Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6AZ3_T
|
6AZ3_1,2
|
6S0Z_Q
|
6S0Z_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
T:117 [VAL] | 1:454 [U] | Q:74 [ALA] | A:564 [U] | ✔ |
T:27 [LYS] | 1:1538 [C] | Q:15 [ARG] | A:1303 [A] | ✔ |
T:27 [LYS] | 1:1539 [G] | Q:15 [ARG] | A:1304 [G] | ✔ |
T:141 [CYS] | 2:2383 [G] | Q:96 [LYS] | A:2039 [G] | ✔ |
T:23 [ARG] | 1:1611 [A] | Q:11 [ARG] | A:1359 [A] | ✔ |
T:129 [THR] | 1:1614 [G] | Q:86 [ARG] | A:1362 [C] | ✔ |
T:129 [THR] | 2:2384 [A] | Q:86 [ARG] | A:2040 [A] | ✔ |
T:20 [SER] | 1:428 [A] | Q:8 [ARG] | A:538 [G] | ✔ |
T:20 [SER] | 1:429 [G] | Q:8 [ARG] | A:539 [G] | ✔ |
T:118 [GLN] | 1:453 [G] | Q:75 [TYR] | A:563 [G] | ✔ |
T:118 [GLN] | 1:454 [U] | Q:75 [TYR] | A:564 [U] | ✔ |
T:30 [PHE] | 1:453 [G] | Q:18 [ARG] | A:563 [G] | ✔ |
T:120 [ASP] | 1:453 [G] | Q:77 [ASN] | A:563 [G] | ✔ |
T:132 [ALA] | 1:933 [A] | Q:89 [GLY] | A:795 [A] | ✔ |
T:37 [ASN] | 1:454 [U] | Q:25 [ARG] | A:564 [U] | ✔ |
T:37 [ASN] | 1:455 [G] | Q:25 [ARG] | A:565 [G] | ✔ |
T:19 [VAL] | 1:428 [A] | Q:7 [ALA] | A:538 [G] | ✔ |
T:86 [LYS] | 2:2380 [A] | Q:42 [ALA] | A:2036 [G] | ✔ |
T:86 [LYS] | 2:2381 [G] | Q:42 [ALA] | A:2037 [G] | ✔ |
T:86 [LYS] | 2:2382 [C] | Q:42 [ALA] | A:2038 [U] | ✔ |
T:138 [PRO] | 2:2384 [A] | Q:93 [ALA] | A:2040 [A] | ✔ |
T:138 [PRO] | 2:2385 [A] | Q:93 [ALA] | A:2041 [A] | ✔ |
T:28 [ASN] | 1:1539 [G] | Q:16 [LYS] | A:1304 [G] | ✔ |
T:104 [GLU] | 1:422 [U] | Q:60 [HIS] | A:532 [C] | ✔ |
T:140 [MET] | 2:2383 [G] | Q:95 [ASN] | A:2039 [G] | ✔ |
T:140 [MET] | 2:2384 [A] | Q:95 [ASN] | A:2040 [A] | ✔ |
T:127 [ARG] | 1:1612 [C] | Q:84 [ARG] | A:1360 [G] | ✔ |
T:105 [LYS] | 1:430 [A] | Q:61 [ASN] | A:540 [G] | ✔ |
T:131 [ARG] | 1:933 [A] | Q:88 [GLN] | A:795 [A] | ✔ |
T:131 [ARG] | 2:1812 [A] | Q:88 [GLN] | A:1659 [C] | ✔ |
T:96 [LYS] | 1:423 [U] | Q:52 [MET] | A:533 [C] | ✔ |
T:119 [VAL] | 1:453 [G] | Q:76 [ALA] | A:563 [G] | ✔ |
T:16 [LYS] | 1:429 [G] | Q:4 [LYS] | A:539 [G] | ✔ |
T:16 [LYS] | 1:430 [A] | Q:4 [LYS] | A:540 [G] | ✔ |
T:136 [ILE] | 2:1811 [C] | Q:91 [ALA] | A:1658 [A] | ✔ |
T:130 [TYR] | 2:1811 [C] | Q:87 [PRO] | A:1658 [A] | ✔ |
T:130 [TYR] | 2:1812 [A] | Q:87 [PRO] | A:1659 [C] | ✔ |
T:125 [MET] | 1:1611 [A] | Q:82 [LEU] | A:1359 [A] | ✔ |
T:97 [ASN] | 1:423 [U] | Q:53 [SER] | A:533 [C] | ✔ |
T:97 [ASN] | 1:428 [A] | Q:53 [SER] | A:538 [G] | ✔ |
T:97 [ASN] | 1:429 [G] | Q:53 [SER] | A:539 [G] | ✔ |
T:85 [ARG] | 2:2380 [A] | Q:41 [LYS] | A:2036 [G] | ✔ |
T:85 [ARG] | 2:2381 [G] | Q:41 [LYS] | A:2037 [G] | ✔ |
T:24 [CYS] | 2:2382 [C] | Q:12 [ILE] | A:2038 [U] | ✔ |
T:135 [ARG] | 1:930 [U] | Q:90 [ARG] | A:792 [U] | ✔ |
T:135 [ARG] | 2:1811 [C] | Q:90 [ARG] | A:1658 [A] | ✔ |
T:139 [TYR] | 2:2383 [G] | Q:94 [ILE] | A:2039 [G] | ✔ |
T:139 [TYR] | 2:2384 [A] | Q:94 [ILE] | A:2040 [A] | ✔ |
T:17 [ALA] | 1:429 [G] | Q:5 [ALA] | A:539 [G] | ✔ |
T:17 [ALA] | 1:430 [A] | Q:5 [ALA] | A:540 [G] | ✔ |
T:25 [HIS] | 1:1539 [G] | Q:13 [ALA] | A:1304 [G] | ✔ |
T:25 [HIS] | 2:2383 [G] | Q:13 [ALA] | A:2039 [G] | ✔ |
T:18 [LYS] | 1:428 [A] | Q:6 [VAL] | A:538 [G] | ✔ |
T:18 [LYS] | 1:429 [G] | Q:6 [VAL] | A:539 [G] | ✔ |
T:18 [LYS] | 1:430 [A] | Q:6 [VAL] | A:540 [G] | ✔ |
T:121 [GLN] | 1:452 [C] | Q:78 [GLU] | A:562 [C] | ✔ |
T:121 [GLN] | 1:1535 [U] | Q:78 [GLU] | A:1300 [G] | ✔ |
T:137 [THR] | 2:2384 [A] | Q:92 [SER] | A:2040 [A] | ✔ |
T:100 [ALA] | 1:423 [U] | Q:56 [ALA] | A:533 [C] | ✔ |
T:124 [ARG] | 1:1534 [U] | Q:81 [THR] | A:1299 [U] | ✔ |
T:101 [ASN] | 1:429 [G] | Q:57 [ASN] | A:539 [G] | ✔ |
T:101 [ASN] | 1:430 [A] | Q:57 [ASN] | A:540 [G] | ✔ |
T:141 [CYS] | 1:1539 [G] | Q:96 [LYS] | A:1304 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:141 [CYS] | 2:2384 [A] | Q:96 [LYS] | A:2040 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:23 [ARG] | 1:1612 [C] | Q:11 [ARG] | A:1360 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:23 [ARG] | 2:2382 [C] | Q:11 [ARG] | A:2038 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:142 [SER] | 1:1539 [G] | Q:97 [ARG] | A:1304 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:30 [PHE] | 1:454 [U] | Q:18 [ARG] | A:564 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:132 [ALA] | 1:930 [U] | Q:89 [GLY] | A:792 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:132 [ALA] | 1:931 [G] | Q:89 [GLY] | A:793 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:132 [ALA] | 1:934 [A] | Q:89 [GLY] | A:796 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:138 [PRO] | 2:2383 [G] | Q:93 [ALA] | A:2039 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:104 [GLU] | 1:423 [U] | Q:60 [HIS] | A:533 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:127 [ARG] | 1:1613 [G] | Q:84 [ARG] | A:1361 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:127 [ARG] | 1:1614 [G] | Q:84 [ARG] | A:1362 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:127 [ARG] | 2:2382 [C] | Q:84 [ARG] | A:2038 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:127 [ARG] | 2:2383 [G] | Q:84 [ARG] | A:2039 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:131 [ARG] | 1:930 [U] | Q:88 [GLN] | A:792 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:131 [ARG] | 1:931 [G] | Q:88 [GLN] | A:793 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:131 [ARG] | 1:934 [A] | Q:88 [GLN] | A:796 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:131 [ARG] | 1:1541 [A2M] | Q:88 [GLN] | A:1306 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:131 [ARG] | 2:2384 [A] | Q:88 [GLN] | A:2040 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:131 [ARG] | 2:2385 [A] | Q:88 [GLN] | A:2041 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:16 [LYS] | 1:431 [G] | Q:4 [LYS] | A:541 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:130 [TYR] | 1:931 [G] | Q:87 [PRO] | A:793 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:130 [TYR] | 1:933 [A] | Q:87 [PRO] | A:795 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:130 [TYR] | 1:1614 [G] | Q:87 [PRO] | A:1362 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:125 [MET] | 1:1612 [C] | Q:82 [LEU] | A:1360 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:135 [ARG] | 2:2385 [A] | Q:90 [ARG] | A:2041 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:139 [TYR] | 1:1542 [OMG] | Q:94 [ILE] | A:1307 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:139 [TYR] | 1:1614 [G] | Q:94 [ILE] | A:1362 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:139 [TYR] | 2:2382 [C] | Q:94 [ILE] | A:2038 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:126 [ARG] | 1:1612 [C] | Q:83 [LYS] | A:1360 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:25 [HIS] | 2:2382 [C] | Q:13 [ALA] | A:2038 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:137 [THR] | 2:2385 [A] | Q:92 [SER] | A:2041 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:124 [ARG] | 1:1535 [U] | Q:81 [THR] | A:1300 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
T:28 [ASN] | 2:2382 [C] | Q:16 [LYS] | A:2038 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:28 [ASN] | 2:2383 [G] | Q:16 [LYS] | A:2039 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:30 [PHE] | 1:452 [C] | Q:18 [ARG] | A:562 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:52 [LEU] | 2:2379 [U] | Q:40 [ASN] | A:2035 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:52 [LEU] | 2:2381 [G] | Q:40 [ASN] | A:2037 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:52 [LEU] | 2:2380 [A] | Q:40 [ASN] | A:2036 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:100 [ALA] | 1:422 [U] | Q:56 [ALA] | A:532 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:101 [ASN] | 1:422 [U] | Q:57 [ASN] | A:532 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:104 [GLU] | 1:430 [A] | Q:60 [HIS] | A:540 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:105 [LYS] | 1:431 [G] | Q:61 [ASN] | A:541 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:120 [ASP] | 1:452 [C] | Q:77 [ASN] | A:562 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:126 [ARG] | 1:1534 [U] | Q:83 [LYS] | A:1299 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:127 [ARG] | 1:1611 [A] | Q:84 [ARG] | A:1359 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:129 [THR] | 2:1811 [C] | Q:86 [ARG] | A:1658 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:129 [THR] | 1:1542 [OMG] | Q:86 [ARG] | A:1307 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:129 [THR] | 2:2383 [G] | Q:86 [ARG] | A:2039 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:129 [THR] | 1:1541 [A2M] | Q:86 [ARG] | A:1306 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:131 [ARG] | 1:1614 [G] | Q:88 [GLN] | A:1362 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:131 [ARG] | 1:1613 [G] | Q:88 [GLN] | A:1361 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:132 [ALA] | 2:1811 [C] | Q:89 [GLY] | A:1658 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:132 [ALA] | 2:1812 [A] | Q:89 [GLY] | A:1659 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:135 [ARG] | 1:933 [A] | Q:90 [ARG] | A:795 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:135 [ARG] | 1:931 [G] | Q:90 [ARG] | A:793 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:135 [ARG] | 1:934 [A] | Q:90 [ARG] | A:796 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 1:1613 [G] | Q:96 [LYS] | A:1361 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 2:2382 [C] | Q:96 [LYS] | A:2038 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 1:1612 [C] | Q:96 [LYS] | A:1360 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:142 [SER] | 2:2383 [G] | Q:97 [ARG] | A:2039 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:142 [SER] | 1:1535 [U] | Q:97 [ARG] | A:1300 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:142 [SER] | 2:2384 [A] | Q:97 [ARG] | A:2040 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:127 [ARG] | 1:1615 [C] | Q:84 [ARG] | A:1363 [U] | ❌ 6S0Z_A:1363 no longer at interface |
T:85 [ARG] | 1:1574 [A] | Q:41 [LYS] | A:1323 [A] | ❌ 6S0Z_A:1323 no longer at interface |
T:135 [ARG] | 2:2386 [A2M] | Q:90 [ARG] | A:2042 [A] | ❌ 6S0Z_A:2042 no longer at interface |
T:139 [TYR] | 1:1615 [C] | Q:94 [ILE] | A:1363 [U] | ❌ 6S0Z_A:1363 no longer at interface |
T:22 [LEU] | 1:427 [A] | Q:10 [ILE] | A:537 [A] | ❌ 6AZ3_T:22, 6AZ3_1:427 no longer at interface |
T:23 [ARG] | 1:1610 [A] | Q:11 [ARG] | A:1358 [A] | ❌ 6AZ3_1:1610 no longer at interface |
T:23 [ARG] | 1:443 [A] | Q:11 [ARG] | A:553 [A] | ❌ 6AZ3_1:443 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:425 [G] | Q:49 [LYS] | A:535 [G] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:425 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:424 [G] | Q:49 [LYS] | A:534 [G] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:424 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:426 [A] | Q:49 [LYS] | A:536 [A] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:426 no longer at interface |
T:104 [GLU] | 1:421 [U] | Q:60 [HIS] | A:531 [C] | ❌ 6AZ3_1:421 no longer at interface |
T:19 [VAL] | 1:427 [A] | Q:7 [ALA] | A:537 [A] | ❌ 6AZ3_1:427 no longer at interface |
T:121 [GLN] | 1:451 [U] | Q:78 [GLU] | A:561 [C] | ❌ 6AZ3_1:451 no longer at interface |
T:123 [ALA] | 1:443 [A] | Q:80 [PRO] | A:553 [A] | ❌ 6AZ3_T:123, 6AZ3_1:443 no longer at interface |
T:125 [MET] | 1:443 [A] | Q:82 [LEU] | A:553 [A] | ❌ 6AZ3_1:443 no longer at interface |
T:131 [ARG] | 1:932 [C] | Q:88 [GLN] | A:794 [A] | ❌ 6AZ3_1:932 no longer at interface |
T:131 [ARG] | 1:1544 [A] | Q:88 [GLN] | A:1309 [G] | ❌ 6AZ3_1:1544 no longer at interface |
T:21 [ASP] | 1:443 [A] | Q:9 [THR] | A:553 [A] | ❌ 6AZ3_T:21, 6AZ3_1:443 no longer at interface |
T:87 [SER] | 2:2381 [G] | Q:43 [SER] | A:2037 [G] | ❌ 6S0Z_Q:43 no longer at interface |
T:26 [TYR] | 1:452 [C] | Q:14 [PRO] | A:562 [C] | ❌ 6S0Z_Q:14 no longer at interface |
T:26 [TYR] | 1:453 [G] | Q:14 [PRO] | A:563 [G] | ❌ 6S0Z_Q:14 no longer at interface |
T:26 [TYR] | 1:1539 [G] | Q:14 [PRO] | A:1304 [G] | ❌ 6S0Z_Q:14 no longer at interface |
T:34 [ASN] | 1:453 [G] | Q:22 [ASP] | A:563 [G] | ❌ 6S0Z_Q:22 no longer at interface |
T:34 [ASN] | 1:454 [U] | Q:22 [ASP] | A:564 [U] | ❌ 6S0Z_Q:22 no longer at interface |
T:128 [ARG] | 1:1614 [G] | Q:85 [PHE] | A:1362 [C] | ❌ 6S0Z_Q:85 no longer at interface |
T:116 [HIS] | 1:454 [U] | Q:73 [GLU] | A:564 [U] | ❌ 6S0Z_Q:73 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:423 [U] | Q:49 [LYS] | A:533 [C] | ❌ 6AZ3_T:93 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L22 | 0.76 | 2.4 | 0.14 | 0.89 | 0.76 | 0.86 | 0.7 | 0.51 | 0.46 | 0.13 | 0.30 |
Other pairs involving 6AZ3_T_1,2 or 6S0Z_Q_A
Total number of entries: 19