RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group133 > 1MJI_A_C vs 5NS3_A_C

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1MJI_A
1MJI_C
5NS3_A
5NS3_C
Conserved?
A:88 [ILE] C:27 [G] A:88 [ILE] C:27 [G] ✔
A:128 [ARG] C:30 [C] A:128 [ARG] C:30 [C] ✔
A:128 [ARG] C:31 [C] A:128 [ARG] C:31 [C] ✔
A:156 [ASP] C:27 [G] A:156 [ASP] C:27 [G] ✔
A:156 [ASP] C:28 [C] A:156 [ASP] C:28 [C] ✔
A:156 [ASP] C:57 [C] A:156 [ASP] C:57 [C] ✔
A:156 [ASP] C:58 [C] A:156 [ASP] C:58 [G] ✔
A:36 [LYS] C:29 [A] A:36 [LYS] C:29 [A] ✔
A:36 [LYS] C:30 [C] A:36 [LYS] C:30 [C] ✔
A:154 [GLY] C:58 [C] A:154 [GLY] C:58 [G] ✔
A:38 [VAL] C:28 [C] A:38 [VAL] C:28 [C] ✔
A:38 [VAL] C:29 [A] A:38 [VAL] C:29 [A] ✔
A:127 [GLY] C:55 [U] A:127 [GLY] C:55 [U] ✔
A:124 [SER] C:56 [G] A:124 [SER] C:56 [G] ✔
A:124 [SER] C:57 [C] A:124 [SER] C:57 [C] ✔
A:71 [THR] C:28 [C] A:71 [THR] C:28 [C] ✔
A:132 [ASN] C:29 [A] A:132 [ASN] C:29 [A] ✔
A:132 [ASN] C:56 [G] A:132 [ASN] C:56 [G] ✔
A:132 [ASN] C:57 [C] A:132 [ASN] C:57 [C] ✔
A:125 [PHE] C:55 [U] A:125 [PHE] C:55 [U] ✔
A:125 [PHE] C:56 [G] A:125 [PHE] C:56 [G] ✔
A:40 [ASN] C:27 [G] A:40 [ASN] C:27 [G] ✔
A:40 [ASN] C:28 [C] A:40 [ASN] C:28 [C] ✔
A:130 [ASN] C:29 [A] A:130 [ASN] C:29 [A] ✔
A:130 [ASN] C:30 [C] A:130 [ASN] C:30 [C] ✔
A:126 [ASP] C:29 [A] A:126 [ASP] C:29 [A] ✔
A:126 [ASP] C:30 [C] A:126 [ASP] C:30 [C] ✔
A:126 [ASP] C:55 [U] A:126 [ASP] C:55 [U] ✔
A:126 [ASP] C:56 [G] A:126 [ASP] C:56 [G] ✔
A:91 [ARG] C:28 [C] A:91 [ARG] C:28 [C] ✔
A:91 [ARG] C:29 [A] A:91 [ARG] C:29 [A] ✔
A:158 [ALA] C:29 [A] A:158 [ALA] C:29 [A] ✔
A:134 [GLY] C:57 [C] A:134 [GLY] C:57 [C] ✔
A:134 [GLY] C:58 [C] A:134 [GLY] C:58 [G] ✔
A:133 [LEU] C:57 [C] A:133 [LEU] C:57 [C] ✔
A:160 [VAL] C:29 [A] A:160 [VAL] C:29 [A] ✔
A:160 [VAL] C:30 [C] A:160 [VAL] C:30 [C] ✔
A:123 [ASN] C:56 [G] A:123 [ASN] C:56 [G] ✔
A:123 [ASN] C:57 [C] A:123 [ASN] C:57 [C] ✔
A:88 [ILE] C:28 [C] A:88 [ILE] C:28 [C] ❌ 5NS3_A_C
A:71 [THR] C:27 [G] A:71 [THR] C:27 [G] ❌ 5NS3_A_C
A:127 [GLY] C:56 [G] A:127 [GLY] C:56 [G] ❌ 1MJI_A_C
A:91 [ARG] C:48 [U] A:91 [ARG] C:48 [U] ❌ 5NS3_C:48 no longer at interface
A:128 [ARG] C:32 [U] A:128 [ARG] C:32 [U] ❌ 1MJI_C:32 no longer at interface
A:42 [GLY] C:27 [G] A:42 [GLY] C:27 [G] ❌ 5NS3_A:42 no longer at interface
A:121 [ASN] C:57 [C] A:121 [ASN] C:57 [C] ❌ 1MJI_A:121 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L5 0.98 0.47 0.80 0.98 0.68 0.95 0.9 0.98 0.95 0.57 0.57


Other pairs involving 1MJI_A_C or 5NS3_A_C

Total number of entries: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1MJI_A_C 1VQ8_D_0 0.69 0.56 1.45 0.06 Ribosomal protein L5 compare
1VQ8_D_0 5NS3_A_C 0.70 0.64 1.28 0.1 Ribosomal protein L5 compare
1MJI_A_C 5NS3_A_C 0.98 0.98 0.47 0.8 Ribosomal protein L5 compare
1YHQ_D_0 5NS3_A_C 0.68 0.64 1.27 0.1 Ribosomal protein L5 compare
5NS3_A_C 5NS4_A_C 0.99 0.97 0.23 0.9 Ribosomal protein L5 compare
1MJI_A_C 5NS4_A_C 0.94 0.98 0.49 0.82 Ribosomal protein L5 compare
5NS3_A_C 6AZ3_D_2 0.54 0.65 1.87 0.2 Ribosomal protein L5 compare
1MJI_A_C 7ASM_F_A 0.39 0.7 1.49 0.17 Ribosomal protein L5 compare
5NS3_A_C 7O7Y_BJ_B5 0.60 0.66 1.88 0.3 Ribosomal protein L5 compare