Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_r
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| r:3 [THR] | a:495 [G] | 4.55 | a:485 [C] | 67.34 | ||
| r:4 [ILE] | a:494 [G] | 4.36 | a:486 [C] | 49.58 | ||
| r:4 [ILE] | a:495 [G] | 3.42 | a:485 [C] | 49.58 | ||
| r:5 [ALA] | a:494 [G] | 3.39 | a:486 [C] | 87.75 | ||
| r:5 [ALA] | a:495 [G] | 4.72 | a:485 [C] | 87.75 | ||
| r:6 [LYS] | a:493 [G] | 2.87 | a:487 [C] | sugar:BB | 33.01 | |
| r:6 [LYS] | a:494 [G] | 2.99 | a:486 [C] | sugar:BB, sugar:BB | 33.01 | |
| r:6 [LYS] | a:495 [G] | 3.82 | a:485 [C] | 33.01 | ||
| r:7 [HIS] | a:492 [A] | 3.58 | a:488 [G] | 1.16 | ||
| r:7 [HIS] | a:493 [G] | 3.13 | a:487 [C] | 1.16 | ||
| r:8 [ARG] | a:25 [U] | 4.06 | a:515 [A] | 75.0 | ||
| r:8 [ARG] | a:493 [G] | 2.9 | a:487 [C] | sugar:BB | 75.0 | |
| r:8 [ARG] | a:494 [G] | 2.96 | a:486 [C] | 75.0 | ||
| r:9 [HIS] | a:508 [A] | 3.19 | base/AA stacks | 49.31 | ||
| r:11 [ARG] | a:1322 [A] | 3.49 | 81.98 | |||
| r:11 [ARG] | a:2011 [U] | 4.07 | a:1269 [A] | 81.98 | ||
| r:11 [ARG] | a:2012 [G] | 3.19 | a:1268 [A] | 81.98 | ||
| r:12 [SER] | a:2011 [U] | 4.55 | a:1269 [A] | 72.61 | ||
| r:13 [SER] | a:1266 [G] | 3.1 | a:1267 [U] | base:SC, base:SC | 90.78 | |
| r:15 [GLN] | a:1265 [A] | 4.88 | 62.41 | |||
| r:15 [GLN] | a:1266 [G] | 2.84 | a:1267 [U] | base/AA stacks | 62.41 | |
| r:16 [LYS] | a:1266 [G] | 3.34 | a:1267 [U] | 99.0 | ||
| r:16 [LYS] | a:2011 [U] | 2.95 | a:1269 [A] | 99.0 | ||
| r:16 [LYS] | a:2012 [G] | 2.78 | a:1268 [A] | base:SC | 99.0 | |
| r:18 [ARG] | a:517 [C] | 2.86 | a:23 [G] | sugar:SC, sugar:SC | 76.07 | |
| r:18 [ARG] | a:518 [G] | 2.94 | a:22 [C] | 76.07 | ||
| r:22 [ASP] | a:519 [U] | 4.49 | a:21 [A] | 60.33 | ||
| r:25 [ARG] | a:519 [U] | 3.35 | a:21 [A] | 80.5 | ||
| r:25 [ARG] | a:520 [G] | 3.25 | a:20 [C] | 80.5 | ||
| r:40 [ASN] | a:2009 [A] | 3.32 | a:1648 [U] | 59.35 | ||
| r:40 [ASN] | a:2010 [G] | 4.64 | a:1270 [C] | 59.35 | ||
| r:41 [LYS] | a:2009 [A] | 2.91 | a:1648 [U] | 62.16 | ||
| r:41 [LYS] | a:2010 [G] | 3.57 | a:1270 [C] | 62.16 | ||
| r:42 [LYS] | a:1327 [A] | 4.75 | 67.56 | |||
| r:42 [LYS] | a:2009 [A] | 4.38 | a:1648 [U] | 67.56 | ||
| r:42 [LYS] | a:2010 [G] | 2.96 | a:1270 [C] | 67.56 | ||
| r:42 [LYS] | a:2011 [U] | 2.65 | a:1269 [A] | 67.56 | ||
| r:43 [ALA] | a:2010 [G] | 4.53 | a:1270 [C] | 68.02 | ||
| r:49 [LYS] | a:487 [C] | 4.88 | a:493 [G] | 82.39 | ||
| r:49 [LYS] | a:488 [G] | 2.84 | a:492 [A] | sugar:SC | 82.39 | |
| r:49 [LYS] | a:489 [G] | 3.52 | base:SC | 82.39 | ||
| r:49 [LYS] | a:491 [G] | 2.87 | base:SC | 82.39 | ||
| r:52 [GLU] | a:487 [C] | 4.01 | a:493 [G] | 48.76 | ||
| r:53 [SER] | a:487 [C] | 3.16 | a:493 [G] | base:SC | 94.73 | |
| r:53 [SER] | a:493 [G] | 3.4 | a:487 [C] | base:SC | 94.73 | |
| r:53 [SER] | a:494 [G] | 4.43 | a:486 [C] | 94.73 | ||
| r:56 [ALA] | a:486 [C] | 4.19 | a:494 [G] | 87.94 | ||
| r:56 [ALA] | a:487 [C] | 3.25 | a:493 [G] | 87.94 | ||
| r:57 [ASN] | a:486 [C] | 4.11 | a:494 [G] | 93.91 | ||
| r:57 [ASN] | a:494 [G] | 3.1 | a:486 [C] | base:SC | 93.91 | |
| r:57 [ASN] | a:495 [G] | 2.98 | a:485 [C] | 93.91 | ||
| r:60 [HIS] | a:485 [C] | 2.74 | a:495 [G] | sugar:SC | 65.62 | |
| r:60 [HIS] | a:486 [C] | 3.3 | a:494 [G] | 65.62 | ||
| r:60 [HIS] | a:495 [G] | 3.57 | a:485 [C] | 65.62 | ||
| r:61 [ASN] | a:485 [C] | 4.84 | a:495 [G] | 70.7 | ||
| r:61 [ASN] | a:495 [G] | 2.87 | a:485 [C] | base:SC, base:SC, sugar:SC | 70.7 | |
| r:61 [ASN] | a:496 [G] | 3.39 | a:484 [C] | 70.7 | ||
| r:62 [ASP] | a:495 [G] | 4.87 | a:485 [C] | 12.51 | ||
| r:74 [ILE] | a:519 [U] | 4.17 | a:21 [A] | 64.82 | ||
| r:75 [PHE] | a:23 [G] | 4.42 | a:517 [C] | 0.0 | ||
| r:75 [PHE] | a:518 [G] | 3.98 | a:22 [C] | 0.0 | ||
| r:75 [PHE] | a:519 [U] | 3.76 | a:21 [A] | 0.0 | ||
| r:76 [VAL] | a:518 [G] | 3.58 | a:22 [C] | 85.75 | ||
| r:77 [ASP] | a:23 [G] | 3.15 | a:517 [C] | base:SC | 72.88 | |
| r:77 [ASP] | a:24 [G] | 3.2 | a:516 [C] | 72.88 | ||
| r:77 [ASP] | a:517 [C] | 4.88 | a:23 [G] | 72.88 | ||
| r:77 [ASP] | a:518 [G] | 4.17 | a:22 [C] | 72.88 | ||
| r:78 [GLU] | a:24 [G] | 2.47 | a:516 [C] | base:SC, sugar:BB | 50.96 | |
| r:78 [GLU] | a:25 [U] | 3.13 | a:515 [A] | 50.96 | ||
| r:78 [GLU] | a:516 [C] | 4.58 | a:24 [G] | 50.96 | ||
| r:78 [GLU] | a:517 [C] | 2.87 | a:23 [G] | sugar:SC | 50.96 | |
| r:78 [GLU] | a:1262 [A] | 4.24 | a:2017 [U] | 50.96 | ||
| r:79 [GLY] | a:24 [G] | 4.5 | a:516 [C] | 89.57 | ||
| r:79 [GLY] | a:25 [U] | 3.93 | a:515 [A] | 89.57 | ||
| r:80 [PRO] | a:25 [U] | 3.84 | a:515 [A] | 67.88 | ||
| r:80 [PRO] | a:26 [G] | 3.12 | a:514 [A] | 67.88 | ||
| r:80 [PRO] | a:508 [A] | 3.82 | 67.88 | |||
| r:81 [SER] | a:26 [G] | 4.52 | a:514 [A] | 41.22 | ||
| r:82 [MET] | a:1322 [A] | 3.92 | 56.45 | |||
| r:82 [MET] | a:1323 [C] | 4.5 | a:1331 [G] | 56.45 | ||
| r:83 [LYS] | a:1260 [A] | 4.44 | a:580 [U] | 87.38 | ||
| r:83 [LYS] | a:1261 [C] | 2.89 | a:579 [G] | 87.38 | ||
| r:84 [ARG] | a:1322 [A] | 3.04 | 96.38 | |||
| r:84 [ARG] | a:1323 [C] | 2.95 | a:1331 [G] | 96.38 | ||
| r:85 [ILE] | a:1614 [A] | 4.59 | 6.96 | |||
| r:86 [MET] | a:1325 [U] | 3.6 | 62.48 | |||
| r:86 [MET] | a:1614 [A] | 4.89 | 62.48 | |||
| r:87 [PRO] | a:1614 [A] | 3.52 | 62.54 | |||
| r:87 [PRO] | a:1615 [C] | 3.64 | 62.54 | |||
| r:88 [ARG] | a:747 [5MU] | 3.68 | a:2014 [A] | 63.59 | ||
| r:88 [ARG] | a:748 [G] | 2.82 | a:746 [PSU] | 63.59 | ||
| r:88 [ARG] | a:750 [A] | 4.5 | a:745 [1MG] | 63.59 | ||
| r:88 [ARG] | a:751 [A] | 4.66 | 63.59 | |||
| r:88 [ARG] | a:1268 [A] | 4.54 | a:2012 [G] | 63.59 | ||
| r:88 [ARG] | a:1614 [A] | 2.88 | base:BB | 63.59 | ||
| r:88 [ARG] | a:1615 [C] | 4.63 | 63.59 | |||
| r:88 [ARG] | a:2013 [A] | 2.93 | a:2613 [U] | base:SC | 63.59 | |
| r:88 [ARG] | a:2014 [A] | 4.54 | a:747 [5MU] | 63.59 | ||
| r:88 [ARG] | a:2613 [U] | 3.88 | a:2013 [A] | base:SC | 63.59 | |
| r:89 [ALA] | a:747 [5MU] | 3.45 | a:2014 [A] | 78.73 | ||
| r:89 [ALA] | a:748 [G] | 2.99 | a:746 [PSU] | 78.73 | ||
| r:89 [ALA] | a:750 [A] | 3.78 | a:745 [1MG] | 78.73 | ||
| r:89 [ALA] | a:751 [A] | 3.78 | 78.73 | |||
| r:90 [LYS] | a:746 [PSU] | 2.96 | a:748 [G] | 81.66 | ||
| r:90 [LYS] | a:747 [5MU] | 2.96 | a:2014 [A] | 81.66 | ||
| r:90 [LYS] | a:748 [G] | 3.77 | a:746 [PSU] | 81.66 | ||
| r:90 [LYS] | a:751 [A] | 2.85 | 81.66 | |||
| r:91 [GLY] | a:751 [A] | 3.65 | 98.95 | |||
| r:91 [GLY] | a:1614 [A] | 3.37 | 98.95 | |||
| r:92 [ARG] | a:747 [5MU] | 3.3 | a:2014 [A] | 80.74 | ||
| r:92 [ARG] | a:1614 [A] | 2.59 | base:BB | 80.74 | ||
| r:93 [ALA] | a:1614 [A] | 3.38 | base:BB | 76.78 | ||
| r:94 [ASP] | a:747 [5MU] | 4.89 | a:2014 [A] | 37.88 | ||
| r:94 [ASP] | a:2013 [A] | 2.83 | a:2613 [U] | sugar:SC | 37.88 | |
| r:94 [ASP] | a:2014 [A] | 3.36 | a:747 [5MU] | 37.88 | ||
| r:95 [ARG] | a:1260 [A] | 4.44 | a:580 [U] | 40.9 | ||
| r:95 [ARG] | a:1261 [C] | 4.74 | a:579 [G] | 40.9 | ||
| r:95 [ARG] | a:2013 [A] | 3.2 | a:2613 [U] | 40.9 | ||
| r:95 [ARG] | a:2014 [A] | 3.79 | a:747 [5MU] | 40.9 | ||
| r:96 [ILE] | a:2012 [G] | 3.51 | a:1268 [A] | 86.68 | ||
| r:96 [ILE] | a:2013 [A] | 3.57 | a:2613 [U] | 86.68 | ||
| r:97 [LEU] | a:1262 [A] | 4.19 | a:2017 [U] | 56.9 | ||
| r:97 [LEU] | a:2012 [G] | 3.57 | a:1268 [A] | 56.9 | ||
| r:97 [LEU] | a:2013 [A] | 2.72 | a:2613 [U] | 56.9 | ||
| r:98 [LYS] | a:1322 [A] | 4.99 | 85.65 | |||
| r:98 [LYS] | a:1323 [C] | 3.32 | a:1331 [G] | 85.65 | ||
| r:98 [LYS] | a:1324 [G] | 4.8 | a:1330 [C] | 85.65 | ||
| r:98 [LYS] | a:1326 [U] | 4.78 | a:1288 [G] | 85.65 | ||
| r:98 [LYS] | a:2011 [U] | 4.24 | a:1269 [A] | 85.65 | ||
| r:98 [LYS] | a:2012 [G] | 3.08 | a:1268 [A] | 85.65 | ||
| r:99 [ARG] | a:1261 [C] | 4.98 | a:579 [G] | 80.07 | ||
| r:99 [ARG] | a:1262 [A] | 3.01 | a:2017 [U] | 80.07 | ||
| r:99 [ARG] | a:1266 [G] | 3.93 | a:1267 [U] | 80.07 | ||
| r:99 [ARG] | a:2012 [G] | 4.5 | a:1268 [A] | 80.07 | ||
| r:99 [ARG] | a:2013 [A] | 4.96 | a:2613 [U] | 80.07 | ||
| r:102 [HIS] | a:24 [G] | 3.35 | a:516 [C] | 91.48 | ||
| r:102 [HIS] | a:25 [U] | 3.03 | a:515 [A] | 91.48 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group134 | 7K00_r_a | r: 50s ribosomal protein l22, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P61175 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 6
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1VQ8_R_0 | 7K00_r_a | 0.72 | 0.91 | 2.03 | 0.26 | Ribosomal protein L22 | compare | |
| 1YHQ_R_0 | 7K00_r_a | 0.71 | 0.91 | 1.91 | 0.26 | Ribosomal protein L22 | compare | |
| 6AZ3_T_1,2 | 7K00_r_a | 0.67 | 0.76 | 1.93 | 0.26 | Ribosomal protein L22 | compare | |
| 6S0Z_Q_A | 7K00_r_a | 0.76 | 0.97 | 2.05 | 0.53 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7ASM_Q_A | 7K00_r_a | 0.94 | 0.97 | 1.55 | 0.57 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1W_1A | 7K00_r_a | 0.92 | 0.97 | 0.75 | 0.63 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |