Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6AZ3_J
|
6AZ3_2
|
7OF0_L
|
7OF0_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
J:39 [ILE] | 2:541 [A] | L:58 [ILE] | A:2615 [A] | ✔ |
J:24 [VAL] | 2:82 [G] | L:37 [ARG] | A:2470 [G] | ✔ |
J:24 [VAL] | 2:83 [G] | L:37 [ARG] | A:2471 [G] | ✔ |
J:75 [VAL] | 2:541 [A] | L:81 [LYS] | A:2615 [A] | ✔ |
J:75 [VAL] | 2:1368 [C] | L:81 [LYS] | A:3047 [G] | ✔ |
J:75 [VAL] | 2:1369 [A] | L:81 [LYS] | A:3048 [A] | ✔ |
J:61 [MET] | 2:1369 [A] | L:74 [LEU] | A:3048 [A] | ✔ |
J:61 [MET] | 2:1370 [C] | L:74 [LEU] | A:3049 [U] | ✔ |
J:20 [PRO] | 2:81 [G] | L:33 [GLN] | A:2469 [A] | ✔ |
J:20 [PRO] | 2:82 [G] | L:33 [GLN] | A:2470 [G] | ✔ |
J:20 [PRO] | 2:584 [C] | L:33 [GLN] | A:2658 [U] | ✔ |
J:85 [LYS] | 2:80 [A] | L:91 [MET] | A:2468 [A] | ✔ |
J:85 [LYS] | 2:81 [G] | L:91 [MET] | A:2469 [A] | ✔ |
J:19 [LEU] | 2:81 [G] | L:32 [ILE] | A:2469 [A] | ✔ |
J:73 [LYS] | 2:541 [A] | L:79 [GLY] | A:2615 [A] | ✔ |
J:74 [LYS] | 2:541 [A] | L:80 [GLN] | A:2615 [A] | ✔ |
J:42 [LYS] | 2:1370 [C] | L:61 [TYR] | A:3049 [U] | ✔ |
J:42 [LYS] | 2:1371 [U] | L:61 [TYR] | A:3050 [U] | ✔ |
J:63 [SER] | 2:541 [A] | L:76 [ALA] | A:2615 [A] | ✔ |
J:84 [ARG] | 2:81 [G] | L:90 [CYS] | A:2469 [A] | ✔ |
J:84 [ARG] | 2:82 [G] | L:90 [CYS] | A:2470 [G] | ✔ |
J:100 [ASN] | 2:81 [G] | L:103 [ASN] | A:2469 [A] | ✔ |
J:100 [ASN] | 2:82 [G] | L:103 [ASN] | A:2470 [G] | ✔ |
J:23 [ALA] | 2:82 [G] | L:36 [THR] | A:2470 [G] | ✔ |
J:23 [ALA] | 2:83 [G] | L:36 [THR] | A:2471 [G] | ✔ |
J:40 [SER] | 2:1369 [A] | L:59 [HIS] | A:3048 [A] | ✔ |
J:40 [SER] | 2:1370 [C] | L:59 [HIS] | A:3049 [U] | ✔ |
J:21 [VAL] | 2:85 [A] | L:34 [LYS] | A:2473 [A] | ✔ |
J:21 [VAL] | 2:1356 [G] | L:34 [LYS] | A:3035 [C] | ✔ |
J:44 [TYR] | 2:1371 [U] | L:63 [LYS] | A:3050 [U] | ✔ |
J:18 [ALA] | 2:81 [G] | L:31 [ALA] | A:2469 [A] | ✔ |
J:18 [ALA] | 2:82 [G] | L:31 [ALA] | A:2470 [G] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:82 [G] | L:35 [MET] | A:2470 [G] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:83 [G] | L:35 [MET] | A:2471 [G] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:84 [A] | L:35 [MET] | A:2472 [A] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:85 [A] | L:35 [MET] | A:2473 [A] | ✔ |
J:39 [ILE] | 2:1369 [A] | L:58 [ILE] | A:3048 [A] | ❌ 7OF0_L_A |
J:43 [GLY] | 2:1370 [C] | L:62 [LYS] | A:3049 [U] | ❌ 7OF0_L_A |
J:43 [GLY] | 2:1371 [U] | L:62 [LYS] | A:3050 [U] | ❌ 7OF0_L_A |
J:37 [TYR] | 2:541 [A] | L:56 [ARG] | A:2615 [A] | ❌ 7OF0_L_A |
J:19 [LEU] | 2:82 [G] | L:32 [ILE] | A:2470 [G] | ❌ 7OF0_L_A |
J:73 [LYS] | 2:539 [C] | L:79 [GLY] | A:2613 [U] | ❌ 7OF0_L_A |
J:73 [LYS] | 2:540 [C] | L:79 [GLY] | A:2614 [U] | ❌ 7OF0_L_A |
J:51 [LEU] | 2:85 [A] | L:64 [ASN] | A:2473 [A] | ❌ 7OF0_L_A |
J:51 [LEU] | 2:584 [C] | L:64 [ASN] | A:2658 [U] | ❌ 7OF0_L_A |
J:51 [LEU] | 2:1356 [G] | L:64 [ASN] | A:3035 [C] | ❌ 7OF0_L_A |
J:51 [LEU] | 2:1357 [G] | L:64 [ASN] | A:3036 [G] | ❌ 7OF0_L_A |
J:21 [VAL] | 2:541 [A] | L:34 [LYS] | A:2615 [A] | ❌ 7OF0_L_A |
J:44 [TYR] | 2:1356 [G] | L:63 [LYS] | A:3035 [C] | ❌ 7OF0_L_A |
J:44 [TYR] | 2:1370 [C] | L:63 [LYS] | A:3049 [U] | ❌ 7OF0_L_A |
J:20 [PRO] | 2:585 [C] | L:33 [GLN] | A:2659 [C] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:21 [VAL] | 2:1368 [C] | L:34 [LYS] | A:3047 [G] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:21 [VAL] | 2:1357 [G] | L:34 [LYS] | A:3036 [G] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:21 [VAL] | 2:1369 [A] | L:34 [LYS] | A:3048 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:21 [VAL] | 2:82 [G] | L:34 [LYS] | A:2470 [G] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:22 [GLY] | 2:541 [A] | L:35 [MET] | A:2615 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:37 [TYR] | 2:83 [G] | L:56 [ARG] | A:2471 [G] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:37 [TYR] | 2:84 [A] | L:56 [ARG] | A:2472 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:42 [LYS] | 2:1369 [A] | L:61 [TYR] | A:3048 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:44 [TYR] | 2:1372 [G] | L:63 [LYS] | A:3051 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:51 [LEU] | 2:583 [OMC] | L:64 [ASN] | A:2657 [C] | ❌ 7OF0_A:2657 no longer at interface |
J:44 [TYR] | 2:1355 [U] | L:63 [LYS] | A:3034 [U] | ❌ 7OF0_A:3034 no longer at interface |
J:44 [TYR] | 2:1374 [C] | L:63 [LYS] | A:3053 [A] | ❌ 7OF0_A:3053 no longer at interface |
J:22 [GLY] | 2:542 [A] | L:35 [MET] | A:2616 [A] | ❌ 6AZ3_2:542 no longer at interface |
J:24 [VAL] | 2:578 [U] | L:37 [ARG] | A:2652 [G] | ❌ 6AZ3_2:578 no longer at interface |
J:24 [VAL] | 2:579 [C] | L:37 [ARG] | A:2653 [C] | ❌ 6AZ3_2:579 no longer at interface |
J:41 [VAL] | 2:1370 [C] | L:60 [VAL] | A:3049 [U] | ❌ 7OF0_L:60 no longer at interface |
J:64 [VAL] | 2:541 [A] | L:77 [ILE] | A:2615 [A] | ❌ 7OF0_L:77 no longer at interface |
J:52 [PRO] | 2:1356 [G] | L:65 [GLY] | A:3035 [C] | ❌ 7OF0_L:65 no longer at interface |
J:72 [ARG] | 2:540 [C] | L:78 [LYS] | A:2614 [U] | ❌ 7OF0_L:78 no longer at interface |
J:72 [ARG] | 2:541 [A] | L:78 [LYS] | A:2615 [A] | ❌ 7OF0_L:78 no longer at interface |
J:77 [ASN] | 2:1370 [C] | L:83 [LYS] | A:3049 [U] | ❌ 6AZ3_J:77 no longer at interface |
J:86 [SER] | 2:81 [G] | L:92 [PRO] | A:2469 [A] | ❌ 6AZ3_J:86 no longer at interface |
J:86 [SER] | 2:80 [A] | L:92 [PRO] | A:2468 [A] | ❌ 6AZ3_J:86 no longer at interface |
J:96 [TYR] | 2:81 [G] | L:99 [ARG] | A:2469 [A] | ❌ 6AZ3_J:96 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L14-related | 0.53 | 2.07 | 0.09 | 0.81 | 0.5 | 0.69 | 0.72 | 0.66 | 0.65 | 0.17 | 0.38 |
Other pairs involving 6AZ3_J_2 or 7OF0_L_A
Total number of entries: 17