Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
1YHQ_H
|
1YHQ_0
|
7RYG_L
|
7RYG_A
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
H:116 [MET] | 0:1055 [G] | L:83 [MET] | A:953 [G] | ✔ |
H:116 [MET] | 0:1057 [A] | L:83 [MET] | A:956 [A] | ✔ |
H:116 [MET] | 0:1058 [A] | L:83 [MET] | A:957 [A] | ✔ |
H:116 [MET] | 0:2283 [G] | L:83 [MET] | A:2246 [G] | ✔ |
H:116 [MET] | 0:2530 [C] | L:83 [MET] | A:2491 [G] | ✔ |
H:116 [MET] | 0:2531 [U] | L:83 [MET] | A:2492 [C] | ✔ |
H:100 [GLU] | 0:1056 [U] | L:76 [GLU] | A:954 [C] | ✔ |
H:93 [PHE] | 0:966 [U] | L:69 [PHE] | A:869 [U] | ✔ |
H:93 [PHE] | 0:967 [U] | L:69 [PHE] | A:870 [U] | ✔ |
H:99 [ARG] | 0:1055 [G] | L:75 [THR] | A:953 [G] | ✔ |
H:99 [ARG] | 0:1056 [U] | L:75 [THR] | A:954 [C] | ✔ |
H:117 [ARG] | 0:2283 [G] | L:84 [GLY] | A:2246 [G] | ✔ |
H:117 [ARG] | 0:2309 [C] | L:84 [GLY] | A:2271 [C] | ✔ |
H:117 [ARG] | 0:2310 [G] | L:84 [GLY] | A:2272 [G] | ✔ |
H:164 [CYS] | 0:1134 [G] | L:128 [LYS] | A:1027 [C] | ✔ |
H:118 [ALA] | 0:2283 [G] | L:85 [ASN] | A:2246 [G] | ✔ |
H:118 [ALA] | 0:2309 [C] | L:85 [ASN] | A:2271 [C] | ✔ |
H:118 [ALA] | 0:2310 [G] | L:85 [ASN] | A:2272 [G] | ✔ |
H:119 [ALA] | 0:1055 [G] | L:86 [GLY] | A:953 [G] | ✔ |
H:119 [ALA] | 0:2309 [C] | L:86 [GLY] | A:2271 [C] | ✔ |
H:119 [ALA] | 0:2310 [G] | L:86 [GLY] | A:2272 [G] | ✔ |
H:161 [THR] | 0:2520 [G] | L:126 [PRO] | A:2481 [G] | ✔ |
H:161 [THR] | 0:2521 [A] | L:126 [PRO] | A:2482 [C] | ✔ |
H:22 [TYR] | 0:1007 [A] | L:9 [PHE] | A:909 [A] | ✔ |
H:22 [TYR] | 0:1008 [C] | L:9 [PHE] | A:910 [C] | ✔ |
H:22 [TYR] | 0:2312 [G] | L:9 [PHE] | A:2274 [A] | ✔ |
H:67 [ALA] | 0:2518 [C] | L:49 [ALA] | A:2479 [C] | ✔ |
H:67 [ALA] | 0:2519 [C] | L:49 [ALA] | A:2480 [G] | ✔ |
H:121 [GLY] | 0:1055 [G] | L:88 [GLY] | A:953 [G] | ✔ |
H:160 [ILE] | 0:2519 [C] | L:125 [LEU] | A:2480 [G] | ✔ |
H:160 [ILE] | 0:2520 [G] | L:125 [LEU] | A:2481 [G] | ✔ |
H:91 [ARG] | 0:1002 [G] | L:67 [ARG] | A:904 [U] | ✔ |
H:91 [ARG] | 0:1003 [U] | L:67 [ARG] | A:905 [G] | ✔ |
H:74 [ARG] | 0:2504 [A] | L:56 [ARG] | A:2465 [A] | ✔ |
H:115 [GLY] | 0:2530 [C] | L:82 [ARG] | A:2491 [G] | ✔ |
H:115 [GLY] | 0:2531 [U] | L:82 [ARG] | A:2492 [C] | ✔ |
H:63 [GLY] | 0:2519 [C] | L:45 [ARG] | A:2480 [G] | ✔ |
H:21 [GLU] | 0:963 [C] | L:8 [LYS] | A:866 [U] | ✔ |
H:21 [GLU] | 0:964 [G] | L:8 [LYS] | A:867 [G] | ✔ |
H:120 [PHE] | 0:1054 [G] | L:87 [LYS] | A:952 [PSU] | ✔ |
H:120 [PHE] | 0:1055 [G] | L:87 [LYS] | A:953 [G] | ✔ |
H:120 [PHE] | 0:2310 [G] | L:87 [LYS] | A:2272 [G] | ✔ |
H:120 [PHE] | 0:2311 [A] | L:87 [LYS] | A:2273 [G] | ✔ |
H:61 [ARG] | 0:2520 [G] | L:43 [THR] | A:2481 [G] | ✔ |
H:114 [ASP] | 0:2530 [C] | L:81 [VAL] | A:2491 [G] | ✔ |
H:95 [HIS] | 0:965 [A] | L:71 [ASP] | A:868 [U] | ✔ |
H:95 [HIS] | 0:1004 [C] | L:71 [ASP] | A:906 [C] | ✔ |
H:64 [SER] | 0:2519 [C] | L:46 [GLN] | A:2480 [G] | ✔ |
H:64 [SER] | 0:2520 [G] | L:46 [GLN] | A:2481 [G] | ✔ |
H:101 [ASN] | 0:1055 [G] | L:77 [LYS] | A:953 [G] | ✔ |
H:101 [ASN] | 0:1056 [U] | L:77 [LYS] | A:954 [C] | ✔ |
H:159 [LYS] | 0:2502 [C] | L:124 [LYS] | A:2463 [C] | ✔ |
H:159 [LYS] | 0:2517 [A] | L:124 [LYS] | A:2478 [A] | ✔ |
H:159 [LYS] | 0:2518 [C] | L:124 [LYS] | A:2479 [C] | ✔ |
H:159 [LYS] | 0:2519 [C] | L:124 [LYS] | A:2480 [G] | ✔ |
H:159 [LYS] | 0:2520 [G] | L:124 [LYS] | A:2481 [G] | ✔ |
H:23 [ILE] | 0:1007 [A] | L:10 [ARG] | A:909 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:116 [MET] | 0:1054 [G] | L:83 [MET] | A:952 [PSU] | ❌ 7RYG_L_A |
H:116 [MET] | 0:2310 [G] | L:83 [MET] | A:2272 [G] | ❌ 7RYG_L_A |
H:157 [TYR] | 0:1133 [A] | L:123 [ALA] | A:1026 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:157 [TYR] | 0:1134 [G] | L:123 [ALA] | A:1027 [C] | ❌ 7RYG_L_A |
H:100 [GLU] | 0:2494 [G] | L:76 [GLU] | A:2455 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:93 [PHE] | 0:1002 [G] | L:69 [PHE] | A:904 [U] | ❌ 7RYG_L_A |
H:93 [PHE] | 0:1003 [U] | L:69 [PHE] | A:905 [G] | ❌ 7RYG_L_A |
H:99 [ARG] | 0:1006 [A] | L:75 [THR] | A:908 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:99 [ARG] | 0:1054 [G] | L:75 [THR] | A:952 [PSU] | ❌ 7RYG_L_A |
H:117 [ARG] | 0:2288 [G] | L:84 [GLY] | A:2251 [G] | ❌ 7RYG_L_A |
H:117 [ARG] | 0:2531 [U] | L:84 [GLY] | A:2492 [C] | ❌ 7RYG_L_A |
H:90 [LEU] | 0:1002 [G] | L:66 [ILE] | A:904 [U] | ❌ 7RYG_L_A |
H:119 [ALA] | 0:1054 [G] | L:86 [GLY] | A:952 [PSU] | ❌ 7RYG_L_A |
H:19 [ARG] | 0:1005 [A] | L:6 [ARG] | A:907 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:19 [ARG] | 0:1007 [A] | L:6 [ARG] | A:909 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:19 [ARG] | 0:1008 [C] | L:6 [ARG] | A:910 [C] | ❌ 7RYG_L_A |
H:161 [THR] | 0:1133 [A] | L:126 [PRO] | A:1026 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:22 [TYR] | 0:2311 [A] | L:9 [PHE] | A:2273 [G] | ❌ 7RYG_L_A |
H:134 [GLU] | 0:1004 [C] | L:101 [LYS] | A:906 [C] | ❌ 7RYG_L_A |
H:121 [GLY] | 0:1054 [G] | L:88 [GLY] | A:952 [PSU] | ❌ 7RYG_L_A |
