Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_i
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| i:1 [MET] | a:995 [C] | 3.95 | 50.12 | |||
| i:2 [LYS] | a:537 [G] | 4.15 | a:556 [A] | 45.41 | ||
| i:2 [LYS] | a:995 [C] | 3.58 | 45.41 | |||
| i:3 [THR] | a:537 [G] | 4.58 | a:556 [A] | 83.61 | ||
| i:3 [THR] | a:995 [C] | 2.8 | base:SC, base:BB | 83.61 | ||
| i:5 [THR] | a:537 [G] | 3.53 | a:556 [A] | 0.0 | ||
| i:5 [THR] | a:538 [A] | 3.97 | a:555 [G] | 0.0 | ||
| i:7 [LYS] | a:538 [A] | 3.57 | a:555 [G] | 40.54 | ||
| i:7 [LYS] | a:539 [G] | 4.03 | a:554 [U] | 40.54 | ||
| i:8 [PRO] | a:538 [A] | 3.75 | a:555 [G] | 20.13 | ||
| i:8 [PRO] | a:556 [A] | 4.95 | a:537 [G] | 20.13 | ||
| i:9 [GLU] | a:538 [A] | 2.45 | a:555 [G] | sugar:SC, sugar:SC | 19.08 | |
| i:9 [GLU] | a:539 [G] | 3.78 | a:554 [U] | 19.08 | ||
| i:15 [TRP] | a:7 [G] | 3.44 | a:2896 [C] | 42.13 | ||
| i:24 [THR] | a:1140 [C] | 3.44 | a:1024 [G] | 53.42 | ||
| i:24 [THR] | a:1141 [U] | 3.57 | a:1021 [A] | 53.42 | ||
| i:25 [LEU] | a:1139 [G] | 3.84 | a:1025 [G] | 73.7 | ||
| i:25 [LEU] | a:1140 [C] | 3.59 | a:1024 [G] | 73.7 | ||
| i:26 [GLY] | a:1012 [U] | 4.29 | a:1143 [A] | 98.19 | ||
| i:26 [GLY] | a:1139 [G] | 3.04 | a:1025 [G] | 98.19 | ||
| i:26 [GLY] | a:1140 [C] | 2.81 | a:1024 [G] | 98.19 | ||
| i:26 [GLY] | a:1143 [A] | 3.39 | a:1012 [U] | 98.19 | ||
| i:27 [ARG] | a:1012 [U] | 3.36 | a:1143 [A] | base/AA stacks | 95.39 | |
| i:27 [ARG] | a:1139 [G] | 4.87 | a:1025 [G] | 95.39 | ||
| i:27 [ARG] | a:1140 [C] | 3.04 | a:1024 [G] | sugar:SC | 95.39 | |
| i:27 [ARG] | a:1141 [U] | 2.89 | a:1021 [A] | 95.39 | ||
| i:27 [ARG] | a:1142 [A] | 3.63 | a:1019 [U] | 95.39 | ||
| i:27 [ARG] | a:1143 [A] | 3.06 | a:1012 [U] | base/AA stacks | 95.39 | |
| i:30 [THR] | a:1005 [C] | 3.12 | a:1138 [G] | 74.47 | ||
| i:30 [THR] | a:1006 [C] | 3.65 | a:1137 [G] | 74.47 | ||
| i:30 [THR] | a:1012 [U] | 2.6 | a:1143 [A] | base:SC | 74.47 | |
| i:30 [THR] | a:1138 [G] | 3.53 | a:1005 [C] | 74.47 | ||
| i:30 [THR] | a:1143 [A] | 3.56 | a:1012 [U] | 74.47 | ||
| i:33 [ALA] | a:1006 [C] | 3.61 | a:1137 [G] | 94.2 | ||
| i:34 [ARG] | a:1006 [C] | 4.82 | a:1137 [G] | 20.75 | ||
| i:37 [ARG] | a:1006 [C] | 4.69 | a:1137 [G] | 59.55 | ||
| i:37 [ARG] | a:1007 [C] | 2.48 | a:1136 [G] | 59.55 | ||
| i:37 [ARG] | a:1008 [A] | 2.97 | a:1009 [A] | 59.55 | ||
| i:37 [ARG] | a:1009 [A] | 4.36 | a:1008 [A] | 59.55 | ||
| i:39 [LYS] | a:1006 [C] | 4.08 | a:1137 [G] | 96.92 | ||
| i:39 [LYS] | a:1007 [C] | 2.61 | a:1136 [G] | 96.92 | ||
| i:39 [LYS] | a:1008 [A] | 4.15 | a:1009 [A] | 96.92 | ||
| i:39 [LYS] | a:1009 [A] | 2.91 | a:1008 [A] | 96.92 | ||
| i:44 [TYR] | a:1009 [A] | 4.39 | a:1008 [A] | 62.09 | ||
| i:46 [PRO] | a:558 [U] | 4.05 | a:535 [G] | 71.79 | ||
| i:47 [HIS] | a:536 [G] | 3.23 | a:557 [C] | 67.72 | ||
| i:47 [HIS] | a:537 [G] | 3.34 | a:556 [A] | 67.72 | ||
| i:47 [HIS] | a:538 [A] | 4.81 | a:555 [G] | 67.72 | ||
| i:47 [HIS] | a:556 [A] | 4.06 | a:537 [G] | 67.72 | ||
| i:47 [HIS] | a:557 [C] | 2.7 | a:536 [G] | sugar:BB | 67.72 | |
| i:47 [HIS] | a:558 [U] | 3.36 | a:535 [G] | 67.72 | ||
| i:48 [VAL] | a:557 [C] | 4.68 | a:536 [G] | 33.28 | ||
| i:53 [TYR] | a:7 [G] | 4.43 | a:2896 [C] | 27.84 | ||
| i:53 [TYR] | a:8 [C] | 3.29 | a:2895 [G] | 27.84 | ||
| i:63 [ALA] | a:1140 [C] | 4.88 | a:1024 [G] | 27.71 | ||
| i:64 [VAL] | a:1140 [C] | 4.37 | a:1024 [G] | 48.74 | ||
| i:65 [THR] | a:1022 [G] | 3.88 | a:1023 [U] | 86.28 | ||
| i:65 [THR] | a:1140 [C] | 4.88 | a:1024 [G] | 86.28 | ||
| i:65 [THR] | a:1141 [U] | 2.7 | a:1021 [A] | 86.28 | ||
| i:66 [GLY] | a:1020 [A] | 4.99 | 89.27 | |||
| i:66 [GLY] | a:1141 [U] | 3.63 | a:1021 [A] | 89.27 | ||
| i:67 [ASN] | a:1021 [A] | 4.07 | a:1141 [U] | 63.22 | ||
| i:67 [ASN] | a:1022 [G] | 4.26 | a:1023 [U] | 63.22 | ||
| i:67 [ASN] | a:1141 [U] | 4.65 | a:1021 [A] | 63.22 | ||
| i:68 [LYS] | a:1022 [G] | 2.67 | a:1023 [U] | base:SC | 92.64 | |
| i:68 [LYS] | a:1140 [C] | 3.02 | a:1024 [G] | 92.64 | ||
| i:68 [LYS] | a:1141 [U] | 3.22 | a:1021 [A] | 92.64 | ||
| i:71 [ASP] | a:1022 [G] | 4.76 | a:1023 [U] | 44.98 | ||
| i:72 [LYS] | a:1139 [G] | 2.86 | a:1025 [G] | 87.81 | ||
| i:72 [LYS] | a:1140 [C] | 4.93 | a:1024 [G] | 87.81 | ||
| i:74 [TYR] | a:1139 [G] | 3.66 | a:1025 [G] | 80.15 | ||
| i:75 [TYR] | a:1132 [U] | 3.18 | base/AA stacks | 5.44 | ||
| i:75 [TYR] | a:1133 [A] | 4.74 | 5.44 | |||
| i:76 [HIS] | a:2640 [G] | 4.49 | a:2774 [C] | 54.83 | ||
| i:76 [HIS] | a:2641 [G] | 2.65 | a:2773 [C] | 54.83 | ||
| i:77 [HIS] | a:1131 [G] | 3.01 | base/AA stacks | 82.11 | ||
| i:77 [HIS] | a:1132 [U] | 4.71 | 82.11 | |||
| i:77 [HIS] | a:2040 [G] | 4.63 | a:2023 [C] | 82.11 | ||
| i:78 [THR] | a:2641 [G] | 3.32 | a:2773 [C] | 83.83 | ||
| i:78 [THR] | a:2642 [G] | 2.71 | a:2772 [C] | 83.83 | ||
| i:79 [GLY] | a:1131 [G] | 4.44 | 80.25 | |||
| i:80 [HIS] | a:1131 [G] | 4.41 | 65.65 | |||
| i:80 [HIS] | a:2641 [G] | 3.4 | a:2773 [C] | 65.65 | ||
| i:80 [HIS] | a:2642 [G] | 3.41 | a:2772 [C] | 65.65 | ||
| i:81 [ILE] | a:1130 [U] | 3.08 | 65.53 | |||
| i:81 [ILE] | a:1131 [G] | 3.38 | 65.53 | |||
| i:81 [ILE] | a:2514 [U] | 3.56 | a:2570 [G] | 65.53 | ||
| i:81 [ILE] | a:2515 [C] | 3.88 | a:2569 [G] | 65.53 | ||
| i:82 [GLY] | a:1130 [U] | 4.46 | 87.11 | |||
| i:82 [GLY] | a:1131 [G] | 2.74 | 87.11 | |||
| i:82 [GLY] | a:2514 [U] | 5.0 | a:2570 [G] | 87.11 | ||
| i:82 [GLY] | a:2515 [C] | 3.84 | a:2569 [G] | 87.11 | ||
| i:83 [GLY] | a:1131 [G] | 3.99 | 75.08 | |||
| i:83 [GLY] | a:2642 [G] | 4.45 | a:2772 [C] | 75.08 | ||
| i:84 [ILE] | a:1131 [G] | 3.98 | 63.52 | |||
| i:84 [ILE] | a:1132 [U] | 3.7 | 63.52 | |||
| i:85 [LYS] | a:2641 [G] | 4.61 | a:2773 [C] | 70.1 | ||
| i:85 [LYS] | a:2642 [G] | 3.67 | a:2772 [C] | 70.1 | ||
| i:85 [LYS] | a:2768 [U] | 4.51 | a:2736 [A] | 70.1 | ||
| i:91 [GLU] | a:2767 [C] | 4.97 | a:2737 [G] | 34.66 | ||
| i:95 [ARG] | a:2640 [G] | 3.36 | a:2774 [C] | 43.99 | ||
| i:95 [ARG] | a:2768 [U] | 2.99 | a:2736 [A] | 43.99 | ||
| i:95 [ARG] | a:2769 [U] | 2.57 | a:2735 [G] | 43.99 | ||
| i:96 [ARG] | a:2639 [A] | 4.92 | a:2775 [G] | 65.06 | ||
| i:96 [ARG] | a:2640 [G] | 3.35 | a:2774 [C] | 65.06 | ||
| i:99 [ARG] | a:2780 [G] | 3.35 | base:SC | 32.58 | ||
| i:100 [VAL] | a:1139 [G] | 4.85 | a:1025 [G] | 63.92 | ||
| i:102 [GLU] | a:2780 [G] | 2.49 | base:SC | 42.6 | ||
| i:103 [ILE] | a:1138 [G] | 3.98 | a:1005 [C] | 38.92 | ||
| i:103 [ILE] | a:1139 [G] | 3.4 | a:1025 [G] | 38.92 | ||
| i:104 [ALA] | a:1138 [G] | 2.66 | a:1005 [C] | sugar:BB | 87.01 | |
| i:104 [ALA] | a:1139 [G] | 3.41 | a:1025 [G] | 87.01 | ||
| i:105 [VAL] | a:1138 [G] | 4.82 | a:1005 [C] | 89.22 | ||
| i:106 [LYS] | a:1138 [G] | 4.93 | a:1005 [C] | 53.09 | ||
| i:106 [LYS] | a:2780 [G] | 4.31 | 53.09 | |||
| i:107 [GLY] | a:1006 [C] | 4.52 | a:1137 [G] | 69.91 | ||
| i:107 [GLY] | a:1007 [C] | 4.8 | a:1136 [G] | 69.91 | ||
| i:107 [GLY] | a:1137 [G] | 2.94 | a:1006 [C] | base:BB | 69.91 | |
| i:107 [GLY] | a:1138 [G] | 3.17 | a:1005 [C] | 69.91 | ||
| i:108 [MET] | a:1006 [C] | 2.44 | a:1137 [G] | sugar:BB | 98.51 | |
| i:108 [MET] | a:1007 [C] | 3.25 | a:1136 [G] | 98.51 | ||
| i:108 [MET] | a:1137 [G] | 4.08 | a:1006 [C] | 98.51 | ||
| i:108 [MET] | a:1138 [G] | 3.39 | a:1005 [C] | 98.51 | ||
| i:108 [MET] | a:1139 [G] | 3.8 | a:1025 [G] | 98.51 | ||
| i:109 [LEU] | a:1006 [C] | 4.59 | a:1137 [G] | 93.04 | ||
| i:109 [LEU] | a:1007 [C] | 3.65 | a:1136 [G] | 93.04 | ||
| i:110 [PRO] | a:1007 [C] | 3.68 | a:1136 [G] | 89.97 | ||
| i:110 [PRO] | a:1008 [A] | 4.07 | a:1009 [A] | 89.97 | ||
| i:111 [LYS] | a:558 [U] | 4.74 | a:535 [G] | 66.69 | ||
| i:111 [LYS] | a:559 [G] | 4.86 | a:534 [U] | 66.69 | ||
| i:111 [LYS] | a:1007 [C] | 3.58 | a:1136 [G] | sugar:SC | 66.69 | |
| i:111 [LYS] | a:1137 [G] | 4.88 | a:1006 [C] | 66.69 | ||
| i:111 [LYS] | a:2039 [U] | 3.75 | a:2024 [G] | 66.69 | ||
| i:111 [LYS] | a:2040 [G] | 4.63 | a:2023 [C] | 66.69 | ||
| i:112 [GLY] | a:529 [A] | 4.49 | a:2041 [U] | 82.35 | ||
| i:112 [GLY] | a:558 [U] | 3.59 | a:535 [G] | 82.35 | ||
| i:113 [PRO] | a:528 [A] | 3.68 | 48.33 | |||
| i:113 [PRO] | a:529 [A] | 3.58 | a:2041 [U] | 48.33 | ||
| i:113 [PRO] | a:557 [C] | 3.85 | a:536 [G] | 48.33 | ||
| i:113 [PRO] | a:558 [U] | 3.0 | a:535 [G] | 48.33 | ||
| i:114 [LEU] | a:557 [C] | 3.6 | a:536 [G] | 67.1 | ||
| i:114 [LEU] | a:558 [U] | 2.87 | a:535 [G] | 67.1 | ||
| i:115 [GLY] | a:558 [U] | 4.66 | a:535 [G] | 74.33 | ||
| i:116 [ARG] | a:527 [C] | 4.37 | 47.26 | |||
| i:116 [ARG] | a:528 [A] | 3.18 | 47.26 | |||
| i:116 [ARG] | a:529 [A] | 2.51 | a:2041 [U] | 47.26 | ||
| i:116 [ARG] | a:2042 [A] | 3.59 | 47.26 | |||
| i:119 [PHE] | a:2780 [G] | 3.85 | 54.67 | |||
| i:120 [ARG] | a:8 [C] | 4.29 | a:2895 [G] | 49.07 | ||
| i:120 [ARG] | a:527 [C] | 4.37 | 49.07 | |||
| i:120 [ARG] | a:528 [A] | 4.42 | 49.07 | |||
| i:120 [ARG] | a:2779 [U] | 4.49 | 49.07 | |||
| i:120 [ARG] | a:2780 [G] | 3.11 | 49.07 | |||
| i:123 [LYS] | a:7 [G] | 3.94 | a:2896 [C] | 38.53 | ||
| i:123 [LYS] | a:8 [C] | 3.71 | a:2895 [G] | 38.53 | ||
| i:131 [ASN] | a:5 [A] | 4.42 | a:2898 [U] | 44.59 | ||
| i:131 [ASN] | a:6 [A] | 3.13 | a:2897 [U] | 44.59 | ||
| i:132 [HIS] | a:6 [A] | 2.95 | a:2897 [U] | sugar:SC | 73.92 | |
| i:132 [HIS] | a:7 [G] | 3.44 | a:2896 [C] | 73.92 | ||
| i:133 [ALA] | a:2899 [A] | 4.83 | a:4 [U] | 0.11 | ||
| i:134 [ALA] | a:5 [A] | 4.14 | a:2898 [U] | 59.7 | ||
| i:134 [ALA] | a:6 [A] | 4.03 | a:2897 [U] | 59.7 | ||
| i:134 [ALA] | a:2898 [U] | 2.33 | a:5 [A] | sugar:BB | 59.7 | |
| i:134 [ALA] | a:2899 [A] | 3.96 | a:4 [U] | 59.7 | ||
| i:135 [GLN] | a:6 [A] | 2.57 | a:2897 [U] | base:SC, sugar:SC | 73.74 | |
| i:135 [GLN] | a:7 [G] | 2.86 | a:2896 [C] | 73.74 | ||
| i:135 [GLN] | a:2898 [U] | 4.58 | a:5 [A] | 73.74 | ||
| i:136 [GLN] | a:2898 [U] | 4.12 | a:5 [A] | 26.87 | ||
| i:136 [GLN] | a:2899 [A] | 3.2 | a:4 [U] | 26.87 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group137 | 7K00_i_a | i: 50s ribosomal protein l13, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0AA10 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 9