Interface analysis
Style
Protein
CartoonLicorice
Surface
RNA
CartoonLicorice
Surface
Color
ChainChain (with hetatm)
Chainbow
Hydrophobicity Electrostatics (surface only) Conservation*
View
Focus on
InterfaceRNA
Protein
All
Show chains
Interface
show as licoriceshow Accessibility
Rim - Core
Contacts -
| 7K00_l
|
7K00_a
|
Distance
|
Base Pair
|
Hbond nuc:res
|
Base Stacking
|
Residue conservation
|
|---|---|---|---|---|---|---|
| l:3 [GLN] | a:871 [U] | 4.31 | a:906 [U] | 9.5 | ||
| l:4 [PRO] | a:870 [U] | 3.58 | a:907 [G] | 85.8 | ||
| l:4 [PRO] | a:871 [U] | 3.42 | a:906 [U] | 85.8 | ||
| l:5 [LYS] | a:870 [U] | 3.98 | a:907 [G] | 67.7 | ||
| l:5 [LYS] | a:871 [U] | 2.6 | a:906 [U] | 67.7 | ||
| l:6 [ARG] | a:870 [U] | 3.28 | a:907 [G] | 50.4 | ||
| l:6 [ARG] | a:871 [U] | 4.39 | a:906 [U] | 50.4 | ||
| l:7 [THR] | a:869 [G] | 4.45 | a:908 [C] | 54.3 | ||
| l:7 [THR] | a:870 [U] | 4.83 | a:907 [G] | 54.3 | ||
| l:8 [LYS] | a:868 [U] | 3.15 | a:909 [A] | base:SC | 77.2 | |
| l:8 [LYS] | a:869 [G] | 3.73 | a:908 [C] | 77.2 | ||
| l:8 [LYS] | a:909 [A] | 3.83 | a:868 [U] | 77.2 | ||
| l:8 [LYS] | a:912 [C] | 3.24 | a:864 [G] | 77.2 | ||
| l:9 [PHE] | a:911 [A] | 3.2 | base/AA stacks | 56.5 | ||
| l:9 [PHE] | a:912 [C] | 3.88 | a:864 [G] | 56.5 | ||
| l:9 [PHE] | a:2278 [A] | 3.87 | a:2262 [U] | 56.5 | ||
| l:10 [ARG] | a:2278 [A] | 3.81 | a:2262 [U] | 60.2 | ||
| l:11 [LYS] | a:910 [A] | 3.12 | base:BB | 88.2 | ||
| l:11 [LYS] | a:911 [A] | 2.79 | base:BB | 88.2 | ||
| l:11 [LYS] | a:2277 [G] | 3.95 | a:2263 [C] | 88.2 | ||
| l:11 [LYS] | a:2278 [A] | 3.81 | a:2262 [U] | 88.2 | ||
| l:12 [MET] | a:910 [A] | 3.68 | 0.3 | |||
| l:12 [MET] | a:911 [A] | 4.37 | 0.3 | |||
| l:12 [MET] | a:955 [PSU] | 3.9 | a:962 [G] | 0.3 | ||
| l:13 [HIS] | a:910 [A] | 2.88 | base:BB | base/AA stacks | 64.2 | |
| l:13 [HIS] | a:954 [G] | 3.11 | a:963 [U] | 64.2 | ||
| l:13 [HIS] | a:955 [PSU] | 3.32 | a:962 [G] | 64.2 | ||
| l:13 [HIS] | a:2264 [C] | 4.83 | a:2276 [G] | 64.2 | ||
| l:13 [HIS] | a:2265 [U] | 3.5 | a:2274 [A] | sugar:SC | 64.2 | |
| l:13 [HIS] | a:2276 [G] | 3.84 | a:2264 [C] | 64.2 | ||
| l:13 [HIS] | a:2277 [G] | 4.83 | a:2263 [C] | 64.2 | ||
| l:14 [LYS] | a:954 [G] | 3.54 | a:963 [U] | 76.9 | ||
| l:14 [LYS] | a:955 [PSU] | 3.16 | a:962 [G] | 76.9 | ||
| l:14 [LYS] | a:956 [G] | 2.7 | a:960 [A] | base:SC | 76.9 | |
| l:14 [LYS] | a:958 [U] | 3.24 | 76.9 | |||
| l:15 [GLY] | a:953 [G] | 4.77 | a:964 [C] | 47.2 | ||
| l:15 [GLY] | a:954 [G] | 2.72 | a:963 [U] | 47.2 | ||
| l:15 [GLY] | a:958 [U] | 4.18 | 47.2 | |||
| l:16 [ARG] | a:953 [G] | 3.73 | a:964 [C] | 64.8 | ||
| l:16 [ARG] | a:954 [G] | 2.52 | a:963 [U] | 64.8 | ||
| l:16 [ARG] | a:958 [U] | 3.61 | base/AA stacks | 64.8 | ||
| l:17 [ASN] | a:958 [U] | 3.61 | 13.1 | |||
| l:18 [ARG] | a:952 [G] | 4.22 | a:965 [C] | 58.0 | ||
| l:20 [LEU] | a:863 [A] | 4.47 | a:913 [U] | 43.4 | ||
| l:22 [GLN] | a:863 [A] | 3.35 | a:913 [U] | 3.0 | ||
| l:22 [GLN] | a:864 [G] | 3.45 | a:912 [C] | 3.0 | ||
| l:22 [GLN] | a:907 [G] | 4.0 | a:870 [U] | 3.0 | ||
| l:22 [GLN] | a:908 [C] | 3.76 | a:869 [G] | 3.0 | ||
| l:23 [GLY] | a:906 [U] | 4.17 | a:871 [U] | 46.6 | ||
| l:23 [GLY] | a:907 [G] | 3.0 | a:870 [U] | 46.6 | ||
| l:24 [THR] | a:907 [G] | 4.86 | a:870 [U] | 56.0 | ||
| l:27 [SER] | a:905 [A] | 4.69 | a:872 [U] | 8.5 | ||
| l:27 [SER] | a:906 [U] | 3.81 | a:871 [U] | 8.5 | ||
| l:28 [PHE] | a:872 [U] | 4.59 | a:905 [A] | 34.5 | ||
| l:28 [PHE] | a:873 [C] | 4.35 | a:904 [G] | 34.5 | ||
| l:28 [PHE] | a:905 [A] | 3.48 | a:872 [U] | 34.5 | ||
| l:28 [PHE] | a:906 [U] | 3.15 | a:871 [U] | 34.5 | ||
| l:40 [ARG] | a:958 [U] | 3.51 | 32.8 | |||
| l:42 [THR] | a:2485 [G] | 4.44 | a:2465 [C] | 80.1 | ||
| l:44 [ARG] | a:2483 [C] | 4.67 | a:2467 [C] | 48.3 | ||
| l:44 [ARG] | a:2484 [G] | 2.55 | a:2466 [C] | 48.3 | ||
| l:45 [GLN] | a:2484 [G] | 3.23 | a:2466 [C] | 84.4 | ||
| l:45 [GLN] | a:2485 [G] | 2.66 | a:2465 [C] | 84.4 | ||
| l:48 [ALA] | a:2483 [C] | 3.37 | a:2467 [C] | 68.8 | ||
| l:48 [ALA] | a:2484 [G] | 3.36 | a:2466 [C] | 68.8 | ||
| l:51 [ARG] | a:2483 [C] | 3.79 | a:2467 [C] | sugar:SC | 63.2 | |
| l:55 [ARG] | a:2469 [A] | 3.44 | a:2481 [G] | 78.2 | ||
| l:55 [ARG] | a:2482 [A] | 4.39 | a:2468 [A] | 78.2 | ||
| l:62 [LYS] | a:873 [C] | 3.0 | a:904 [G] | 54.2 | ||
| l:62 [LYS] | a:874 [G] | 3.29 | a:903 [C] | 54.2 | ||
| l:64 [TRP] | a:872 [U] | 4.29 | a:905 [A] | 36.6 | ||
| l:64 [TRP] | a:873 [C] | 3.14 | a:904 [G] | sugar:SC | 36.6 | |
| l:65 [ILE] | a:872 [U] | 3.96 | a:905 [A] | 55.5 | ||
| l:66 [ARG] | a:906 [U] | 2.75 | a:871 [U] | sugar:SC | 71.5 | |
| l:66 [ARG] | a:907 [G] | 4.44 | a:870 [U] | 71.5 | ||
| l:68 [PHE] | a:870 [U] | 4.93 | a:907 [G] | 46.0 | ||
| l:68 [PHE] | a:871 [U] | 3.23 | a:906 [U] | 46.0 | ||
| l:68 [PHE] | a:872 [U] | 3.99 | a:905 [A] | 46.0 | ||
| l:68 [PHE] | a:907 [G] | 4.61 | a:870 [U] | 46.0 | ||
| l:70 [ASP] | a:870 [U] | 4.27 | a:907 [G] | 61.1 | ||
| l:70 [ASP] | a:907 [G] | 4.17 | a:870 [U] | 61.1 | ||
| l:70 [ASP] | a:908 [C] | 2.86 | a:869 [G] | sugar:SC | 61.1 | |
| l:74 [THR] | a:956 [G] | 3.94 | a:960 [A] | 96.3 | ||
| l:74 [THR] | a:957 [C] | 3.65 | 96.3 | |||
| l:75 [GLU] | a:957 [C] | 3.64 | 63.9 | |||
| l:75 [GLU] | a:2459 [A] | 4.66 | a:2493 [U] | 63.9 | ||
| l:76 [LYS] | a:956 [G] | 3.74 | a:960 [A] | 91.7 | ||
| l:76 [LYS] | a:957 [C] | 2.86 | 91.7 | |||
| l:78 [LEU] | a:2459 [A] | 3.76 | a:2493 [U] | 54.3 | ||
| l:78 [LEU] | a:2460 [U] | 3.56 | a:2492 [U] | 54.3 | ||
| l:78 [LEU] | a:2493 [U] | 4.36 | a:2459 [A] | 54.3 | ||
| l:78 [LEU] | a:2494 [G] | 4.28 | a:2457 [PSU] | 54.3 | ||
| l:79 [ALA] | a:2494 [G] | 3.1 | a:2457 [PSU] | sugar:BB | 74.1 | |
| l:79 [ALA] | a:2495 [G] | 4.67 | a:2456 [C] | 74.1 | ||
| l:80 [VAL] | a:2494 [G] | 4.51 | a:2457 [PSU] | 63.3 | ||
| l:80 [VAL] | a:2495 [G] | 3.33 | a:2456 [C] | 63.3 | ||
| l:81 [4D4] | a:2250 [G] | 4.2 | 98.9 | |||
| l:81 [4D4] | a:2251 [OMG] | 2.73 | Z:75 [C] | base:SC | 98.9 | |
| l:81 [4D4] | a:2495 [G] | 3.41 | a:2456 [C] | 98.9 | ||
| l:81 [4D4] | a:2496 [C] | 3.27 | a:2455 [G] | 98.9 | ||
| l:83 [GLY] | a:955 [PSU] | 4.79 | a:962 [G] | 98.8 | ||
| l:83 [GLY] | a:2250 [G] | 3.35 | 98.8 | |||
| l:83 [GLY] | a:2275 [C] | 4.03 | a:2255 [G] | 98.8 | ||
| l:83 [GLY] | a:2276 [G] | 3.46 | a:2264 [C] | 98.8 | ||
| l:84 [LYS] | a:2249 [U] | 4.02 | 81.0 | |||
| l:84 [LYS] | a:2250 [G] | 3.02 | 81.0 | |||
| l:84 [LYS] | a:2255 [G] | 4.53 | a:2275 [C] | 81.0 | ||
| l:84 [LYS] | a:2275 [C] | 3.07 | a:2255 [G] | sugar:BB | 81.0 | |
| l:84 [LYS] | a:2276 [G] | 3.41 | a:2264 [C] | 81.0 | ||
| l:85 [GLY] | a:956 [G] | 4.53 | a:960 [A] | 98.9 | ||
| l:85 [GLY] | a:2275 [C] | 3.47 | a:2255 [G] | 98.9 | ||
| l:85 [GLY] | a:2276 [G] | 2.79 | a:2264 [C] | 98.9 | ||
| l:85 [GLY] | a:2277 [G] | 3.57 | a:2263 [C] | 98.9 | ||
| l:86 [LYS] | a:955 [PSU] | 2.86 | a:962 [G] | 99.0 | ||
| l:86 [LYS] | a:956 [G] | 2.99 | a:960 [A] | 99.0 | ||
| l:86 [LYS] | a:2276 [G] | 3.31 | a:2264 [C] | 99.0 | ||
| l:86 [LYS] | a:2277 [G] | 2.99 | a:2263 [C] | 99.0 | ||
| l:87 [GLY] | a:955 [PSU] | 4.93 | a:962 [G] | 98.6 | ||
| l:87 [GLY] | a:956 [G] | 2.91 | a:960 [A] | 98.6 | ||
| l:97 [GLN] | a:908 [C] | 4.69 | a:869 [G] | 69.7 | ||
| l:100 [LYS] | a:907 [G] | 2.96 | a:870 [U] | sugar:SC | 60.3 | |
| l:100 [LYS] | a:908 [C] | 4.14 | a:869 [G] | 60.3 | ||
| l:118 [LYS] | a:2468 [A] | 4.95 | a:2482 [A] | 64.2 | ||
| l:119 [LEU] | a:2467 [C] | 4.45 | a:2483 [C] | 3.8 | ||
| l:119 [LEU] | a:2468 [A] | 4.04 | a:2482 [A] | 3.8 | ||
| l:122 [ALA] | a:2466 [C] | 4.69 | a:2484 [G] | 28.5 | ||
| l:122 [ALA] | a:2467 [C] | 3.35 | a:2483 [C] | 28.5 | ||
| l:122 [ALA] | a:2484 [G] | 3.08 | a:2466 [C] | base:BB | 28.5 | |
| l:122 [ALA] | a:2485 [G] | 4.27 | a:2465 [C] | 28.5 | ||
| l:123 [LYS] | a:2467 [C] | 2.93 | a:2483 [C] | base:SC | 86.1 | |
| l:123 [LYS] | a:2482 [A] | 3.75 | a:2468 [A] | 86.1 | ||
| l:123 [LYS] | a:2483 [C] | 2.5 | a:2467 [C] | base:SC, base:SC | 86.1 | |
| l:123 [LYS] | a:2484 [G] | 2.28 | a:2466 [C] | sugar:BB | 86.1 | |
| l:123 [LYS] | a:2485 [G] | 3.34 | a:2465 [C] | 86.1 | ||
| l:124 [LEU] | a:2484 [G] | 4.44 | a:2466 [C] | 86.7 | ||
| l:124 [LEU] | a:2485 [G] | 3.6 | a:2465 [C] | 86.7 | ||
| l:125 [PRO] | a:2485 [G] | 3.1 | a:2465 [C] | 81.7 | ||
| l:125 [PRO] | a:2486 [C] | 3.27 | a:2464 [G] | 81.7 | ||
| l:127 [LYS] | a:1029 [A] | 3.62 | a:1125 [G] | 68.5 | ||
| l:127 [LYS] | a:1030 [C] | 3.37 | a:1124 [G] | 68.5 |
Export the table of contacts
*Conservation was calculated using Rate4Site
NB: conservation is missing (completly white) for a very small minority of cases in which no homologous sequences were found (e.g. synthetic proteins 7D3J_A & 7EU9_A)
Properties of this interface
| Interolog group ID | Structure ID |
Structure description |
UniProt ID |
ECOD label(s) |
RFAM label(s) |
Is ribosome? | RCSB PDB link |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| group138 | 7K00_l_a | l: 50s ribosomal protein l16, Escherichia coli (natural) a: 23s rRNA, Escherichia coli (natural) | P0ADY7 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | ✔ |
|
Interologs
Total number of interologs for this interface: 8
| Interface 1 | Interface 2 |
Percentage conservation |
Interface TM-score |
Interface RMSD |
Percentage identity |
Common ECOD label(s) |
Common RFAM label(s) |
Explore both interfaces |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6AZ3_N_2 | 7K00_l_a | 0.72 | 0.79 | 2.53 | 0.13 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 4Y4O_1Q_1A | 7K00_l_a | 0.85 | 0.97 | 0.85 | 0.55 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 6S0Z_K_A | 7K00_l_a | 0.81 | 0.97 | 1.4 | 0.48 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 4YBB_DN_DA | 7K00_l_a | 0.97 | 1.0 | 0.27 | 0.96 | Ribosomal protein L10e | Bacterial large subunit ribosomal RNA | compare |
| 1VQ8_H_0 | 7K00_l_a | 0.62 | 0.9 | 2.5 | 0.14 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 6AZ3_N_1 | 7K00_l_a | 0.57 | 0.69 | 3.47 | 0.07 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 1YHQ_H_0 | 7K00_l_a | 0.63 | 0.9 | 2.63 | 0.14 | Ribosomal protein L10e | compare | |
| 1JJ2_H_0 | 7K00_l_a | 0.61 | 0.9 | 2.65 | 0.16 | Ribosomal protein L10e | compare |