Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4Y4O_1O
|
4Y4O_1A
|
7O7Y_BV
|
7O7Y_B5
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
1O:55 [GLY] | 1A:1974 [A] | BV:74 [LYS] | B5:3531 [A] | ✔ |
1O:4 [PRO] | 1A:1713 [G] | BV:22 [VAL] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:4 [PRO] | 1A:1716 [A] | BV:22 [VAL] | B5:2693 [A] | ✔ |
1O:4 [PRO] | 1A:2560 [G] | BV:22 [VAL] | B5:4240 [OMG] | ✔ |
1O:24 [VAL] | 1A:2574 [U] | BV:42 [VAL] | B5:4254 [C] | ✔ |
1O:7 [TYR] | 1A:1713 [G] | BV:25 [VAL] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:7 [TYR] | 1A:1714 [G] | BV:25 [VAL] | B5:2691 [G] | ✔ |
1O:74 [GLY] | 1A:2695 [C] | BV:93 [GLY] | B5:4374 [PSU] | ✔ |
1O:28 [SER] | 1A:2559 [U] | BV:46 [LYS] | B5:4239 [U] | ✔ |
1O:28 [SER] | 1A:2574 [U] | BV:46 [LYS] | B5:4254 [C] | ✔ |
1O:28 [SER] | 1A:2575 [U] | BV:46 [LYS] | B5:4255 [U] | ✔ |
1O:28 [SER] | 1A:2576 [A] | BV:46 [LYS] | B5:4256 [A] | ✔ |
1O:28 [SER] | 1A:2577 [A] | BV:46 [LYS] | B5:4257 [A] | ✔ |
1O:28 [SER] | 1A:2578 [A] | BV:46 [LYS] | B5:4258 [U] | ✔ |
1O:28 [SER] | 1A:2686 [G] | BV:46 [LYS] | B5:4365 [U] | ✔ |
1O:68 [GLU] | 1A:2696 [U] | BV:87 [SER] | B5:4375 [U] | ✔ |
1O:44 [LYS] | 1A:1973 [U] | BV:66 [LYS] | B5:3530 [U] | ✔ |
1O:44 [LYS] | 1A:1974 [A] | BV:66 [LYS] | B5:3531 [A] | ✔ |
1O:67 [LYS] | 1A:1711 [A] | BV:86 [LYS] | B5:2688 [A] | ✔ |
1O:67 [LYS] | 1A:1712 [A] | BV:86 [LYS] | B5:2689 [G] | ✔ |
1O:67 [LYS] | 1A:2697 [G] | BV:86 [LYS] | B5:4376 [G] | ✔ |
1O:23 [ARG] | 1A:2573 [A] | BV:41 [SER] | B5:4253 [A] | ✔ |
1O:23 [ARG] | 1A:2574 [U] | BV:41 [SER] | B5:4254 [C] | ✔ |
1O:29 [ASN] | 1A:2558 [U] | BV:47 [GLY] | B5:4238 [U] | ✔ |
1O:29 [ASN] | 1A:2559 [U] | BV:47 [GLY] | B5:4239 [U] | ✔ |
1O:29 [ASN] | 1A:2686 [G] | BV:47 [GLY] | B5:4365 [U] | ✔ |
1O:29 [ASN] | 1A:2687 [A] | BV:47 [GLY] | B5:4366 [OMU] | ✔ |
1O:5 [GLN] | 1A:1713 [G] | BV:23 [GLY] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:5 [GLN] | 1A:1714 [G] | BV:23 [GLY] | B5:2691 [G] | ✔ |
1O:5 [GLN] | 1A:1715 [A] | BV:23 [GLY] | B5:2692 [A] | ✔ |
1O:5 [GLN] | 1A:1716 [A] | BV:23 [GLY] | B5:2693 [A] | ✔ |
1O:82 [ASN] | 1A:1712 [A] | BV:101 [ASN] | B5:2689 [G] | ✔ |
1O:82 [ASN] | 1A:1713 [G] | BV:101 [ASN] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:20 [MET] | 1A:1974 [A] | BV:38 [TYR] | B5:3531 [A] | ✔ |
1O:40 [VAL] | 1A:2573 [A] | BV:62 [MET] | B5:4253 [A] | ✔ |
1O:40 [VAL] | 1A:2574 [U] | BV:62 [MET] | B5:4254 [C] | ✔ |
1O:6 [THR] | 1A:1713 [G] | BV:24 [ALA] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:6 [THR] | 1A:1714 [G] | BV:24 [ALA] | B5:2691 [G] | ✔ |
1O:76 [ALA] | 1A:2696 [U] | BV:95 [PHE] | B5:4375 [U] | ✔ |
1O:22 [ILE] | 1A:1974 [A] | BV:40 [ILE] | B5:3531 [A] | ✔ |
1O:22 [ILE] | 1A:2560 [G] | BV:40 [ILE] | B5:4240 [OMG] | ✔ |
1O:22 [ILE] | 1A:2572 [C] | BV:40 [ILE] | B5:4252 [C] | ✔ |
1O:22 [ILE] | 1A:2573 [A] | BV:40 [ILE] | B5:4253 [A] | ✔ |
1O:66 [LYS] | 1A:1712 [A] | BV:85 [ARG] | B5:2689 [G] | ✔ |
1O:66 [LYS] | 1A:1713 [G] | BV:85 [ARG] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:3 [GLN] | 1A:1712 [A] | BV:21 [PRO] | B5:2689 [G] | ✔ |
1O:3 [GLN] | 1A:1713 [G] | BV:21 [PRO] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:3 [GLN] | 1A:2017 [U] | BV:21 [PRO] | B5:3574 [C] | ✔ |
1O:1 [MET] | 1A:1712 [A] | BV:19 [GLY] | B5:2689 [G] | ✔ |
1O:1 [MET] | 1A:1713 [G] | BV:19 [GLY] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:25 [LEU] | 1A:2574 [U] | BV:43 [LYS] | B5:4254 [C] | ✔ |
1O:57 [VAL] | 1A:1974 [A] | BV:76 [VAL] | B5:3531 [A] | ✔ |
1O:57 [VAL] | 1A:2573 [A] | BV:76 [VAL] | B5:4253 [A] | ✔ |
1O:42 [SER] | 1A:1974 [A] | BV:64 [THR] | B5:3531 [A] | ✔ |
1O:2 [ILE] | 1A:1712 [A] | BV:20 [LEU] | B5:2689 [G] | ✔ |
1O:2 [ILE] | 1A:1713 [G] | BV:20 [LEU] | B5:2690 [G] | ✔ |
1O:70 [LYS] | 1A:2695 [C] | BV:89 [ARG] | B5:4374 [PSU] | ✔ |
1O:70 [LYS] | 1A:2741 [U] | BV:89 [ARG] | B5:4418 [A] | ✔ |
1O:27 [GLY] | 1A:2574 [U] | BV:45 [ILE] | B5:4254 [C] | ✔ |
1O:27 [GLY] | 1A:2575 [U] | BV:45 [ILE] | B5:4255 [U] | ✔ |
1O:30 [ALA] | 1A:2686 [G] | BV:52 [LEU] | B5:4365 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:30 [ALA] | 1A:2687 [A] | BV:52 [LEU] | B5:4366 [OMU] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:68 [GLU] | 1A:1711 [A] | BV:87 [SER] | B5:2688 [A] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:68 [GLU] | 1A:2697 [G] | BV:87 [SER] | B5:4376 [G] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:26 [LYS] | 1A:2685 [G] | BV:44 [GLY] | B5:4364 [OMG] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:26 [LYS] | 1A:2686 [G] | BV:44 [GLY] | B5:4365 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:67 [LYS] | 1A:2696 [U] | BV:86 [LYS] | B5:4375 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:67 [LYS] | 1A:2739 [U] | BV:86 [LYS] | B5:4416 [C] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:31 [LYS] | 1A:2017 [U] | BV:53 [PRO] | B5:3574 [C] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:31 [LYS] | 1A:2018 [C] | BV:53 [PRO] | B5:3575 [C] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:31 [LYS] | 1A:2686 [G] | BV:53 [PRO] | B5:4365 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:31 [LYS] | 1A:2687 [A] | BV:53 [PRO] | B5:4366 [OMU] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:31 [LYS] | 1A:2688 [C] | BV:53 [PRO] | B5:4367 [C] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:23 [ARG] | 1A:2559 [U] | BV:41 [SER] | B5:4239 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:23 [ARG] | 1A:2560 [G] | BV:41 [SER] | B5:4240 [OMG] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:23 [ARG] | 1A:2578 [A] | BV:41 [SER] | B5:4258 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:29 [ASN] | 1A:2578 [A] | BV:47 [GLY] | B5:4258 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:5 [GLN] | 1A:1974 [A] | BV:23 [GLY] | B5:3531 [A] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:20 [MET] | 1A:1715 [A] | BV:38 [TYR] | B5:2692 [A] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:3 [GLN] | 1A:1716 [A] | BV:21 [PRO] | B5:2693 [A] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:1 [MET] | 1A:1711 [A] | BV:19 [GLY] | B5:2688 [A] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:1 [MET] | 1A:2018 [C] | BV:19 [GLY] | B5:3575 [C] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:1 [MET] | 1A:2739 [U] | BV:19 [GLY] | B5:4416 [C] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:25 [LEU] | 1A:2573 [A] | BV:43 [LYS] | B5:4253 [A] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:42 [SER] | 1A:1973 [U] | BV:64 [THR] | B5:3530 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:70 [LYS] | 1A:2696 [U] | BV:89 [ARG] | B5:4375 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:70 [LYS] | 1A:2740 [G] | BV:89 [ARG] | B5:4417 [C] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:27 [GLY] | 1A:2686 [G] | BV:45 [ILE] | B5:4365 [U] | ❌ 7O7Y_BV_B5 |
1O:25 [LEU] | 1A:2575 [U] | BV:43 [LYS] | B5:4255 [U] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:26 [LYS] | 1A:2575 [U] | BV:44 [GLY] | B5:4255 [U] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:26 [LYS] | 1A:2574 [U] | BV:44 [GLY] | B5:4254 [C] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:27 [GLY] | 1A:2578 [A] | BV:45 [ILE] | B5:4258 [U] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:30 [ALA] | 1A:2017 [U] | BV:52 [LEU] | B5:3574 [C] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:30 [ALA] | 1A:1716 [A] | BV:52 [LEU] | B5:2693 [A] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:30 [ALA] | 1A:2560 [G] | BV:52 [LEU] | B5:4240 [OMG] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:30 [ALA] | 1A:1713 [G] | BV:52 [LEU] | B5:2690 [G] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:31 [LYS] | 1A:2560 [G] | BV:53 [PRO] | B5:4240 [OMG] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:55 [GLY] | 1A:1973 [U] | BV:74 [LYS] | B5:3530 [U] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:57 [VAL] | 1A:2572 [C] | BV:76 [VAL] | B5:4252 [C] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:67 [LYS] | 1A:2740 [G] | BV:86 [LYS] | B5:4417 [C] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:76 [ALA] | 1A:2695 [C] | BV:95 [PHE] | B5:4374 [PSU] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:76 [ALA] | 1A:2741 [U] | BV:95 [PHE] | B5:4418 [A] | ❌ 4Y4O_1O_1A |
1O:7 [TYR] | 1A:2010 [C] | BV:25 [VAL] | B5:3567 [C] | ❌ 7O7Y_B5:3567 no longer at interface |
1O:20 [MET] | 1A:1975 [A] | BV:38 [TYR] | B5:3532 [A] | ❌ 4Y4O_1A:1975 no longer at interface |
1O:28 [SER] | 1A:2659 [U] | BV:46 [LYS] | B5:4338 [C] | ❌ 4Y4O_1A:2659 no longer at interface |
1O:28 [SER] | 1A:2660 [C] | BV:46 [LYS] | B5:4339 [C] | ❌ 4Y4O_1A:2660 no longer at interface |
1O:30 [ALA] | 1A:2561 [G] | BV:52 [LEU] | B5:4241 [G] | ❌ 4Y4O_1A:2561 no longer at interface |
1O:30 [ALA] | 1A:2016 [C] | BV:52 [LEU] | B5:3573 [OMC] | ❌ 4Y4O_1A:2016 no longer at interface |
1O:55 [GLY] | 1A:1972 [G] | BV:74 [LYS] | B5:3529 [C] | ❌ 4Y4O_1A:1972 no longer at interface |
1O:70 [LYS] | 1A:2742 [G] | BV:89 [ARG] | B5:4419 [PSU] | ❌ 4Y4O_1A:2742 no longer at interface |
1O:72 [PRO] | 1A:2743 [C] | BV:91 [LYS] | B5:4420 [C] | ❌ 4Y4O_1O:72, 4Y4O_1A:2743 no longer at interface |
1O:78 [ARG] | 1A:2696 [U] | BV:97 [TYR] | B5:4375 [U] | ❌ 7O7Y_BV:97 no longer at interface |
1O:78 [ARG] | 1A:2697 [G] | BV:97 [TYR] | B5:4376 [G] | ❌ 7O7Y_BV:97 no longer at interface |
1O:32 [TYR] | 1A:1712 [A] | BV:54 [ALA] | B5:2689 [G] | ❌ 7O7Y_BV:54 no longer at interface |
1O:32 [TYR] | 1A:2017 [U] | BV:54 [ALA] | B5:3574 [C] | ❌ 7O7Y_BV:54 no longer at interface |
1O:32 [TYR] | 1A:2018 [C] | BV:54 [ALA] | B5:3575 [C] | ❌ 7O7Y_BV:54 no longer at interface |
1O:32 [TYR] | 1A:2687 [A] | BV:54 [ALA] | B5:4366 [OMU] | ❌ 7O7Y_BV:54 no longer at interface |
1O:32 [TYR] | 1A:2739 [U] | BV:54 [ALA] | B5:4416 [C] | ❌ 7O7Y_BV:54 no longer at interface |
1O:43 [VAL] | 1A:1974 [A] | BV:65 [VAL] | B5:3531 [A] | ❌ 7O7Y_BV:65 no longer at interface |
1O:59 [LYS] | 1A:2574 [U] | BV:78 [PRO] | B5:4254 [C] | ❌ 7O7Y_BV:78 no longer at interface |
1O:54 [GLU] | 1A:1973 [U] | BV:73 [ARG] | B5:3530 [U] | ❌ 4Y4O_1O:54 no longer at interface |
1O:56 [ASP] | 1A:1974 [A] | BV:75 [LYS] | B5:3531 [A] | ❌ 4Y4O_1O:56 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L14-related | 0.9 | 2.27 | 0.21 | 0.9 | 0.89 | 0.88 | 0.97 | 0.59 | 0.50 | 0.20 | 0.32 |
Other pairs involving 4Y4O_1O_1A or 7O7Y_BV_B5
Total number of entries: 17