Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4Y4O_1W
|
4Y4O_1A
|
6AZ3_T
|
6AZ3_1,2
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
1W:75 [TYR] | 1A:543 [G] | T:118 [GLN] | 1:453 [G] | ✔ |
1W:75 [TYR] | 1A:544 [U] | T:118 [GLN] | 1:454 [U] | ✔ |
1W:56 [ALA] | 1A:513 [C] | T:100 [ALA] | 1:423 [U] | ✔ |
1W:43 [GLY] | 1A:2032 [G] | T:87 [SER] | 2:2381 [G] | ✔ |
1W:73 [ALA] | 1A:544 [U] | T:116 [HIS] | 1:454 [U] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:794 [U] | T:131 [ARG] | 1:930 [U] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:795 [G] | T:131 [ARG] | 1:931 [G] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:797 [A] | T:131 [ARG] | 1:933 [A] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:798 [A] | T:131 [ARG] | 1:934 [A] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:1314 [A] | T:131 [ARG] | 1:1541 [A2M] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:1661 [C] | T:131 [ARG] | 2:1812 [A] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:2035 [A] | T:131 [ARG] | 2:2384 [A] | ✔ |
1W:88 [ARG] | 1A:2036 [A] | T:131 [ARG] | 2:2385 [A] | ✔ |
1W:61 [ASN] | 1A:520 [G] | T:105 [LYS] | 1:430 [A] | ✔ |
1W:16 [LYS] | 1A:1312 [G] | T:28 [ASN] | 1:1539 [G] | ✔ |
1W:6 [ILE] | 1A:518 [G] | T:18 [LYS] | 1:428 [A] | ✔ |
1W:6 [ILE] | 1A:519 [G] | T:18 [LYS] | 1:429 [G] | ✔ |
1W:6 [ILE] | 1A:520 [G] | T:18 [LYS] | 1:430 [A] | ✔ |
1W:22 [ASP] | 1A:544 [U] | T:34 [ASN] | 1:454 [U] | ✔ |
1W:57 [ASN] | 1A:519 [G] | T:101 [ASN] | 1:429 [G] | ✔ |
1W:57 [ASN] | 1A:520 [G] | T:101 [ASN] | 1:430 [A] | ✔ |
1W:96 [ILE] | 1A:1371 [G] | T:139 [TYR] | 1:1614 [G] | ✔ |
1W:96 [ILE] | 1A:2034 [G] | T:139 [TYR] | 2:2383 [G] | ✔ |
1W:96 [ILE] | 1A:2035 [A] | T:139 [TYR] | 2:2384 [A] | ✔ |
1W:94 [ASP] | 1A:2035 [A] | T:137 [THR] | 2:2384 [A] | ✔ |
1W:94 [ASP] | 1A:2036 [A] | T:137 [THR] | 2:2385 [A] | ✔ |
1W:82 [LEU] | 1A:1368 [A] | T:125 [MET] | 1:1611 [A] | ✔ |
1W:74 [ALA] | 1A:544 [U] | T:117 [VAL] | 1:454 [U] | ✔ |
1W:95 [ILE] | 1A:2035 [A] | T:138 [PRO] | 2:2384 [A] | ✔ |
1W:95 [ILE] | 1A:2036 [A] | T:138 [PRO] | 2:2385 [A] | ✔ |
1W:77 [ASP] | 1A:543 [G] | T:120 [ASP] | 1:453 [G] | ✔ |
1W:5 [ALA] | 1A:519 [G] | T:17 [ALA] | 1:429 [G] | ✔ |
1W:5 [ALA] | 1A:520 [G] | T:17 [ALA] | 1:430 [A] | ✔ |
1W:18 [ARG] | 1A:543 [G] | T:30 [PHE] | 1:453 [G] | ✔ |
1W:18 [ARG] | 1A:544 [U] | T:30 [PHE] | 1:454 [U] | ✔ |
1W:11 [ARG] | 1A:1368 [A] | T:23 [ARG] | 1:1611 [A] | ✔ |
1W:11 [ARG] | 1A:2033 [U] | T:23 [ARG] | 2:2382 [C] | ✔ |
1W:40 [ASN] | 1A:2030 [C] | T:83 [TRP] | 2:2379 [U] | ✔ |
1W:40 [ASN] | 1A:2031 [G] | T:83 [TRP] | 2:2380 [A] | ✔ |
1W:4 [LYS] | 1A:519 [G] | T:16 [LYS] | 1:429 [G] | ✔ |
1W:4 [LYS] | 1A:520 [G] | T:16 [LYS] | 1:430 [A] | ✔ |
1W:53 [SER] | 1A:513 [C] | T:97 [ASN] | 1:423 [U] | ✔ |
1W:53 [SER] | 1A:518 [G] | T:97 [ASN] | 1:428 [A] | ✔ |
1W:53 [SER] | 1A:519 [G] | T:97 [ASN] | 1:429 [G] | ✔ |
1W:52 [GLU] | 1A:513 [C] | T:96 [LYS] | 1:423 [U] | ✔ |
1W:8 [ARG] | 1A:518 [G] | T:20 [SER] | 1:428 [A] | ✔ |
1W:8 [ARG] | 1A:519 [G] | T:20 [SER] | 1:429 [G] | ✔ |
1W:12 [ILE] | 1A:2033 [U] | T:24 [CYS] | 2:2382 [C] | ✔ |
1W:76 [VAL] | 1A:543 [G] | T:119 [VAL] | 1:453 [G] | ✔ |
1W:97 [LYS] | 1A:2034 [G] | T:140 [MET] | 2:2383 [G] | ✔ |
1W:97 [LYS] | 1A:2035 [A] | T:140 [MET] | 2:2384 [A] | ✔ |
1W:25 [ARG] | 1A:544 [U] | T:37 [ASN] | 1:454 [U] | ✔ |
1W:25 [ARG] | 1A:545 [G] | T:37 [ASN] | 1:455 [G] | ✔ |
1W:98 [LYS] | 1A:2034 [G] | T:141 [CYS] | 2:2383 [G] | ✔ |
1W:90 [ARG] | 1A:795 [G] | T:133 [HIS] | 1:931 [G] | ✔ |
1W:90 [ARG] | 1A:798 [A] | T:133 [HIS] | 1:934 [A] | ✔ |
1W:89 [ALA] | 1A:794 [U] | T:132 [ALA] | 1:930 [U] | ✔ |
1W:89 [ALA] | 1A:795 [G] | T:132 [ALA] | 1:931 [G] | ✔ |
1W:89 [ALA] | 1A:797 [A] | T:132 [ALA] | 1:933 [A] | ✔ |
1W:89 [ALA] | 1A:798 [A] | T:132 [ALA] | 1:934 [A] | ✔ |
1W:86 [LEU] | 1A:1371 [G] | T:129 [THR] | 1:1614 [G] | ✔ |
1W:86 [LEU] | 1A:2035 [A] | T:129 [THR] | 2:2384 [A] | ✔ |
1W:93 [ALA] | 1A:1660 [A] | T:136 [ILE] | 2:1811 [C] | ✔ |
1W:84 [ARG] | 1A:1369 [U] | T:127 [ARG] | 1:1612 [C] | ✔ |
1W:15 [ARG] | 1A:1311 [A] | T:27 [LYS] | 1:1538 [C] | ✔ |
1W:15 [ARG] | 1A:1312 [G] | T:27 [LYS] | 1:1539 [G] | ✔ |
1W:87 [PRO] | 1A:1660 [A] | T:130 [TYR] | 2:1811 [C] | ✔ |
1W:87 [PRO] | 1A:1661 [C] | T:130 [TYR] | 2:1812 [A] | ✔ |
1W:41 [LYS] | 1A:2031 [G] | T:84 [PRO] | 2:2380 [A] | ✔ |
1W:41 [LYS] | 1A:2032 [G] | T:84 [PRO] | 2:2381 [G] | ✔ |
1W:91 [GLY] | 1A:798 [A] | T:134 [GLY] | 1:934 [A] | ✔ |
1W:91 [GLY] | 1A:1660 [A] | T:134 [GLY] | 2:1811 [C] | ✔ |
1W:92 [ARG] | 1A:794 [U] | T:135 [ARG] | 1:930 [U] | ✔ |
1W:92 [ARG] | 1A:1660 [A] | T:135 [ARG] | 2:1811 [C] | ✔ |
1W:92 [ARG] | 1A:2036 [A] | T:135 [ARG] | 2:2385 [A] | ✔ |
1W:92 [ARG] | 1A:2037 [A] | T:135 [ARG] | 2:2386 [A2M] | ✔ |
1W:78 [GLU] | 1A:542 [C] | T:121 [GLN] | 1:452 [C] | ✔ |
1W:78 [GLU] | 1A:1308 [A] | T:121 [GLN] | 1:1535 [U] | ✔ |
1W:7 [ALA] | 1A:518 [G] | T:19 [VAL] | 1:428 [A] | ✔ |
1W:60 [ASN] | 1A:512 [C] | T:104 [GLU] | 1:422 [U] | ✔ |
1W:42 [ARG] | 1A:2031 [G] | T:86 [LYS] | 2:2380 [A] | ✔ |
1W:42 [ARG] | 1A:2032 [G] | T:86 [LYS] | 2:2381 [G] | ✔ |
1W:42 [ARG] | 1A:2033 [U] | T:86 [LYS] | 2:2382 [C] | ✔ |
1W:13 [SER] | 1A:1312 [G] | T:25 [HIS] | 1:1539 [G] | ✔ |
1W:13 [SER] | 1A:2034 [G] | T:25 [HIS] | 2:2383 [G] | ✔ |
1W:85 [VAL] | 1A:1660 [A] | T:128 [ARG] | 2:1811 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:56 [ALA] | 1A:512 [C] | T:100 [ALA] | 1:422 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:88 [ARG] | 1A:1660 [A] | T:131 [ARG] | 2:1811 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:61 [ASN] | 1A:512 [C] | T:105 [LYS] | 1:422 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:61 [ASN] | 1A:521 [G] | T:105 [LYS] | 1:431 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:16 [LYS] | 1A:2033 [U] | T:28 [ASN] | 2:2382 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:16 [LYS] | 1A:2034 [G] | T:28 [ASN] | 2:2383 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:57 [ASN] | 1A:512 [C] | T:101 [ASN] | 1:422 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:99 [ARG] | 1A:1307 [C] | T:142 [SER] | 1:1534 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:99 [ARG] | 1A:1308 [A] | T:142 [SER] | 1:1535 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:99 [ARG] | 1A:2034 [G] | T:142 [SER] | 2:2383 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:77 [ASP] | 1A:542 [C] | T:120 [ASP] | 1:452 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:18 [ARG] | 1A:542 [C] | T:30 [PHE] | 1:452 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:11 [ARG] | 1A:2034 [G] | T:23 [ARG] | 2:2383 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:40 [ASN] | 1A:2032 [G] | T:83 [TRP] | 2:2381 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:97 [LYS] | 1A:1307 [C] | T:140 [MET] | 1:1534 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:97 [LYS] | 1A:1308 [A] | T:140 [MET] | 1:1535 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:98 [LYS] | 1A:1369 [U] | T:141 [CYS] | 1:1612 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:98 [LYS] | 1A:1370 [G] | T:141 [CYS] | 1:1613 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:98 [LYS] | 1A:1372 [U] | T:141 [CYS] | 1:1615 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:98 [LYS] | 1A:2033 [U] | T:141 [CYS] | 2:2382 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:84 [ARG] | 1A:1368 [A] | T:127 [ARG] | 1:1611 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:83 [LYS] | 1A:1307 [C] | T:126 [ARG] | 1:1534 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:60 [ASN] | 1A:520 [G] | T:104 [GLU] | 1:430 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
1W:60 [ASN] | 1A:513 [C] | T:104 [GLU] | 1:423 [U] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:81 [ALA] | 1A:1308 [A] | T:124 [ARG] | 1:1535 [U] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:81 [ALA] | 1A:1307 [C] | T:124 [ARG] | 1:1534 [U] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:82 [LEU] | 1A:1369 [U] | T:125 [MET] | 1:1612 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:83 [LYS] | 1A:1369 [U] | T:126 [ARG] | 1:1612 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:84 [ARG] | 1A:1371 [G] | T:127 [ARG] | 1:1614 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:84 [ARG] | 1A:2034 [G] | T:127 [ARG] | 2:2383 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:84 [ARG] | 1A:1370 [G] | T:127 [ARG] | 1:1613 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:84 [ARG] | 1A:2033 [U] | T:127 [ARG] | 2:2382 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:84 [ARG] | 1A:1372 [U] | T:127 [ARG] | 1:1615 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:85 [VAL] | 1A:1371 [G] | T:128 [ARG] | 1:1614 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:87 [PRO] | 1A:797 [A] | T:130 [TYR] | 1:933 [A] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:87 [PRO] | 1A:1371 [G] | T:130 [TYR] | 1:1614 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:87 [PRO] | 1A:795 [G] | T:130 [TYR] | 1:931 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:90 [ARG] | 1A:794 [U] | T:133 [HIS] | 1:930 [U] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:95 [ILE] | 1A:2034 [G] | T:138 [PRO] | 2:2383 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:96 [ILE] | 1A:2033 [U] | T:139 [TYR] | 2:2382 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:96 [ILE] | 1A:1372 [U] | T:139 [TYR] | 1:1615 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:98 [LYS] | 1A:2035 [A] | T:141 [CYS] | 2:2384 [A] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:98 [LYS] | 1A:1312 [G] | T:141 [CYS] | 1:1539 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:99 [ARG] | 1A:1312 [G] | T:142 [SER] | 1:1539 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:4 [LYS] | 1A:521 [G] | T:16 [LYS] | 1:431 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:11 [ARG] | 1A:1369 [U] | T:23 [ARG] | 1:1612 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:13 [SER] | 1A:2033 [U] | T:25 [HIS] | 2:2382 [C] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:22 [ASP] | 1A:543 [G] | T:34 [ASN] | 1:453 [G] | ❌ 4Y4O_1W_1A |
1W:9 [TYR] | 1A:533 [G] | T:21 [ASP] | 1:443 [A] | ❌ 6AZ3_T:21, 6AZ3_1:443 no longer at interface |
1W:88 [ARG] | 1A:2624 [C] | T:131 [ARG] | 2:3202 [OMU] | ❌ 6AZ3_2:1420 no longer at interface |
1W:88 [ARG] | 1A:2625 [U] | T:131 [ARG] | 2:3203 [A] | ❌ 6AZ3_2:1421 no longer at interface |
1W:80 [PRO] | 1A:533 [G] | T:123 [ALA] | 1:443 [A] | ❌ 6AZ3_T:123, 6AZ3_1:443 no longer at interface |
1W:8 [ARG] | 1A:517 [A] | T:20 [SER] | 1:427 [A] | ❌ 6AZ3_1:427 no longer at interface |
1W:8 [ARG] | 1A:532 [A] | T:20 [SER] | 1:442 [A] | ❌ 6AZ3_1:442 no longer at interface |
1W:8 [ARG] | 1A:533 [G] | T:20 [SER] | 1:443 [A] | ❌ 6AZ3_1:443 no longer at interface |
1W:45 [TYR] | 1A:515 [G] | T:89 [VAL] | 1:425 [G] | ❌ 6AZ3_1:425 no longer at interface |
1W:45 [TYR] | 1A:516 [G] | T:89 [VAL] | 1:426 [A] | ❌ 6AZ3_1:426 no longer at interface |
1W:45 [TYR] | 1A:1330 [A] | T:89 [VAL] | 1:1557 [A] | ❌ 6AZ3_1:1557 no longer at interface |
1W:49 [LYS] | 1A:514 [G] | T:93 [SER] | 1:424 [G] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:424 no longer at interface |
1W:49 [LYS] | 1A:515 [G] | T:93 [SER] | 1:425 [G] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:425 no longer at interface |
1W:49 [LYS] | 1A:516 [G] | T:93 [SER] | 1:426 [A] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:426 no longer at interface |
1W:83 [LYS] | 1A:1306 [G] | T:126 [ARG] | 1:1533 [G] | ❌ 6AZ3_1:1533 no longer at interface |
1W:7 [ALA] | 1A:517 [A] | T:19 [VAL] | 1:427 [A] | ❌ 6AZ3_1:427 no longer at interface |
1W:60 [ASN] | 1A:511 [C] | T:104 [GLU] | 1:421 [U] | ❌ 6AZ3_1:421 no longer at interface |
1W:42 [ARG] | 1A:1373 [C] | T:86 [LYS] | 1:1616 [A] | ❌ 6AZ3_1:1616 no longer at interface |
1W:90 [ARG] | 1A:793 [A] | T:133 [HIS] | 1:929 [G] | ❌ 4Y4O_1A:793 no longer at interface |
1W:96 [ILE] | 1A:1315 [A] | T:139 [TYR] | 1:1542 [OMG] | ❌ 4Y4O_1A:1315 no longer at interface |
1W:9 [TYR] | 1A:518 [G] | T:21 [ASP] | 1:428 [A] | ❌ 6AZ3_T:21 no longer at interface |
1W:49 [LYS] | 1A:513 [C] | T:93 [SER] | 1:423 [U] | ❌ 6AZ3_T:93 no longer at interface |
1W:14 [PRO] | 1A:1312 [G] | T:26 [TYR] | 1:1539 [G] | ❌ 4Y4O_1W:14 no longer at interface |
1W:14 [PRO] | 1A:543 [G] | T:26 [TYR] | 1:453 [G] | ❌ 4Y4O_1W:14 no longer at interface |
1W:14 [PRO] | 1A:542 [C] | T:26 [TYR] | 1:452 [C] | ❌ 4Y4O_1W:14 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L22 | 0.76 | 1.78 | 0.22 | 0.92 | 0.76 | 0.89 | 0.68 | 0.69 | 0.61 | 0.17 | 0.33 |
Other pairs involving 4Y4O_1W_1A or 6AZ3_T_1,2
Total number of entries: 19