1:763 [A] 87.09
A:217 [ARG] 1:682 [C] 2.97 1:762 [G] 87.09
A:217 [ARG] 1:771 [G] 3.08 1:774 [A] 87.09
A:217 [ARG] 1:772 [A] 2.85 87.09
A:218 [PRO] 1:755 [A] 4.08 1:1764 [U] 94.85
A:218 [PRO] 1:772 [A] 3.63 94.85
A:218 [PRO] 1:1778 [A] 3.31 94.85
A:218 [PRO] 1:1779 [U] 3.64 94.85
A:219 [THR] 1:1778 [A] 3.24 47.8
A:219 [THR] 1:1779 [U] 2.85 47.8
A:219 [THR] 1:1814 [U] 4.56 1:1783 [A] 47.8
A:220 [VAL] 1:772 [A] 3.46 95.23
A:220 [VAL] 1:773 [A] 3.77 95.23
A:220 [VAL] 1:1777 [C] 4.03 1:1765 [G] 95.23
A:220 [VAL] 1:1778 [A] 3.3 95.23
A:220 [VAL] 1:1814 [U] 4.87 1:1783 [A] 95.23
A:220 [VAL] 1:1815 [G] 4.97 1:1782 [C] 95.23
A:221 [ARG] 1:1777 [C] 2.91 1:1765 [G] 97.01
A:221 [ARG] 1:1778 [A] 2.9 97.01
A:221 [ARG] 1:1815 [G] 3.43 1:1782 [C] 97.01
A:221 [ARG] 1:1816 [U] 2.57 1:1781 [G] 97.01
A:221 [ARG] 1:1817 [G] 3.76 1:1780 [A] base:SC 97.01
A:222 [GLY] 1:1814 [U] 4.6 1:1783 [A] 97.06
A:222 [GLY] 1:1815 [G] 3.22 1:1782 [C] 97.06
A:223 [MET] 1:1815 [G] 2.94 1:1782 [C] 78.66
A:223 [MET] 1:1816 [U] 3.39 1:1781 [G] 78.66
A:223 [MET] 1:1960 [U] 3.2 78.66
A:224 [ALA] 1:773 [A] 2.94 95.56
A:224 [ALA] 1:774 [A] 3.83 1:771 [G] 95.56
A:224 [ALA] 1:1777 [C] 3.83 1:1765 [G] 95.56
A:224 [ALA] 1:1778 [A] 4.41 95.56
A:225 [MET] 1:773 [A] 3.37 89.27
A:226 [ASN] 1:774 [A] 4.39 1:771 [G] 98.34
A:226 [ASN] 1:775 [G] 3.07 sugar:SC base/AA stacks 98.34
A:227 [PRO] 1:2062 [C] 3.57 1:2425 [G] 88.21
A:227 [PRO] 1:2063 [U] 3.65 1:2424 [A] 88.21
A:227 [PRO] 1:2587 [A] 3.87 1:2584 [G] 88.21
A:227 [PRO] 1:2588 [G] 4.42 1:2583 [C] 88.21
A:228 [ILE] 1:775 [G] 3.6 77.02
A:228 [ILE] 1:784 [A] 4.04 77.02
A:228 [ILE] 1:2062 [C] 4.53 1:2425 [G] 77.02
A:229 [ASP] 1:771 [G] 3.03 1:774 [A] base:SC, base:SC 92.99
A:229 [ASP] 1:773 [A] 3.78 92.99
A:230 [HIS] 1:1813 [G] 4.82 1:1784 [C] 98.89
A:230 [HIS] 1:1814 [U] 3.0 1:1783 [A] 98.89
A:231 [PRO] 1:2064 [U] 4.96 93.54
A:231 [PRO] 1:2228 [G] 4.2 1:2070 [C] 93.54
A:232 [HIS] 1:1814 [U] 3.28 1:1783 [A] 89.82
A:232 [HIS] 1:1815 [G] 2.94 1:1782 [C] 89.82
A:233 [GLY] 1:2587 [A] 3.95 1:2584 [G] 92.36
A:234 [GLY] 1:2587 [A] 3.22 1:2584 [G] 95.48
A:234 [GLY] 1:2588 [G] 3.89 1:2583 [C] 95.48
A:235 [GLY] 1:2587 [A] 3.15 1:2584 [G] 87.47
A:235 [GLY] 1:2588 [G] 2.89 1:2583 [C] 87.47
A:236 [GLU] 1:2429 [C] 4.71 79.8
A:236 [GLU] 1:2587 [A] 5.0 1:2584 [G] 79.8
A:236 [GLU] 1:2588 [G] 3.09 1:2583 [C] base:BB 79.8
A:236 [GLU] 1:2589 [A] 3.39 1:2582 [U] 79.8
A:237 [GLY] 1:2579 [A] 3.6 1:2593 [U] 85.26
A:237 [GLY] 1:2580 [C] 3.6 1:2592 [G] 85.26
A:238 [ARG] 1:1776 [A] 3.38 1:1766 [U] 74.76
A:238 [ARG] 1:1777 [C] 4.91 1:1765 [G] 74.76
A:238 [ARG] 1:1960 [U] 3.26 74.76
A:238 [ARG] 1:1961 [G] 3.59 1:1822 [C] 74.76
A:238 [ARG] 1:2579 [A] 3.16 1:2593 [U] 74.76
A:238 [ARG] 1:2580 [C] 2.97 1:2592 [G] 74.76
A:239 [ASN] 1:1892 [G] 4.63 1:1826 [C] 74.96
A:239 [ASN] 1:1960 [U] 3.56 74.96
A:239 [ASN] 1:2584 [G] 3.46 1:2587 [A] 74.96
A:239 [ASN] 1:2586 [G] 3.53 74.96
A:239 [ASN] 1:2587 [A] 3.49 1:2584 [G] 74.96
A:240 [LYS] 1:1815 [G] 3.22 1:1782 [C] sugar:SC 63.8
A:240 [LYS] 1:1891 [C] 2.83 1:1829 [G] 63.8
A:240 [LYS] 1:1892 [G] 3.0 1:1826 [C] 63.8
A:240 [LYS] 1:1959 [A] 4.9 1:1823 [U] 63.8
A:240 [LYS] 1:1960 [U] 3.02 63.8
A:241 [GLY] 1:1891 [C] 4.02 1:1829 [G] 76.98
A:241 [GLY] 1:1892 [G] 3.41 1:1826 [C] 76.98
A:241 [GLY] 1:2585 [U] 3.6 76.98
A:241 [GLY] 1:2586 [G] 3.26 76.98
A:242 [ILE] 1:1891 [C] 3.15 1:1829 [G] 69.28
A:242 [ILE] 1:1892 [G] 4.68 1:1826 [C] 69.28
A:242 [ILE] 1:2064 [U] 4.33 69.28
A:243 [GLN] 1:1830 [U] 4.68 1:1890 [A] 41.17
A:243 [GLN] 1:1831 [G] 3.36 1:1887 [U] 41.17
A:243 [GLN] 1:1890 [A] 2.85 1:1830 [U] base:SC, sugar:SC 41.17
A:243 [GLN] 1:1891 [C] 3.49 1:1829 [G] 41.17
A:244 [PRO] 1:1814 [U] 3.51 1:1783 [A] 65.46
A:244 [PRO] 1:1890 [A] 3.25 1:1830 [U] 65.46
A:244 [PRO] 1:1891 [C] 3.6 1:1829 [G] 65.46
A:245 [VAL] 1:1813 [G] 4.23 1:1784 [C] 67.2
A:245 [VAL] 1:1814 [U] 3.23 1:1783 [A] 67.2
A:246 [SER] 1:1813 [G] 3.6 1:1784 [C] 83.9
A:246 [SER] 1:1814 [U] 4.53 1:1783 [A] 83.9
A:247 [PRO] 1:1813 [G] 3.26 1:1784 [C] 74.45
A:247 [PRO] 1:1814 [U] 3.45 1:1783 [A] 74.45
A:248 [TRP] 1:1793 [C] 4.03 1:1802 [G] 57.19
A:248 [TRP] 1:1794 [A] 3.44 1:1801 [U] 57.19
A:248 [TRP] 1:1795 [C] 3.91 1:1800 [G] 57.19
A:248 [TRP] 1:1813 [G] 4.23 1:1784 [C] 57.19
A:248 [TRP] 1:2228 [G] 4.55 1:2070 [C] 57.19
A:250 [GLN] 1:1792 [A] 4.79 1:1803 [G] 50.46
A:250 [GLN] 1:1793 [C] 3.0 1:1802 [G] 50.46
A:250 [GLN] 1:1813 [G] 4.89 1:1784 [C] 50.46
A:251 [LYS] 1:1831 [G] 3.03 1:1887 [U] 37.96
A:251 [LYS] 1:1832 [C] 3.23 1:1886 [G] 37.96
A:252 [ALA] 1:1785 [U] 3.52 1:1812 [G] 70.78
A:252 [ALA] 1:1813 [G] 3.24 1:1784 [C] base:BB 70.78
A:252 [ALA] 1:1814 [U] 3.67 1:1783 [A] 70.78
A:253 [LYS] 1:1783 [A] 4.39 1:1814 [U] 67.1
A:253 [LYS] 1:1784 [C] 2.83 1:1813 [G] base:SC 67.1
A:253 [LYS] 1:1785 [U] 3.86 1:1812 [G] 67.1
A:253 [LYS] 1:1813 [G] 3.75 1:1784 [C] 67.1
A:253 [LYS] 1:1814 [U] 2.9 1:1783 [A] base:SC 67.1
A:253 [LYS] 1:1832 [C] 3.89 1:1886 [G] sugar:BB 67.1
A:253 [LYS] 1:1890 [A] 3.18 1:1830 [U] 67.1
A:254 [GLY] 1:1785 [U] 2.82 1:1812 [G] sugar:BB 87.01
A:254 [GLY] 1:1786 [C] 3.72 1:1811 [G] 87.01
A:254 [GLY] 1:1832 [C] 3.63 1:1886 [G] 87.01
A:254 [GLY] 1:1833 [U] 3.39 1:1885 [A] 87.01
A:255 [TYR] 1:1785 [U] 4.39 1:1812 [G] 0.14
A:255 [TYR] 1:1786 [C] 3.27 1:1811 [G] 0.14
A:255 [TYR] 1:1832 [C] 3.54 1:1886 [G] 0.14
A:255 [TYR] 1:1833 [U] 3.44 1:1885 [A] 0.14
A:256 [LYS] 1:1786 [C] 3.66 1:1811 [G] 67.79
A:256 [LYS] 1:1787 [U] 3.73 1:1810 [A] 67.79
A:256 [LYS] 1:1832 [C] 4.58 1:1886 [G] 67.79
A:256 [LYS] 1:1833 [U] 3.21 1:1885 [A] 67.79
A:256 [LYS] 1:1834 [G] 3.05 1:1884 [C] 67.79
A:257 [THR] 1:1786 [C] 2.59 1:1811 [G] sugar:SC 89.44
A:257 [THR] 1:1787 [U] 3.38 1:1810 [A] 89.44
A:257 [THR] 1:1792 [A] 2.9 1:1803 [G] sugar:SC 89.44
A:257 [THR] 1:1793 [C] 3.47 1:1802 [G] 89.44
A:258 [ARG] 1:1786 [C] 4.64 1:1811 [G] 71.16
A:258 [ARG] 1:1787 [U] 3.24 1:1810 [A] 71.16
A:258 [ARG] 1:1788 [G] 2.31 1:1807 [U] 71.16
A:258 [ARG] 1:1789 [C] 2.96 1:1806 [G] 71.16
A:258 [ARG] 1:1792 [A] 4.9 1:1803 [G] 71.16
A:259 [THR] 1:1792 [A] 4.71 1:1803 [G] 38.13
A:259 [THR] 1:2074 [U] 4.06 1:2223 [G] 38.13
A:259 [THR] 1:2217 [G] 4.8 1:2080 [C] 38.13
A:260 [ASN] 1:1789 [C] 4.31 1:1806 [G] 51.46
A:261 [LYS] 1:2074 [U] 4.97 1:2223 [G] 75.58
A:261 [LYS] 1:2075 [U] 3.31 1:2222 [U] 75.58
A:261 [LYS] 1:2216 [C] 4.02 1:2081 [U] 75.58
A:261 [LYS] 1:2217 [G] 4.22 1:2080 [C] 75.58
A:262 [ARG] 1:1790 [A] 3.52 base/AA stacks 0.96
A:262 [ARG] 1:2216 [C] 3.88 1:2081 [U] 0.96
A:263 [THR] 1:1788 [G] 4.95 1:1807 [U] 66.34
A:263 [THR] 1:1789 [C] 2.98 1:1806 [G] 66.34
A:265 [LYS] 1:2213 [G] 2.85 1:2188 [A] 21.75
A:267 [ILE] 1:1788 [G] 3.5 1:1807 [U] 70.28
A:267 [ILE] 1:1789 [C] 4.98 1:1806 [G] 70.28
A:271 [ARG] 1:1786 [C] 3.26 1:1811 [G] 62.97
A:271 [ARG] 1:1787 [U] 2.34 1:1810 [A] 62.97
A:271 [ARG] 1:1808 [A] 4.16 62.97
A:272 [ARG] 1:1786 [C] 3.14 1:1811 [G] 55.09
A:272 [ARG] 1:1787 [U] 2.47 1:1810 [A] 55.09

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group131 6YSI_A_1 A: 50s ribosomal protein l2, Acinetobacter baumannii atcc 19606 = cip 70.34 = jcm 6841 (natural) 1: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii atcc 19606 = cip 70.34 = jcm 6841 (natural) D0CD00 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 11

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6YSI_A_1 7RYG_C_A 0.96 0.98 1.27 0.98 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_A_1 7O7Y_BA_B5 0.60 0.89 3.76 0.21 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
6YSI_A_1 7K00_c_a 0.94 1.0 0.5 0.76 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_A_1 7OF0_D_A 0.68 0.92 2.67 0.31 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_C_A 6YSI_A_1 0.86 0.98 0.99 0.57 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_A_0 6YSI_A_1 0.59 0.91 3.39 0.23 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
1JJ2_A_0 6YSI_A_1 0.59 0.91 3.41 0.23 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
6AZ3_A_1,2 6YSI_A_1 0.62 0.76 3.84 0.22 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
4Y4O_1D_1A 6YSI_A_1 0.86 0.97 1.15 0.57 Nucleic acid-binding proteins & SH3 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_A_3 6YSI_A_1 0.31 0.54 3.47 0.05 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare
1YHQ_A_0 6YSI_A_1 0.58 0.91 3.28 0.23 Nucleic acid-binding proteins & SH3 compare