RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group138 > 4YBB_DN_DA

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

4YBB_DN
4YBB_DA
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
DN:2 [LEU] DA:872 [U] 4.96 DA:905 [A] 53.3
DN:3 [GLN] DA:871 [U] 3.97 DA:906 [U] 13.3
DN:4 [PRO] DA:870 [U] 3.93 DA:907 [G] 84.6
DN:4 [PRO] DA:871 [U] 3.48 DA:906 [U] 84.6
DN:5 [LYS] DA:870 [U] 4.05 DA:907 [G] 68.5
DN:5 [LYS] DA:871 [U] 2.94 DA:906 [U] 68.5
DN:5 [LYS] DA:872 [U] 4.41 DA:905 [A] 68.5
DN:6 [ARG] DA:869 [G] 3.12 DA:908 [C] 62.8
DN:6 [ARG] DA:870 [U] 3.09 DA:907 [G] 62.8
DN:6 [ARG] DA:871 [U] 4.88 DA:906 [U] 62.8
DN:7 [THR] DA:869 [G] 4.56 DA:908 [C] 54.4
DN:7 [THR] DA:870 [U] 4.81 DA:907 [G] 54.4
DN:8 [LYS] DA:868 [U] 3.95 DA:909 [A] base:SC 77.6
DN:8 [LYS] DA:869 [G] 3.96 DA:908 [C] 77.6
DN:8 [LYS] DA:909 [A] 4.27 DA:868 [U] 77.6
DN:8 [LYS] DA:911 [A] 4.9 77.6
DN:8 [LYS] DA:912 [C] 2.76 DA:864 [G] 77.6
DN:9 [PHE] DA:911 [A] 3.28 base/AA stacks 51.8
DN:9 [PHE] DA:912 [C] 3.92 DA:864 [G] 51.8
DN:9 [PHE] DA:2278 [A] 3.97 DA:2262 [U] 51.8
DN:10 [ARG] DA:2277 [G] 4.96 DA:2263 [C] 63.1
DN:10 [ARG] DA:2278 [A] 2.72 DA:2262 [U] 63.1
DN:11 [LYS] DA:910 [A] 3.5 88.5
DN:11 [LYS] DA:911 [A] 2.73 base:BB 88.5
DN:11 [LYS] DA:2277 [G] 4.02 DA:2263 [C] 88.5
DN:11 [LYS] DA:2278 [A] 4.05 DA:2262 [U] 88.5
DN:12 [MET] DA:910 [A] 3.75 0.3
DN:12 [MET] DA:911 [A] 4.62 0.3
DN:12 [MET] DA:955 [PSU] 4.25 DA:962 [G] 0.3
DN:13 [HIS] DA:910 [A] 2.99 base:BB base/AA stacks 60.6
DN:13 [HIS] DA:954 [G] 3.09 DA:963 [U] 60.6
DN:13 [HIS] DA:955 [PSU] 3.47 DA:962 [G] 60.6
DN:13 [HIS] DA:2264 [C] 4.75 DA:2276 [G] 60.6
DN:13 [HIS] DA:2265 [U] 3.41 DA:2274 [A] 60.6
DN:13 [HIS] DA:2276 [G] 3.97 DA:2264 [C] 60.6
DN:14 [LYS] DA:954 [G] 3.5 DA:963 [U] 80.9
DN:14 [LYS] DA:955 [PSU] 3.16 DA:962 [G] 80.9
DN:14 [LYS] DA:956 [G] 2.85 DA:960 [A] base:SC 80.9
DN:14 [LYS] DA:957 [C] 4.81 80.9
DN:14 [LYS] DA:958 [U] 2.79 80.9
DN:15 [GLY] DA:953 [G] 4.69 DA:964 [C] 36.0
DN:15 [GLY] DA:954 [G] 2.73 DA:963 [U] 36.0
DN:15 [GLY] DA:958 [U] 4.02 36.0
DN:16 [ARG] DA:953 [G] 3.71 DA:964 [C] 67.3
DN:16 [ARG] DA:954 [G] 2.77 DA:963 [U] 67.3
DN:16 [ARG] DA:958 [U] 3.55 base/AA stacks 67.3
DN:17 [ASN] DA:958 [U] 3.65 3.3
DN:18 [ARG] DA:952 [G] 4.24 DA:965 [C] 49.5
DN:20 [LEU] DA:863 [A] 4.65 DA:913 [U] 16.5
DN:22 [GLN] DA:863 [A] 3.73 DA:913 [U] 32.9
DN:22 [GLN] DA:864 [G] 3.35 DA:912 [C] 32.9
DN:22 [GLN] DA:907 [G] 3.93 DA:870 [U] 32.9
DN:22 [GLN] DA:908 [C] 3.49 DA:869 [G] 32.9
DN:23 [GLY] DA:906 [U] 4.35 DA:871 [U] 46.1
DN:23 [GLY] DA:907 [G] 3.47 DA:870 [U] 46.1
DN:27 [SER] DA:905 [A] 4.6 DA:872 [U] 19.8
DN:27 [SER] DA:906 [U] 4.26 DA:871 [U] 19.8
DN:28 [PHE] DA:872 [U] 4.64 DA:905 [A] 36.1
DN:28 [PHE] DA:873 [C] 4.01 DA:904 [G] 36.1
DN:28 [PHE] DA:905 [A] 3.87 DA:872 [U] 36.1
DN:28 [PHE] DA:906 [U] 3.44 DA:871 [U] 36.1
DN:40 [ARG] DA:958 [U] 3.64 22.3
DN:42 [THR] DA:2485 [G] 4.7 DA:2465 [C] 85.0
DN:44 [ARG] DA:2483 [C] 4.56 DA:2467 [C] 47.1
DN:44 [ARG] DA:2484 [G] 2.72 DA:2466 [C] 47.1
DN:45 [GLN] DA:2484 [G] 3.4 DA:2466 [C] 85.5
DN:45 [GLN] DA:2485 [G] 2.7 DA:2465 [C] 85.5
DN:47 [GLU] DA:2483 [C] 4.83 DA:2467 [C] 83.0
DN:48 [ALA] DA:2483 [C] 3.41 DA:2467 [C] 76.3
DN:48 [ALA] DA:2484 [G] 3.3 DA:2466 [C] 76.3
DN:51 [ARG] DA:2483 [C] 3.45 DA:2467 [C] 62.1
DN:55 [ARG] DA:2469 [A] 3.01 DA:2481 [G] 80.1
DN:55 [ARG] DA:2470 [G] 3.6 DA:2480 [C] 80.1
DN:62 [LYS] DA:873 [C] 3.12 DA:904 [G] 54.9
DN:62 [LYS] DA:874 [G] 3.23 DA:903 [C] 54.9
DN:64 [TRP] DA:872 [U] 4.65 DA:905 [A] 35.7
DN:64 [TRP] DA:873 [C] 2.75 DA:904 [G] sugar:SC 35.7
DN:65 [ILE] DA:872 [U] 3.82 DA:905 [A] 66.8
DN:66 [ARG] DA:906 [U] 2.71 DA:871 [U] sugar:SC 73.9
DN:66 [ARG] DA:907 [G] 4.41 DA:870 [U] 73.9
DN:68 [PHE] DA:870 [U] 4.98 DA:907 [G] 53.5
DN:68 [PHE] DA:871 [U] 3.23 DA:906 [U] 53.5
DN:68 [PHE] DA:872 [U] 4.01 DA:905 [A] 53.5
DN:68 [PHE] DA:907 [G] 4.5 DA:870 [U] 53.5
DN:70 [ASP] DA:870 [U] 4.37 DA:907 [G] 63.5
DN:70 [ASP] DA:907 [G] 3.83 DA:870 [U] 63.5
DN:70 [ASP] DA:908 [C] 2.91 DA:869 [G] sugar:SC 63.5
DN:74 [THR] DA:956 [G] 4.05 DA:960 [A] 95.6
DN:74 [THR] DA:957 [C] 3.65 95.6
DN:75 [GLU] DA:957 [C] 3.6 72.7
DN:76 [LYS] DA:956 [G] 3.7 DA:960 [A] 93.4
DN:76 [LYS] DA:957 [C] 3.06 93.4
DN:78 [LEU] DA:2459 [A] 3.51 DA:2493 [U] 53.3
DN:78 [LEU] DA:2460 [U] 3.81 DA:2492 [U] 53.3
DN:78 [LEU] DA:2493 [U] 3.4 DA:2459 [A] 53.3
DN:78 [LEU] DA:2494 [G] 3.95 DA:2457 [PSU] 53.3
DN:79 [ALA] DA:2494 [G] 2.89 DA:2457 [PSU] sugar:BB 71.0
DN:79 [ALA] DA:2495 [G] 4.26 DA:2456 [C] 71.0
DN:80 [VAL] DA:2494 [G] 4.48 DA:2457 [PSU] 69.8
DN:80 [VAL] DA:2495 [G] 3.28 DA:2456 [C] 69.8
DN:81 [4D4] DA:2250 [G] 4.16 98.7
DN:81 [4D4] DA:2251 [OMG] 2.34 base:SC 98.7
DN:81 [4D4] DA:2252 [G] 3.46 base:SC 98.7
DN:81 [4D4] DA:2253 [G] 3.33 98.7
DN:81 [4D4] DA:2495 [G] 3.55 DA:2456 [C] 98.7
DN:81 [4D4] DA:2496 [C] 3.32 DA:2455 [G] 98.7
DN:82 [MET] DA:956 [G] 3.55 DA:960 [A] 99.0
DN:82 [MET] DA:959 [A] 3.47 99.0
DN:82 [MET] DA:960 [A] 3.49 DA:956 [G] 99.0
DN:82 [MET] DA:962 [G] 3.75 DA:955 [PSU] 99.0
DN:82 [MET] DA:2250 [G] 3.49 99.0
DN:82 [MET] DA:2495 [G] 3.56 DA:2456 [C] 99.0
DN:82 [MET] DA:2496 [C] 2.96 DA:2455 [G] 99.0
DN:83 [GLY] DA:955 [PSU] 4.83 DA:962 [G] 98.8
DN:83 [GLY] DA:2250 [G] 3.45 98.8
DN:83 [GLY] DA:2275 [C] 3.91 DA:2255 [G] 98.8
DN:83 [GLY] DA:2276 [G] 3.37 DA:2264 [C] 98.8
DN:84 [LYS] DA:2249 [U] 3.78 78.7
DN:84 [LYS] DA:2250 [G] 2.88 78.7
DN:84 [LYS] DA:2255 [G] 4.67 DA:2275 [C] 78.7
DN:84 [LYS] DA:2275 [C] 2.92 DA:2255 [G] sugar:BB 78.7
DN:84 [LYS] DA:2276 [G] 3.39 DA:2264 [C] 78.7
DN:85 [GLY] DA:956 [G] 4.64 DA:960 [A] 98.6
DN:85 [GLY] DA:2275 [C] 3.59 DA:2255 [G] 98.6
DN:85 [GLY] DA:2276 [G] 2.92 DA:2264 [C] 98.6
DN:85 [GLY] DA:2277 [G] 3.56 DA:2263 [C] 98.6
DN:86 [LYS] DA:955 [PSU] 2.89 DA:962 [G] 98.9
DN:86 [LYS] DA:956 [G] 3.07 DA:960 [A] 98.9
DN:86 [LYS] DA:2276 [G] 3.36 DA:2264 [C] 98.9
DN:86 [LYS] DA:2277 [G] 2.73 DA:2263 [C] 98.9
DN:87 [GLY] DA:955 [PSU] 4.91 DA:962 [G] 98.1
DN:87 [GLY] DA:956 [G] 2.94 DA:960 [A] 98.1
DN:97 [GLN] DA:908 [C] 4.87 DA:869 [G] 68.2
DN:100 [LYS] DA:907 [G] 2.86 DA:870 [U] sugar:SC 66.7
DN:100 [LYS] DA:908 [C] 4.06 DA:869 [G] 66.7
DN:119 [LEU] DA:2467 [C] 4.23 DA:2483 [C] 3.0
DN:119 [LEU] DA:2468 [A] 3.73 DA:2482 [A] 3.0
DN:122 [ALA] DA:2466 [C] 4.62 DA:2484 [G] 19.2
DN:122 [ALA] DA:2467 [C] 3.33 DA:2483 [C] 19.2
DN:122 [ALA] DA:2484 [G] 2.8 DA:2466 [C] base:BB 19.2
DN:122 [ALA] DA:2485 [G] 4.27 DA:2465 [C] 19.2
DN:123 [LYS] DA:2467 [C] 2.52 DA:2483 [C] base:SC 88.7
DN:123 [LYS] DA:2482 [A] 4.03 DA:2468 [A] 88.7
DN:123 [LYS] DA:2483 [C] 2.89 DA:2467 [C] base:SC 88.7
DN:123 [LYS] DA:2484 [G] 2.47 DA:2466 [C] sugar:BB 88.7
DN:123 [LYS] DA:2485 [G] 3.53 DA:2465 [C] 88.7
DN:124 [LEU] DA:2484 [G] 4.7 DA:2466 [C] 86.6
DN:124 [LEU] DA:2485 [G] 3.25 DA:2465 [C] 86.6
DN:125 [PRO] DA:2485 [G] 3.33 DA:2465 [C] 80.0
DN:125 [PRO] DA:2486 [C] 3.25 DA:2464 [G] 80.0
DN:127 [LYS] DA:1028 [A] 4.9 DA:1126 [A] 71.2
DN:127 [LYS] DA:1029 [A] 2.82 DA:1125 [G] 71.2
DN:127 [LYS] DA:1030 [C] 3.12 DA:1124 [G] 71.2

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group138 4YBB_DN_DA DN: 50s ribosomal protein l16, Escherichia coli (strain k12) (natural) DA: 23s rRNA, Escherichia coli k-12 (natural) P0ADY7 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 13

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
4Y4O_1Q_1A 4YBB_DN_DA 0.82 0.97 0.96 0.58 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7RYG_L_A 0.92 0.99 2.02 0.84 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7N1P_LP_23 0.98 0.99 0.58 1.0 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 6AZ3_N_2 0.74 0.8 2.18 0.16 Ribosomal protein L10e compare
4YBB_DN_DA 7OF0_N_A 0.57 0.92 3.28 0.15 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 6S0Z_K_A 0.83 0.96 1.48 0.5 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7O7Y_BI_B5 0.72 0.88 2.4 0.14 Ribosomal protein L10e compare
4YBB_DN_DA 6AZ3_N_1 0.55 0.69 3.25 0.07 Ribosomal protein L10e compare
4YBB_DN_DA 7PJS_M_A 0.98 0.99 0.89 0.93 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7K00_l_a 0.97 1.0 0.27 0.96 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_H_0 4YBB_DN_DA 0.62 0.91 2.19 0.16 Ribosomal protein L10e compare
1YHQ_H_0 4YBB_DN_DA 0.62 0.91 2.28 0.16 Ribosomal protein L10e compare
1JJ2_H_0 4YBB_DN_DA 0.62 0.91 2.29 0.18 Ribosomal protein L10e compare