Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
6S0Z_Q
|
6S0Z_A
|
7O7Y_BP
|
7O7Y_B5,B8
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
Q:94 [ILE] | A:2039 [G] | BP:139 [TYR] | B5:3591 [G] | ✔ |
Q:94 [ILE] | A:2040 [A] | BP:139 [TYR] | B5:3592 [A] | ✔ |
Q:77 [ASN] | A:562 [C] | BP:120 [ASN] | B5:422 [C] | ✔ |
Q:77 [ASN] | A:563 [G] | BP:120 [ASN] | B5:423 [G] | ✔ |
Q:6 [VAL] | A:538 [G] | BP:18 [ARG] | B5:398 [A2M] | ✔ |
Q:6 [VAL] | A:539 [G] | BP:18 [ARG] | B5:399 [G] | ✔ |
Q:6 [VAL] | A:540 [G] | BP:18 [ARG] | B5:400 [A2M] | ✔ |
Q:75 [TYR] | A:563 [G] | BP:118 [GLN] | B5:423 [G] | ✔ |
Q:75 [TYR] | A:564 [U] | BP:118 [GLN] | B5:424 [U] | ✔ |
Q:56 [ALA] | A:532 [C] | BP:100 [SER] | B5:392 [U] | ✔ |
Q:56 [ALA] | A:533 [C] | BP:100 [SER] | B5:393 [U] | ✔ |
Q:16 [LYS] | A:1304 [G] | BP:28 [ASN] | B5:2204 [G] | ✔ |
Q:16 [LYS] | A:2038 [U] | BP:28 [ASN] | B5:3590 [C] | ✔ |
Q:57 [ASN] | A:539 [G] | BP:101 [ASN] | B5:399 [G] | ✔ |
Q:57 [ASN] | A:540 [G] | BP:101 [ASN] | B5:400 [A2M] | ✔ |
Q:52 [MET] | A:533 [C] | BP:96 [LYS] | B5:393 [U] | ✔ |
Q:60 [HIS] | A:531 [C] | BP:104 [LEU] | B5:391 [U] | ✔ |
Q:60 [HIS] | A:532 [C] | BP:104 [LEU] | B5:392 [U] | ✔ |
Q:60 [HIS] | A:540 [G] | BP:104 [LEU] | B5:400 [A2M] | ✔ |
Q:95 [ASN] | A:2039 [G] | BP:140 [MET] | B5:3591 [G] | ✔ |
Q:95 [ASN] | A:2040 [A] | BP:140 [MET] | B5:3592 [A] | ✔ |
Q:91 [ALA] | A:1658 [A] | BP:136 [ILE] | B5:2637 [C] | ✔ |
Q:82 [LEU] | A:1359 [A] | BP:125 [MET] | B5:2261 [A] | ✔ |
Q:97 [ARG] | A:2039 [G] | BP:142 [SER] | B5:3591 [G] | ✔ |
Q:97 [ARG] | A:2040 [A] | BP:142 [SER] | B5:3592 [A] | ✔ |
Q:92 [SER] | A:2040 [A] | BP:137 [ASN] | B5:3592 [A] | ✔ |
Q:62 [TYR] | A:540 [G] | BP:105 [LYS] | B5:400 [A2M] | ✔ |
Q:74 [ALA] | A:564 [U] | BP:117 [ILE] | B5:424 [U] | ✔ |
Q:5 [ALA] | A:539 [G] | BP:17 [SER] | B5:399 [G] | ✔ |
Q:5 [ALA] | A:540 [G] | BP:17 [SER] | B5:400 [A2M] | ✔ |
Q:18 [ARG] | A:563 [G] | BP:30 [ARG] | B5:423 [G] | ✔ |
Q:76 [ALA] | A:563 [G] | BP:119 [VAL] | B5:423 [G] | ✔ |
Q:11 [ARG] | A:1359 [A] | BP:23 [ARG] | B5:2261 [A] | ✔ |
Q:4 [LYS] | A:539 [G] | BP:16 [LYS] | B5:399 [G] | ✔ |
Q:4 [LYS] | A:540 [G] | BP:16 [LYS] | B5:400 [A2M] | ✔ |
Q:53 [SER] | A:533 [C] | BP:97 [ASN] | B5:393 [U] | ✔ |
Q:53 [SER] | A:538 [G] | BP:97 [ASN] | B5:398 [A2M] | ✔ |
Q:53 [SER] | A:539 [G] | BP:97 [ASN] | B5:399 [G] | ✔ |
Q:8 [ARG] | A:538 [G] | BP:20 [SER] | B5:398 [A2M] | ✔ |
Q:8 [ARG] | A:539 [G] | BP:20 [SER] | B5:399 [G] | ✔ |
Q:42 [ALA] | A:2036 [G] | BP:86 [LYS] | B5:3588 [A] | ✔ |
Q:42 [ALA] | A:2037 [G] | BP:86 [LYS] | B5:3589 [G] | ✔ |
Q:42 [ALA] | A:2038 [U] | BP:86 [LYS] | B5:3590 [C] | ✔ |
Q:12 [ILE] | A:2038 [U] | BP:24 [VAL] | B5:3590 [C] | ✔ |
Q:10 [ILE] | A:537 [A] | BP:22 [LEU] | B5:397 [G] | ✔ |
Q:25 [ARG] | A:564 [U] | BP:37 [LYS] | B5:424 [U] | ✔ |
Q:25 [ARG] | A:565 [G] | BP:37 [LYS] | B5:425 [U] | ✔ |
Q:90 [ARG] | A:792 [U] | BP:135 [ARG] | B5:1551 [U] | ✔ |
Q:90 [ARG] | A:1658 [A] | BP:135 [ARG] | B5:2637 [C] | ✔ |
Q:93 [ALA] | A:2040 [A] | BP:138 [PRO] | B5:3592 [A] | ✔ |
Q:93 [ALA] | A:2041 [A] | BP:138 [PRO] | B5:3593 [A] | ✔ |
Q:84 [ARG] | A:1360 [G] | BP:127 [ARG] | B5:2262 [C] | ✔ |
Q:15 [ARG] | A:1303 [A] | BP:27 [LYS] | B5:2203 [A] | ✔ |
Q:15 [ARG] | A:1304 [G] | BP:27 [LYS] | B5:2204 [G] | ✔ |
Q:49 [LYS] | A:535 [G] | BP:93 [HIS] | B5:395 [A] | ✔ |
Q:49 [LYS] | A:536 [A] | BP:93 [HIS] | B5:396 [A] | ✔ |
Q:87 [PRO] | A:1658 [A] | BP:130 [TYR] | B5:2637 [C] | ✔ |
Q:87 [PRO] | A:1659 [C] | BP:130 [TYR] | B5:2638 [A] | ✔ |
Q:13 [ALA] | A:1304 [G] | BP:25 [HIS] | B5:2204 [G] | ✔ |
Q:13 [ALA] | A:2039 [G] | BP:25 [HIS] | B5:3591 [G] | ✔ |
Q:86 [ARG] | A:1362 [C] | BP:129 [THR] | B5:2264 [G] | ✔ |
Q:86 [ARG] | A:2040 [A] | BP:129 [THR] | B5:3592 [A] | ✔ |
Q:89 [GLY] | A:795 [A] | BP:131 [ARG] | B5:1554 [A] | ✔ |
Q:89 [GLY] | A:1659 [C] | BP:131 [ARG] | B5:2638 [A] | ✔ |
Q:41 [LYS] | A:2036 [G] | BP:85 [LYS] | B5:3588 [A] | ✔ |
Q:41 [LYS] | A:2037 [G] | BP:85 [LYS] | B5:3589 [G] | ✔ |
Q:96 [LYS] | A:2039 [G] | BP:141 [SER] | B5:3591 [G] | ✔ |
Q:78 [GLU] | A:561 [C] | BP:121 [LYS] | B5:421 [C] | ✔ |
Q:78 [GLU] | A:562 [C] | BP:121 [LYS] | B5:422 [C] | ✔ |
Q:78 [GLU] | A:1300 [G] | BP:121 [LYS] | B5:2200 [G] | ✔ |
Q:7 [ALA] | A:538 [G] | BP:19 [GLY] | B5:398 [A2M] | ✔ |
Q:16 [LYS] | A:2039 [G] | BP:28 [ASN] | B5:3591 [G] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:57 [ASN] | A:532 [C] | BP:101 [ASN] | B5:392 [U] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:97 [ARG] | A:1300 [G] | BP:142 [SER] | B5:2200 [G] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:62 [TYR] | A:541 [G] | BP:105 [LYS] | B5:401 [G] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:18 [ARG] | A:562 [C] | BP:30 [ARG] | B5:422 [C] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:90 [ARG] | A:793 [G] | BP:135 [ARG] | B5:1552 [G] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:90 [ARG] | A:795 [A] | BP:135 [ARG] | B5:1554 [A] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:90 [ARG] | A:796 [A] | BP:135 [ARG] | B5:1555 [A] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:84 [ARG] | A:1359 [A] | BP:127 [ARG] | B5:2261 [A] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:49 [LYS] | A:533 [C] | BP:93 [HIS] | B5:393 [U] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:49 [LYS] | A:534 [G] | BP:93 [HIS] | B5:394 [G] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:86 [ARG] | A:1306 [A] | BP:129 [THR] | B5:2206 [A2M] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:86 [ARG] | A:1307 [G] | BP:129 [THR] | B5:2207 [OMG] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:86 [ARG] | A:1658 [A] | BP:129 [THR] | B5:2637 [C] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:86 [ARG] | A:2039 [G] | BP:129 [THR] | B5:3591 [G] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:89 [GLY] | A:1658 [A] | BP:131 [ARG] | B5:2637 [C] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:96 [LYS] | A:1360 [G] | BP:141 [SER] | B5:2262 [C] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:96 [LYS] | A:1361 [G] | BP:141 [SER] | B5:2263 [A] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:96 [LYS] | A:2038 [U] | BP:141 [SER] | B5:3590 [C] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:7 [ALA] | A:537 [A] | BP:19 [GLY] | B5:397 [G] | ❌ 7O7Y_BP_B5,B8 |
Q:56 [ALA] | A:539 [G] | BP:100 [SER] | B5:399 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:60 [HIS] | A:541 [G] | BP:104 [LEU] | B5:401 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:81 [THR] | A:2040 [A] | BP:124 [LYS] | B5:3592 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:82 [LEU] | A:1360 [G] | BP:125 [MET] | B5:2262 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:83 [LYS] | A:1360 [G] | BP:126 [ARG] | B5:2262 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:84 [ARG] | A:1362 [C] | BP:127 [ARG] | B5:2264 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:84 [ARG] | A:2039 [G] | BP:127 [ARG] | B5:3591 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:84 [ARG] | A:2038 [U] | BP:127 [ARG] | B5:3590 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:84 [ARG] | A:1361 [G] | BP:127 [ARG] | B5:2263 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:87 [PRO] | A:795 [A] | BP:130 [TYR] | B5:1554 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:87 [PRO] | A:793 [G] | BP:130 [TYR] | B5:1552 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:87 [PRO] | A:1362 [C] | BP:130 [TYR] | B5:2264 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:89 [GLY] | A:796 [A] | BP:131 [ARG] | B5:1555 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:89 [GLY] | A:1306 [A] | BP:131 [ARG] | B5:2206 [A2M] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:89 [GLY] | A:792 [U] | BP:131 [ARG] | B5:1551 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:89 [GLY] | A:793 [G] | BP:131 [ARG] | B5:1552 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:89 [GLY] | A:2040 [A] | BP:131 [ARG] | B5:3592 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:89 [GLY] | A:2041 [A] | BP:131 [ARG] | B5:3593 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:90 [ARG] | A:2041 [A] | BP:135 [ARG] | B5:3593 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:92 [SER] | A:2041 [A] | BP:137 [ASN] | B5:3593 [A] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:92 [SER] | A:792 [U] | BP:137 [ASN] | B5:1551 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:93 [ALA] | A:2039 [G] | BP:138 [PRO] | B5:3591 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:94 [ILE] | A:1362 [C] | BP:139 [TYR] | B5:2264 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:94 [ILE] | A:2038 [U] | BP:139 [TYR] | B5:3590 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:94 [ILE] | A:1307 [G] | BP:139 [TYR] | B5:2207 [OMG] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:97 [ARG] | A:1304 [G] | BP:142 [SER] | B5:2204 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:4 [LYS] | A:541 [G] | BP:16 [LYS] | B5:401 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:7 [ALA] | A:539 [G] | BP:19 [GLY] | B5:399 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:10 [ILE] | A:538 [G] | BP:22 [LEU] | B5:398 [A2M] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:11 [ARG] | A:2038 [U] | BP:23 [ARG] | B5:3590 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:11 [ARG] | A:2039 [G] | BP:23 [ARG] | B5:3591 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:11 [ARG] | A:1360 [G] | BP:23 [ARG] | B5:2262 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:13 [ALA] | A:2038 [U] | BP:25 [HIS] | B5:3590 [C] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:16 [LYS] | A:2037 [G] | BP:28 [ASN] | B5:3589 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:18 [ARG] | A:564 [U] | BP:30 [ARG] | B5:424 [U] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:52 [MET] | A:534 [G] | BP:96 [LYS] | B5:394 [G] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:53 [SER] | A:540 [G] | BP:97 [ASN] | B5:400 [A2M] | ❌ 6S0Z_Q_A |
Q:81 [THR] | A:1299 [U] | BP:124 [LYS] | B5:2199 [U] | ❌ 7O7Y_B5:2199 no longer at interface |
Q:80 [PRO] | A:553 [A] | BP:123 [PRO] | B5:413 [G] | ❌ 7O7Y_B5:413 no longer at interface |
Q:82 [LEU] | A:553 [A] | BP:125 [MET] | B5:413 [G] | ❌ 7O7Y_B5:413 no longer at interface |
Q:11 [ARG] | A:553 [A] | BP:23 [ARG] | B5:413 [G] | ❌ 7O7Y_B5:413 no longer at interface |
Q:11 [ARG] | A:1358 [A] | BP:23 [ARG] | B5:2260 [A] | ❌ 7O7Y_B5:2260 no longer at interface |
Q:83 [LYS] | A:1299 [U] | BP:126 [ARG] | B5:2199 [U] | ❌ 7O7Y_B5:2199 no longer at interface |
Q:9 [THR] | A:553 [A] | BP:21 [ASN] | B5:413 [G] | ❌ 7O7Y_BP:21, 7O7Y_B5:413 no longer at interface |
Q:78 [GLU] | A:1301 [U] | BP:121 [LYS] | B5:2201 [G] | ❌ 6S0Z_A:1301 no longer at interface |
Q:84 [ARG] | A:1363 [U] | BP:127 [ARG] | B5:2265 [OMC] | ❌ 6S0Z_A:1363 no longer at interface |
Q:15 [ARG] | A:1302 [G] | BP:27 [LYS] | B5:2202 [U] | ❌ 6S0Z_A:1302 no longer at interface |
Q:31 [GLU] | A:2909 [C] | BP:43 [LYS] | B5:4805 [U] | ❌ 6S0Z_Q:31, 6S0Z_A:2909 no longer at interface |
Q:31 [GLU] | A:2908 [U] | BP:43 [LYS] | B5:4804 [U] | ❌ 6S0Z_Q:31, 6S0Z_A:2908 no longer at interface |
Q:34 [ALA] | A:2907 [A] | BP:46 [LYS] | B5:4803 [G] | ❌ 6S0Z_Q:34, 6S0Z_A:2907 no longer at interface |
Q:34 [ALA] | A:2908 [U] | BP:46 [LYS] | B5:4804 [U] | ❌ 6S0Z_Q:34, 6S0Z_A:2908 no longer at interface |
Q:38 [LEU] | A:2907 [A] | BP:50 [ASP] | B5:4803 [G] | ❌ 6S0Z_Q:38, 6S0Z_A:2907 no longer at interface |
Q:42 [ALA] | A:1364 [C] | BP:86 [LYS] | B5:2266 [A] | ❌ 6S0Z_A:1364 no longer at interface |
Q:40 [ASN] | A:2035 [C] | BP:52 [THR] | B5:3587 [C] | ❌ 7O7Y_BP:52 no longer at interface |
Q:40 [ASN] | A:2036 [G] | BP:52 [THR] | B5:3588 [A] | ❌ 7O7Y_BP:52 no longer at interface |
Q:40 [ASN] | A:2037 [G] | BP:52 [THR] | B5:3589 [G] | ❌ 7O7Y_BP:52 no longer at interface |
Q:73 [GLU] | A:564 [U] | BP:116 [HIS] | B5:424 [U] | ❌ 6S0Z_Q:73 no longer at interface |
Q:85 [PHE] | A:1658 [A] | BP:128 [ARG] | B5:2637 [C] | ❌ 6S0Z_Q:85 no longer at interface |
Q:85 [PHE] | A:1659 [C] | BP:128 [ARG] | B5:2638 [A] | ❌ 6S0Z_Q:85 no longer at interface |
Q:85 [PHE] | A:1362 [C] | BP:128 [ARG] | B5:2264 [G] | ❌ 6S0Z_Q:85 no longer at interface |
Q:14 [PRO] | A:1304 [G] | BP:26 [PHE] | B5:2204 [G] | ❌ 6S0Z_Q:14 no longer at interface |
Q:14 [PRO] | A:562 [C] | BP:26 [PHE] | B5:422 [C] | ❌ 6S0Z_Q:14 no longer at interface |
Q:14 [PRO] | A:563 [G] | BP:26 [PHE] | B5:423 [G] | ❌ 6S0Z_Q:14 no longer at interface |
Q:22 [ASP] | A:563 [G] | BP:34 [GLN] | B5:423 [G] | ❌ 6S0Z_Q:22 no longer at interface |
Q:22 [ASP] | A:564 [U] | BP:34 [GLN] | B5:424 [U] | ❌ 6S0Z_Q:22 no longer at interface |
Q:43 [SER] | A:2037 [G] | BP:87 [SER] | B5:3589 [G] | ❌ 6S0Z_Q:43 no longer at interface |
Q:46 [VAL] | A:537 [A] | BP:90 [PHE] | B5:397 [G] | ❌ 6S0Z_Q:46 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L22 | 0.89 | 1.75 | 0.20 | 0.89 | 0.89 | 0.92 | 0.81 | 0.58 | 0.51 | 0.24 | 0.34 |
Other pairs involving 6S0Z_Q_A or 7O7Y_BP_B5,B8
Total number of entries: 16