Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
| 6S0Z_Q
|
6S0Z_A
|
7K00_r
|
7K00_a
|
Conserved?
|
|---|---|---|---|---|
| Q:94 [ILE] | A:2039 [G] | r:96 [ILE] | a:2012 [G] | ✔ |
| Q:94 [ILE] | A:2040 [A] | r:96 [ILE] | a:2013 [A] | ✔ |
| Q:100 [HIS] | A:24 [G] | r:102 [HIS] | a:24 [G] | ✔ |
| Q:100 [HIS] | A:25 [U] | r:102 [HIS] | a:25 [U] | ✔ |
| Q:77 [ASN] | A:23 [G] | r:77 [ASP] | a:23 [G] | ✔ |
| Q:77 [ASN] | A:24 [G] | r:77 [ASP] | a:24 [G] | ✔ |
| Q:77 [ASN] | A:562 [C] | r:77 [ASP] | a:517 [C] | ✔ |
| Q:77 [ASN] | A:563 [G] | r:77 [ASP] | a:518 [G] | ✔ |
| Q:6 [VAL] | A:538 [G] | r:6 [LYS] | a:493 [G] | ✔ |
| Q:6 [VAL] | A:539 [G] | r:6 [LYS] | a:494 [G] | ✔ |
| Q:6 [VAL] | A:540 [G] | r:6 [LYS] | a:495 [G] | ✔ |
| Q:75 [TYR] | A:23 [G] | r:75 [PHE] | a:23 [G] | ✔ |
| Q:75 [TYR] | A:563 [G] | r:75 [PHE] | a:518 [G] | ✔ |
| Q:75 [TYR] | A:564 [U] | r:75 [PHE] | a:519 [U] | ✔ |
| Q:56 [ALA] | A:532 [C] | r:56 [ALA] | a:486 [C] | ✔ |
| Q:56 [ALA] | A:533 [C] | r:56 [ALA] | a:487 [C] | ✔ |
| Q:81 [THR] | A:26 [G] | r:81 [SER] | a:26 [G] | ✔ |
| Q:16 [LYS] | A:1304 [G] | r:16 [LYS] | a:1266 [G] | ✔ |
| Q:16 [LYS] | A:2038 [U] | r:16 [LYS] | a:2011 [U] | ✔ |
| Q:16 [LYS] | A:2039 [G] | r:16 [LYS] | a:2012 [G] | ✔ |
| Q:61 [ASN] | A:540 [G] | r:61 [ASN] | a:495 [G] | ✔ |
| Q:61 [ASN] | A:541 [G] | r:61 [ASN] | a:496 [G] | ✔ |
| Q:57 [ASN] | A:532 [C] | r:57 [ASN] | a:486 [C] | ✔ |
| Q:57 [ASN] | A:539 [G] | r:57 [ASN] | a:494 [G] | ✔ |
| Q:57 [ASN] | A:540 [G] | r:57 [ASN] | a:495 [G] | ✔ |
| Q:52 [MET] | A:533 [C] | r:52 [GLU] | a:487 [C] | ✔ |
| Q:60 [HIS] | A:531 [C] | r:60 [HIS] | a:485 [C] | ✔ |
| Q:60 [HIS] | A:532 [C] | r:60 [HIS] | a:486 [C] | ✔ |
| Q:60 [HIS] | A:540 [G] | r:60 [HIS] | a:495 [G] | ✔ |
| Q:95 [ASN] | A:2039 [G] | r:97 [LEU] | a:2012 [G] | ✔ |
| Q:95 [ASN] | A:2040 [A] | r:97 [LEU] | a:2013 [A] | ✔ |
| Q:91 [ALA] | A:1658 [A] | r:93 [ALA] | a:1614 [A] | ✔ |
| Q:80 [PRO] | A:25 [U] | r:80 [PRO] | a:25 [U] | ✔ |
| Q:80 [PRO] | A:26 [G] | r:80 [PRO] | a:26 [G] | ✔ |
| Q:80 [PRO] | A:553 [A] | r:80 [PRO] | a:508 [A] | ✔ |
| Q:82 [LEU] | A:1359 [A] | r:82 [MET] | a:1322 [A] | ✔ |
| Q:97 [ARG] | A:1300 [G] | r:99 [ARG] | a:1262 [A] | ✔ |
| Q:97 [ARG] | A:2039 [G] | r:99 [ARG] | a:2012 [G] | ✔ |
| Q:97 [ARG] | A:2040 [A] | r:99 [ARG] | a:2013 [A] | ✔ |
| Q:92 [SER] | A:2040 [A] | r:94 [ASP] | a:2013 [A] | ✔ |
| Q:62 [TYR] | A:540 [G] | r:62 [ASP] | a:495 [G] | ✔ |
| Q:74 [ALA] | A:564 [U] | r:74 [ILE] | a:519 [U] | ✔ |
| Q:5 [ALA] | A:539 [G] | r:5 [ALA] | a:494 [G] | ✔ |
| Q:5 [ALA] | A:540 [G] | r:5 [ALA] | a:495 [G] | ✔ |
| Q:88 [GLN] | A:795 [A] | r:88 [ARG] | a:750 [A] | ✔ |
| Q:88 [GLN] | A:1659 [C] | r:88 [ARG] | a:1615 [C] | ✔ |
| Q:18 [ARG] | A:562 [C] | r:18 [ARG] | a:517 [C] | ✔ |
| Q:18 [ARG] | A:563 [G] | r:18 [ARG] | a:518 [G] | ✔ |
| Q:76 [ALA] | A:563 [G] | r:76 [VAL] | a:518 [G] | ✔ |
| Q:11 [ARG] | A:1359 [A] | r:11 [ARG] | a:1322 [A] | ✔ |
| Q:40 [ASN] | A:2036 [G] | r:40 [ASN] | a:2009 [A] | ✔ |
| Q:40 [ASN] | A:2037 [G] | r:40 [ASN] | a:2010 [G] | ✔ |
| Q:4 [LYS] | A:539 [G] | r:4 [ILE] | a:494 [G] | ✔ |
| Q:4 [LYS] | A:540 [G] | r:4 [ILE] | a:495 [G] | ✔ |
| Q:53 [SER] | A:533 [C] | r:53 [SER] | a:487 [C] | ✔ |
| Q:53 [SER] | A:538 [G] | r:53 [SER] | a:493 [G] | ✔ |
| Q:53 [SER] | A:539 [G] | r:53 [SER] | a:494 [G] | ✔ |
| Q:8 [ARG] | A:538 [G] | r:8 [ARG] | a:493 [G] | ✔ |
| Q:8 [ARG] | A:539 [G] | r:8 [ARG] | a:494 [G] | ✔ |
| Q:42 [ALA] | A:2036 [G] | r:42 [LYS] | a:2009 [A] | ✔ |
| Q:42 [ALA] | A:2037 [G] | r:42 [LYS] | a:2010 [G] | ✔ |
| Q:42 [ALA] | A:2038 [U] | r:42 [LYS] | a:2011 [U] | ✔ |
| Q:12 [ILE] | A:2038 [U] | r:12 [SER] | a:2011 [U] | ✔ |
| Q:25 [ARG] | A:564 [U] | r:25 [ARG] | a:519 [U] | ✔ |
| Q:25 [ARG] | A:565 [G] | r:25 [ARG] | a:520 [G] | ✔ |
| Q:79 [GLY] | A:24 [G] | r:79 [GLY] | a:24 [G] | ✔ |
| Q:79 [GLY] | A:25 [U] | r:79 [GLY] | a:25 [U] | ✔ |
| Q:90 [ARG] | A:792 [U] | r:92 [ARG] | a:747 [5MU] | ✔ |
| Q:90 [ARG] | A:1658 [A] | r:92 [ARG] | a:1614 [A] | ✔ |
| Q:93 [ALA] | A:2040 [A] | r:95 [ARG] | a:2013 [A] | ✔ |
| Q:93 [ALA] | A:2041 [A] | r:95 [ARG] | a:2014 [A] | ✔ |
| Q:84 [ARG] | A:1359 [A] | r:84 [ARG] | a:1322 [A] | ✔ |
| Q:84 [ARG] | A:1360 [G] | r:84 [ARG] | a:1323 [C] | ✔ |
| Q:15 [ARG] | A:1303 [A] | r:15 [GLN] | a:1265 [A] | ✔ |
| Q:15 [ARG] | A:1304 [G] | r:15 [GLN] | a:1266 [G] | ✔ |
| Q:49 [LYS] | A:533 [C] | r:49 [LYS] | a:487 [C] | ✔ |
| Q:49 [LYS] | A:534 [G] | r:49 [LYS] | a:488 [G] | ✔ |
| Q:49 [LYS] | A:535 [G] | r:49 [LYS] | a:489 [G] | ✔ |
| Q:49 [LYS] | A:536 [A] | r:49 [LYS] | a:491 [G] | ✔ |
| Q:83 [LYS] | A:1299 [U] | r:83 [LYS] | a:1261 [C] | ✔ |
| Q:87 [PRO] | A:1658 [A] | r:87 [PRO] | a:1614 [A] | ✔ |
| Q:87 [PRO] | A:1659 [C] | r:87 [PRO] | a:1615 [C] | ✔ |
| Q:13 [ALA] | A:1304 [G] | r:13 [SER] | a:1266 [G] | ✔ |
| Q:86 [ARG] | A:1362 [C] | r:86 [MET] | a:1325 [U] | ✔ |
| Q:86 [ARG] | A:1658 [A] | r:86 [MET] | a:1614 [A] | ✔ |
| Q:89 [GLY] | A:795 [A] | r:89 [ALA] | a:750 [A] | ✔ |
| Q:41 [LYS] | A:2036 [G] | r:41 [LYS] | a:2009 [A] | ✔ |
| Q:41 [LYS] | A:2037 [G] | r:41 [LYS] | a:2010 [G] | ✔ |
| Q:96 [LYS] | A:1360 [G] | r:98 [LYS] | a:1323 [C] | ✔ |
| Q:96 [LYS] | A:1361 [G] | r:98 [LYS] | a:1324 [G] | ✔ |
| Q:96 [LYS] | A:2038 [U] | r:98 [LYS] | a:2011 [U] | ✔ |
| Q:96 [LYS] | A:2039 [G] | r:98 [LYS] | a:2012 [G] | ✔ |
| Q:78 [GLU] | A:24 [G] | r:78 [GLU] | a:24 [G] | ✔ |
| Q:78 [GLU] | A:25 [U] | r:78 [GLU] | a:25 [U] | ✔ |
| Q:78 [GLU] | A:561 [C] | r:78 [GLU] | a:516 [C] | ✔ |
| Q:78 [GLU] | A:562 [C] | r:78 [GLU] | a:517 [C] | ✔ |
| Q:78 [GLU] | A:1300 [G] | r:78 [GLU] | a:1262 [A] | ✔ |
| Q:9 [THR] | A:553 [A] | r:9 [HIS] | a:508 [A] | ✔ |
| Q:7 [ALA] | A:537 [A] | r:7 [HIS] | a:492 [A] | ✔ |
| Q:7 [ALA] | A:538 [G] | r:7 [HIS] | a:493 [G] | ✔ |
| Q:81 [THR] | A:1299 [U] | r:81 [SER] | a:1261 [C] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:82 [LEU] | A:553 [A] | r:82 [MET] | a:508 [A] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:62 [TYR] | A:541 [G] | r:62 [ASP] | a:496 [G] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:88 [GLN] | A:1361 [G] | r:88 [ARG] | a:1324 [G] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:88 [GLN] | A:1362 [C] | r:88 [ARG] | a:1325 [U] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:11 [ARG] | A:553 [A] | r:11 [ARG] | a:508 [A] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:90 [ARG] | A:793 [G] | r:92 [ARG] | a:748 [G] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:90 [ARG] | A:795 [A] | r:92 [ARG] | a:750 [A] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:90 [ARG] | A:796 [A] | r:92 [ARG] | a:751 [A] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:13 [ALA] | A:2039 [G] | r:13 [SER] | a:2012 [G] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:86 [ARG] | A:1306 [A] | r:86 [MET] | a:1268 [A] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:86 [ARG] | A:2039 [G] | r:86 [MET] | a:2012 [G] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:86 [ARG] | A:2040 [A] | r:86 [MET] | a:2013 [A] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:89 [GLY] | A:1658 [A] | r:89 [ALA] | a:1614 [A] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:89 [GLY] | A:1659 [C] | r:89 [ALA] | a:1615 [C] | ❌ 7K00_r_a |
| Q:11 [ARG] | A:2038 [U] | r:11 [ARG] | a:2011 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:11 [ARG] | A:2039 [G] | r:11 [ARG] | a:2012 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:61 [ASN] | A:531 [C] | r:61 [ASN] | a:485 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:8 [ARG] | A:25 [U] | r:8 [ARG] | a:25 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:82 [LEU] | A:1360 [G] | r:82 [MET] | a:1323 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:2041 [A] | r:88 [ARG] | a:2014 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:796 [A] | r:88 [ARG] | a:751 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:793 [G] | r:88 [ARG] | a:748 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:1658 [A] | r:88 [ARG] | a:1614 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:1306 [A] | r:88 [ARG] | a:1268 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:2040 [A] | r:88 [ARG] | a:2013 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:792 [U] | r:88 [ARG] | a:747 [5MU] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:89 [GLY] | A:793 [G] | r:89 [ALA] | a:748 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:89 [GLY] | A:792 [U] | r:89 [ALA] | a:747 [5MU] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:89 [GLY] | A:796 [A] | r:89 [ALA] | a:751 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:92 [SER] | A:2041 [A] | r:94 [ASP] | a:2014 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:92 [SER] | A:792 [U] | r:94 [ASP] | a:747 [5MU] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:93 [ALA] | A:1299 [U] | r:95 [ARG] | a:1261 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:95 [ASN] | A:1300 [G] | r:97 [LEU] | a:1262 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:96 [LYS] | A:1359 [A] | r:98 [LYS] | a:1322 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:97 [ARG] | A:1304 [G] | r:99 [ARG] | a:1266 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:97 [ARG] | A:1299 [U] | r:99 [ARG] | a:1261 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
| Q:88 [GLN] | A:794 [A] | r:88 [ARG] | a:749 [A] | ❌ 7K00_a:749 no longer at interface |
| Q:88 [GLN] | A:1309 [G] | r:88 [ARG] | a:1271 [G] | ❌ 7K00_a:1271 no longer at interface |
| Q:11 [ARG] | A:1358 [A] | r:11 [ARG] | a:1321 [A] | ❌ 7K00_a:1321 no longer at interface |
| Q:40 [ASN] | A:2035 [C] | r:40 [ASN] | a:2008 [C] | ❌ 7K00_a:2008 no longer at interface |
| Q:86 [ARG] | A:1307 [G] | r:86 [MET] | a:1269 [A] | ❌ 7K00_a:1269 no longer at interface |
| Q:42 [ALA] | A:1364 [C] | r:42 [LYS] | a:1327 [A] | ❌ 6S0Z_A:1364 no longer at interface |
| Q:83 [LYS] | A:1298 [G] | r:83 [LYS] | a:1260 [A] | ❌ 6S0Z_A:1298 no longer at interface |
| Q:88 [GLN] | A:2640 [U] | r:88 [ARG] | a:2613 [U] | ❌ 6S0Z_A:2640 no longer at interface |
| Q:93 [ALA] | A:1298 [G] | r:95 [ARG] | a:1260 [A] | ❌ 6S0Z_A:1298 no longer at interface |
| Q:96 [LYS] | A:1363 [U] | r:98 [LYS] | a:1326 [U] | ❌ 6S0Z_A:1363 no longer at interface |
| Q:10 [ILE] | A:537 [A] | r:10 [ALA] | a:492 [A] | ❌ 7K00_r:10 no longer at interface |
| Q:22 [ASP] | A:564 [U] | r:22 [ASP] | a:519 [U] | ❌ 6S0Z_Q:22 no longer at interface |
| Q:3 [ALA] | A:540 [G] | r:3 [THR] | a:495 [G] | ❌ 6S0Z_Q:3 no longer at interface |
| Q:43 [SER] | A:2037 [G] | r:43 [ALA] | a:2010 [G] | ❌ 6S0Z_Q:43 no longer at interface |
| Q:85 [PHE] | A:1658 [A] | r:85 [ILE] | a:1614 [A] | ❌ 6S0Z_Q:85 no longer at interface |
Export the table of contacts
Properties of this pair
|
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | 0.97 | 2.05 | 0.53 | 0.94 | 0.97 | 0.98 | 0.89 | 0.76 | 0.76 | 0.53 | 0.29 |
Other pairs involving 6S0Z_Q_A or 7K00_r_a
Total number of entries: 15