RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group137 > 1YHQ_J_0 vs 7RYG_I_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

1YHQ_J
1YHQ_0
7RYG_I
7RYG_A
Conserved?
J:31 [LEU] 0:1104 [C] I:37 [ARG] A:1004 [C] ✔
J:83 [ILE] 0:1241 [G] I:105 [VAL] A:1135 [G] ✔
J:60 [ARG] 0:1236 [A] I:75 [TYR] A:1129 [U] ✔
J:60 [ARG] 0:1237 [U] I:75 [TYR] A:1130 [A] ✔
J:20 [GLY] 0:1109 [U] I:26 [GLY] A:1009 [U] ✔
J:20 [GLY] 0:1242 [A] I:26 [GLY] A:1136 [G] ✔
J:20 [GLY] 0:1243 [C] I:26 [GLY] A:1137 [C] ✔
J:20 [GLY] 0:1247 [A] I:26 [GLY] A:1141 [A] ✔
J:57 [TYR] 0:1242 [A] I:74 [TYR] A:1136 [G] ✔
J:47 [THR] 0:1119 [G] I:65 [THR] A:1019 [G] ✔
J:47 [THR] 0:1244 [U] I:65 [THR] A:1138 [U] ✔
J:85 [GLY] 0:1103 [C] I:107 [GLY] A:1003 [C] ✔
J:85 [GLY] 0:1104 [C] I:107 [GLY] A:1004 [C] ✔
J:85 [GLY] 0:1240 [G] I:107 [GLY] A:1134 [G] ✔
J:85 [GLY] 0:1241 [G] I:107 [GLY] A:1135 [G] ✔
J:69 [TYR] 0:1235 [G] I:84 [LEU] A:1128 [G] ✔
J:69 [TYR] 0:1236 [A] I:84 [LEU] A:1129 [U] ✔
J:19 [MET] 0:1242 [A] I:25 [LEU] A:1136 [G] ✔
J:19 [MET] 0:1243 [C] I:25 [LEU] A:1137 [C] ✔
J:87 [LEU] 0:1103 [C] I:109 [LEU] A:1003 [C] ✔
J:87 [LEU] 0:1104 [C] I:109 [LEU] A:1004 [C] ✔
J:18 [ILE] 0:1243 [C] I:24 [THR] A:1137 [C] ✔
J:18 [ILE] 0:1244 [U] I:24 [THR] A:1138 [U] ✔
J:28 [GLU] 0:1103 [C] I:34 [ARG] A:1003 [C] ✔
J:81 [ARG] 0:1241 [G] I:103 [ARG] A:1135 [G] ✔
J:48 [GLY] 0:1244 [U] I:66 [GLY] A:1138 [U] ✔
J:90 [LYS] 0:535 [G] I:112 [GLY] A:528 [A] ✔
J:88 [PRO] 0:1104 [C] I:110 [PRO] A:1004 [C] ✔
J:88 [PRO] 0:1105 [C] I:110 [PRO] A:1005 [A] ✔
J:92 [GLN] 0:614 [U] I:113 [PRO] A:555 [C] ✔
J:70 [PHE] 0:2677 [A] I:85 [LYS] A:2637 [A] ✔
J:61 [VAL] 0:2677 [A] I:76 [ARG] A:2637 [A] ✔
J:27 [ALA] 0:1103 [C] I:33 [ALA] A:1003 [C] ✔
J:99 [GLU] 0:2814 [A] I:120 [LYS] A:2775 [U] ✔
J:99 [GLU] 0:2815 [G] I:120 [LYS] A:2776 [A] ✔
J:24 [SER] 0:1102 [C] I:30 [THR] A:1002 [C] ✔
J:24 [SER] 0:1103 [C] I:30 [THR] A:1003 [C] ✔
J:24 [SER] 0:1109 [U] I:30 [THR] A:1009 [U] ✔
J:24 [SER] 0:1241 [G] I:30 [THR] A:1135 [G] ✔
J:24 [SER] 0:1247 [A] I:30 [THR] A:1141 [A] ✔
J:74 [ARG] 0:2675 [A] I:96 [LYS] A:2635 [A] ✔
J:74 [ARG] 0:2676 [C] I:96 [LYS] A:2636 [G] ✔
J:21 [ARG] 0:1109 [U] I:27 [ARG] A:1009 [U] ✔
J:21 [ARG] 0:1243 [C] I:27 [ARG] A:1137 [C] ✔
J:21 [ARG] 0:1244 [U] I:27 [ARG] A:1138 [U] ✔
J:21 [ARG] 0:1246 [A] I:27 [ARG] A:1140 [A] ✔
J:21 [ARG] 0:1247 [A] I:27 [ARG] A:1141 [A] ✔
J:84 [ARG] 0:2081 [A] I:106 [LYS] A:2036 [G] ✔
J:84 [ARG] 0:2082 [G] I:106 [LYS] A:2037 [U] ✔
J:65 [ASN] 0:1235 [G] I:79 [GLU] A:1128 [G] ✔
J:82 [THR] 0:1241 [G] I:104 [ALA] A:1135 [G] ✔
J:82 [THR] 0:1242 [A] I:104 [ALA] A:1136 [G] ✔
J:49 [ARG] 0:1118 [A] I:67 [ASN] A:1018 [A] ✔
J:49 [ARG] 0:1119 [G] I:67 [ASN] A:1019 [G] ✔
J:46 [ILE] 0:1243 [C] I:64 [VAL] A:1137 [C] ✔
J:45 [VAL] 0:1243 [C] I:63 [GLN] A:1137 [C] ✔
J:86 [MET] 0:1103 [C] I:108 [MET] A:1003 [C] ✔
J:86 [MET] 0:1104 [C] I:108 [MET] A:1004 [C] ✔
J:86 [MET] 0:1240 [G] I:108 [MET] A:1134 [G] ✔
J:86 [MET] 0:1241 [G] I:108 [MET] A:1135 [G] ✔
J:86 [MET] 0:1242 [A] I:108 [MET] A:1136 [G] ✔
J:95 [ARG] 0:534 [C] I:116 [TYR] A:527 [A] ✔
J:63 [ILE] 0:1235 [G] I:77 [HIS] A:1128 [G] ✔
J:63 [ILE] 0:1236 [A] I:77 [HIS] A:1129 [U] ✔
J:31 [LEU] 0:1103 [C] I:37 [ARG] A:1003 [C] ❌ 7RYG_I_A
J:60 [ARG] 0:1241 [G] I:75 [TYR] A:1135 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:60 [ARG] 0:1242 [A] I:75 [TYR] A:1136 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:69 [TYR] 0:1237 [U] I:84 [LEU] A:1130 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:69 [TYR] 0:2080 [G] I:84 [LEU] A:2035 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:69 [TYR] 0:2081 [A] I:84 [LEU] A:2036 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:69 [TYR] 0:2082 [G] I:84 [LEU] A:2037 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:69 [TYR] 0:2677 [A] I:84 [LEU] A:2637 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:89 [HIS] 0:2081 [A] I:111 [LYS] A:2036 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:28 [GLU] 0:1104 [C] I:34 [ARG] A:1004 [C] ❌ 7RYG_I_A
J:81 [ARG] 0:2081 [A] I:103 [ARG] A:2036 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:81 [ARG] 0:2082 [G] I:103 [ARG] A:2037 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:93 [ARG] 0:1104 [C] I:114 [LEU] A:1004 [C] ❌ 7RYG_I_A
J:93 [ARG] 0:1105 [C] I:114 [LEU] A:1005 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:68 [GLY] 0:2081 [A] I:83 [GLY] A:2036 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:68 [GLY] 0:2082 [G] I:83 [GLY] A:2037 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:102 [ARG] 0:2815 [G] I:123 [LYS] A:2776 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:90 [LYS] 0:2081 [A] I:112 [GLY] A:2036 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:90 [LYS] 0:2082 [G] I:112 [GLY] A:2037 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:90 [LYS] 0:2083 [A] I:112 [GLY] A:2038 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:92 [GLN] 0:613 [C] I:113 [PRO] A:554 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:70 [PHE] 0:2081 [A] I:85 [LYS] A:2036 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:70 [PHE] 0:2082 [G] I:85 [LYS] A:2037 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:70 [PHE] 0:2675 [A] I:85 [LYS] A:2635 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:70 [PHE] 0:2676 [C] I:85 [LYS] A:2636 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:64 [GLY] 0:1235 [G] I:78 [THR] A:1128 [G] ❌ 7RYG_I_A
J:49 [ARG] 0:1244 [U] I:67 [ASN] A:1138 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:86 [MET] 0:1247 [A] I:108 [MET] A:1141 [A] ❌ 7RYG_I_A
