Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 6S0Z_H
|
6S0Z_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| H:1 [MET] | A:580 [C] | 4.92 | A:601 [G] | 42.97 | ||
| H:1 [MET] | A:581 [A] | 3.35 | A:600 [U] | 42.97 | ||
| H:1 [MET] | A:582 [G] | 4.06 | A:599 [A] | 42.97 | ||
| H:1 [MET] | A:1039 [C] | 3.29 | 42.97 | |||
| H:2 [ARG] | A:1039 [C] | 2.76 | sugar:BB | 40.94 | ||
| H:3 [GLN] | A:1039 [C] | 3.27 | 50.2 | |||
| H:4 [THR] | A:1039 [C] | 2.26 | base:SC | 79.71 | ||
| H:6 [MET] | A:581 [A] | 3.91 | A:600 [U] | 0.05 | ||
| H:6 [MET] | A:582 [G] | 4.09 | A:599 [A] | 0.05 | ||
| H:6 [MET] | A:583 [A] | 4.63 | A:598 [G] | 0.05 | ||
| H:8 [ASN] | A:583 [A] | 3.53 | A:598 [G] | 48.57 | ||
| H:16 [TRP] | A:7 [G] | 3.79 | A:2915 [C] | 53.98 | ||
| H:25 [THR] | A:1184 [C] | 3.66 | A:1068 [G] | 55.16 | ||
| H:25 [THR] | A:1185 [U] | 3.86 | A:1065 [A] | 55.16 | ||
| H:26 [LEU] | A:1183 [G] | 4.15 | A:1069 [G] | 75.29 | ||
| H:26 [LEU] | A:1184 [C] | 3.72 | A:1068 [G] | 75.29 | ||
| H:27 [GLY] | A:1056 [U] | 4.13 | A:1187 [A] | 98.9 | ||
| H:27 [GLY] | A:1183 [G] | 3.34 | A:1069 [G] | 98.9 | ||
| H:27 [GLY] | A:1184 [C] | 3.29 | A:1068 [G] | 98.9 | ||
| H:27 [GLY] | A:1187 [A] | 3.64 | A:1056 [U] | 98.9 | ||
| H:28 [ARG] | A:1056 [U] | 3.37 | A:1187 [A] | base/AA stacks | 93.97 | |
| H:28 [ARG] | A:1184 [C] | 3.56 | A:1068 [G] | sugar:SC | 93.97 | |
| H:28 [ARG] | A:1185 [U] | 3.35 | A:1065 [A] | 93.97 | ||
| H:28 [ARG] | A:1186 [A] | 3.51 | A:1063 [U] | 93.97 | ||
| H:28 [ARG] | A:1187 [A] | 3.4 | A:1056 [U] | 93.97 | ||
| H:31 [SER] | A:1049 [C] | 3.32 | A:1182 [G] | base:SC | 74.38 | |
| H:31 [SER] | A:1050 [C] | 3.74 | A:1181 [G] | 74.38 | ||
| H:31 [SER] | A:1056 [U] | 3.52 | A:1187 [A] | base:SC | 74.38 | |
| H:31 [SER] | A:1182 [G] | 3.91 | A:1049 [C] | 74.38 | ||
| H:31 [SER] | A:1187 [A] | 3.6 | A:1056 [U] | 74.38 | ||
| H:32 [GLU] | A:1056 [U] | 4.51 | A:1187 [A] | 26.51 | ||
| H:34 [ALA] | A:1050 [C] | 3.89 | A:1181 [G] | 91.29 | ||
| H:35 [SER] | A:1050 [C] | 4.95 | A:1181 [G] | 30.53 | ||
| H:38 [ARG] | A:1050 [C] | 4.73 | A:1181 [G] | 61.41 | ||
| H:38 [ARG] | A:1051 [C] | 2.66 | A:1180 [G] | 61.41 | ||
| H:38 [ARG] | A:1052 [A] | 3.99 | A:1053 [A] | 61.41 | ||
| H:38 [ARG] | A:1053 [A] | 4.4 | A:1052 [A] | 61.41 | ||
| H:40 [LYS] | A:1050 [C] | 4.44 | A:1181 [G] | 98.64 | ||
| H:40 [LYS] | A:1051 [C] | 3.19 | A:1180 [G] | 98.64 | ||
| H:40 [LYS] | A:1052 [A] | 4.8 | A:1053 [A] | 98.64 | ||
| H:40 [LYS] | A:1053 [A] | 3.35 | A:1052 [A] | 98.64 | ||
| H:40 [LYS] | A:1054 [A] | 4.73 | 98.64 | |||
| H:47 [PRO] | A:600 [U] | 4.98 | A:581 [A] | 71.09 | ||
| H:47 [PRO] | A:601 [G] | 3.78 | A:580 [C] | 71.09 | ||
| H:48 [HIS] | A:581 [A] | 4.42 | A:600 [U] | 70.04 | ||
| H:48 [HIS] | A:582 [G] | 3.22 | A:599 [A] | 70.04 | ||
| H:48 [HIS] | A:599 [A] | 4.1 | A:582 [G] | 70.04 | ||
| H:48 [HIS] | A:600 [U] | 2.95 | A:581 [A] | base:SC | 70.04 | |
| H:48 [HIS] | A:601 [G] | 3.4 | A:580 [C] | 70.04 | ||
| H:49 [VAL] | A:600 [U] | 4.4 | A:581 [A] | 27.21 | ||
| H:54 [TYR] | A:7 [G] | 4.83 | A:2915 [C] | 26.43 | ||
| H:54 [TYR] | A:8 [U] | 3.38 | A:2914 [A] | 26.43 | ||
| H:66 [THR] | A:1066 [G] | 4.16 | A:1067 [U] | 84.84 | ||
| H:66 [THR] | A:1184 [C] | 4.82 | A:1068 [G] | 84.84 | ||
| H:66 [THR] | A:1185 [U] | 2.48 | A:1065 [A] | 84.84 | ||
| H:67 [GLY] | A:1185 [U] | 4.04 | A:1065 [A] | 85.74 | ||
| H:69 [LYS] | A:1066 [G] | 2.64 | A:1067 [U] | base:SC | 89.51 | |
| H:69 [LYS] | A:1184 [C] | 2.98 | A:1068 [G] | 89.51 | ||
| H:69 [LYS] | A:1185 [U] | 3.32 | A:1065 [A] | 89.51 | ||
| H:72 [ASP] | A:1066 [G] | 3.97 | A:1067 [U] | 55.59 | ||
| H:73 [LYS] | A:1183 [G] | 3.23 | A:1069 [G] | 91.5 | ||
| H:73 [LYS] | A:1184 [C] | 4.3 | A:1068 [G] | 91.5 | ||
| H:75 [TYR] | A:1183 [G] | 3.21 | A:1069 [G] | 72.54 | ||
| H:76 [TYR] | A:1176 [U] | 3.29 | base/AA stacks | 44.65 | ||
| H:76 [TYR] | A:1177 [A] | 4.32 | 44.65 | |||
| H:77 [ARG] | A:2667 [G] | 4.13 | A:2801 [C] | 58.03 | ||
| H:77 [ARG] | A:2668 [A] | 2.95 | A:2800 [U] | 58.03 | ||
| H:78 [HIS] | A:1175 [G] | 3.18 | base/AA stacks | 79.29 | ||
| H:78 [HIS] | A:1176 [U] | 4.92 | 79.29 | |||
| H:78 [HIS] | A:2067 [U] | 4.68 | A:2050 [A] | 79.29 | ||
| H:79 [SER] | A:2668 [A] | 3.23 | A:2800 [U] | 87.06 | ||
| H:79 [SER] | A:2669 [G] | 2.58 | A:2799 [C] | 87.06 | ||
| H:80 [ASN] | A:1175 [G] | 2.84 | base:SC, base:SC | 74.99 | ||
| H:80 [ASN] | A:2051 [C] | 4.57 | A:2066 [G] | 74.99 | ||
| H:80 [ASN] | A:2068 [U] | 4.15 | A:574 [A] | 74.99 | ||
| H:81 [HIS] | A:1175 [G] | 4.38 | 61.02 | |||
| H:81 [HIS] | A:2668 [A] | 4.41 | A:2800 [U] | 61.02 | ||
| H:81 [HIS] | A:2669 [G] | 3.77 | A:2799 [C] | 61.02 | ||
| H:82 [PRO] | A:1175 [G] | 3.98 | 69.65 | |||
| H:82 [PRO] | A:2541 [U] | 3.82 | A:2597 [G] | 69.65 | ||
| H:82 [PRO] | A:2542 [C] | 3.9 | A:2596 [G] | 69.65 | ||
| H:83 [GLY] | A:1175 [G] | 2.95 | 83.19 | |||
| H:83 [GLY] | A:2541 [U] | 4.85 | A:2597 [G] | 83.19 | ||
| H:83 [GLY] | A:2542 [C] | 3.74 | A:2596 [G] | 83.19 | ||
| H:84 [GLY] | A:1175 [G] | 4.41 | 71.95 | |||
| H:84 [GLY] | A:2669 [G] | 4.02 | A:2799 [C] | 71.95 | ||
| H:85 [ILE] | A:1175 [G] | 3.88 | 60.57 | |||
| H:85 [ILE] | A:1176 [U] | 3.79 | 60.57 | |||
| H:86 [LYS] | A:2668 [A] | 3.38 | A:2800 [U] | 71.73 | ||
| H:86 [LYS] | A:2669 [G] | 2.69 | A:2799 [C] | 71.73 | ||
| H:97 [ASN] | A:2667 [G] | 4.91 | A:2801 [C] | 63.52 | ||
| H:100 [ARG] | A:2666 [A] | 3.1 | A:2802 [A] | 30.64 | ||
| H:100 [ARG] | A:2667 [G] | 2.39 | A:2801 [C] | 30.64 | ||
| H:101 [LEU] | A:1183 [G] | 4.96 | A:1069 [G] | 70.96 | ||
| H:103 [GLU] | A:2807 [G] | 3.72 | base:SC, base:SC | 57.28 | ||
| H:104 [ASN] | A:1182 [G] | 4.43 | A:1049 [C] | 39.89 | ||
| H:105 [SER] | A:1182 [G] | 2.76 | A:1049 [C] | sugar:BB | 85.56 | |
| H:105 [SER] | A:1183 [G] | 3.43 | A:1069 [G] | 85.56 | ||
| H:106 [ILE] | A:1182 [G] | 4.9 | A:1049 [C] | 85.82 | ||
| H:108 [GLY] | A:1050 [C] | 4.88 | A:1181 [G] | 72.34 | ||
| H:108 [GLY] | A:1181 [G] | 3.55 | A:1050 [C] | base:BB | 72.34 | |
| H:108 [GLY] | A:1182 [G] | 3.41 | A:1049 [C] | 72.34 | ||
| H:109 [MET] | A:1050 [C] | 2.81 | A:1181 [G] | sugar:BB | 98.9 | |
| H:109 [MET] | A:1051 [C] | 3.15 | A:1180 [G] | 98.9 | ||
| H:109 [MET] | A:1181 [G] | 4.26 | A:1050 [C] | 98.9 | ||
| H:109 [MET] | A:1182 [G] | 3.25 | A:1049 [C] | 98.9 | ||
| H:109 [MET] | A:1183 [G] | 4.34 | A:1069 [G] | 98.9 | ||
| H:110 [LEU] | A:1050 [C] | 4.79 | A:1181 [G] | 89.17 | ||
| H:110 [LEU] | A:1051 [C] | 4.33 | A:1180 [G] | 89.17 | ||
| H:111 [PRO] | A:1051 [C] | 3.81 | A:1180 [G] | 92.58 | ||
| H:111 [PRO] | A:1052 [A] | 4.3 | A:1053 [A] | 92.58 | ||
| H:112 [SER] | A:2067 [U] | 4.24 | A:2050 [A] | 65.03 | ||
| H:113 [THR] | A:601 [G] | 3.31 | A:580 [C] | 84.28 | ||
| H:113 [THR] | A:602 [G] | 3.61 | A:579 [U] | 84.28 | ||
| H:114 [ARG] | A:573 [A] | 3.43 | 55.02 | |||
| H:114 [ARG] | A:574 [A] | 4.05 | A:2068 [U] | 55.02 | ||
| H:114 [ARG] | A:599 [A] | 4.81 | A:582 [G] | 55.02 | ||
| H:114 [ARG] | A:600 [U] | 2.52 | A:581 [A] | 55.02 | ||
| H:114 [ARG] | A:601 [G] | 3.21 | A:580 [C] | 55.02 | ||
| H:115 [LEU] | A:600 [U] | 4.12 | A:581 [A] | 69.56 | ||
| H:115 [LEU] | A:601 [G] | 3.16 | A:580 [C] | 69.56 | ||
| H:117 [GLU] | A:572 [C] | 4.92 | 46.24 | |||
| H:117 [GLU] | A:573 [A] | 4.23 | 46.24 | |||
| H:117 [GLU] | A:2069 [A] | 4.99 | 46.24 | |||
| H:118 [LYS] | A:9 [U] | 3.56 | A:2656 [A] | 5.29 | ||
| H:121 [LYS] | A:8 [U] | 4.56 | A:2914 [A] | 61.54 | ||
| H:121 [LYS] | A:2806 [U] | 4.62 | 61.54 | |||
| H:121 [LYS] | A:2807 [G] | 3.03 | 61.54 | |||
| H:124 [PHE] | A:7 [G] | 3.82 | A:2915 [C] | 53.83 | ||
| H:124 [PHE] | A:8 [U] | 4.35 | A:2914 [A] | 53.83 | ||
| H:132 [PRO] | A:6 [A] | 4.28 | A:2916 [U] | 54.35 | ||
| H:133 [HIS] | A:6 [A] | 2.92 | A:2916 [U] | sugar:SC | 72.75 | |
| H:133 [HIS] | A:7 [G] | 3.61 | A:2915 [C] | 72.75 | ||
| H:135 [ALA] | A:5 [A] | 4.18 | A:2917 [U] | 52.8 | ||
| H:135 [ALA] | A:6 [A] | 4.41 | A:2916 [U] | 52.8 | ||
| H:135 [ALA] | A:2917 [U] | 2.7 | A:5 [A] | sugar:BB | 52.8 | |
| H:135 [ALA] | A:2918 [A] | 3.84 | A:4 [U] | 52.8 | ||
| H:136 [GLN] | A:6 [A] | 2.76 | A:2916 [U] | sugar:SC | 68.27 | |
| H:136 [GLN] | A:7 [G] | 3.57 | A:2915 [C] | 68.27 | ||
| H:136 [GLN] | A:2917 [U] | 4.9 | A:5 [A] | 68.27 | ||
| H:137 [GLN] | A:2917 [U] | 4.4 | A:5 [A] | 30.61 | ||
| H:137 [GLN] | A:2918 [A] | 4.31 | A:4 [U] | 30.61 | ||
| H:144 [ARG] | A:1056 [U] | 4.92 | A:1187 [A] | 4.28 | ||
| H:145 [GLY] | A:1056 [U] | 3.01 | A:1187 [A] | 46.38 | ||
| H:145 [GLY] | A:1057 [A] | 3.73 | A:1193 [U] | 46.38 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group137 | 6S0Z_H_A | H: 50s ribosomal protein l13, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) | W8TUE6 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 9