Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
3OG8_A
|
3OG8_C,D
|
5JB2_A
|
5JB2_X,Y
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
A:889 [ILE] | C:2 [G] | A:633 [ILE] | X:3 [U] | ✔ |
A:908 [TRP] | C:1 [G] | A:650 [TRP] | X:2 [G] | ✔ |
A:908 [TRP] | C:2 [G] | A:650 [TRP] | X:3 [U] | ✔ |
A:886 [VAL] | C:1 [G] | A:630 [ILE] | X:2 [G] | ✔ |
A:875 [ILE] | C:1 [G] | A:619 [MET] | X:2 [G] | ✔ |
A:906 [SER] | D:20 [G] | A:648 [LYS] | Y:14 [U] | ✔ |
A:888 [LYS] | C:1 [G] | A:632 [SER] | X:2 [G] | ✔ |
A:888 [LYS] | C:2 [G] | A:632 [SER] | X:3 [U] | ✔ |
A:830 [HIS] | C:1 [G] | A:574 [HIS] | X:2 [G] | ✔ |
A:830 [HIS] | C:2 [G] | A:574 [HIS] | X:3 [U] | ✔ |
A:887 [ILE] | C:1 [G] | A:631 [LEU] | X:2 [G] | ✔ |
A:887 [ILE] | C:2 [G] | A:631 [LEU] | X:3 [U] | ✔ |
A:829 [SER] | C:1 [G] | A:573 [MET] | X:2 [G] | ✔ |
A:829 [SER] | C:2 [G] | A:573 [MET] | X:3 [U] | ✔ |
A:907 [LYS] | C:3 [C] | A:649 [LYS] | X:4 [A] | ✔ |
A:831 [TYR] | C:1 [G] | A:575 [HIS] | X:2 [G] | ✔ |
A:909 [LYS] | C:3 [C] | A:651 [SER] | X:4 [A] | ✔ |
A:851 [LYS] | D:28 [C] | A:595 [PHE] | Y:20 [C] | ❌ 5JB2_A_X,Y |
A:853 [PHE] | C:1 [G] | A:599 [PHE] | X:2 [G] | ❌ 5JB2_A_X,Y |
A:853 [PHE] | D:28 [C] | A:599 [PHE] | Y:20 [C] | ❌ 5JB2_A_X,Y |
A:874 [GLY] | C:1 [G] | A:618 [GLY] | X:2 [G] | ❌ 5JB2_A_X,Y |
A:829 [SER] | D:28 [C] | A:573 [MET] | Y:20 [C] | ❌ 3OG8_A_C,D |
A:831 [TYR] | C:2 [G] | A:575 [HIS] | X:3 [U] | ❌ 3OG8_A_C,D |
A:889 [ILE] | C:1 [G] | A:633 [ILE] | X:2 [G] | ❌ 3OG8_A_C,D |
A:890 [GLU] | C:1 [G] | A:634 [LYS] | X:2 [G] | ❌ 3OG8_A_C,D |
A:906 [SER] | C:3 [C] | A:648 [LYS] | X:4 [A] | ❌ 3OG8_A_C,D |
A:908 [TRP] | C:3 [C] | A:650 [TRP] | X:4 [A] | ❌ 3OG8_A_C,D |
A:903 [THR] | D:19 [C] | A:645 [LYS] | Y:13 [G] | ❌ 3OG8_A:903, 3OG8_D:19 no longer at interface |
A:903 [THR] | D:18 [G] | A:645 [LYS] | Y:12 [GTP] | ❌ 3OG8_A:903, 3OG8_D:18 no longer at interface |
A:905 [TYR] | D:20 [G] | A:647 [TYR] | Y:14 [U] | ❌ 5JB2_A:647 no longer at interface |
A:811 [ARG] | D:20 [G] | A:555 [VAL] | Y:14 [U] | ❌ 5JB2_A:555 no longer at interface |
A:858 [LYS] | C:1 [G] | A:604 [PRO] | X:2 [G] | ❌ 5JB2_A:604 no longer at interface |
A:858 [LYS] | D:28 [C] | A:604 [PRO] | Y:20 [C] | ❌ 5JB2_A:604 no longer at interface |
A:873 [TRP] | C:1 [G] | A:617 [TRP] | X:2 [G] | ❌ 5JB2_A:617 no longer at interface |
A:852 [GLN] | D:28 [C] | A:598 [THR] | Y:20 [C] | ❌ 5JB2_A:598 no longer at interface |
A:904 [LEU] | D:20 [G] | A:646 [LYS] | Y:14 [U] | ❌ 5JB2_A:646 no longer at interface |
A:854 [SER] | C:1 [G] | A:600 [ARG] | X:2 [G] | ❌ 5JB2_A:600 no longer at interface |
A:854 [SER] | D:28 [C] | A:600 [ARG] | Y:20 [C] | ❌ 5JB2_A:600 no longer at interface |
A:828 [GLU] | C:2 [G] | A:572 [ALA] | X:3 [U] | ❌ 3OG8_A:828 no longer at interface |
A:891 [SER] | C:1 [G] | A:635 [ASN] | X:2 [G] | ❌ 3OG8_A:891 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mss4-like | 0.75 | 1.43 | 0.20 | 0.86 | 0.32 | 0.64 | 0.5 | 0.51 | 0.37 | 0.09 | 0.57 |
Other pairs involving 3OG8_A_C,D or 5JB2_A_X,Y
Total number of entries: 12