Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 5JBG_A
|
5JBG_X
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| A:55 [ASN] | X:21 [C] | 3.84 | X:4 [G] | sugar:BB | 82.12 | |
| A:55 [ASN] | X:22 [U] | 3.71 | X:3 [A] | 82.12 | ||
| A:56 [LYS] | X:21 [C] | 3.37 | X:4 [G] | sugar:SC | 78.59 | |
| A:56 [LYS] | X:22 [U] | 3.42 | X:3 [A] | 78.59 | ||
| A:57 [VAL] | X:22 [U] | 2.85 | X:3 [A] | 79.14 | ||
| A:57 [VAL] | X:23 [C] | 3.12 | X:2 [G] | 79.14 | ||
| A:58 [HIS] | X:22 [U] | 4.77 | X:3 [A] | 65.18 | ||
| A:78 [THR] | X:26 [G] | 4.17 | 33.29 | |||
| A:79 [ALA] | X:26 [G] | 2.74 | base:BB | 60.4 | ||
| A:80 [VAL] | X:26 [G] | 3.49 | 60.69 | |||
| A:81 [SER] | X:26 [G] | 3.02 | base:BB | 76.46 | ||
| A:82 [GLY] | X:26 [G] | 3.27 | 66.11 | |||
| A:84 [SER] | X:26 [G] | 3.02 | 36.84 | |||
| A:86 [HIS] | X:26 [G] | 2.95 | base:BB | 21.89 | ||
| A:87 [LYS] | X:25 [G] | 3.56 | 55.2 | |||
| A:87 [LYS] | X:26 [G] | 3.32 | 55.2 | |||
| A:88 [CYS] | X:25 [G] | 2.69 | sugar:BB | 0.0 | ||
| A:88 [CYS] | X:26 [G] | 2.96 | base:BB | 0.0 | ||
| A:89 [PHE] | X:25 [G] | 3.96 | 17.14 | |||
| A:89 [PHE] | X:26 [G] | 3.51 | 17.14 | |||
| A:90 [PHE] | X:25 [G] | 4.41 | 62.17 | |||
| A:90 [PHE] | X:26 [G] | 2.72 | 62.17 | |||
| A:93 [LEU] | X:26 [G] | 3.57 | 22.61 | |||
| A:103 [THR] | X:22 [U] | 3.68 | X:3 [A] | 95.12 | ||
| A:103 [THR] | X:23 [C] | 2.68 | X:2 [G] | 95.12 | ||
| A:105 [GLN] | X:4 [G] | 4.4 | X:21 [C] | 77.9 | ||
| A:105 [GLN] | X:22 [U] | 3.53 | X:3 [A] | 77.9 | ||
| A:105 [GLN] | X:23 [C] | 3.48 | X:2 [G] | 77.9 | ||
| A:106 [ILE] | X:23 [C] | 3.43 | X:2 [G] | 78.8 | ||
| A:106 [ILE] | X:24 [C] | 2.88 | X:1 [GTP] | 78.8 | ||
| A:106 [ILE] | X:26 [G] | 4.2 | 78.8 | |||
| A:109 [ASN] | X:23 [C] | 2.92 | X:2 [G] | sugar:SC | 70.71 | |
| A:109 [ASN] | X:24 [C] | 4.3 | X:1 [GTP] | 70.71 | ||
| A:118 [ALA] | X:26 [G] | 4.21 | 1.97 | |||
| A:137 [GLN] | X:6 [G] | 4.87 | X:19 [C] | 70.28 | ||
| A:138 [LYS] | X:6 [G] | 3.18 | X:19 [C] | 88.68 | ||
| A:138 [LYS] | X:7 [U] | 3.19 | X:18 [A] | 88.68 | ||
| A:139 [GLU] | X:5 [C] | 3.15 | X:20 [G] | 72.65 | ||
| A:139 [GLU] | X:6 [G] | 2.82 | X:19 [C] | 72.65 | ||
| A:140 [ALA] | X:5 [C] | 3.36 | X:20 [G] | 42.91 | ||
| A:140 [ALA] | X:6 [G] | 3.99 | X:19 [C] | 42.91 | ||
| A:141 [VAL] | X:5 [C] | 4.59 | X:20 [G] | 72.52 | ||
| A:144 [LYS] | X:4 [G] | 4.7 | X:21 [C] | 64.62 | ||
| A:144 [LYS] | X:5 [C] | 3.85 | X:20 [G] | 64.62 | ||
| A:256 [GLN] | X:8 [G] | 3.95 | X:17 [C] | base:SC | 85.27 | |
| A:256 [GLN] | X:9 [C] | 3.28 | X:16 [G] | 85.27 | ||
| A:256 [GLN] | X:17 [C] | 4.72 | X:8 [G] | 85.27 | ||
| A:257 [VAL] | X:9 [C] | 4.44 | X:16 [G] | 7.89 | ||
| A:257 [VAL] | X:10 [C] | 3.93 | X:15 [G] | 7.89 | ||
| A:259 [GLU] | X:17 [C] | 3.77 | X:8 [G] | 94.88 | ||
| A:259 [GLU] | X:18 [A] | 3.49 | X:7 [U] | 94.88 | ||
| A:260 [GLN] | X:9 [C] | 4.39 | X:16 [G] | 95.31 | ||
| A:260 [GLN] | X:10 [C] | 2.78 | X:15 [G] | base:SC | 95.31 | |
| A:260 [GLN] | X:15 [G] | 4.05 | X:10 [C] | 95.31 | ||
| A:260 [GLN] | X:16 [G] | 3.06 | X:9 [C] | base:SC, base:SC | 95.31 | |
| A:260 [GLN] | X:17 [C] | 3.38 | X:8 [G] | base/AA stacks | 95.31 | |
| A:261 [ARG] | X:10 [C] | 3.09 | X:15 [G] | sugar:SC | 68.63 | |
| A:261 [ARG] | X:11 [G] | 4.17 | 68.63 | |||
| A:263 [VAL] | X:17 [C] | 3.61 | X:8 [G] | 82.29 | ||
| A:263 [VAL] | X:18 [A] | 3.74 | X:7 [U] | 82.29 | ||
| A:264 [GLU] | X:15 [G] | 4.68 | X:10 [C] | 64.84 | ||
| A:264 [GLU] | X:16 [G] | 2.5 | X:9 [C] | sugar:SC | 64.84 | |
| A:264 [GLU] | X:17 [C] | 4.45 | X:8 [G] | 64.84 | ||
| A:267 [ASN] | X:16 [G] | 4.22 | X:9 [C] | 59.57 | ||
| A:267 [ASN] | X:17 [C] | 3.12 | X:8 [G] | 59.57 | ||
| A:285 [ARG] | X:18 [A] | 2.85 | X:7 [U] | 95.12 | ||
| A:285 [ARG] | X:19 [C] | 4.02 | X:6 [G] | 95.12 | ||
| A:373 [LYS] | X:18 [A] | 4.1 | X:7 [U] | 45.09 | ||
| A:373 [LYS] | X:19 [C] | 3.56 | X:6 [G] | 45.09 | ||
| A:373 [LYS] | X:20 [G] | 3.3 | X:5 [C] | 45.09 | ||
| A:374 [THR] | X:19 [C] | 3.36 | X:6 [G] | 85.44 | ||
| A:374 [THR] | X:20 [G] | 3.62 | X:5 [C] | 85.44 | ||
| A:375 [ARG] | X:19 [C] | 4.61 | X:6 [G] | 81.76 | ||
| A:375 [ARG] | X:20 [G] | 2.85 | X:5 [C] | 81.76 | ||
| A:375 [ARG] | X:21 [C] | 2.75 | X:4 [G] | 81.76 | ||
| A:376 [GLN] | X:20 [G] | 4.43 | X:5 [C] | 61.3 | ||
| A:402 [THR] | X:21 [C] | 3.63 | X:4 [G] | 78.45 | ||
| A:403 [GLY] | X:21 [C] | 2.6 | X:4 [G] | 90.82 | ||
| A:403 [GLY] | X:22 [U] | 3.6 | X:3 [A] | 90.82 | ||
| A:404 [SER] | X:21 [C] | 4.34 | X:4 [G] | 77.66 | ||
| A:404 [SER] | X:22 [U] | 2.53 | X:3 [A] | 77.66 | ||
| A:404 [SER] | X:23 [C] | 4.69 | X:2 [G] | 77.66 | ||
| A:405 [GLY] | X:21 [C] | 3.35 | X:4 [G] | 64.4 | ||
| A:405 [GLY] | X:22 [U] | 4.2 | X:3 [A] | 64.4 | ||
| A:406 [HIS] | X:1 [GTP] | 3.26 | X:24 [C] | base/AA stacks | 54.89 | |
| A:406 [HIS] | X:2 [G] | 2.68 | X:23 [C] | base:SC | 54.89 | |
| A:406 [HIS] | X:3 [A] | 4.47 | X:22 [U] | 54.89 | ||
| A:406 [HIS] | X:21 [C] | 4.98 | X:4 [G] | 54.89 | ||
| A:406 [HIS] | X:22 [U] | 4.24 | X:3 [A] | 54.89 | ||
| A:406 [HIS] | X:23 [C] | 4.19 | X:2 [G] | 54.89 | ||
| A:407 [SER] | X:1 [GTP] | 3.59 | X:24 [C] | 82.83 | ||
| A:407 [SER] | X:20 [G] | 4.43 | X:5 [C] | 82.83 | ||
| A:408 [ASN] | X:1 [GTP] | 2.88 | X:24 [C] | 64.15 | ||
| A:409 [GLN] | X:19 [C] | 3.58 | X:6 [G] | 69.76 | ||
| A:411 [LYS] | X:1 [GTP] | 4.29 | X:24 [C] | 60.39 | ||
| A:418 [GLN] | X:22 [U] | 4.06 | X:3 [A] | 95.04 | ||
| A:436 [THR] | X:20 [G] | 3.82 | X:5 [C] | 98.87 | ||
| A:436 [THR] | X:21 [C] | 2.64 | X:4 [G] | 98.87 | ||
| A:437 [SER] | X:20 [G] | 2.8 | X:5 [C] | sugar:SC | 89.29 | |
| A:437 [SER] | X:21 [C] | 4.53 | X:4 [G] | 89.29 | ||
| A:438 [VAL] | X:21 [C] | 3.78 | X:4 [G] | 94.99 | ||
| A:438 [VAL] | X:22 [U] | 4.33 | X:3 [A] | 94.99 | ||
| A:457 [MET] | X:7 [U] | 4.49 | X:18 [A] | 83.44 | ||
| A:457 [MET] | X:8 [G] | 3.42 | X:17 [C] | 83.44 | ||
| A:457 [MET] | X:9 [C] | 4.84 | X:16 [G] | 83.44 | ||
| A:458 [THR] | X:7 [U] | 4.49 | X:18 [A] | 61.64 | ||
| A:458 [THR] | X:8 [G] | 4.32 | X:17 [C] | 61.64 | ||
| A:459 [ASN] | X:7 [U] | 4.12 | X:18 [A] | 73.69 | ||
| A:459 [ASN] | X:8 [G] | 3.57 | X:17 [C] | 73.69 | ||
| A:486 [ARG] | X:9 [C] | 3.35 | X:16 [G] | 58.25 | ||
| A:486 [ARG] | X:10 [C] | 3.22 | X:15 [G] | 58.25 | ||
| A:490 [ARG] | X:8 [G] | 3.03 | X:17 [C] | 64.92 | ||
| A:490 [ARG] | X:9 [C] | 3.72 | X:16 [G] | 64.92 | ||
| A:537 [ARG] | X:15 [G] | 4.85 | X:10 [C] | 13.79 | ||
| A:571 [GLU] | X:24 [C] | 3.76 | X:1 [GTP] | 93.61 | ||
| A:572 [ALA] | X:3 [A] | 4.42 | X:22 [U] | 18.23 | ||
| A:573 [MET] | X:2 [G] | 3.28 | X:23 [C] | 63.74 | ||
| A:573 [MET] | X:3 [A] | 3.4 | X:22 [U] | 63.74 | ||
| A:573 [MET] | X:23 [C] | 4.55 | X:2 [G] | 63.74 | ||
| A:573 [MET] | X:24 [C] | 3.89 | X:1 [GTP] | 63.74 | ||
| A:574 [HIS] | X:1 [GTP] | 4.21 | X:24 [C] | 94.48 | ||
| A:574 [HIS] | X:2 [G] | 2.79 | X:23 [C] | sugar:SC | 94.48 | |
| A:574 [HIS] | X:3 [A] | 4.76 | X:22 [U] | 94.48 | ||
| A:574 [HIS] | X:24 [C] | 4.65 | X:1 [GTP] | 94.48 | ||
| A:575 [HIS] | X:2 [G] | 4.74 | X:23 [C] | 88.66 | ||
| A:575 [HIS] | X:3 [A] | 4.44 | X:22 [U] | 88.66 | ||
| A:593 [ILE] | X:1 [GTP] | 3.24 | X:24 [C] | 45.03 | ||
| A:595 [PHE] | X:1 [GTP] | 3.19 | X:24 [C] | base/AA stacks | 23.46 | |
| A:597 [ARG] | X:24 [C] | 2.63 | X:1 [GTP] | 80.92 | ||
| A:597 [ARG] | X:25 [G] | 3.28 | 80.92 | |||
| A:597 [ARG] | X:26 [G] | 4.54 | 80.92 | |||
| A:598 [THR] | X:25 [G] | 2.99 | base:BB | 45.25 | ||
| A:599 [PHE] | X:1 [GTP] | 3.74 | X:24 [C] | 81.18 | ||
| A:599 [PHE] | X:24 [C] | 3.39 | X:1 [GTP] | base/AA stacks | 81.18 | |
| A:599 [PHE] | X:25 [G] | 3.39 | 81.18 | |||
| A:600 [ARG] | X:24 [C] | 4.94 | X:1 [GTP] | 47.53 | ||
| A:600 [ARG] | X:25 [G] | 2.61 | base/AA stacks | 47.53 | ||
| A:601 [ASP] | X:25 [G] | 4.47 | 94.06 | |||
| A:602 [TRP] | X:1 [GTP] | 4.02 | X:24 [C] | 87.36 | ||
| A:602 [TRP] | X:24 [C] | 4.27 | X:1 [GTP] | 87.36 | ||
| A:607 [ARG] | X:1 [GTP] | 2.91 | X:24 [C] | 60.38 | ||
| A:616 [GLU] | X:1 [GTP] | 5.0 | X:24 [C] | 4.3 | ||
| A:619 [MET] | X:1 [GTP] | 3.52 | X:24 [C] | 71.89 | ||
| A:619 [MET] | X:2 [G] | 3.98 | X:23 [C] | 71.89 | ||
| A:630 [ILE] | X:2 [G] | 4.2 | X:23 [C] | 69.58 | ||
| A:632 [SER] | X:2 [G] | 2.85 | X:23 [C] | 36.06 | ||
| A:633 [ILE] | X:3 [A] | 4.68 | X:22 [U] | 77.76 | ||
| A:634 [LYS] | X:1 [GTP] | 2.94 | X:24 [C] | 78.73 | ||
| A:634 [LYS] | X:2 [G] | 4.4 | X:23 [C] | 78.73 | ||
| A:645 [LYS] | X:15 [G] | 3.79 | X:10 [C] | 53.15 | ||
| A:645 [LYS] | X:16 [G] | 2.73 | X:9 [C] | 53.15 | ||
| A:648 [LYS] | X:3 [A] | 4.92 | X:22 [U] | 78.66 | ||
| A:648 [LYS] | X:17 [C] | 2.97 | X:8 [G] | 78.66 | ||
| A:648 [LYS] | X:18 [A] | 2.67 | X:7 [U] | 78.66 | ||
| A:649 [LYS] | X:3 [A] | 4.64 | X:22 [U] | 79.75 | ||
| A:649 [LYS] | X:4 [G] | 3.37 | X:21 [C] | 79.75 | ||
| A:649 [LYS] | X:5 [C] | 3.97 | X:20 [G] | 79.75 | ||
| A:650 [TRP] | X:2 [G] | 4.42 | X:23 [C] | 87.58 | ||
| A:650 [TRP] | X:3 [A] | 3.12 | X:22 [U] | 87.58 | ||
| A:651 [SER] | X:4 [G] | 3.08 | X:21 [C] | 73.3 | ||
| A:652 [THR] | X:16 [G] | 4.61 | X:9 [C] | 39.75 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group135 | 5JBG_A_X | A: Lgp2, Gallus gallus (genetically engineered) X: Synthetic construct (synthetic) | G0YYQ5 | P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like | ✘ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 5
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2YKG_A_C,D | 5JBG_A_X | 0.54 | 0.71 | 3.07 | 0.31 | P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like | compare | |
| 5JAJ_A_X,Y | 5JBG_A_X | 0.90 | 0.99 | 0.92 | 0.62 | P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like | compare | |
| 3ZD7_A_C,D | 5JBG_A_X | 0.37 | 0.71 | 4.53 | 0.34 | P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like | compare | |
| 5JB2_A_X,Y | 5JBG_A_X | 0.92 | 0.99 | 0.88 | 0.62 | P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases & Helical bundle in Hef helicase & Mss4-like | compare | |
| 5JBG_A_X | 5ZC9_A_B | 0.64 | 0.76 | 2.44 | 0.1 | P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases | compare |