J:95 [ARG] 0:2814 [A] I:116 [TYR] A:2775 [U] ❌ 7RYG_I_A
J:81 [ARG] 0:1242 [A] I:103 [ARG] A:1136 [G] ❌ 1YHQ_J_0
J:89 [HIS] 0:1104 [C] I:111 [LYS] A:1004 [C] ❌ 1YHQ_J_0
J:89 [HIS] 0:2080 [G] I:111 [LYS] A:2035 [U] ❌ 1YHQ_J_0
J:90 [LYS] 0:615 [G] I:112 [GLY] A:556 [U] ❌ 1YHQ_J_0
J:92 [GLN] 0:615 [G] I:113 [PRO] A:556 [U] ❌ 1YHQ_J_0
J:92 [GLN] 0:534 [C] I:113 [PRO] A:527 [A] ❌ 1YHQ_J_0
J:92 [GLN] 0:535 [G] I:113 [PRO] A:528 [A] ❌ 1YHQ_J_0
J:93 [ARG] 0:615 [G] I:114 [LEU] A:556 [U] ❌ 1YHQ_J_0
J:93 [ARG] 0:614 [U] I:114 [LEU] A:555 [C] ❌ 1YHQ_J_0
J:95 [ARG] 0:2083 [A] I:116 [TYR] A:2038 [A] ❌ 1YHQ_J_0
J:95 [ARG] 0:535 [G] I:116 [TYR] A:528 [A] ❌ 1YHQ_J_0
J:31 [LEU] 0:1105 [C] I:37 [ARG] A:1005 [A] ❌ 1YHQ_J_0
J:61 [VAL] 0:2676 [C] I:76 [ARG] A:2636 [G] ❌ 1YHQ_J_0
J:63 [ILE] 0:2081 [A] I:77 [HIS] A:2036 [G] ❌ 1YHQ_J_0
J:64 [GLY] 0:2677 [A] I:78 [THR] A:2637 [A] ❌ 1YHQ_J_0
J:65 [ASN] 0:2082 [G] I:79 [GLU] A:2037 [U] ❌ 1YHQ_J_0
J:66 [ASP] 0:2677 [A] I:80 [PHE] A:2637 [A] ❌ 1YHQ_J_0
J:70 [PHE] 0:2803 [C] I:85 [LYS] A:2764 [C] ❌ 1YHQ_J_0
J:66 [ASP] 0:2654 [C] I:80 [PHE] A:2615 [C] ❌ 7RYG_A:2615 no longer at interface
J:66 [ASP] 0:2655 [U] I:80 [PHE] A:2616 [C] ❌ 7RYG_A:2616 no longer at interface
J:47 [THR] 0:1117 [A] I:65 [THR] A:1017 [A] ❌ 7RYG_A:1017 no longer at interface
J:73 [LYS] 0:2804 [C] I:92 [LEU] A:2765 [U] ❌ 7RYG_I:92, 7RYG_A:2765 no longer at interface
J:65 [ASN] 0:1234 [U] I:79 [GLU] A:1127 [U] ❌ 7RYG_A:1127 no longer at interface
J:65 [ASN] 0:2065 [C] I:79 [GLU] A:2020 [G] ❌ 7RYG_A:2020 no longer at interface
J:65 [ASN] 0:2066 [C] I:79 [GLU] A:2021 [C] ❌ 7RYG_A:2021 no longer at interface
J:95 [ARG] 0:533 [U] I:116 [TYR] A:526 [C] ❌ 7RYG_A:526 no longer at interface
J:31 [LEU] 0:1106 [A] I:37 [ARG] A:1006 [A] ❌ 1YHQ_0:1106 no longer at interface
J:64 [GLY] 0:2678 [A] I:78 [THR] A:2638 [G] ❌ 1YHQ_0:2678 no longer at interface
J:66 [ASP] 0:2678 [A] I:80 [PHE] A:2638 [G] ❌ 1YHQ_0:2678 no longer at interface
J:68 [GLY] 0:2678 [A] I:83 [GLY] A:2638 [G] ❌ 1YHQ_0:2678 no longer at interface
J:70 [PHE] 0:2678 [A] I:85 [LYS] A:2638 [G] ❌ 1YHQ_0:2678 no longer at interface
J:76 [ASP] 0:2815 [G] I:98 [GLU] A:2776 [A] ❌ 7RYG_I:98 no longer at interface
J:104 [TYR] 0:2815 [G] I:125 [TYR] A:2776 [A] ❌ 7RYG_I:125 no longer at interface
J:101 [VAL] 0:2815 [G] I:122 [MET] A:2776 [A] ❌ 7RYG_I:122 no longer at interface
J:52 [GLN] 0:1119 [G] I:71 [ASP] A:1019 [G] ❌ 7RYG_I:71 no longer at interface
J:52 [GLN] 0:1244 [U] I:71 [ASP] A:1138 [U] ❌ 7RYG_I:71 no longer at interface
J:73 [LYS] 0:2676 [C] I:92 [LEU] A:2636 [G] ❌ 7RYG_I:92 no longer at interface
J:73 [LYS] 0:2677 [A] I:92 [LEU] A:2637 [A] ❌ 7RYG_I:92 no longer at interface
J:56 [LYS] 0:1236 [A] I:73 [LYS] A:1129 [U] ❌ 7RYG_I:73 no longer at interface
J:56 [LYS] 0:1237 [U] I:73 [LYS] A:1130 [A] ❌ 7RYG_I:73 no longer at interface
J:56 [LYS] 0:1241 [G] I:73 [LYS] A:1135 [G] ❌ 7RYG_I:73 no longer at interface
J:56 [LYS] 0:1242 [A] I:73 [LYS] A:1136 [G] ❌ 7RYG_I:73 no longer at interface
J:78 [ILE] 0:1242 [A] I:100 [ILE] A:1136 [G] ❌ 7RYG_I:100 no longer at interface
J:72 [PRO] 0:2676 [C] I:87 [THR] A:2636 [G] ❌ 7RYG_I:87 no longer at interface
J:80 [LYS] 0:2815 [G] I:102 [GLU] A:2776 [A] ❌ 7RYG_I:102 no longer at interface
J:25 [GLN] 0:1109 [U] I:31 [GLU] A:1009 [U] ❌ 7RYG_I:31 no longer at interface
J:103 [VAL] 0:2815 [G] I:124 [VAL] A:2776 [A] ❌ 7RYG_I:124 no longer at interface
J:71 [TYR] 0:1242 [A] I:86 [GLU] A:1136 [G] ❌ 7RYG_I:86 no longer at interface
J:71 [TYR] 0:2676 [C] I:86 [GLU] A:2636 [G] ❌ 7RYG_I:86 no longer at interface
J:71 [TYR] 0:2677 [A] I:86 [GLU] A:2637 [A] ❌ 7RYG_I:86 no longer at interface
J:94 [GLY] 0:615 [G] I:115 [GLY] A:556 [U] ❌ 1YHQ_J:94 no longer at interface
J:53 [ILE] 0:1242 [A] I:72 [LYS] A:1136 [G] ❌ 1YHQ_J:53 no longer at interface
J:53 [ILE] 0:1243 [C] I:72 [LYS] A:1137 [C] ❌ 1YHQ_J:53 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L13 and L16-A 0.91 3.68 0.19 0.61 0.92 0.61 0.71 0.48 0.48 0.20 0.43


Other pairs involving 1YHQ_J_0 or 7RYG_I_A

Total number of entries: 16

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1N_1A 7RYG_I_A 0.88 0.96 1.67 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1YHQ_J_0 7OF0_K_A 0.41 0.91 3.37 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 6AZ3_H_1 0.54 0.75 1.56 0.29 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 4Y4O_1N_1A 0.51 0.92 3.01 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 7RYG_I_A 0.48 0.91 3.68 0.19 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 6S0Z_H_A 0.39 0.92 3.38 0.22 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 6YSI_F_1 0.50 0.91 3.15 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 7K00_i_a 0.39 0.9 3.39 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 7O7Y_BO_B5 0.54 0.94 1.64 0.31 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6S0Z_H_A 7RYG_I_A 0.89 0.98 1.12 0.56 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7OF0_K_A 7RYG_I_A 0.65 0.91 2.27 0.1 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_F_1 7RYG_I_A 0.96 0.98 1.54 0.96 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_J_0 7RYG_I_A 0.47 0.91 3.7 0.17 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1VQ8_J_0 1YHQ_J_0 0.99 1.0 0.19 1.0 Ribosomal protein L13 and L16-A Archaeal large subunit ribosomal RNA compare
6AZ3_H_1 7RYG_I_A 0.58 0.66 3.27 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
7K00_i_a 7RYG_I_A 0.90 0.99 1.74 0.78 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare