RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group137 > 4Y4O_1N_1A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4Y4O_1N
4Y4O_1A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
1N:1 [MET] 1A:1041 [C] 4.28 0.0
1N:2 [LYS] 1A:562 [C] 4.24 1A:579 [G] 0.0
1N:2 [LYS] 1A:1041 [C] 3.49 0.0
1N:3 [THR] 1A:1041 [C] 2.61 base:SC, base:BB 0.0
1N:5 [VAL] 1A:562 [C] 3.77 1A:579 [G] 0.0
1N:5 [VAL] 1A:563 [G] 3.6 1A:578 [U] 0.0
1N:8 [GLN] 1A:9 [U] 4.94 1A:2641 [A] 0.0
1N:13 [TRP] 1A:7 [G] 3.46 1A:2905 [C] 0.0
1N:22 [THR] 1A:1185 [C] 3.83 1A:1070 [G] 0.0
1N:22 [THR] 1A:1186 [U] 3.82 1A:1067 [A] 0.0
1N:23 [LEU] 1A:1184 [G] 3.99 1A:1071 [G] 75.01
1N:23 [LEU] 1A:1185 [C] 3.51 1A:1070 [G] 75.01
1N:24 [GLY] 1A:1058 [U] 4.18 1A:1189 [A] 97.99
1N:24 [GLY] 1A:1184 [G] 3.0 1A:1071 [G] 97.99
1N:24 [GLY] 1A:1185 [C] 2.76 1A:1070 [G] 97.99
1N:24 [GLY] 1A:1189 [A] 3.53 1A:1058 [U] 97.99
1N:25 [ARG] 1A:1058 [U] 3.19 1A:1189 [A] base/AA stacks 0.0
1N:25 [ARG] 1A:1185 [C] 2.58 1A:1070 [G] 0.0
1N:25 [ARG] 1A:1186 [U] 2.12 1A:1067 [A] 0.0
1N:25 [ARG] 1A:1188 [A] 3.78 1A:1065 [U] 0.0
1N:25 [ARG] 1A:1189 [A] 2.59 1A:1058 [U] base/AA stacks 0.0
1N:28 [THR] 1A:1051 [C] 3.17 1A:1183 [G] sugar:SC 0.0
1N:28 [THR] 1A:1052 [C] 3.39 1A:1182 [G] 0.0
1N:28 [THR] 1A:1058 [U] 2.97 1A:1189 [A] base:SC 0.0
1N:28 [THR] 1A:1183 [G] 3.65 1A:1051 [C] 0.0
1N:28 [THR] 1A:1189 [A] 3.63 1A:1058 [U] 0.0
1N:29 [LYS] 1A:1058 [U] 4.3 1A:1189 [A] 0.0
1N:31 [ALA] 1A:1052 [C] 3.43 1A:1182 [G] 0.0
1N:32 [THR] 1A:1052 [C] 3.81 1A:1182 [G] 0.0
1N:35 [ARG] 1A:1052 [C] 4.85 1A:1182 [G] 0.0
1N:35 [ARG] 1A:1053 [C] 2.91 1A:1181 [G] 0.0
1N:35 [ARG] 1A:1054 [C] 3.61 1A:1055 [A] 0.0
1N:35 [ARG] 1A:1055 [A] 3.9 1A:1054 [C] 0.0
1N:37 [LYS] 1A:1052 [C] 4.27 1A:1182 [G] 0.0
1N:37 [LYS] 1A:1053 [C] 2.53 1A:1181 [G] 0.0
1N:37 [LYS] 1A:1054 [C] 4.04 1A:1055 [A] 0.0
1N:37 [LYS] 1A:1055 [A] 2.83 1A:1054 [C] 0.0
1N:44 [PRO] 1A:581 [G] 3.69 1A:560 [C] 0.0
1N:45 [ASN] 1A:561 [A] 3.91 1A:580 [U] 0.0
1N:45 [ASN] 1A:562 [C] 3.09 1A:579 [G] base:SC 0.0
1N:45 [ASN] 1A:579 [G] 3.79 1A:562 [C] 0.0
1N:45 [ASN] 1A:580 [U] 2.9 1A:561 [A] base:SC, sugar:BB 0.0
1N:45 [ASN] 1A:581 [G] 3.22 1A:560 [C] 0.0
1N:46 [VAL] 1A:580 [U] 4.56 1A:561 [A] 0.0
1N:51 [PHE] 1A:7 [G] 3.98 1A:2905 [C] 0.0
1N:51 [PHE] 1A:8 [A] 3.49 1A:2904 [U] 0.0
1N:61 [ARG] 1A:1185 [C] 4.79 1A:1070 [G] 0.0
1N:62 [VAL] 1A:1185 [C] 4.34 1A:1070 [G] 54.11
1N:63 [THR] 1A:1068 [G] 4.17 1A:1069 [U] 84.16
1N:63 [THR] 1A:1185 [C] 4.72 1A:1070 [G] 84.16
1N:63 [THR] 1A:1186 [U] 2.44 1A:1067 [A] 84.16
1N:64 [GLY] 1A:1186 [U] 3.51 1A:1067 [A] 86.52
1N:65 [LYS] 1A:1066 [A] 4.61 54.61
1N:65 [LYS] 1A:1067 [A] 3.25 1A:1186 [U] 54.61
1N:65 [LYS] 1A:1068 [G] 2.71 1A:1069 [U] 54.61
1N:65 [LYS] 1A:1186 [U] 4.41 1A:1067 [A] 54.61
1N:66 [LYS] 1A:1068 [G] 2.84 1A:1069 [U] base:SC 89.78
1N:66 [LYS] 1A:1185 [C] 2.85 1A:1070 [G] 89.78
1N:66 [LYS] 1A:1186 [U] 3.7 1A:1067 [A] 89.78
1N:69 [GLN] 1A:1068 [G] 3.39 1A:1069 [U] 49.25
1N:70 [LYS] 1A:1183 [G] 4.84 1A:1051 [C] 84.93
1N:70 [LYS] 1A:1184 [G] 2.65 1A:1071 [G] 84.93
1N:72 [TYR] 1A:1184 [G] 3.72 1A:1071 [G] 77.42
1N:73 [THR] 1A:1177 [G] 3.22 31.5
1N:73 [THR] 1A:1178 [A] 4.38 31.5
1N:74 [ARG] 1A:1177 [G] 4.93 60.16
1N:74 [ARG] 1A:2652 [G] 3.36 1A:2787 [C] 60.16
1N:74 [ARG] 1A:2653 [G] 2.72 1A:2786 [C] 60.16
1N:75 [TYR] 1A:1177 [G] 3.29 base/AA stacks 79.25
1N:75 [TYR] 1A:2046 [G] 3.89 1A:2061 [C] 79.25
1N:75 [TYR] 1A:2062 [C] 4.66 1A:2045 [G] 79.25
1N:76 [SER] 1A:2653 [G] 3.24 1A:2786 [C] 89.54
1N:76 [SER] 1A:2654 [G] 2.57 1A:2785 [C] 89.54
1N:78 [TYR] 1A:1177 [G] 4.1 56.94
1N:78 [TYR] 1A:2632 [C] 4.49 1A:2070 [G] 56.94
1N:78 [TYR] 1A:2653 [G] 3.67 1A:2786 [C] 56.94
1N:78 [TYR] 1A:2654 [G] 3.5 1A:2785 [C] 56.94
1N:79 [PRO] 1A:1177 [G] 3.48 66.52
1N:79 [PRO] 1A:2526 [U] 3.45 1A:2582 [G] 66.52
1N:79 [PRO] 1A:2527 [C] 3.79 1A:2581 [G] 66.52
1N:80 [GLY] 1A:1177 [G] 2.63 86.42
1N:80 [GLY] 1A:2526 [U] 4.93 1A:2582 [G] 86.42
1N:80 [GLY] 1A:2527 [C] 3.64 1A:2581 [G] 86.42
1N:81 [GLY] 1A:1177 [G] 4.33 75.53
1N:81 [GLY] 1A:2654 [G] 3.71 1A:2785 [C] 75.53
1N:82 [LEU] 1A:1177 [G] 3.58 57.04
1N:82 [LEU] 1A:1178 [A] 3.52 57.04
1N:83 [LYS] 1A:2653 [G] 2.98 1A:2786 [C] 75.4
1N:83 [LYS] 1A:2654 [G] 3.98 1A:2785 [C] 75.4
1N:83 [LYS] 1A:2781 [C] 4.74 1A:2749 [G] 75.4
1N:83 [LYS] 1A:2782 [C] 5.0 1A:2748 [G] 75.4
1N:89 [LYS] 1A:2781 [C] 3.78 1A:2749 [G] 45.92
1N:94 [HIS] 1A:2651 [A] 3.87 1A:2788 [A] 59.04
1N:94 [HIS] 1A:2652 [G] 3.58 1A:2787 [C] 59.04
1N:97 [ARG] 1A:2651 [A] 3.43 1A:2788 [A] 22.62
1N:97 [ARG] 1A:2652 [G] 2.69 1A:2787 [C] 22.62
1N:98 [VAL] 1A:1184 [G] 4.44 1A:1071 [G] 68.04
1N:100 [GLU] 1A:2793 [G] 3.32 base:SC, base:SC 46.05
1N:101 [HIS] 1A:1183 [G] 3.57 1A:1051 [C] sugar:BB 46.19
1N:101 [HIS] 1A:1184 [G] 2.49 1A:1071 [G] 46.19
1N:102 [ALA] 1A:1183 [G] 2.46 1A:1051 [C] sugar:BB 88.27
1N:102 [ALA] 1A:1184 [G] 3.47 1A:1071 [G] 88.27
1N:103 [VAL] 1A:1183 [G] 4.59 1A:1051 [C] 86.44
1N:104 [LYS] 1A:1183 [G] 4.94 1A:1051 [C] 52.59
1N:105 [GLY] 1A:1052 [C] 4.6 1A:1182 [G] 66.84
1N:105 [GLY] 1A:1053 [C] 4.75 1A:1181 [G] 66.84
1N:105 [GLY] 1A:1182 [G] 2.9 1A:1052 [C] base:BB 66.84
1N:105 [GLY] 1A:1183 [G] 3.18 1A:1051 [C] 66.84
1N:106 [MET] 1A:1052 [C] 2.72 1A:1182 [G] sugar:BB 98.28
1N:106 [MET] 1A:1053 [C] 3.15 1A:1181 [G] 98.28
1N:106 [MET] 1A:1182 [G] 4.1 1A:1052 [C] 98.28
1N:106 [MET] 1A:1183 [G] 3.34 1A:1051 [C] 98.28
1N:106 [MET] 1A:1184 [G] 3.83 1A:1071 [G] 98.28
1N:107 [LEU] 1A:1052 [C] 4.85 1A:1182 [G] 0.0
1N:107 [LEU] 1A:1053 [C] 3.56 1A:1181 [G] 0.0
1N:108 [PRO] 1A:1053 [C] 3.51 1A:1181 [G] 0.0
1N:108 [PRO] 1A:1054 [C] 3.9 1A:1055 [A] 0.0
1N:109 [LYS] 1A:581 [G] 4.56 1A:560 [C] 70.98
1N:109 [LYS] 1A:582 [G] 4.8 1A:559 [U] 70.98
1N:109 [LYS] 1A:1053 [C] 4.32 1A:1181 [G] 70.98
1N:109 [LYS] 1A:2061 [C] 3.85 1A:2046 [G] 70.98
1N:109 [LYS] 1A:2062 [C] 3.07 1A:2045 [G] 70.98
1N:110 [GLY] 1A:554 [A] 4.93 1A:2063 [U] 85.91
1N:110 [GLY] 1A:581 [G] 3.6 1A:560 [C] 85.91
1N:111 [PRO] 1A:553 [A] 3.6 0.0
1N:111 [PRO] 1A:554 [A] 3.85 1A:2063 [U] 0.0
1N:111 [PRO] 1A:580 [U] 3.81 1A:561 [A] 0.0
1N:111 [PRO] 1A:581 [G] 3.0 1A:560 [C] 0.0
1N:112 [LEU] 1A:580 [U] 3.54 1A:561 [A] 0.0
1N:112 [LEU] 1A:581 [G] 2.81 1A:560 [C] 0.0
1N:113 [GLY] 1A:581 [G] 4.45 1A:560 [C] 0.0
1N:114 [ARG] 1A:552 [C] 4.3 0.0
1N:114 [ARG] 1A:553 [A] 2.74 0.0
1N:114 [ARG] 1A:554 [A] 2.74 1A:2063 [U] 0.0
1N:114 [ARG] 1A:2064 [A] 3.51 0.0
1N:115 [ARG] 1A:9 [U] 4.97 1A:2641 [A] 0.0
1N:115 [ARG] 1A:580 [U] 4.65 1A:561 [A] 0.0
1N:117 [PHE] 1A:2793 [G] 3.78 0.0
1N:118 [LYS] 1A:8 [A] 4.24 1A:2904 [U] 0.0
1N:118 [LYS] 1A:552 [C] 4.36 0.0
1N:118 [LYS] 1A:2792 [U] 4.56 0.0
1N:118 [LYS] 1A:2793 [G] 3.14 0.0
1N:119 [ARG] 1A:9 [U] 4.22 1A:2641 [A] 0.0
1N:121 [LYS] 1A:7 [G] 4.02 1A:2905 [C] 0.0
1N:121 [LYS] 1A:8 [A] 4.01 1A:2904 [U] 0.0
1N:129 [PRO] 1A:6 [A] 3.47 1A:2906 [U] 0.0
1N:130 [HIS] 1A:6 [A] 2.9 1A:2906 [U] sugar:SC 0.0
1N:130 [HIS] 1A:7 [G] 3.73 1A:2905 [C] 0.0
1N:132 [ALA] 1A:6 [A] 4.23 1A:2906 [U] 0.0
1N:133 [GLN] 1A:6 [A] 3.17 1A:2906 [U] base:SC 0.0
1N:133 [GLN] 1A:7 [G] 3.53 1A:2905 [C] 0.0

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group137 4Y4O_1N_1A 1N: 50s ribosomal protein l13, Thermus thermophilus (strain hb8 / atcc 27634 / dsm 579) (natural) 1A: 23s ribosomal RNA, Thermus thermophilus hb8 (natural) P60488 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 9

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1N_1A 7O7Y_BO_B5 0.39 0.89 3.76 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 4Y4O_1N_1A 0.51 0.92 3.01 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1VQ8_J_0 4Y4O_1N_1A 0.52 0.92 3.01 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
4Y4O_1N_1A 6AZ3_H_1 0.56 0.68 2.95 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
4Y4O_1N_1A 7OF0_K_A 0.67 0.95 1.53 0.13 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 6S0Z_H_A 0.72 0.97 1.13 0.53 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 7K00_i_a 0.74 0.97 0.8 0.6 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 7RYG_I_A 0.88 0.96 1.67 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 6YSI_F_1 0.89 0.97 0.77 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare