RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group134 > 4Y4O_1W_1A vs 6S0Z_Q_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1W
4Y4O_1A
6S0Z_Q
6S0Z_A
Conserved?
1W:9 [TYR] 1A:533 [G] Q:9 [THR] A:553 [A] ✔
1W:75 [TYR] 1A:23 [G] Q:75 [TYR] A:23 [G] ✔
1W:75 [TYR] 1A:543 [G] Q:75 [TYR] A:563 [G] ✔
1W:75 [TYR] 1A:544 [U] Q:75 [TYR] A:564 [U] ✔
1W:56 [ALA] 1A:512 [C] Q:56 [ALA] A:532 [C] ✔
1W:56 [ALA] 1A:513 [C] Q:56 [ALA] A:533 [C] ✔
1W:88 [ARG] 1A:797 [A] Q:88 [GLN] A:795 [A] ✔
1W:88 [ARG] 1A:1661 [C] Q:88 [GLN] A:1659 [C] ✔
1W:61 [ASN] 1A:520 [G] Q:61 [ASN] A:540 [G] ✔
1W:61 [ASN] 1A:521 [G] Q:61 [ASN] A:541 [G] ✔
1W:16 [LYS] 1A:1312 [G] Q:16 [LYS] A:1304 [G] ✔
1W:16 [LYS] 1A:2033 [U] Q:16 [LYS] A:2038 [U] ✔
1W:16 [LYS] 1A:2034 [G] Q:16 [LYS] A:2039 [G] ✔
1W:6 [ILE] 1A:518 [G] Q:6 [VAL] A:538 [G] ✔
1W:6 [ILE] 1A:519 [G] Q:6 [VAL] A:539 [G] ✔
1W:6 [ILE] 1A:520 [G] Q:6 [VAL] A:540 [G] ✔
1W:57 [ASN] 1A:512 [C] Q:57 [ASN] A:532 [C] ✔
1W:57 [ASN] 1A:519 [G] Q:57 [ASN] A:539 [G] ✔
1W:57 [ASN] 1A:520 [G] Q:57 [ASN] A:540 [G] ✔
1W:96 [ILE] 1A:2034 [G] Q:94 [ILE] A:2039 [G] ✔
1W:96 [ILE] 1A:2035 [A] Q:94 [ILE] A:2040 [A] ✔
1W:99 [ARG] 1A:1308 [A] Q:97 [ARG] A:1300 [G] ✔
1W:99 [ARG] 1A:2034 [G] Q:97 [ARG] A:2039 [G] ✔
1W:94 [ASP] 1A:2035 [A] Q:92 [SER] A:2040 [A] ✔
1W:80 [PRO] 1A:25 [U] Q:80 [PRO] A:25 [U] ✔
1W:80 [PRO] 1A:26 [G] Q:80 [PRO] A:26 [G] ✔
1W:80 [PRO] 1A:533 [G] Q:80 [PRO] A:553 [A] ✔
1W:82 [LEU] 1A:1368 [A] Q:82 [LEU] A:1359 [A] ✔
1W:102 [HIS] 1A:24 [G] Q:100 [HIS] A:24 [G] ✔
1W:102 [HIS] 1A:25 [U] Q:100 [HIS] A:25 [U] ✔
1W:74 [ALA] 1A:544 [U] Q:74 [ALA] A:564 [U] ✔
1W:95 [ILE] 1A:2035 [A] Q:93 [ALA] A:2040 [A] ✔
1W:95 [ILE] 1A:2036 [A] Q:93 [ALA] A:2041 [A] ✔
1W:77 [ASP] 1A:23 [G] Q:77 [ASN] A:23 [G] ✔
1W:77 [ASP] 1A:24 [G] Q:77 [ASN] A:24 [G] ✔
1W:77 [ASP] 1A:542 [C] Q:77 [ASN] A:562 [C] ✔
1W:77 [ASP] 1A:543 [G] Q:77 [ASN] A:563 [G] ✔
1W:81 [ALA] 1A:26 [G] Q:81 [THR] A:26 [G] ✔
1W:5 [ALA] 1A:519 [G] Q:5 [ALA] A:539 [G] ✔
1W:5 [ALA] 1A:520 [G] Q:5 [ALA] A:540 [G] ✔
1W:18 [ARG] 1A:542 [C] Q:18 [ARG] A:562 [C] ✔
1W:18 [ARG] 1A:543 [G] Q:18 [ARG] A:563 [G] ✔
1W:11 [ARG] 1A:1368 [A] Q:11 [ARG] A:1359 [A] ✔
1W:40 [ASN] 1A:2030 [C] Q:40 [ASN] A:2035 [C] ✔
1W:40 [ASN] 1A:2031 [G] Q:40 [ASN] A:2036 [G] ✔
1W:40 [ASN] 1A:2032 [G] Q:40 [ASN] A:2037 [G] ✔
1W:4 [LYS] 1A:519 [G] Q:4 [LYS] A:539 [G] ✔
1W:4 [LYS] 1A:520 [G] Q:4 [LYS] A:540 [G] ✔
1W:53 [SER] 1A:513 [C] Q:53 [SER] A:533 [C] ✔
1W:53 [SER] 1A:518 [G] Q:53 [SER] A:538 [G] ✔
1W:53 [SER] 1A:519 [G] Q:53 [SER] A:539 [G] ✔
1W:52 [GLU] 1A:513 [C] Q:52 [MET] A:533 [C] ✔
1W:8 [ARG] 1A:518 [G] Q:8 [ARG] A:538 [G] ✔
1W:8 [ARG] 1A:519 [G] Q:8 [ARG] A:539 [G] ✔
1W:12 [ILE] 1A:2033 [U] Q:12 [ILE] A:2038 [U] ✔
1W:76 [VAL] 1A:543 [G] Q:76 [ALA] A:563 [G] ✔
1W:97 [LYS] 1A:2034 [G] Q:95 [ASN] A:2039 [G] ✔
1W:97 [LYS] 1A:2035 [A] Q:95 [ASN] A:2040 [A] ✔
1W:25 [ARG] 1A:544 [U] Q:25 [ARG] A:564 [U] ✔
1W:25 [ARG] 1A:545 [G] Q:25 [ARG] A:565 [G] ✔
1W:98 [LYS] 1A:1369 [U] Q:96 [LYS] A:1360 [G] ✔
1W:98 [LYS] 1A:1370 [G] Q:96 [LYS] A:1361 [G] ✔
1W:98 [LYS] 1A:2033 [U] Q:96 [LYS] A:2038 [U] ✔
1W:98 [LYS] 1A:2034 [G] Q:96 [LYS] A:2039 [G] ✔
1W:89 [ALA] 1A:797 [A] Q:89 [GLY] A:795 [A] ✔
1W:79 [GLY] 1A:24 [G] Q:79 [GLY] A:24 [G] ✔
1W:79 [GLY] 1A:25 [U] Q:79 [GLY] A:25 [U] ✔
1W:86 [LEU] 1A:1371 [G] Q:86 [ARG] A:1362 [C] ✔
1W:86 [LEU] 1A:2035 [A] Q:86 [ARG] A:2040 [A] ✔
1W:62 [HIS] 1A:520 [G] Q:62 [TYR] A:540 [G] ✔
1W:62 [HIS] 1A:521 [G] Q:62 [TYR] A:541 [G] ✔
1W:93 [ALA] 1A:1660 [A] Q:91 [ALA] A:1658 [A] ✔
1W:84 [ARG] 1A:1368 [A] Q:84 [ARG] A:1359 [A] ✔
1W:84 [ARG] 1A:1369 [U] Q:84 [ARG] A:1360 [G] ✔
1W:15 [ARG] 1A:1311 [A] Q:15 [ARG] A:1303 [A] ✔
1W:15 [ARG] 1A:1312 [G] Q:15 [ARG] A:1304 [G] ✔
1W:49 [LYS] 1A:513 [C] Q:49 [LYS] A:533 [C] ✔
1W:49 [LYS] 1A:514 [G] Q:49 [LYS] A:534 [G] ✔
1W:49 [LYS] 1A:515 [G] Q:49 [LYS] A:535 [G] ✔
1W:49 [LYS] 1A:516 [G] Q:49 [LYS] A:536 [A] ✔
1W:83 [LYS] 1A:1307 [C] Q:83 [LYS] A:1299 [U] ✔
1W:87 [PRO] 1A:1660 [A] Q:87 [PRO] A:1658 [A] ✔
1W:87 [PRO] 1A:1661 [C] Q:87 [PRO] A:1659 [C] ✔
1W:41 [LYS] 1A:2031 [G] Q:41 [LYS] A:2036 [G] ✔
1W:41 [LYS] 1A:2032 [G] Q:41 [LYS] A:2037 [G] ✔
1W:92 [ARG] 1A:794 [U] Q:90 [ARG] A:792 [U] ✔
1W:92 [ARG] 1A:1660 [A] Q:90 [ARG] A:1658 [A] ✔
1W:78 [GLU] 1A:24 [G] Q:78 [GLU] A:24 [G] ✔
1W:78 [GLU] 1A:25 [U] Q:78 [GLU] A:25 [U] ✔
1W:78 [GLU] 1A:542 [C] Q:78 [GLU] A:562 [C] ✔
1W:78 [GLU] 1A:1308 [A] Q:78 [GLU] A:1300 [G] ✔
1W:7 [ALA] 1A:517 [A] Q:7 [ALA] A:537 [A] ✔
1W:7 [ALA] 1A:518 [G] Q:7 [ALA] A:538 [G] ✔
1W:60 [ASN] 1A:511 [C] Q:60 [HIS] A:531 [C] ✔
1W:60 [ASN] 1A:512 [C] Q:60 [HIS] A:532 [C] ✔
1W:60 [ASN] 1A:520 [G] Q:60 [HIS] A:540 [G] ✔
1W:42 [ARG] 1A:2031 [G] Q:42 [ALA] A:2036 [G] ✔
1W:42 [ARG] 1A:2032 [G] Q:42 [ALA] A:2037 [G] ✔
1W:42 [ARG] 1A:2033 [U] Q:42 [ALA] A:2038 [U] ✔
1W:13 [SER] 1A:1312 [G] Q:13 [ALA] A:1304 [G] ✔
1W:13 [SER] 1A:2034 [G] Q:13 [ALA] A:2039 [G] ✔
1W:9 [TYR] 1A:25 [U] Q:9 [THR] A:25 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:9 [TYR] 1A:518 [G] Q:9 [THR] A:538 [G] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:88 [ARG] 1A:794 [U] Q:88 [GLN] A:792 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:88 [ARG] 1A:795 [G] Q:88 [GLN] A:793 [G] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:88 [ARG] 1A:798 [A] Q:88 [GLN] A:796 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:88 [ARG] 1A:1314 [A] Q:88 [GLN] A:1306 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:88 [ARG] 1A:1660 [A] Q:88 [GLN] A:1658 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:88 [ARG] 1A:2035 [A] Q:88 [GLN] A:2040 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:88 [ARG] 1A:2036 [A] Q:88 [GLN] A:2041 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:61 [ASN] 1A:512 [C] Q:61 [ASN] A:532 [C] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:96 [ILE] 1A:1371 [G] Q:94 [ILE] A:1362 [C] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:99 [ARG] 1A:1307 [C] Q:97 [ARG] A:1299 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:94 [ASP] 1A:2036 [A] Q:92 [SER] A:2041 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:18 [ARG] 1A:544 [U] Q:18 [ARG] A:564 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:11 [ARG] 1A:2033 [U] Q:11 [ARG] A:2038 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:11 [ARG] 1A:2034 [G] Q:11 [ARG] A:2039 [G] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:8 [ARG] 1A:25 [U] Q:8 [ARG] A:25 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:8 [ARG] 1A:517 [A] Q:8 [ARG] A:537 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:8 [ARG] 1A:533 [G] Q:8 [ARG] A:553 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:97 [LYS] 1A:1307 [C] Q:95 [ASN] A:1299 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:97 [LYS] 1A:1308 [A] Q:95 [ASN] A:1300 [G] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:89 [ALA] 1A:794 [U] Q:89 [GLY] A:792 [U] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:89 [ALA] 1A:795 [G] Q:89 [GLY] A:793 [G] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:89 [ALA] 1A:798 [A] Q:89 [GLY] A:796 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:92 [ARG] 1A:2036 [A] Q:90 [ARG] A:2041 [A] ❌ 6S0Z_Q_A
1W:11 [ARG] 1A:533 [G] Q:11 [ARG] A:553 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:81 [ALA] 1A:1307 [C] Q:81 [THR] A:1299 [U] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:82 [LEU] 1A:533 [G] Q:82 [LEU] A:553 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:86 [LEU] 1A:1660 [A] Q:86 [ARG] A:1658 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:86 [LEU] 1A:2034 [G] Q:86 [ARG] A:2039 [G] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:86 [LEU] 1A:1314 [A] Q:86 [ARG] A:1306 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:88 [ARG] 1A:1371 [G] Q:88 [GLN] A:1362 [C] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:88 [ARG] 1A:1370 [G] Q:88 [GLN] A:1361 [G] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:89 [ALA] 1A:1660 [A] Q:89 [GLY] A:1658 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:89 [ALA] 1A:1661 [C] Q:89 [GLY] A:1659 [C] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:92 [ARG] 1A:797 [A] Q:90 [ARG] A:795 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:92 [ARG] 1A:795 [G] Q:90 [ARG] A:793 [G] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:92 [ARG] 1A:798 [A] Q:90 [ARG] A:796 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:99 [ARG] 1A:2035 [A] Q:97 [ARG] A:2040 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:88 [ARG] 1A:2624 [C] Q:88 [GLN] A:2639 [C] ❌ 6S0Z_A:2639 no longer at interface
1W:88 [ARG] 1A:2625 [U] Q:88 [GLN] A:2640 [U] ❌ 6S0Z_A:2640 no longer at interface
1W:8 [ARG] 1A:532 [A] Q:8 [ARG] A:552 [A] ❌ 6S0Z_A:552 no longer at interface
1W:98 [LYS] 1A:1372 [U] Q:96 [LYS] A:1363 [U] ❌ 6S0Z_A:1363 no longer at interface
1W:45 [TYR] 1A:1330 [A] Q:45 [PRO] A:1321 [A] ❌ 6S0Z_Q:45, 6S0Z_A:1321 no longer at interface
1W:83 [LYS] 1A:1306 [G] Q:83 [LYS] A:1298 [G] ❌ 6S0Z_A:1298 no longer at interface
1W:92 [ARG] 1A:2037 [A] Q:90 [ARG] A:2042 [A] ❌ 6S0Z_A:2042 no longer at interface
1W:42 [ARG] 1A:1373 [C] Q:42 [ALA] A:1364 [C] ❌ 6S0Z_A:1364 no longer at interface
1W:11 [ARG] 1A:1367 [A] Q:11 [ARG] A:1358 [A] ❌ 4Y4O_1A:1367 no longer at interface
1W:78 [GLU] 1A:541 [C] Q:78 [GLU] A:561 [C] ❌ 4Y4O_1A:541 no longer at interface
1W:86 [LEU] 1A:1315 [A] Q:86 [ARG] A:1307 [G] ❌ 4Y4O_1A:1315 no longer at interface
1W:88 [ARG] 1A:796 [C] Q:88 [GLN] A:794 [A] ❌ 4Y4O_1A:796 no longer at interface
1W:88 [ARG] 1A:1317 [G] Q:88 [GLN] A:1309 [G] ❌ 4Y4O_1A:1317 no longer at interface
1W:85 [VAL] 1A:1660 [A] Q:85 [PHE] A:1658 [A] ❌ 6S0Z_Q:85 no longer at interface
1W:43 [GLY] 1A:2032 [G] Q:43 [SER] A:2037 [G] ❌ 6S0Z_Q:43 no longer at interface
1W:73 [ALA] 1A:544 [U] Q:73 [GLU] A:564 [U] ❌ 6S0Z_Q:73 no longer at interface
1W:22 [ASP] 1A:544 [U] Q:22 [ASP] A:564 [U] ❌ 6S0Z_Q:22 no longer at interface
1W:45 [TYR] 1A:515 [G] Q:45 [PRO] A:535 [G] ❌ 6S0Z_Q:45 no longer at interface
1W:45 [TYR] 1A:516 [G] Q:45 [PRO] A:536 [A] ❌ 6S0Z_Q:45 no longer at interface
1W:10 [VAL] 1A:517 [A] Q:10 [ILE] A:537 [A] ❌ 4Y4O_1W:10 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 1.9 0.65 0.94 0.97 0.98 0.89 0.74 0.70 0.46 0.34


Other pairs involving 4Y4O_1W_1A or 6S0Z_Q_A

Total number of entries: 19

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_Q_A 7K00_r_a 0.76 0.97 2.05 0.53 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7ASM_Q_A 0.78 0.98 1.46 0.95 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7O7Y_BP_B5,B8 0.58 0.89 1.75 0.2 Ribosomal protein L22 compare
6S0Z_Q_A 7OF0_T_A 0.56 0.93 2.75 0.22 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7RYG_R_A 0.74 0.98 1.7 0.55 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7O9M_T_A 0.61 0.91 1.8 0.2 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_R_0 6S0Z_Q_A 0.64 0.92 1.69 0.22 Ribosomal protein L22 compare
1VQ8_R_0 4Y4O_1W_1A 0.70 0.92 1.91 0.22 Ribosomal protein L22 compare
1YHQ_R_0 4Y4O_1W_1A 0.70 0.92 1.84 0.22 Ribosomal protein L22 compare
1YHQ_R_0 6S0Z_Q_A 0.64 0.92 1.66 0.22 Ribosomal protein L22 compare
4Y4O_1W_1A 6S0Z_Q_A 0.74 0.97 1.9 0.65 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7K00_r_a 0.92 0.97 0.75 0.63 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7OF0_T_A 0.78 0.94 1.24 0.26 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7ASM_Q_A 0.93 0.96 1.22 0.68 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7O9M_T_A 0.74 0.92 1.04 0.27 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7RYG_R_A 0.84 0.96 1.0 0.69 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 6AZ3_T_1,2 0.69 0.76 1.78 0.22 Ribosomal protein L22 compare
4Y4O_1W_1A 7O7Y_BP_B5,B8 0.70 0.9 1.56 0.24 Ribosomal protein L22 compare
6AZ3_T_1,2 6S0Z_Q_A 0.51 0.76 2.4 0.14 Ribosomal protein L22 compare