Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7O9M_T
|
7O9M_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| T:47 [ILE] | A:1673 [U] | 3.32 | A:1815 [A] | 66.1 | ||
| T:47 [ILE] | A:1674 [A] | 2.95 | base:BB | 66.1 | ||
| T:47 [ILE] | A:1675 [A] | 4.73 | 66.1 | |||
| T:48 [SER] | A:1671 [G] | 3.85 | A:1817 [C] | 59.49 | ||
| T:48 [SER] | A:1672 [C] | 3.11 | A:1816 [G] | 59.49 | ||
| T:48 [SER] | A:1673 [U] | 2.88 | A:1815 [A] | 59.49 | ||
| T:48 [SER] | A:1674 [A] | 4.1 | 59.49 | |||
| T:49 [ARG] | A:1672 [C] | 3.7 | A:1816 [G] | 37.57 | ||
| T:49 [ARG] | A:1673 [U] | 2.96 | A:1815 [A] | 37.57 | ||
| T:50 [LYS] | A:1671 [G] | 2.77 | A:1817 [C] | 53.63 | ||
| T:50 [LYS] | A:1672 [C] | 3.06 | A:1816 [G] | 53.63 | ||
| T:50 [LYS] | A:1811 [A] | 4.74 | 53.63 | |||
| T:50 [LYS] | A:1812 [C] | 2.95 | 53.63 | |||
| T:51 [TRP] | A:1671 [G] | 3.84 | A:1817 [C] | 76.58 | ||
| T:51 [TRP] | A:1672 [C] | 2.78 | A:1816 [G] | 76.58 | ||
| T:52 [GLU] | A:1672 [C] | 4.34 | A:1816 [G] | 26.63 | ||
| T:54 [LYS] | A:1671 [G] | 3.84 | A:1817 [C] | 42.5 | ||
| T:78 [ARG] | A:1671 [G] | 4.66 | A:1817 [C] | 63.66 | ||
| T:78 [ARG] | A:1672 [C] | 2.61 | A:1816 [G] | 63.66 | ||
| T:78 [ARG] | A:1673 [U] | 4.89 | A:1815 [A] | 63.66 | ||
| T:79 [GLN] | A:1673 [U] | 4.66 | A:1815 [A] | 55.91 | ||
| T:81 [LYS] | A:2674 [U] | 3.71 | A:2313 [A] | 57.78 | ||
| T:81 [LYS] | A:2675 [G] | 2.85 | A:2312 [A] | 57.78 | ||
| T:82 [TYR] | A:2673 [G] | 3.03 | A:2314 [C] | 62.09 | ||
| T:82 [TYR] | A:2674 [U] | 3.63 | A:2313 [A] | 62.09 | ||
| T:83 [SER] | A:2310 [G] | 2.82 | A:2311 [U] | base:SC, base:SC | 98.58 | |
| T:84 [LYS] | A:1817 [C] | 3.52 | A:1671 [G] | sugar:SC | 62.08 | |
| T:84 [LYS] | A:2306 [A] | 4.76 | A:2680 [U] | 62.08 | ||
| T:85 [ASP] | A:2310 [G] | 4.02 | A:2311 [U] | 70.89 | ||
| T:86 [LYS] | A:2310 [G] | 3.68 | A:2311 [U] | 98.98 | ||
| T:86 [LYS] | A:2674 [U] | 3.59 | A:2313 [A] | 98.98 | ||
| T:86 [LYS] | A:2675 [G] | 2.91 | A:2312 [A] | base:SC, base:SC | 98.98 | |
| T:88 [TRP] | A:1818 [A] | 3.32 | 76.75 | |||
| T:88 [TRP] | A:1819 [U] | 3.17 | 76.75 | |||
| T:88 [TRP] | A:1821 [A] | 4.85 | 76.75 | |||
| T:92 [LYS] | A:1821 [A] | 4.89 | 57.34 | |||
| T:95 [ARG] | A:1818 [A] | 3.75 | 85.5 | |||
| T:95 [ARG] | A:1819 [U] | 2.67 | 85.5 | |||
| T:95 [ARG] | A:1820 [A] | 4.9 | 85.5 | |||
| T:110 [ASP] | A:2671 [C] | 4.37 | A:2453 [G] | 14.68 | ||
| T:110 [ASP] | A:2672 [A] | 3.48 | A:2315 [A] | 14.68 | ||
| T:111 [LYS] | A:2672 [A] | 2.97 | A:2315 [A] | 79.53 | ||
| T:111 [LYS] | A:2673 [G] | 3.65 | A:2314 [C] | 79.53 | ||
| T:112 [LYS] | A:2358 [A] | 4.96 | 74.45 | |||
| T:112 [LYS] | A:2672 [A] | 3.85 | A:2315 [A] | 74.45 | ||
| T:112 [LYS] | A:2673 [G] | 2.89 | A:2314 [C] | 74.45 | ||
| T:112 [LYS] | A:2674 [U] | 3.0 | A:2313 [A] | 74.45 | ||
| T:113 [GLY] | A:2673 [G] | 4.47 | A:2314 [C] | 60.6 | ||
| T:146 [THR] | A:1818 [A] | 3.24 | sugar:SC | 0.0 | ||
| T:146 [THR] | A:1819 [U] | 4.21 | 0.0 | |||
| T:147 [SER] | A:1818 [A] | 4.49 | 83.11 | |||
| T:148 [GLY] | A:1672 [C] | 3.61 | A:1816 [G] | 65.1 | ||
| T:149 [ARG] | A:1672 [C] | 2.25 | A:1816 [G] | sugar:BB | 54.71 | |
| T:149 [ARG] | A:1673 [U] | 2.87 | A:1815 [A] | sugar:SC | 54.71 | |
| T:149 [ARG] | A:1674 [A] | 4.89 | 54.71 | |||
| T:149 [ARG] | A:1816 [G] | 4.79 | A:1672 [C] | 54.71 | ||
| T:149 [ARG] | A:2305 [U] | 2.97 | A:1860 [A] | 54.71 | ||
| T:149 [ARG] | A:2306 [A] | 3.45 | A:2680 [U] | 54.71 | ||
| T:150 [GLY] | A:1672 [C] | 4.47 | A:1816 [G] | 80.36 | ||
| T:150 [GLY] | A:1673 [U] | 3.84 | A:1815 [A] | 80.36 | ||
| T:151 [GLN] | A:1673 [U] | 4.04 | A:1815 [A] | 24.17 | ||
| T:151 [GLN] | A:1674 [A] | 3.51 | 24.17 | |||
| T:154 [LYS] | A:2304 [G] | 3.27 | A:1861 [U] | 87.74 | ||
| T:154 [LYS] | A:2305 [U] | 3.28 | A:1860 [A] | 87.74 | ||
| T:155 [ARG] | A:2356 [A] | 3.77 | 82.13 | |||
| T:156 [ILE] | A:2356 [A] | 3.68 | 25.65 | |||
| T:156 [ILE] | A:2430 [A] | 4.09 | 25.65 | |||
| T:157 [ARG] | A:2312 [A] | 3.28 | A:2675 [G] | 52.65 | ||
| T:157 [ARG] | A:2313 [A] | 3.65 | A:2674 [U] | sugar:SC | 52.65 | |
| T:157 [ARG] | A:2356 [A] | 3.53 | base/AA stacks | 52.65 | ||
| T:157 [ARG] | A:2675 [G] | 3.98 | A:2312 [A] | 52.65 | ||
| T:157 [ARG] | A:2676 [A] | 3.46 | A:3100 [U] | 52.65 | ||
| T:158 [TYR] | A:1958 [G] | 4.27 | 43.47 | |||
| T:158 [TYR] | A:2356 [A] | 3.05 | base:BB, base:BB | 43.47 | ||
| T:158 [TYR] | A:2430 [A] | 3.4 | 43.47 | |||
| T:158 [TYR] | A:2431 [C] | 3.21 | base/AA stacks | 43.47 | ||
| T:159 [HIS] | A:1957 [A] | 3.02 | sugar:SC | 71.22 | ||
| T:159 [HIS] | A:1958 [G] | 3.47 | 71.22 | |||
| T:159 [HIS] | A:1960 [A] | 4.01 | A:1955 [G] | 71.22 | ||
| T:159 [HIS] | A:1961 [A] | 4.68 | 71.22 | |||
| T:159 [HIS] | A:2430 [A] | 3.5 | base:BB | 71.22 | ||
| T:159 [HIS] | A:2431 [C] | 4.46 | 71.22 | |||
| T:159 [HIS] | A:2676 [A] | 2.7 | A:3100 [U] | sugar:SC | 71.22 | |
| T:159 [HIS] | A:2677 [A] | 3.79 | A:2309 [A] | 71.22 | ||
| T:160 [GLY] | A:1957 [A] | 3.11 | 67.62 | |||
| T:160 [GLY] | A:1958 [G] | 2.9 | 67.62 | |||
| T:160 [GLY] | A:1960 [A] | 3.41 | A:1955 [G] | 67.62 | ||
| T:160 [GLY] | A:1961 [A] | 3.75 | 67.62 | |||
| T:161 [ARG] | A:1956 [U] | 3.03 | 84.71 | |||
| T:161 [ARG] | A:1957 [A] | 2.71 | 84.71 | |||
| T:161 [ARG] | A:1958 [G] | 3.29 | base/AA stacks | 84.71 | ||
| T:161 [ARG] | A:1961 [A] | 3.22 | 84.71 | |||
| T:161 [ARG] | A:2430 [A] | 2.83 | base:BB | 84.71 | ||
| T:162 [GLY] | A:1961 [A] | 3.33 | 93.64 | |||
| T:162 [GLY] | A:2430 [A] | 3.09 | 93.64 | |||
| T:163 [ARG] | A:1957 [A] | 3.06 | 85.57 | |||
| T:163 [ARG] | A:2430 [A] | 2.95 | base:BB | 85.57 | ||
| T:164 [PHE] | A:1957 [A] | 3.58 | 54.2 | |||
| T:164 [PHE] | A:2430 [A] | 3.48 | 54.2 | |||
| T:164 [PHE] | A:2677 [A] | 4.18 | A:2309 [A] | 54.2 | ||
| T:165 [GLY] | A:2676 [A] | 3.72 | A:3100 [U] | 57.3 | ||
| T:165 [GLY] | A:2677 [A] | 3.84 | A:2309 [A] | 57.3 | ||
| T:166 [ILE] | A:2676 [A] | 3.43 | A:3100 [U] | 34.9 | ||
| T:166 [ILE] | A:2677 [A] | 3.38 | A:2309 [A] | 34.9 | ||
| T:167 [MET] | A:2356 [A] | 3.52 | 57.47 | |||
| T:167 [MET] | A:2675 [G] | 3.31 | A:2312 [A] | 57.47 | ||
| T:167 [MET] | A:2676 [A] | 3.36 | A:3100 [U] | 57.47 | ||
| T:168 [GLU] | A:2675 [G] | 3.79 | A:2312 [A] | 11.75 | ||
| T:168 [GLU] | A:2676 [A] | 2.76 | A:3100 [U] | 11.75 | ||
| T:169 [LYS] | A:2356 [A] | 3.8 | 68.52 | |||
| T:169 [LYS] | A:2674 [U] | 3.38 | A:2313 [A] | 68.52 | ||
| T:169 [LYS] | A:2675 [G] | 3.32 | A:2312 [A] | 68.52 | ||
| T:170 [VAL] | A:2310 [G] | 3.35 | A:2311 [U] | 48.65 | ||
| T:170 [VAL] | A:2675 [G] | 3.24 | A:2312 [A] | 48.65 | ||
| T:173 [HIS] | A:1672 [C] | 3.18 | A:1816 [G] | 89.56 | ||
| T:173 [HIS] | A:1673 [U] | 2.95 | A:1815 [A] | 89.56 | ||
| T:175 [PHE] | A:1671 [G] | 3.86 | A:1817 [C] | 55.76 | ||
| T:175 [PHE] | A:1672 [C] | 3.65 | A:1816 [G] | 55.76 | ||
| T:202 [GLN] | A:1834 [U] | 4.92 | 34.62 | |||
| T:202 [GLN] | A:1836 [A] | 4.18 | 34.62 | |||
| T:205 [SER] | A:1834 [U] | 3.05 | 49.24 | |||
| T:206 [ARG] | A:1834 [U] | 3.22 | 92.43 | |||
| T:207 [THR] | A:1833 [C] | 4.3 | 40.84 | |||
| T:207 [THR] | A:1834 [U] | 2.83 | 40.84 | |||
| T:208 [ILE] | A:1834 [U] | 4.94 | 82.92 | |||
| T:209 [VAL] | A:1833 [C] | 3.78 | 17.75 | |||
| T:209 [VAL] | A:1834 [U] | 4.25 | 17.75 | |||
| T:210 [HIS] | A:1832 [A] | 3.14 | sugar:SC | 46.25 | ||
| T:210 [HIS] | A:1833 [C] | 3.44 | 46.25 | |||
| T:210 [HIS] | A:2146 [A] | 3.39 | base:SC | 46.25 | ||
| T:211 [THR] | A:2146 [A] | 3.87 | 81.3 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group134 | 7O9M_T_A | T: 39s ribosomal protein l22, mitochondrial, Homo sapiens (natural) A: 16s rRNA, Homo sapiens (natural) | E7ESL0 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 7
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7O9M_T_A | 7OF0_T_A | 0.98 | 0.98 | 0.63 | 0.97 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4Y4O_1W_1A | 7O9M_T_A | 0.74 | 0.92 | 1.04 | 0.27 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_Q_A | 7O9M_T_A | 0.61 | 0.91 | 1.8 | 0.2 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1VQ8_R_0 | 7O9M_T_A | 0.65 | 0.91 | 2.65 | 0.09 | Ribosomal protein L22 | compare | |
| 1YHQ_R_0 | 7O9M_T_A | 0.64 | 0.91 | 2.58 | 0.09 | Ribosomal protein L22 | compare | |
| 7ASM_Q_A | 7O9M_T_A | 0.71 | 0.89 | 1.66 | 0.23 | Ribosomal protein L22 | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6AZ3_T_1,2 | 7O9M_T_A | 0.66 | 0.78 | 2.7 | 0.09 | Ribosomal protein L22 | compare |