Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6AZ3_J
|
6AZ3_2
|
7RYG_J
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
J:39 [ILE] | 2:541 [A] | J:22 [ILE] | A:1948 [A] | ✔ |
J:39 [ILE] | 2:1369 [A] | J:22 [ILE] | A:2557 [U] | ✔ |
J:24 [VAL] | 2:82 [G] | J:7 [MET] | A:1664 [G] | ✔ |
J:24 [VAL] | 2:83 [G] | J:7 [MET] | A:1665 [G] | ✔ |
J:75 [VAL] | 2:541 [A] | J:57 [VAL] | A:1948 [A] | ✔ |
J:75 [VAL] | 2:1369 [A] | J:57 [VAL] | A:2557 [U] | ✔ |
J:43 [GLY] | 2:1371 [U] | J:26 [GLY] | A:2559 [U] | ✔ |
J:61 [MET] | 2:1369 [A] | J:40 [LYS] | A:2557 [U] | ✔ |
J:61 [MET] | 2:1370 [C] | J:40 [LYS] | A:2558 [U] | ✔ |
J:20 [PRO] | 2:81 [G] | J:3 [GLN] | A:1663 [A] | ✔ |
J:20 [PRO] | 2:82 [G] | J:3 [GLN] | A:1664 [G] | ✔ |
J:20 [PRO] | 2:584 [C] | J:3 [GLN] | A:1991 [U] | ✔ |
J:85 [LYS] | 2:80 [A] | J:67 [PHE] | A:1662 [A] | ✔ |
J:85 [LYS] | 2:81 [G] | J:67 [PHE] | A:1663 [A] | ✔ |
J:65 [LYS] | 2:540 [C] | J:44 [LYS] | A:1947 [U] | ✔ |
J:65 [LYS] | 2:541 [A] | J:44 [LYS] | A:1948 [A] | ✔ |
J:73 [LYS] | 2:541 [A] | J:55 [GLY] | A:1948 [A] | ✔ |
J:41 [VAL] | 2:1370 [C] | J:24 [VAL] | A:2558 [U] | ✔ |
J:46 [GLY] | 2:1354 [U] | J:29 [HIS] | A:2542 [U] | ✔ |
J:46 [GLY] | 2:1355 [U] | J:29 [HIS] | A:2543 [A] | ✔ |
J:45 [HIS] | 2:1371 [U] | J:28 [SER] | A:2559 [U] | ✔ |
J:45 [HIS] | 2:1373 [A2M] | J:28 [SER] | A:2561 [A] | ✔ |
J:45 [HIS] | 2:1374 [C] | J:28 [SER] | A:2562 [A] | ✔ |
J:64 [VAL] | 2:541 [A] | J:43 [VAL] | A:1948 [A] | ✔ |
J:42 [LYS] | 2:1370 [C] | J:25 [LEU] | A:2558 [U] | ✔ |
J:42 [LYS] | 2:1371 [U] | J:25 [LEU] | A:2559 [U] | ✔ |
J:63 [SER] | 2:541 [A] | J:42 [THR] | A:1948 [A] | ✔ |
J:84 [ARG] | 2:81 [G] | J:66 [LYS] | A:1663 [A] | ✔ |
J:84 [ARG] | 2:82 [G] | J:66 [LYS] | A:1664 [G] | ✔ |
J:100 [ASN] | 2:81 [G] | J:82 [ASN] | A:1663 [A] | ✔ |
J:100 [ASN] | 2:82 [G] | J:82 [ASN] | A:1664 [G] | ✔ |
J:23 [ALA] | 2:82 [G] | J:6 [THR] | A:1664 [G] | ✔ |
J:23 [ALA] | 2:83 [G] | J:6 [THR] | A:1665 [G] | ✔ |
J:40 [SER] | 2:1369 [A] | J:23 [LYS] | A:2557 [U] | ✔ |
J:40 [SER] | 2:1370 [C] | J:23 [LYS] | A:2558 [U] | ✔ |
J:21 [VAL] | 2:85 [A] | J:4 [THR] | A:1667 [A] | ✔ |
J:21 [VAL] | 2:541 [A] | J:4 [THR] | A:1948 [A] | ✔ |
J:21 [VAL] | 2:1356 [G] | J:4 [THR] | A:2544 [U] | ✔ |
J:44 [TYR] | 2:1370 [C] | J:27 [GLY] | A:2558 [U] | ✔ |
J:44 [TYR] | 2:1371 [U] | J:27 [GLY] | A:2559 [U] | ✔ |
J:72 [ARG] | 2:540 [C] | J:54 [LYS] | A:1947 [U] | ✔ |
J:18 [ALA] | 2:81 [G] | J:1 [MET] | A:1663 [A] | ✔ |
J:18 [ALA] | 2:82 [G] | J:1 [MET] | A:1664 [G] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:82 [G] | J:5 [GLU] | A:1664 [G] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:83 [G] | J:5 [GLU] | A:1665 [G] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:84 [A] | J:5 [GLU] | A:1666 [A] | ✔ |
J:22 [GLY] | 2:85 [A] | J:5 [GLU] | A:1667 [A] | ✔ |
J:75 [VAL] | 2:1368 [C] | J:57 [VAL] | A:2556 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:43 [GLY] | 2:1370 [C] | J:26 [GLY] | A:2558 [U] | ❌ 7RYG_J_A |
J:37 [TYR] | 2:541 [A] | J:20 [GLN] | A:1948 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:73 [LYS] | 2:540 [C] | J:55 [GLY] | A:1947 [U] | ❌ 7RYG_J_A |
J:46 [GLY] | 2:1373 [A2M] | J:29 [HIS] | A:2561 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:46 [GLY] | 2:1374 [C] | J:29 [HIS] | A:2562 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:51 [LEU] | 2:85 [A] | J:30 [ARG] | A:1667 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:51 [LEU] | 2:584 [C] | J:30 [ARG] | A:1991 [U] | ❌ 7RYG_J_A |
J:51 [LEU] | 2:1356 [G] | J:30 [ARG] | A:2544 [U] | ❌ 7RYG_J_A |
J:52 [PRO] | 2:1356 [G] | J:31 [ARG] | A:2544 [U] | ❌ 7RYG_J_A |
J:44 [TYR] | 2:1355 [U] | J:27 [GLY] | A:2543 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:44 [TYR] | 2:1356 [G] | J:27 [GLY] | A:2544 [U] | ❌ 7RYG_J_A |
J:44 [TYR] | 2:1374 [C] | J:27 [GLY] | A:2562 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:72 [ARG] | 2:541 [A] | J:54 [LYS] | A:1948 [A] | ❌ 7RYG_J_A |
J:18 [ALA] | 2:80 [A] | J:1 [MET] | A:1662 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:18 [ALA] | 2:585 [C] | J:1 [MET] | A:1992 [C] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:37 [TYR] | 2:84 [A] | J:20 [GLN] | A:1666 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:40 [SER] | 2:1356 [G] | J:23 [LYS] | A:2544 [U] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:40 [SER] | 2:1355 [U] | J:23 [LYS] | A:2543 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:40 [SER] | 2:1368 [C] | J:23 [LYS] | A:2556 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:45 [HIS] | 2:1355 [U] | J:28 [SER] | A:2543 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:46 [GLY] | 2:1356 [G] | J:29 [HIS] | A:2544 [U] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:20 [PRO] | 2:85 [A] | J:3 [GLN] | A:1667 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:52 [PRO] | 2:584 [C] | J:31 [ARG] | A:1991 [U] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:52 [PRO] | 2:585 [C] | J:31 [ARG] | A:1992 [C] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:21 [VAL] | 2:82 [G] | J:4 [THR] | A:1664 [G] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:22 [GLY] | 2:541 [A] | J:5 [GLU] | A:1948 [A] | ❌ 6AZ3_J_2 |
J:73 [LYS] | 2:539 [C] | J:55 [GLY] | A:1946 [G] | ❌ 7RYG_A:1946 no longer at interface |
J:45 [HIS] | 2:1372 [G] | J:28 [SER] | A:2560 [A] | ❌ 7RYG_A:2560 no longer at interface |
J:51 [LEU] | 2:583 [OMC] | J:30 [ARG] | A:1990 [C] | ❌ 7RYG_A:1990 no longer at interface |
J:51 [LEU] | 2:1357 [G] | J:30 [ARG] | A:2545 [G] | ❌ 7RYG_A:2545 no longer at interface |
J:19 [LEU] | 2:81 [G] | J:2 [ILE] | A:1663 [A] | ❌ 7RYG_J:2 no longer at interface |
J:19 [LEU] | 2:82 [G] | J:2 [ILE] | A:1664 [G] | ❌ 7RYG_J:2 no longer at interface |
J:74 [LYS] | 2:541 [A] | J:56 [ASP] | A:1948 [A] | ❌ 7RYG_J:56 no longer at interface |
J:53 [SER] | 2:584 [C] | J:32 [TYR] | A:1991 [U] | ❌ 6AZ3_J:53 no longer at interface |
J:53 [SER] | 2:585 [C] | J:32 [TYR] | A:1992 [C] | ❌ 6AZ3_J:53 no longer at interface |
J:77 [ASN] | 2:1370 [C] | J:59 [ASN] | A:2558 [U] | ❌ 6AZ3_J:77 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L14-related | 0.82 | 2.44 | 0.21 | 0.86 | 0.81 | 0.82 | 0.76 | 0.66 | 0.63 | 0.24 | 0.27 |
Other pairs involving 6AZ3_J_2 or 7RYG_J_A
Total number of entries: 17