Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
StructureStructure (with hetatm)
Chain
Chainbow
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show interface as licoriceCommon contacts -
4Y4O_1Q
|
4Y4O_1A
|
6AZ3_N
|
6AZ3_2
|
Conserved?
|
---|---|---|---|---|
1Q:9 [TYR] | 1A:2290 [A] | N:22 [PHE] | 2:1075 [A] | ✔ |
1Q:125 [LEU] | 1A:2496 [G] | N:159 [PHE] | 2:1292 [G] | ✔ |
1Q:125 [LEU] | 1A:2497 [G] | N:159 [PHE] | 2:1293 [U] | ✔ |
1Q:85 [LYS] | 1A:2262 [G] | N:117 [GLY] | 2:1046 [G] | ✔ |
1Q:85 [LYS] | 1A:2287 [C] | N:117 [GLY] | 2:1072 [C] | ✔ |
1Q:85 [LYS] | 1A:2288 [G] | N:117 [GLY] | 2:1073 [G] | ✔ |
1Q:56 [ARG] | 1A:2481 [A] | N:74 [LYS] | 2:1277 [A] | ✔ |
1Q:43 [THR] | 1A:2497 [G] | N:61 [ALA] | 2:1293 [U] | ✔ |
1Q:49 [ALA] | 1A:2495 [C] | N:67 [ALA] | 2:1291 [C] | ✔ |
1Q:49 [ALA] | 1A:2496 [G] | N:67 [ALA] | 2:1292 [G] | ✔ |
1Q:87 [LYS] | 1A:2288 [G] | N:119 [PHE] | 2:1073 [G] | ✔ |
1Q:87 [LYS] | 1A:2289 [G] | N:119 [PHE] | 2:1074 [C] | ✔ |
1Q:124 [LYS] | 1A:2479 [C] | N:158 [LYS] | 2:1275 [C] | ✔ |
1Q:124 [LYS] | 1A:2494 [G] | N:158 [LYS] | 2:1290 [A] | ✔ |
1Q:124 [LYS] | 1A:2495 [C] | N:158 [LYS] | 2:1291 [C] | ✔ |
1Q:124 [LYS] | 1A:2496 [G] | N:158 [LYS] | 2:1292 [G] | ✔ |
1Q:124 [LYS] | 1A:2497 [G] | N:158 [LYS] | 2:1293 [U] | ✔ |
1Q:45 [GLN] | 1A:2495 [C] | N:63 [GLU] | 2:1291 [C] | ✔ |
1Q:45 [GLN] | 1A:2496 [G] | N:63 [GLU] | 2:1292 [G] | ✔ |
1Q:83 [MET] | 1A:2262 [G] | N:115 [MET] | 2:1046 [G] | ✔ |
1Q:83 [MET] | 1A:2507 [G] | N:115 [MET] | 2:1303 [A] | ✔ |
1Q:83 [MET] | 1A:2508 [C] | N:115 [MET] | 2:1304 [U] | ✔ |
1Q:82 [ARG] | 1A:2262 [G] | N:114 [GLY] | 2:1046 [G] | ✔ |
1Q:82 [ARG] | 1A:2507 [G] | N:114 [GLY] | 2:1303 [A] | ✔ |
1Q:82 [ARG] | 1A:2508 [C] | N:114 [GLY] | 2:1304 [U] | ✔ |
1Q:119 [ARG] | 1A:2479 [C] | N:153 [ARG] | 2:1275 [C] | ✔ |
1Q:119 [ARG] | 1A:2480 [G] | N:153 [ARG] | 2:1276 [A] | ✔ |
1Q:126 [PRO] | 1A:2497 [G] | N:160 [PRO] | 2:1293 [U] | ✔ |
1Q:126 [PRO] | 1A:2498 [G] | N:160 [PRO] | 2:1294 [C] | ✔ |
1Q:120 [ILE] | 1A:2479 [C] | N:154 [ARG] | 2:1275 [C] | ✔ |
1Q:120 [ILE] | 1A:2480 [G] | N:154 [ARG] | 2:1276 [A] | ✔ |
1Q:120 [ILE] | 1A:2481 [A] | N:154 [ARG] | 2:1277 [A] | ✔ |
1Q:46 [GLN] | 1A:2496 [G] | N:64 [ALA] | 2:1292 [G] | ✔ |
1Q:46 [GLN] | 1A:2497 [G] | N:64 [ALA] | 2:1293 [U] | ✔ |
1Q:86 [GLY] | 1A:2288 [G] | N:118 [ALA] | 2:1073 [G] | ✔ |
1Q:84 [GLY] | 1A:2262 [G] | N:116 [ARG] | 2:1046 [G] | ✔ |
1Q:84 [GLY] | 1A:2287 [C] | N:116 [ARG] | 2:1072 [C] | ✔ |
1Q:123 [HIS] | 1A:2478 [C] | N:157 [MET] | 2:1274 [C] | ✔ |
1Q:123 [HIS] | 1A:2479 [C] | N:157 [MET] | 2:1275 [C] | ✔ |
1Q:123 [HIS] | 1A:2496 [G] | N:157 [MET] | 2:1292 [G] | ✔ |
1Q:123 [HIS] | 1A:2497 [G] | N:157 [MET] | 2:1293 [U] | ✔ |
1Q:85 [LYS] | 1A:2267 [G] | N:117 [GLY] | 2:1051 [G] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:56 [ARG] | 1A:2482 [G] | N:74 [LYS] | 2:1278 [G] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:56 [ARG] | 1A:2494 [G] | N:74 [LYS] | 2:1290 [A] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:82 [ARG] | 1A:2263 [OMG] | N:114 [GLY] | 2:1047 [OMG] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:82 [ARG] | 1A:2264 [G] | N:114 [GLY] | 2:1048 [G] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:86 [GLY] | 1A:2287 [C] | N:118 [ALA] | 2:1072 [C] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:86 [GLY] | 1A:2289 [G] | N:118 [ALA] | 2:1074 [C] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:84 [GLY] | 1A:2288 [G] | N:116 [ARG] | 2:1073 [G] | ❌ 6AZ3_N_2 |
1Q:83 [MET] | 1A:2288 [G] | N:115 [MET] | 2:1073 [G] | ❌ 4Y4O_1Q_1A |
1Q:84 [GLY] | 1A:2267 [G] | N:116 [ARG] | 2:1051 [G] | ❌ 4Y4O_1Q_1A |
1Q:84 [GLY] | 1A:2264 [G] | N:116 [ARG] | 2:1048 [G] | ❌ 4Y4O_1Q_1A |
1Q:84 [GLY] | 1A:2508 [C] | N:116 [ARG] | 2:1304 [U] | ❌ 4Y4O_1Q_1A |
1Q:84 [GLY] | 1A:2263 [OMG] | N:116 [ARG] | 2:1047 [OMG] | ❌ 4Y4O_1Q_1A |
1Q:87 [LYS] | 1A:2290 [A] | N:119 [PHE] | 2:1075 [A] | ❌ 4Y4O_1Q_1A |
1Q:82 [ARG] | 1A:2462 [A] | N:114 [GLY] | 2:1258 [A] | ❌ 6AZ3_2:1258 no longer at interface |
1Q:82 [ARG] | 1A:2463 [A] | N:114 [GLY] | 2:1259 [A] | ❌ 6AZ3_2:1259 no longer at interface |
1Q:84 [GLY] | 1A:2261 [U] | N:116 [ARG] | 2:1045 [U] | ❌ 4Y4O_1A:2261 no longer at interface |
1Q:84 [GLY] | 1A:2266 [C] | N:116 [ARG] | 2:1050 [C] | ❌ 4Y4O_1A:2266 no longer at interface |
1Q:8 [LYS] | 1A:2341 [G] | N:21 [ARG] | 2:1126 [G] | ❌ 4Y4O_1A:2341 no longer at interface |
1Q:8 [LYS] | 1A:2340 [A] | N:21 [ARG] | 2:1125 [A] | ❌ 4Y4O_1A:2340 no longer at interface |
1Q:52 [VAL] | 1A:2494 [G] | N:70 [ILE] | 2:1290 [A] | ❌ 6AZ3_N:70 no longer at interface |
1Q:10 [ARG] | 1A:2290 [A] | N:23 [CYS] | 2:1075 [A] | ❌ 6AZ3_N:23 no longer at interface |
1Q:11 [LYS] | 1A:2289 [G] | N:24 [ARG] | 2:1074 [C] | ❌ 6AZ3_N:24 no longer at interface |
1Q:11 [LYS] | 1A:2290 [A] | N:24 [ARG] | 2:1075 [A] | ❌ 6AZ3_N:24 no longer at interface |
1Q:48 [GLU] | 1A:2495 [C] | N:66 [GLU] | 2:1291 [C] | ❌ 6AZ3_N:66 no longer at interface |
1Q:59 [ARG] | 1A:2482 [G] | N:77 [VAL] | 2:1278 [G] | ❌ 6AZ3_N:77 no longer at interface |
1Q:76 [LYS] | 1A:2471 [A] | N:99 [ILE] | 2:1267 [G] | ❌ 6AZ3_N:99 no longer at interface |
1Q:76 [LYS] | 1A:2472 [U] | N:99 [ILE] | 2:1268 [U] | ❌ 6AZ3_N:99 no longer at interface |
1Q:53 [ALA] | 1A:2481 [A] | N:71 [GLN] | 2:1277 [A] | ❌ 4Y4O_1Q:53 no longer at interface |
1Q:53 [ALA] | 1A:2480 [G] | N:71 [GLN] | 2:1276 [A] | ❌ 4Y4O_1Q:53 no longer at interface |
1Q:57 [HIS] | 1A:2481 [A] | N:75 [TYR] | 2:1277 [A] | ❌ 4Y4O_1Q:57 no longer at interface |
Properties of this pair
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Protein TM-score |
RNA TM-score |
Protein coverage |
RNA coverage |
Percentage conservation |
Apolar conservation |
H-bond conservation |
Percentage switching out |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Ribosomal protein L10e | 0.79 | 2.36 | 0.16 | 0.72 | 0.83 | 0.61 | 0.74 | 0.77 | 0.77 | 0.30 | 0.55 |
Other pairs involving 4Y4O_1Q_1A or 6AZ3_N_2
Total number of entries: 23