RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group134 > 6S0Z_Q_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0Z_Q
6S0Z_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
Q:4 [LYS] A:539 [G] 4.74 A:532 [C] 40.76
Q:4 [LYS] A:540 [G] 3.69 A:531 [C] 40.76
Q:5 [ALA] A:539 [G] 4.05 A:532 [C] 88.94
Q:5 [ALA] A:540 [G] 4.99 A:531 [C] 88.94
Q:6 [VAL] A:538 [G] 3.63 A:533 [C] sugar:BB 34.4
Q:6 [VAL] A:539 [G] 3.44 A:532 [C] sugar:BB 34.4
Q:6 [VAL] A:540 [G] 4.55 A:531 [C] 34.4
Q:7 [ALA] A:537 [A] 4.95 A:534 [G] 43.43
Q:7 [ALA] A:538 [G] 3.35 A:533 [C] 43.43
Q:8 [ARG] A:538 [G] 2.84 A:533 [C] sugar:BB 76.45
Q:8 [ARG] A:539 [G] 3.35 A:532 [C] 76.45
Q:9 [THR] A:553 [A] 3.54 57.44
Q:10 [ILE] A:537 [A] 4.46 A:534 [G] 66.69
Q:11 [ARG] A:553 [A] 4.77 84.09
Q:11 [ARG] A:1358 [A] 3.68 84.09
Q:11 [ARG] A:1359 [A] 3.16 84.09
Q:12 [ILE] A:2038 [U] 4.12 A:1307 [G] 71.34
Q:13 [ALA] A:1304 [G] 3.4 A:1305 [U] 90.68
Q:13 [ALA] A:2039 [G] 4.82 A:1306 [A] 90.68
Q:15 [ARG] A:1303 [A] 3.96 63.54
Q:15 [ARG] A:1304 [G] 2.9 A:1305 [U] base/AA stacks 63.54
Q:16 [LYS] A:1304 [G] 3.58 A:1305 [U] 99.0
Q:16 [LYS] A:2038 [U] 3.11 A:1307 [G] 99.0
Q:16 [LYS] A:2039 [G] 2.99 A:1306 [A] base:SC 99.0
Q:18 [ARG] A:562 [C] 2.8 A:23 [G] sugar:SC, sugar:SC 82.16
Q:18 [ARG] A:563 [G] 3.19 A:22 [C] 82.16
Q:25 [ARG] A:564 [U] 3.71 A:21 [A] 83.33
Q:25 [ARG] A:565 [G] 3.48 A:20 [C] 83.33
Q:40 [ASN] A:2035 [C] 4.99 A:1693 [G] 63.71
Q:40 [ASN] A:2036 [G] 3.66 A:1692 [C] 63.71
Q:40 [ASN] A:2037 [G] 4.66 A:1308 [C] 63.71
Q:41 [LYS] A:2036 [G] 2.99 A:1692 [C] 60.97
Q:41 [LYS] A:2037 [G] 3.36 A:1308 [C] 60.97
Q:42 [ALA] A:2036 [G] 4.72 A:1692 [C] 69.9
Q:42 [ALA] A:2037 [G] 3.27 A:1308 [C] 69.9
Q:42 [ALA] A:2038 [U] 4.39 A:1307 [G] 69.9
Q:49 [LYS] A:533 [C] 4.76 A:538 [G] 81.76
Q:49 [LYS] A:534 [G] 3.44 A:537 [A] sugar:SC 81.76
Q:49 [LYS] A:535 [G] 3.45 base:SC 81.76
Q:49 [LYS] A:536 [A] 3.98 81.76
Q:52 [MET] A:533 [C] 3.86 A:538 [G] 50.18
Q:53 [SER] A:533 [C] 3.21 A:538 [G] base:SC 95.0
Q:53 [SER] A:538 [G] 3.62 A:533 [C] 95.0
Q:53 [SER] A:539 [G] 4.53 A:532 [C] 95.0
Q:56 [ALA] A:532 [C] 4.25 A:539 [G] 87.46
Q:56 [ALA] A:533 [C] 3.32 A:538 [G] 87.46
Q:57 [ASN] A:532 [C] 4.02 A:539 [G] 93.44
Q:57 [ASN] A:539 [G] 3.36 A:532 [C] base:SC 93.44
Q:57 [ASN] A:540 [G] 3.25 A:531 [C] 93.44
Q:60 [HIS] A:531 [C] 3.14 A:540 [G] sugar:SC 64.82
Q:60 [HIS] A:532 [C] 3.28 A:539 [G] 64.82
Q:60 [HIS] A:540 [G] 4.69 A:531 [C] 64.82
Q:61 [ASN] A:540 [G] 3.08 A:531 [C] sugar:SC 73.07
Q:61 [ASN] A:541 [G] 4.26 A:530 [C] 73.07
Q:62 [TYR] A:540 [G] 4.13 A:531 [C] 7.4
Q:62 [TYR] A:541 [G] 3.54 A:530 [C] 7.4
Q:74 [ALA] A:564 [U] 4.79 A:21 [A] 70.59
Q:75 [TYR] A:23 [G] 4.64 A:562 [C] 0.0
Q:75 [TYR] A:563 [G] 4.34 A:22 [C] 0.0
Q:75 [TYR] A:564 [U] 4.3 A:21 [A] 0.0
Q:76 [ALA] A:563 [G] 3.74 A:22 [C] 84.65
Q:77 [ASN] A:23 [G] 2.96 A:562 [C] base:SC, sugar:SC 76.32
Q:77 [ASN] A:24 [G] 3.56 A:561 [C] 76.32
Q:77 [ASN] A:562 [C] 4.46 A:23 [G] 76.32
Q:77 [ASN] A:563 [G] 4.22 A:22 [C] 76.32
Q:78 [GLU] A:24 [G] 2.57 A:561 [C] sugar:BB 52.55
Q:78 [GLU] A:25 [U] 3.31 A:560 [A] 52.55
Q:78 [GLU] A:561 [C] 4.54 A:24 [G] 52.55
Q:78 [GLU] A:562 [C] 2.89 A:23 [G] sugar:SC 52.55
Q:78 [GLU] A:1300 [G] 3.98 A:2044 [C] 52.55
Q:79 [GLY] A:24 [G] 4.81 A:561 [C] 87.21
Q:79 [GLY] A:25 [U] 4.09 A:560 [A] 87.21
Q:80 [PRO] A:25 [U] 4.05 A:560 [A] 70.86
Q:80 [PRO] A:26 [G] 3.28 A:559 [A] 70.86
Q:80 [PRO] A:553 [A] 3.54 70.86
Q:81 [THR] A:26 [G] 4.55 A:559 [A] 59.82
Q:81 [THR] A:1299 [U] 3.91 A:622 [A] 59.82
Q:82 [LEU] A:553 [A] 4.89 55.03
Q:82 [LEU] A:1359 [A] 4.89 55.03
Q:83 [LYS] A:1299 [U] 3.37 A:622 [A] 87.82
Q:84 [ARG] A:1359 [A] 3.67 95.67
Q:84 [ARG] A:1360 [G] 3.67 A:1368 [C] 95.67
Q:86 [ARG] A:1306 [A] 4.24 A:2039 [G] 68.12
Q:86 [ARG] A:1307 [G] 3.94 A:2038 [U] 68.12
Q:86 [ARG] A:1362 [C] 2.66 base:SC 68.12
Q:86 [ARG] A:1658 [A] 4.51 68.12
Q:86 [ARG] A:2039 [G] 4.69 A:1306 [A] 68.12
Q:86 [ARG] A:2040 [A] 4.9 A:2640 [U] 68.12
Q:87 [PRO] A:1658 [A] 3.02 74.49
Q:87 [PRO] A:1659 [C] 3.21 74.49
Q:88 [GLN] A:794 [A] 4.85 81.95
Q:88 [GLN] A:795 [A] 4.11 A:790 [G] 81.95
Q:88 [GLN] A:1309 [G] 3.28 base:BB 81.95
Q:88 [GLN] A:1361 [G] 4.42 A:1367 [C] 81.95
Q:88 [GLN] A:1362 [C] 3.22 base/AA stacks 81.95
Q:88 [GLN] A:1659 [C] 3.82 81.95
Q:89 [GLY] A:795 [A] 4.33 A:790 [G] 98.65
Q:89 [GLY] A:1658 [A] 2.88 base:BB 98.65
Q:89 [GLY] A:1659 [C] 4.35 98.65
Q:90 [ARG] A:792 [U] 4.37 A:2041 [A] 77.05
Q:90 [ARG] A:793 [G] 3.79 77.05
Q:90 [ARG] A:795 [A] 4.59 A:790 [G] 77.05
Q:90 [ARG] A:796 [A] 2.26 sugar:SC 77.05
Q:90 [ARG] A:1658 [A] 3.59 77.05
Q:91 [ALA] A:1658 [A] 3.69 78.84
Q:92 [SER] A:2040 [A] 3.72 A:2640 [U] 65.7
Q:93 [ALA] A:2040 [A] 3.34 A:2640 [U] sugar:BB 45.68
Q:93 [ALA] A:2041 [A] 4.61 A:792 [U] 45.68
Q:94 [ILE] A:2039 [G] 3.88 A:1306 [A] 89.26
Q:94 [ILE] A:2040 [A] 3.95 A:2640 [U] 89.26
Q:95 [ASN] A:2039 [G] 4.07 A:1306 [A] 56.32
Q:95 [ASN] A:2040 [A] 2.78 A:2640 [U] 56.32
Q:96 [LYS] A:1360 [G] 3.23 A:1368 [C] 85.36
Q:96 [LYS] A:1361 [G] 3.73 A:1367 [C] 85.36
Q:96 [LYS] A:2038 [U] 4.8 A:1307 [G] 85.36
Q:96 [LYS] A:2039 [G] 3.67 A:1306 [A] 85.36
Q:97 [ARG] A:1300 [G] 3.07 A:2044 [C] 87.23
Q:97 [ARG] A:2039 [G] 4.51 A:1306 [A] 87.23
Q:97 [ARG] A:2040 [A] 4.91 A:2640 [U] 87.23
Q:100 [HIS] A:24 [G] 3.77 A:561 [C] 93.16
Q:100 [HIS] A:25 [U] 3.45 A:560 [A] 93.16

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group134 6S0Z_Q_A Q: 50s ribosomal protein l22, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) A0A077UKF9 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 10

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
1VQ8_R_0 6S0Z_Q_A 0.64 0.92 1.69 0.22 Ribosomal protein L22 compare
1YHQ_R_0 6S0Z_Q_A 0.64 0.92 1.66 0.22 Ribosomal protein L22 compare
4Y4O_1W_1A 6S0Z_Q_A 0.74 0.97 1.9 0.65 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_T_1,2 6S0Z_Q_A 0.51 0.76 2.4 0.14 Ribosomal protein L22 compare
6S0Z_Q_A 7K00_r_a 0.76 0.97 2.05 0.53 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7ASM_Q_A 0.78 0.98 1.46 0.95 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7O7Y_BP_B5,B8 0.58 0.89 1.75 0.2 Ribosomal protein L22 compare
6S0Z_Q_A 7OF0_T_A 0.56 0.93 2.75 0.22 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7RYG_R_A 0.74 0.98 1.7 0.55 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_Q_A 7O9M_T_A 0.61 0.91 1.8 0.2 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare