Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0Z_I
|
6S0Z_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| I:1 [MET] | A:1708 [A] | 3.63 | 97.54 | |||
| I:1 [MET] | A:1709 [A] | 3.07 | A:2022 [U] | sugar:BB | 97.54 | |
| I:1 [MET] | A:1710 [G] | 4.44 | A:2021 [C] | 97.54 | ||
| I:1 [MET] | A:2023 [C] | 4.73 | A:2019 [G] | 97.54 | ||
| I:1 [MET] | A:2753 [U] | 3.92 | 97.54 | |||
| I:3 [GLN] | A:1709 [A] | 3.54 | A:2022 [U] | 49.13 | ||
| I:3 [GLN] | A:1710 [G] | 3.5 | A:2021 [C] | base:SC | 49.13 | |
| I:3 [GLN] | A:1713 [A] | 4.4 | A:2020 [U] | 49.13 | ||
| I:3 [GLN] | A:2022 [U] | 2.49 | A:1709 [A] | base:SC | 49.13 | |
| I:4 [GLN] | A:1710 [G] | 4.64 | A:2021 [C] | 10.89 | ||
| I:4 [GLN] | A:1713 [A] | 4.22 | A:2020 [U] | 10.89 | ||
| I:4 [GLN] | A:1979 [A] | 4.48 | 10.89 | |||
| I:4 [GLN] | A:2575 [G] | 2.89 | A:2587 [C] | sugar:SC | 10.89 | |
| I:4 [GLN] | A:2576 [G] | 4.02 | A:2586 [C] | 10.89 | ||
| I:5 [GLU] | A:1710 [G] | 4.86 | A:2021 [C] | 39.2 | ||
| I:5 [GLU] | A:1711 [G] | 3.72 | 39.2 | |||
| I:5 [GLU] | A:1712 [A] | 4.33 | A:2018 [U] | 39.2 | ||
| I:5 [GLU] | A:1713 [A] | 3.34 | A:2020 [U] | 39.2 | ||
| I:5 [GLU] | A:1979 [A] | 4.18 | 39.2 | |||
| I:5 [GLU] | A:2576 [G] | 4.76 | A:2586 [C] | 39.2 | ||
| I:6 [THR] | A:1710 [G] | 3.18 | A:2021 [C] | 81.86 | ||
| I:6 [THR] | A:1711 [G] | 3.68 | 81.86 | |||
| I:7 [ARG] | A:1710 [G] | 4.41 | A:2021 [C] | 6.76 | ||
| I:7 [ARG] | A:1711 [G] | 3.05 | 6.76 | |||
| I:7 [ARG] | A:2015 [C] | 3.94 | A:1791 [G] | 6.76 | ||
| I:20 [LEU] | A:1979 [A] | 4.92 | 40.4 | |||
| I:22 [ILE] | A:1979 [A] | 3.39 | 92.13 | |||
| I:22 [ILE] | A:2588 [A] | 3.91 | A:2574 [U] | 92.13 | ||
| I:23 [LYS] | A:2574 [U] | 4.29 | A:2588 [A] | 47.95 | ||
| I:23 [LYS] | A:2575 [G] | 3.3 | A:2587 [C] | 47.95 | ||
| I:23 [LYS] | A:2588 [A] | 3.06 | A:2574 [U] | 47.95 | ||
| I:23 [LYS] | A:2589 [U] | 4.05 | A:2593 [A] | 47.95 | ||
| I:24 [VAL] | A:2589 [U] | 4.53 | A:2593 [A] | 52.5 | ||
| I:25 [LEU] | A:2589 [U] | 3.88 | A:2593 [A] | 25.85 | ||
| I:25 [LEU] | A:2590 [U] | 4.16 | 25.85 | |||
| I:26 [GLY] | A:2589 [U] | 4.78 | A:2593 [A] | 44.99 | ||
| I:26 [GLY] | A:2590 [U] | 3.34 | 44.99 | |||
| I:26 [GLY] | A:2591 [A] | 3.96 | 44.99 | |||
| I:27 [GLY] | A:2589 [U] | 4.84 | A:2593 [A] | 13.31 | ||
| I:27 [GLY] | A:2590 [U] | 4.31 | 13.31 | |||
| I:27 [GLY] | A:2701 [G] | 3.74 | A:2673 [C] | 13.31 | ||
| I:28 [SER] | A:2574 [U] | 3.17 | A:2588 [A] | sugar:SC | 62.44 | |
| I:28 [SER] | A:2590 [U] | 3.7 | 62.44 | |||
| I:28 [SER] | A:2592 [A] | 3.86 | 62.44 | |||
| I:28 [SER] | A:2593 [A] | 2.48 | A:2589 [U] | base:SC, base:SC | 62.44 | |
| I:28 [SER] | A:2701 [G] | 3.49 | A:2673 [C] | 62.44 | ||
| I:28 [SER] | A:2702 [A] | 3.98 | A:2759 [G] | 62.44 | ||
| I:29 [GLY] | A:2574 [U] | 4.55 | A:2588 [A] | 29.4 | ||
| I:29 [GLY] | A:2701 [G] | 4.55 | A:2673 [C] | 29.4 | ||
| I:29 [GLY] | A:2702 [A] | 3.55 | A:2759 [G] | 29.4 | ||
| I:30 [ARG] | A:2701 [G] | 3.62 | A:2673 [C] | 46.24 | ||
| I:30 [ARG] | A:2702 [A] | 4.31 | A:2759 [G] | 46.24 | ||
| I:31 [LYS] | A:2022 [U] | 3.47 | A:1709 [A] | 51.87 | ||
| I:31 [LYS] | A:2023 [C] | 3.47 | A:2019 [G] | 51.87 | ||
| I:31 [LYS] | A:2702 [A] | 4.28 | A:2759 [G] | 51.87 | ||
| I:40 [VAL] | A:2588 [A] | 3.79 | A:2574 [U] | 40.8 | ||
| I:40 [VAL] | A:2589 [U] | 3.44 | A:2593 [A] | 40.8 | ||
| I:42 [THR] | A:1979 [A] | 3.19 | 82.02 | |||
| I:43 [VAL] | A:1979 [A] | 4.87 | 81.61 | |||
| I:44 [LYS] | A:1978 [U] | 3.27 | 60.49 | |||
| I:44 [LYS] | A:1979 [A] | 2.69 | 60.49 | |||
| I:54 [LYS] | A:1978 [U] | 4.28 | 74.14 | |||
| I:55 [GLY] | A:1979 [A] | 3.65 | 71.73 | |||
| I:57 [VAL] | A:1979 [A] | 3.67 | 73.81 | |||
| I:57 [VAL] | A:2588 [A] | 4.49 | A:2574 [U] | 73.81 | ||
| I:59 [LYS] | A:2589 [U] | 3.87 | A:2593 [A] | 43.91 | ||
| I:66 [LYS] | A:1709 [A] | 4.18 | A:2022 [U] | 78.64 | ||
| I:66 [LYS] | A:1710 [G] | 2.92 | A:2021 [C] | 78.64 | ||
| I:67 [SER] | A:1709 [A] | 4.08 | A:2022 [U] | 54.03 | ||
| I:70 [ARG] | A:2710 [C] | 3.08 | base:SC | 32.7 | ||
| I:70 [ARG] | A:2754 [G] | 4.87 | A:2707 [C] | 32.7 | ||
| I:70 [ARG] | A:2755 [U] | 3.6 | A:2706 [A] | 32.7 | ||
| I:70 [ARG] | A:2756 [G] | 4.45 | A:2705 [U] | 32.7 | ||
| I:74 [GLY] | A:2710 [C] | 4.53 | 89.26 | |||
| I:76 [TYR] | A:2710 [C] | 2.51 | base:SC | 10.6 | ||
| I:76 [TYR] | A:2711 [U] | 3.24 | A:2752 [A] | 10.6 | ||
| I:76 [TYR] | A:2754 [G] | 4.77 | A:2707 [C] | 10.6 | ||
| I:78 [LYS] | A:2711 [U] | 3.53 | A:2752 [A] | sugar:SC | 45.91 | |
| I:78 [LYS] | A:2712 [G] | 4.25 | A:2751 [U] | 45.91 | ||
| I:82 [ASN] | A:1709 [A] | 4.21 | A:2022 [U] | 99.0 | ||
| I:82 [ASN] | A:1710 [G] | 2.96 | A:2021 [C] | 99.0 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group132 | 6S0Z_I_A | I: 50s ribosomal protein l14, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | A0A077UUA0 | Ribosomal protein L14-related | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 10