RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group137 > 4Y4O_1N_1A vs 7O7Y_BO_B5

Interface analysis


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Licorice
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Cartoon
Licorice
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Structure (with hetatm)
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RNA
Protein
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Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4Y4O_1N
4Y4O_1A
7O7Y_BO
7O7Y_B5
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1N:85 [ILE] 1A:2652 [G] BO:72 [HIS] B5:4331 [U] ❌ 4Y4O_1N:85 no longer at interface
1N:85 [ILE] 1A:2653 [G] BO:72 [HIS] B5:4332 [G] ❌ 4Y4O_1N:85 no longer at interface
1N:90 [MET] 1A:2652 [G] BO:73 [PHE] B5:4331 [U] ❌ 4Y4O_1N:90 no longer at interface
1N:90 [MET] 1A:2651 [A] BO:73 [PHE] B5:4330 [A] ❌ 4Y4O_1N:90 no longer at interface
1N:93 [THR] 1A:2781 [C] BO:74 [ARG] B5:4457 [C] ❌ 4Y4O_1N:93 no longer at interface
1N:93 [THR] 1A:2652 [G] BO:74 [ARG] B5:4331 [U] ❌ 4Y4O_1N:93 no longer at interface
1N:93 [THR] 1A:2653 [G] BO:74 [ARG] B5:4332 [G] ❌ 4Y4O_1N:93 no longer at interface
1N:93 [THR] 1A:2782 [C] BO:74 [ARG] B5:4458 [C] ❌ 4Y4O_1N:93 no longer at interface
1N:93 [THR] 1A:2651 [A] BO:74 [ARG] B5:4330 [A] ❌ 4Y4O_1N:93 no longer at interface

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Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L13 and L16-A 0.89 3.76 0.16 0.64 0.89 0.57 0.73 0.39 0.37 0.25 0.41


Other pairs involving 4Y4O_1N_1A or 7O7Y_BO_B5

Total number of entries: 18

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1N_1A 6S0Z_H_A 0.72 0.97 1.13 0.53 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 6AZ3_H_1 0.56 0.68 2.95 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
4Y4O_1N_1A 6YSI_F_1 0.89 0.97 0.77 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 7OF0_K_A 0.67 0.95 1.53 0.13 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 7O7Y_BO_B5 0.39 0.89 3.76 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
4Y4O_1N_1A 7K00_i_a 0.74 0.97 0.8 0.6 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 7RYG_I_A 0.88 0.96 1.67 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1YHQ_J_0 4Y4O_1N_1A 0.51 0.92 3.01 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 7O7Y_BO_B5 0.54 0.94 1.64 0.31 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_6 7O7Y_BO_B5 0.61 0.81 1.95 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_2 7O7Y_BO_B5 0.47 0.9 1.1 0.23 Ribosomal protein L13 and L16-A Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_H_A 7O7Y_BO_B5 0.37 0.88 4.74 0.17 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_4 7O7Y_BO_B5 0.91 0.87 0.64 0.32 Ribosomal protein L13 and L16-A Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_F_1 7O7Y_BO_B5 0.44 0.89 4.0 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1VQ8_J_0 7O7Y_BO_B5 0.55 0.94 1.64 0.3 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1VQ8_J_0 4Y4O_1N_1A 0.52 0.92 3.01 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_1 7O7Y_BO_B5 0.85 0.91 1.03 0.56 Ribosomal protein L13 and L16-A Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare
7K00_i_a 7O7Y_BO_B5 0.36 0.89 4.02 0.14 Ribosomal protein L13 and L16-A compare