RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group134 > 7ASM_Q_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

7ASM_Q
7ASM_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
Q:4 [LYS] A:539 [G] 4.52 A:532 [C] 48.82
Q:4 [LYS] A:540 [G] 3.72 A:531 [C] 48.82
Q:5 [ALA] A:539 [G] 3.57 A:532 [C] 88.59
Q:5 [ALA] A:540 [G] 4.82 A:531 [C] 88.59
Q:6 [VAL] A:538 [G] 3.31 A:533 [C] 27.9
Q:6 [VAL] A:539 [G] 3.36 A:532 [C] sugar:BB 27.9
Q:6 [VAL] A:540 [G] 4.68 A:531 [C] 27.9
Q:7 [ALA] A:538 [G] 3.36 A:533 [C] 39.7
Q:8 [ARG] A:25 [U] 4.68 A:560 [A] 73.81
Q:8 [ARG] A:538 [G] 2.86 A:533 [C] sugar:BB 73.81
Q:8 [ARG] A:539 [G] 3.36 A:532 [C] 73.81
Q:9 [THR] A:553 [A] 4.3 49.52
Q:10 [ILE] A:537 [A] 4.82 A:534 [G] 57.82
Q:11 [ARG] A:1359 [A] 3.79 81.58
Q:11 [ARG] A:2038 [U] 3.87 A:1307 [G] 81.58
Q:11 [ARG] A:2039 [G] 2.43 A:1306 [A] 81.58
Q:12 [ILE] A:2038 [U] 4.19 A:1307 [G] 65.31
Q:13 [ALA] A:1304 [G] 3.59 A:1305 [U] 93.21
Q:13 [ALA] A:2039 [G] 4.93 A:1306 [A] 93.21
Q:15 [ARG] A:1303 [A] 4.33 59.55
Q:15 [ARG] A:1304 [G] 3.04 A:1305 [U] sugar:SC base/AA stacks 59.55
Q:16 [LYS] A:1304 [G] 3.82 A:1305 [U] 99.0
Q:16 [LYS] A:2038 [U] 3.46 A:1307 [G] 99.0
Q:16 [LYS] A:2039 [G] 3.1 A:1306 [A] base:SC 99.0
Q:18 [ARG] A:562 [C] 2.91 A:23 [G] sugar:SC 78.05
Q:18 [ARG] A:563 [G] 3.43 A:22 [C] 78.05
Q:22 [ASP] A:564 [U] 4.36 A:21 [A] 53.71
Q:25 [ARG] A:564 [U] 3.73 A:21 [A] 81.27
Q:25 [ARG] A:565 [G] 4.02 A:20 [C] 81.27
Q:40 [ASN] A:2036 [G] 3.61 A:1692 [C] 48.09
Q:40 [ASN] A:2037 [G] 4.62 A:1308 [C] 48.09
Q:41 [LYS] A:2036 [G] 3.01 A:1692 [C] 65.64
Q:41 [LYS] A:2037 [G] 3.49 A:1308 [C] 65.64
Q:42 [ALA] A:2036 [G] 4.53 A:1692 [C] 71.78
Q:42 [ALA] A:2037 [G] 2.93 A:1308 [C] 71.78
Q:42 [ALA] A:2038 [U] 4.26 A:1307 [G] 71.78
Q:49 [LYS] A:534 [G] 2.9 A:537 [A] sugar:SC 84.22
Q:49 [LYS] A:535 [G] 3.5 base:SC 84.22
Q:49 [LYS] A:536 [A] 4.0 84.22
Q:52 [MET] A:533 [C] 4.19 A:538 [G] 39.06
Q:53 [SER] A:533 [C] 3.14 A:538 [G] base:SC 94.33
Q:53 [SER] A:538 [G] 3.67 A:533 [C] base:SC 94.33
Q:53 [SER] A:539 [G] 4.64 A:532 [C] 94.33
Q:56 [ALA] A:532 [C] 4.51 A:539 [G] 87.65
Q:56 [ALA] A:533 [C] 3.4 A:538 [G] 87.65
Q:57 [ASN] A:532 [C] 4.39 A:539 [G] 92.99
Q:57 [ASN] A:539 [G] 3.47 A:532 [C] base:SC 92.99
Q:57 [ASN] A:540 [G] 3.16 A:531 [C] 92.99
Q:60 [HIS] A:531 [C] 3.46 A:540 [G] sugar:SC 71.99
Q:60 [HIS] A:532 [C] 3.51 A:539 [G] 71.99
Q:60 [HIS] A:540 [G] 4.15 A:531 [C] 71.99
Q:61 [ASN] A:540 [G] 2.94 A:531 [C] base:SC, base:SC, sugar:SC 76.52
Q:61 [ASN] A:541 [G] 3.94 A:530 [C] 76.52
Q:62 [TYR] A:540 [G] 3.48 A:531 [C] 10.83
Q:62 [TYR] A:541 [G] 3.11 A:530 [C] 10.83
Q:73 [GLU] A:564 [U] 4.33 A:21 [A] 42.42
Q:74 [ALA] A:564 [U] 4.82 A:21 [A] 73.25
Q:75 [TYR] A:23 [G] 4.61 A:562 [C] 0.0
Q:75 [TYR] A:563 [G] 4.34 A:22 [C] 0.0
Q:75 [TYR] A:564 [U] 4.39 A:21 [A] 0.0
Q:76 [ALA] A:563 [G] 4.01 A:22 [C] 88.82
Q:77 [ASN] A:23 [G] 3.28 A:562 [C] base:SC, sugar:SC 76.04
Q:77 [ASN] A:24 [G] 3.54 A:561 [C] 76.04
Q:77 [ASN] A:563 [G] 4.59 A:22 [C] 76.04
Q:78 [GLU] A:24 [G] 2.64 A:561 [C] base:SC, sugar:BB 51.23
Q:78 [GLU] A:25 [U] 3.28 A:560 [A] 51.23
Q:78 [GLU] A:561 [C] 4.89 A:24 [G] 51.23
Q:78 [GLU] A:562 [C] 3.08 A:23 [G] 51.23
Q:78 [GLU] A:1300 [G] 4.2 A:2044 [C] 51.23
Q:79 [GLY] A:24 [G] 4.86 A:561 [C] 84.86
Q:79 [GLY] A:25 [U] 4.21 A:560 [A] 84.86
Q:80 [PRO] A:25 [U] 4.3 A:560 [A] 66.04
Q:80 [PRO] A:26 [G] 3.69 A:559 [A] 66.04
Q:80 [PRO] A:553 [A] 3.82 66.04
Q:81 [THR] A:26 [G] 4.82 A:559 [A] 61.24
Q:81 [THR] A:1299 [U] 4.94 A:622 [A] 61.24
Q:82 [LEU] A:1359 [A] 4.3 54.8
Q:83 [LYS] A:1299 [U] 3.45 A:622 [A] 89.89
Q:84 [ARG] A:1359 [A] 3.15 sugar:SC 98.45
Q:84 [ARG] A:1360 [G] 3.3 A:1368 [C] 98.45
Q:86 [ARG] A:1309 [G] 4.24 58.14
Q:86 [ARG] A:1361 [G] 4.21 A:1367 [C] 58.14
Q:86 [ARG] A:1362 [C] 3.52 base/AA stacks 58.14
Q:87 [PRO] A:1658 [A] 3.52 71.07
Q:87 [PRO] A:1659 [C] 3.58 71.07
Q:88 [ARG] A:792 [5MU] 3.88 A:2041 [A] 70.19
Q:88 [ARG] A:793 [G] 2.99 70.19
Q:88 [ARG] A:795 [A] 4.44 A:790 [G] 70.19
Q:88 [ARG] A:796 [A] 4.84 70.19
Q:88 [ARG] A:1306 [A] 4.58 A:2039 [G] 70.19
Q:88 [ARG] A:1658 [A] 3.15 base:BB 70.19
Q:88 [ARG] A:1659 [C] 4.61 70.19
Q:88 [ARG] A:2040 [A] 3.32 A:2640 [U] base:SC 70.19
Q:88 [ARG] A:2041 [A] 4.98 A:792 [5MU] 70.19
Q:88 [ARG] A:2640 [U] 3.65 A:2040 [A] base:SC 70.19
Q:89 [ALA] A:792 [5MU] 3.67 A:2041 [A] 83.55
Q:89 [ALA] A:793 [G] 3.27 83.55
Q:89 [ALA] A:795 [A] 3.78 A:790 [G] 83.55
Q:89 [ALA] A:796 [A] 3.98 83.55
Q:90 [GLN] A:793 [G] 3.57 80.0
Q:90 [GLN] A:796 [A] 3.0 80.0
Q:91 [GLY] A:796 [A] 3.9 97.98
Q:91 [GLY] A:1658 [A] 3.33 97.98
Q:92 [ARG] A:792 [5MU] 3.29 A:2041 [A] 77.73
Q:92 [ARG] A:1658 [A] 2.93 base:BB 77.73
Q:93 [ALA] A:1658 [A] 3.88 79.9
Q:94 [SER] A:2040 [A] 3.28 A:2640 [U] 57.1
Q:94 [SER] A:2041 [A] 3.88 A:792 [5MU] 57.1
Q:95 [ALA] A:2040 [A] 2.96 A:2640 [U] sugar:BB 49.35
Q:95 [ALA] A:2041 [A] 4.09 A:792 [5MU] 49.35
Q:96 [ILE] A:2039 [G] 3.81 A:1306 [A] 84.31
Q:96 [ILE] A:2040 [A] 3.75 A:2640 [U] 84.31
Q:97 [ASN] A:2039 [G] 4.13 A:1306 [A] 40.98
Q:97 [ASN] A:2040 [A] 2.93 A:2640 [U] 40.98
Q:98 [LYS] A:1360 [G] 3.11 A:1368 [C] 82.77
Q:98 [LYS] A:1361 [G] 4.62 A:1367 [C] 82.77
Q:98 [LYS] A:2038 [U] 4.87 A:1307 [G] 82.77
Q:98 [LYS] A:2039 [G] 3.59 A:1306 [A] 82.77
Q:99 [ARG] A:1300 [G] 3.47 A:2044 [C] 84.94
Q:99 [ARG] A:2039 [G] 4.66 A:1306 [A] 84.94
Q:102 [HIS] A:24 [G] 3.83 A:561 [C] 93.24
Q:102 [HIS] A:25 [U] 3.42 A:560 [A] 93.24

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group134 7ASM_Q_A Q: 50s ribosomal protein l22, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s rRNA, Staphylococcus aureus (genetically engineered) Q2FW11 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 10

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6S0Z_Q_A 7ASM_Q_A 0.78 0.98 1.46 0.95 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_R_0 7ASM_Q_A 0.76 0.9 1.52 0.28 Ribosomal protein L22 compare
1YHQ_R_0 7ASM_Q_A 0.76 0.9 1.49 0.28 Ribosomal protein L22 compare
4Y4O_1W_1A 7ASM_Q_A 0.93 0.96 1.22 0.68 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_T_1,2 7ASM_Q_A 0.68 0.76 1.68 0.19 Ribosomal protein L22 compare
7ASM_Q_A 7K00_r_a 0.94 0.97 1.55 0.57 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7ASM_Q_A 7O9M_T_A 0.71 0.89 1.66 0.23 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7ASM_Q_A 7OF0_T_A 0.74 0.9 2.09 0.23 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7ASM_Q_A 7RYG_R_A 0.92 0.98 0.88 0.61 Ribosomal protein L22 Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7ASM_Q_A 7O7Y_BP_B5,B8 0.72 0.89 1.69 0.25 Ribosomal protein L22 compare