RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group138 > 4YBB_DN_DA vs 6S0Z_K_A

Interface analysis


mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Structure
Structure (with hetatm)
Chain
Chainbow

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show interface as licorice

Common contacts -

4YBB_DN
4YBB_DA
6S0Z_K
6S0Z_A
Conserved?
DN:4 [PRO] DA:870 [U] K:4 [PRO] A:915 [U] ✔
DN:4 [PRO] DA:871 [U] K:4 [PRO] A:916 [U] ✔
DN:66 [ARG] DA:906 [U] K:67 [LYS] A:951 [G] ✔
DN:66 [ARG] DA:907 [G] K:67 [LYS] A:952 [A] ✔
DN:81 [4D4] DA:2250 [G] K:82 [ARG] A:2277 [G] ✔
DN:81 [4D4] DA:2251 [OMG] K:82 [ARG] A:2278 [G] ✔
DN:81 [4D4] DA:2252 [G] K:82 [ARG] A:2279 [G] ✔
DN:81 [4D4] DA:2253 [G] K:82 [ARG] A:2280 [G] ✔
DN:81 [4D4] DA:2495 [G] K:82 [ARG] A:2522 [G] ✔
DN:81 [4D4] DA:2496 [C] K:82 [ARG] A:2523 [C] ✔
DN:40 [ARG] DA:958 [U] K:41 [TRP] A:1002 [U] ✔
DN:85 [GLY] DA:956 [G] K:86 [GLY] A:1000 [G] ✔
DN:85 [GLY] DA:2275 [C] K:86 [GLY] A:2302 [C] ✔
DN:85 [GLY] DA:2276 [G] K:86 [GLY] A:2303 [G] ✔
DN:85 [GLY] DA:2277 [G] K:86 [GLY] A:2304 [G] ✔
DN:16 [ARG] DA:953 [G] K:16 [LYS] A:997 [G] ✔
DN:79 [ALA] DA:2494 [G] K:80 [GLU] A:2521 [G] ✔
DN:79 [ALA] DA:2495 [G] K:80 [GLU] A:2522 [G] ✔
DN:27 [SER] DA:906 [U] K:28 [THR] A:951 [G] ✔
DN:20 [LEU] DA:863 [A] K:20 [ARG] A:908 [A] ✔
DN:68 [PHE] DA:870 [U] K:69 [PHE] A:915 [U] ✔
DN:68 [PHE] DA:871 [U] K:69 [PHE] A:916 [U] ✔
DN:68 [PHE] DA:872 [U] K:69 [PHE] A:917 [U] ✔
DN:22 [GLN] DA:907 [G] K:23 [GLY] A:952 [A] ✔
DN:22 [GLN] DA:908 [C] K:23 [GLY] A:953 [C] ✔
DN:42 [THR] DA:2485 [G] K:43 [THR] A:2512 [G] ✔
DN:55 [ARG] DA:2469 [A] K:56 [ARG] A:2496 [A] ✔
DN:55 [ARG] DA:2470 [G] K:56 [ARG] A:2497 [G] ✔
DN:11 [LYS] DA:910 [A] K:11 [ARG] A:955 [A] ✔
DN:11 [LYS] DA:911 [A] K:11 [ARG] A:956 [A] ✔
DN:11 [LYS] DA:2277 [G] K:11 [ARG] A:2304 [G] ✔
DN:11 [LYS] DA:2278 [A] K:11 [ARG] A:2305 [A] ✔
DN:8 [LYS] DA:869 [G] K:8 [LYS] A:914 [G] ✔
DN:8 [LYS] DA:911 [A] K:8 [LYS] A:956 [A] ✔
DN:8 [LYS] DA:912 [C] K:8 [LYS] A:957 [C] ✔
DN:86 [LYS] DA:955 [PSU] K:87 [LYS] A:999 [U] ✔
DN:86 [LYS] DA:956 [G] K:87 [LYS] A:1000 [G] ✔
DN:86 [LYS] DA:2276 [G] K:87 [LYS] A:2303 [G] ✔
DN:86 [LYS] DA:2277 [G] K:87 [LYS] A:2304 [G] ✔
DN:75 [GLU] DA:957 [C] K:76 [LYS] A:1001 [A] ✔
DN:12 [MET] DA:910 [A] K:12 [GLN] A:955 [A] ✔
DN:12 [MET] DA:911 [A] K:12 [GLN] A:956 [A] ✔
DN:12 [MET] DA:955 [PSU] K:12 [GLN] A:999 [U] ✔
DN:48 [ALA] DA:2483 [C] K:49 [SER] A:2510 [C] ✔
DN:48 [ALA] DA:2484 [G] K:49 [SER] A:2511 [G] ✔
DN:80 [VAL] DA:2494 [G] K:81 [VAL] A:2521 [G] ✔
DN:80 [VAL] DA:2495 [G] K:81 [VAL] A:2522 [G] ✔
DN:119 [LEU] DA:2467 [C] K:120 [LEU] A:2494 [C] ✔
DN:119 [LEU] DA:2468 [A] K:120 [LEU] A:2495 [A] ✔
DN:84 [LYS] DA:2275 [C] K:85 [ALA] A:2302 [C] ✔
DN:84 [LYS] DA:2276 [G] K:85 [ALA] A:2303 [G] ✔
DN:14 [LYS] DA:954 [G] K:14 [ARG] A:998 [G] ✔
DN:14 [LYS] DA:955 [PSU] K:14 [ARG] A:999 [U] ✔
DN:14 [LYS] DA:956 [G] K:14 [ARG] A:1000 [G] ✔
DN:14 [LYS] DA:958 [U] K:14 [ARG] A:1002 [U] ✔
DN:82 [MET] DA:956 [G] K:83 [MET] A:1000 [G] ✔
DN:82 [MET] DA:959 [A] K:83 [MET] A:1003 [A] ✔
DN:82 [MET] DA:960 [A] K:83 [MET] A:1004 [A] ✔
DN:82 [MET] DA:962 [G] K:83 [MET] A:1006 [G] ✔
DN:82 [MET] DA:2250 [G] K:83 [MET] A:2277 [G] ✔
DN:82 [MET] DA:2495 [G] K:83 [MET] A:2522 [G] ✔
DN:82 [MET] DA:2496 [C] K:83 [MET] A:2523 [C] ✔
DN:83 [GLY] DA:2250 [G] K:84 [GLY] A:2277 [G] ✔
DN:83 [GLY] DA:2275 [C] K:84 [GLY] A:2302 [C] ✔
DN:83 [GLY] DA:2276 [G] K:84 [GLY] A:2303 [G] ✔
DN:87 [GLY] DA:956 [G] K:88 [GLY] A:1000 [G] ✔
DN:64 [TRP] DA:872 [U] K:65 [TRP] A:917 [U] ✔
DN:64 [TRP] DA:873 [C] K:65 [TRP] A:918 [G] ✔
DN:45 [GLN] DA:2484 [G] K:46 [GLN] A:2511 [G] ✔
DN:45 [GLN] DA:2485 [G] K:46 [GLN] A:2512 [G] ✔
DN:9 [PHE] DA:911 [A] K:9 [TYR] A:956 [A] ✔
DN:9 [PHE] DA:912 [C] K:9 [TYR] A:957 [C] ✔
DN:9 [PHE] DA:2278 [A] K:9 [TYR] A:2305 [A] ✔
DN:3 [GLN] DA:871 [U] K:3 [LEU] A:916 [U] ✔
DN:65 [ILE] DA:872 [U] K:66 [ILE] A:917 [U] ✔
DN:100 [LYS] DA:907 [G] K:101 [ARG] A:952 [A] ✔
DN:100 [LYS] DA:908 [C] K:101 [ARG] A:953 [C] ✔
DN:6 [ARG] DA:869 [G] K:6 [ARG] A:914 [G] ✔
DN:6 [ARG] DA:870 [U] K:6 [ARG] A:915 [U] ✔
DN:62 [LYS] DA:873 [C] K:63 [LYS] A:918 [G] ✔
DN:62 [LYS] DA:874 [G] K:63 [LYS] A:919 [G] ✔
DN:127 [LYS] DA:1028 [A] K:128 [LYS] A:1072 [A] ✔
DN:127 [LYS] DA:1029 [A] K:128 [LYS] A:1073 [A] ✔
DN:127 [LYS] DA:1030 [C] K:128 [LYS] A:1074 [G] ✔
DN:124 [LEU] DA:2484 [G] K:125 [LEU] A:2511 [G] ✔
DN:124 [LEU] DA:2485 [G] K:125 [LEU] A:2512 [G] ✔
DN:23 [GLY] DA:906 [U] K:24 [GLY] A:951 [G] ✔
DN:23 [GLY] DA:907 [G] K:24 [GLY] A:952 [A] ✔
DN:5 [LYS] DA:870 [U] K:5 [LYS] A:915 [U] ✔
DN:5 [LYS] DA:871 [U] K:5 [LYS] A:916 [U] ✔
DN:123 [LYS] DA:2467 [C] K:124 [LYS] A:2494 [C] ✔
DN:123 [LYS] DA:2482 [A] K:124 [LYS] A:2509 [A] ✔
DN:123 [LYS] DA:2483 [C] K:124 [LYS] A:2510 [C] ✔
DN:123 [LYS] DA:2484 [G] K:124 [LYS] A:2511 [G] ✔
DN:123 [LYS] DA:2485 [G] K:124 [LYS] A:2512 [G] ✔
DN:76 [LYS] DA:956 [G] K:77 [LYS] A:1000 [G] ✔
DN:76 [LYS] DA:957 [C] K:77 [LYS] A:1001 [A] ✔
DN:125 [PRO] DA:2485 [G] K:126 [PRO] A:2512 [G] ✔
DN:125 [PRO] DA:2486 [C] K:126 [PRO] A:2513 [G] ✔
DN:74 [THR] DA:956 [G] K:75 [THR] A:1000 [G] ✔
DN:74 [THR] DA:957 [C] K:75 [THR] A:1001 [A] ✔
DN:13 [HIS] DA:910 [A] K:13 [HIS] A:955 [A] ✔
DN:13 [HIS] DA:954 [G] K:13 [HIS] A:998 [G] ✔
DN:13 [HIS] DA:955 [PSU] K:13 [HIS] A:999 [U] ✔
DN:13 [HIS] DA:2265 [U] K:13 [HIS] A:2292 [U] ✔
DN:17 [ASN] DA:958 [U] K:17 [THR] A:1002 [U] ✔
DN:44 [ARG] DA:2483 [C] K:45 [ARG] A:2510 [C] ✔
DN:44 [ARG] DA:2484 [G] K:45 [ARG] A:2511 [G] ✔
DN:122 [ALA] DA:2466 [C] K:123 [HIS] A:2493 [C] ✔
DN:122 [ALA] DA:2467 [C] K:123 [HIS] A:2494 [C] ✔
DN:122 [ALA] DA:2484 [G] K:123 [HIS] A:2511 [G] ✔
DN:122 [ALA] DA:2485 [G] K:123 [HIS] A:2512 [G] ✔
DN:70 [ASP] DA:870 [U] K:71 [HIS] A:915 [U] ✔
DN:70 [ASP] DA:907 [G] K:71 [HIS] A:952 [A] ✔
DN:70 [ASP] DA:908 [C] K:71 [HIS] A:953 [C] ✔
DN:28 [PHE] DA:872 [U] K:29 [PHE] A:917 [U] ✔
DN:28 [PHE] DA:873 [C] K:29 [PHE] A:918 [G] ✔
DN:28 [PHE] DA:905 [A] K:29 [PHE] A:950 [A] ✔
DN:28 [PHE] DA:906 [U] K:29 [PHE] A:951 [G] ✔
DN:16 [ARG] DA:954 [G] K:16 [LYS] A:998 [G] ❌ 6S0Z_K_A
DN:16 [ARG] DA:958 [U] K:16 [LYS] A:1002 [U] ❌ 6S0Z_K_A
DN:27 [SER] DA:905 [A] K:28 [THR] A:950 [A] ❌ 6S0Z_K_A
DN:68 [PHE] DA:907 [G] K:69 [PHE] A:952 [A] ❌ 6S0Z_K_A
DN:22 [GLN] DA:863 [A] K:23 [GLY] A:908 [A] ❌ 6S0Z_K_A
DN:22 [GLN] DA:864 [G] K:23 [GLY] A:909 [G] ❌ 6S0Z_K_A
DN:8 [LYS] DA:909 [A] K:8 [LYS] A:954 [A] ❌ 6S0Z_K_A
DN:84 [LYS] DA:2250 [G] K:85 [ALA] A:2277 [G] ❌ 6S0Z_K_A
DN:14 [LYS] DA:957 [C] K:14 [ARG] A:1001 [A] ❌ 6S0Z_K_A
DN:83 [GLY] DA:955 [PSU] K:84 [GLY] A:999 [U] ❌ 6S0Z_K_A
DN:87 [GLY] DA:955 [PSU] K:88 [GLY] A:999 [U] ❌ 6S0Z_K_A
DN:6 [ARG] DA:871 [U] K:6 [ARG] A:916 [U] ❌ 6S0Z_K_A
DN:5 [LYS] DA:872 [U] K:5 [LYS] A:917 [U] ❌ 6S0Z_K_A
DN:13 [HIS] DA:2276 [G] K:13 [HIS] A:2303 [G] ❌ 6S0Z_K_A
DN:122 [ALA] DA:1030 [C] K:123 [HIS] A:1074 [G] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:55 [ARG] DA:2482 [A] K:56 [ARG] A:2509 [A] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:70 [ASP] DA:871 [U] K:71 [HIS] A:916 [U] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:75 [GLU] DA:2459 [A] K:76 [LYS] A:2486 [A] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:79 [ALA] DA:957 [C] K:80 [GLU] A:1001 [A] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:79 [ALA] DA:956 [G] K:80 [GLU] A:1000 [G] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:79 [ALA] DA:959 [A] K:80 [GLU] A:1003 [A] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:79 [ALA] DA:2459 [A] K:80 [GLU] A:2486 [A] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:82 [MET] DA:2275 [C] K:83 [MET] A:2302 [C] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:9 [PHE] DA:2277 [G] K:9 [TYR] A:2304 [G] ❌ 4YBB_DN_DA
DN:8 [LYS] DA:868 [U] K:8 [LYS] A:913 [U] ❌ 6S0Z_A:913 no longer at interface
DN:18 [ARG] DA:952 [G] K:18 [THR] A:996 [G] ❌ 6S0Z_K:18, 6S0Z_A:996 no longer at interface
DN:84 [LYS] DA:2249 [U] K:85 [ALA] A:2276 [U] ❌ 6S0Z_A:2276 no longer at interface
DN:84 [LYS] DA:2255 [G] K:85 [ALA] A:2282 [G] ❌ 6S0Z_A:2282 no longer at interface
DN:13 [HIS] DA:2264 [C] K:13 [HIS] A:2291 [C] ❌ 6S0Z_A:2291 no longer at interface
DN:78 [LEU] DA:2460 [U] K:79 [LEU] A:2487 [U] ❌ 6S0Z_K:79, 6S0Z_A:2487 no longer at interface
DN:78 [LEU] DA:2493 [U] K:79 [LEU] A:2520 [U] ❌ 6S0Z_K:79, 6S0Z_A:2520 no longer at interface
DN:122 [ALA] DA:1031 [G] K:123 [HIS] A:1075 [G] ❌ 4YBB_DA:1031 no longer at interface
DN:129 [THR] DA:1118 [C] K:130 [LYS] A:1162 [C] ❌ 4YBB_DN:129, 4YBB_DA:1118 no longer at interface
DN:16 [ARG] DA:861 [A] K:16 [LYS] A:906 [A] ❌ 4YBB_DA:861 no longer at interface
DN:16 [ARG] DA:862 [G] K:16 [LYS] A:907 [G] ❌ 4YBB_DA:862 no longer at interface
DN:81 [4D4] DA:2254 [C] K:82 [ARG] A:2281 [C] ❌ 4YBB_DA:2254 no longer at interface
DN:7 [THR] DA:869 [G] K:7 [VAL] A:914 [G] ❌ 6S0Z_K:7 no longer at interface
DN:7 [THR] DA:870 [U] K:7 [VAL] A:915 [U] ❌ 6S0Z_K:7 no longer at interface
DN:10 [ARG] DA:2277 [G] K:10 [ARG] A:2304 [G] ❌ 6S0Z_K:10 no longer at interface
DN:10 [ARG] DA:2278 [A] K:10 [ARG] A:2305 [A] ❌ 6S0Z_K:10 no longer at interface
DN:51 [ARG] DA:2483 [C] K:52 [ILE] A:2510 [C] ❌ 6S0Z_K:52 no longer at interface
DN:47 [GLU] DA:2483 [C] K:48 [GLU] A:2510 [C] ❌ 6S0Z_K:48 no longer at interface
DN:15 [GLY] DA:953 [G] K:15 [PRO] A:997 [G] ❌ 6S0Z_K:15 no longer at interface
DN:15 [GLY] DA:954 [G] K:15 [PRO] A:998 [G] ❌ 6S0Z_K:15 no longer at interface
DN:15 [GLY] DA:958 [U] K:15 [PRO] A:1002 [U] ❌ 6S0Z_K:15 no longer at interface
DN:2 [LEU] DA:872 [U] K:2 [LEU] A:917 [U] ❌ 6S0Z_K:2 no longer at interface
DN:78 [LEU] DA:2459 [A] K:79 [LEU] A:2486 [A] ❌ 6S0Z_K:79 no longer at interface
DN:78 [LEU] DA:2494 [G] K:79 [LEU] A:2521 [G] ❌ 6S0Z_K:79 no longer at interface
DN:97 [GLN] DA:908 [C] K:98 [LYS] A:953 [C] ❌ 6S0Z_K:98 no longer at interface
DN:118 [LYS] DA:2468 [A] K:119 [ARG] A:2495 [A] ❌ 4YBB_DN:118 no longer at interface
DN:118 [LYS] DA:2467 [C] K:119 [ARG] A:2494 [C] ❌ 4YBB_DN:118 no longer at interface
DN:121 [ALA] DA:1030 [C] K:122 [SER] A:1074 [G] ❌ 4YBB_DN:121 no longer at interface
DN:126 [ILE] DA:1030 [C] K:127 [VAL] A:1074 [G] ❌ 4YBB_DN:126 no longer at interface
DN:24 [THR] DA:907 [G] K:25 [ASN] A:952 [A] ❌ 4YBB_DN:24 no longer at interface
DN:39 [GLY] DA:958 [U] K:40 [SER] A:1002 [U] ❌ 4YBB_DN:39 no longer at interface
DN:58 [LYS] DA:2470 [G] K:59 [LYS] A:2497 [G] ❌ 4YBB_DN:58 no longer at interface

logo_download Export the table of contacts

Properties of this pair

Common ECOD label(s)
 Common RFAM label(s)
 Interface TM-score
 Interface RMSD
 Percentage identity
 Protein TM-score
 RNA TM-score
 Protein coverage
 RNA coverage
 Percentage conservation
 Apolar conservation
 H-bond conservation
 Percentage switching out
Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA 0.96 1.48 0.50 0.96 0.96 0.86 0.89 0.83 0.80 0.49 0.57


Other pairs involving 4YBB_DN_DA or 6S0Z_K_A

Total number of entries: 25

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6AZ3_N_2 6S0Z_K_A 0.77 0.78 2.44 0.13 Ribosomal protein L10e compare
4Y4O_1Q_1A 4YBB_DN_DA 0.82 0.97 0.96 0.58 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4Y4O_1Q_1A 6S0Z_K_A 0.83 0.97 1.53 0.64 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7RYG_L_A 0.80 0.98 1.68 0.53 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7OF0_N_A 0.67 0.92 3.4 0.15 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7N1P_LP_23 0.83 0.96 1.36 0.51 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7O7Y_BI_B5 0.71 0.89 2.81 0.11 Ribosomal protein L10e compare
6S0Z_K_A 7PJS_M_A 0.83 0.96 1.72 0.52 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7K00_l_a 0.81 0.97 1.4 0.48 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7RYG_L_A 0.92 0.99 2.02 0.84 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7N1P_LP_23 0.98 0.99 0.58 1.0 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 6AZ3_N_2 0.74 0.8 2.18 0.16 Ribosomal protein L10e compare
4YBB_DN_DA 7OF0_N_A 0.57 0.92 3.28 0.15 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 6S0Z_K_A 0.83 0.96 1.48 0.5 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7O7Y_BI_B5 0.72 0.88 2.4 0.14 Ribosomal protein L10e compare
4YBB_DN_DA 6AZ3_N_1 0.55 0.69 3.25 0.07 Ribosomal protein L10e compare
4YBB_DN_DA 7PJS_M_A 0.98 0.99 0.89 0.93 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 7K00_l_a 0.97 1.0 0.27 0.96 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_H_0 4YBB_DN_DA 0.62 0.91 2.19 0.16 Ribosomal protein L10e compare
1VQ8_H_0 6S0Z_K_A 0.67 0.92 2.67 0.18 Ribosomal protein L10e compare
6AZ3_N_1 6S0Z_K_A 0.58 0.7 2.55 0.02 Ribosomal protein L10e compare
1YHQ_H_0 4YBB_DN_DA 0.62 0.91 2.28 0.16 Ribosomal protein L10e compare
1YHQ_H_0 6S0Z_K_A 0.67 0.92 2.76 0.18 Ribosomal protein L10e compare
1JJ2_H_0 6S0Z_K_A 0.64 0.92 2.77 0.18 Ribosomal protein L10e compare
1JJ2_H_0 4YBB_DN_DA 0.62 0.91 2.29 0.18 Ribosomal protein L10e compare