RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group132 > 4Y4O_1O_1A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1O
4Y4O_1A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1O:1 [MET] 1A:1711 [A] 3.72 1A:2018 [C] 96.8
1O:1 [MET] 1A:1712 [A] 2.72 1A:2017 [U] sugar:BB 96.8
1O:1 [MET] 1A:1713 [G] 3.9 1A:2016 [C] 96.8
1O:1 [MET] 1A:2018 [C] 4.08 1A:1711 [A] 96.8
1O:1 [MET] 1A:2739 [U] 3.76 96.8
1O:2 [ILE] 1A:1712 [A] 4.77 1A:2017 [U] 83.0
1O:2 [ILE] 1A:1713 [G] 4.95 1A:2016 [C] 83.0
1O:3 [GLN] 1A:1712 [A] 3.83 1A:2017 [U] 58.1
1O:3 [GLN] 1A:1713 [G] 3.65 1A:2016 [C] 58.1
1O:3 [GLN] 1A:1716 [A] 4.91 1A:2015 [U] 58.1
1O:3 [GLN] 1A:2017 [U] 3.0 1A:1712 [A] base:SC 58.1
1O:4 [PRO] 1A:1713 [G] 4.69 1A:2016 [C] 0.1
1O:4 [PRO] 1A:1716 [A] 3.86 1A:2015 [U] 0.1
1O:4 [PRO] 1A:2560 [G] 4.48 1A:2572 [C] 0.1
1O:5 [GLN] 1A:1713 [G] 4.65 1A:2016 [C] 44.2
1O:5 [GLN] 1A:1714 [G] 3.6 44.2
1O:5 [GLN] 1A:1715 [A] 3.02 1A:2013 [U] 44.2
1O:5 [GLN] 1A:1716 [A] 3.18 1A:2015 [U] 44.2
1O:5 [GLN] 1A:1974 [A] 3.81 base:SC 44.2
1O:6 [THR] 1A:1713 [G] 2.65 1A:2016 [C] sugar:SC 80.9
1O:6 [THR] 1A:1714 [G] 3.53 80.9
1O:7 [TYR] 1A:1713 [G] 4.34 1A:2016 [C] 0.6
1O:7 [TYR] 1A:1714 [G] 2.91 0.6
1O:7 [TYR] 1A:2010 [C] 4.09 1A:1795 [G] 0.6
1O:20 [MET] 1A:1715 [A] 4.82 1A:2013 [U] 42.3
1O:20 [MET] 1A:1974 [A] 4.97 42.3
1O:22 [ILE] 1A:1974 [A] 3.44 91.9
1O:22 [ILE] 1A:2560 [G] 4.75 1A:2572 [C] 91.9
1O:22 [ILE] 1A:2572 [C] 4.82 1A:2560 [G] 91.9
1O:22 [ILE] 1A:2573 [A] 3.92 1A:2559 [U] 91.9
1O:23 [ARG] 1A:2559 [U] 2.82 1A:2573 [A] base:SC 48.1
1O:23 [ARG] 1A:2560 [G] 3.7 1A:2572 [C] sugar:SC 48.1
1O:23 [ARG] 1A:2573 [A] 3.28 1A:2559 [U] 48.1
1O:23 [ARG] 1A:2574 [U] 3.07 1A:2578 [A] sugar:SC 48.1
1O:23 [ARG] 1A:2578 [A] 4.36 1A:2574 [U] 48.1
1O:24 [VAL] 1A:2574 [U] 4.75 1A:2578 [A] 62.8
1O:25 [LEU] 1A:2573 [A] 4.99 1A:2559 [U] 30.8
1O:25 [LEU] 1A:2574 [U] 3.57 1A:2578 [A] 30.8
1O:26 [LYS] 1A:2685 [G] 3.97 1A:2659 [U] 44.2
1O:26 [LYS] 1A:2686 [G] 3.9 1A:2658 [C] 44.2
1O:27 [GLY] 1A:2574 [U] 3.8 1A:2578 [A] sugar:BB 33.2
1O:27 [GLY] 1A:2575 [U] 3.49 1A:2577 [A] 33.2
1O:27 [GLY] 1A:2686 [G] 4.91 1A:2658 [C] 33.2
1O:28 [SER] 1A:2559 [U] 3.64 1A:2573 [A] 62.2
1O:28 [SER] 1A:2574 [U] 4.54 1A:2578 [A] 62.2
1O:28 [SER] 1A:2575 [U] 3.05 1A:2577 [A] 62.2
1O:28 [SER] 1A:2576 [A] 4.67 62.2
1O:28 [SER] 1A:2577 [A] 3.4 1A:2575 [U] base:SC 62.2
1O:28 [SER] 1A:2578 [A] 2.89 1A:2574 [U] base:BB 62.2
1O:28 [SER] 1A:2686 [G] 4.62 1A:2658 [C] 62.2
1O:29 [ASN] 1A:2558 [U] 5.0 47.3
1O:29 [ASN] 1A:2559 [U] 3.55 1A:2573 [A] 47.3
1O:29 [ASN] 1A:2578 [A] 4.95 1A:2574 [U] 47.3
1O:29 [ASN] 1A:2686 [G] 2.54 1A:2658 [C] sugar:SC 47.3
1O:29 [ASN] 1A:2687 [A] 3.05 1A:2745 [G] sugar:SC, sugar:SC 47.3
1O:30 [ALA] 1A:2686 [G] 3.41 1A:2658 [C] 40.7
1O:30 [ALA] 1A:2687 [A] 4.19 1A:2745 [G] 40.7
1O:31 [LYS] 1A:2017 [U] 4.24 1A:1712 [A] 57.8
1O:31 [LYS] 1A:2018 [C] 3.25 1A:1711 [A] 57.8
1O:31 [LYS] 1A:2686 [G] 4.28 1A:2658 [C] 57.8
1O:31 [LYS] 1A:2687 [A] 3.4 1A:2745 [G] 57.8
1O:31 [LYS] 1A:2688 [C] 3.59 1A:2744 [G] 57.8
1O:32 [TYR] 1A:1712 [A] 4.65 1A:2017 [U] 0.0
1O:32 [TYR] 1A:2017 [U] 4.11 1A:1712 [A] 0.0
1O:32 [TYR] 1A:2018 [C] 2.95 1A:1711 [A] base:SC 0.0
1O:32 [TYR] 1A:2687 [A] 4.86 1A:2745 [G] 0.0
1O:32 [TYR] 1A:2739 [U] 4.19 0.0
1O:40 [VAL] 1A:2573 [A] 3.81 1A:2559 [U] 46.9
1O:40 [VAL] 1A:2574 [U] 4.0 1A:2578 [A] 46.9
1O:42 [SER] 1A:1973 [U] 4.87 82.2
1O:42 [SER] 1A:1974 [A] 2.54 82.2
1O:43 [VAL] 1A:1974 [A] 4.73 81.1
1O:44 [LYS] 1A:1973 [U] 3.48 62.8
1O:44 [LYS] 1A:1974 [A] 2.8 62.8
1O:55 [GLY] 1A:1974 [A] 3.38 73.9
1O:57 [VAL] 1A:1974 [A] 3.61 75.2
1O:57 [VAL] 1A:2573 [A] 4.3 1A:2559 [U] 75.2
1O:59 [LYS] 1A:2574 [U] 4.34 1A:2578 [A] 51.4
1O:66 [LYS] 1A:1712 [A] 3.37 1A:2017 [U] 76.7
1O:66 [LYS] 1A:1713 [G] 3.51 1A:2016 [C] 76.7
1O:67 [LYS] 1A:1711 [A] 2.94 1A:2018 [C] sugar:SC 56.7
1O:67 [LYS] 1A:1712 [A] 3.7 1A:2017 [U] 56.7
1O:67 [LYS] 1A:2696 [U] 4.58 1A:2738 [A] 56.7
1O:67 [LYS] 1A:2697 [G] 3.68 1A:2737 [C] 56.7
1O:67 [LYS] 1A:2739 [U] 3.2 base:SC 56.7
1O:68 [GLU] 1A:1711 [A] 4.48 1A:2018 [C] 19.6
1O:68 [GLU] 1A:2696 [U] 2.48 1A:2738 [A] sugar:SC 19.6
1O:68 [GLU] 1A:2697 [G] 3.12 1A:2737 [C] 19.6
1O:70 [LYS] 1A:2695 [C] 2.76 1A:2693 [C] base:SC 32.8
1O:70 [LYS] 1A:2696 [U] 3.63 1A:2738 [A] 32.8
1O:70 [LYS] 1A:2740 [G] 3.2 1A:2692 [C] sugar:SC 32.8
1O:70 [LYS] 1A:2741 [U] 3.34 1A:2691 [A] 32.8
1O:74 [GLY] 1A:2695 [C] 3.76 1A:2693 [C] sugar:BB 88.2
1O:76 [ALA] 1A:2696 [U] 4.83 1A:2738 [A] 0.7
1O:78 [ARG] 1A:2696 [U] 4.56 1A:2738 [A] 50.4
1O:78 [ARG] 1A:2697 [G] 3.17 1A:2737 [C] 50.4
1O:82 [ASN] 1A:1712 [A] 4.23 1A:2017 [U] 98.9
1O:82 [ASN] 1A:1713 [G] 2.83 1A:2016 [C] 98.9

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group132 4Y4O_1O_1A 1O: 50s ribosomal protein l14, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1A: 23s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) Q5SHP8 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 10

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1YHQ_K_0 4Y4O_1O_1A 0.54 0.93 2.31 0.24 Ribosomal protein L14-related compare
1VQ8_K_0 4Y4O_1O_1A 0.55 0.93 2.28 0.24 Ribosomal protein L14-related compare
1JJ2_J_0 4Y4O_1O_1A 0.53 0.93 2.26 0.26 Ribosomal protein L14-related compare
4Y4O_1O_1A 6AZ3_J_2 0.70 0.83 2.11 0.24 Ribosomal protein L14-related compare
4Y4O_1O_1A 7RYG_J_A 0.86 0.96 1.53 0.52 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 7K00_j_a 0.87 0.97 0.94 0.62 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 6S0Z_I_A 0.77 0.97 1.1 0.56 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 7OF0_L_A 0.62 0.97 1.57 0.28 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 7O7Y_BV_B5 0.59 0.9 2.27 0.21 Ribosomal protein L14-related compare
3CC2_K_0 4Y4O_1O_1A 0.54 0.93 2.31 0.24 Ribosomal protein L14-related compare