H:160 [ILE] | 0:1133 [A] | L:125 [LEU] | A:1026 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:74 [ARG] | 0:2517 [A] | L:56 [ARG] | A:2478 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:20 [ARG] | 0:965 [A] | L:7 [THR] | A:868 [U] | ❌ 7RYG_L_A |
H:20 [ARG] | 0:966 [U] | L:7 [THR] | A:869 [U] | ❌ 7RYG_L_A |
H:89 [THR] | 0:1002 [G] | L:65 [PHE] | A:904 [U] | ❌ 7RYG_L_A |
H:120 [PHE] | 0:1006 [A] | L:87 [LYS] | A:908 [A] | ❌ 7RYG_L_A |
H:61 [ARG] | 0:2519 [C] | L:43 [THR] | A:2480 [G] | ❌ 7RYG_L_A |
H:95 [HIS] | 0:966 [U] | L:71 [ASP] | A:869 [U] | ❌ 7RYG_L_A |
H:95 [HIS] | 0:1003 [U] | L:71 [ASP] | A:905 [G] | ❌ 7RYG_L_A |
H:159 [LYS] | 0:2501 [G] | L:124 [LYS] | A:2462 [C] | ❌ 7RYG_L_A |
H:23 [ILE] | 0:2312 [G] | L:10 [ARG] | A:2274 [A] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:134 [GLU] | 0:1003 [U] | L:101 [LYS] | A:905 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:157 [TYR] | 0:2501 [G] | L:123 [ALA] | A:2462 [C] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:157 [TYR] | 0:2502 [C] | L:123 [ALA] | A:2463 [C] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:157 [TYR] | 0:2519 [C] | L:123 [ALA] | A:2480 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:157 [TYR] | 0:2520 [G] | L:123 [ALA] | A:2481 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:164 [CYS] | 0:1133 [A] | L:128 [LYS] | A:1026 [A] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:63 [GLY] | 0:2518 [C] | L:45 [ARG] | A:2479 [C] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:19 [ARG] | 0:966 [U] | L:6 [ARG] | A:869 [U] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:19 [ARG] | 0:965 [A] | L:6 [ARG] | A:868 [U] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:19 [ARG] | 0:964 [G] | L:6 [ARG] | A:867 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:89 [THR] | 0:968 [G] | L:65 [PHE] | A:871 [C] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:90 [LEU] | 0:967 [U] | L:66 [ILE] | A:870 [U] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:20 [ARG] | 0:964 [G] | L:7 [THR] | A:867 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:21 [GLU] | 0:1008 [C] | L:8 [LYS] | A:910 [C] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:21 [GLU] | 0:1005 [A] | L:8 [LYS] | A:907 [A] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:115 [GLY] | 0:2283 [G] | L:82 [ARG] | A:2246 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:118 [ALA] | 0:2288 [G] | L:85 [ASN] | A:2251 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:119 [ALA] | 0:2311 [A] | L:86 [GLY] | A:2273 [G] | ❌ 1YHQ_H_0 |
H:157 [TYR] | 0:1135 [G] | L:123 [ALA] | A:1028 [G] | ❌ 7RYG_A:1028 no longer at interface |
H:117 [ARG] | 0:2282 [U] | L:84 [GLY] | A:2245 [U] | ❌ 7RYG_A:2245 no longer at interface |
H:117 [ARG] | 0:2285 [G] | L:84 [GLY] | A:2248 [G] | ❌ 7RYG_A:2248 no longer at interface |
H:117 [ARG] | 0:2287 [C] | L:84 [GLY] | A:2250 [C] | ❌ 7RYG_A:2250 no longer at interface |
H:22 [TYR] | 0:2363 [G] | L:9 [PHE] | A:2325 [A] | ❌ 7RYG_A:2325 no longer at interface |
H:114 [ASP] | 0:2529 [G] | L:81 [VAL] | A:2490 [G] | ❌ 1YHQ_0:2529 no longer at interface |
H:115 [GLY] | 0:2284 [G] | L:82 [ARG] | A:2247 [OMG] | ❌ 1YHQ_0:2284 no longer at interface |
H:116 [MET] | 0:1060 [C] | L:83 [MET] | A:959 [G] | ❌ 1YHQ_0:1060 no longer at interface |
H:92 [LYS] | 0:1002 [G] | L:68 [VAL] | A:904 [U] | ❌ 7RYG_L:68 no longer at interface |
H:92 [LYS] | 0:1003 [U] | L:68 [VAL] | A:905 [G] | ❌ 7RYG_L:68 no longer at interface |
H:92 [LYS] | 0:1004 [C] | L:68 [VAL] | A:906 [C] | ❌ 7RYG_L:68 no longer at interface |
H:162 [PRO] | 0:1133 [A] | L:127 [PHE] | A:1026 [A] | ❌ 7RYG_L:127 no longer at interface |
H:162 [PRO] | 0:1134 [G] | L:127 [PHE] | A:1027 [C] | ❌ 7RYG_L:127 no longer at interface |
H:129 [ARG] | 0:1004 [C] | L:96 [GLU] | A:906 [C] | ❌ 7RYG_L:96 no longer at interface |
H:24 [THR] | 0:2312 [G] | L:11 [LYS] | A:2274 [A] | ❌ 1YHQ_H:24 no longer at interface |
H:24 [THR] | 0:2311 [A] | L:11 [LYS] | A:2273 [G] | ❌ 1YHQ_H:24 no longer at interface |
H:24 [THR] | 0:1007 [A] | L:11 [LYS] | A:909 [A] | ❌ 1YHQ_H:24 no longer at interface |
H:24 [THR] | 0:1006 [A] | L:11 [LYS] | A:908 [A] | ❌ 1YHQ_H:24 no longer at interface |
H:152 [ALA] | 0:2502 [C] | L:120 [LEU] | A:2463 [C] | ❌ 1YHQ_H:152 no longer at interface |
H:152 [ALA] | 0:2503 [A] | L:120 [LEU] | A:2464 [A] | ❌ 1YHQ_H:152 no longer at interface |
H:42 [ASP] | 0:1001 [U] | L:29 [PHE] | A:903 [A] | ❌ 1YHQ_H:42 no longer at interface |
H:42 [ASP] | 0:1002 [G] | L:29 [PHE] | A:904 [U] | ❌ 1YHQ_H:42 no longer at interface |
H:76 [LEU] | 0:2504 [A] | L:57 [ARG] | A:2465 [A] | ❌ 1YHQ_H:76 no longer at interface |
H:87 [LYS] | 0:968 [G] | L:63 [LYS] | A:871 [C] | ❌ 1YHQ_H:87 no longer at interface |
H:87 [LYS] | 0:969 [G] | L:63 [LYS] | A:872 [G] | ❌ 1YHQ_H:87 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L10e | 0.91 | 3.14 | 0.16 | 0.73 | 0.92 | 0.58 | 0.84 | 0.61 | 0.50 | 0.19 | 0.33 |
Other pairs involving 1YHQ_H_0 or 7RYG_L_A
Total number of entries: 19