Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7RYG_I
|
7RYG_A
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| I:1 [MET] | A:536 [G] | 3.1 | A:554 [A] | 50.3 | ||
| I:1 [MET] | A:992 [C] | 3.7 | 50.3 | |||
| I:2 [LYS] | A:992 [C] | 4.49 | 49.37 | |||
| I:3 [THR] | A:536 [G] | 4.32 | A:554 [A] | 83.84 | ||
| I:3 [THR] | A:992 [C] | 2.31 | base:SC, base:BB, base:BB | 83.84 | ||
| I:5 [SER] | A:536 [G] | 3.27 | A:554 [A] | 4.45 | ||
| I:5 [SER] | A:537 [A] | 4.16 | A:553 [G] | 4.45 | ||
| I:7 [LYS] | A:537 [A] | 3.4 | A:553 [G] | 45.74 | ||
| I:7 [LYS] | A:538 [G] | 3.5 | A:552 [U] | 45.74 | ||
| I:8 [PRO] | A:537 [A] | 3.78 | A:553 [G] | 2.82 | ||
| I:15 [TRP] | A:14 [G] | 4.06 | A:2892 [C] | 46.29 | ||
| I:24 [THR] | A:1137 [C] | 3.7 | A:1021 [G] | 58.36 | ||
| I:24 [THR] | A:1138 [U] | 3.92 | A:1018 [A] | 58.36 | ||
| I:25 [LEU] | A:1136 [G] | 4.38 | A:1022 [G] | 74.39 | ||
| I:25 [LEU] | A:1137 [C] | 3.87 | A:1021 [G] | 74.39 | ||
| I:26 [GLY] | A:1009 [U] | 4.45 | A:1141 [A] | 98.79 | ||
| I:26 [GLY] | A:1136 [G] | 3.27 | A:1022 [G] | 98.79 | ||
| I:26 [GLY] | A:1137 [C] | 3.07 | A:1021 [G] | 98.79 | ||
| I:26 [GLY] | A:1141 [A] | 3.77 | A:1009 [U] | 98.79 | ||
| I:27 [ARG] | A:1009 [U] | 3.56 | A:1141 [A] | 95.6 | ||
| I:27 [ARG] | A:1137 [C] | 3.51 | A:1021 [G] | 95.6 | ||
| I:27 [ARG] | A:1138 [U] | 3.59 | A:1018 [A] | 95.6 | ||
| I:27 [ARG] | A:1140 [A] | 3.53 | A:1016 [U] | 95.6 | ||
| I:27 [ARG] | A:1141 [A] | 3.41 | A:1009 [U] | 95.6 | ||
| I:30 [THR] | A:1002 [C] | 3.25 | A:1135 [G] | 75.17 | ||
| I:30 [THR] | A:1003 [C] | 3.87 | A:1134 [G] | 75.17 | ||
| I:30 [THR] | A:1009 [U] | 2.75 | A:1141 [A] | base:SC | 75.17 | |
| I:30 [THR] | A:1135 [G] | 3.74 | A:1002 [C] | 75.17 | ||
| I:30 [THR] | A:1141 [A] | 3.72 | A:1009 [U] | 75.17 | ||
| I:33 [ALA] | A:1003 [C] | 4.12 | A:1134 [G] | 92.96 | ||
| I:34 [ARG] | A:1003 [C] | 4.11 | A:1134 [G] | 17.08 | ||
| I:37 [ARG] | A:1004 [C] | 2.77 | A:1133 [G] | 64.7 | ||
| I:37 [ARG] | A:1005 [A] | 3.0 | 64.7 | |||
| I:37 [ARG] | A:1006 [A] | 4.69 | 64.7 | |||
| I:39 [LYS] | A:1003 [C] | 4.05 | A:1134 [G] | 99.0 | ||
| I:39 [LYS] | A:1004 [C] | 2.66 | A:1133 [G] | 99.0 | ||
| I:39 [LYS] | A:1005 [A] | 4.58 | 99.0 | |||
| I:39 [LYS] | A:1006 [A] | 3.45 | 99.0 | |||
| I:44 [TYR] | A:1006 [A] | 4.6 | 61.81 | |||
| I:46 [PRO] | A:556 [U] | 4.48 | A:534 [G] | 73.21 | ||
| I:47 [HIS] | A:535 [G] | 3.77 | A:555 [C] | 66.67 | ||
| I:47 [HIS] | A:536 [G] | 3.61 | A:554 [A] | 66.67 | ||
| I:47 [HIS] | A:554 [A] | 4.59 | A:536 [G] | 66.67 | ||
| I:47 [HIS] | A:555 [C] | 2.85 | A:535 [G] | sugar:BB | 66.67 | |
| I:47 [HIS] | A:556 [U] | 3.37 | A:534 [G] | 66.67 | ||
| I:48 [VAL] | A:555 [C] | 4.88 | A:535 [G] | 21.47 | ||
| I:53 [TYR] | A:14 [G] | 4.12 | A:2892 [C] | 31.23 | ||
| I:53 [TYR] | A:15 [U] | 3.02 | A:2891 [G] | 31.23 | ||
| I:63 [GLN] | A:1137 [C] | 4.98 | A:1021 [G] | 42.15 | ||
| I:64 [VAL] | A:1137 [C] | 4.27 | A:1021 [G] | 69.5 | ||
| I:65 [THR] | A:1019 [G] | 4.29 | A:1020 [U] | 87.94 | ||
| I:65 [THR] | A:1138 [U] | 2.87 | A:1018 [A] | 87.94 | ||
| I:66 [GLY] | A:1138 [U] | 4.06 | A:1018 [A] | 88.43 | ||
| I:67 [ASN] | A:1018 [A] | 4.5 | A:1138 [U] | 66.28 | ||
| I:67 [ASN] | A:1019 [G] | 3.82 | A:1020 [U] | 66.28 | ||
| I:68 [LYS] | A:1019 [G] | 2.9 | A:1020 [U] | base:SC | 91.7 | |
| I:68 [LYS] | A:1137 [C] | 3.3 | A:1021 [G] | 91.7 | ||
| I:68 [LYS] | A:1138 [U] | 3.06 | A:1018 [A] | 91.7 | ||
| I:72 [LYS] | A:1136 [G] | 3.29 | A:1022 [G] | 91.36 | ||
| I:72 [LYS] | A:1137 [C] | 4.68 | A:1021 [G] | 91.36 | ||
| I:74 [TYR] | A:1136 [G] | 4.09 | A:1022 [G] | 77.89 | ||
| I:75 [TYR] | A:1129 [U] | 3.54 | base/AA stacks | 34.86 | ||
| I:75 [TYR] | A:1130 [A] | 4.85 | 34.86 | |||
| I:76 [ARG] | A:2636 [G] | 3.76 | A:2770 [C] | 60.22 | ||
| I:76 [ARG] | A:2637 [A] | 3.07 | A:2769 [U] | 60.22 | ||
| I:77 [HIS] | A:1128 [G] | 2.98 | sugar:SC | base/AA stacks | 83.06 | |
| I:77 [HIS] | A:1129 [U] | 4.69 | 83.06 | |||
| I:77 [HIS] | A:2036 [G] | 4.8 | A:2019 [C] | 83.06 | ||
| I:78 [THR] | A:2637 [A] | 3.27 | A:2769 [U] | 85.63 | ||
| I:78 [THR] | A:2638 [G] | 2.86 | A:2768 [C] | 85.63 | ||
| I:79 [GLU] | A:1128 [G] | 4.17 | 76.83 | |||
| I:79 [GLU] | A:2037 [U] | 3.57 | A:528 [A] | 76.83 | ||
| I:80 [PHE] | A:2637 [A] | 4.01 | A:2769 [U] | 65.33 | ||
| I:80 [PHE] | A:2638 [G] | 3.81 | A:2768 [C] | 65.33 | ||
| I:81 [PRO] | A:2510 [U] | 3.66 | A:2566 [G] | 63.7 | ||
| I:81 [PRO] | A:2511 [C] | 3.65 | A:2565 [G] | 63.7 | ||
| I:82 [GLY] | A:1128 [G] | 4.16 | 88.28 | |||
| I:82 [GLY] | A:2510 [U] | 4.79 | A:2566 [G] | 88.28 | ||
| I:82 [GLY] | A:2511 [C] | 3.65 | A:2565 [G] | 88.28 | ||
| I:83 [GLY] | A:2638 [G] | 4.95 | A:2768 [C] | 71.07 | ||
| I:84 [LEU] | A:1128 [G] | 4.15 | 58.78 | |||
| I:84 [LEU] | A:1129 [U] | 3.9 | 58.78 | |||
| I:85 [LYS] | A:2637 [A] | 3.63 | A:2769 [U] | 75.64 | ||
| I:85 [LYS] | A:2638 [G] | 3.77 | A:2768 [C] | 75.64 | ||
| I:85 [LYS] | A:2764 [C] | 4.88 | A:2732 [G] | 75.64 | ||
| I:91 [LYS] | A:2734 [A] | 4.11 | A:2762 [G] | 54.94 | ||
| I:95 [HIS] | A:2636 [G] | 4.49 | A:2770 [C] | 59.05 | ||
| I:96 [LYS] | A:2635 [A] | 3.19 | A:2771 [A] | sugar:SC | 54.72 | |
| I:96 [LYS] | A:2636 [G] | 4.05 | A:2770 [C] | 54.72 | ||
| I:103 [ARG] | A:1135 [G] | 4.02 | A:1002 [C] | 46.79 | ||
| I:103 [ARG] | A:1136 [G] | 4.45 | A:1022 [G] | 46.79 | ||
| I:104 [ALA] | A:1135 [G] | 2.76 | A:1002 [C] | sugar:BB | 89.9 | |
| I:104 [ALA] | A:1136 [G] | 4.18 | A:1022 [G] | 89.9 | ||
| I:105 [VAL] | A:1135 [G] | 4.83 | A:1002 [C] | 87.83 | ||
| I:106 [LYS] | A:2036 [G] | 4.48 | A:2019 [C] | 48.67 | ||
| I:106 [LYS] | A:2037 [U] | 4.45 | A:528 [A] | 48.67 | ||
| I:107 [GLY] | A:1003 [C] | 4.9 | A:1134 [G] | 71.47 | ||
| I:107 [GLY] | A:1004 [C] | 4.77 | A:1133 [G] | 71.47 | ||
| I:107 [GLY] | A:1134 [G] | 3.38 | A:1003 [C] | base:BB | 71.47 | |
| I:107 [GLY] | A:1135 [G] | 3.57 | A:1002 [C] | 71.47 | ||
| I:108 [MET] | A:1003 [C] | 2.74 | A:1134 [G] | sugar:BB | 98.56 | |
| I:108 [MET] | A:1004 [C] | 3.02 | A:1133 [G] | 98.56 | ||
| I:108 [MET] | A:1134 [G] | 4.26 | A:1003 [C] | 98.56 | ||
| I:108 [MET] | A:1135 [G] | 3.45 | A:1002 [C] | 98.56 | ||
| I:108 [MET] | A:1136 [G] | 4.24 | A:1022 [G] | 98.56 | ||
| I:109 [LEU] | A:1003 [C] | 4.88 | A:1134 [G] | 89.74 | ||
| I:109 [LEU] | A:1004 [C] | 3.88 | A:1133 [G] | 89.74 | ||
| I:110 [PRO] | A:1004 [C] | 3.76 | A:1133 [G] | 89.82 | ||
| I:110 [PRO] | A:1005 [A] | 4.21 | 89.82 | |||
| I:111 [LYS] | A:1004 [C] | 4.33 | A:1133 [G] | 77.46 | ||
| I:111 [LYS] | A:2035 [U] | 3.32 | A:2020 [G] | 77.46 | ||
| I:112 [GLY] | A:528 [A] | 4.24 | A:2037 [U] | 85.43 | ||
| I:112 [GLY] | A:556 [U] | 3.92 | A:534 [G] | 85.43 | ||
| I:113 [PRO] | A:527 [A] | 3.88 | 47.93 | |||
| I:113 [PRO] | A:528 [A] | 3.87 | A:2037 [U] | 47.93 | ||
| I:113 [PRO] | A:555 [C] | 4.17 | A:535 [G] | 47.93 | ||
| I:113 [PRO] | A:556 [U] | 3.18 | A:534 [G] | 47.93 | ||
| I:114 [LEU] | A:555 [C] | 3.75 | A:535 [G] | 66.59 | ||
| I:114 [LEU] | A:556 [U] | 3.08 | A:534 [G] | 66.59 | ||
| I:115 [GLY] | A:556 [U] | 4.9 | A:534 [G] | 74.78 | ||
| I:116 [TYR] | A:527 [A] | 3.95 | 41.78 | |||
| I:116 [TYR] | A:528 [A] | 2.98 | A:2037 [U] | 41.78 | ||
| I:116 [TYR] | A:2038 [A] | 4.03 | 41.78 | |||
| I:120 [LYS] | A:2775 [U] | 4.88 | 60.58 | |||
| I:120 [LYS] | A:2776 [A] | 3.27 | 60.58 | |||
| I:123 [LYS] | A:14 [G] | 4.6 | A:2892 [C] | 51.84 | ||
| I:123 [LYS] | A:15 [U] | 4.69 | A:2891 [G] | 51.84 | ||
| I:131 [PRO] | A:12 [A] | 4.78 | A:2894 [U] | 56.4 | ||
| I:131 [PRO] | A:13 [A] | 3.63 | A:2893 [U] | 56.4 | ||
| I:132 [HIS] | A:13 [A] | 3.26 | A:2893 [U] | sugar:SC | 69.15 | |
| I:132 [HIS] | A:14 [G] | 3.88 | A:2892 [C] | 69.15 | ||
| I:134 [ALA] | A:12 [A] | 4.18 | A:2894 [U] | 52.47 | ||
| I:134 [ALA] | A:13 [A] | 4.09 | A:2893 [U] | 52.47 | ||
| I:134 [ALA] | A:2894 [U] | 2.71 | A:12 [A] | sugar:BB | 52.47 | |
| I:134 [ALA] | A:2895 [G] | 4.15 | A:11 [C] | 52.47 | ||
| I:135 [GLN] | A:13 [A] | 2.88 | A:2893 [U] | base:SC, sugar:SC | 70.67 | |
| I:135 [GLN] | A:14 [G] | 3.3 | A:2892 [C] | 70.67 | ||
| I:135 [GLN] | A:2894 [U] | 4.91 | A:12 [A] | 70.67 | ||
| I:136 [GLN] | A:2894 [U] | 3.13 | A:12 [A] | sugar:SC | 39.06 | |
| I:136 [GLN] | A:2895 [G] | 3.34 | A:11 [C] | 39.06 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group137 | 7RYG_I_A | I: 50s ribosomal protein l13, Acinetobacter baumannii (strain ab0057) (natural) A: 23s ribosomal RNA, Acinetobacter baumannii ab0057 (natural) | B7I9B0 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 8
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6AZ3_H_1 | 7RYG_I_A | 0.58 | 0.66 | 3.27 | 0.2 | Ribosomal protein L13 and L16-A | compare | |
| 1YHQ_J_0 | 7RYG_I_A | 0.48 | 0.91 | 3.68 | 0.19 | Ribosomal protein L13 and L16-A | compare | |
| 7OF0_K_A | 7RYG_I_A | 0.65 | 0.91 | 2.27 | 0.1 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1VQ8_J_0 | 7RYG_I_A | 0.47 | 0.91 | 3.7 | 0.17 | Ribosomal protein L13 and L16-A | compare | |
| 4Y4O_1N_1A | 7RYG_I_A | 0.88 | 0.96 | 1.67 | 0.58 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_H_A | 7RYG_I_A | 0.89 | 0.98 | 1.12 | 0.56 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6YSI_F_1 | 7RYG_I_A | 0.96 | 0.98 | 1.54 | 0.96 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 7K00_i_a | 7RYG_I_A | 0.90 | 0.99 | 1.74 | 0.78 | Ribosomal protein L13 and L16-A | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |