RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group137 > 6S0Z_H_A vs 7O7Y_BO_B5

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

6S0Z_H
6S0Z_A
7O7Y_BO
7O7Y_B5
Conserved?
H:114 [ARG] A:573 [A] BO:93 [LYS] B5:431 [G] ✔
H:114 [ARG] A:600 [U] BO:93 [LYS] B5:1252 [C] ✔
H:114 [ARG] A:601 [G] BO:93 [LYS] B5:1253 [C] ✔
H:66 [THR] A:1184 [C] BO:44 [SER] B5:1993 [U] ✔
H:28 [ARG] A:1184 [C] BO:18 [ARG] B5:1993 [U] ✔
H:28 [ARG] A:1186 [A] BO:18 [ARG] B5:1995 [G] ✔
H:28 [ARG] A:1187 [A] BO:18 [ARG] B5:1996 [A] ✔
H:78 [HIS] A:1175 [G] BO:60 [LYS] B5:1984 [G] ✔
H:78 [HIS] A:1176 [U] BO:60 [LYS] B5:1985 [G] ✔
H:31 [SER] A:1049 [C] BO:21 [ALA] B5:1851 [G] ✔
H:31 [SER] A:1050 [C] BO:21 [ALA] B5:1852 [C] ✔
H:31 [SER] A:1187 [A] BO:21 [ALA] B5:1996 [A] ✔
H:108 [GLY] A:1050 [C] BO:86 [GLY] B5:1852 [C] ✔
H:108 [GLY] A:1181 [G] BO:86 [GLY] B5:1990 [C] ✔
H:113 [THR] A:601 [G] BO:92 [THR] B5:1253 [C] ✔
H:113 [THR] A:602 [G] BO:92 [THR] B5:1254 [C] ✔
H:117 [GLU] A:2069 [A] BO:96 [GLN] B5:3620 [G] ✔
H:35 [SER] A:1050 [C] BO:25 [LYS] B5:1852 [C] ✔
H:86 [LYS] A:2668 [A] BO:70 [PRO] B5:4332 [G] ✔
H:80 [ASN] A:1175 [G] BO:62 [MET] B5:1984 [G] ✔
H:80 [ASN] A:2051 [C] BO:62 [MET] B5:3602 [C] ✔
H:115 [LEU] A:600 [U] BO:94 [ARG] B5:1252 [C] ✔
H:115 [LEU] A:601 [G] BO:94 [ARG] B5:1253 [C] ✔
H:112 [SER] A:2067 [U] BO:90 [HIS] B5:3618 [G] ✔
H:97 [ASN] A:2667 [G] BO:75 [ALA] B5:4331 [U] ✔
H:105 [SER] A:1182 [G] BO:83 [THR] B5:1991 [G] ✔
H:109 [MET] A:1050 [C] BO:87 [MET] B5:1852 [C] ✔
H:109 [MET] A:1051 [C] BO:87 [MET] B5:1853 [C] ✔
H:109 [MET] A:1181 [G] BO:87 [MET] B5:1990 [C] ✔
H:109 [MET] A:1182 [G] BO:87 [MET] B5:1991 [G] ✔
H:34 [ALA] A:1050 [C] BO:24 [ALA] B5:1852 [C] ✔
H:111 [PRO] A:1051 [C] BO:89 [PRO] B5:1853 [C] ✔
H:111 [PRO] A:1052 [A] BO:89 [PRO] B5:1854 [C] ✔
H:38 [ARG] A:1050 [C] BO:28 [LEU] B5:1852 [C] ✔
H:38 [ARG] A:1051 [C] BO:28 [LEU] B5:1853 [C] ✔
H:26 [LEU] A:1183 [G] BO:16 [LEU] B5:1992 [C] ✔
H:79 [SER] A:2668 [A] BO:61 [ARG] B5:4332 [G] ✔
H:79 [SER] A:2669 [G] BO:61 [ARG] B5:4333 [G] ✔
H:110 [LEU] A:1050 [C] BO:88 [LEU] B5:1852 [C] ✔
H:110 [LEU] A:1051 [C] BO:88 [LEU] B5:1853 [C] ✔
H:25 [THR] A:1184 [C] BO:15 [LEU] B5:1993 [U] ✔
H:27 [GLY] A:1183 [G] BO:17 [GLY] B5:1992 [C] ✔
H:27 [GLY] A:1187 [A] BO:17 [GLY] B5:1996 [A] ✔
H:81 [HIS] A:1175 [G] BO:63 [ASN] B5:1984 [G] ✔
H:84 [GLY] A:2669 [G] BO:66 [PRO] B5:4333 [G] ✔
H:114 [ARG] A:574 [A] BO:93 [LYS] B5:432 [U] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:106 [ILE] A:1182 [G] BO:84 [VAL] B5:1991 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:66 [THR] A:1185 [U] BO:44 [SER] B5:1994 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:28 [ARG] A:1056 [U] BO:18 [ARG] B5:1858 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:28 [ARG] A:1185 [U] BO:18 [ARG] B5:1994 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:77 [ARG] A:2667 [G] BO:58 [LEU] B5:4331 [U] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:77 [ARG] A:2668 [A] BO:58 [LEU] B5:4332 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:78 [HIS] A:2067 [U] BO:60 [LYS] B5:3618 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:31 [SER] A:1056 [U] BO:21 [ALA] B5:1858 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:31 [SER] A:1182 [G] BO:21 [ALA] B5:1991 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:108 [GLY] A:1182 [G] BO:86 [GLY] B5:1991 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:117 [GLU] A:573 [A] BO:96 [GLN] B5:431 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:85 [ILE] A:1175 [G] BO:69 [GLY] B5:1984 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:85 [ILE] A:1176 [U] BO:69 [GLY] B5:1985 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:104 [ASN] A:1182 [G] BO:82 [ARG] B5:1991 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:86 [LYS] A:2669 [G] BO:70 [PRO] B5:4333 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:80 [ASN] A:2068 [U] BO:62 [MET] B5:3619 [OMC] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:105 [SER] A:1183 [G] BO:83 [THR] B5:1992 [C] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:109 [MET] A:1183 [G] BO:87 [MET] B5:1992 [C] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:83 [GLY] A:1175 [G] BO:65 [ASN] B5:1984 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:83 [GLY] A:2541 [U] BO:65 [ASN] B5:4206 [U] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:83 [GLY] A:2542 [C] BO:65 [ASN] B5:4207 [C] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:82 [PRO] A:1175 [G] BO:64 [THR] B5:1984 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:82 [PRO] A:2541 [U] BO:64 [THR] B5:4206 [U] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:82 [PRO] A:2542 [C] BO:64 [THR] B5:4207 [C] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:67 [GLY] A:1185 [U] BO:45 [GLY] B5:1994 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:38 [ARG] A:1052 [A] BO:28 [LEU] B5:1854 [C] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:38 [ARG] A:1053 [A] BO:28 [LEU] B5:1855 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:26 [LEU] A:1184 [C] BO:16 [LEU] B5:1993 [U] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:25 [THR] A:1185 [U] BO:15 [LEU] B5:1994 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:27 [GLY] A:1056 [U] BO:17 [GLY] B5:1858 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:27 [GLY] A:1184 [C] BO:17 [GLY] B5:1993 [U] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:81 [HIS] A:2668 [A] BO:63 [ASN] B5:4332 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:81 [HIS] A:2669 [G] BO:63 [ASN] B5:4333 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:84 [GLY] A:1175 [G] BO:66 [PRO] B5:1984 [G] ❌ 7O7Y_BO_B5
H:25 [THR] A:1183 [G] BO:15 [LEU] B5:1992 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:26 [LEU] A:1182 [G] BO:16 [LEU] B5:1991 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:27 [GLY] A:1182 [G] BO:17 [GLY] B5:1991 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:28 [ARG] A:1183 [G] BO:18 [ARG] B5:1992 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:28 [ARG] A:1182 [G] BO:18 [ARG] B5:1991 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:35 [SER] A:1052 [A] BO:25 [LYS] B5:1854 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:35 [SER] A:1053 [A] BO:25 [LYS] B5:1855 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:35 [SER] A:1051 [C] BO:25 [LYS] B5:1853 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:66 [THR] A:1183 [G] BO:44 [SER] B5:1992 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:67 [GLY] A:1184 [C] BO:45 [GLY] B5:1993 [U] ❌ 6S0Z_H_A
H:72 [ASP] A:1184 [C] BO:49 [ARG] B5:1993 [U] ❌ 6S0Z_H_A
H:79 [SER] A:1175 [G] BO:61 [ARG] B5:1984 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:80 [ASN] A:2067 [U] BO:62 [MET] B5:3618 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:81 [HIS] A:2541 [U] BO:63 [ASN] B5:4206 [U] ❌ 6S0Z_H_A
H:81 [HIS] A:2542 [C] BO:63 [ASN] B5:4207 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:84 [GLY] A:2668 [A] BO:66 [PRO] B5:4332 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:85 [ILE] A:2067 [U] BO:69 [GLY] B5:3618 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:85 [ILE] A:2068 [U] BO:69 [GLY] B5:3619 [OMC] ❌ 6S0Z_H_A
H:86 [LYS] A:2067 [U] BO:70 [PRO] B5:3618 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:86 [LYS] A:2068 [U] BO:70 [PRO] B5:3619 [OMC] ❌ 6S0Z_H_A
H:86 [LYS] A:1175 [G] BO:70 [PRO] B5:1984 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:86 [LYS] A:1176 [U] BO:70 [PRO] B5:1985 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:104 [ASN] A:1181 [G] BO:82 [ARG] B5:1990 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:104 [ASN] A:2068 [U] BO:82 [ARG] B5:3619 [OMC] ❌ 6S0Z_H_A
H:104 [ASN] A:2067 [U] BO:82 [ARG] B5:3618 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:105 [SER] A:1181 [G] BO:83 [THR] B5:1990 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:106 [ILE] A:1181 [G] BO:84 [VAL] B5:1990 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:108 [GLY] A:1051 [C] BO:86 [GLY] B5:1853 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:109 [MET] A:1187 [A] BO:87 [MET] B5:1996 [A] ❌ 6S0Z_H_A
H:109 [MET] A:1049 [C] BO:87 [MET] B5:1851 [G] ❌ 6S0Z_H_A
H:112 [SER] A:2068 [U] BO:90 [HIS] B5:3619 [OMC] ❌ 6S0Z_H_A
H:112 [SER] A:574 [A] BO:90 [HIS] B5:432 [U] ❌ 6S0Z_H_A
H:113 [THR] A:574 [A] BO:92 [THR] B5:432 [U] ❌ 6S0Z_H_A
H:115 [LEU] A:1051 [C] BO:94 [ARG] B5:1853 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:115 [LEU] A:1052 [A] BO:94 [ARG] B5:1854 [C] ❌ 6S0Z_H_A
H:117 [GLU] A:2068 [U] BO:96 [GLN] B5:3619 [OMC] ❌ 6S0Z_H_A
H:117 [GLU] A:574 [A] BO:96 [GLN] B5:432 [U] ❌ 6S0Z_H_A
H:114 [ARG] A:599 [A] BO:93 [LYS] B5:1251 [A] ❌ 7O7Y_B5:1251 no longer at interface
H:66 [THR] A:1066 [G] BO:44 [SER] B5:1870 [C] ❌ 7O7Y_B5:1870 no longer at interface
H:145 [GLY] A:1057 [A] BO:123 [ALA] B5:1859 [C] ❌ 7O7Y_BO:123, 7O7Y_B5:1859 no longer at interface
H:121 [LYS] A:2806 [U] BO:100 [ASP] B5:4466 [C] ❌ 7O7Y_BO:100, 7O7Y_B5:4466 no longer at interface
H:76 [TYR] A:1177 [A] BO:57 [PHE] B5:1986 [A] ❌ 7O7Y_BO:57, 7O7Y_B5:1986 no longer at interface
H:72 [ASP] A:1066 [G] BO:49 [ARG] B5:1870 [C] ❌ 7O7Y_B5:1870 no longer at interface
H:70 [GLU] A:2765 [A] BO:47 [PHE] B5:4427 [A] ❌ 6S0Z_H:70, 6S0Z_A:2765 no longer at interface
H:71 [THR] A:2767 [A] BO:48 [TYR] B5:4429 [U] ❌ 6S0Z_H:71, 6S0Z_A:2767 no longer at interface
H:71 [THR] A:2766 [U] BO:48 [TYR] B5:4428 [U] ❌ 6S0Z_H:71, 6S0Z_A:2766 no longer at interface
H:72 [ASP] A:1067 [U] BO:49 [ARG] B5:1871 [A] ❌ 6S0Z_A:1067 no longer at interface
H:72 [ASP] A:1065 [A] BO:49 [ARG] B5:1868 [A] ❌ 6S0Z_A:1065 no longer at interface
H:77 [ARG] A:2795 [C] BO:58 [LEU] B5:4457 [C] ❌ 6S0Z_A:2795 no longer at interface
H:79 [SER] A:2670 [G] BO:61 [ARG] B5:4334 [U] ❌ 6S0Z_A:2670 no longer at interface
H:80 [ASN] A:2050 [A] BO:62 [MET] B5:3601 [OMC] ❌ 6S0Z_A:2050 no longer at interface
H:81 [HIS] A:1174 [U] BO:63 [ASN] B5:1983 [U] ❌ 6S0Z_A:1174 no longer at interface
H:82 [PRO] A:2646 [U] BO:64 [THR] B5:4311 [C] ❌ 6S0Z_A:2646 no longer at interface
H:83 [GLY] A:2646 [U] BO:65 [ASN] B5:4311 [C] ❌ 6S0Z_A:2646 no longer at interface
H:83 [GLY] A:2647 [C] BO:65 [ASN] B5:4312 [U] ❌ 6S0Z_A:2647 no longer at interface
H:96 [THR] A:2795 [C] BO:74 [ARG] B5:4457 [C] ❌ 6S0Z_H:96, 6S0Z_A:2795 no longer at interface
H:96 [THR] A:2796 [C] BO:74 [ARG] B5:4458 [C] ❌ 6S0Z_H:96, 6S0Z_A:2796 no longer at interface
H:108 [GLY] A:1180 [G] BO:86 [GLY] B5:1989 [G] ❌ 6S0Z_A:1180 no longer at interface
H:109 [MET] A:1180 [G] BO:87 [MET] B5:1989 [G] ❌ 6S0Z_A:1180 no longer at interface
H:75 [TYR] A:1183 [G] BO:54 [TYR] B5:1992 [C] ❌ 7O7Y_BO:54 no longer at interface
H:101 [LEU] A:1183 [G] BO:79 [ILE] B5:1992 [C] ❌ 7O7Y_BO:79 no longer at interface
H:145 [GLY] A:1056 [U] BO:123 [ALA] B5:1858 [G] ❌ 7O7Y_BO:123 no longer at interface
H:73 [LYS] A:1183 [G] BO:50 [ASN] B5:1992 [C] ❌ 7O7Y_BO:50 no longer at interface
H:73 [LYS] A:1184 [C] BO:50 [ASN] B5:1993 [U] ❌ 7O7Y_BO:50 no longer at interface
H:76 [TYR] A:1176 [U] BO:57 [PHE] B5:1985 [G] ❌ 7O7Y_BO:57 no longer at interface
H:100 [ARG] A:2666 [A] BO:78 [ARG] B5:4330 [A] ❌ 7O7Y_BO:78 no longer at interface
H:100 [ARG] A:2667 [G] BO:78 [ARG] B5:4331 [U] ❌ 7O7Y_BO:78 no longer at interface
H:32 [GLU] A:1056 [U] BO:22 [ILE] B5:1858 [G] ❌ 7O7Y_BO:22 no longer at interface
H:144 [ARG] A:1056 [U] BO:122 [ALA] B5:1858 [G] ❌ 7O7Y_BO:122 no longer at interface
H:36 [ILE] A:1056 [U] BO:26 [GLN] B5:1858 [G] ❌ 6S0Z_H:36 no longer at interface
H:64 [GLU] A:1183 [G] BO:42 [ASN] B5:1992 [C] ❌ 6S0Z_H:64 no longer at interface
H:65 [PHE] A:1183 [G] BO:43 [ILE] B5:1992 [C] ❌ 6S0Z_H:65 no longer at interface
H:74 [VAL] A:1183 [G] BO:53 [LYS] B5:1992 [C] ❌ 6S0Z_H:74 no longer at interface
H:74 [VAL] A:1184 [C] BO:53 [LYS] B5:1993 [U] ❌ 6S0Z_H:74 no longer at interface
H:88 [ILE] A:2667 [G] BO:72 [HIS] B5:4331 [U] ❌ 6S0Z_H:88 no longer at interface
H:88 [ILE] A:2668 [A] BO:72 [HIS] B5:4332 [G] ❌ 6S0Z_H:88 no longer at interface
H:96 [THR] A:2667 [G] BO:74 [ARG] B5:4331 [U] ❌ 6S0Z_H:96 no longer at interface
H:96 [THR] A:2668 [A] BO:74 [ARG] B5:4332 [G] ❌ 6S0Z_H:96 no longer at interface
H:96 [THR] A:2666 [A] BO:74 [ARG] B5:4330 [A] ❌ 6S0Z_H:96 no longer at interface
H:107 [LYS] A:2067 [U] BO:85 [ARG] B5:3618 [G] ❌ 6S0Z_H:107 no longer at interface
H:107 [LYS] A:2068 [U] BO:85 [ARG] B5:3619 [OMC] ❌ 6S0Z_H:107 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L13 and L16-A 0.88 4.74 0.17 0.63 0.89 0.59 0.6 0.37 0.31 0.15 0.38


Other pairs involving 6S0Z_H_A or 7O7Y_BO_B5

Total number of entries: 18

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1N_1A 6S0Z_H_A 0.72 0.97 1.13 0.53 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1YHQ_J_0 6S0Z_H_A 0.39 0.92 3.38 0.22 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1VQ8_J_0 6S0Z_H_A 0.39 0.92 3.37 0.22 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_1 6S0Z_H_A 0.61 0.68 2.98 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6S0Z_H_A 6YSI_F_1 0.89 0.98 1.14 0.59 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_H_A 7K00_i_a 0.87 0.97 1.27 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 7O7Y_BO_B5 0.39 0.89 3.76 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 7O7Y_BO_B5 0.54 0.94 1.64 0.31 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_6 7O7Y_BO_B5 0.61 0.81 1.95 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_2 7O7Y_BO_B5 0.47 0.9 1.1 0.23 Ribosomal protein L13 and L16-A Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_H_A 7O7Y_BO_B5 0.37 0.88 4.74 0.17 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_4 7O7Y_BO_B5 0.91 0.87 0.64 0.32 Ribosomal protein L13 and L16-A Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_F_1 7O7Y_BO_B5 0.44 0.89 4.0 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1VQ8_J_0 7O7Y_BO_B5 0.55 0.94 1.64 0.3 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_1 7O7Y_BO_B5 0.85 0.91 1.03 0.56 Ribosomal protein L13 and L16-A Eukaryotic large subunit ribosomal RNA compare
7K00_i_a 7O7Y_BO_B5 0.36 0.89 4.02 0.14 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6S0Z_H_A 7OF0_K_A 0.62 0.94 2.27 0.1 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_H_A 7RYG_I_A 0.89 0.98 1.12 0.56 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare