Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6AZ3_T
|
6AZ3_1,2
|
7K00_r
|
7K00_a
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
T:117 [VAL] | 1:454 [U] | r:74 [ILE] | a:519 [U] | ✔ |
T:134 [GLY] | 1:934 [A] | r:91 [GLY] | a:751 [A] | ✔ |
T:134 [GLY] | 2:1811 [C] | r:91 [GLY] | a:1614 [A] | ✔ |
T:27 [LYS] | 1:1538 [C] | r:15 [GLN] | a:1265 [A] | ✔ |
T:27 [LYS] | 1:1539 [G] | r:15 [GLN] | a:1266 [G] | ✔ |
T:141 [CYS] | 2:2383 [G] | r:98 [LYS] | a:2012 [G] | ✔ |
T:23 [ARG] | 1:1611 [A] | r:11 [ARG] | a:1322 [A] | ✔ |
T:23 [ARG] | 2:2382 [C] | r:11 [ARG] | a:2011 [U] | ✔ |
T:129 [THR] | 1:1614 [G] | r:86 [MET] | a:1325 [U] | ✔ |
T:20 [SER] | 1:428 [A] | r:8 [ARG] | a:493 [G] | ✔ |
T:20 [SER] | 1:429 [G] | r:8 [ARG] | a:494 [G] | ✔ |
T:118 [GLN] | 1:453 [G] | r:75 [PHE] | a:518 [G] | ✔ |
T:118 [GLN] | 1:454 [U] | r:75 [PHE] | a:519 [U] | ✔ |
T:142 [SER] | 1:1539 [G] | r:99 [ARG] | a:1266 [G] | ✔ |
T:30 [PHE] | 1:453 [G] | r:18 [ARG] | a:518 [G] | ✔ |
T:87 [SER] | 2:2381 [G] | r:43 [ALA] | a:2010 [G] | ✔ |
T:120 [ASP] | 1:453 [G] | r:77 [ASP] | a:518 [G] | ✔ |
T:132 [ALA] | 1:930 [U] | r:89 [ALA] | a:747 [5MU] | ✔ |
T:132 [ALA] | 1:931 [G] | r:89 [ALA] | a:748 [G] | ✔ |
T:132 [ALA] | 1:933 [A] | r:89 [ALA] | a:750 [A] | ✔ |
T:132 [ALA] | 1:934 [A] | r:89 [ALA] | a:751 [A] | ✔ |
T:37 [ASN] | 1:454 [U] | r:25 [ARG] | a:519 [U] | ✔ |
T:37 [ASN] | 1:455 [G] | r:25 [ARG] | a:520 [G] | ✔ |
T:19 [VAL] | 1:428 [A] | r:7 [HIS] | a:493 [G] | ✔ |
T:86 [LYS] | 2:2380 [A] | r:42 [LYS] | a:2009 [A] | ✔ |
T:86 [LYS] | 2:2381 [G] | r:42 [LYS] | a:2010 [G] | ✔ |
T:86 [LYS] | 2:2382 [C] | r:42 [LYS] | a:2011 [U] | ✔ |
T:138 [PRO] | 2:2384 [A] | r:95 [ARG] | a:2013 [A] | ✔ |
T:138 [PRO] | 2:2385 [A] | r:95 [ARG] | a:2014 [A] | ✔ |
T:28 [ASN] | 1:1539 [G] | r:16 [LYS] | a:1266 [G] | ✔ |
T:104 [GLU] | 1:422 [U] | r:60 [HIS] | a:486 [C] | ✔ |
T:140 [MET] | 2:2383 [G] | r:97 [LEU] | a:2012 [G] | ✔ |
T:140 [MET] | 2:2384 [A] | r:97 [LEU] | a:2013 [A] | ✔ |
T:127 [ARG] | 1:1612 [C] | r:84 [ARG] | a:1323 [C] | ✔ |
T:105 [LYS] | 1:430 [A] | r:61 [ASN] | a:495 [G] | ✔ |
T:131 [ARG] | 1:930 [U] | r:88 [ARG] | a:747 [5MU] | ✔ |
T:131 [ARG] | 1:931 [G] | r:88 [ARG] | a:748 [G] | ✔ |
T:131 [ARG] | 1:933 [A] | r:88 [ARG] | a:750 [A] | ✔ |
T:131 [ARG] | 1:934 [A] | r:88 [ARG] | a:751 [A] | ✔ |
T:131 [ARG] | 1:1541 [A2M] | r:88 [ARG] | a:1268 [A] | ✔ |
T:131 [ARG] | 2:1812 [A] | r:88 [ARG] | a:1615 [C] | ✔ |
T:131 [ARG] | 2:2384 [A] | r:88 [ARG] | a:2013 [A] | ✔ |
T:131 [ARG] | 2:2385 [A] | r:88 [ARG] | a:2014 [A] | ✔ |
T:34 [ASN] | 1:454 [U] | r:22 [ASP] | a:519 [U] | ✔ |
T:96 [LYS] | 1:423 [U] | r:52 [GLU] | a:487 [C] | ✔ |
T:119 [VAL] | 1:453 [G] | r:76 [VAL] | a:518 [G] | ✔ |
T:16 [LYS] | 1:429 [G] | r:4 [ILE] | a:494 [G] | ✔ |
T:16 [LYS] | 1:430 [A] | r:4 [ILE] | a:495 [G] | ✔ |
T:136 [ILE] | 2:1811 [C] | r:93 [ALA] | a:1614 [A] | ✔ |
T:130 [TYR] | 2:1811 [C] | r:87 [PRO] | a:1614 [A] | ✔ |
T:130 [TYR] | 2:1812 [A] | r:87 [PRO] | a:1615 [C] | ✔ |
T:125 [MET] | 1:1611 [A] | r:82 [MET] | a:1322 [A] | ✔ |
T:125 [MET] | 1:1612 [C] | r:82 [MET] | a:1323 [C] | ✔ |
T:83 [TRP] | 2:2380 [A] | r:40 [ASN] | a:2009 [A] | ✔ |
T:97 [ASN] | 1:423 [U] | r:53 [SER] | a:487 [C] | ✔ |
T:97 [ASN] | 1:428 [A] | r:53 [SER] | a:493 [G] | ✔ |
T:97 [ASN] | 1:429 [G] | r:53 [SER] | a:494 [G] | ✔ |
T:24 [CYS] | 2:2382 [C] | r:12 [SER] | a:2011 [U] | ✔ |
T:135 [ARG] | 1:930 [U] | r:92 [ARG] | a:747 [5MU] | ✔ |
T:135 [ARG] | 2:1811 [C] | r:92 [ARG] | a:1614 [A] | ✔ |
T:139 [TYR] | 2:2383 [G] | r:96 [ILE] | a:2012 [G] | ✔ |
T:139 [TYR] | 2:2384 [A] | r:96 [ILE] | a:2013 [A] | ✔ |
T:133 [HIS] | 1:929 [G] | r:90 [LYS] | a:746 [PSU] | ✔ |
T:133 [HIS] | 1:930 [U] | r:90 [LYS] | a:747 [5MU] | ✔ |
T:133 [HIS] | 1:931 [G] | r:90 [LYS] | a:748 [G] | ✔ |
T:133 [HIS] | 1:934 [A] | r:90 [LYS] | a:751 [A] | ✔ |
T:84 [PRO] | 2:2380 [A] | r:41 [LYS] | a:2009 [A] | ✔ |
T:84 [PRO] | 2:2381 [G] | r:41 [LYS] | a:2010 [G] | ✔ |
T:17 [ALA] | 1:429 [G] | r:5 [ALA] | a:494 [G] | ✔ |
T:17 [ALA] | 1:430 [A] | r:5 [ALA] | a:495 [G] | ✔ |
T:25 [HIS] | 1:1539 [G] | r:13 [SER] | a:1266 [G] | ✔ |
T:18 [LYS] | 1:428 [A] | r:6 [LYS] | a:493 [G] | ✔ |
T:18 [LYS] | 1:429 [G] | r:6 [LYS] | a:494 [G] | ✔ |
T:18 [LYS] | 1:430 [A] | r:6 [LYS] | a:495 [G] | ✔ |
T:121 [GLN] | 1:452 [C] | r:78 [GLU] | a:517 [C] | ✔ |
T:121 [GLN] | 1:1535 [U] | r:78 [GLU] | a:1262 [A] | ✔ |
T:137 [THR] | 2:2384 [A] | r:94 [ASP] | a:2013 [A] | ✔ |
T:137 [THR] | 2:2385 [A] | r:94 [ASP] | a:2014 [A] | ✔ |
T:100 [ALA] | 1:423 [U] | r:56 [ALA] | a:487 [C] | ✔ |
T:101 [ASN] | 1:429 [G] | r:57 [ASN] | a:494 [G] | ✔ |
T:101 [ASN] | 1:430 [A] | r:57 [ASN] | a:495 [G] | ✔ |
T:141 [CYS] | 1:1539 [G] | r:98 [LYS] | a:1266 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:141 [CYS] | 2:2384 [A] | r:98 [LYS] | a:2013 [A] | ❌ 7K00_r_a |
T:23 [ARG] | 1:1612 [C] | r:11 [ARG] | a:1323 [C] | ❌ 7K00_r_a |
T:129 [THR] | 2:2384 [A] | r:86 [MET] | a:2013 [A] | ❌ 7K00_r_a |
T:30 [PHE] | 1:454 [U] | r:18 [ARG] | a:519 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:138 [PRO] | 2:2383 [G] | r:95 [ARG] | a:2012 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:104 [GLU] | 1:423 [U] | r:60 [HIS] | a:487 [C] | ❌ 7K00_r_a |
T:127 [ARG] | 1:1613 [G] | r:84 [ARG] | a:1324 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:127 [ARG] | 1:1614 [G] | r:84 [ARG] | a:1325 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:127 [ARG] | 1:1615 [C] | r:84 [ARG] | a:1326 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:127 [ARG] | 2:2382 [C] | r:84 [ARG] | a:2011 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:127 [ARG] | 2:2383 [G] | r:84 [ARG] | a:2012 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:34 [ASN] | 1:453 [G] | r:22 [ASP] | a:518 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:128 [ARG] | 1:1614 [G] | r:85 [ILE] | a:1325 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:16 [LYS] | 1:431 [G] | r:4 [ILE] | a:496 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:130 [TYR] | 1:931 [G] | r:87 [PRO] | a:748 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:130 [TYR] | 1:933 [A] | r:87 [PRO] | a:750 [A] | ❌ 7K00_r_a |
T:130 [TYR] | 1:1614 [G] | r:87 [PRO] | a:1325 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:135 [ARG] | 2:2385 [A] | r:92 [ARG] | a:2014 [A] | ❌ 7K00_r_a |
T:139 [TYR] | 1:1614 [G] | r:96 [ILE] | a:1325 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:139 [TYR] | 1:1615 [C] | r:96 [ILE] | a:1326 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:139 [TYR] | 2:2382 [C] | r:96 [ILE] | a:2011 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:126 [ARG] | 1:1612 [C] | r:83 [LYS] | a:1323 [C] | ❌ 7K00_r_a |
T:25 [HIS] | 2:2382 [C] | r:13 [SER] | a:2011 [U] | ❌ 7K00_r_a |
T:25 [HIS] | 2:2383 [G] | r:13 [SER] | a:2012 [G] | ❌ 7K00_r_a |
T:124 [ARG] | 1:1534 [U] | r:81 [SER] | a:1261 [C] | ❌ 7K00_r_a |
T:124 [ARG] | 1:1535 [U] | r:81 [SER] | a:1262 [A] | ❌ 7K00_r_a |
T:23 [ARG] | 2:2383 [G] | r:11 [ARG] | a:2012 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:28 [ASN] | 2:2383 [G] | r:16 [LYS] | a:2012 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:28 [ASN] | 2:2382 [C] | r:16 [LYS] | a:2011 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:30 [PHE] | 1:452 [C] | r:18 [ARG] | a:517 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:83 [TRP] | 2:2381 [G] | r:40 [ASN] | a:2010 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:100 [ALA] | 1:422 [U] | r:56 [ALA] | a:486 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:101 [ASN] | 1:422 [U] | r:57 [ASN] | a:486 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:104 [GLU] | 1:430 [A] | r:60 [HIS] | a:495 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:105 [LYS] | 1:431 [G] | r:61 [ASN] | a:496 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:120 [ASP] | 1:452 [C] | r:77 [ASP] | a:517 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:126 [ARG] | 1:1534 [U] | r:83 [LYS] | a:1261 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:127 [ARG] | 1:1611 [A] | r:84 [ARG] | a:1322 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:128 [ARG] | 2:1811 [C] | r:85 [ILE] | a:1614 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:129 [THR] | 2:1811 [C] | r:86 [MET] | a:1614 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:131 [ARG] | 2:1811 [C] | r:88 [ARG] | a:1614 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:137 [THR] | 1:930 [U] | r:94 [ASP] | a:747 [5MU] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:138 [PRO] | 1:1534 [U] | r:95 [ARG] | a:1261 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:140 [MET] | 1:1535 [U] | r:97 [LEU] | a:1262 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 1:1615 [C] | r:98 [LYS] | a:1326 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 1:1611 [A] | r:98 [LYS] | a:1322 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 1:1612 [C] | r:98 [LYS] | a:1323 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 1:1613 [G] | r:98 [LYS] | a:1324 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:141 [CYS] | 2:2382 [C] | r:98 [LYS] | a:2011 [U] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:142 [SER] | 1:1535 [U] | r:99 [ARG] | a:1262 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:142 [SER] | 2:2383 [G] | r:99 [ARG] | a:2012 [G] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:142 [SER] | 2:2384 [A] | r:99 [ARG] | a:2013 [A] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:142 [SER] | 1:1534 [U] | r:99 [ARG] | a:1261 [C] | ❌ 6AZ3_T_1,2 |
T:83 [TRP] | 2:2379 [U] | r:40 [ASN] | a:2008 [C] | ❌ 7K00_a:2008 no longer at interface |
T:135 [ARG] | 2:2386 [A2M] | r:92 [ARG] | a:2015 [A] | ❌ 7K00_a:2015 no longer at interface |
T:139 [TYR] | 1:1542 [OMG] | r:96 [ILE] | a:1269 [A] | ❌ 7K00_a:1269 no longer at interface |
T:86 [LYS] | 1:1616 [A] | r:42 [LYS] | a:1327 [A] | ❌ 6AZ3_1:1616 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:424 [G] | r:49 [LYS] | a:488 [G] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:424 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:425 [G] | r:49 [LYS] | a:489 [G] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:425 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:426 [A] | r:49 [LYS] | a:491 [G] | ❌ 6AZ3_T:93, 6AZ3_1:426 no longer at interface |
T:104 [GLU] | 1:421 [U] | r:60 [HIS] | a:485 [C] | ❌ 6AZ3_1:421 no longer at interface |
T:105 [LYS] | 1:421 [U] | r:61 [ASN] | a:485 [C] | ❌ 6AZ3_1:421 no longer at interface |
T:19 [VAL] | 1:427 [A] | r:7 [HIS] | a:492 [A] | ❌ 6AZ3_1:427 no longer at interface |
T:121 [GLN] | 1:451 [U] | r:78 [GLU] | a:516 [C] | ❌ 6AZ3_1:451 no longer at interface |
T:123 [ALA] | 1:443 [A] | r:80 [PRO] | a:508 [A] | ❌ 6AZ3_T:123, 6AZ3_1:443 no longer at interface |
T:126 [ARG] | 1:1533 [G] | r:83 [LYS] | a:1260 [A] | ❌ 6AZ3_1:1533 no longer at interface |
T:131 [ARG] | 2:3203 [A] | r:88 [ARG] | a:2613 [U] | ❌ 6AZ3_2:3203 no longer at interface |
T:21 [ASP] | 1:443 [A] | r:9 [HIS] | a:508 [A] | ❌ 6AZ3_T:21, 6AZ3_1:443 no longer at interface |
T:138 [PRO] | 1:1533 [G] | r:95 [ARG] | a:1260 [A] | ❌ 6AZ3_1:1533 no longer at interface |
T:26 [TYR] | 1:452 [C] | r:14 [ALA] | a:517 [C] | ❌ 7K00_r:14 no longer at interface |
T:26 [TYR] | 1:453 [G] | r:14 [ALA] | a:518 [G] | ❌ 7K00_r:14 no longer at interface |
T:26 [TYR] | 1:1539 [G] | r:14 [ALA] | a:1266 [G] | ❌ 7K00_r:14 no longer at interface |
T:116 [HIS] | 1:454 [U] | r:73 [LYS] | a:519 [U] | ❌ 7K00_r:73 no longer at interface |
T:15 [ALA] | 1:430 [A] | r:3 [THR] | a:495 [G] | ❌ 6AZ3_T:15 no longer at interface |
T:93 [SER] | 1:423 [U] | r:49 [LYS] | a:487 [C] | ❌ 6AZ3_T:93 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L22 | 0.76 | 1.93 | 0.26 | 0.91 | 0.76 | 0.87 | 0.7 | 0.67 | 0.58 | 0.15 | 0.29 |
Other pairs involving 6AZ3_T_1,2 or 7K00_r_a
Total number of entries: 15