RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group134 > 4Y4O_1W_1A vs 7K00_r_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1W
4Y4O_1A
7K00_r
7K00_a
Conserved?
1W:85 [VAL] 1A:1660 [A] r:85 [ILE] a:1614 [A] ✔
1W:9 [TYR] 1A:533 [G] r:9 [HIS] a:508 [A] ✔
1W:75 [TYR] 1A:23 [G] r:75 [PHE] a:23 [G] ✔
1W:75 [TYR] 1A:543 [G] r:75 [PHE] a:518 [G] ✔
1W:75 [TYR] 1A:544 [U] r:75 [PHE] a:519 [U] ✔
1W:56 [ALA] 1A:512 [C] r:56 [ALA] a:486 [C] ✔
1W:56 [ALA] 1A:513 [C] r:56 [ALA] a:487 [C] ✔
1W:43 [GLY] 1A:2032 [G] r:43 [ALA] a:2010 [G] ✔
1W:88 [ARG] 1A:794 [U] r:88 [ARG] a:747 [5MU] ✔
1W:88 [ARG] 1A:795 [G] r:88 [ARG] a:748 [G] ✔
1W:88 [ARG] 1A:797 [A] r:88 [ARG] a:750 [A] ✔
1W:88 [ARG] 1A:798 [A] r:88 [ARG] a:751 [A] ✔
1W:88 [ARG] 1A:1314 [A] r:88 [ARG] a:1268 [A] ✔
1W:88 [ARG] 1A:1660 [A] r:88 [ARG] a:1614 [A] ✔
1W:88 [ARG] 1A:1661 [C] r:88 [ARG] a:1615 [C] ✔
1W:88 [ARG] 1A:2035 [A] r:88 [ARG] a:2013 [A] ✔
1W:88 [ARG] 1A:2036 [A] r:88 [ARG] a:2014 [A] ✔
1W:88 [ARG] 1A:2625 [U] r:88 [ARG] a:2613 [U] ✔
1W:61 [ASN] 1A:520 [G] r:61 [ASN] a:495 [G] ✔
1W:61 [ASN] 1A:521 [G] r:61 [ASN] a:496 [G] ✔
1W:16 [LYS] 1A:1312 [G] r:16 [LYS] a:1266 [G] ✔
1W:16 [LYS] 1A:2033 [U] r:16 [LYS] a:2011 [U] ✔
1W:16 [LYS] 1A:2034 [G] r:16 [LYS] a:2012 [G] ✔
1W:6 [ILE] 1A:518 [G] r:6 [LYS] a:493 [G] ✔
1W:6 [ILE] 1A:519 [G] r:6 [LYS] a:494 [G] ✔
1W:6 [ILE] 1A:520 [G] r:6 [LYS] a:495 [G] ✔
1W:22 [ASP] 1A:544 [U] r:22 [ASP] a:519 [U] ✔
1W:57 [ASN] 1A:512 [C] r:57 [ASN] a:486 [C] ✔
1W:57 [ASN] 1A:519 [G] r:57 [ASN] a:494 [G] ✔
1W:57 [ASN] 1A:520 [G] r:57 [ASN] a:495 [G] ✔
1W:96 [ILE] 1A:2034 [G] r:96 [ILE] a:2012 [G] ✔
1W:96 [ILE] 1A:2035 [A] r:96 [ILE] a:2013 [A] ✔
1W:99 [ARG] 1A:1307 [C] r:99 [ARG] a:1261 [C] ✔
1W:99 [ARG] 1A:1308 [A] r:99 [ARG] a:1262 [A] ✔
1W:99 [ARG] 1A:2034 [G] r:99 [ARG] a:2012 [G] ✔
1W:94 [ASP] 1A:2035 [A] r:94 [ASP] a:2013 [A] ✔
1W:94 [ASP] 1A:2036 [A] r:94 [ASP] a:2014 [A] ✔
1W:80 [PRO] 1A:25 [U] r:80 [PRO] a:25 [U] ✔
1W:80 [PRO] 1A:26 [G] r:80 [PRO] a:26 [G] ✔
1W:80 [PRO] 1A:533 [G] r:80 [PRO] a:508 [A] ✔
1W:82 [LEU] 1A:1368 [A] r:82 [MET] a:1322 [A] ✔
1W:102 [HIS] 1A:24 [G] r:102 [HIS] a:24 [G] ✔
1W:102 [HIS] 1A:25 [U] r:102 [HIS] a:25 [U] ✔
1W:74 [ALA] 1A:544 [U] r:74 [ILE] a:519 [U] ✔
1W:95 [ILE] 1A:2035 [A] r:95 [ARG] a:2013 [A] ✔
1W:95 [ILE] 1A:2036 [A] r:95 [ARG] a:2014 [A] ✔
1W:77 [ASP] 1A:23 [G] r:77 [ASP] a:23 [G] ✔
1W:77 [ASP] 1A:24 [G] r:77 [ASP] a:24 [G] ✔
1W:77 [ASP] 1A:542 [C] r:77 [ASP] a:517 [C] ✔
1W:77 [ASP] 1A:543 [G] r:77 [ASP] a:518 [G] ✔
1W:81 [ALA] 1A:26 [G] r:81 [SER] a:26 [G] ✔
1W:5 [ALA] 1A:519 [G] r:5 [ALA] a:494 [G] ✔
1W:5 [ALA] 1A:520 [G] r:5 [ALA] a:495 [G] ✔
1W:18 [ARG] 1A:542 [C] r:18 [ARG] a:517 [C] ✔
1W:18 [ARG] 1A:543 [G] r:18 [ARG] a:518 [G] ✔
1W:11 [ARG] 1A:1368 [A] r:11 [ARG] a:1322 [A] ✔
1W:11 [ARG] 1A:2033 [U] r:11 [ARG] a:2011 [U] ✔
1W:11 [ARG] 1A:2034 [G] r:11 [ARG] a:2012 [G] ✔
1W:40 [ASN] 1A:2031 [G] r:40 [ASN] a:2009 [A] ✔
1W:40 [ASN] 1A:2032 [G] r:40 [ASN] a:2010 [G] ✔
1W:4 [LYS] 1A:519 [G] r:4 [ILE] a:494 [G] ✔
1W:4 [LYS] 1A:520 [G] r:4 [ILE] a:495 [G] ✔
1W:53 [SER] 1A:513 [C] r:53 [SER] a:487 [C] ✔
1W:53 [SER] 1A:518 [G] r:53 [SER] a:493 [G] ✔
1W:53 [SER] 1A:519 [G] r:53 [SER] a:494 [G] ✔
1W:52 [GLU] 1A:513 [C] r:52 [GLU] a:487 [C] ✔
1W:8 [ARG] 1A:25 [U] r:8 [ARG] a:25 [U] ✔
1W:8 [ARG] 1A:518 [G] r:8 [ARG] a:493 [G] ✔
1W:8 [ARG] 1A:519 [G] r:8 [ARG] a:494 [G] ✔
1W:12 [ILE] 1A:2033 [U] r:12 [SER] a:2011 [U] ✔
1W:76 [VAL] 1A:543 [G] r:76 [VAL] a:518 [G] ✔
1W:97 [LYS] 1A:1308 [A] r:97 [LEU] a:1262 [A] ✔
1W:97 [LYS] 1A:2034 [G] r:97 [LEU] a:2012 [G] ✔
1W:97 [LYS] 1A:2035 [A] r:97 [LEU] a:2013 [A] ✔
1W:25 [ARG] 1A:544 [U] r:25 [ARG] a:519 [U] ✔
1W:25 [ARG] 1A:545 [G] r:25 [ARG] a:520 [G] ✔
1W:98 [LYS] 1A:1369 [U] r:98 [LYS] a:1323 [C] ✔
1W:98 [LYS] 1A:1370 [G] r:98 [LYS] a:1324 [G] ✔
1W:98 [LYS] 1A:1372 [U] r:98 [LYS] a:1326 [U] ✔
1W:98 [LYS] 1A:2033 [U] r:98 [LYS] a:2011 [U] ✔
1W:98 [LYS] 1A:2034 [G] r:98 [LYS] a:2012 [G] ✔
1W:90 [ARG] 1A:795 [G] r:90 [LYS] a:748 [G] ✔
1W:90 [ARG] 1A:798 [A] r:90 [LYS] a:751 [A] ✔
1W:89 [ALA] 1A:794 [U] r:89 [ALA] a:747 [5MU] ✔
1W:89 [ALA] 1A:795 [G] r:89 [ALA] a:748 [G] ✔
1W:89 [ALA] 1A:797 [A] r:89 [ALA] a:750 [A] ✔
1W:89 [ALA] 1A:798 [A] r:89 [ALA] a:751 [A] ✔
1W:79 [GLY] 1A:24 [G] r:79 [GLY] a:24 [G] ✔
1W:79 [GLY] 1A:25 [U] r:79 [GLY] a:25 [U] ✔
1W:86 [LEU] 1A:1371 [G] r:86 [MET] a:1325 [U] ✔
1W:62 [HIS] 1A:520 [G] r:62 [ASP] a:495 [G] ✔
1W:93 [ALA] 1A:1660 [A] r:93 [ALA] a:1614 [A] ✔
1W:84 [ARG] 1A:1368 [A] r:84 [ARG] a:1322 [A] ✔
1W:84 [ARG] 1A:1369 [U] r:84 [ARG] a:1323 [C] ✔
1W:15 [ARG] 1A:1311 [A] r:15 [GLN] a:1265 [A] ✔
1W:15 [ARG] 1A:1312 [G] r:15 [GLN] a:1266 [G] ✔
1W:49 [LYS] 1A:513 [C] r:49 [LYS] a:487 [C] ✔
1W:49 [LYS] 1A:514 [G] r:49 [LYS] a:488 [G] ✔
1W:49 [LYS] 1A:515 [G] r:49 [LYS] a:489 [G] ✔
1W:49 [LYS] 1A:516 [G] r:49 [LYS] a:491 [G] ✔
1W:83 [LYS] 1A:1306 [G] r:83 [LYS] a:1260 [A] ✔
1W:83 [LYS] 1A:1307 [C] r:83 [LYS] a:1261 [C] ✔
1W:87 [PRO] 1A:1660 [A] r:87 [PRO] a:1614 [A] ✔
1W:87 [PRO] 1A:1661 [C] r:87 [PRO] a:1615 [C] ✔
1W:41 [LYS] 1A:2031 [G] r:41 [LYS] a:2009 [A] ✔
1W:41 [LYS] 1A:2032 [G] r:41 [LYS] a:2010 [G] ✔
1W:91 [GLY] 1A:798 [A] r:91 [GLY] a:751 [A] ✔
1W:91 [GLY] 1A:1660 [A] r:91 [GLY] a:1614 [A] ✔
1W:92 [ARG] 1A:794 [U] r:92 [ARG] a:747 [5MU] ✔
1W:92 [ARG] 1A:1660 [A] r:92 [ARG] a:1614 [A] ✔
1W:78 [GLU] 1A:24 [G] r:78 [GLU] a:24 [G] ✔
1W:78 [GLU] 1A:25 [U] r:78 [GLU] a:25 [U] ✔
1W:78 [GLU] 1A:542 [C] r:78 [GLU] a:517 [C] ✔
1W:78 [GLU] 1A:1308 [A] r:78 [GLU] a:1262 [A] ✔
1W:7 [ALA] 1A:517 [A] r:7 [HIS] a:492 [A] ✔
1W:7 [ALA] 1A:518 [G] r:7 [HIS] a:493 [G] ✔
1W:60 [ASN] 1A:511 [C] r:60 [HIS] a:485 [C] ✔
1W:60 [ASN] 1A:512 [C] r:60 [HIS] a:486 [C] ✔
1W:60 [ASN] 1A:520 [G] r:60 [HIS] a:495 [G] ✔
1W:42 [ARG] 1A:1373 [C] r:42 [LYS] a:1327 [A] ✔
1W:42 [ARG] 1A:2031 [G] r:42 [LYS] a:2009 [A] ✔
1W:42 [ARG] 1A:2032 [G] r:42 [LYS] a:2010 [G] ✔
1W:42 [ARG] 1A:2033 [U] r:42 [LYS] a:2011 [U] ✔
1W:13 [SER] 1A:1312 [G] r:13 [SER] a:1266 [G] ✔
1W:9 [TYR] 1A:25 [U] r:9 [HIS] a:25 [U] ❌ 7K00_r_a
1W:9 [TYR] 1A:518 [G] r:9 [HIS] a:493 [G] ❌ 7K00_r_a
1W:61 [ASN] 1A:512 [C] r:61 [ASN] a:486 [C] ❌ 7K00_r_a
1W:96 [ILE] 1A:1371 [G] r:96 [ILE] a:1325 [U] ❌ 7K00_r_a
1W:18 [ARG] 1A:544 [U] r:18 [ARG] a:519 [U] ❌ 7K00_r_a
1W:8 [ARG] 1A:517 [A] r:8 [ARG] a:492 [A] ❌ 7K00_r_a
1W:8 [ARG] 1A:533 [G] r:8 [ARG] a:508 [A] ❌ 7K00_r_a
1W:97 [LYS] 1A:1307 [C] r:97 [LEU] a:1261 [C] ❌ 7K00_r_a
1W:86 [LEU] 1A:2035 [A] r:86 [MET] a:2013 [A] ❌ 7K00_r_a
1W:62 [HIS] 1A:521 [G] r:62 [ASP] a:496 [G] ❌ 7K00_r_a
1W:92 [ARG] 1A:2036 [A] r:92 [ARG] a:2014 [A] ❌ 7K00_r_a
1W:13 [SER] 1A:2034 [G] r:13 [SER] a:2012 [G] ❌ 7K00_r_a
1W:61 [ASN] 1A:511 [C] r:61 [ASN] a:485 [C] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:82 [LEU] 1A:1369 [U] r:82 [MET] a:1323 [C] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:86 [LEU] 1A:1660 [A] r:86 [MET] a:1614 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:90 [ARG] 1A:794 [U] r:90 [LYS] a:747 [5MU] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:94 [ASP] 1A:794 [U] r:94 [ASP] a:747 [5MU] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:95 [ILE] 1A:1306 [G] r:95 [ARG] a:1260 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:95 [ILE] 1A:1307 [C] r:95 [ARG] a:1261 [C] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:98 [LYS] 1A:1368 [A] r:98 [LYS] a:1322 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:99 [ARG] 1A:1312 [G] r:99 [ARG] a:1266 [G] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:99 [ARG] 1A:2035 [A] r:99 [ARG] a:2013 [A] ❌ 4Y4O_1W_1A
1W:88 [ARG] 1A:2624 [C] r:88 [ARG] a:2612 [C] ❌ 7K00_a:2612 no longer at interface
1W:40 [ASN] 1A:2030 [C] r:40 [ASN] a:2008 [C] ❌ 7K00_a:2008 no longer at interface
1W:8 [ARG] 1A:532 [A] r:8 [ARG] a:507 [A] ❌ 7K00_a:507 no longer at interface
1W:45 [TYR] 1A:1330 [A] r:45 [VAL] a:1284 [A] ❌ 7K00_r:45, 7K00_a:1284 no longer at interface
1W:92 [ARG] 1A:2037 [A] r:92 [ARG] a:2015 [A] ❌ 7K00_a:2015 no longer at interface
1W:78 [GLU] 1A:541 [C] r:78 [GLU] a:516 [C] ❌ 4Y4O_1A:541 no longer at interface
1W:90 [ARG] 1A:793 [A] r:90 [LYS] a:746 [PSU] ❌ 4Y4O_1A:793 no longer at interface
1W:73 [ALA] 1A:544 [U] r:73 [LYS] a:519 [U] ❌ 7K00_r:73 no longer at interface
1W:45 [TYR] 1A:515 [G] r:45 [VAL] a:489 [G] ❌ 7K00_r:45 no longer at interface
1W:45 [TYR] 1A:516 [G] r:45 [VAL] a:491 [G] ❌ 7K00_r:45 no longer at interface
1W:3 [ALA] 1A:520 [G] r:3 [THR] a:495 [G] ❌ 4Y4O_1W:3 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.97 0.75 0.63 0.98 0.96 0.98 0.96 0.92 0.89 0.66 0.33


Other pairs involving 4Y4O_1W_1A or 7K00_r_a

Total number of entries: 15

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_Q_A 7K00_r_a 0.76 0.97 2.05 0.53 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_R_0 4Y4O_1W_1A 0.70 0.92 1.91 0.22 Ribosomal protein L22 compare
1VQ8_R_0 7K00_r_a 0.72 0.91 2.03 0.26 Ribosomal protein L22 compare
1YHQ_R_0 4Y4O_1W_1A 0.70 0.92 1.84 0.22 Ribosomal protein L22 compare
1YHQ_R_0 7K00_r_a 0.71 0.91 1.91 0.26 Ribosomal protein L22 compare
4Y4O_1W_1A 6S0Z_Q_A 0.74 0.97 1.9 0.65 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7K00_r_a 0.92 0.97 0.75 0.63 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7OF0_T_A 0.78 0.94 1.24 0.26 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7ASM_Q_A 0.93 0.96 1.22 0.68 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7O9M_T_A 0.74 0.92 1.04 0.27 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 7RYG_R_A 0.84 0.96 1.0 0.69 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1W_1A 6AZ3_T_1,2 0.69 0.76 1.78 0.22 Ribosomal protein L22 compare
4Y4O_1W_1A 7O7Y_BP_B5,B8 0.70 0.9 1.56 0.24 Ribosomal protein L22 compare
6AZ3_T_1,2 7K00_r_a 0.67 0.76 1.93 0.26 Ribosomal protein L22 compare
7ASM_Q_A 7K00_r_a 0.94 0.97 1.55 0.57 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare