Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
7K00_i
|
7K00_a
|
7O7Y_BO
|
7O7Y_B5
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
i:80 [HIS] | a:1131 [G] | BO:63 [ASN] | B5:1984 [G] | ✔ |
i:104 [ALA] | a:1138 [G] | BO:83 [THR] | B5:1991 [G] | ✔ |
i:96 [ARG] | a:2640 [G] | BO:75 [ALA] | B5:4331 [U] | ✔ |
i:24 [THR] | a:1140 [C] | BO:15 [LEU] | B5:1993 [U] | ✔ |
i:27 [ARG] | a:1139 [G] | BO:18 [ARG] | B5:1992 [C] | ✔ |
i:27 [ARG] | a:1140 [C] | BO:18 [ARG] | B5:1993 [U] | ✔ |
i:27 [ARG] | a:1142 [A] | BO:18 [ARG] | B5:1995 [G] | ✔ |
i:27 [ARG] | a:1143 [A] | BO:18 [ARG] | B5:1996 [A] | ✔ |
i:110 [PRO] | a:1007 [C] | BO:89 [PRO] | B5:1853 [C] | ✔ |
i:110 [PRO] | a:1008 [A] | BO:89 [PRO] | B5:1854 [C] | ✔ |
i:107 [GLY] | a:1006 [C] | BO:86 [GLY] | B5:1852 [C] | ✔ |
i:107 [GLY] | a:1007 [C] | BO:86 [GLY] | B5:1853 [C] | ✔ |
i:107 [GLY] | a:1137 [G] | BO:86 [GLY] | B5:1990 [C] | ✔ |
i:33 [ALA] | a:1006 [C] | BO:24 [ALA] | B5:1852 [C] | ✔ |
i:30 [THR] | a:1005 [C] | BO:21 [ALA] | B5:1851 [G] | ✔ |
i:30 [THR] | a:1006 [C] | BO:21 [ALA] | B5:1852 [C] | ✔ |
i:30 [THR] | a:1143 [A] | BO:21 [ALA] | B5:1996 [A] | ✔ |
i:116 [ARG] | a:529 [A] | BO:96 [GLN] | B5:432 [U] | ✔ |
i:116 [ARG] | a:2042 [A] | BO:96 [GLN] | B5:3620 [G] | ✔ |
i:85 [LYS] | a:2641 [G] | BO:70 [PRO] | B5:4332 [G] | ✔ |
i:78 [THR] | a:2641 [G] | BO:61 [ARG] | B5:4332 [G] | ✔ |
i:78 [THR] | a:2642 [G] | BO:61 [ARG] | B5:4333 [G] | ✔ |
i:108 [MET] | a:1006 [C] | BO:87 [MET] | B5:1852 [C] | ✔ |
i:108 [MET] | a:1007 [C] | BO:87 [MET] | B5:1853 [C] | ✔ |
i:108 [MET] | a:1137 [G] | BO:87 [MET] | B5:1990 [C] | ✔ |
i:108 [MET] | a:1138 [G] | BO:87 [MET] | B5:1991 [G] | ✔ |
i:34 [ARG] | a:1006 [C] | BO:25 [LYS] | B5:1852 [C] | ✔ |
i:77 [HIS] | a:1131 [G] | BO:60 [LYS] | B5:1984 [G] | ✔ |
i:77 [HIS] | a:1132 [U] | BO:60 [LYS] | B5:1985 [G] | ✔ |
i:109 [LEU] | a:1006 [C] | BO:88 [LEU] | B5:1852 [C] | ✔ |
i:109 [LEU] | a:1007 [C] | BO:88 [LEU] | B5:1853 [C] | ✔ |
i:37 [ARG] | a:1006 [C] | BO:28 [LEU] | B5:1852 [C] | ✔ |
i:37 [ARG] | a:1007 [C] | BO:28 [LEU] | B5:1853 [C] | ✔ |
i:111 [LYS] | a:2040 [G] | BO:90 [HIS] | B5:3618 [G] | ✔ |
i:83 [GLY] | a:2642 [G] | BO:66 [PRO] | B5:4333 [G] | ✔ |
i:26 [GLY] | a:1139 [G] | BO:17 [GLY] | B5:1992 [C] | ✔ |
i:26 [GLY] | a:1143 [A] | BO:17 [GLY] | B5:1996 [A] | ✔ |
i:65 [THR] | a:1140 [C] | BO:44 [SER] | B5:1993 [U] | ✔ |
i:25 [LEU] | a:1139 [G] | BO:16 [LEU] | B5:1992 [C] | ✔ |
i:113 [PRO] | a:528 [A] | BO:93 [LYS] | B5:431 [G] | ✔ |
i:113 [PRO] | a:557 [C] | BO:93 [LYS] | B5:1252 [C] | ✔ |
i:113 [PRO] | a:558 [U] | BO:93 [LYS] | B5:1253 [C] | ✔ |
i:114 [LEU] | a:557 [C] | BO:94 [ARG] | B5:1252 [C] | ✔ |
i:114 [LEU] | a:558 [U] | BO:94 [ARG] | B5:1253 [C] | ✔ |
i:79 [GLY] | a:1131 [G] | BO:62 [MET] | B5:1984 [G] | ✔ |
i:95 [ARG] | a:2640 [G] | BO:74 [ARG] | B5:4331 [U] | ✔ |
i:95 [ARG] | a:2768 [U] | BO:74 [ARG] | B5:4457 [C] | ✔ |
i:95 [ARG] | a:2769 [U] | BO:74 [ARG] | B5:4458 [C] | ✔ |
i:112 [GLY] | a:529 [A] | BO:91 [LYS] | B5:432 [U] | ✔ |
i:82 [GLY] | a:1130 [U] | BO:65 [ASN] | B5:1983 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:82 [GLY] | a:1131 [G] | BO:65 [ASN] | B5:1984 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:82 [GLY] | a:2514 [U] | BO:65 [ASN] | B5:4206 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:82 [GLY] | a:2515 [C] | BO:65 [ASN] | B5:4207 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:80 [HIS] | a:2641 [G] | BO:63 [ASN] | B5:4332 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:80 [HIS] | a:2642 [G] | BO:63 [ASN] | B5:4333 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:104 [ALA] | a:1139 [G] | BO:83 [THR] | B5:1992 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:96 [ARG] | a:2639 [A] | BO:75 [ALA] | B5:4330 [A] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:24 [THR] | a:1141 [U] | BO:15 [LEU] | B5:1994 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:27 [ARG] | a:1012 [U] | BO:18 [ARG] | B5:1858 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:27 [ARG] | a:1141 [U] | BO:18 [ARG] | B5:1994 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:107 [GLY] | a:1138 [G] | BO:86 [GLY] | B5:1991 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:30 [THR] | a:1012 [U] | BO:21 [ALA] | B5:1858 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:30 [THR] | a:1138 [G] | BO:21 [ALA] | B5:1991 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:116 [ARG] | a:528 [A] | BO:96 [GLN] | B5:431 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:67 [ASN] | a:1021 [A] | BO:45 [GLY] | B5:1868 [A] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:67 [ASN] | a:1141 [U] | BO:45 [GLY] | B5:1994 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:106 [LYS] | a:1138 [G] | BO:85 [ARG] | B5:1991 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:63 [ALA] | a:1140 [C] | BO:42 [ASN] | B5:1993 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:85 [LYS] | a:2642 [G] | BO:70 [PRO] | B5:4333 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:85 [LYS] | a:2768 [U] | BO:70 [PRO] | B5:4457 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:68 [LYS] | a:1140 [C] | BO:46 [ASN] | B5:1993 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:68 [LYS] | a:1141 [U] | BO:46 [ASN] | B5:1994 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:108 [MET] | a:1139 [G] | BO:87 [MET] | B5:1992 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:84 [ILE] | a:1131 [G] | BO:69 [GLY] | B5:1984 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:84 [ILE] | a:1132 [U] | BO:69 [GLY] | B5:1985 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:77 [HIS] | a:2040 [G] | BO:60 [LYS] | B5:3618 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:37 [ARG] | a:1008 [A] | BO:28 [LEU] | B5:1854 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:37 [ARG] | a:1009 [A] | BO:28 [LEU] | B5:1855 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:64 [VAL] | a:1140 [C] | BO:43 [ILE] | B5:1993 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:111 [LYS] | a:558 [U] | BO:90 [HIS] | B5:1253 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:111 [LYS] | a:559 [G] | BO:90 [HIS] | B5:1254 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:111 [LYS] | a:1007 [C] | BO:90 [HIS] | B5:1853 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:111 [LYS] | a:1137 [G] | BO:90 [HIS] | B5:1990 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:111 [LYS] | a:2039 [U] | BO:90 [HIS] | B5:3617 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:83 [GLY] | a:1131 [G] | BO:66 [PRO] | B5:1984 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:26 [GLY] | a:1012 [U] | BO:17 [GLY] | B5:1858 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:26 [GLY] | a:1140 [C] | BO:17 [GLY] | B5:1993 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:81 [ILE] | a:1130 [U] | BO:64 [THR] | B5:1983 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:81 [ILE] | a:1131 [G] | BO:64 [THR] | B5:1984 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:81 [ILE] | a:2514 [U] | BO:64 [THR] | B5:4206 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:81 [ILE] | a:2515 [C] | BO:64 [THR] | B5:4207 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:105 [VAL] | a:1138 [G] | BO:84 [VAL] | B5:1991 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:65 [THR] | a:1141 [U] | BO:44 [SER] | B5:1994 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:25 [LEU] | a:1140 [C] | BO:16 [LEU] | B5:1993 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:113 [PRO] | a:529 [A] | BO:93 [LYS] | B5:432 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:76 [HIS] | a:2640 [G] | BO:58 [LEU] | B5:4331 [U] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:76 [HIS] | a:2641 [G] | BO:58 [LEU] | B5:4332 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:103 [ILE] | a:1138 [G] | BO:82 [ARG] | B5:1991 [G] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:103 [ILE] | a:1139 [G] | BO:82 [ARG] | B5:1992 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:112 [GLY] | a:558 [U] | BO:91 [LYS] | B5:1253 [C] | ❌ 7O7Y_BO_B5 |
i:24 [THR] | a:1139 [G] | BO:15 [LEU] | B5:1992 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:25 [LEU] | a:1138 [G] | BO:16 [LEU] | B5:1991 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:26 [GLY] | a:1138 [G] | BO:17 [GLY] | B5:1991 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:27 [ARG] | a:1138 [G] | BO:18 [ARG] | B5:1991 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:34 [ARG] | a:1008 [A] | BO:25 [LYS] | B5:1854 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:34 [ARG] | a:1009 [A] | BO:25 [LYS] | B5:1855 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:34 [ARG] | a:1007 [C] | BO:25 [LYS] | B5:1853 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:63 [ALA] | a:1139 [G] | BO:42 [ASN] | B5:1992 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:64 [VAL] | a:1139 [G] | BO:43 [ILE] | B5:1992 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:65 [THR] | a:1139 [G] | BO:44 [SER] | B5:1992 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:67 [ASN] | a:1140 [C] | BO:45 [GLY] | B5:1993 [U] | ❌ 7K00_i_a |
i:71 [ASP] | a:1021 [A] | BO:49 [ARG] | B5:1868 [A] | ❌ 7K00_i_a |
i:71 [ASP] | a:1140 [C] | BO:49 [ARG] | B5:1993 [U] | ❌ 7K00_i_a |
i:76 [HIS] | a:2768 [U] | BO:58 [LEU] | B5:4457 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:78 [THR] | a:1131 [G] | BO:61 [ARG] | B5:1984 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:79 [GLY] | a:2040 [G] | BO:62 [MET] | B5:3618 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:80 [HIS] | a:1130 [U] | BO:63 [ASN] | B5:1983 [U] | ❌ 7K00_i_a |
i:80 [HIS] | a:2514 [U] | BO:63 [ASN] | B5:4206 [U] | ❌ 7K00_i_a |
i:80 [HIS] | a:2515 [C] | BO:63 [ASN] | B5:4207 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:83 [GLY] | a:2641 [G] | BO:66 [PRO] | B5:4332 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:84 [ILE] | a:2040 [G] | BO:69 [GLY] | B5:3618 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:85 [LYS] | a:2040 [G] | BO:70 [PRO] | B5:3618 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:85 [LYS] | a:1131 [G] | BO:70 [PRO] | B5:1984 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:85 [LYS] | a:1132 [U] | BO:70 [PRO] | B5:1985 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:95 [ARG] | a:2641 [G] | BO:74 [ARG] | B5:4332 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:95 [ARG] | a:2639 [A] | BO:74 [ARG] | B5:4330 [A] | ❌ 7K00_i_a |
i:103 [ILE] | a:1137 [G] | BO:82 [ARG] | B5:1990 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:103 [ILE] | a:2040 [G] | BO:82 [ARG] | B5:3618 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:104 [ALA] | a:1137 [G] | BO:83 [THR] | B5:1990 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:105 [VAL] | a:1137 [G] | BO:84 [VAL] | B5:1990 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:106 [LYS] | a:2040 [G] | BO:85 [ARG] | B5:3618 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:108 [MET] | a:1143 [A] | BO:87 [MET] | B5:1996 [A] | ❌ 7K00_i_a |
i:108 [MET] | a:1005 [C] | BO:87 [MET] | B5:1851 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:111 [LYS] | a:529 [A] | BO:90 [HIS] | B5:432 [U] | ❌ 7K00_i_a |
i:112 [GLY] | a:2040 [G] | BO:91 [LYS] | B5:3618 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:112 [GLY] | a:2039 [U] | BO:91 [LYS] | B5:3617 [G] | ❌ 7K00_i_a |
i:114 [LEU] | a:1007 [C] | BO:94 [ARG] | B5:1853 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:114 [LEU] | a:1008 [A] | BO:94 [ARG] | B5:1854 [C] | ❌ 7K00_i_a |
i:75 [TYR] | a:1133 [A] | BO:57 [PHE] | B5:1986 [A] | ❌ 7O7Y_BO:57, 7O7Y_B5:1986 no longer at interface |
i:71 [ASP] | a:1022 [G] | BO:49 [ARG] | B5:1870 [C] | ❌ 7O7Y_B5:1870 no longer at interface |
i:67 [ASN] | a:1022 [G] | BO:45 [GLY] | B5:1870 [C] | ❌ 7O7Y_B5:1870 no longer at interface |
i:68 [LYS] | a:1022 [G] | BO:46 [ASN] | B5:1870 [C] | ❌ 7O7Y_B5:1870 no longer at interface |
i:120 [ARG] | a:2779 [U] | BO:100 [ASP] | B5:4466 [C] | ❌ 7O7Y_BO:100, 7O7Y_B5:4466 no longer at interface |
i:65 [THR] | a:1022 [G] | BO:44 [SER] | B5:1870 [C] | ❌ 7O7Y_B5:1870 no longer at interface |
i:69 [ARG] | a:2738 [A] | BO:47 [PHE] | B5:4427 [A] | ❌ 7K00_i:69, 7K00_a:2738 no longer at interface |
i:70 [THR] | a:2740 [A] | BO:48 [TYR] | B5:4429 [U] | ❌ 7K00_i:70, 7K00_a:2740 no longer at interface |
i:70 [THR] | a:2739 [U] | BO:48 [TYR] | B5:4428 [U] | ❌ 7K00_i:70, 7K00_a:2739 no longer at interface |
i:71 [ASP] | a:1023 [U] | BO:49 [ARG] | B5:1871 [A] | ❌ 7K00_a:1023 no longer at interface |
i:78 [THR] | a:2643 [G] | BO:61 [ARG] | B5:4334 [U] | ❌ 7K00_a:2643 no longer at interface |
i:79 [GLY] | a:2023 [C] | BO:62 [MET] | B5:3601 [OMC] | ❌ 7K00_a:2023 no longer at interface |
i:79 [GLY] | a:2024 [G] | BO:62 [MET] | B5:3602 [C] | ❌ 7K00_a:2024 no longer at interface |
i:81 [ILE] | a:2619 [C] | BO:64 [THR] | B5:4311 [C] | ❌ 7K00_a:2619 no longer at interface |
i:82 [GLY] | a:2619 [C] | BO:65 [ASN] | B5:4311 [C] | ❌ 7K00_a:2619 no longer at interface |
i:82 [GLY] | a:2620 [C] | BO:65 [ASN] | B5:4312 [U] | ❌ 7K00_a:2620 no longer at interface |
i:84 [ILE] | a:2041 [U] | BO:69 [GLY] | B5:3619 [OMC] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
i:85 [LYS] | a:2041 [U] | BO:70 [PRO] | B5:3619 [OMC] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
i:103 [ILE] | a:2041 [U] | BO:82 [ARG] | B5:3619 [OMC] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
i:106 [LYS] | a:2041 [U] | BO:85 [ARG] | B5:3619 [OMC] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
i:107 [GLY] | a:1136 [G] | BO:86 [GLY] | B5:1989 [G] | ❌ 7K00_a:1136 no longer at interface |
i:108 [MET] | a:1136 [G] | BO:87 [MET] | B5:1989 [G] | ❌ 7K00_a:1136 no longer at interface |
i:111 [LYS] | a:2041 [U] | BO:90 [HIS] | B5:3619 [OMC] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
i:112 [GLY] | a:2041 [U] | BO:91 [LYS] | B5:3619 [OMC] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
i:116 [ARG] | a:2041 [U] | BO:96 [GLN] | B5:3619 [OMC] | ❌ 7K00_a:2041 no longer at interface |
i:75 [TYR] | a:1132 [U] | BO:57 [PHE] | B5:1985 [G] | ❌ 7O7Y_BO:57 no longer at interface |
i:100 [VAL] | a:1139 [G] | BO:79 [ILE] | B5:1992 [C] | ❌ 7O7Y_BO:79 no longer at interface |
i:72 [LYS] | a:1139 [G] | BO:50 [ASN] | B5:1992 [C] | ❌ 7O7Y_BO:50 no longer at interface |
i:72 [LYS] | a:1140 [C] | BO:50 [ASN] | B5:1993 [U] | ❌ 7O7Y_BO:50 no longer at interface |
i:74 [TYR] | a:1139 [G] | BO:54 [TYR] | B5:1992 [C] | ❌ 7O7Y_BO:54 no longer at interface |
i:120 [ARG] | a:528 [A] | BO:100 [ASP] | B5:431 [G] | ❌ 7O7Y_BO:100 no longer at interface |
i:115 [GLY] | a:558 [U] | BO:95 [GLY] | B5:1253 [C] | ❌ 7O7Y_BO:95 no longer at interface |
i:35 [ARG] | a:1012 [U] | BO:26 [GLN] | B5:1858 [G] | ❌ 7K00_i:35 no longer at interface |
i:73 [VAL] | a:1139 [G] | BO:53 [LYS] | B5:1992 [C] | ❌ 7K00_i:73 no longer at interface |
i:73 [VAL] | a:1140 [C] | BO:53 [LYS] | B5:1993 [U] | ❌ 7K00_i:73 no longer at interface |
i:87 [ALA] | a:2640 [G] | BO:72 [HIS] | B5:4331 [U] | ❌ 7K00_i:87 no longer at interface |
i:87 [ALA] | a:2641 [G] | BO:72 [HIS] | B5:4332 [G] | ❌ 7K00_i:87 no longer at interface |
i:92 [MET] | a:2640 [G] | BO:73 [PHE] | B5:4331 [U] | ❌ 7K00_i:92 no longer at interface |
i:92 [MET] | a:2639 [A] | BO:73 [PHE] | B5:4330 [A] | ❌ 7K00_i:92 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L13 and L16-A | 0.89 | 4.02 | 0.14 | 0.63 | 0.89 | 0.58 | 0.67 | 0.36 | 0.27 | 0.17 | 0.30 |
Other pairs involving 7K00_i_a or 7O7Y_BO_B5
Total number of entries: 18