RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group137 > 6YSI_F_1 vs 7K00_i_a

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

6YSI_F
6YSI_1
7K00_i
7K00_a
Conserved?
F:82 [GLY] 1:1121 [G] i:82 [GLY] a:1131 [G] ✔
F:82 [GLY] 1:2503 [U] i:82 [GLY] a:2514 [U] ✔
F:82 [GLY] 1:2504 [C] i:82 [GLY] a:2515 [C] ✔
F:76 [ARG] 1:2629 [G] i:76 [HIS] a:2640 [G] ✔
F:76 [ARG] 1:2630 [A] i:76 [HIS] a:2641 [G] ✔
F:3 [THR] 1:529 [G] i:3 [THR] a:537 [G] ✔
F:3 [THR] 1:985 [C] i:3 [THR] a:995 [C] ✔
F:47 [HIS] 1:528 [G] i:47 [HIS] a:536 [G] ✔
F:47 [HIS] 1:529 [G] i:47 [HIS] a:537 [G] ✔
F:47 [HIS] 1:547 [A] i:47 [HIS] a:556 [A] ✔
F:47 [HIS] 1:548 [C] i:47 [HIS] a:557 [C] ✔
F:47 [HIS] 1:549 [U] i:47 [HIS] a:558 [U] ✔
F:104 [ALA] 1:1128 [G] i:104 [ALA] a:1138 [G] ✔
F:104 [ALA] 1:1129 [G] i:104 [ALA] a:1139 [G] ✔
F:24 [THR] 1:1130 [C] i:24 [THR] a:1140 [C] ✔
F:24 [THR] 1:1131 [U] i:24 [THR] a:1141 [U] ✔
F:75 [TYR] 1:1122 [U] i:75 [TYR] a:1132 [U] ✔
F:75 [TYR] 1:1123 [A] i:75 [TYR] a:1133 [A] ✔
F:48 [VAL] 1:548 [C] i:48 [VAL] a:557 [C] ✔
F:27 [ARG] 1:1002 [U] i:27 [ARG] a:1012 [U] ✔
F:27 [ARG] 1:1129 [G] i:27 [ARG] a:1139 [G] ✔
F:27 [ARG] 1:1130 [C] i:27 [ARG] a:1140 [C] ✔
F:27 [ARG] 1:1131 [U] i:27 [ARG] a:1141 [U] ✔
F:27 [ARG] 1:1133 [A] i:27 [ARG] a:1142 [A] ✔
F:27 [ARG] 1:1134 [A] i:27 [ARG] a:1143 [A] ✔
F:110 [PRO] 1:997 [C] i:110 [PRO] a:1007 [C] ✔
F:110 [PRO] 1:998 [A] i:110 [PRO] a:1008 [A] ✔
F:71 [ASP] 1:1012 [G] i:71 [ASP] a:1022 [G] ✔
F:107 [GLY] 1:996 [C] i:107 [GLY] a:1006 [C] ✔
F:107 [GLY] 1:997 [C] i:107 [GLY] a:1007 [C] ✔
F:107 [GLY] 1:1127 [G] i:107 [GLY] a:1137 [G] ✔
F:107 [GLY] 1:1128 [G] i:107 [GLY] a:1138 [G] ✔
F:33 [ALA] 1:996 [C] i:33 [ALA] a:1006 [C] ✔
F:131 [PRO] 1:5 [A] i:131 [ASN] a:5 [A] ✔
F:131 [PRO] 1:6 [A] i:131 [ASN] a:6 [A] ✔
F:30 [THR] 1:995 [C] i:30 [THR] a:1005 [C] ✔
F:30 [THR] 1:996 [C] i:30 [THR] a:1006 [C] ✔
F:30 [THR] 1:1002 [U] i:30 [THR] a:1012 [U] ✔
F:30 [THR] 1:1128 [G] i:30 [THR] a:1138 [G] ✔
F:30 [THR] 1:1134 [A] i:30 [THR] a:1143 [A] ✔
F:67 [ASN] 1:1131 [U] i:67 [ASN] a:1141 [U] ✔
F:85 [LYS] 1:2630 [A] i:85 [LYS] a:2641 [G] ✔
F:85 [LYS] 1:2631 [G] i:85 [LYS] a:2642 [G] ✔
F:85 [LYS] 1:2757 [C] i:85 [LYS] a:2768 [U] ✔
F:135 [GLN] 1:6 [A] i:135 [GLN] a:6 [A] ✔
F:135 [GLN] 1:7 [G] i:135 [GLN] a:7 [G] ✔
F:135 [GLN] 1:2887 [U] i:135 [GLN] a:2898 [U] ✔
F:80 [PHE] 1:1121 [G] i:80 [HIS] a:1131 [G] ✔
F:80 [PHE] 1:2630 [A] i:80 [HIS] a:2641 [G] ✔
F:80 [PHE] 1:2631 [G] i:80 [HIS] a:2642 [G] ✔
F:133 [ALA] 1:2888 [G] i:133 [ALA] a:2899 [A] ✔
F:100 [ILE] 1:1129 [G] i:100 [VAL] a:1139 [G] ✔
F:68 [LYS] 1:1012 [G] i:68 [LYS] a:1022 [G] ✔
F:68 [LYS] 1:1130 [C] i:68 [LYS] a:1140 [C] ✔
F:68 [LYS] 1:1131 [U] i:68 [LYS] a:1141 [U] ✔
F:84 [LEU] 1:1121 [G] i:84 [ILE] a:1131 [G] ✔
F:84 [LEU] 1:1122 [U] i:84 [ILE] a:1132 [U] ✔
F:7 [LYS] 1:530 [A] i:7 [LYS] a:538 [A] ✔
F:7 [LYS] 1:531 [G] i:7 [LYS] a:539 [G] ✔
F:78 [THR] 1:2630 [A] i:78 [THR] a:2641 [G] ✔
F:78 [THR] 1:2631 [G] i:78 [THR] a:2642 [G] ✔
F:81 [PRO] 1:1120 [U] i:81 [ILE] a:1130 [U] ✔
F:81 [PRO] 1:1121 [G] i:81 [ILE] a:1131 [G] ✔
F:81 [PRO] 1:2503 [U] i:81 [ILE] a:2514 [U] ✔
F:81 [PRO] 1:2504 [C] i:81 [ILE] a:2515 [C] ✔
F:53 [TYR] 1:7 [G] i:53 [TYR] a:7 [G] ✔
F:53 [TYR] 1:8 [U] i:53 [TYR] a:8 [C] ✔
F:2 [LYS] 1:529 [G] i:2 [LYS] a:537 [G] ✔
F:2 [LYS] 1:985 [C] i:2 [LYS] a:995 [C] ✔
F:72 [LYS] 1:1129 [G] i:72 [LYS] a:1139 [G] ✔
F:72 [LYS] 1:1130 [C] i:72 [LYS] a:1140 [C] ✔
F:108 [MET] 1:996 [C] i:108 [MET] a:1006 [C] ✔
F:108 [MET] 1:997 [C] i:108 [MET] a:1007 [C] ✔
F:108 [MET] 1:1127 [G] i:108 [MET] a:1137 [G] ✔
F:108 [MET] 1:1128 [G] i:108 [MET] a:1138 [G] ✔
F:108 [MET] 1:1129 [G] i:108 [MET] a:1139 [G] ✔
F:34 [ARG] 1:996 [C] i:34 [ARG] a:1006 [C] ✔
F:66 [GLY] 1:1010 [A] i:66 [GLY] a:1020 [A] ✔
F:66 [GLY] 1:1131 [U] i:66 [GLY] a:1141 [U] ✔
F:77 [HIS] 1:1121 [G] i:77 [HIS] a:1131 [G] ✔
F:77 [HIS] 1:2029 [G] i:77 [HIS] a:2040 [G] ✔
F:109 [LEU] 1:996 [C] i:109 [LEU] a:1006 [C] ✔
F:109 [LEU] 1:997 [C] i:109 [LEU] a:1007 [C] ✔
F:79 [GLU] 1:1121 [G] i:79 [GLY] a:1131 [G] ✔
F:102 [GLU] 1:2769 [A] i:102 [GLU] a:2780 [G] ✔
F:74 [TYR] 1:1129 [G] i:74 [TYR] a:1139 [G] ✔
F:37 [ARG] 1:996 [C] i:37 [ARG] a:1006 [C] ✔
F:37 [ARG] 1:997 [C] i:37 [ARG] a:1007 [C] ✔
F:37 [ARG] 1:998 [A] i:37 [ARG] a:1008 [A] ✔
F:37 [ARG] 1:999 [A] i:37 [ARG] a:1009 [A] ✔
F:64 [VAL] 1:1130 [C] i:64 [VAL] a:1140 [C] ✔
F:116 [TYR] 1:520 [A] i:116 [ARG] a:528 [A] ✔
F:116 [TYR] 1:521 [A] i:116 [ARG] a:529 [A] ✔
F:116 [TYR] 1:2031 [A] i:116 [ARG] a:2042 [A] ✔
F:111 [LYS] 1:997 [C] i:111 [LYS] a:1007 [C] ✔
F:111 [LYS] 1:2028 [U] i:111 [LYS] a:2039 [U] ✔
F:136 [GLN] 1:2887 [U] i:136 [GLN] a:2898 [U] ✔
F:136 [GLN] 1:2888 [G] i:136 [GLN] a:2899 [A] ✔
F:132 [HIS] 1:6 [A] i:132 [HIS] a:6 [A] ✔
F:132 [HIS] 1:7 [G] i:132 [HIS] a:7 [G] ✔
F:5 [SER] 1:529 [G] i:5 [THR] a:537 [G] ✔
F:5 [SER] 1:530 [A] i:5 [THR] a:538 [A] ✔
F:83 [GLY] 1:1121 [G] i:83 [GLY] a:1131 [G] ✔
F:83 [GLY] 1:2631 [G] i:83 [GLY] a:2642 [G] ✔
F:15 [TRP] 1:7 [G] i:15 [TRP] a:7 [G] ✔
F:26 [GLY] 1:1002 [U] i:26 [GLY] a:1012 [U] ✔
F:26 [GLY] 1:1129 [G] i:26 [GLY] a:1139 [G] ✔
F:26 [GLY] 1:1130 [C] i:26 [GLY] a:1140 [C] ✔
F:26 [GLY] 1:1134 [A] i:26 [GLY] a:1143 [A] ✔
F:103 [ARG] 1:1128 [G] i:103 [ILE] a:1138 [G] ✔
F:103 [ARG] 1:1129 [G] i:103 [ILE] a:1139 [G] ✔
F:39 [LYS] 1:996 [C] i:39 [LYS] a:1006 [C] ✔
F:39 [LYS] 1:997 [C] i:39 [LYS] a:1007 [C] ✔
F:39 [LYS] 1:998 [A] i:39 [LYS] a:1008 [A] ✔
F:39 [LYS] 1:999 [A] i:39 [LYS] a:1009 [A] ✔
F:105 [VAL] 1:1128 [G] i:105 [VAL] a:1138 [G] ✔
F:65 [THR] 1:1012 [G] i:65 [THR] a:1022 [G] ✔
F:65 [THR] 1:1130 [C] i:65 [THR] a:1140 [C] ✔
F:65 [THR] 1:1131 [U] i:65 [THR] a:1141 [U] ✔
F:1 [MET] 1:985 [C] i:1 [MET] a:995 [C] ✔
F:134 [ALA] 1:5 [A] i:134 [ALA] a:5 [A] ✔
F:134 [ALA] 1:6 [A] i:134 [ALA] a:6 [A] ✔
F:134 [ALA] 1:2887 [U] i:134 [ALA] a:2898 [U] ✔
F:134 [ALA] 1:2888 [G] i:134 [ALA] a:2899 [A] ✔
F:25 [LEU] 1:1129 [G] i:25 [LEU] a:1139 [G] ✔
F:25 [LEU] 1:1130 [C] i:25 [LEU] a:1140 [C] ✔
F:113 [PRO] 1:520 [A] i:113 [PRO] a:528 [A] ✔
F:113 [PRO] 1:521 [A] i:113 [PRO] a:529 [A] ✔
F:113 [PRO] 1:548 [C] i:113 [PRO] a:557 [C] ✔
F:113 [PRO] 1:549 [U] i:113 [PRO] a:558 [U] ✔
F:114 [LEU] 1:548 [C] i:114 [LEU] a:557 [C] ✔
F:114 [LEU] 1:549 [U] i:114 [LEU] a:558 [U] ✔
F:115 [GLY] 1:549 [U] i:115 [GLY] a:558 [U] ✔
F:123 [LYS] 1:7 [G] i:123 [LYS] a:7 [G] ✔
F:123 [LYS] 1:8 [U] i:123 [LYS] a:8 [C] ✔
F:46 [PRO] 1:549 [U] i:46 [PRO] a:558 [U] ✔
F:8 [PRO] 1:530 [A] i:8 [PRO] a:538 [A] ✔
F:8 [PRO] 1:547 [A] i:8 [PRO] a:556 [A] ✔
F:120 [LYS] 1:8 [U] i:120 [ARG] a:8 [C] ✔
F:120 [LYS] 1:2769 [A] i:120 [ARG] a:2780 [G] ✔
F:63 [GLN] 1:1130 [C] i:63 [ALA] a:1140 [C] ✔
F:95 [HIS] 1:2629 [G] i:95 [ARG] a:2640 [G] ✔
F:44 [TYR] 1:999 [A] i:44 [TYR] a:1009 [A] ✔
F:96 [LYS] 1:2628 [A] i:96 [ARG] a:2639 [A] ✔
F:96 [LYS] 1:2629 [G] i:96 [ARG] a:2640 [G] ✔
F:112 [GLY] 1:521 [A] i:112 [GLY] a:529 [A] ✔
F:112 [GLY] 1:549 [U] i:112 [GLY] a:558 [U] ✔
F:106 [LYS] 1:2029 [G] i:106 [LYS] a:2040 [G] ❌ 7K00_i_a
F:79 [GLU] 1:2029 [G] i:79 [GLY] a:2040 [G] ❌ 7K00_i_a
F:106 [LYS] 1:1128 [G] i:106 [LYS] a:1138 [G] ❌ 6YSI_F_1
F:106 [LYS] 1:2769 [A] i:106 [LYS] a:2780 [G] ❌ 6YSI_F_1
F:111 [LYS] 1:2029 [G] i:111 [LYS] a:2040 [G] ❌ 6YSI_F_1
F:111 [LYS] 1:1127 [G] i:111 [LYS] a:1137 [G] ❌ 6YSI_F_1
F:111 [LYS] 1:549 [U] i:111 [LYS] a:558 [U] ❌ 6YSI_F_1
F:120 [LYS] 1:520 [A] i:120 [ARG] a:528 [A] ❌ 6YSI_F_1
F:47 [HIS] 1:530 [A] i:47 [HIS] a:538 [A] ❌ 6YSI_F_1
F:67 [ASN] 1:1012 [G] i:67 [ASN] a:1022 [G] ❌ 6YSI_F_1
F:77 [HIS] 1:1122 [U] i:77 [HIS] a:1132 [U] ❌ 6YSI_F_1
F:82 [GLY] 1:1120 [U] i:82 [GLY] a:1130 [U] ❌ 6YSI_F_1
F:95 [HIS] 1:2757 [C] i:95 [ARG] a:2768 [U] ❌ 6YSI_F_1
F:106 [LYS] 1:2030 [U] i:106 [LYS] a:2041 [U] ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface
F:80 [PHE] 1:2609 [C] i:80 [HIS] a:2620 [C] ❌ 7K00_a:2620 no longer at interface
F:91 [LYS] 1:2727 [A] i:91 [GLU] a:2738 [A] ❌ 7K00_a:2738 no longer at interface
F:79 [GLU] 1:2030 [U] i:79 [GLY] a:2041 [U] ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface
F:120 [LYS] 1:9 [A] i:120 [ARG] a:9 [G] ❌ 7K00_a:9 no longer at interface
F:111 [LYS] 1:550 [G] i:111 [LYS] a:559 [G] ❌ 6YSI_1:550 no longer at interface
F:116 [TYR] 1:519 [C] i:116 [ARG] a:527 [C] ❌ 6YSI_1:519 no longer at interface
F:120 [LYS] 1:2768 [U] i:120 [ARG] a:2779 [U] ❌ 6YSI_1:2768 no longer at interface
F:120 [LYS] 1:519 [C] i:120 [ARG] a:527 [C] ❌ 6YSI_1:519 no longer at interface
F:67 [ASN] 1:1011 [A] i:67 [ASN] a:1021 [A] ❌ 6YSI_1:1011 no longer at interface
F:91 [LYS] 1:2756 [C] i:91 [GLU] a:2767 [C] ❌ 6YSI_1:2756 no longer at interface
F:95 [HIS] 1:2758 [U] i:95 [ARG] a:2769 [U] ❌ 6YSI_1:2758 no longer at interface
F:119 [ILE] 1:2769 [A] i:119 [PHE] a:2780 [G] ❌ 6YSI_F:119 no longer at interface
F:9 [ALA] 1:530 [A] i:9 [GLU] a:538 [A] ❌ 6YSI_F:9 no longer at interface
F:9 [ALA] 1:531 [G] i:9 [GLU] a:539 [G] ❌ 6YSI_F:9 no longer at interface
F:99 [GLU] 1:2769 [A] i:99 [ARG] a:2780 [G] ❌ 6YSI_F:99 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA 1.0 0.65 0.78 0.98 1.0 1.0 0.92 0.93 0.92 0.62 0.55


Other pairs involving 6YSI_F_1 or 7K00_i_a

Total number of entries: 17

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1N_1A 6YSI_F_1 0.89 0.97 0.77 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1N_1A 7K00_i_a 0.74 0.97 0.8 0.6 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1YHQ_J_0 6YSI_F_1 0.50 0.91 3.15 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1YHQ_J_0 7K00_i_a 0.39 0.9 3.39 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6S0Z_H_A 7K00_i_a 0.87 0.97 1.27 0.58 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_H_A 6YSI_F_1 0.89 0.98 1.14 0.59 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_F_1 7OF0_K_A 0.66 0.91 1.63 0.13 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_F_1 7O7Y_BO_B5 0.44 0.89 4.0 0.16 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6YSI_F_1 7K00_i_a 0.93 1.0 0.65 0.78 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6YSI_F_1 7RYG_I_A 0.96 0.98 1.54 0.96 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_J_0 7K00_i_a 0.39 0.9 3.4 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
1VQ8_J_0 6YSI_F_1 0.50 0.91 3.14 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_1 7K00_i_a 0.59 0.67 2.72 0.17 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
6AZ3_H_1 6YSI_F_1 0.61 0.66 2.81 0.2 Ribosomal protein L13 and L16-A compare
7K00_i_a 7RYG_I_A 0.90 0.99 1.74 0.78 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_i_a 7OF0_K_A 0.64 0.92 1.53 0.19 Ribosomal protein L13 and L16-A Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
7K00_i_a 7O7Y_BO_B5 0.36 0.89 4.02 0.14 Ribosomal protein L13 and L16-A compare