Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7OF0_D
|
7OF0_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| D:61 [ALA] | A:1982 [G] | 3.32 | A:1922 [C] | 67.57 | ||
| D:61 [ALA] | A:1983 [U] | 3.59 | A:1921 [A] | 67.57 | ||
| D:62 [ASN] | A:1981 [G] | 3.51 | A:1923 [C] | sugar:SC | 64.24 | |
| D:62 [ASN] | A:1982 [G] | 3.68 | A:1922 [C] | 64.24 | ||
| D:63 [PHE] | A:2523 [C] | 4.52 | 59.33 | |||
| D:63 [PHE] | A:2524 [A] | 4.62 | 59.33 | |||
| D:65 [SER] | A:2523 [C] | 3.91 | 47.69 | |||
| D:65 [SER] | A:2524 [A] | 3.66 | 47.69 | |||
| D:66 [TRP] | A:2527 [A] | 2.94 | 55.3 | |||
| D:67 [LYS] | A:2524 [A] | 3.17 | 68.67 | |||
| D:67 [LYS] | A:2525 [C] | 4.16 | 68.67 | |||
| D:67 [LYS] | A:2526 [C] | 3.0 | sugar:SC | 68.67 | ||
| D:67 [LYS] | A:2527 [A] | 3.19 | 68.67 | |||
| D:68 [SER] | A:2527 [A] | 4.43 | 19.74 | |||
| D:69 [ARG] | A:2387 [U] | 3.81 | base:SC | 50.02 | ||
| D:69 [ARG] | A:2527 [A] | 2.86 | base:BB | 50.02 | ||
| D:71 [LYS] | A:2385 [U] | 3.04 | A:2407 [U] | 52.71 | ||
| D:71 [LYS] | A:2386 [C] | 2.56 | 52.71 | |||
| D:73 [THR] | A:2387 [U] | 3.83 | 92.98 | |||
| D:74 [ILE] | A:2388 [A] | 3.3 | 53.13 | |||
| D:75 [THR] | A:2387 [U] | 3.36 | 54.05 | |||
| D:75 [THR] | A:2388 [A] | 3.62 | 54.05 | |||
| D:76 [PRO] | A:2388 [A] | 3.68 | 77.92 | |||
| D:76 [PRO] | A:2389 [C] | 4.85 | 77.92 | |||
| D:78 [LYS] | A:1925 [A] | 4.72 | A:1979 [U] | 17.1 | ||
| D:78 [LYS] | A:1926 [A] | 3.31 | A:1978 [A] | 17.1 | ||
| D:78 [LYS] | A:2404 [U] | 3.44 | 17.1 | |||
| D:79 [MET] | A:1925 [A] | 4.21 | A:1979 [U] | 28.37 | ||
| D:79 [MET] | A:2527 [A] | 3.73 | 28.37 | |||
| D:80 [ARG] | A:1924 [U] | 4.46 | A:1980 [A] | 36.16 | ||
| D:80 [ARG] | A:1925 [A] | 3.64 | A:1979 [U] | 36.16 | ||
| D:81 [LYS] | A:1924 [U] | 3.26 | A:1980 [A] | 54.23 | ||
| D:81 [LYS] | A:1925 [A] | 2.88 | A:1979 [U] | 54.23 | ||
| D:82 [SER] | A:1923 [C] | 3.56 | A:1981 [G] | 68.01 | ||
| D:82 [SER] | A:1924 [U] | 3.89 | A:1980 [A] | 68.01 | ||
| D:82 [SER] | A:2524 [A] | 3.0 | 68.01 | |||
| D:82 [SER] | A:2525 [C] | 2.72 | 68.01 | |||
| D:83 [GLY] | A:1923 [C] | 3.58 | A:1981 [G] | 73.68 | ||
| D:83 [GLY] | A:1924 [U] | 3.9 | A:1980 [A] | 73.68 | ||
| D:84 [GLY] | A:2524 [A] | 3.28 | 98.18 | |||
| D:85 [ARG] | A:1922 [C] | 2.82 | A:1982 [G] | base:SC, sugar:SC | 96.91 | |
| D:85 [ARG] | A:1923 [C] | 2.97 | A:1981 [G] | 96.91 | ||
| D:85 [ARG] | A:1982 [G] | 3.7 | A:1922 [C] | 96.91 | ||
| D:85 [ARG] | A:1989 [C] | 4.12 | A:1995 [A] | 96.91 | ||
| D:85 [ARG] | A:1990 [G] | 4.77 | A:1993 [A] | 96.91 | ||
| D:85 [ARG] | A:2524 [A] | 3.5 | 96.91 | |||
| D:86 [ASP] | A:2524 [A] | 3.59 | 89.37 | |||
| D:87 [HIS] | A:2523 [C] | 3.67 | base/AA stacks | 61.52 | ||
| D:88 [THR] | A:1982 [G] | 4.6 | A:1922 [C] | 65.29 | ||
| D:88 [THR] | A:1983 [U] | 3.11 | A:1921 [A] | 65.29 | ||
| D:89 [GLY] | A:1982 [G] | 3.51 | A:1922 [C] | 99.0 | ||
| D:89 [GLY] | A:1983 [U] | 2.95 | A:1921 [A] | 99.0 | ||
| D:89 [GLY] | A:1989 [C] | 4.25 | A:1995 [A] | 99.0 | ||
| D:90 [ARG] | A:1983 [U] | 3.26 | A:1921 [A] | 69.36 | ||
| D:90 [ARG] | A:1984 [A] | 2.67 | 69.36 | |||
| D:90 [ARG] | A:1985 [G] | 3.06 | A:2001 [C] | 69.36 | ||
| D:90 [ARG] | A:1987 [G] | 3.2 | A:1997 [C] | 69.36 | ||
| D:90 [ARG] | A:1988 [G] | 3.7 | A:1996 [C] | 69.36 | ||
| D:90 [ARG] | A:1989 [C] | 3.59 | A:1995 [A] | 69.36 | ||
| D:91 [ILE] | A:1922 [C] | 4.47 | A:1982 [G] | 91.29 | ||
| D:91 [ILE] | A:1988 [G] | 4.86 | A:1996 [C] | 91.29 | ||
| D:91 [ILE] | A:1989 [C] | 2.77 | A:1995 [A] | 91.29 | ||
| D:91 [ILE] | A:1990 [G] | 3.1 | A:1993 [A] | 91.29 | ||
| D:92 [ARG] | A:2524 [A] | 3.14 | base/AA stacks | 87.89 | ||
| D:93 [VAL] | A:2524 [A] | 3.39 | 72.02 | |||
| D:93 [VAL] | A:2525 [C] | 3.37 | 72.02 | |||
| D:93 [VAL] | A:2534 [G] | 3.68 | A:2516 [C] | 72.02 | ||
| D:94 [HIS] | A:1990 [G] | 4.41 | A:1993 [A] | 75.1 | ||
| D:94 [HIS] | A:2534 [G] | 4.63 | A:2516 [C] | 75.1 | ||
| D:94 [HIS] | A:2535 [A] | 3.59 | A:2515 [U] | 75.1 | ||
| D:96 [ILE] | A:1923 [C] | 4.35 | A:1981 [G] | 77.91 | ||
| D:96 [ILE] | A:2525 [C] | 3.58 | 77.91 | |||
| D:96 [ILE] | A:2534 [G] | 4.08 | A:2516 [C] | 77.91 | ||
| D:97 [GLY] | A:1923 [C] | 3.75 | A:1981 [G] | 89.31 | ||
| D:97 [GLY] | A:1924 [U] | 3.6 | A:1980 [A] | 89.31 | ||
| D:98 [GLY] | A:1923 [C] | 3.9 | A:1981 [G] | 92.45 | ||
| D:98 [GLY] | A:1924 [U] | 2.68 | A:1980 [A] | 92.45 | ||
| D:100 [HIS] | A:2401 [A] | 3.45 | 58.22 | |||
| D:100 [HIS] | A:2402 [A] | 3.42 | 58.22 | |||
| D:100 [HIS] | A:2403 [G] | 3.3 | A:2400 [C] | 58.22 | ||
| D:101 [LYS] | A:1926 [A] | 3.16 | A:1978 [A] | 75.2 | ||
| D:101 [LYS] | A:1927 [G] | 4.37 | A:1977 [U] | 75.2 | ||
| D:101 [LYS] | A:2402 [A] | 3.91 | 75.2 | |||
| D:101 [LYS] | A:2403 [G] | 3.14 | A:2400 [C] | 75.2 | ||
| D:101 [LYS] | A:2404 [U] | 3.17 | sugar:SC | 75.2 | ||
| D:102 [GLN] | A:2402 [A] | 2.64 | 69.81 | |||
| D:102 [GLN] | A:2403 [G] | 3.65 | A:2400 [C] | 69.81 | ||
| D:103 [ARG] | A:2389 [C] | 3.82 | 24.84 | |||
| D:103 [ARG] | A:2403 [G] | 2.82 | A:2400 [C] | 24.84 | ||
| D:103 [ARG] | A:2404 [U] | 3.37 | 24.84 | |||
| D:103 [ARG] | A:2405 [C] | 3.2 | 24.84 | |||
| D:104 [TYR] | A:2527 [A] | 3.34 | 39.93 | |||
| D:104 [TYR] | A:2528 [G] | 2.35 | A:2520 [C] | 39.93 | ||
| D:105 [ARG] | A:2402 [A] | 4.2 | 92.19 | |||
| D:105 [ARG] | A:2403 [G] | 2.41 | A:2400 [C] | 92.19 | ||
| D:106 [MET] | A:2527 [A] | 3.81 | 10.93 | |||
| D:107 [ILE] | A:2528 [G] | 4.89 | A:2520 [C] | 79.5 | ||
| D:109 [PHE] | A:2528 [G] | 3.95 | A:2520 [C] | 40.96 | ||
| D:109 [PHE] | A:2529 [U] | 4.32 | A:2519 [G] | 40.96 | ||
| D:127 [ILE] | A:2388 [A] | 3.42 | 46.01 | |||
| D:128 [GLN] | A:2388 [A] | 2.92 | 46.8 | |||
| D:130 [ARG] | A:2388 [A] | 4.33 | 67.34 | |||
| D:130 [ARG] | A:2389 [C] | 4.62 | 67.34 | |||
| D:130 [ARG] | A:2390 [A] | 4.68 | A:2399 [A] | 67.34 | ||
| D:130 [ARG] | A:2402 [A] | 3.23 | sugar:SC | 67.34 | ||
| D:130 [ARG] | A:2403 [G] | 3.71 | A:2400 [C] | 67.34 | ||
| D:131 [TYR] | A:2400 [C] | 4.76 | A:2403 [G] | 64.27 | ||
| D:131 [TYR] | A:2401 [A] | 4.3 | 64.27 | |||
| D:131 [TYR] | A:2402 [A] | 2.27 | base/AA stacks | 64.27 | ||
| D:133 [PRO] | A:2402 [A] | 3.6 | 84.91 | |||
| D:133 [PRO] | A:2403 [G] | 3.61 | A:2400 [C] | 84.91 | ||
| D:134 [CYS] | A:2528 [G] | 3.95 | A:2520 [C] | 66.51 | ||
| D:135 [ARG] | A:2527 [A] | 4.25 | 92.14 | |||
| D:135 [ARG] | A:2528 [G] | 2.12 | A:2520 [C] | 92.14 | ||
| D:135 [ARG] | A:2529 [U] | 4.19 | A:2519 [G] | 92.14 | ||
| D:136 [SER] | A:2529 [U] | 3.96 | A:2519 [G] | 76.89 | ||
| D:136 [SER] | A:2531 [U] | 4.08 | 76.89 | |||
| D:136 [SER] | A:2532 [U] | 4.04 | A:2518 [A] | 76.89 | ||
| D:141 [LEU] | A:2388 [A] | 3.36 | 74.48 | |||
| D:148 [LYS] | A:2387 [U] | 4.94 | 31.83 | |||
| D:148 [LYS] | A:2388 [A] | 3.33 | 31.83 | |||
| D:150 [TRP] | A:2388 [A] | 3.85 | 78.09 | |||
| D:202 [ARG] | A:2521 [A] | 2.39 | base:BB | base/AA stacks | 38.89 | |
| D:203 [GLY] | A:2521 [A] | 4.2 | 78.82 | |||
| D:204 [ALA] | A:2521 [A] | 4.17 | 64.45 | |||
| D:205 [GLN] | A:2519 [G] | 4.13 | A:2529 [U] | 54.46 | ||
| D:205 [GLN] | A:2520 [C] | 3.07 | A:2528 [G] | 54.46 | ||
| D:205 [GLN] | A:2521 [A] | 3.24 | base/AA stacks | 54.46 | ||
| D:205 [GLN] | A:2529 [U] | 2.59 | A:2519 [G] | base:SC, sugar:BB | 54.46 | |
| D:206 [TYR] | A:2519 [G] | 3.29 | A:2529 [U] | 37.74 | ||
| D:206 [TYR] | A:2520 [C] | 3.37 | A:2528 [G] | 37.74 | ||
| D:206 [TYR] | A:2529 [U] | 3.24 | A:2519 [G] | 37.74 | ||
| D:206 [TYR] | A:2530 [A] | 3.96 | 37.74 | |||
| D:207 [ILE] | A:2519 [G] | 4.25 | A:2529 [U] | 64.15 | ||
| D:207 [ILE] | A:2529 [U] | 3.3 | A:2519 [G] | 64.15 | ||
| D:207 [ILE] | A:2530 [A] | 2.88 | 64.15 | |||
| D:208 [ARG] | A:2521 [A] | 4.45 | 90.79 | |||
| D:208 [ARG] | A:2527 [A] | 4.97 | 90.79 | |||
| D:208 [ARG] | A:2528 [G] | 2.93 | A:2520 [C] | 90.79 | ||
| D:208 [ARG] | A:2529 [U] | 2.78 | A:2519 [G] | base/AA stacks | 90.79 | |
| D:208 [ARG] | A:2530 [A] | 2.68 | 90.79 | |||
| D:209 [ALA] | A:2529 [U] | 3.72 | A:2519 [G] | 81.88 | ||
| D:209 [ALA] | A:2530 [A] | 2.71 | 81.88 | |||
| D:209 [ALA] | A:2531 [U] | 3.47 | 81.88 | |||
| D:209 [ALA] | A:2532 [U] | 3.9 | A:2518 [A] | 81.88 | ||
| D:210 [ALA] | A:2531 [U] | 2.58 | sugar:BB | 92.51 | ||
| D:211 [GLY] | A:2531 [U] | 2.86 | 98.5 | |||
| D:212 [THR] | A:2530 [A] | 3.71 | 72.43 | |||
| D:212 [THR] | A:2531 [U] | 4.17 | 72.43 | |||
| D:228 [LEU] | A:2519 [G] | 3.68 | A:2529 [U] | 79.94 | ||
| D:229 [PRO] | A:2519 [G] | 3.55 | A:2529 [U] | 70.49 | ||
| D:229 [PRO] | A:2530 [A] | 3.04 | 70.49 | |||
| D:230 [SER] | A:2519 [G] | 2.42 | A:2529 [U] | base:SC, base:BB, base:SC | 95.46 | |
| D:230 [SER] | A:2530 [A] | 2.84 | 95.46 | |||
| D:232 [ARG] | A:2519 [G] | 2.38 | A:2529 [U] | 64.83 | ||
| D:246 [ARG] | A:2531 [U] | 2.31 | base:SC | 47.72 | ||
| D:249 [ASN] | A:2531 [U] | 4.11 | 94.09 | |||
| D:250 [VAL] | A:2531 [U] | 2.89 | base:BB | 4.3 | ||
| D:251 [ASP] | A:2531 [U] | 4.23 | 48.08 | |||
| D:252 [HIS] | A:2531 [U] | 3.16 | base:BB | 70.79 | ||
| D:252 [HIS] | A:2532 [U] | 3.01 | A:2518 [A] | 70.79 | ||
| D:253 [ASN] | A:2531 [U] | 2.39 | base:BB, sugar:SC | base/AA stacks | 35.95 | |
| D:255 [ARG] | A:2401 [A] | 4.29 | 28.19 | |||
| D:255 [ARG] | A:2512 [A] | 4.09 | A:2538 [C] | 28.19 | ||
| D:256 [VAL] | A:2511 [C] | 4.4 | A:2493 [C] | 35.83 | ||
| D:256 [VAL] | A:2512 [A] | 3.73 | A:2538 [C] | 35.83 | ||
| D:257 [ILE] | A:2511 [C] | 3.53 | A:2493 [C] | 39.46 | ||
| D:257 [ILE] | A:2512 [A] | 2.97 | A:2538 [C] | 39.46 | ||
| D:258 [GLY] | A:2511 [C] | 2.93 | A:2493 [C] | sugar:BB | 66.66 | |
| D:258 [GLY] | A:2512 [A] | 4.6 | A:2538 [C] | 66.66 | ||
| D:259 [LYS] | A:1939 [G] | 2.73 | A:2494 [C] | sugar:SC | 87.65 | |
| D:259 [LYS] | A:1973 [G] | 4.26 | A:1930 [C] | 87.65 | ||
| D:259 [LYS] | A:1974 [A] | 2.64 | A:2495 [U] | 87.65 | ||
| D:259 [LYS] | A:2510 [U] | 4.51 | 87.65 | |||
| D:259 [LYS] | A:2511 [C] | 3.63 | A:2493 [C] | 87.65 | ||
| D:260 [ALA] | A:1939 [G] | 3.07 | A:2494 [C] | base:BB | 96.26 | |
| D:260 [ALA] | A:1974 [A] | 3.5 | A:2495 [U] | 96.26 | ||
| D:260 [ALA] | A:2510 [U] | 3.45 | 96.26 | |||
| D:260 [ALA] | A:2511 [C] | 4.23 | A:2493 [C] | 96.26 | ||
| D:261 [GLY] | A:1939 [G] | 2.79 | A:2494 [C] | base:BB | 93.93 | |
| D:261 [GLY] | A:1974 [A] | 3.37 | A:2495 [U] | 93.93 | ||
| D:262 [ARG] | A:1974 [A] | 4.64 | A:2495 [U] | 57.32 | ||
| D:262 [ARG] | A:2400 [C] | 4.71 | A:2403 [G] | 57.32 | ||
| D:262 [ARG] | A:2401 [A] | 2.79 | 57.32 | |||
| D:263 [ASN] | A:2510 [U] | 4.74 | 56.84 | |||
| D:263 [ASN] | A:2511 [C] | 2.71 | A:2493 [C] | 56.84 | ||
| D:264 [ARG] | A:1923 [C] | 4.09 | A:1981 [G] | 93.11 | ||
| D:264 [ARG] | A:1974 [A] | 3.07 | A:2495 [U] | base:SC | 93.11 | |
| D:264 [ARG] | A:1991 [A] | 3.81 | 93.11 | |||
| D:265 [TRP] | A:1973 [G] | 4.95 | A:1930 [C] | 37.98 | ||
| D:265 [TRP] | A:1974 [A] | 2.71 | A:2495 [U] | 37.98 | ||
| D:265 [TRP] | A:2401 [A] | 3.26 | base/AA stacks | 37.98 | ||
| D:265 [TRP] | A:2402 [A] | 4.97 | 37.98 | |||
| D:266 [LEU] | A:2401 [A] | 3.67 | 28.06 | |||
| D:266 [LEU] | A:2402 [A] | 4.73 | 28.06 | |||
| D:269 [ARG] | A:1922 [C] | 2.91 | A:1982 [G] | sugar:SC | 94.14 | |
| D:269 [ARG] | A:1923 [C] | 3.37 | A:1981 [G] | 94.14 | ||
| D:269 [ARG] | A:1989 [C] | 4.39 | A:1995 [A] | 94.14 | ||
| D:269 [ARG] | A:1990 [G] | 2.31 | A:1993 [A] | 94.14 | ||
| D:270 [PRO] | A:1974 [A] | 3.6 | A:2495 [U] | 95.57 | ||
| D:270 [PRO] | A:1991 [A] | 3.18 | 95.57 | |||
| D:270 [PRO] | A:2509 [A] | 3.53 | 95.57 | |||
| D:270 [PRO] | A:2510 [U] | 4.31 | 95.57 | |||
| D:271 [ASN] | A:1990 [G] | 3.47 | A:1993 [A] | 60.71 | ||
| D:271 [ASN] | A:1991 [A] | 2.77 | 60.71 | |||
| D:272 [SER] | A:1990 [G] | 4.09 | A:1993 [A] | 96.15 | ||
| D:272 [SER] | A:1991 [A] | 2.85 | 96.15 | |||
| D:272 [SER] | A:1992 [C] | 3.43 | 96.15 | |||
| D:272 [SER] | A:2509 [A] | 4.86 | 96.15 | |||
| D:273 [GLY] | A:1990 [G] | 4.11 | A:1993 [A] | 82.27 | ||
| D:273 [GLY] | A:1992 [C] | 3.19 | 82.27 | |||
| D:274 [ARG] | A:2534 [G] | 4.64 | A:2516 [C] | 76.12 | ||
| D:274 [ARG] | A:2535 [A] | 2.79 | A:2515 [U] | 76.12 | ||
| D:274 [ARG] | A:2536 [G] | 3.4 | A:2514 [C] | 76.12 | ||
| D:275 [TRP] | A:2535 [A] | 2.89 | A:2515 [U] | 77.32 | ||
| D:275 [TRP] | A:2536 [G] | 3.39 | A:2514 [C] | 77.32 | ||
| D:276 [HIS] | A:1988 [G] | 3.26 | A:1996 [C] | 85.4 | ||
| D:276 [HIS] | A:1989 [C] | 3.25 | A:1995 [A] | 85.4 | ||
| D:276 [HIS] | A:2804 [A] | 4.74 | A:2743 [U] | 85.4 | ||
| D:277 [ARG] | A:2803 [A] | 3.36 | A:2744 [U] | 82.07 | ||
| D:277 [ARG] | A:2804 [A] | 3.16 | A:2743 [U] | 82.07 | ||
| D:278 [LYS] | A:2736 [C] | 4.32 | A:2923 [G] | 97.21 | ||
| D:278 [LYS] | A:2737 [U] | 4.09 | A:2922 [A] | 97.21 | ||
| D:278 [LYS] | A:2804 [A] | 2.69 | A:2743 [U] | 97.21 | ||
| D:278 [LYS] | A:2805 [A] | 2.98 | A:2742 [U] | 97.21 | ||
| D:279 [GLY] | A:2737 [U] | 3.57 | A:2922 [A] | 72.36 | ||
| D:281 [TRP] | A:2535 [A] | 3.87 | A:2515 [U] | 58.85 | ||
| D:281 [TRP] | A:2536 [G] | 3.55 | A:2514 [C] | 58.85 | ||
| D:281 [TRP] | A:2537 [G] | 5.0 | A:2513 [C] | 58.85 | ||
| D:285 [LYS] | A:2739 [U] | 3.15 | 86.89 | |||
| D:287 [ARG] | A:2801 [A] | 2.99 | A:2747 [U] | 68.95 | ||
| D:287 [ARG] | A:2802 [A] | 3.05 | A:2746 [U] | 68.95 | ||
| D:293 [LYS] | A:2739 [U] | 3.29 | sugar:SC | 39.61 | ||
| D:297 [LYS] | A:2739 [U] | 4.25 | 42.86 | |||
| D:297 [LYS] | A:3083 [U] | 3.62 | 42.86 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group131 | 7OF0_D_A | D: 39s ribosomal protein l2, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s ribosomal RNA, Homo sapiens (natural) | Q5T653 | Nucleic acid-binding proteins & SH3 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 9