Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 7K00_f
|
7K00_a
|
7RYG_F
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| f:153 [ASP] | a:2304 [G] | F:153 [ASP] | A:2300 [G] | ✔ |
| f:153 [ASP] | a:2305 [U] | F:153 [ASP] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:153 [ASP] | a:2313 [C] | F:153 [ASP] | A:2309 [C] | ✔ |
| f:74 [VAL] | a:2310 [C] | F:74 [ILE] | A:2306 [A] | ✔ |
| f:74 [VAL] | a:2311 [A] | F:74 [ILE] | A:2307 [A] | ✔ |
| f:41 [GLY] | a:2307 [G] | F:41 [GLY] | A:2303 [G] | ✔ |
| f:41 [GLY] | a:2311 [A] | F:41 [GLY] | A:2307 [A] | ✔ |
| f:130 [MET] | a:2304 [G] | F:130 [MET] | A:2300 [G] | ✔ |
| f:42 [GLU] | a:2311 [A] | F:42 [ALA] | A:2307 [A] | ✔ |
| f:38 [MET] | a:2305 [U] | F:38 [MET] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:38 [MET] | a:2312 [U] | F:38 [MET] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:131 [GLY] | a:2304 [G] | F:131 [GLY] | A:2300 [G] | ✔ |
| f:131 [GLY] | a:2305 [U] | F:131 [GLY] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:127 [ASN] | a:2314 [A] | F:127 [ASN] | A:2310 [A] | ✔ |
| f:127 [ASN] | a:2315 [G] | F:127 [ASN] | A:2311 [C] | ✔ |
| f:37 [ASN] | a:2304 [G] | F:37 [ASN] | A:2300 [G] | ✔ |
| f:37 [ASN] | a:2305 [U] | F:37 [ASN] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:37 [ASN] | a:2312 [U] | F:37 [ASN] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:37 [ASN] | a:2313 [C] | F:37 [ASN] | A:2309 [C] | ✔ |
| f:124 [GLY] | a:2302 [U] | F:124 [GLY] | A:2298 [U] | ✔ |
| f:152 [LEU] | a:2305 [U] | F:152 [MET] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:68 [THR] | a:2312 [U] | F:68 [THR] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:68 [THR] | a:2313 [C] | F:68 [THR] | A:2309 [C] | ✔ |
| f:77 [PHE] | a:2308 [G] | F:77 [PHE] | A:2304 [G] | ✔ |
| f:77 [PHE] | a:2310 [C] | F:77 [PHE] | A:2306 [A] | ✔ |
| f:77 [PHE] | a:2311 [A] | F:77 [PHE] | A:2307 [A] | ✔ |
| f:123 [ASP] | a:2302 [U] | F:123 [ASP] | A:2298 [U] | ✔ |
| f:123 [ASP] | a:2303 [G] | F:123 [ASP] | A:2299 [G] | ✔ |
| f:123 [ASP] | a:2314 [A] | F:123 [ASP] | A:2310 [A] | ✔ |
| f:123 [ASP] | a:2315 [G] | F:123 [ASP] | A:2311 [C] | ✔ |
| f:133 [ARG] | a:2305 [U] | F:133 [LYS] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:35 [THR] | a:2313 [C] | F:35 [THR] | A:2309 [C] | ✔ |
| f:35 [THR] | a:2314 [A] | F:35 [THR] | A:2310 [A] | ✔ |
| f:71 [ARG] | a:2298 [A] | F:71 [ARG] | A:2294 [A] | ✔ |
| f:71 [ARG] | a:2312 [U] | F:71 [ARG] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:70 [ALA] | a:2312 [U] | F:70 [ALA] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:39 [GLY] | a:2305 [U] | F:39 [GLY] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:39 [GLY] | a:2307 [G] | F:39 [GLY] | A:2303 [G] | ✔ |
| f:39 [GLY] | a:2312 [U] | F:39 [GLY] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:33 [LYS] | a:2314 [A] | F:33 [LYS] | A:2310 [A] | ✔ |
| f:33 [LYS] | a:2315 [G] | F:33 [LYS] | A:2311 [C] | ✔ |
| f:76 [GLY] | a:2310 [C] | F:76 [GLY] | A:2306 [A] | ✔ |
| f:151 [GLY] | a:2305 [U] | F:151 [GLY] | A:2301 [U] | ✔ |
| f:121 [SER] | a:2303 [G] | F:121 [SER] | A:2299 [G] | ✔ |
| f:121 [SER] | a:2304 [G] | F:121 [SER] | A:2300 [G] | ✔ |
| f:79 [ILE] | a:2311 [A] | F:79 [ILE] | A:2307 [A] | ✔ |
| f:157 [THR] | a:2314 [A] | F:157 [THR] | A:2310 [A] | ✔ |
| f:157 [THR] | a:2315 [G] | F:157 [THR] | A:2311 [C] | ✔ |
| f:87 [CYS] | a:2312 [U] | F:86 [GLY] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:122 [PHE] | a:2302 [U] | F:122 [PHE] | A:2298 [U] | ✔ |
| f:122 [PHE] | a:2303 [G] | F:122 [PHE] | A:2299 [G] | ✔ |
| f:125 [ARG] | a:2315 [G] | F:125 [ARG] | A:2311 [C] | ✔ |
| f:125 [ARG] | a:2316 [G] | F:125 [ARG] | A:2312 [G] | ✔ |
| f:86 [GLY] | a:2312 [U] | F:85 [ILE] | A:2308 [U] | ✔ |
| f:155 [THR] | a:2303 [G] | F:155 [THR] | A:2299 [G] | ✔ |
| f:155 [THR] | a:2313 [C] | F:155 [THR] | A:2309 [C] | ✔ |
| f:155 [THR] | a:2314 [A] | F:155 [THR] | A:2310 [A] | ✔ |
| f:129 [SER] | a:2303 [G] | F:129 [SER] | A:2299 [G] | ✔ |
| f:129 [SER] | a:2304 [G] | F:129 [SER] | A:2300 [G] | ✔ |
| f:153 [ASP] | a:2312 [U] | F:153 [ASP] | A:2308 [U] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:130 [MET] | a:2305 [U] | F:130 [MET] | A:2301 [U] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:42 [GLU] | a:2306 [C] | F:42 [ALA] | A:2302 [C] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:42 [GLU] | a:2307 [G] | F:42 [ALA] | A:2303 [G] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:127 [ASN] | a:2303 [G] | F:127 [ASN] | A:2299 [G] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:88 [LYS] | a:2313 [C] | F:87 [CYS] | A:2309 [C] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:88 [LYS] | a:2314 [A] | F:87 [CYS] | A:2310 [A] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:71 [ARG] | a:2311 [A] | F:71 [ARG] | A:2307 [A] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:70 [ALA] | a:2311 [A] | F:70 [ALA] | A:2307 [A] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:39 [GLY] | a:2306 [C] | F:39 [GLY] | A:2302 [C] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:150 [ARG] | a:2305 [U] | F:150 [ARG] | A:2301 [U] | ❌ 7RYG_F_A |
| f:133 [ARG] | a:2304 [G] | F:133 [LYS] | A:2300 [G] | ❌ 7K00_f_a |
| f:150 [ARG] | a:2306 [C] | F:150 [ARG] | A:2302 [C] | ❌ 7K00_f_a |
| f:151 [GLY] | a:2306 [C] | F:151 [GLY] | A:2302 [C] | ❌ 7K00_f_a |
| f:153 [ASP] | a:2303 [G] | F:153 [ASP] | A:2299 [G] | ❌ 7K00_f_a |
| f:71 [ARG] | a:2313 [C] | F:71 [ARG] | A:2309 [C] | ❌ 7K00_f_a |
| f:79 [ILE] | a:2312 [U] | F:79 [ILE] | A:2308 [U] | ❌ 7K00_f_a |
| f:86 [GLY] | a:2311 [A] | F:85 [ILE] | A:2307 [A] | ❌ 7K00_f_a |
| f:88 [LYS] | a:2312 [U] | F:87 [CYS] | A:2308 [U] | ❌ 7K00_f_a |
| f:72 [LYS] | a:2299 [U] | F:72 [LYS] | A:2295 [G] | ❌ 7RYG_F:72, 7RYG_A:2295 no longer at interface |
| f:72 [LYS] | a:2300 [C] | F:72 [LYS] | A:2296 [C] | ❌ 7RYG_F:72, 7RYG_A:2296 no longer at interface |
| f:71 [ARG] | a:2299 [U] | F:71 [ARG] | A:2295 [G] | ❌ 7RYG_A:2295 no longer at interface |
| f:76 [GLY] | a:2309 [A] | F:76 [GLY] | A:2305 [A] | ❌ 7RYG_A:2305 no longer at interface |
| f:132 [VAL] | a:2305 [U] | F:132 [LEU] | A:2301 [U] | ❌ 7RYG_F:132 no longer at interface |
| f:69 [LYS] | a:2312 [U] | F:69 [LEU] | A:2308 [U] | ❌ 7RYG_F:69 no longer at interface |
| f:72 [LYS] | a:2298 [A] | F:72 [LYS] | A:2294 [A] | ❌ 7RYG_F:72 no longer at interface |
| f:72 [LYS] | a:2312 [U] | F:72 [LYS] | A:2308 [U] | ❌ 7RYG_F:72 no longer at interface |
| f:40 [VAL] | a:2307 [G] | F:40 [VAL] | A:2303 [G] | ❌ 7RYG_F:40 no longer at interface |
| f:32 [GLU] | a:2315 [G] | F:32 [THR] | A:2311 [C] | ❌ 7RYG_F:32 no longer at interface |
| f:44 [ILE] | a:2311 [A] | F:44 [ALA] | A:2307 [A] | ❌ 7RYG_F:44 no longer at interface |
| f:154 [ILE] | a:2304 [G] | F:154 [ILE] | A:2300 [G] | ❌ 7RYG_F:154 no longer at interface |
| f:120 [LYS] | a:2303 [G] | F:120 [LYS] | A:2299 [G] | ❌ 7RYG_F:120 no longer at interface |
| f:120 [LYS] | a:2304 [G] | F:120 [LYS] | A:2300 [G] | ❌ 7RYG_F:120 no longer at interface |
| f:89 [VAL] | a:2314 [A] | F:88 [LYS] | A:2310 [A] | ❌ 7K00_f:89 no longer at interface |
| f:89 [VAL] | a:2313 [C] | F:88 [LYS] | A:2309 [C] | ❌ 7K00_f:89 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L5 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.99 | 3.23 | 0.76 | 0.94 | 0.99 | 0.97 | 1.0 | 0.83 | 0.78 | 0.32 | 0.46 |
Other pairs involving 7K00_f_a or 7RYG_F_A
Total number of entries: 14