RNAprotDB

All interfaces > All interologs > Interface groups > group138 > 6S0Z_K_A

Interface analysis

mouse controls

Style

Protein

Cartoon
Licorice
Surface

RNA

Cartoon
Licorice
Surface

Color

Chain
Chain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity
Electrostatics (surface only)
Conservation*

View

Focus on

Interface
RNA
Protein
All

Show chains

Interface

show as licorice
show Accessibility
Rim - Core

Contacts -

6S0Z_K
6S0Z_A
Distance
Base Pair
Hbond nuc:res
Base Stacking
Residue conservation
K:3 [LEU] A:916 [U] 4.87 A:951 [G] 7.4
K:4 [PRO] A:915 [U] 3.76 A:952 [A] 90.67
K:4 [PRO] A:916 [U] 3.79 A:951 [G] 90.67
K:5 [LYS] A:915 [U] 4.26 A:952 [A] 60.79
K:5 [LYS] A:916 [U] 3.23 A:951 [G] 60.79
K:6 [ARG] A:914 [G] 2.53 A:953 [C] 66.38
K:6 [ARG] A:915 [U] 3.01 A:952 [A] 66.38
K:8 [LYS] A:914 [G] 4.87 A:953 [C] 77.69
K:8 [LYS] A:956 [A] 4.88 77.69
K:8 [LYS] A:957 [C] 3.16 A:909 [G] 77.69
K:9 [TYR] A:956 [A] 3.26 base/AA stacks 56.13
K:9 [TYR] A:957 [C] 4.37 A:909 [G] 56.13
K:9 [TYR] A:2304 [G] 4.92 A:2290 [C] 56.13
K:9 [TYR] A:2305 [A] 3.89 A:2289 [U] 56.13
K:11 [ARG] A:955 [A] 3.43 91.4
K:11 [ARG] A:956 [A] 2.73 base:BB 91.4
K:11 [ARG] A:2304 [G] 3.93 A:2290 [C] 91.4
K:11 [ARG] A:2305 [A] 3.3 A:2289 [U] 91.4
K:12 [GLN] A:955 [A] 3.63 7.7
K:12 [GLN] A:956 [A] 3.79 7.7
K:12 [GLN] A:999 [U] 4.08 A:1006 [G] 7.7
K:13 [HIS] A:955 [A] 2.87 base:BB base/AA stacks 53.55
K:13 [HIS] A:998 [G] 3.31 A:1007 [U] 53.55
K:13 [HIS] A:999 [U] 3.7 A:1006 [G] 53.55
K:13 [HIS] A:2292 [U] 3.92 A:2301 [A] 53.55
K:14 [ARG] A:998 [G] 3.85 A:1007 [U] 80.62
K:14 [ARG] A:999 [U] 3.5 A:1006 [G] 80.62
K:14 [ARG] A:1000 [G] 2.43 A:1004 [A] base:SC, base:SC 80.62
K:14 [ARG] A:1002 [U] 3.06 80.62
K:16 [LYS] A:906 [A] 3.66 A:961 [G] 58.68
K:16 [LYS] A:907 [G] 3.63 A:960 [C] 58.68
K:16 [LYS] A:997 [G] 3.09 A:1008 [C] 58.68
K:17 [THR] A:1002 [U] 3.66 0.03
K:20 [ARG] A:908 [A] 4.96 A:958 [U] 17.17
K:22 [LYS] A:908 [A] 3.58 A:958 [U] 28.1
K:22 [LYS] A:909 [G] 2.74 A:957 [C] base:SC 28.1
K:22 [LYS] A:910 [C] 4.87 28.1
K:22 [LYS] A:953 [C] 3.64 A:914 [G] 28.1
K:22 [LYS] A:954 [A] 3.49 A:913 [U] 28.1
K:23 [GLY] A:952 [A] 3.88 A:915 [U] 50.02
K:23 [GLY] A:953 [C] 4.01 A:914 [G] 50.02
K:24 [GLY] A:951 [G] 4.55 A:916 [U] 52.61
K:24 [GLY] A:952 [A] 3.0 A:915 [U] 52.61
K:25 [ASN] A:952 [A] 4.36 A:915 [U] 57.95
K:28 [THR] A:951 [G] 4.2 A:916 [U] 12.87
K:29 [PHE] A:917 [U] 4.18 A:950 [A] 39.91
K:29 [PHE] A:918 [G] 4.12 A:949 [C] 39.91
K:29 [PHE] A:950 [A] 3.79 A:917 [U] 39.91
K:29 [PHE] A:951 [G] 4.12 A:916 [U] 39.91
K:40 [SER] A:1002 [U] 3.94 43.12
K:41 [TRP] A:1002 [U] 3.56 base:BB base/AA stacks 18.46
K:43 [THR] A:2512 [G] 4.3 A:2492 [C] 78.46
K:45 [ARG] A:2510 [C] 5.0 A:2494 [C] 61.97
K:45 [ARG] A:2511 [G] 2.75 A:2493 [C] 61.97
K:46 [GLN] A:2511 [G] 3.64 A:2493 [C] 83.62
K:46 [GLN] A:2512 [G] 3.25 A:2492 [C] 83.62
K:49 [SER] A:2510 [C] 3.08 A:2494 [C] sugar:SC 72.71
K:49 [SER] A:2511 [G] 3.26 A:2493 [C] sugar:SC 72.71
K:56 [ARG] A:2496 [A] 2.83 A:2508 [G] 78.4
K:56 [ARG] A:2497 [G] 4.99 A:2507 [C] 78.4
K:56 [ARG] A:2509 [A] 4.83 A:2495 [A] 78.4
K:59 [LYS] A:2497 [G] 3.7 A:2507 [C] 69.79
K:63 [LYS] A:918 [G] 3.78 A:949 [C] 57.97
K:63 [LYS] A:919 [G] 3.6 A:948 [U] 57.97
K:65 [TRP] A:917 [U] 4.67 A:950 [A] 29.51
K:65 [TRP] A:918 [G] 2.96 A:949 [C] sugar:SC 29.51
K:66 [ILE] A:917 [U] 3.99 A:950 [A] 70.87
K:67 [LYS] A:951 [G] 3.76 A:916 [U] 73.52
K:67 [LYS] A:952 [A] 4.56 A:915 [U] 73.52
K:69 [PHE] A:915 [U] 4.51 A:952 [A] 59.63
K:69 [PHE] A:916 [U] 3.59 A:951 [G] 59.63
K:69 [PHE] A:917 [U] 4.29 A:950 [A] 59.63
K:71 [HIS] A:915 [U] 3.05 A:952 [A] sugar:SC 63.43
K:71 [HIS] A:916 [U] 3.49 A:951 [G] 63.43
K:71 [HIS] A:952 [A] 4.28 A:915 [U] 63.43
K:71 [HIS] A:953 [C] 4.12 A:914 [G] 63.43
K:75 [THR] A:1000 [G] 3.94 A:1004 [A] 95.1
K:75 [THR] A:1001 [A] 3.96 95.1
K:76 [LYS] A:1001 [A] 3.29 sugar:SC 53.67
K:76 [LYS] A:2486 [A] 4.85 A:2520 [U] 53.67
K:77 [LYS] A:1000 [G] 3.94 A:1004 [A] 91.95
K:77 [LYS] A:1001 [A] 3.62 91.95
K:80 [GLU] A:1000 [G] 4.98 A:1004 [A] 77.04
K:80 [GLU] A:1001 [A] 2.79 base:SC 77.04
K:80 [GLU] A:1003 [A] 3.66 77.04
K:80 [GLU] A:2486 [A] 3.32 A:2520 [U] 77.04
K:80 [GLU] A:2521 [G] 2.52 A:2484 [U] sugar:BB 77.04
K:80 [GLU] A:2522 [G] 3.23 A:2483 [C] sugar:SC 77.04
K:81 [VAL] A:2521 [G] 4.62 A:2484 [U] 68.84
K:81 [VAL] A:2522 [G] 3.78 A:2483 [C] 68.84
K:82 [ARG] A:2277 [G] 4.62 99.0
K:82 [ARG] A:2278 [G] 3.22 99.0
K:82 [ARG] A:2279 [G] 3.94 99.0
K:82 [ARG] A:2280 [G] 2.59 base:SC 99.0
K:82 [ARG] A:2281 [C] 4.87 99.0
K:82 [ARG] A:2522 [G] 4.15 A:2483 [C] 99.0
K:82 [ARG] A:2523 [C] 4.03 A:2482 [G] 99.0
K:83 [MET] A:1000 [G] 3.46 A:1004 [A] 98.97
K:83 [MET] A:1003 [A] 3.65 98.97
K:83 [MET] A:1004 [A] 3.73 A:1000 [G] 98.97
K:83 [MET] A:1006 [G] 4.0 A:999 [U] 98.97
K:83 [MET] A:2277 [G] 3.51 98.97
K:83 [MET] A:2302 [C] 4.96 A:2282 [G] 98.97
K:83 [MET] A:2522 [G] 3.95 A:2483 [C] 98.97
K:83 [MET] A:2523 [C] 3.41 A:2482 [G] 98.97
K:84 [GLY] A:2277 [G] 3.33 98.67
K:84 [GLY] A:2302 [C] 2.15 A:2282 [G] sugar:BB 98.67
K:84 [GLY] A:2303 [G] 3.39 A:2291 [C] 98.67
K:85 [ALA] A:2302 [C] 3.96 A:2282 [G] 83.01
K:85 [ALA] A:2303 [G] 3.57 A:2291 [C] 83.01
K:86 [GLY] A:1000 [G] 4.3 A:1004 [A] 97.56
K:86 [GLY] A:2302 [C] 3.75 A:2282 [G] 97.56
K:86 [GLY] A:2303 [G] 2.97 A:2291 [C] 97.56
K:86 [GLY] A:2304 [G] 3.18 A:2290 [C] 97.56
K:87 [LYS] A:999 [U] 3.27 A:1006 [G] 98.97
K:87 [LYS] A:1000 [G] 2.46 A:1004 [A] 98.97
K:87 [LYS] A:2303 [G] 3.74 A:2291 [C] 98.97
K:87 [LYS] A:2304 [G] 2.67 A:2290 [C] 98.97
K:88 [GLY] A:1000 [G] 3.5 A:1004 [A] 98.65
K:101 [ARG] A:952 [A] 3.31 A:915 [U] 47.51
K:101 [ARG] A:953 [C] 2.94 A:914 [G] 47.51
K:119 [ARG] A:2494 [C] 4.27 A:2510 [C] 45.27
K:119 [ARG] A:2495 [A] 3.18 A:2509 [A] 45.27
K:120 [LEU] A:2494 [C] 4.15 A:2510 [C] 2.87
K:120 [LEU] A:2495 [A] 4.11 A:2509 [A] 2.87
K:122 [SER] A:1074 [G] 4.99 A:1168 [C] 57.23
K:123 [HIS] A:1074 [G] 3.74 A:1168 [C] 30.84
K:123 [HIS] A:1075 [G] 4.18 A:1167 [C] 30.84
K:123 [HIS] A:2493 [C] 3.6 A:2511 [G] sugar:SC 30.84
K:123 [HIS] A:2494 [C] 3.72 A:2510 [C] 30.84
K:123 [HIS] A:2511 [G] 2.99 A:2493 [C] base:BB 30.84
K:123 [HIS] A:2512 [G] 4.57 A:2492 [C] 30.84
K:124 [LYS] A:2494 [C] 2.83 A:2510 [C] base:SC 89.21
K:124 [LYS] A:2509 [A] 3.54 A:2495 [A] 89.21
K:124 [LYS] A:2510 [C] 2.36 A:2494 [C] base:SC, base:SC 89.21
K:124 [LYS] A:2511 [G] 2.58 A:2493 [C] sugar:BB 89.21
K:124 [LYS] A:2512 [G] 3.89 A:2492 [C] 89.21
K:125 [LEU] A:2511 [G] 4.77 A:2493 [C] 84.02
K:125 [LEU] A:2512 [G] 3.3 A:2492 [C] 84.02
K:126 [PRO] A:2512 [G] 3.42 A:2492 [C] 85.28
K:126 [PRO] A:2513 [G] 3.59 A:2491 [C] 85.28
K:127 [VAL] A:1074 [G] 4.93 A:1168 [C] 58.91
K:128 [LYS] A:1072 [A] 4.99 A:1170 [A] 62.84
K:128 [LYS] A:1073 [A] 2.67 A:1169 [G] 62.84
K:128 [LYS] A:1074 [G] 3.45 A:1168 [C] 62.84
K:130 [LYS] A:1162 [C] 3.68 A:1081 [G] 63.09

logo_download Export the table of contacts

*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)

Properties of this interface

Interolog group ID Structure ID Structure description
 UniProt ID
 		ECOD label(s)
 		RFAM label(s)
 		Is ribosome? RCSB PDB link
group138 6S0Z_K_A K: 50s ribosomal protein l16, Staphylococcus aureus (natural) A: 23s ribosomal RNA, Staphylococcus aureus (natural) A0A077V4G0 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA ✔

Interologs

Total number of interologs for this interface: 13

Interface 1 Interface 2 Percentage conservation
 		Interface TM-score
 		Interface RMSD
 		Percentage identity
 		Common ECOD label(s)
 		Common RFAM label(s)
 		Explore both interfaces
6AZ3_N_2 6S0Z_K_A 0.77 0.78 2.44 0.13 Ribosomal protein L10e compare
4Y4O_1Q_1A 6S0Z_K_A 0.83 0.97 1.53 0.64 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7RYG_L_A 0.80 0.98 1.68 0.53 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7OF0_N_A 0.67 0.92 3.4 0.15 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7N1P_LP_23 0.83 0.96 1.36 0.51 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7O7Y_BI_B5 0.71 0.89 2.81 0.11 Ribosomal protein L10e compare
6S0Z_K_A 7PJS_M_A 0.83 0.96 1.72 0.52 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
6S0Z_K_A 7K00_l_a 0.81 0.97 1.4 0.48 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
4YBB_DN_DA 6S0Z_K_A 0.83 0.96 1.48 0.5 Ribosomal protein L10e Bacterial large subunit ribosomal RNA compare
1VQ8_H_0 6S0Z_K_A 0.67 0.92 2.67 0.18 Ribosomal protein L10e compare
6AZ3_N_1 6S0Z_K_A 0.58 0.7 2.55 0.02 Ribosomal protein L10e compare
1YHQ_H_0 6S0Z_K_A 0.67 0.92 2.76 0.18 Ribosomal protein L10e compare
1JJ2_H_0 6S0Z_K_A 0.64 0.92 2.77 0.18 Ribosomal protein L10e compare