RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group132 > 4Y4O_1O_1A vs 7K00_j_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1O
4Y4O_1A
7K00_j
7K00_a
Conserved?
1O:55 [GLY] 1A:1974 [A] j:55 [GLY] a:1952 [A] ✔
1O:4 [PRO] 1A:1713 [G] j:4 [GLU] a:1666 [G] ✔
1O:4 [PRO] 1A:1716 [A] j:4 [GLU] a:1669 [A] ✔
1O:4 [PRO] 1A:2560 [G] j:4 [GLU] a:2548 [U] ✔
1O:24 [VAL] 1A:2574 [U] j:24 [VAL] a:2562 [U] ✔
1O:7 [TYR] 1A:1713 [G] j:7 [MET] a:1666 [G] ✔
1O:7 [TYR] 1A:1714 [G] j:7 [MET] a:1667 [G] ✔
1O:30 [ALA] 1A:2686 [G] j:30 [ARG] a:2674 [G] ✔
1O:30 [ALA] 1A:2687 [A] j:30 [ARG] a:2675 [A] ✔
1O:74 [GLY] 1A:2695 [C] j:74 [GLY] a:2683 [C] ✔
1O:28 [SER] 1A:2575 [U] j:28 [SER] a:2563 [U] ✔
1O:28 [SER] 1A:2577 [A] j:28 [SER] a:2565 [A] ✔
1O:28 [SER] 1A:2578 [A] j:28 [SER] a:2566 [A] ✔
1O:28 [SER] 1A:2686 [G] j:28 [SER] a:2674 [G] ✔
1O:44 [LYS] 1A:1973 [U] j:44 [LYS] a:1951 [U] ✔
1O:44 [LYS] 1A:1974 [A] j:44 [LYS] a:1952 [A] ✔
1O:26 [LYS] 1A:2686 [G] j:26 [GLY] a:2674 [G] ✔
1O:67 [LYS] 1A:1711 [A] j:67 [LYS] a:1664 [A] ✔
1O:67 [LYS] 1A:1712 [A] j:67 [LYS] a:1665 [A] ✔
1O:67 [LYS] 1A:2739 [U] j:67 [LYS] a:2726 [A] ✔
1O:78 [ARG] 1A:2696 [U] j:78 [ARG] a:2684 [U] ✔
1O:78 [ARG] 1A:2697 [G] j:78 [ARG] a:2685 [G] ✔
1O:31 [LYS] 1A:2017 [U] j:31 [ARG] a:1995 [U] ✔
1O:31 [LYS] 1A:2018 [C] j:31 [ARG] a:1996 [C] ✔
1O:31 [LYS] 1A:2686 [G] j:31 [ARG] a:2674 [G] ✔
1O:31 [LYS] 1A:2687 [A] j:31 [ARG] a:2675 [A] ✔
1O:31 [LYS] 1A:2688 [C] j:31 [ARG] a:2676 [C] ✔
1O:23 [ARG] 1A:2559 [U] j:23 [LYS] a:2547 [A] ✔
1O:23 [ARG] 1A:2560 [G] j:23 [LYS] a:2548 [U] ✔
1O:23 [ARG] 1A:2573 [A] j:23 [LYS] a:2561 [U] ✔
1O:23 [ARG] 1A:2574 [U] j:23 [LYS] a:2562 [U] ✔
1O:32 [TYR] 1A:1712 [A] j:32 [TYR] a:1665 [A] ✔
1O:32 [TYR] 1A:2017 [U] j:32 [TYR] a:1995 [U] ✔
1O:32 [TYR] 1A:2018 [C] j:32 [TYR] a:1996 [C] ✔
1O:32 [TYR] 1A:2687 [A] j:32 [TYR] a:2675 [A] ✔
1O:32 [TYR] 1A:2739 [U] j:32 [TYR] a:2726 [A] ✔
1O:29 [ASN] 1A:2558 [U] j:29 [HIS] a:2546 [U] ✔
1O:29 [ASN] 1A:2559 [U] j:29 [HIS] a:2547 [A] ✔
1O:29 [ASN] 1A:2578 [A] j:29 [HIS] a:2566 [A] ✔
1O:29 [ASN] 1A:2686 [G] j:29 [HIS] a:2674 [G] ✔
1O:29 [ASN] 1A:2687 [A] j:29 [HIS] a:2675 [A] ✔
1O:5 [GLN] 1A:1713 [G] j:5 [GLN] a:1666 [G] ✔
1O:5 [GLN] 1A:1714 [G] j:5 [GLN] a:1667 [G] ✔
1O:5 [GLN] 1A:1715 [A] j:5 [GLN] a:1668 [A] ✔
1O:5 [GLN] 1A:1716 [A] j:5 [GLN] a:1669 [A] ✔
1O:5 [GLN] 1A:1974 [A] j:5 [GLN] a:1952 [A] ✔
1O:82 [ASN] 1A:1712 [A] j:82 [ASN] a:1665 [A] ✔
1O:82 [ASN] 1A:1713 [G] j:82 [ASN] a:1666 [G] ✔
1O:20 [MET] 1A:1974 [A] j:20 [MET] a:1952 [A] ✔
1O:40 [VAL] 1A:2573 [A] j:40 [LYS] a:2561 [U] ✔
1O:40 [VAL] 1A:2574 [U] j:40 [LYS] a:2562 [U] ✔
1O:6 [THR] 1A:1713 [G] j:6 [THR] a:1666 [G] ✔
1O:6 [THR] 1A:1714 [G] j:6 [THR] a:1667 [G] ✔
1O:43 [VAL] 1A:1974 [A] j:43 [ILE] a:1952 [A] ✔
1O:76 [ALA] 1A:2696 [U] j:76 [VAL] a:2684 [U] ✔
1O:22 [ILE] 1A:1974 [A] j:22 [ILE] a:1952 [A] ✔
1O:22 [ILE] 1A:2573 [A] j:22 [ILE] a:2561 [U] ✔
1O:66 [LYS] 1A:1712 [A] j:66 [LYS] a:1665 [A] ✔
1O:66 [LYS] 1A:1713 [G] j:66 [LYS] a:1666 [G] ✔
1O:3 [GLN] 1A:1712 [A] j:3 [GLN] a:1665 [A] ✔
1O:3 [GLN] 1A:1713 [G] j:3 [GLN] a:1666 [G] ✔
1O:3 [GLN] 1A:1716 [A] j:3 [GLN] a:1669 [A] ✔
1O:3 [GLN] 1A:2017 [U] j:3 [GLN] a:1995 [U] ✔
1O:1 [MET] 1A:1711 [A] j:1 [MET] a:1664 [A] ✔
1O:1 [MET] 1A:1712 [A] j:1 [MET] a:1665 [A] ✔
1O:1 [MET] 1A:1713 [G] j:1 [MET] a:1666 [G] ✔
1O:1 [MET] 1A:2018 [C] j:1 [MET] a:1996 [C] ✔
1O:1 [MET] 1A:2739 [U] j:1 [MET] a:2726 [A] ✔
1O:25 [LEU] 1A:2574 [U] j:25 [LEU] a:2562 [U] ✔
1O:57 [VAL] 1A:1974 [A] j:57 [VAL] a:1952 [A] ✔
1O:57 [VAL] 1A:2573 [A] j:57 [VAL] a:2561 [U] ✔
1O:59 [LYS] 1A:2574 [U] j:59 [LYS] a:2562 [U] ✔
1O:42 [SER] 1A:1974 [A] j:42 [THR] a:1952 [A] ✔
1O:2 [ILE] 1A:1712 [A] j:2 [ILE] a:1665 [A] ✔
1O:70 [LYS] 1A:2695 [C] j:70 [ARG] a:2683 [C] ✔
1O:70 [LYS] 1A:2696 [U] j:70 [ARG] a:2684 [U] ✔
1O:70 [LYS] 1A:2740 [G] j:70 [ARG] a:2727 [A] ✔
1O:70 [LYS] 1A:2741 [U] j:70 [ARG] a:2728 [U] ✔
1O:27 [GLY] 1A:2574 [U] j:27 [GLY] a:2562 [U] ✔
1O:27 [GLY] 1A:2575 [U] j:27 [GLY] a:2563 [U] ✔
1O:27 [GLY] 1A:2686 [G] j:27 [GLY] a:2674 [G] ✔
1O:28 [SER] 1A:2559 [U] j:28 [SER] a:2547 [A] ❌ 7K00_j_a
1O:28 [SER] 1A:2574 [U] j:28 [SER] a:2562 [U] ❌ 7K00_j_a
1O:26 [LYS] 1A:2685 [G] j:26 [GLY] a:2673 [G] ❌ 7K00_j_a
1O:67 [LYS] 1A:2696 [U] j:67 [LYS] a:2684 [U] ❌ 7K00_j_a
1O:67 [LYS] 1A:2697 [G] j:67 [LYS] a:2685 [G] ❌ 7K00_j_a
1O:23 [ARG] 1A:2578 [A] j:23 [LYS] a:2566 [A] ❌ 7K00_j_a
1O:20 [MET] 1A:1715 [A] j:20 [MET] a:1668 [A] ❌ 7K00_j_a
1O:22 [ILE] 1A:2560 [G] j:22 [ILE] a:2548 [U] ❌ 7K00_j_a
1O:22 [ILE] 1A:2572 [C] j:22 [ILE] a:2560 [A] ❌ 7K00_j_a
1O:25 [LEU] 1A:2573 [A] j:25 [LEU] a:2561 [U] ❌ 7K00_j_a
1O:42 [SER] 1A:1973 [U] j:42 [THR] a:1951 [U] ❌ 7K00_j_a
1O:2 [ILE] 1A:1713 [G] j:2 [ILE] a:1666 [G] ❌ 7K00_j_a
1O:23 [ARG] 1A:2572 [C] j:23 [LYS] a:2560 [A] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:25 [LEU] 1A:2575 [U] j:25 [LEU] a:2563 [U] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:26 [LYS] 1A:2575 [U] j:26 [GLY] a:2563 [U] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:26 [LYS] 1A:2574 [U] j:26 [GLY] a:2562 [U] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:28 [SER] 1A:2687 [A] j:28 [SER] a:2675 [A] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:29 [ASN] 1A:2560 [G] j:29 [HIS] a:2548 [U] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:30 [ALA] 1A:2685 [G] j:30 [ARG] a:2673 [G] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:67 [LYS] 1A:2740 [G] j:67 [LYS] a:2727 [A] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:74 [GLY] 1A:2696 [U] j:74 [GLY] a:2684 [U] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:76 [ALA] 1A:2697 [G] j:76 [VAL] a:2685 [G] ❌ 4Y4O_1O_1A
1O:7 [TYR] 1A:2010 [C] j:7 [MET] a:1988 [G] ❌ 7K00_a:1988 no longer at interface
1O:28 [SER] 1A:2576 [A] j:28 [SER] a:2564 [A] ❌ 7K00_a:2564 no longer at interface
1O:4 [PRO] 1A:2561 [G] j:4 [GLU] a:2549 [G] ❌ 4Y4O_1A:2561 no longer at interface
1O:5 [GLN] 1A:2561 [G] j:5 [GLN] a:2549 [G] ❌ 4Y4O_1A:2561 no longer at interface
1O:68 [GLU] 1A:1711 [A] j:68 [GLY] a:1664 [A] ❌ 7K00_j:68 no longer at interface
1O:68 [GLU] 1A:2696 [U] j:68 [GLY] a:2684 [U] ❌ 7K00_j:68 no longer at interface
1O:68 [GLU] 1A:2697 [G] j:68 [GLY] a:2685 [G] ❌ 7K00_j:68 no longer at interface
1O:54 [GLU] 1A:1973 [U] j:54 [LYS] a:1951 [U] ❌ 4Y4O_1O:54 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 0.94 0.62 0.95 0.96 0.97 0.97 0.87 0.85 0.49 0.27


Other pairs involving 4Y4O_1O_1A or 7K00_j_a

Total number of entries: 16

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1YHQ_K_0 4Y4O_1O_1A 0.54 0.93 2.31 0.24 Ribosomal protein L14-related compare
1YHQ_K_0 7K00_j_a 0.60 0.91 2.13 0.26 Ribosomal protein L14-related compare
1VQ8_K_0 4Y4O_1O_1A 0.55 0.93 2.28 0.24 Ribosomal protein L14-related compare
1VQ8_K_0 7K00_j_a 0.61 0.91 2.13 0.26 Ribosomal protein L14-related compare
1JJ2_J_0 4Y4O_1O_1A 0.53 0.93 2.26 0.26 Ribosomal protein L14-related compare
1JJ2_J_0 7K00_j_a 0.55 0.91 2.09 0.26 Ribosomal protein L14-related compare
4Y4O_1O_1A 6AZ3_J_2 0.70 0.83 2.11 0.24 Ribosomal protein L14-related compare
4Y4O_1O_1A 7RYG_J_A 0.86 0.96 1.53 0.52 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 7K00_j_a 0.87 0.97 0.94 0.62 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 6S0Z_I_A 0.77 0.97 1.1 0.56 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 7OF0_L_A 0.62 0.97 1.57 0.28 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1O_1A 7O7Y_BV_B5 0.59 0.9 2.27 0.21 Ribosomal protein L14-related compare
3CC2_K_0 4Y4O_1O_1A 0.54 0.93 2.31 0.24 Ribosomal protein L14-related compare
3CC2_K_0 7K00_j_a 0.55 0.91 2.12 0.26 Ribosomal protein L14-related compare
6S0Z_I_A 7K00_j_a 0.82 0.97 1.2 0.66 Ribosomal protein L14-related Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_J_2 7K00_j_a 0.72 0.83 1.83 0.21 Ribosomal protein L14-related compare